# HG changeset patch # User tiagoantao # Date 1454465750 18000 # Node ID 42e64fbf4609e97d43c967b7df4843f6da6f48b4 planemo upload commit 60a090d1dc89c2eb383feeb35cd6078b9130e0e5-dirty diff -r 000000000000 -r 42e64fbf4609 STACKS_clone_filter.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/STACKS_clone_filter.py Tue Feb 02 21:15:50 2016 -0500 @@ -0,0 +1,48 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: utf-8 -*- + +import shutil +import subprocess +import argparse + + +def __main__(): + parser = argparse.ArgumentParser() + parser.add_argument('-f', type=str) + parser.add_argument('-fwd', type=str) + parser.add_argument('-rev', type=str) + + #parser.add_argument('-k', action='store_true') + + options = parser.parse_args() + + # create the working dir + os.mkdir('job_outputs') + os.chdir('job_outputs') + + # STACKS_archive + # check if zipped files are into the tab + extract_compress_files(options.P, os.getcwd()) + + # create the populations command input line + cmd_line=['clone_filter'] + if 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