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--- a/id_converter.xml	Mon Mar 19 09:58:17 2018 -0400
+++ b/id_converter.xml	Tue Mar 20 10:51:41 2018 -0400
@@ -9,17 +9,19 @@
     </stdio>
     <command interpreter="Rscript">
         $__tool_directory__/id_converter_UniProt.R
-        "$idti.idtypein"
+        --id_type="$idti.idtypein"
         #if $input.ids == "text"
-            "$input.txt"
-            "list"
+            --input="$input.txt"
+            --input_type="list"
         #else
-            "$input.file,$input.ncol,$input.header"
-            "file"
+            --input="$input.file"
+            --column_number="$input.ncol"
+            --header="$input.header"
+            --input_type="file"
         #end if
-        "$idto.idtypeout"
-        "$output"
-        $__tool_directory__/tool-data/human_id_mapping_file.txt
+        --target_ids="$idto.idtypeout"
+        --output="$output"
+        --ref_file="$__tool_directory__/tool-data/human_id_mapping_file.txt"
         
     </command>
     <inputs>