Mercurial > repos > thondeboer > neat_genreads
view test-data/chrMT-PE-VCF-BAM-BOOLEANS-genMutModel.p @ 7:fc1c7b6fb7b6 draft
planemo upload commit e96b43f96afce6a7b7dfd4499933aad7d05c955e-dirty
author | thondeboer |
---|---|
date | Tue, 15 May 2018 18:12:29 -0400 |
parents | 6e75a84e9338 |
children |
line wrap: on
line source
(dp0 S'SNP_TRANS_FREQ' p1 (dp2 (S'A' p3 S'G' p4 tp5 F1.0 s(S'C' p6 S'T' p7 tp8 F1.0 s(g7 g6 tp9 F1.0 s(g4 g3 tp10 F1.0 ssS'TRINUC_MUT_PROB' p11 (dp12 S'ACC' p13 F0.003883495145631068 sS'ATG' p14 F0.0 sS'AAG' p15 F0.0 sS'AAA' p16 F0.0 sS'ATC' p17 F0.0 sS'AAC' p18 F0.00202020202020202 sS'ATA' p19 F0.0027247956403269754 sS'AGG' p20 F0.005747126436781609 sS'CCT' p21 F0.0036900369003690036 sS'CTC' p22 F0.0 sS'AGC' p23 F0.0035460992907801418 sS'ACA' p24 F0.0 sS'AGA' p25 F0.0 sS'CAT' p26 F0.002403846153846154 sS'AAT' p27 F0.0 sS'ATT' p28 F0.0 sS'CTG' p29 F0.005555555555555556 sS'CTA' p30 F0.0 sS'ACT' p31 F0.0 sS'CAC' p32 F0.0 sS'ACG' p33 F0.0 sS'CAA' p34 F0.0 sS'AGT' p35 F0.0 sS'CCA' p36 F0.0 sS'CCG' p37 F0.0 sS'CCC' p38 F0.0 sS'TAT' p39 F0.0 sS'GGT' p40 F0.0 sS'TGT' p41 F0.0 sS'CGA' p42 F0.0 sS'CAG' p43 F0.005025125628140704 sS'CGC' p44 F0.0 sS'GAT' p45 F0.0 sS'CGG' p46 F0.0 sS'CTT' p47 F0.0 sS'TGC' p48 F0.0 sS'GGG' p49 F0.0 sS'TAG' p50 F0.0 sS'GGA' p51 F0.0 sS'TAA' p52 F0.0024154589371980675 sS'GGC' p53 F0.0 sS'TAC' p54 F0.0 sS'GAG' p55 F0.0 sS'TCG' p56 F0.0 sS'TTA' p57 F0.0 sS'TTT' p58 F0.0 sS'GAC' p59 F0.0 sS'CGT' p60 F0.0 sS'GAA' p61 F0.0 sS'TCA' p62 F0.0024096385542168677 sS'GCA' p63 F0.0 sS'GTA' p64 F0.0 sS'GCC' p65 F0.0036900369003690036 sS'GTC' p66 F0.0 sS'GCG' p67 F0.0 sS'GTG' p68 F0.0 sS'TTC' p69 F0.0 sS'GTT' p70 F0.0 sS'GCT' p71 F0.0 sS'TGA' p72 F0.0 sS'TTG' p73 F0.0 sS'TCC' p74 F0.0 sS'TGG' p75 F0.0 sS'TCT' p76 F0.0 ssS'AVG_MUT_RATE' p77 F0.0009053597295992274 sS'INDEL_FREQ' p78 (dp79 I1 F1.0000000000000002 ssS'SNP_FREQ' p80 F0.9333333333333333 sS'TRINUC_TRANS_PROBS' p81 (dp82 (S'TTA' p83 S'TAA' p84 tp85 F0.0 s(S'TGA' p86 S'TCA' p87 tp88 F0.0 s(S'GAA' p89 S'GCA' p90 tp91 F0.0 s(S'ACG' p92 S'AGG' p93 tp94 F0.0 s(g86 S'TTA' p95 tp96 F0.0 s(S'AAG' p97 S'ATG' p98 tp99 F0.0 s(S'TCA' p100 S'TGA' p101 tp102 F0.0 s(S'GAC' p103 S'GCC' p104 tp105 F0.0 s(S'CTT' p106 S'CGT' p107 tp108 F0.0 s(S'GGC' p109 S'GTC' p110 tp111 F0.0 s(g89 S'GTA' p112 tp113 F0.0 s(S'AAT' p114 S'AGT' p115 tp116 F0.0 s(S'GCG' p117 S'GTG' p118 tp119 F0.0 s(S'TAA' p120 S'TCA' p121 tp122 F0.0 s(S'CCT' p123 S'CAT' p124 tp125 F0.0 s(S'GAG' p126 S'GCG' p127 tp128 F0.0 s(S'ATT' p129 S'AGT' p130 tp131 F0.0 s(S'CGT' p132 S'CTT' p133 tp134 F0.0 s(S'CAT' p135 S'CGT' p136 tp137 F1.0 s(g117 S'GAG' p138 tp139 F0.0 s(g89 S'GGA' p140 tp141 F0.0 s(g109 S'GAC' p142 tp143 F0.0 s(S'TTG' p144 S'TCG' p145 tp146 F0.0 s(S'ATA' p147 S'AGA' p148 tp149 F0.0 s(S'TGG' p150 S'TCG' p151 tp152 F0.0 s(S'GAT' p153 S'GCT' p154 tp155 F0.0 s(S'GGG' p156 S'GAG' p157 tp158 F0.0 s(S'AAA' p159 S'AGA' p160 tp161 F0.0 s(S'TCA' p162 S'TTA' p163 tp164 F1.0 s(S'ACC' p165 S'AGC' p166 tp167 F0.0 s(g117 S'GGG' p168 tp169 F0.0 s(S'AAC' p170 S'AGC' p171 tp172 F1.0 s(S'GTA' p173 S'GCA' p174 tp175 F0.0 s(S'ACA' p176 S'AGA' p177 tp178 F0.0 s(S'GCA' p179 S'GTA' p180 tp181 F0.0 s(S'CCG' p182 S'CGG' p183 tp184 F0.0 s(S'TAT' p185 S'TTT' p186 tp187 F0.0 s(S'AGC' p188 S'ACC' p189 tp190 F0.0 s(S'AGA' p191 S'ATA' p192 tp193 F0.0 s(S'CCA' p194 S'CGA' p195 tp196 F0.0 s(S'TGC' p197 S'TAC' p198 tp199 F0.0 s(g106 S'CCT' p200 tp201 F0.0 s(S'ACT' p202 S'AGT' p203 tp204 F0.0 s(S'AGG' p205 S'ACG' p206 tp207 F0.0 s(S'CAC' p208 S'CCC' p209 tp210 F0.0 s(S'TAC' p211 S'TCC' p212 tp213 F0.0 s(g191 S'AAA' p214 tp215 F0.0 s(S'CTG' p216 S'CCG' p217 tp218 F1.0 s(S'CAA' p219 S'CCA' p220 tp221 F0.0 s(g188 S'ATC' p222 tp223 F0.0 s(g219 S'CGA' p224 tp225 F0.0 s(S'AGT' p226 S'AAT' p227 tp228 F0.0 s(S'CAG' p229 S'CCG' p230 tp231 F0.0 s(g100 S'TAA' p232 tp233 F0.0 s(S'ATA' p234 S'ACA' p235 tp236 F1.0 s(S'TTC' p237 S'TCC' p238 tp239 F0.0 s(S'CTC' p240 S'CCC' p241 tp242 F0.0 s(g165 S'AAC' p243 tp244 F0.0 s(g205 S'ATG' p245 tp246 F0.0 s(S'ATC' p247 S'AGC' p248 tp249 F0.0 s(g153 S'GGT' p250 tp251 F0.0 s(S'CGA' p252 S'CCA' p253 tp254 F0.0 s(g92 S'ATG' p255 tp256 F0.0 s(S'TAA' p257 S'TGA' p258 tp259 F1.0 s(g226 S'ACT' p260 tp261 F0.0 s(S'GTC' p262 S'GCC' p263 tp264 F0.0 s(S'CGC' p265 S'CCC' p266 tp267 F0.0 s(S'CTA' p268 S'CAA' p269 tp270 F0.0 s(S'GTT' p271 S'GCT' p272 tp273 F0.0 s(g103 S'GGC' p274 tp275 F0.0 s(g129 S'AAT' p276 tp277 F0.0 s(S'TCC' p278 S'TAC' p279 tp280 F0.0 s(S'ACC' p281 S'ATC' p282 tp283 F1.0 s(g271 S'GAT' p284 tp285 F0.0 s(g271 S'GGT' p286 tp287 F0.0 s(g159 S'ACA' p288 tp289 F0.0 s(g185 S'TGT' p290 tp291 F0.0 s(S'AAC' p292 S'ATC' p293 tp294 F0.0 s(g176 S'ATA' p295 tp296 F0.0 s(g126 S'GGG' p297 tp298 F0.0 s(S'GTG' p299 S'GCG' p300 tp301 F0.0 s(g226 S'ATT' p302 tp303 F0.0 s(g211 S'TGC' p304 tp305 F0.0 s(S'TTT' p306 S'TAT' p307 tp308 F0.0 s(g194 S'CTA' p309 tp310 F0.0 s(S'ATG' p311 S'AGG' p312 tp313 F0.0 s(S'TAG' p314 S'TCG' p315 tp316 F0.0 s(g153 S'GTT' p317 tp318 F0.0 s(S'TGT' p319 S'TTT' p320 tp321 F0.0 s(g176 S'AAA' p322 tp323 F0.0 s(g202 S'ATT' p324 tp325 F0.0 s(g278 S'TGC' p326 tp327 F0.0 s(g159 S'ATA' p328 tp329 F0.0 s(g109 S'GCC' p330 tp331 F0.0 s(S'GCC' p332 S'GAC' p333 tp334 F0.0 s(g247 S'AAC' p335 tp336 F0.0 s(S'CAT' p337 S'CTT' p338 tp339 F0.0 s(g268 S'CCA' p340 tp341 F0.0 s(S'TCT' p342 S'TGT' p343 tp344 F0.0 s(S'GGA' p345 S'GCA' p346 tp347 F0.0 s(S'TCG' p348 S'TGG' p349 tp350 F0.0 s(g173 S'GAA' p351 tp352 F0.0 s(g229 S'CTG' p353 tp354 F0.0 s(g311 S'AAG' p355 tp356 F0.0 s(S'CCT' p357 S'CTT' p358 tp359 F1.0 s(g179 S'GGA' p360 tp361 F0.0 s(S'CCC' p362 S'CTC' p363 tp364 F0.0 s(g345 S'GAA' p365 tp366 F0.0 s(g103 S'GTC' p367 tp368 F0.0 s(g83 S'TCA' p369 tp370 F0.0 s(g306 S'TGT' p371 tp372 F0.0 s(g362 S'CGC' p373 tp374 F0.0 s(g247 S'ACC' p375 tp376 F0.0 s(S'GCT' p377 S'GGT' p378 tp379 F0.0 s(g314 S'TGG' p380 tp381 F0.0 s(g219 S'CTA' p382 tp383 F0.0 s(S'CTG' p384 S'CAG' p385 tp386 F0.0 s(g208 S'CTC' p387 tp388 F0.0 s(g126 S'GTG' p389 tp390 F0.0 s(S'GGT' p391 S'GCT' p392 tp393 F0.0 s(g197 S'TCC' p394 tp395 F0.0 s(g311 S'ACG' p396 tp397 F0.0 s(g182 S'CAG' p398 tp399 F0.0 s(g156 S'GTG' p400 tp401 F0.0 s(S'GCC' p402 S'GTC' p403 tp404 F1.0 s(g185 S'TCT' p405 tp406 F0.0 s(g342 S'TAT' p407 tp408 F0.0 s(g377 S'GTT' p409 tp410 F0.0 s(g191 S'ACA' p411 tp412 F0.0 s(g240 S'CAC' p413 tp414 F0.0 s(S'CGG' p415 S'CAG' p416 tp417 F0.0 s(g252 S'CTA' p418 tp419 F0.0 s(g299 S'GGG' p420 tp421 F0.0 s(g147 S'AAA' p422 tp423 F0.0 s(g197 S'TTC' p424 tp425 F0.0 s(g337 S'CCT' p426 tp427 F0.0 s(g265 S'CTC' p428 tp429 F0.0 s(g132 S'CAT' p430 tp431 F0.0 s(g86 S'TAA' p432 tp433 F0.0 s(g348 S'TAG' p434 tp435 F0.0 s(g262 S'GGC' p436 tp437 F0.0 s(g120 S'TTA' p438 tp439 F0.0 s(g97 S'AGG' p440 tp441 F0.0 s(g150 S'TTG' p442 tp443 F0.0 s(g319 S'TAT' p444 tp445 F0.0 s(g306 S'TCT' p446 tp447 F0.0 s(g342 S'TTT' p448 tp449 F0.0 s(g377 S'GAT' p450 tp451 F0.0 s(g194 S'CAA' p452 tp453 F0.0 s(g208 S'CGC' p454 tp455 F0.0 s(g348 S'TTG' p456 tp457 F0.0 s(g129 S'ACT' p458 tp459 F0.0 s(g106 S'CAT' p460 tp461 F0.0 s(g202 S'AAT' p462 tp463 F0.0 s(g132 S'CCT' p464 tp465 F0.0 s(S'AGC' p466 S'AAC' p467 tp468 F1.0 s(g144 S'TGG' p469 tp470 F0.0 s(g123 S'CGT' p471 tp472 F0.0 s(g262 S'GAC' p473 tp474 F0.0 s(S'CAG' p475 S'CGG' p476 tp477 F1.0 s(g278 S'TTC' p478 tp479 F0.0 s(g114 S'ACT' p480 tp481 F0.0 s(g83 S'TGA' p482 tp483 F0.0 s(g362 S'CAC' p484 tp485 F0.0 s(g173 S'GGA' p486 tp487 F0.0 s(g150 S'TAG' p488 tp489 F0.0 s(g314 S'TTG' p490 tp491 F0.0 s(S'AGG' p492 S'AAG' p493 tp494 F1.0 s(g237 S'TGC' p495 tp496 F0.0 s(g415 S'CCG' p497 tp498 F0.0 s(g299 S'GAG' p499 tp500 F0.0 s(g292 S'ACC' p501 tp502 F0.0 s(g384 S'CGG' p503 tp504 F0.0 s(g268 S'CGA' p505 tp506 F0.0 s(g345 S'GTA' p507 tp508 F0.0 s(g92 S'AAG' p509 tp510 F0.0 s(g391 S'GAT' p511 tp512 F0.0 s(g211 S'TTC' p513 tp514 F0.0 s(g144 S'TAG' p515 tp516 F0.0 s(g114 S'ATT' p517 tp518 F0.0 s(g332 S'GGC' p519 tp520 F0.0 s(g240 S'CGC' p521 tp522 F0.0 s(g415 S'CTG' p523 tp524 F0.0 s(g319 S'TCT' p525 tp526 F0.0 s(g97 S'ACG' p527 tp528 F0.0 s(g265 S'CAC' p529 tp530 F0.0 s(g391 S'GTT' p531 tp532 F0.0 s(g237 S'TAC' p533 tp534 F0.0 s(g156 S'GCG' p535 tp536 F0.0 s(g179 S'GAA' p537 tp538 F0.0 s(g182 S'CTG' p539 tp540 F0.0 s(g252 S'CAA' p541 tp542 F0.0 ss.