Mercurial > repos > thondeboer > neat_genreads
view test-data/chrMT-PE-VCF-BAM-genMutModel.p @ 1:362e0b0f7024 draft
planemo upload commit e96b43f96afce6a7b7dfd4499933aad7d05c955e-dirty
| author | thondeboer |
|---|---|
| date | Tue, 15 May 2018 15:32:13 -0400 |
| parents | 6e75a84e9338 |
| children |
line wrap: on
line source
(dp0 S'HIGH_MUT_REGIONS' p1 (lp2 (S'chrMT' p3 I2000 I16000 F0.0010714285714285715 tp4 asS'COMMON_VARIANTS' p5 (lp6 (g3 I4077 S'T' p7 S'C' p8 F1e-05 tp9 a(g3 I4681 S'A' p10 S'G' p11 F1e-05 tp12 a(g3 I5712 S'C' p13 S'T' p14 F1e-05 tp15 a(g3 I6502 S'A' p16 S'G' p17 F1e-05 tp18 a(g3 I7424 S'C' p19 S'T' p20 F1e-05 tp21 a(g3 I7777 S'T' p22 S'C' p23 F1e-05 tp24 a(g3 I8470 S'C' p25 S'T' p26 F1e-05 tp27 a(g3 I8775 S'C' p28 S'T' p29 F1e-05 tp30 a(g3 I10749 S'A' p31 S'G' p32 F1e-05 tp33 a(g3 I11272 S'G' p34 S'A' p35 F1e-05 tp36 a(g3 I11742 S'C' p37 S'T' p38 F1e-05 tp39 a(g3 I13131 S'-' p40 S'T' p41 F1e-05 tp42 a(g3 I13272 S'A' p43 S'G' p44 F1e-05 tp45 a(g3 I13803 S'G' p46 S'A' p47 F1e-05 tp48 a(g3 I14066 S'C' p49 S'T' p50 F1e-05 tp51 asS'SNP_TRANS_FREQ' p52 (dp53 (S'A' p54 S'G' p55 tp56 F1.0 s(S'C' p57 g41 tp58 F1.0 s(g41 g57 tp59 F1.0 s(g55 g54 tp60 F1.0 ssS'SNP_FREQ' p61 F0.9333333333333333 sS'TRINUC_MUT_PROB' p62 (dp63 S'ACC' p64 F0.003883495145631068 sS'ATG' p65 F0.0 sS'AAG' p66 F0.0 sS'AAA' p67 F0.0 sS'ATC' p68 F0.0 sS'AAC' p69 F0.00202020202020202 sS'ATA' p70 F0.0027247956403269754 sS'AGG' p71 F0.005747126436781609 sS'CCT' p72 F0.0036900369003690036 sS'CTC' p73 F0.0 sS'AGC' p74 F0.0035460992907801418 sS'ACA' p75 F0.0 sS'AGA' p76 F0.0 sS'CAT' p77 F0.002403846153846154 sS'AAT' p78 F0.0 sS'ATT' p79 F0.0 sS'CTG' p80 F0.005555555555555556 sS'CTA' p81 F0.0 sS'ACT' p82 F0.0 sS'CAC' p83 F0.0 sS'ACG' p84 F0.0 sS'CAA' p85 F0.0 sS'AGT' p86 F0.0 sS'CCA' p87 F0.0 sS'CCG' p88 F0.0 sS'CCC' p89 F0.0 sS'TAT' p90 F0.0 sS'GGT' p91 F0.0 sS'TGT' p92 F0.0 sS'CGA' p93 F0.0 sS'CAG' p94 F0.005025125628140704 sS'CGC' p95 F0.0 sS'GAT' p96 F0.0 sS'CGG' p97 F0.0 sS'CTT' p98 F0.0 sS'TGC' p99 F0.0 sS'GGG' p100 F0.0 sS'TAG' p101 F0.0 sS'GGA' p102 F0.0 sS'TAA' p103 F0.0024154589371980675 sS'GGC' p104 F0.0 sS'TAC' p105 F0.0 sS'GAG' p106 F0.0 sS'TCG' p107 F0.0 sS'TTA' p108 F0.0 sS'TTT' p109 F0.0 sS'GAC' p110 F0.0 sS'CGT' p111 F0.0 sS'GAA' p112 F0.0 sS'TCA' p113 F0.0024096385542168677 sS'GCA' p114 F0.0 sS'GTA' p115 F0.0 sS'GCC' p116 F0.0036900369003690036 sS'GTC' p117 F0.0 sS'GCG' p118 F0.0 sS'GTG' p119 F0.0 sS'TTC' p120 F0.0 sS'GTT' p121 F0.0 sS'GCT' p122 F0.0 sS'TGA' p123 F0.0 sS'TTG' p124 F0.0 sS'TCC' p125 F0.0 sS'TGG' p126 F0.0 sS'TCT' p127 F0.0 ssS'TRINUC_TRANS_PROBS' p128 (dp129 (S'TTA' p130 S'TAA' p131 tp132 F0.0 s(S'TGA' p133 S'TCA' p134 tp135 F0.0 s(S'GAA' p136 S'GCA' p137 tp138 F0.0 s(S'ACG' p139 S'AGG' p140 tp141 F0.0 s(g133 S'TTA' p142 tp143 F0.0 s(S'AAG' p144 S'ATG' p145 tp146 F0.0 s(S'TCA' p147 S'TGA' p148 tp149 F0.0 s(S'GAC' p150 S'GCC' p151 tp152 F0.0 s(S'CTT' p153 S'CGT' p154 tp155 F0.0 s(S'GGC' p156 S'GTC' p157 tp158 F0.0 s(g136 S'GTA' p159 tp160 F0.0 s(S'AAT' p161 S'AGT' p162 tp163 F0.0 s(S'GCG' p164 S'GTG' p165 tp166 F0.0 s(S'TAA' p167 S'TCA' p168 tp169 F0.0 s(S'CCT' p170 S'CAT' p171 tp172 F0.0 s(S'GAG' p173 S'GCG' p174 tp175 F0.0 s(S'ATT' p176 S'AGT' p177 tp178 F0.0 s(S'CGT' p179 S'CTT' p180 tp181 F0.0 s(S'CAT' p182 S'CGT' p183 tp184 F1.0 s(g164 S'GAG' p185 tp186 F0.0 s(g136 S'GGA' p187 tp188 F0.0 s(g156 S'GAC' p189 tp190 F0.0 s(S'TTG' p191 S'TCG' p192 tp193 F0.0 s(S'ATA' p194 S'AGA' p195 tp196 F0.0 s(S'TGG' p197 S'TCG' p198 tp199 F0.0 s(S'GAT' p200 S'GCT' p201 tp202 F0.0 s(S'GGG' p203 S'GAG' p204 tp205 F0.0 s(S'AAA' p206 S'AGA' p207 tp208 F0.0 s(S'TCA' p209 S'TTA' p210 tp211 F1.0 s(S'ACC' p212 S'AGC' p213 tp214 F0.0 s(g164 S'GGG' p215 tp216 F0.0 s(S'AAC' p217 S'AGC' p218 tp219 F1.0 s(S'GTA' p220 S'GCA' p221 tp222 F0.0 s(S'ACA' p223 S'AGA' p224 tp225 F0.0 s(S'GCA' p226 S'GTA' p227 tp228 F0.0 s(S'CCG' p229 S'CGG' p230 tp231 F0.0 s(S'TAT' p232 S'TTT' p233 tp234 F0.0 s(S'AGC' p235 S'ACC' p236 tp237 F0.0 s(S'AGA' p238 S'ATA' p239 tp240 F0.0 s(S'CCA' p241 S'CGA' p242 tp243 F0.0 s(S'TGC' p244 S'TAC' p245 tp246 F0.0 s(g153 S'CCT' p247 tp248 F0.0 s(S'ACT' p249 S'AGT' p250 tp251 F0.0 s(S'AGG' p252 S'ACG' p253 tp254 F0.0 s(S'CAC' p255 S'CCC' p256 tp257 F0.0 s(S'TAC' p258 S'TCC' p259 tp260 F0.0 s(g238 S'AAA' p261 tp262 F0.0 s(S'CTG' p263 S'CCG' p264 tp265 F1.0 s(S'CAA' p266 S'CCA' p267 tp268 F0.0 s(g235 S'ATC' p269 tp270 F0.0 s(g266 S'CGA' p271 tp272 F0.0 s(S'AGT' p273 S'AAT' p274 tp275 F0.0 s(S'CAG' p276 S'CCG' p277 tp278 F0.0 s(g147 S'TAA' p279 tp280 F0.0 s(S'ATA' p281 S'ACA' p282 tp283 F1.0 s(S'TTC' p284 S'TCC' p285 tp286 F0.0 s(S'CTC' p287 S'CCC' p288 tp289 F0.0 s(g212 S'AAC' p290 tp291 F0.0 s(g252 S'ATG' p292 tp293 F0.0 s(S'ATC' p294 S'AGC' p295 tp296 F0.0 s(g200 S'GGT' p297 tp298 F0.0 s(S'CGA' p299 S'CCA' p300 tp301 F0.0 s(g139 S'ATG' p302 tp303 F0.0 s(S'TAA' p304 S'TGA' p305 tp306 F1.0 s(g273 S'ACT' p307 tp308 F0.0 s(S'GTC' p309 S'GCC' p310 tp311 F0.0 s(S'CGC' p312 S'CCC' p313 tp314 F0.0 s(S'CTA' p315 S'CAA' p316 tp317 F0.0 s(S'GTT' p318 S'GCT' p319 tp320 F0.0 s(g150 S'GGC' p321 tp322 F0.0 s(g176 S'AAT' p323 tp324 F0.0 s(S'TCC' p325 S'TAC' p326 tp327 F0.0 s(S'ACC' p328 S'ATC' p329 tp330 F1.0 s(g318 S'GAT' p331 tp332 F0.0 s(g318 S'GGT' p333 tp334 F0.0 s(g206 S'ACA' p335 tp336 F0.0 s(g232 S'TGT' p337 tp338 F0.0 s(S'AAC' p339 S'ATC' p340 tp341 F0.0 s(g223 S'ATA' p342 tp343 F0.0 s(g173 S'GGG' p344 tp345 F0.0 s(S'GTG' p346 S'GCG' p347 tp348 F0.0 s(g273 S'ATT' p349 tp350 F0.0 s(g258 S'TGC' p351 tp352 F0.0 s(S'TTT' p353 S'TAT' p354 tp355 F0.0 s(g241 S'CTA' p356 tp357 F0.0 s(S'ATG' p358 S'AGG' p359 tp360 F0.0 s(S'TAG' p361 S'TCG' p362 tp363 F0.0 s(g200 S'GTT' p364 tp365 F0.0 s(S'TGT' p366 S'TTT' p367 tp368 F0.0 s(g223 S'AAA' p369 tp370 F0.0 s(g249 S'ATT' p371 tp372 F0.0 s(g325 S'TGC' p373 tp374 F0.0 s(g206 S'ATA' p375 tp376 F0.0 s(g156 S'GCC' p377 tp378 F0.0 s(S'GCC' p379 S'GAC' p380 tp381 F0.0 s(g294 S'AAC' p382 tp383 F0.0 s(S'CAT' p384 S'CTT' p385 tp386 F0.0 s(g315 S'CCA' p387 tp388 F0.0 s(S'TCT' p389 S'TGT' p390 tp391 F0.0 s(S'GGA' p392 S'GCA' p393 tp394 F0.0 s(S'TCG' p395 S'TGG' p396 tp397 F0.0 s(g220 S'GAA' p398 tp399 F0.0 s(g276 S'CTG' p400 tp401 F0.0 s(g358 S'AAG' p402 tp403 F0.0 s(S'CCT' p404 S'CTT' p405 tp406 F1.0 s(g226 S'GGA' p407 tp408 F0.0 s(S'CCC' p409 S'CTC' p410 tp411 F0.0 s(g392 S'GAA' p412 tp413 F0.0 s(g150 S'GTC' p414 tp415 F0.0 s(g130 S'TCA' p416 tp417 F0.0 s(g353 S'TGT' p418 tp419 F0.0 s(g409 S'CGC' p420 tp421 F0.0 s(g294 S'ACC' p422 tp423 F0.0 s(S'GCT' p424 S'GGT' p425 tp426 F0.0 s(g361 S'TGG' p427 tp428 F0.0 s(g266 S'CTA' p429 tp430 F0.0 s(S'CTG' p431 S'CAG' p432 tp433 F0.0 s(g255 S'CTC' p434 tp435 F0.0 s(g173 S'GTG' p436 tp437 F0.0 s(S'GGT' p438 S'GCT' p439 tp440 F0.0 s(g244 S'TCC' p441 tp442 F0.0 s(g358 S'ACG' p443 tp444 F0.0 s(g229 S'CAG' p445 tp446 F0.0 s(g203 S'GTG' p447 tp448 F0.0 s(S'GCC' p449 S'GTC' p450 tp451 F1.0 s(g232 S'TCT' p452 tp453 F0.0 s(g389 S'TAT' p454 tp455 F0.0 s(g424 S'GTT' p456 tp457 F0.0 s(g238 S'ACA' p458 tp459 F0.0 s(g287 S'CAC' p460 tp461 F0.0 s(S'CGG' p462 S'CAG' p463 tp464 F0.0 s(g299 S'CTA' p465 tp466 F0.0 s(g346 S'GGG' p467 tp468 F0.0 s(g194 S'AAA' p469 tp470 F0.0 s(g244 S'TTC' p471 tp472 F0.0 s(g384 S'CCT' p473 tp474 F0.0 s(g312 S'CTC' p475 tp476 F0.0 s(g179 S'CAT' p477 tp478 F0.0 s(g133 S'TAA' p479 tp480 F0.0 s(g395 S'TAG' p481 tp482 F0.0 s(g309 S'GGC' p483 tp484 F0.0 s(g167 S'TTA' p485 tp486 F0.0 s(g144 S'AGG' p487 tp488 F0.0 s(g197 S'TTG' p489 tp490 F0.0 s(g366 S'TAT' p491 tp492 F0.0 s(g353 S'TCT' p493 tp494 F0.0 s(g389 S'TTT' p495 tp496 F0.0 s(g424 S'GAT' p497 tp498 F0.0 s(g241 S'CAA' p499 tp500 F0.0 s(g255 S'CGC' p501 tp502 F0.0 s(g395 S'TTG' p503 tp504 F0.0 s(g176 S'ACT' p505 tp506 F0.0 s(g153 S'CAT' p507 tp508 F0.0 s(g249 S'AAT' p509 tp510 F0.0 s(g179 S'CCT' p511 tp512 F0.0 s(S'AGC' p513 S'AAC' p514 tp515 F1.0 s(g191 S'TGG' p516 tp517 F0.0 s(g170 S'CGT' p518 tp519 F0.0 s(g309 S'GAC' p520 tp521 F0.0 s(S'CAG' p522 S'CGG' p523 tp524 F1.0 s(g325 S'TTC' p525 tp526 F0.0 s(g161 S'ACT' p527 tp528 F0.0 s(g130 S'TGA' p529 tp530 F0.0 s(g409 S'CAC' p531 tp532 F0.0 s(g220 S'GGA' p533 tp534 F0.0 s(g197 S'TAG' p535 tp536 F0.0 s(g361 S'TTG' p537 tp538 F0.0 s(S'AGG' p539 S'AAG' p540 tp541 F1.0 s(g284 S'TGC' p542 tp543 F0.0 s(g462 S'CCG' p544 tp545 F0.0 s(g346 S'GAG' p546 tp547 F0.0 s(g339 S'ACC' p548 tp549 F0.0 s(g431 S'CGG' p550 tp551 F0.0 s(g315 S'CGA' p552 tp553 F0.0 s(g392 S'GTA' p554 tp555 F0.0 s(g139 S'AAG' p556 tp557 F0.0 s(g438 S'GAT' p558 tp559 F0.0 s(g258 S'TTC' p560 tp561 F0.0 s(g191 S'TAG' p562 tp563 F0.0 s(g161 S'ATT' p564 tp565 F0.0 s(g379 S'GGC' p566 tp567 F0.0 s(g287 S'CGC' p568 tp569 F0.0 s(g462 S'CTG' p570 tp571 F0.0 s(g366 S'TCT' p572 tp573 F0.0 s(g144 S'ACG' p574 tp575 F0.0 s(g312 S'CAC' p576 tp577 F0.0 s(g438 S'GTT' p578 tp579 F0.0 s(g284 S'TAC' p580 tp581 F0.0 s(g203 S'GCG' p582 tp583 F0.0 s(g226 S'GAA' p584 tp585 F0.0 s(g229 S'CTG' p586 tp587 F0.0 s(g299 S'CAA' p588 tp589 F0.0 ssS'AVG_MUT_RATE' p590 F0.0009053597295992274 sS'INDEL_FREQ' p591 (dp592 I1 F1.0000000000000002 ss.