# HG changeset patch
# User tiagoantao
# Date 1454465750 18000
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+++ b/STACKS_clone_filter.py Tue Feb 02 21:15:50 2016 -0500
@@ -0,0 +1,48 @@
+#!/usr/bin/python
+# -*- coding: utf-8 -*-
+
+import shutil
+import subprocess
+import argparse
+
+
+def __main__():
+ parser = argparse.ArgumentParser()
+ parser.add_argument('-f', type=str)
+ parser.add_argument('-fwd', type=str)
+ parser.add_argument('-rev', type=str)
+
+ #parser.add_argument('-k', action='store_true')
+
+ options = parser.parse_args()
+
+ # create the working dir
+ os.mkdir('job_outputs')
+ os.chdir('job_outputs')
+
+ # STACKS_archive
+ # check if zipped files are into the tab
+ extract_compress_files(options.P, os.getcwd())
+
+ # create the populations command input line
+ cmd_line=['clone_filter']
+ if options.f is not None:
+ cmd_line.extend(['-f', options.f])
+ else:
+ cmd_line.extend(['-1', options.fwd])
+ cmd_line.extend(['-2', options.rev])
+
+ print "[CMD]:"+' '.join(cmd_line)
+ subprocess.call(cmd_line)
+
+ # postprocesses
+ clean_files = glob.glob('*.fq')
+ if options.f is not None:
+ shutil.copy(clean_files[0], 'clean.fq')
+ else:
+ shutil.copy(clean_files[0], 'fwd.fq')
+ shutil.copy(clean_files[1], 'rev.fq')
+
+
+if __name__ == '__main__':
+ __main__()
diff -r 000000000000 -r 42e64fbf4609 STACKS_clone_filter.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/STACKS_clone_filter.xml Tue Feb 02 21:15:50 2016 -0500
@@ -0,0 +1,81 @@
+
+ Run the STACKS clone_filter program
+
+
+
+ stacks
+
+
+
+
+
+
+
+STACKS_clone_filter.py
+#if $data_type.dt_select == 'single':
+ -f $data_type.fname
+#else
+ -1 $data_type.fwd
+ -2 $data_type.rev
+#end if
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+ data_type['dt_select'] == 'single'
+
+
+ data_type['dt_select'] == 'pair'
+
+
+ data_type['dt_select'] == 'pair'
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+--------
+
+**Project links:**
+
+`STACKS website <http://creskolab.uoregon.edu/stacks/>`_ .
+
+`STACKS manual <http://creskolab.uoregon.edu/stacks/stacks_manual.pdf>`_ .
+
+`STACKS google group <https://groups.google.com/forum/#!forum/stacks-users>`_ .
+
+
+
+ 10.1111/mec.12354
+ 10.1111/mec.12330
+ 10.1534/g3.111.000240
+ 10.1534/genetics.111.127324
+ 10.1111/j.1755-0998.2010.02967.x
+ 10.1073/pnas.1006538107
+
+
diff -r 000000000000 -r 42e64fbf4609 test-data/1.fq
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/1.fq Tue Feb 02 21:15:50 2016 -0500
@@ -0,0 +1,204 @@
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:18731:2054 1:N:0:1
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++
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++
+BBBBBFFBFFFBGGGGFGFGGGHGHHHHHFGGHHHHHFHHHGFGGGGGHHHHHHHGHGCCGGGGGHHHHHHHHFFFGGGGGGHFFGGHHGHHGGEHGHHHGHHFFFFHBFGHHGGHHHHHHHGHHFGHHGFFHGHHHHHHHCGGGGHGHFFGGGFHFGFBHFGFGFC./=GHHHHFBGCHC0GFEBCGBHGCGHHFFGF;0;EBFEFG?A?FGFF990;ABFFBBBB//9/F/BFF.9BBFBF9B.BF//
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:17621:2057 1:N:0:1
+AAGGGTGCAGGCCCCAAAGCTCAGGGAAAACTGAAAGAAAGAATGGGGACCTGAAGAGAAAATTGTCCAAAATCTGTGCACAAACCGGCTTAGACTGGCCAGATGCCCTGCCACTTGCACTCAGGTACACAAGGGGCATGGCCAGTCAGTTTGCTGGAATTTCTCCCTTTGATATTCTCCTTGCCAGGCCTTACCAGCAGCAGCACCTCCACCAACACCTAGGCTACCACTGGCTCTGACTGATGAATCG
++
+CCCCCFACFFFCGGGGGGGGGGHHHHGHHHHHHFHHHHHHHHHHHHHGGGGHHFHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGHHHHHHHHHHHHHFHHHHHHHHHHHHHGHGHHHHHHHHHHGHHGGGGHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGHHHHHGHHHHHGHHHFHHHGHHHHGHHGHEGGGGGG/CFGGGGGGGGGGGFGFFBFGGFGFE/FFA
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:20138:2057 1:N:0:1
+TCGAGTGCAGGAGATCACATTACGGCTGCAGAACCTTCTTTGGTTGCCCATCTCAGAACACATAAAATTTCAAGTCCTTACCATCACTCACAAATGCGTCTGGGGAAAGCCTCGGCTTATCTGACTAACAGACTGTCCATGCACACCCAAGGCAGATAACTTAGGTCAGCCTCTCAATGCCTGCTAATTCAACCCAGATTTAACCAGGCTTGGGCAGCAGGCGTGTCTTTTGATGTTCTTGACCATCCCC
++
+CCDCBFCFFFFBGGGGGGGGGGHGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGHHGHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGGGGGHHGGGHHHHHHGEGGGHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHGHGGGHHGGFFEGHHHHHHHHFHHHHHHGHHGHHGHHHHHHHHHHHHFHHGFHHHGHHGHHHHGHHHFDHHBCGGGGGGGGDFGGGGGGGGGGGGGGGGGEFFFF.
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:19349:2058 1:N:0:1
+AGGTGCAGGCATCTAACGCCGCATGCAGGCGGCATGTTAGAAAACTAAAAAGTATAGATCTCCAGCTCTCCTAGACGAGTATAATTTTTATTATTGTGCTTATGCACTCTCATTGCGAATAGCTAAGGAAGCTTATTTTTGTCACCTTGTTACTACTAAACTTCTAATCCTTGTCGATTGCACTATAATATGAACCGAATTTTATCACTATCTGCTCTTGATACTGTTAATTCATGTTTACTTCTCTGAT
++
+AA1AACBDFAAFCA311EEGAAEEAC11BEEE//AFBF2A12DBGHD111A/@F2FFFG1F2B@CG1GDDEE1@E1///EGFFGFHHHFHFFFBD1GD1>D2FEGGFD0E11>F>>EE/BF11>211BB<0?FF1FGHGHCGHG1GGHHFFFGGCGEE@D-CD-@B-;.;0:F0FGD.9AAC.FBFGF/F..BFF/FF//;9/DF9FFFB//BF////;F.AF9
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:17139:2060 1:N:0:1
+AACCCTGCAGGTTGCCTTCGGTTTCAGCTTCTCCATCAGAAGAGTCCTCCTCACTGTCTGGTGATGATGACGAATCTCCAACCCCTGCTGCAACTGTGTGCTGCCCAGAGACTGTTGCCCTCTCATGTGACTGTCTATGAAAATGTGGTCTCCGAGACCTGGGGCCAGTTACATTCCACAGATGAATTGCAGGTGAGTGGGTCATACATTCCCACTGCAGGTGTTTCCATGATCACAGTTATCAAATCTG
++
+DDDCDFFCFFFFGGGGGGGGGGGGHHHHGHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHEHGGGHGHHHHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGHHHGGGGGHHHGH=GHHHHHHHHGHHHHHHHHHHGHFHHHEHGHHHHHHHHHHHHHHHHGGHCGGDGHHGGGFGGGFGGGGGGGGGFFFGC
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:20076:2060 1:N:0:1
+CGGCGTGCAGGTAGCTTTTGGTAAGTGCATGGACACGGTCTTGTGAGTGGGTCACTCACACAGACTGCATTCAGATGTCTGGAGAAAAGGGCATATAGAGTTTGCCACTGGCTGAAGTAGCTCAGTTGGGAGAGCGTTAGACTGAAGATCTAAAGATACCTGGTTTGATCCCGGGTTTCGGCAGAAAGTAGGTACTAGTCGACTTTTTTTTTTTTGTGGAGCAGCCAAAATCTCTGAAAGCCAACATATC
++
+BBBBBBBBBFFFGGGGGGGGGGHHGGHHHHHHHHHGGGGGGHHHHHHHHGHGHHHHHHHHHGHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHEHHHHGGGFHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGHGGGGGHHHHHHHHHHHHEHHHHHHHHHHHHHGGHHHHGGGEGGHDGGCDCGCGGFHHHHHHHHHGGFGGDHHHGGGGGFFAFFF/AF?/B?FFFEFFFFFFB/::BAB.:ABFF/
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:12215:2060 1:N:0:1
+AGATCGGAAGAGCGGTTCAGCAGGAATGCCGAGACCGATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAAAGGCATCACGTTGTATTCCTATCACACAAACGGAGTGCGGAAACCAGTCAGCAAGATATCCGAAGAACGTCCCATAAACAGAGGATACCCCCCTTTTAAAAACAACTTAGCTACTAAAGATGCGTCTCGCACTGAGTCGATGAGCTCACAGGTACGTGACAGACGATAACAGACACG
++
+AABBBBA>AAFFGEGAEFFGCGHGFGHHFHG?EGEFA0A0BGGFGHHEHGAEGEFEGGHHHHHB3GEC/>EEE////B1B11/?0//1>DG2@2212>11//F///<01<---FFG/EHHGHHHHHGGGCGGHHCFGCGCGGHGHGHHGGGGGHHHHGHHGFHFGGHHHHHHGGHHBGHGHGFGGGGGGGGGFGGGGGGGBFFFFFGGGGFFFFAFFEEFDFBEFFFFFFFFFFEFFFFFEC/;FFFFF9;FFFF?FFFBFFBFFFFF.AD
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:18624:2062 1:N:0:1
+CTAGGTGCAGGAGCTGAAGATCCAGATCCAGTTCCTTTTTTGGTGTCGCTGCTGAACAACGCTTTTTCAACTGAGGAAGGACTTTAGTCCTTTTTTATAGACTCATGTTTTCGACTGCGTCCGTCTACAGTGAGGATTAATGGAACACCAGATATCGGCCCTACATTAATAGTGGTGCTGTGGGATGTTGCGGAGCGGAACCGGCTGCTGACAACTATTCGTAGATCTCCAATGGGGCTGTCCTATCAGG
++
+BBBBBFFFFFFBFGGGGGGGGGHHHHHHHHHGHHHHHHHHGGGHGHHGHGGGHHHHHHHHGGGGGHHHGHHHHGHGHHHGHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHGHHHHGGGGGHGGGGGHHHHHHHFHHHHHHHHHHHGHHHHHGHHEHHGHGGGGGHGHHHHHHHHHHHHFGHHHHHHGGHGHHHGGGADCGGGGGGGGGGFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFDFFDFFFFFFFFEF
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:19979:2062 1:N:0:1
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++
+BBBBBBBBBFFBECFGGGGGFGGFFHFGGHHHHFGHHGGHHHGHGHHGHHHHHHFHHHGHFHFHHHHHHHHHHFHHHHHHHHHGGGHHHHHHFHHHFHHHHHHHHHHHHHHGHGGHHGGGAEHHHHHHHHHHFHBHHFHHHGGEGHHHHHGFFHHGGGGGGGHFGCFGHHHHHFHHHHHGHHHHHHHHHHHEFBHHGHHHHFHHHHHHGGGGGHHHGFHGHGH?EHHHHHHFFB?DD9FFFBBFFFGGG0
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:14818:2062 1:N:0:1
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++
+CCCCCFFCFFFFGGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHHHHHHGHGHHHHHHHHHGHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHGGGGGGHHHGHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHGAGGFHGEGGGHHHHHHHHHHHHGHHHGHHHHHHHHHGHHHGHGGGEFGHGGGGGEHGGGGHHGGHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGGGFBABDFFFFFFFFFFFFFBBFFFFFFFEFBF9A.
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:19190:2062 1:N:0:1
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++
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++
+AA1AACBDFAAFCA311EEGAAEEAC11BEEE//AFBF2A12DBGHD111A/@F2FFFG1F2B@CG1GDDEE1@E1///EGFFGFHHHFHFFFBD1GD1>D2FEGGFD0E11>F>>EE/BF11>211BB<0?FF1FGHGHCGHG1GGHHFFFGGCGEE@D-CD-@B-;.;0:F0FGD.9AAC.FBFGF/F..BFF/FF//;9/DF9FFFB//BF////;F.AF9
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++
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++
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+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:17511:2056 2:N:0:1
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