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# User scisjnu123
# Date 1568357052 14400
# Node ID 0f8b3610ea4430d4107b3c772b13bc39c8841576
# Parent  050856988602658988d1e8760feec12f8638be81
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diff -r 050856988602 -r 0f8b3610ea44 picard/picard_SortSam.xml
--- a/picard/picard_SortSam.xml	Fri Sep 13 02:35:06 2019 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,64 +0,0 @@
-<tool id="picard_SortSam" name="SortSam" version="1.135">
-  <description>sort SAM/BAM dataset</description>
-  <macros>
-    <import>picard_macros.xml</import>
-  </macros>
-  <expand macro="requirements" />
-  <command>
-    @java_options@
-    java -jar \$JAVA_JAR_PATH/picard.jar
-    SortSam
-    INPUT="${inputFile}"
-    OUTPUT="${outFile}"
-    SORT_ORDER="${sort_order}"
-    QUIET=true
-    VERBOSITY=ERROR
-    VALIDATION_STRINGENCY=${validation_stringency}
-  </command>
-  
-  <inputs>
-    <param name="inputFile" type="data" format="sam,bam" label="Select SAM/BAM dataset or dataset collection" help="If empty, upload or import a SAM/BAM dataset"/>
-    <param name="sort_order" type="select" display="radio" label="Sort order" help="SORT_ORDER; default=coordinate">
-      <option value="coordinate" selected="True">Coordinate</option>
-      <option value="queryname">Queryname</option>
-      <option value="unsorted">Unsorted</option>
-    </param>
-    <expand macro="VS" />
-  </inputs>
-  
-  <outputs>
-    <data name="outFile" format="bam" label="${tool.name} on ${on_string}: BAM sorted in ${sort_order} order">
-    </data>
-  </outputs>
-  
-  <stdio>
-    <exit_code range="1:"  level="fatal"/>
-  </stdio>
-  
-  <tests>
-    <test>
-      <param name="inputFile" ftype="bam" value="picard_SortSam.bam" />
-      <param name="sort_order" value="queryname"/>
-      <output name="outFile" file="picard_SortSam_test1.bam" ftype="bam" lines_diff="2"/>
-    </test>
-  </tests>
-  
-  <help>
-
-.. class:: infomark
-
-**Purpose**
-
-Sorts the input SAM or BAM.
-
-@dataset_collections@
-
-@description@
-
-  SORT_ORDER=SortOrder
-  SO=SortOrder                  Sort order of output file  Required. Possible values: {unsorted, queryname, coordinate} 
- 
- @more_info@
-
-  </help>
-</tool>
diff -r 050856988602 -r 0f8b3610ea44 picard/picard_macros.xml
--- a/picard/picard_macros.xml	Fri Sep 13 02:35:06 2019 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,92 +0,0 @@
-<macros>
-    <xml name="VS">
-        <param name="validation_stringency" type="select" label="Select validation stringency" help=" Setting stringency to SILENT can improve performance when processing a BAM file in which variable-length data (read, qualities, tags) do not otherwise need to be decoded.">
-          <option value="LENIENT" selected="True">Lenient</option>
-          <option value="SILENT">Silent</option>
-          <option value="STRICT">Strict</option>
-        </param>
-    </xml>
-
-    <xml name="requirements">
-        <requirements>
-            <requirement type="package" version="1.135">picard</requirement>
-            <yield/>
-        </requirements>
-    </xml>
-
-    <token name="@java_options@">
-    _JAVA_OPTIONS=\${_JAVA_OPTIONS:-'-Xmx2048m -Xms256m'} &amp;&amp;
-    export _JAVA_OPTIONS &amp;&amp;
-    </token>
-    
-    <token name="@more_info@">
-------
-
-**Additional information**
-
-Additional information about Picard tools is available from Picard web site at http://broadinstitute.github.io/picard/.
-    </token>
-    
-
-    <token name="@description@">
-------
-
-**Inputs, outputs, and parameters**
-
-Either a SAM file or a BAM file must be supplied. Galaxy automatically coordinate-sorts all uploaded BAM files.
-
-From Picard documentation( http://broadinstitute.github.io/picard/)::
-
-    </token>
-    <token name="@RG@">
--------
-
-**Read Groups are Important!**
-
-Setting read groups correctly from the start will simplify your life greatly because you can merge multiple BAM files into one significantly reducing the number of analysis steps. Below we provide an explanation of read groups fields taken from GATK FAQ webpage:
-
-.. csv-table::
-   :header-rows: 1
-    
-    Tag,Importance,Definition,Meaning
-    "ID","Required","Read group identifier. Each @RG line must have a unique ID. The value of ID is used in the RG tags of alignment records. Must be unique among all read groups in header section. Read group IDs may be modified when merging SAM files in order to handle collisions.","Ideally, this should be a globally unique identify across all sequencing data in the world, such as the Illumina flowcell + lane name and number.  Will be referenced by each read with the RG:Z field, allowing tools to determine the read group information associated with each read, including the sample from which the read came.  Also, a read group is effectively treated as a separate run of the NGS instrument in tools like base quality score recalibration (a GATK component) -- all reads within a read group are assumed to come from the same instrument run and to therefore share the same error model."
-    "SM","Sample. Use pool name where a pool is being sequenced.","Required.  As important as ID.","The name of the sample sequenced in this read group.  GATK tools treat all read groups with the same SM value as containing sequencing data for the same sample.  Therefore it's critical that the SM field be correctly specified, especially when using multi-sample tools like the Unified Genotyper (a GATK component)."
-    "PL","Platform/technology used to produce the read. Valid values: ILLUMINA, SOLID, LS454, HELICOS and PACBIO.","Important.  Not currently used in the GATK, but was in the past, and may return.  The only way to known the sequencing technology used to generate the sequencing data","It's a good idea to use this field."
-    "LB","DNA preparation library identify","Essential for MarkDuplicates","MarkDuplicates uses the LB field to determine which read groups might contain molecular duplicates, in case the same DNA library was sequenced on multiple lanes."
-
-**Example of Read Group usage**
-
-Support we have a trio of samples: MOM, DAD, and KID.  Each has two DNA libraries prepared, one with 400 bp inserts and another with 200 bp inserts.  Each of these libraries is run on two lanes of an illumina hiseq, requiring 3 x 2 x 2 = 12 lanes of data.  When the data come off the sequencer, we would create 12 BAM files, with the following @RG fields in the header::
-
- Dad's data:
- @RG     ID:FLOWCELL1.LANE1      PL:illumina     LB:LIB-DAD-1 SM:DAD      PI:200
- @RG     ID:FLOWCELL1.LANE2      PL:illumina     LB:LIB-DAD-1 SM:DAD      PI:200
- @RG     ID:FLOWCELL1.LANE3      PL:illumina     LB:LIB-DAD-2 SM:DAD      PI:400
- @RG     ID:FLOWCELL1.LANE4      PL:illumina     LB:LIB-DAD-2 SM:DAD      PI:400
-  
- Mom's data:
- @RG     ID:FLOWCELL1.LANE5      PL:illumina     LB:LIB-MOM-1 SM:MOM      PI:200
- @RG     ID:FLOWCELL1.LANE6      PL:illumina     LB:LIB-MOM-1 SM:MOM      PI:200
- @RG     ID:FLOWCELL1.LANE7      PL:illumina     LB:LIB-MOM-2 SM:MOM      PI:400
- @RG     ID:FLOWCELL1.LANE8      PL:illumina     LB:LIB-MOM-2 SM:MOM      PI:400
- 
- Kid's data:
- @RG     ID:FLOWCELL2.LANE1      PL:illumina     LB:LIB-KID-1 SM:KID      PI:200
- @RG     ID:FLOWCELL2.LANE2      PL:illumina     LB:LIB-KID-1 SM:KID      PI:200
- @RG     ID:FLOWCELL2.LANE3      PL:illumina     LB:LIB-KID-2 SM:KID      PI:400
- @RG     ID:FLOWCELL2.LANE4      PL:illumina     LB:LIB-KID-2 SM:KID      PI:400
-
-Note the hierarchical relationship between read groups (unique for each lane) to libraries (sequenced on two lanes) and samples (across four lanes, two lanes for each library).
-    </token>
-    <token name="@dataset_collections@">
-------
-
-**Dataset collections - processing large numbers of datasets at once**
-
-This will be added shortly
-
-
-    </token>
-    
-
-</macros>
diff -r 050856988602 -r 0f8b3610ea44 picard/test-data/picard_ARRG.bam
Binary file picard/test-data/picard_ARRG.bam has changed
diff -r 050856988602 -r 0f8b3610ea44 picard/test-data/picard_ARRG_test1.bam
Binary file picard/test-data/picard_ARRG_test1.bam has changed
diff -r 050856988602 -r 0f8b3610ea44 picard/test-data/picard_AddCommentsToBam.bam
Binary file picard/test-data/picard_AddCommentsToBam.bam has changed
diff -r 050856988602 -r 0f8b3610ea44 picard/test-data/picard_AddCommentsToBam_test1.bam
Binary file picard/test-data/picard_AddCommentsToBam_test1.bam has changed
diff -r 050856988602 -r 0f8b3610ea44 picard/test-data/picard_BedToIntervalList.bed
--- a/picard/test-data/picard_BedToIntervalList.bed	Fri Sep 13 02:35:06 2019 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,8 +0,0 @@
-chrM	0	100
-chrM	20	500
-chrM	700	800
-chrM	1000	5000
-chrM	2000	2500
-chrM	6000	7000
-chrM	8000	8250
-chrM	10000	10010
diff -r 050856988602 -r 0f8b3610ea44 picard/test-data/picard_BedToIntervalList_ref.fa
--- a/picard/test-data/picard_BedToIntervalList_ref.fa	Fri Sep 13 02:35:06 2019 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,239 +0,0 @@
->chrM
-GATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGGTATTTTCGTCTGGGGG
-GTATGCACGCGATAGCATTGCGAGACGCTGGAGCCGGAGCACCCTATGTCGCAGTATCTGTCTTTGATTC
-CTGCCTCATCCTATTATTTATCGCACCTACGTTCAATATTACAGGCGAACATACTTACTAAAGTGTGTTA
-ATTAATTAATGCTTGTAGGACATAATAATAACAATTGAATGTCTGCACAGCCACTTTCCACACAGACATC
-ATAACAAAAAATTTCCACCAAACCCCCCCTCCCCCGCTTCTGGCCACAGCACTTAAACACATCTCTGCCA
-AACCCCAAAAACAAAGAACCCTAACACCAGCCTAACCAGATTTCAAATTTTATCTTTTGGCGGTATGCAC
-TTTTAACAGTCACCCCCCAACTAACACATTATTTTCCCCTCCCACTCCCATACTACTAATCTCATCAATA
-CAACCCCCGCCCATCCTACCCAGCACACACACACCGCTGCTAACCCCATACCCCGAACCAACCAAACCCC
-AAAGACACCCCCCACAGTTTATGTAGCTTACCTCCTCAAAGCAATACACTGAAAATGTTTAGACGGGCTC
-ACATCACCCCATAAACAAATAGGTTTGGTCCTAGCCTTTCTATTAGCTCTTAGTAAGATTACACATGCAA
-GCATCCCCGTTCCAGTGAGTTCACCCTCTAAATCACCACGATCAAAAGGAACAAGCATCAAGCACGCAGC
-AATGCAGCTCAAAACGCTTAGCCTAGCCACACCCCCACGGGAAACAGCAGTGATTAACCTTTAGCAATAA
-ACGAAAGTTTAACTAAGCTATACTAACCCCAGGGTTGGTCAATTTCGTGCCAGCCACCGCGGTCACACGA
-TTAACCCAAGTCAATAGAAGCCGGCGTAAAGAGTGTTTTAGATCACCCCCTCCCCAATAAAGCTAAAACT
-CACCTGAGTTGTAAAAAACTCCAGTTGACACAAAATAGACTACGAAAGTGGCTTTAACATATCTGAACAC
-ACAATAGCTAAGACCCAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAACCTCAACAGTTAAATC
-AACAAAACTGCTCGCCAGAACACTACGAGCCACAGCTTAAAACTCAAAGGACCTGGCGGTGCTTCATATC
-CCTCTAGAGGAGCCTGTTCTGTAATCGATAAACCCCGATCAACCTCACCACCTCTTGCTCAGCCTATATA
-CCGCCATCTTCAGCAAACCCTGATGAAGGCTACAAAGTAAGCGCAAGTACCCACGTAAAGACGTTAGGTC
-AAGGTGTAGCCCATGAGGTGGCAAGAAATGGGCTACATTTTCTACCCCAGAAAACTACGATAGCCCTTAT
-GAAACTTAAGGGTCGAAGGTGGATTTAGCAGTAAACTAAGAGTAGAGTGCTTAGTTGAACAGGGCCCTGA
-AGCGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCCTCAAGTATACTTCAAAGGACATTTAACTAAAACCCCTACGCA
-TTTATATAGAGGAGACAAGTCGTAACATGGTAAGTGTACTGGAAAGTGCACTTGGACGAACCAGAGTGTA
-GCTTAACACAAAGCACCCAACTTACACTTAGGAGATTTCAACTTAACTTGACCGCTCTGAGCTAAACCTA
-GCCCCAAACCCACTCCACCTTACTACCAGACAACCTTAGCCAAACCATTTACCCAAATAAAGTATAGGCG
-ATAGAAATTGAAACCTGGCGCAATAGATATAGTACCGCAAGGGAAAGATGAAAAATTATAACCAAGCATA
-ATATAGCAAGGACTAACCCCTATACCTTCTGCATAATGAATTAACTAGAAATAACTTTGCAAGGAGAGCC
-AAAGCTAAGACCCCCGAAACCAGACGAGCTACCTAAGAACAGCTAAAAGAGCACACCCGTCTATGTAGCA
-AAATAGTGGGAAGATTTATAGGTAGAGGCGACAAACCTACCGAGCCTGGTGATAGCTGGTTGTCCAAGAT
-AGAATCTTAGTTCAACTTTAAATTTGCCCACAGAACCCTCTAAATCCCCTTGTAAATTTAACTGTTAGTC
-CAAAGAGGAACAGCTCTTTGGACACTAGGAAAAAACCTTGTAGAGAGAGTAAAAAATTTAACACCCATAG
-TAGGCCTAAAAGCAGCCACCAATTAAGAAAGCGTTCAAGCTCAACACCCACTACCTAAAAAATCCCAAAC
-ATATAACTGAACTCCTCACACCCAATTGGACCAATCTATCACCCTATAGAAGAACTAATGTTAGTATAAG
-TAACATGAAAACATTCTCCTCCGCATAAGCCTGCGTCAGATTAAAACACTGAACTGACAATTAACAGCCC
-AATATCTACAATCAACCAACAAGTCATTATTACCCTCACTGTCAACCCAACACAGGCATGCTCATAAGGA
-AAGGTTAAAAAAAGTAAAAGGAACTCGGCAAATCTTACCCCGCCTGTTTACCAAAAACATCACCTCTAGC
-ATCACCAGTATTAGAGGCACCGCCTGCCCAGTGACACATGTTTAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCAA
-AGGTAGCATAATCACTTGTTCCTTAAATAGGGACCTGTATGAATGGCTCCACGAGGGTTCAGCTGTCTCT
-TACTTTTAACCAGTGAAATTGACCTGCCCGTGAAGAGGCGGGCATAACACAGCAAGACGAGAAGACCCTA
-TGGAGCTTTAATTTATTAATGCAAACAGTACCTAACAAACCCACAGGTCCTAAACTACCAAACCTGCATT
-AAAAATTTCGGTTGGGGCGACCTCGGAGCAGAACCCAACCTCCGAGCAGTACATGCTAAGACTTCACCAG
-TCAAAGCGAACTACTATACTCAATTGATCCAATAACTTGACCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACA
-GCGCAATCCTATTCTAGAGTCCATATCAACAATAGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACATCCCG
-ATGGTGCAGCCGCTATTAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTCCTACGTGATCTGAGTTCAGACCGG
-AGTAATCCAGGTCGGTTTCTATCTACNTTCAAATTCCTCCCTGTACGAAAGGACAAGAGAAATAAGGCCT
-ACTTCACAAAGCGCCTTCCCCCGTAAATGATATCATCTCAACTTAGTATTATACCCACACCCACCCAAGA
-ACAGGGTTTGTTAAGATGGCAGAGCCCGGTAATCGCATAAAACTTAAAACTTTACAGTCAGAGGTTCAAT
-TCCTCTTCTTAACAACATACCCATGGCCAACCTCCTACTCCTCATTGTACCCATTCTAATCGCAATGGCA
-TTCCTAATGCTTACCGAACGAAAAATTCTAGGCTATATACAACTACGCAAAGGCCCCAACGTTGTAGGCC
-CCTACGGGCTACTACAACCCTTCGCTGACGCCATAAAACTCTTCACCAAAGAGCCCCTAAAACCCGCCAC
-ATCTACCATCACCCTCTACATCACCGCCCCGACCTTAGCTCTCACCATCGCTCTTCTACTATGAACCCCC
-CTCCCCATACCCAACCCCCTGGTCAACCTCAACCTAGGCCTCCTATTTATTCTAGCCACCTCTAGCCTAG
-CCGTTTACTCAATCCTCTGATCAGGGTGAGCATCAAACTCAAACTACGCCCTGATCGGCGCACTGCGAGC
-AGTAGCCCAAACAATCTCATATGAAGTCACCCTAGCCATCATTCTACTATCAACATTACTAATAAGTGGC
-TCCTTTAACCTCTCCACCCTTATCACAACACAAGAACACCTCTGATTACTCCTGCCATCATGACCCTTGG
-CCATAATATGATTTATCTCCACACTAGCAGAGACCAACCGAACCCCCTTCGACCTTGCCGAAGGGGAGTC
-CGAACTAGTCTCAGGCTTCAACATCGAATACGCCGCAGGCCCCTTCGCCCTATTCTTCATAGCCGAATAC
-ACAAACATTATTATAATAAACACCCTCACCACTACAATCTTCCTAGGAACAACATATGACGCACTCTCCC
-CTGAACTCTACACAACATATTTTGTCACCAAGACCCTACTTCTAACCTCCCTGTTCTTATGAATTCGAAC
-AGCATACCCCCGATTCCGCTACGACCAACTCATACACCTCCTATGAAAAAACTTCCTACCACTCACCCTA
-GCATTACTTATATGATATGTCTCCATACCCATTACAATCTCCAGCATTCCCCCTCAAACCTAAGAAATAT
-GTCTGATAAAAGAGTTACTTTGATAGAGTAAATAATAGGAGCTTAAACCCCCTTATTTCTAGGACTATGA
-GAATCGAACCCATCCCTGAGAATCCAAAATTCTCCGTGCCACCTATCACACCCCATCCTAAAGTAAGGTC
-AGCTAAATAAGCTATCGGGCCCATACCCCGAAAATGTTGGTTATACCCTTCCCGTACTAATTAATCCCCT
-GGCCCAACCCGTCATCTACTCTACCATCTTTGCAGGCACACTCATCACAGCGCTAAGCTCGCACTGATTT
-TTTACCTGAGTAGGCCTAGAAATAAACATGCTAGCTTTTATTCCAGTTCTAACCAAAAAAATAAACCCTC
-GTTCCACAGAAGCTGCCATCAAGTATTTCCTCACGCAAGCAACCGCATCCATAATCCTTCTAATAGCTAT
-CCTCTTCAACAATATACTCTCCGGACAATGAACCATAACCAATACTACCAATCAATACTCATCATTAATA
-ATCATAATAGCTATAGCAATAAAACTAGGAATAGCCCCCTTTCACTTCTGAGTCCCAGAGGTTACCCAAG
-GCACCCCTCTGACATCCGGCCTGCTTCTTCTCACATGACAAAAACTAGCCCCCATCTCAATCATATACCA
-AATCTCTCCCTCACTAAACGTAAGCCTTCTCCTCACTCTCTCAATCTTATCCATCATAGCAGGCAGTTGA
-GGTGGATTAAACCAAACCCAGCTACGCAAAATCTTAGCATACTCCTCAATTACCCACATAGGATGAATAA
-TAGCAGTTCTACCGTACAACCCTAACATAACCATTCTTAATTTAACTATTTATATTATCCTAACTACTAC
-CGCATTCCTACTACTCAACTTAAACTCCAGCACCACGACCCTACTACTATCTCGCACCTGAAACAAGCTA
-ACATGACTAACACCCTTAATTCCATCCACCCTCCTCTCCCTAGGAGGCCTGCCCCCGCTAACCGGCTTTT
-TGCCCAAATGGGCCATTATCGAAGAATTCACAAAAAACAATAGCCTCATCATCCCCACCATCATAGCCAC
-CATCACCCTCCTTAACCTCTACTTCTACCTACGCCTAATCTACTCCACCTCAATCACACTACTCCCCATA
-TCTAACAACGTAAAAATAAAATGACAGTTTGAACATACAAAACCCACCCCATTCCTCCCCACACTCATCG
-CCCTTACCACGCTACTCCTACCTATCTCCCCTTTTATACTAATAATCTTATAGAAATTTAGGTTAAATAC
-AGACCAAGAGCCTTCAAAGCCCTCAGTAAGTTGCAATACTTAATTTCTGTAACAGCTAAGGACTGCAAAA
-CCCCACTCTGCATCAACTGAACGCAAATCAGCCACTTTAATTAAGCTAAGCCCTTACTAGACCAATGGGA
-CTTAAACCCACAAACACTTAGTTAACAGCTAAGCACCCTAATCAACTGGCTTCAATCTACTTCTCCCGCC
-GCCGGGAAAAAAGGCGGGAGAAGCCCCGGCAGGTTTGAAGCTGCTTCTTCGAATTTGCAATTCAATATGA
-AAATCACCTCGGAGCTGGTAAAAAGAGGCCTAACCCCTGTCTTTAGATTTACAGTCCAATGCTTCACTCA
-GCCATTTTACCTCACCCCCACTGATGTTCGCCGACCGTTGACTATTCTCTACAAACCACAAAGACATTGG
-AACACTATACCTATTATTCGGCGCATGAGCTGGAGTCCTAGGCACAGCTCTAAGCCTCCTTATTCGAGCC
-GAGCTGGGCCAGCCAGGCAACCTTCTAGGTAACGACCACATCTACAACGTTATCGTCACAGCCCATGCAT
-TTGTAATAATCTTCTTCATAGTAATACCCATCATAATCGGAGGCTTTGGCAACTGACTAGTTCCCCTAAT
-AATCGGTGCCCCCGATATGGCGTTTCCCCGCATAAACAACATAAGCTTCTGACTCTTACCTCCCTCTCTC
-CTACTCCTGCTCGCATCTGCTATAGTGGAGGCCGGAGCAGGAACAGGTTGAACAGTCTACCCTCCCTTAG
-CAGGGAACTACTCCCACCCTGGAGCCTCCGTAGACCTAACCATCTTCTCCTTACACCTAGCAGGTGTCTC
-CTCTATCTTAGGGGCCATCAATTTCATCACAACAATTATCAATATAAAACCCCCTGCCATAACCCAATAC
-CAAACGCCCCTCTTCGTCTGATCCGTCCTAATCACAGCAGTCCTACTTCTCCTATCTCTCCCAGTCCTAG
-CTGCTGGCATCACTATACTACTAACAGACCGCAACCTCAACACCACCTTCTTCGACCCCGCCGGAGGAGG
-AGACCCCATTCTATACCAACACCTATTCTGATTTTTCGGTCACCCTGAAGTTTATATTCTTATCCTACCA
-GGCTTCGGAATAATCTCCCATATTGTAACTTACTACTCCGGAAAAAAAGAACCATTTGGATACATAGGTA
-TGGTCTGAGCTATGATATCAATTGGCTTCCTAGGGTTTATCGTGTGAGCACACCATATATTTACAGTAGG
-AATAGACGTAGACACACGAGCATATTTCACCTCCGCTACCATAATCATCGCTATCCCCACCGGCGTCAAA
-GTATTTAGCTGACTCGCCACACTCCACGGAAGCAATATGAAATGATCTGCTGCAGTGCTCTGAGCCCTAG
-GATTCATCTTTCTTTTCACCGTAGGTGGCCTGACTGGCATTGTATTAGCAAACTCATCACTAGACATCGT
-ACTACACGACACGTACTACGTTGTAGCCCACTTCCACTATGTCCTATCAATAGGAGCTGTATTTGCCATC
-ATAGGAGGCTTCATTCACTGATTTCCCCTATTCTCAGGCTACACCCTAGACCAAACCTACGCCAAAATCC
-ATTTCACTATCATATTCATCGGCGTAAATCTAACTTTCTTCCCACAACACTTTCTCGGCCTATCCGGAAT
-GCCCCGACGTTACTCGGACTACCCCGATGCATACACCACATGAAACATCCTATCATCTGTAGGCTCATTC
-ATTTCTCTAACAGCAGTAATATTAATAATTTTCATGATTTGAGAAGCCTTCGCTTCGAAGCGAAAAGTCC
-TAATAGTAGAAGAACCCTCCATAAACCTGGAGTGACTATATGGATGCCCCCCACCCTACCACACATTCGA
-AGAACCCGTATACATAAAATCTAGACAAAAAAGGAAGGAATCGAACCCCCCAAAGCTGGTTTCAAGCCAA
-CCCCATGGCCTCCATGACTTTTTCAAAAAGGTATTAGAAAAACCATTTCATAACTTTGTCAAAGTTAAAT
-TATAGGCTAAATCCTATATATCTTAATGGCACATGCAGCGCAAGTAGGTCTACAAGACGCTACTTCCCCT
-ATCATAGAAGAGCTTATCACCTTTCATGATCACGCCCTCATAATCATTTTCCTTATCTGCTTCCTAGTCC
-TGTATGCCCTTTTCCTAACACTCACAACAAAACTAACTAATACTAACATCTCAGACGCTCAGGAAATAGA
-AACCGTCTGAACTATCCTGCCCGCCATCATCCTAGTCCTCATCGCCCTCCCATCCCTACGCATCCTTTAC
-ATAACAGACGAGGTCAACGATCCCTCCCTTACCATCAAATCAATTGGCCACCAATGGTACTGAACCTACG
-AGTACACCGACTACGGCGGACTAATCTTCAACTCCTACATACTTCCCCCATTATTCCTAGAACCAGGCGA
-CCTGCGACTCCTTGACGTTGACAATCGAGTAGTACTCCCGATTGAAGCCCCCATTCGTATAATAATTACA
-TCACAAGACGTCTTGCACTCATGAGCTGTCCCCACATTAGGCTTAAAAACAGATGCAATTCCCGGACGTC
-TAAACCAAACCACTTTCACCGCTACACGACCGGGGGTATACTACGGTCAATGCTCTGAAATCTGTGGAGC
-AAACCACAGTTTCATGCCCATCGTCCTAGAATTAATTCCCCTAAAAATCTTTGAAATAGGGCCCGTATTT
-ACCCTATAGCACCCCCTCTACCCCCTCTAGAGCCCACTGTAAAGCTAACTTAGCATTAACCTTTTAAGTT
-AAAGATTAAGAGAACCAACACCTCTTTACAGTGAAATGCCCCAACTAAATACTACCGTATGGCCCACCAT
-AATTACCCCCATACTCCTTACACTATTCCTCATCACCCAACTAAAAATATTAAACACAAACTACCACCTA
-CCTCCCTCACCAAAGCCCATAAAAATAAAAAATTATAACAAACCCTGAGAACCAAAATGAACGAAAATCT
-GTTCGCTTCATTCATTGCCCCCACAATCCTAGGCCTACCCGCCGCAGTACTGATCATTCTATTTCCCCCT
-CTATTGATCCCCACCTCCAAATATCTCATCAACAACCGACTAATCACCACCCAACAATGACTAATCAAAC
-TAACCTCAAAACAAATGATAACCATACACAACACTAAAGGACGAACCTGATCTCTTATACTAGTATCCTT
-AATCATTTTTATTGCCACAACTAACCTCCTCGGACTCCTGCCTCACTCATTTACACCAACCACCCAACTA
-TCTATAAACCTAGCCATGGCCATCCCCTTATGAGCGGGCACAGTGATTATAGGCTTTCGCTCTAAGATTA
-AAAATGCCCTAGCCCACTTCTTACCACAAGGCACACCTACACCCCTTATCCCCATACTAGTTATTATCGA
-AACCATCAGCCTACTCATTCAACCAATAGCCCTGGCCGTACGCCTAACCGCTAACATTACTGCAGGCCAC
-CTACTCATGCACCTAATTGGAAGCGCCACCCTAGCAATATCAACCATTAACCTTCCCTCTACACTTATCA
-TCTTCACAATTCTAATTCTACTGACTATCCTAGAAATCGCTGTCGCCTTAATCCAAGCCTACGTTTTCAC
-ACTTCTAGTAAGCCTCTACCTGCACGACAACACATAATGACCCACCAATCACATGCCTATCATATAGTAA
-AACCCAGCCCATGACCCCTAACAGGGGCCCTCTCAGCCCTCCTAATGACCTCCGGCCTAGCCATGTGATT
-TCACTTCCACTCCATAACGCTCCTCATACTAGGCCTACTAACCAACACACTAACCATATACCAATGATGG
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-
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@@ -1,101 +0,0 @@
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-Maximum output of [100] errors reached.
diff -r 050856988602 -r 0f8b3610ea44 picard/tool-data/picard_index.loc.sample
--- a/picard/tool-data/picard_index.loc.sample	Fri Sep 13 02:35:06 2019 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,26 +0,0 @@
-#This is a sample file distributed with Galaxy that enables tools
-#to use a directory of Picard dict and associated files. You will need
-#to create these data files and then create a picard_index.loc file 
-#similar to this one (store it in this directory) that points to 
-#the directories in which those files are stored. The picard_index.loc 
-#file has this format (longer white space is the TAB character):
-#
-#<unique_build_id>		<dbkey>		<display_name>		<fasta_file_path>
-#
-#So, for example, if you had hg18 indexed and stored in 
-#/depot/data2/galaxy/srma/hg18/, 
-#then the srma_index.loc entry would look like this:
-#
-#hg18	hg18	hg18 Pretty		/depot/data2/galaxy/picard/hg18/hg18.fa
-#
-#and your /depot/data2/galaxy/srma/hg18/ directory
-#would contain the following three files:
-#hg18.fa
-#hg18.dict
-#hg18.fa.fai
-#
-#The dictionary file for each reference (ex. hg18.dict) must be 
-#created via Picard (http://picard.sourceforge.net). Note that
-#the dict file does not have the .fa extension although the
-#path list in the loc file does include it.
-#
diff -r 050856988602 -r 0f8b3610ea44 picard/tool_dependencies.xml
--- a/picard/tool_dependencies.xml	Fri Sep 13 02:35:06 2019 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,9 +0,0 @@
-<?xml version="1.0"?>
-<tool_dependency>
-    <package name="picard" version="1.135">
-        <repository changeset_revision="865a9088fa2e" name="package_picard_1_135" owner="avowinkel" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu" />
-    </package>
-    <package name="R" version="3.1.2">
-        <repository changeset_revision="6e0eee4ea4e1" name="package_r_3_1_2" owner="iuc" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu" />
-    </package>
-</tool_dependency>