diff reformatPlatesTabularToLinear.xml @ 0:3ddf2607e3a2 draft default tip

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--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/reformatPlatesTabularToLinear.xml	Wed Jun 01 03:57:23 2016 -0400
@@ -0,0 +1,465 @@
+<tool id="reformatPlatesTabularToLinear" name="Reformat Plates Tabular To Linear" version="1.0.0">
+  
+  <command interpreter="perl">
+  	reformatPlatesTabularToLinear.pl $inputFile1 $outputFile1
+  </command>
+
+  <inputs>
+  	<param format="tabular" name="inputFile1" type="data" label="Select the linear plates file"/>
+  </inputs>
+  
+  <outputs>
+    <data format="tabular" name="outputFile1"/>
+  </outputs>
+
+ <tests>
+    <test>
+      <param name="inputFile1" value="150615-HR-12015-01A.tabular"/>
+      <output name="outputFile1" file="150615-HR-12015-01A.out"/>
+    </test>
+  </tests>
+  	
+  <help> 
+
+.. class:: infomark
+
+**What it does**
+
+This program converts a plates table from a tabular format to a linear format.
+  
+
+**Example**
+
+If the plates table consisted of::
+
+	Feature: ValidCellCount								
+																
+		1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24
+	A	1654	1719	1624	1518	1587	1517	1638	1733	1617	1722	1665	1536	1636	1691	1773	1554	1651	1670	1748	1541	1549	1550	1615	
+	B	1553	1588	1557	1786	1635	1679	1533	1720	1562	1577	1713	1526	1559	1706	1690	1707	1651	1687	1584	1638	1722	1562	1696	
+	C	1579	1568	1684	1501	1546	1718	1569	1532	1530	1572	1517	1573	1518	1585	1595	1505	1593	1735	1548	1534	1512	1577	1519	
+	D	1551	502	1764	1827	1587	1655	1625	1549	1798	1689	1588	1630	1620	1595	1711	1504	1511	1645	1608	1745	1525	1646	674	
+	E	1809	1624	1791	1556	1530	1604	1610	1620	1506	1609	1620	1531	1534	1723	1600	1480	1714	1574	1658	1634	1632	1671	1639	
+	F	1804	1815	1644	1618	1686	1523	1501	1587	1502	1742	1621	1638	1640	1588	1542	1720	1503	1788	1571	1547	1653	1752	1687	
+	G	1540	1567	1587	1564	1671	1552	1555	1571	1693	1692	1617	1590	1589	1546	1648	1583	1538	1560	1553	1598	1561	1523	1599	
+	H	1700	513	1615	1656	1796	1547	1563	1598	1555	1621	1644	1760	1525	1541	1635	1527	1651	1643	1593	1551	1507	1504	522	
+	I	1604	1591	1626	1585	1522	1546	1520	1582	1664	1589	1508	1505	1577	1657	1560	1561	1597	1505	1646	1579	1602	1621	1583	
+	J	1520	1577	1692	1510	1691	1747	1744	1724	1666	1645	1637	1706	1672	1522	1535	1528	1569	1592	1812	1806	1525	1675	1540	
+	K	1626	1513	1624	1530	1650	1610	1644	1522	1544	1532	1229	1520	1540	1630	1668	1519	1657	1509	1543	1513	1564	1660	1632	
+	L	1676	507	1682	1595	1557	1593	1734	1519	1550	1528	1781	1500	1573	1524	1735	1523	1503	1621	1559	1795	1667	1560	420	
+	M	1625	1548	1538	1731	1607	1637	1544	1703	1617	1635	1528	1532	1583	1555	1551	1580	1655	1662	1591	1758	1623	1597	1561	
+	N	1660	592	1595	1527	1745	1543	1529	1691	1705	1612	1769	1624	1673	1683	1637	1786	1593	1636	1614	1650	1553	1671	628	
+	O	1692	1701	1611	1370	1537	1538	1582	1515	1587	1582	1660	1544	1544	1603	1592	1518	1606	1565	1617	1543	1649	1710	1788	
+	P	1818	1611	1736	1642	1557	1606	1558	1627	1579	1733	1520	1558	1804	1630	1576	1740	1578	1544	1692	1560	1552	1790	1537	
+
+	Feature: ValidFieldCount																								
+
+		1	2	3	4	5	6	7	8	9	10	11	12	13	14	15	16	17	18	19	20	21	22	23	24
+	A	6	8	19	6	12	8	9	7	6	8	7	9	13	8	8	12	13	7	7	7	9	8	6	
+	B	5	8	6	7	6	6	6	7	6	6	6	6	7	7	6	6	6	7	6	6	6	6	9	
+	C	6	14	8	12	22	9	11	8	11	12	12	8	21	16	17	9	10	7	8	10	6	17	19	
+	D	7	25	6	7	6	6	7	6	7	6	7	7	7	6	6	6	6	6	6	7	5	7	25	
+	E	7	8	6	17	7	10	14	11	7	15	7	19	8	7	15	25	7	9	8	7	10	8	8	
+	F	6	6	7	6	6	8	6	7	6	6	6	8	7	6	6	6	7	6	6	5	8	6	7	
+	G	6	22	7	18	9	18	7	11	7	7	11	7	16	8	8	10	17	9	6	9	16	11	13	
+	H	6	25	6	6	6	6	7	6	6	6	7	7	6	7	6	6	6	7	5	8	6	5	25	
+	I	7	9	11	11	17	9	6	9	9	10	10	23	7	12	7	12	14	13	9	15	13	12	6	
+	J	6	17	8	5	7	7	7	8	6	6	6	7	6	7	5	6	6	8	7	7	6	7	22	
+	K	6	6	7	7	11	11	11	11	14	7	25	11	9	10	8	17	8	21	7	12	7	10	6	
+	L	7	25	6	7	6	7	6	6	6	6	7	6	6	6	7	5	6	6	6	6	6	8	25	
+	M	6	19	25	7	14	7	9	9	6	8	16	6	7	8	9	15	6	7	8	8	8	6	18	
+	N	6	25	7	5	6	6	5	6	7	6	7	6	7	7	6	7	6	6	6	6	6	6	25	
+	O	6	8	10	25	10	14	8	11	6	6	10	10	8	9	12	11	6	10	6	18	7	8	7	
+	P	7	5	7	6	5	6	6	6	6	6	6	7	7	6	6	7	6	6	6	6	6	7	6	
+
+Running the program will give the following output::
+
+	#Well	Table_1	Table_2
+	A01	1654	6
+	A02	1719	8
+	A03	1624	19
+	A04	1518	6
+	A05	1587	12
+	A06	1517	8
+	A07	1638	9
+	A08	1733	7
+	A09	1617	6
+	A10	1722	8
+	A11	1665	7
+	A12	1536	9
+	A13	1636	13
+	A14	1691	8
+	A15	1773	8
+	A16	1554	12
+	A17	1651	13
+	A18	1670	7
+	A19	1748	7
+	A20	1541	7
+	A21	1549	9
+	A22	1550	8
+	A23	1615	6
+	A24	NA	NA
+	B01	1553	5
+	B02	1588	8
+	B03	1557	6
+	B04	1786	7
+	B05	1635	6
+	B06	1679	6
+	B07	1533	6
+	B08	1720	7
+	B09	1562	6
+	B10	1577	6
+	B11	1713	6
+	B12	1526	6
+	B13	1559	7
+	B14	1706	7
+	B15	1690	6
+	B16	1707	6
+	B17	1651	6
+	B18	1687	7
+	B19	1584	6
+	B20	1638	6
+	B21	1722	6
+	B22	1562	6
+	B23	1696	9
+	B24	NA	NA
+	C01	1579	6
+	C02	1568	14
+	C03	1684	8
+	C04	1501	12
+	C05	1546	22
+	C06	1718	9
+	C07	1569	11
+	C08	1532	8
+	C09	1530	11
+	C10	1572	12
+	C11	1517	12
+	C12	1573	8
+	C13	1518	21
+	C14	1585	16
+	C15	1595	17
+	C16	1505	9
+	C17	1593	10
+	C18	1735	7
+	C19	1548	8
+	C20	1534	10
+	C21	1512	6
+	C22	1577	17
+	C23	1519	19
+	C24	NA	NA
+	D01	1551	7
+	D02	502	25
+	D03	1764	6
+	D04	1827	7
+	D05	1587	6
+	D06	1655	6
+	D07	1625	7
+	D08	1549	6
+	D09	1798	7
+	D10	1689	6
+	D11	1588	7
+	D12	1630	7
+	D13	1620	7
+	D14	1595	6
+	D15	1711	6
+	D16	1504	6
+	D17	1511	6
+	D18	1645	6
+	D19	1608	6
+	D20	1745	7
+	D21	1525	5
+	D22	1646	7
+	D23	674	25
+	D24	NA	NA
+	E01	1809	7
+	E02	1624	8
+	E03	1791	6
+	E04	1556	17
+	E05	1530	7
+	E06	1604	10
+	E07	1610	14
+	E08	1620	11
+	E09	1506	7
+	E10	1609	15
+	E11	1620	7
+	E12	1531	19
+	E13	1534	8
+	E14	1723	7
+	E15	1600	15
+	E16	1480	25
+	E17	1714	7
+	E18	1574	9
+	E19	1658	8
+	E20	1634	7
+	E21	1632	10
+	E22	1671	8
+	E23	1639	8
+	E24	NA	NA
+	F01	1804	6
+	F02	1815	6
+	F03	1644	7
+	F04	1618	6
+	F05	1686	6
+	F06	1523	8
+	F07	1501	6
+	F08	1587	7
+	F09	1502	6
+	F10	1742	6
+	F11	1621	6
+	F12	1638	8
+	F13	1640	7
+	F14	1588	6
+	F15	1542	6
+	F16	1720	6
+	F17	1503	7
+	F18	1788	6
+	F19	1571	6
+	F20	1547	5
+	F21	1653	8
+	F22	1752	6
+	F23	1687	7
+	F24	NA	NA
+	G01	1540	6
+	G02	1567	22
+	G03	1587	7
+	G04	1564	18
+	G05	1671	9
+	G06	1552	18
+	G07	1555	7
+	G08	1571	11
+	G09	1693	7
+	G10	1692	7
+	G11	1617	11
+	G12	1590	7
+	G13	1589	16
+	G14	1546	8
+	G15	1648	8
+	G16	1583	10
+	G17	1538	17
+	G18	1560	9
+	G19	1553	6
+	G20	1598	9
+	G21	1561	16
+	G22	1523	11
+	G23	1599	13
+	G24	NA	NA
+	H01	1700	6
+	H02	513	25
+	H03	1615	6
+	H04	1656	6
+	H05	1796	6
+	H06	1547	6
+	H07	1563	7
+	H08	1598	6
+	H09	1555	6
+	H10	1621	6
+	H11	1644	7
+	H12	1760	7
+	H13	1525	6
+	H14	1541	7
+	H15	1635	6
+	H16	1527	6
+	H17	1651	6
+	H18	1643	7
+	H19	1593	5
+	H20	1551	8
+	H21	1507	6
+	H22	1504	5
+	H23	522	25
+	H24	NA	NA
+	I01	1604	7
+	I02	1591	9
+	I03	1626	11
+	I04	1585	11
+	I05	1522	17
+	I06	1546	9
+	I07	1520	6
+	I08	1582	9
+	I09	1664	9
+	I10	1589	10
+	I11	1508	10
+	I12	1505	23
+	I13	1577	7
+	I14	1657	12
+	I15	1560	7
+	I16	1561	12
+	I17	1597	14
+	I18	1505	13
+	I19	1646	9
+	I20	1579	15
+	I21	1602	13
+	I22	1621	12
+	I23	1583	6
+	I24	NA	NA
+	J01	1520	6
+	J02	1577	17
+	J03	1692	8
+	J04	1510	5
+	J05	1691	7
+	J06	1747	7
+	J07	1744	7
+	J08	1724	8
+	J09	1666	6
+	J10	1645	6
+	J11	1637	6
+	J12	1706	7
+	J13	1672	6
+	J14	1522	7
+	J15	1535	5
+	J16	1528	6
+	J17	1569	6
+	J18	1592	8
+	J19	1812	7
+	J20	1806	7
+	J21	1525	6
+	J22	1675	7
+	J23	1540	22
+	J24	NA	NA
+	K01	1626	6
+	K02	1513	6
+	K03	1624	7
+	K04	1530	7
+	K05	1650	11
+	K06	1610	11
+	K07	1644	11
+	K08	1522	11
+	K09	1544	14
+	K10	1532	7
+	K11	1229	25
+	K12	1520	11
+	K13	1540	9
+	K14	1630	10
+	K15	1668	8
+	K16	1519	17
+	K17	1657	8
+	K18	1509	21
+	K19	1543	7
+	K20	1513	12
+	K21	1564	7
+	K22	1660	10
+	K23	1632	6
+	K24	NA	NA
+	L01	1676	7
+	L02	507	25
+	L03	1682	6
+	L04	1595	7
+	L05	1557	6
+	L06	1593	7
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+	L09	1550	6
+	L10	1528	6
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+	L13	1573	6
+	L14	1524	6
+	L15	1735	7
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+	L17	1503	6
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+	L19	1559	6
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+	M03	1538	25
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+	M07	1544	9
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+	M10	1635	8
+	M11	1528	16
+	M12	1532	6
+	M13	1583	7
+	M14	1555	8
+	M15	1551	9
+	M16	1580	15
+	M17	1655	6
+	M18	1662	7
+	M19	1591	8
+	M20	1758	8
+	M21	1623	8
+	M22	1597	6
+	M23	1561	18
+	M24	NA	NA
+	N01	1660	6
+	N02	592	25
+	N03	1595	7
+	N04	1527	5
+	N05	1745	6
+	N06	1543	6
+	N07	1529	5
+	N08	1691	6
+	N09	1705	7
+	N10	1612	6
+	N11	1769	7
+	N12	1624	6
+	N13	1673	7
+	N14	1683	7
+	N15	1637	6
+	N16	1786	7
+	N17	1593	6
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