Mercurial > repos > thondeboer > neat_genreads
view test-data/chrMT-PE-VCF-BAM-INCLUDELIST-genMutModel.p @ 7:fc1c7b6fb7b6 draft
planemo upload commit e96b43f96afce6a7b7dfd4499933aad7d05c955e-dirty
author | thondeboer |
---|---|
date | Tue, 15 May 2018 18:12:29 -0400 |
parents | 6e75a84e9338 |
children |
line wrap: on
line source
(dp0 S'HIGH_MUT_REGIONS' p1 (lp2 (S'chrMT' p3 I2000 I10000 F0.001 tp4 asS'COMMON_VARIANTS' p5 (lp6 (g3 I4077 S'T' p7 S'C' p8 F1e-05 tp9 a(g3 I4681 S'A' p10 S'G' p11 F1e-05 tp12 a(g3 I5712 S'C' p13 S'T' p14 F1e-05 tp15 a(g3 I6502 S'A' p16 S'G' p17 F1e-05 tp18 a(g3 I7424 S'C' p19 S'T' p20 F1e-05 tp21 a(g3 I7777 S'T' p22 S'C' p23 F1e-05 tp24 a(g3 I8470 S'C' p25 S'T' p26 F1e-05 tp27 a(g3 I8775 S'C' p28 S'T' p29 F1e-05 tp30 asS'SNP_TRANS_FREQ' p31 (dp32 (S'A' p33 S'G' p34 tp35 F1.0 s(S'C' p36 S'T' p37 tp38 F1.0 s(g37 g36 tp39 F1.0 ssS'SNP_FREQ' p40 F1.0 sS'TRINUC_MUT_PROB' p41 (dp42 S'ACC' p43 F0.007067137809187279 sS'ATG' p44 F0.0 sS'AAG' p45 F0.0 sS'AAA' p46 F0.0 sS'ATC' p47 F0.0 sS'AAC' p48 F0.0 sS'ATA' p49 F0.005050505050505051 sS'AGG' p50 F0.0 sS'CCT' p51 F0.0035714285714285713 sS'CTC' p52 F0.0 sS'AGC' p53 F0.0 sS'ACA' p54 F0.0 sS'AGA' p55 F0.0 sS'CAT' p56 F0.0 sS'AAT' p57 F0.0 sS'ATT' p58 F0.0 sS'CTG' p59 F0.008928571428571428 sS'CTA' p60 F0.0 sS'ACT' p61 F0.0 sS'CAC' p62 F0.0 sS'ACG' p63 F0.0 sS'CAA' p64 F0.0 sS'AGT' p65 F0.0 sS'CCA' p66 F0.0 sS'CCG' p67 F0.0 sS'CCC' p68 F0.0 sS'TAT' p69 F0.0 sS'GGT' p70 F0.0 sS'TGT' p71 F0.0 sS'CGA' p72 F0.0 sS'CAG' p73 F0.009433962264150943 sS'CGC' p74 F0.0 sS'GAT' p75 F0.0 sS'CGG' p76 F0.0 sS'CTT' p77 F0.0 sS'TGC' p78 F0.0 sS'GGG' p79 F0.0 sS'TAG' p80 F0.0 sS'GGA' p81 F0.0 sS'TAA' p82 F0.0043859649122807015 sS'GGC' p83 F0.0 sS'TAC' p84 F0.0 sS'GAG' p85 F0.0 sS'TCG' p86 F0.0 sS'TTA' p87 F0.0 sS'TTT' p88 F0.0 sS'GAC' p89 F0.0 sS'CGT' p90 F0.0 sS'GAA' p91 F0.0 sS'TCA' p92 F0.0048543689320388345 sS'GCA' p93 F0.0 sS'GTA' p94 F0.0 sS'GCC' p95 F0.0 sS'GTC' p96 F0.0 sS'GCG' p97 F0.0 sS'GTG' p98 F0.0 sS'TTC' p99 F0.0 sS'GTT' p100 F0.0 sS'GCT' p101 F0.0 sS'TGA' p102 F0.0 sS'TTG' p103 F0.0 sS'TCC' p104 F0.0 sS'TGG' p105 F0.0 sS'TCT' p106 F0.0 ssS'TRINUC_TRANS_PROBS' p107 (dp108 (S'TTA' p109 S'TAA' p110 tp111 F0.0 s(S'TGA' p112 S'TCA' p113 tp114 F0.0 s(S'GAA' p115 S'GCA' p116 tp117 F0.0 s(S'ACG' p118 S'AGG' p119 tp120 F0.0 s(g112 S'TTA' p121 tp122 F0.0 s(S'AAG' p123 S'ATG' p124 tp125 F0.0 s(S'TCA' p126 S'TGA' p127 tp128 F0.0 s(S'GAC' p129 S'GCC' p130 tp131 F0.0 s(S'CTT' p132 S'CGT' p133 tp134 F0.0 s(S'GGC' p135 S'GTC' p136 tp137 F0.0 s(g115 S'GTA' p138 tp139 F0.0 s(S'AGA' p140 S'ACA' p141 tp142 F0.0 s(S'GCG' p143 S'GTG' p144 tp145 F0.0 s(S'TAA' p146 S'TCA' p147 tp148 F0.0 s(S'CCT' p149 S'CAT' p150 tp151 F0.0 s(S'GAG' p152 S'GCG' p153 tp154 F0.0 s(S'ATT' p155 S'AGT' p156 tp157 F0.0 s(S'CGT' p158 S'CTT' p159 tp160 F0.0 s(S'CAT' p161 S'CGT' p162 tp163 F0.0 s(g143 S'GAG' p164 tp165 F0.0 s(g115 S'GGA' p166 tp167 F0.0 s(g135 S'GAC' p168 tp169 F0.0 s(S'TTG' p170 S'TCG' p171 tp172 F0.0 s(S'ATA' p173 S'AGA' p174 tp175 F0.0 s(S'TGG' p176 S'TCG' p177 tp178 F0.0 s(S'GAT' p179 S'GCT' p180 tp181 F0.0 s(S'GGG' p182 S'GAG' p183 tp184 F0.0 s(S'AAA' p185 S'AGA' p186 tp187 F0.0 s(S'TCA' p188 S'TTA' p189 tp190 F1.0 s(S'ACC' p191 S'AGC' p192 tp193 F0.0 s(g143 S'GGG' p194 tp195 F0.0 s(S'AAC' p196 S'AGC' p197 tp198 F0.0 s(S'GTA' p199 S'GCA' p200 tp201 F0.0 s(S'ACA' p202 S'AGA' p203 tp204 F0.0 s(S'GCA' p205 S'GTA' p206 tp207 F0.0 s(S'CCG' p208 S'CGG' p209 tp210 F0.0 s(S'TAT' p211 S'TTT' p212 tp213 F0.0 s(S'AGC' p214 S'ACC' p215 tp216 F0.0 s(g140 S'ATA' p217 tp218 F0.0 s(S'CCA' p219 S'CGA' p220 tp221 F0.0 s(S'TGC' p222 S'TAC' p223 tp224 F0.0 s(g132 S'CCT' p225 tp226 F0.0 s(S'ACT' p227 S'AGT' p228 tp229 F0.0 s(S'AGG' p230 S'ACG' p231 tp232 F0.0 s(S'CAC' p233 S'CCC' p234 tp235 F0.0 s(S'TAC' p236 S'TCC' p237 tp238 F0.0 s(g140 S'AAA' p239 tp240 F0.0 s(S'CTG' p241 S'CCG' p242 tp243 F1.0 s(S'CAA' p244 S'CCA' p245 tp246 F0.0 s(g214 S'ATC' p247 tp248 F0.0 s(g244 S'CGA' p249 tp250 F0.0 s(S'AGT' p251 S'AAT' p252 tp253 F0.0 s(S'CAG' p254 S'CCG' p255 tp256 F0.0 s(g126 S'TAA' p257 tp258 F0.0 s(S'ATA' p259 S'ACA' p260 tp261 F1.0 s(S'TTC' p262 S'TCC' p263 tp264 F0.0 s(S'CTC' p265 S'CCC' p266 tp267 F0.0 s(g191 S'AAC' p268 tp269 F0.0 s(g230 S'ATG' p270 tp271 F0.0 s(S'ATC' p272 S'AGC' p273 tp274 F0.0 s(g179 S'GGT' p275 tp276 F0.0 s(S'CGA' p277 S'CCA' p278 tp279 F0.0 s(g118 S'ATG' p280 tp281 F0.0 s(S'TAA' p282 S'TGA' p283 tp284 F1.0 s(g251 S'ACT' p285 tp286 F0.0 s(S'GTC' p287 S'GCC' p288 tp289 F0.0 s(S'CGC' p290 S'CCC' p291 tp292 F0.0 s(S'CTA' p293 S'CAA' p294 tp295 F0.0 s(S'GTT' p296 S'GCT' p297 tp298 F0.0 s(g129 S'GGC' p299 tp300 F0.0 s(g155 S'AAT' p301 tp302 F0.0 s(S'TCC' p303 S'TAC' p304 tp305 F0.0 s(S'ACC' p306 S'ATC' p307 tp308 F1.0 s(g296 S'GAT' p309 tp310 F0.0 s(g296 S'GGT' p311 tp312 F0.0 s(g185 S'ACA' p313 tp314 F0.0 s(g211 S'TGT' p315 tp316 F0.0 s(g196 S'ATC' p317 tp318 F0.0 s(g202 S'ATA' p319 tp320 F0.0 s(g152 S'GGG' p321 tp322 F0.0 s(S'GTG' p323 S'GCG' p324 tp325 F0.0 s(g251 S'ATT' p326 tp327 F0.0 s(g236 S'TGC' p328 tp329 F0.0 s(S'TTT' p330 S'TAT' p331 tp332 F0.0 s(g219 S'CTA' p333 tp334 F0.0 s(S'ATG' p335 S'AGG' p336 tp337 F0.0 s(S'TAG' p338 S'TCG' p339 tp340 F0.0 s(g179 S'GTT' p341 tp342 F0.0 s(S'TGT' p343 S'TTT' p344 tp345 F0.0 s(g123 S'ACG' p346 tp347 F0.0 s(g227 S'ATT' p348 tp349 F0.0 s(g303 S'TGC' p350 tp351 F0.0 s(g185 S'ATA' p352 tp353 F0.0 s(g135 S'GCC' p354 tp355 F0.0 s(S'GCC' p356 S'GAC' p357 tp358 F0.0 s(g272 S'AAC' p359 tp360 F0.0 s(g161 S'CTT' p361 tp362 F0.0 s(g293 S'CCA' p363 tp364 F0.0 s(S'TCT' p365 S'TGT' p366 tp367 F0.0 s(S'GGA' p368 S'GCA' p369 tp370 F0.0 s(S'TCG' p371 S'TGG' p372 tp373 F0.0 s(g199 S'GAA' p374 tp375 F0.0 s(g254 S'CTG' p376 tp377 F0.0 s(g335 S'AAG' p378 tp379 F0.0 s(S'CCT' p380 S'CTT' p381 tp382 F1.0 s(g205 S'GGA' p383 tp384 F0.0 s(S'CCC' p385 S'CTC' p386 tp387 F0.0 s(g368 S'GAA' p388 tp389 F0.0 s(g129 S'GTC' p390 tp391 F0.0 s(g109 S'TCA' p392 tp393 F0.0 s(g330 S'TGT' p394 tp395 F0.0 s(g385 S'CGC' p396 tp397 F0.0 s(g272 S'ACC' p398 tp399 F0.0 s(S'GCT' p400 S'GGT' p401 tp402 F0.0 s(g338 S'TGG' p403 tp404 F0.0 s(g244 S'CTA' p405 tp406 F0.0 s(S'CTG' p407 S'CAG' p408 tp409 F0.0 s(g233 S'CTC' p410 tp411 F0.0 s(g152 S'GTG' p412 tp413 F0.0 s(S'GGT' p414 S'GCT' p415 tp416 F0.0 s(g222 S'TCC' p417 tp418 F0.0 s(g335 S'ACG' p419 tp420 F0.0 s(g208 S'CAG' p421 tp422 F0.0 s(g182 S'GTG' p423 tp424 F0.0 s(g356 S'GTC' p425 tp426 F0.0 s(g211 S'TCT' p427 tp428 F0.0 s(g365 S'TAT' p429 tp430 F0.0 s(g400 S'GTT' p431 tp432 F0.0 s(S'AAT' p433 S'AGT' p434 tp435 F0.0 s(g265 S'CAC' p436 tp437 F0.0 s(S'CGG' p438 S'CAG' p439 tp440 F0.0 s(g277 S'CTA' p441 tp442 F0.0 s(g323 S'GGG' p443 tp444 F0.0 s(g173 S'AAA' p445 tp446 F0.0 s(g222 S'TTC' p447 tp448 F0.0 s(g161 S'CCT' p449 tp450 F0.0 s(g290 S'CTC' p451 tp452 F0.0 s(g158 S'CAT' p453 tp454 F0.0 s(g112 S'TAA' p455 tp456 F0.0 s(g371 S'TAG' p457 tp458 F0.0 s(g287 S'GGC' p459 tp460 F0.0 s(g146 S'TTA' p461 tp462 F0.0 s(g123 S'AGG' p463 tp464 F0.0 s(g176 S'TTG' p465 tp466 F0.0 s(g343 S'TAT' p467 tp468 F0.0 s(g330 S'TCT' p469 tp470 F0.0 s(g365 S'TTT' p471 tp472 F0.0 s(g400 S'GAT' p473 tp474 F0.0 s(g219 S'CAA' p475 tp476 F0.0 s(g233 S'CGC' p477 tp478 F0.0 s(g371 S'TTG' p479 tp480 F0.0 s(g155 S'ACT' p481 tp482 F0.0 s(g132 S'CAT' p483 tp484 F0.0 s(g227 S'AAT' p485 tp486 F0.0 s(g158 S'CCT' p487 tp488 F0.0 s(g214 S'AAC' p489 tp490 F0.0 s(g170 S'TGG' p491 tp492 F0.0 s(g149 S'CGT' p493 tp494 F0.0 s(g287 S'GAC' p495 tp496 F0.0 s(S'CAG' p497 S'CGG' p498 tp499 F1.0 s(g303 S'TTC' p500 tp501 F0.0 s(g433 S'ACT' p502 tp503 F0.0 s(g109 S'TGA' p504 tp505 F0.0 s(g385 S'CAC' p506 tp507 F0.0 s(g199 S'GGA' p508 tp509 F0.0 s(g176 S'TAG' p510 tp511 F0.0 s(g338 S'TTG' p512 tp513 F0.0 s(g230 S'AAG' p514 tp515 F0.0 s(g262 S'TGC' p516 tp517 F0.0 s(g438 S'CCG' p518 tp519 F0.0 s(g323 S'GAG' p520 tp521 F0.0 s(g196 S'ACC' p522 tp523 F0.0 s(g407 S'CGG' p524 tp525 F0.0 s(g293 S'CGA' p526 tp527 F0.0 s(g368 S'GTA' p528 tp529 F0.0 s(g118 S'AAG' p530 tp531 F0.0 s(g414 S'GAT' p532 tp533 F0.0 s(g236 S'TTC' p534 tp535 F0.0 s(g170 S'TAG' p536 tp537 F0.0 s(g433 S'ATT' p538 tp539 F0.0 s(g356 S'GGC' p540 tp541 F0.0 s(g265 S'CGC' p542 tp543 F0.0 s(g438 S'CTG' p544 tp545 F0.0 s(g343 S'TCT' p546 tp547 F0.0 s(g202 S'AAA' p548 tp549 F0.0 s(g290 S'CAC' p550 tp551 F0.0 s(g414 S'GTT' p552 tp553 F0.0 s(g262 S'TAC' p554 tp555 F0.0 s(g182 S'GCG' p556 tp557 F0.0 s(g205 S'GAA' p558 tp559 F0.0 s(g208 S'CTG' p560 tp561 F0.0 s(g277 S'CAA' p562 tp563 F0.0 ssS'AVG_MUT_RATE' p564 F0.0008886914019106865 sS'INDEL_FREQ' p565 (dp566 s.