|
0
|
1 """
|
|
|
2 """
|
|
|
3
|
|
|
4 __author__ = 'mkh'
|
|
|
5
|
|
|
6 if __name__ == '__main__':
|
|
|
7 import argparse
|
|
|
8 import os
|
|
|
9 from shutil import copyfile
|
|
|
10 import sys
|
|
|
11
|
|
|
12 parser = argparse.ArgumentParser(description='Fake IPS.')
|
|
|
13
|
|
|
14 parser.add_argument('-dp', action='store_true')
|
|
|
15 parser.add_argument('--input')
|
|
|
16 parser.add_argument('--seqtype', default='p')
|
|
|
17 parser.add_argument('-f', dest='formats', default='tsv')
|
|
|
18 parser.add_argument('--applications')
|
|
|
19 parser.add_argument('--tempdir')
|
|
|
20 parser.add_argument('--pathways', action='store_true')
|
|
|
21 parser.add_argument('--goterms', action='store_true')
|
|
|
22 parser.add_argument('--iprlookup', action='store_true')
|
|
|
23 parser.add_argument('--mode')
|
|
|
24 parser.add_argument('--clusterrunid')
|
|
|
25 parser.add_argument('--output-file-base', dest='output_file_base')
|
|
|
26 parser.add_argument('-o', dest='output_file', default="/tmp/junk")
|
|
|
27
|
|
|
28 args = parser.parse_args()
|
|
|
29 formats = args.formats.split(',')
|
|
|
30 src_data_dir = os.path.dirname(__file__) + '/data-' + args.seqtype
|
|
|
31
|
|
|
32 for ext in formats:
|
|
|
33 if ext in ['html', 'svg']:
|
|
|
34 ext += '.tar.gz'
|
|
|
35 copyfile(src_data_dir + '/' + '__base__' + '.' + ext, args.output_file_base + '.' + ext)
|
