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tp526
F0.0
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S'ACG'
p527
tp528
F0.0
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S'CAC'
p529
tp530
F0.0
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S'GTT'
p531
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F0.0
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S'TAC'
p533
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S'GCG'
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S'CTG'
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S'CAA'
p541
tp542
F0.0
ss.