# HG changeset patch
# User testtool
# Date 1492176308 14400
# Node ID 59a5237b72a3c8f4a3d9afd57b1a0862519cac9e
# Parent 2c799524e1d3b6d044d6cd7c63611dbc25bbbbab
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diff -r 2c799524e1d3 -r 59a5237b72a3 GRsetFromGEO/.Rhistory
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/GRsetFromGEO/.Rhistory Fri Apr 14 09:25:08 2017 -0400
@@ -0,0 +1,7 @@
+require("minfi", quietly = TRUE)
+?require
+require("minfi", quietly = TRUE)
+minfi
+as.data.frame(GRset)
+GRset <- getGenomicRatioSetFromGEO(GSE)
+getGenomicRatioSetFromGEO
diff -r 2c799524e1d3 -r 59a5237b72a3 GRsetFromGEO/._.DS_Store
Binary file GRsetFromGEO/._.DS_Store has changed
diff -r 2c799524e1d3 -r 59a5237b72a3 GRsetFromGEO/GRsetFromGEO.R
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/GRsetFromGEO/GRsetFromGEO.R Fri Apr 14 09:25:08 2017 -0400
@@ -0,0 +1,9 @@
+require("minfi", quietly = TRUE)
+
+args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
+GSE = args[1]
+output = args[2]
+
+GRset <- getGenomicRatioSetFromGEO(GSE)
+
+save(GRset,output)
\ No newline at end of file
diff -r 2c799524e1d3 -r 59a5237b72a3 GRsetFromGEO/GRsetFromGEO.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/GRsetFromGEO/GRsetFromGEO.xml Fri Apr 14 09:25:08 2017 -0400
@@ -0,0 +1,38 @@
+
+
+Reading Illumina methylation array data from GEO
+
+
+ R
+
+
+
+
+ Rscript $__tool_directory__/GRsetFromGEO.R "$GSE" "$output"
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+**Reading Illumina methylation array data from GEO**
+
+
+DMR
+
+
diff -r 2c799524e1d3 -r 59a5237b72a3 GRsetFromGEO/test-data/GenomicRatioSet.Rdata
Binary file GRsetFromGEO/test-data/GenomicRatioSet.Rdata has changed
diff -r 2c799524e1d3 -r 59a5237b72a3 GRsetFromGEO/tool_dependencies.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/GRsetFromGEO/tool_dependencies.xml Fri Apr 14 09:25:08 2017 -0400
@@ -0,0 +1,274 @@
+
+
+
+
+
+
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/munsell/munsell_0.4.3.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/labeling/labeling_0.3.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/DO.db/DO.db_2.9.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/fgsea_1.1.2.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/GOSemSim_2.1.2.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/igraph/igraph_1.0.1.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/qvalue_2.7.0.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/reshape2/reshape2_1.4.2.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/scales/scales_0.4.1.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/biomaRt_2.31.3.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/gtable/gtable_0.2.0.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/tibble/tibble_1.2.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/lazyeval/lazyeval_0.2.0.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/gdata/gdata_2.17.0.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/caTools/caTools_1.17.1.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/assertthat/assertthat_0.1.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/R6/R6_2.2.0.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/BH/BH_1.62.0-1.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/gridExtra/gridExtra_2.2.1.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/DOSE_3.1.2.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/GenomeInfoDb_1.11.6.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/BiocGenerics_0.21.1.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/S4Vectors_0.13.5.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/IRanges_2.9.14.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/GenomicRanges_1.27.16.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/GenomicFeatures_1.27.4.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/ggplot2/ggplot2_2.2.0.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/gplots/gplots_3.0.1.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/gridBase/gridBase_0.4-7.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/gtools/gtools_3.5.0.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/plotrix/plotrix_3.6-3.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/dplyr/dplyr_0.5.0.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene/TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene_3.2.2.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/UpSetR/UpSetR_1.3.1.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/httpuv/httpuv_1.3.3.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/htmltools/htmltools_0.3.5.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/sourcetools/sourcetools_0.1.5.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/shiny/shiny_0.14.2.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/jsonlite/jsonlite_1.1.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/mime/mime_0.5.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/curl/curl_2.3.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/openssl/openssl_0.9.5.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/interactiveDisplayBase_1.13.0.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/httr/httr_1.2.1.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/yaml/yaml_2.1.14.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/AnnotationHub_2.7.8.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/ade4/ade4_1.7-4.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/segmented/segmented_0.5-1.4.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/VennDiagram/VennDiagram_1.6.17.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/BSgenome_1.43.1.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/matrixStats/matrixStats_0.51.0.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/limma_3.31.6.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/multtest_2.31.0.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/RBGL_1.51.0.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/graph_1.53.0.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/regioneR_1.7.0.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/ProtGenerics_1.7.0.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/ensembldb_1.99.7.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/seqinr/seqinr_3.3-3.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/idr/idr_1.2.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/ChIPpeakAnno_3.9.3.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/locfit/locfit_1.5-9.1.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/doRNG/doRNG_1.6.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/base64/base64_2.0.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/beanplot/beanplot_1.2.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/nor1mix/nor1mix_1.2-2.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/siggenes_1.49.0.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/preprocessCore_1.37.0.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/illuminaio_0.17.0.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/mclust/mclust_5.2.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/genefilter_1.57.0.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/reshape/reshape_0.8.6.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/quadprog/quadprog_1.5-5.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/GEOquery_2.41.0.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/Biobase_2.35.0.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/org.Hs.eg.db/org.Hs.eg.db_3.4.0.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/data.table/data.table_1.10.0.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/GO.db/GO.db_3.4.0.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/NMF/NMF_0.20.6.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/colorspace/colorspace_1.3-1.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/dichromat/dichromat_2.0-0.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/fastmatch/fastmatch_1.0-4.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/irlba/irlba_2.1.2.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/pkgmaker/pkgmaker_0.22.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/registry/registry_0.3.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/rngtools/rngtools_1.2.4.tar.gz
+
+
+ https://depot.galaxyproject.org/software/FDb.InfiniumMethylation.hg19/FDb.InfiniumMethylation.hg19_2.2.0.tar.gz
+
+
+ https://bioarchive.galaxyproject.org/minfi_1.20.0.tar.gz
+
+
+
+
\ No newline at end of file
diff -r 2c799524e1d3 -r 59a5237b72a3 findDMR/.Rhistory
--- a/findDMR/.Rhistory Fri Apr 14 06:44:35 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,3 +0,0 @@
-clusterSize=2
-class(clusterSize)
-type(clusterSize)
diff -r 2c799524e1d3 -r 59a5237b72a3 findDMR/._.DS_Store
Binary file findDMR/._.DS_Store has changed
diff -r 2c799524e1d3 -r 59a5237b72a3 findDMR/findDMR.R
--- a/findDMR/findDMR.R Fri Apr 14 06:44:35 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,45 +0,0 @@
-require("minfi", quietly = TRUE)
-require("ChIPseeker", quietly = TRUE)
-require("ChIPpeakAnno", quietly = TRUE)
-require("data.table", quietly = TRUE)
-
-
-args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
-GSMTable = args[1]
-platform = args[2]
-Data_Table = args[3]
-cutoff = as.numeric(args[4])
-clusterSize = as.numeric(args[5])
-DMR = args[6]
-
-TAB = fread(GSMTable)
-
-IlmnInfo = fread(platform)
-
-gmSet = fread(Data_Table)
-
-# bumphunter Run with processed data
-designMatrix <- model.matrix( ~ TAB$Phenotype)
-
-bumps <- bumphunter(
- as.matrix(gmSet),
- design = designMatrix,
- pos = IlmnInfo$BP,
- cutoff = cutoff,
- chr = IlmnInfo$CHR
-)
-
-# choose DMR's of a certain length threshold
-DMRTable <- bumps$table[which(bumps$table$L >= clusterSize), ]
-DMRInfo <- data.table(DMRTable$chr, DMRTable$start, DMRTable$end)
-
-
-
-write.table(
- DMRInfo,
- DMR,
- quote = F,
- sep = "\t",
- row.names = F,
- col.names = F
-)
diff -r 2c799524e1d3 -r 59a5237b72a3 findDMR/findDMR.xml
--- a/findDMR/findDMR.xml Fri Apr 14 06:44:35 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,56 +0,0 @@
-
-
-from series of samples
-
-
- R
-
-
-
-
- Rscript $__tool_directory__/findDMR.R "$GSMTable" "$platform" "$Data_Table" "$cutoff" "$clusterSize" "$DMR"
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-**Description**
-
-
-DMR
-
-
diff -r 2c799524e1d3 -r 59a5237b72a3 findDMR/test-data/._.DS_Store
Binary file findDMR/test-data/._.DS_Store has changed
diff -r 2c799524e1d3 -r 59a5237b72a3 findDMR/test-data/._input.csv
Binary file findDMR/test-data/._input.csv has changed
diff -r 2c799524e1d3 -r 59a5237b72a3 findDMR/test-data/DMR.bed
--- a/findDMR/test-data/DMR.bed Fri Apr 14 06:44:35 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,9881 +0,0 @@
-chrX 106959609 106960186
-chr1 54203844 54204501
-chr5 112073385 112073454
-chr18 56338460 56338659
-chr6 29943460 29944045
-chr11 64405452 64405993
-chr4 1363998 1364344
-chr16 78079753 78080193
-chr3 38070886 38071301
-chr2 175351922 175352168
-chr4 1806633 1807332
-chr6 28793329 28793608
-chr4 1205447 1206004
-chr3 113775302 113775388
-chr16 3085934 3086940
-chr2 27485967 27486122
-chr1 2918058 2918526
-chr17 422325 422568
-chr5 141031071 141031094
-chr6 17987573 17987659
-chr17 2952307 2952767
-chr19 16653151 16653581
-chr3 193921489 193922037
-chr2 70418309 70418827
-chr16 1095625 1096754
-chr11 2161355 2161411
-chr12 51664503 51664607
-chr16 1705991 1706153
-chr14 23067033 23067188
-chr3 173113110 173113519
-chr7 50444039 50444317
-chr3 100053070 100053140
-chr17 6918792 6918952
-chr2 175350573 175351649
-chr6 33216768 33217142
-chr16 85646762 85646832
-chr16 11439254 11439785
-chr2 201981786 201981873
-chr10 128993810 128994432
-chr7 116593215 116593288
-chr16 29873565 29874506
-chr22 40742327 40742374
-chr21 46031707 46032038
-chr6 31940192 31940302
-chr2 128784344 128784923
-chr19 45927001 45927018
-chr16 24550834 24552079
-chr6 26284890 26285184
-chr22 47158324 47158521
-chr3 63850035 63850278
-chr16 672235 672882
-chr14 57274763 57275234
-chr16 3766844 3767679
-chr3 44036098 44036453
-chr15 32907294 32907402
-chr17 48637584 48637666
-chr5 137800779 137801033
-chr22 20004369 20004611
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-chr22 30162987 30162991
-chr17 78032296 78032492
-chr10 131927297 131927449
-chr19 1947674 1947912
-chr1 36106988 36107155
-chr9 101568927 101569648
-chr18 48346660 48346795
-chr1 211652228 211652741
-chr4 1294432 1294566
-chr1 12079449 12079505
-chr14 103740037 103740476
-chr12 108237572 108237937
-chr13 113097259 113097633
-chr18 63417557 63417735
-chr3 51976003 51976171
-chr12 123237034 123237126
-chr9 88555654 88555863
-chr3 53289290 53289728
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-chr12 8185029 8185344
-chr10 38146893 38147096
-chr11 62341426 62341521
-chr14 65239309 65239653
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-chr12 10364612 10365082
-chr3 48487981 48488082
-chr7 45614242 45614720
-chr2 208632784 208633283
-chr9 75136064 75136701
-chr12 12966076 12966271
-chr1 16563734 16563906
-chr16 2255332 2255883
-chr9 77642922 77643323
-chr14 56047764 56047916
-chr19 10138244 10138615
-chr17 73901016 73901339
-chr16 14397688 14397766
-chr16 30457360 30457524
-chr1 155243076 155243300
-chr16 32936895 32937009
-chr7 18067530 18067535
-chr11 1304252 1304348
-chr16 56677510 56677585
-chr20 2821434 2821485
-chr1 153914312 153914453
-chr16 2569925 2570212
-chr15 68870979 68871357
-chr17 7517617 7517649
-chr16 28608846 28609531
-chr7 2563136 2563622
-chr1 75139583 75139958
-chr7 44104935 44105118
-chr16 4852372 4852777
-chr6 101328458 101329304
-chr20 35504198 35504371
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-"1","sample type: melanoma cell line","Barngatan 2B","Lund","Sweden","Dept of Oncology","Lund University","Martin,,Lauss","22185","Raw intensities for methylated (M) and unmethylated (U) signal were extracted from Illumina’s GenomeStudio. Beta-values were calculated as M/(M+U). A total of 496 missing values (melanomas) were imputed using k-nearest neighbor imputation (k=10). For each sample we performed a peak-based correction of Illumina I and II chemical assays. For both assays we smoothed the beta values (Epanechnikov smoothing kernel) to estimate unmethylated and methylated peaks, respectively; and the unmethylated peak was moved to 0 and the methylated peak to 1 using linear scaling, with beta-values in between stretched accordingly. Beta-values below 0 were set back to 0 and values above 1 were set to 1.","485577","melanoma cell line","Genomic DNA was extracted from the biopsies using QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen). A total of 500 ng of DNA were used for bisulfite treatment, using the EZ DNA Methylation Kit (Zymo). We hybridized 200 ng in 4 μl to the Infinium Human Methylation450 BeadChip array.","GSM1247787","Bisulphite converted DNA was amplified, fragmented and hybridised to Illumina Infinium Human Methylation450 Beadchip using standard Illumina protocol","Cy5 and Cy3","Standard Illumina Protocol","May 17 2015","genomic DNA","Homo sapiens","GPL13534","Arrays were imaged using BeadArray Reader using standard recommended Illumina scanner setting","GSE51547","SKMEL3","Public on May 17 2015","Oct 22 2013","NONE","9606","genomic DNA from Sample SKMEL3","genomic"
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