# HG changeset patch # User tduigou # Date 1639059708 0 # Node ID f0a06f526c7fa61c816b8a6d79b3425130737995 "planemo upload commit 2f1af427fa4c4f2aad53ab94c4cdb51456c66019-dirty" diff -r 000000000000 -r f0a06f526c7f sbml2sbol.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/sbml2sbol.xml Thu Dec 09 14:21:48 2021 +0000 @@ -0,0 +1,83 @@ + + Convert sbml to sbol format + + sbml2sbol + + + + +
+ + + + + +
+
+ + + + + + + + + + + `_ + +Version +---------- +0.1.12 + +License +------- + +* `MIT `_ + + ]]> +
\ No newline at end of file diff -r 000000000000 -r f0a06f526c7f test-data/lycopene.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/lycopene.xml Thu Dec 09 14:21:48 2021 +0000 @@ -0,0 +1,625 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + diff -r 000000000000 -r f0a06f526c7f test-data/sbol_lycopene_output.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/sbol_lycopene_output.xml Thu Dec 09 14:21:48 2021 +0000 @@ -0,0 +1,1518 @@ + + + + P21687_30000_rbs + + + + 1 + + + P21687_10000_gene + + + + + 1 + + + + + rxn_3_5_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + P21687_10000_rbs_0 + + + 1 + + + + + + + P21687_10000_cds_0 + + + 1 + + + + + + + rxn_3_3_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + P21687_10000_cds + + + + 1 + + + P21687_10000_rbs + + + + 1 + + + P21685_30000_gene + + + + + 1 + + + + + rxn_3_5_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + P21685_30000_rbs_0 + + + 1 + + + + + + + P21685_30000_cds_0 + + + 1 + + + + + + + rxn_3_3_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + P21685_20000_gene + + + + + 1 + + + + + rxn_3_5_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + P21685_20000_rbs_0 + + + 1 + + + + + + + P21685_20000_cds_0 + + + 1 + + + + + + + rxn_3_3_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + P21685_20000_rbs + + + + 1 + + + P21685_10000_gene + + + + + 1 + + + + + rxn_3_5_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + P21685_10000_rbs_0 + + + 1 + + + + + + + P21685_10000_cds_0 + + + 1 + + + + + + + rxn_3_3_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + P21685_10000_cds + + + + 1 + + + P21684_20000_gene + + + + + + 1 + + + + + rxn_1_5_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + P21684_20000_rbs_0 + + + 1 + + + + + + + P21684_20000_cds_0 + + + 1 + + + + + + + rxn_1_3_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + rxn_2_5_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + P21684_20000_rbs_1 + + + 1 + + + + + + + P21684_20000_cds_1 + + + 1 + + + + + + + rxn_2_3_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + P21684_30000_gene + + + + + + 1 + + + + + rxn_1_5_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + P21684_30000_rbs_0 + + + 1 + + + + + + + P21684_30000_cds_0 + + + 1 + + + + + + + rxn_1_3_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + rxn_2_5_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + P21684_30000_rbs_1 + + + 1 + + + + + + + P21684_30000_cds_1 + + + 1 + + + + + + + rxn_2_3_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + P21683_30000_rbs + + + + 1 + + + P21685_30000_cds + + + + 1 + + + P21684_20000_cds + + + + 1 + + + rxn_1_5_prime_assembly + + + + 1 + + + P21687_20000_cds + + + + 1 + + + P21687_20000_rbs + + + + 1 + + + rxn_2_3_prime_assembly + + + + 1 + + + P21685_20000_cds + + + + 1 + + + P21684_10000_cds + + + + 1 + + + P21684_20000_rbs + + + + 1 + + + rxn_1_3_prime_assembly + + + + 1 + + + P21684_10000_rbs + + + + 1 + + + P21687_30000_gene + + + + + 1 + + + + + rxn_3_5_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + P21687_30000_rbs_0 + + + 1 + + + + + + + P21687_30000_cds_0 + + + 1 + + + + + + + rxn_3_3_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + P21687_20000_gene + + + + + 1 + + + + + rxn_3_5_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + P21687_20000_rbs_0 + + + 1 + + + + + + + P21687_20000_cds_0 + + + 1 + + + + + + + rxn_3_3_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + P21685_10000_rbs + + + + 1 + + + P21683_20000_rbs + + + + 1 + + + P21684_10000_gene + + + + + + 1 + + + + + rxn_1_5_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + P21684_10000_rbs_0 + + + 1 + + + + + + + P21684_10000_cds_0 + + + 1 + + + + + + + rxn_1_3_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + rxn_2_5_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + P21684_10000_rbs_1 + + + 1 + + + + + + + P21684_10000_cds_1 + + + 1 + + + + + + + rxn_2_3_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + P21684_30000_cds + + + + 1 + + + rxn_2_5_prime_assembly + + + + 1 + + + P21685_30000_rbs + + + + 1 + + + P21683_10000_rbs + + + + 1 + + + rxn_3_3_prime_assembly + + + + 1 + + + P21683_10000_cds + + + + 1 + + + P21683_10000_gene + + + + + + + 1 + + + + + rxn_1_5_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_10000_rbs_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_10000_cds_0 + + + 1 + + + + + + + rxn_1_3_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + rxn_2_5_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_10000_rbs_1 + + + 1 + + + + + + + P21683_10000_cds_1 + + + 1 + + + + + + + rxn_2_3_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + rxn_3_5_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_10000_rbs_2 + + + 1 + + + + + + + P21683_10000_cds_2 + + + 1 + + + + + + + rxn_3_3_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + P21687_30000_cds + + + + 1 + + + P21684_30000_rbs + + + + 1 + + + P21683_30000_cds + + + + 1 + + + rxn_3_5_prime_assembly + + + + 1 + + + P21683_20000_cds + + + + 1 + + + P21683_20000_gene + + + + + + + 1 + + + + + rxn_1_5_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_20000_rbs_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_20000_cds_0 + + + 1 + + + + + + + rxn_1_3_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + rxn_2_5_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_20000_rbs_1 + + + 1 + + + + + + + P21683_20000_cds_1 + + + 1 + + + + + + + rxn_2_3_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + rxn_3_5_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_20000_rbs_2 + + + 1 + + + + + + + P21683_20000_cds_2 + + + 1 + + + + + + + rxn_3_3_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + + + P21683_30000_gene + + + + + + + 1 + + + + + rxn_1_5_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_30000_rbs_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_30000_cds_0 + + + 1 + + + + + + + rxn_1_3_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + rxn_2_5_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_30000_rbs_1 + + + 1 + + + + + + + P21683_30000_cds_1 + + + 1 + + + + + + + rxn_2_3_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + rxn_3_5_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + + + P21683_30000_rbs_2 + + + 1 + + + + + + + P21683_30000_cds_2 + + + 1 + + + + + + + rxn_3_3_prime_assembly_0 + + + 1 + + + + + constraint_0 + + + + + 1 + + + + + constraint_1 + + + + + 1 + + + + + constraint_2 + + + + + 1 + + + +