# HG changeset patch
# User trinity_ctat
# Date 1531842729 14400
# Node ID f36264827fb45930a1206738b4f37791ba7b2a56

Upload ctat tools.

diff -r 000000000000 -r f36264827fb4 ctat_edger_differential_expression.py
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/ctat_edger_differential_expression.py	Tue Jul 17 11:52:09 2018 -0400
@@ -0,0 +1,87 @@
+import sys, os, subprocess
+
+TRINITY_BASE_DIR = ""
+if os.environ.has_key('TRINITY_HOME'):
+    TRINITY_BASE_DIR = os.environ['TRINITY_HOME'];
+elif hasattr(os, 'symlink'): # symlink was implemented to always return false when it was not implemented in earlier versions of python.
+    # 2017-09-26
+    # Cicada Dennis added looking for the location of the Trinity program using the Unix "which" utility.
+    # I tried using "command -v Trinity" but for some reason, I was getting a OS permission error with that.
+    # I also found distutils.spawn.find_executable() which might work, but already implemented the below.
+    try:
+        pipe1 = subprocess.Popen(["which", "Trinity"], stdout=subprocess.PIPE)
+    except:
+        msg = "You must set the environmental variable TRINITY_HOME to the base installation directory of Trinity before running {:s}.\n".format(sys.argv[0])
+        sys.stderr.write(msg)
+        # t, v, tb = sys.exc_info()
+        # raise t, v, tb
+        # For some reason the above was giving a syntax error. 
+        # A simple raise should reraise the existing exception.
+        raise
+    else:
+        TrinityPath, err_info = pipe1.communicate()
+        # FIX - probably should be checking err_info for errors...
+        # Determine the TRINITY_BASE_DIR from output1.
+        # If TrinityPath is a link, we need to dereference the link.
+        TrinityPath = TrinityPath.rstrip() # Need to strip off a newline.
+        # print "Trinity that was found is: {:s}".format(repr(TrinityPath))
+        # print os.path.islink(TrinityPath)
+        TrinityPath = os.path.abspath(TrinityPath)
+        # msg = "The Absolute Trinity path that was found is: {:s}".format(TrinityPath)
+        # print msg
+        # print os.path.islink(TrinityPath)
+        while os.path.islink(TrinityPath):
+            # print "That path is a link."
+            TrinityPath = os.path.join(os.path.dirname(TrinityPath),os.readlink(TrinityPath))
+            # print "The new path is: {:s}".format(TrinityPath)
+        # Take off the last part of the path (which is the Trinity command)
+        TRINITY_BASE_DIR = "/".join(TrinityPath.split("/")[0:-1])
+else:
+    sys.stderr.write("Either set TRINITY_HOME to the trinity base directory, " + \
+        "or ensure that directory is in the PATH before running.")
+    sys.exit(1)
+
+usage= "usage: " + " $counts_matrix" + " $dispersion"
+
+if len(sys.argv)<2:
+    print "Require at least two parameters, " + usage
+else:
+    print "All good- command going ahead"
+print " "
+
+def run_command(cmd):
+    # 2017-10-02
+    # Cicada Dennis put the subprocess command in a try/except statement.
+    # Errors were going undetected the way it was written previously.
+    print "Running command:\n\t" + cmd
+    try:
+        pipe = subprocess.Popen(cmd, shell=True, stderr=subprocess.PIPE, stdout=subprocess.PIPE)
+        cmd_stdout, cmd_stderr = pipe.communicate()
+    except:
+        msg = "ERROR while running command:\n\t" + cmd
+        sys.stderr.write(msg)
+        raise
+    
+    sys.stdout.write(cmd_stdout)
+    ret = pipe.returncode
+    if ret:
+        print "command died: " + str(ret)
+        sys.stderr.write(cmd_stderr)
+        sys.exit(ret)
+    else:
+        # Any error output is written to stdout instead of stderr, since no error has occurred.
+        sys.stderr.write(cmd_stderr) 
+        return
+
+print ""
+
+countmatrix= "counts_matrix"
+
+cmd= "cp " + sys.argv[1] + " " + countmatrix 
+run_command(cmd)
+
+cmd= TRINITY_BASE_DIR + "/Analysis/DifferentialExpression/run_DE_analysis.pl "+ " --matrix "+ countmatrix + " --method edgeR " + " --output edgeR_results "+ " --dispersion " + sys.argv[2] + " --tar_gz_outdir"
+
+run_command(cmd)
+
+sys.exit(0)
diff -r 000000000000 -r f36264827fb4 ctat_edger_differential_expression.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/ctat_edger_differential_expression.xml	Tue Jul 17 11:52:09 2018 -0400
@@ -0,0 +1,76 @@
+<tool id="ctat_edger_differential_expression" name="ctat_edger_differential_expression" version="1.0.0" profile="17.05">
+
+    <description>Identify Differentially Expressed Transcripts Using EdgeR</description>
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="2.7">python</requirement>
+        <requirement type="package">subprocess32</requirement>
+        <requirement type="package">bzip2</requirement>
+        <requirement type="package" version="1.3.0">rsem</requirement>
+        <requirement type="package" version="3">bioconductor-edger</requirement>
+        <requirement type="package" version="2">bioconductor-qvalue</requirement>
+        <requirement type="package" version="2.6.6">trinity</requirement>
+    </requirements>
+    <command detect_errors="exit_code">
+        <![CDATA[
+ 		python $__tool_directory__/ctat_edger_differential_expression.py 
+			$counts_matrix 
+			$dispersion
+        ]]>
+    </command>
+    <inputs>
+		
+		<param type="data" format="txt" name="counts_matrix" label="Matrix of RNA-Seq fragment counts for transcripts per condition" />
+		<param type="data" format="fasta" name="transcripts_fasta_file" label="Transcripts fasta file corresponding to matrix" />
+		<param type="float" name="dispersion" value="0.1" min="0" label="dispersion value" help="Dispersion value to be used in the negative binomial" />
+	
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <!--
+        <data format="tar.gz" name="EdgeR_Archive" label="${tool.name} on ${on_string}: EdgeR_Results.tar.gz" from_work_dir="edgeR_results.tar.gz" />
+       -->
+        <data format="txt" name="EdgeR_Archive" label="${tool.name} on ${on_string}: EdgeR_Results.tar.gz" from_work_dir="edgeR_results.tar.gz" />
+			
+    </outputs>
+    <tests>
+	<test>
+	    <param name="counts_matrix" value="Sp.counts.matrix" />
+            <!-- The transcripts_fasta_file does not seem to be used for anything. -->
+	    <param name="transcripts_fasta_file" value="Sp.Trinity.fasta" />
+	    <param name="dispersion" value="0.1" />
+
+            <!-- One could create more detailed tests if the output files were explicitly
+                 saved rather than placed into an archive. We had a case where the archive
+                 was being created, but it was missing one of the files, or one of the
+                 files was empty. There is no easy way to look into the archive file to
+                 test this.
+            -->
+	    <output name="EdgeR_Archive" >
+                <assert_contents>
+                    <has_line_matching expression=".+" />
+                    <!-- The following is the magic number for all gzip files. -->
+                    <has_text_matching expression="\x1F\x8B" />
+                </assert_contents>
+            </output>
+        </test>
+    </tests>
+    <help>
+.. class:: infomark
+
+edgeR is a Bioconductor package focusing on the analysis of digital gene expression data derived from RNA-Seq sequencing technologies.
+
+To learn more about edgeR read their paper_, visit their website_ , or read this user_ guide_ .
+If you are following the Trinity RNA-seq protocol please go here_ for a galaxy tool walk through or the Nature Protocols publication_ .
+
+.. _paper: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2796818/
+.. _publication: http://www.nature.com/nprot/journal/v8/n8/full/nprot.2013.084.html
+.. _user: https://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/edgeR/inst/doc/edgeRUsersGuide.pdf
+.. _guide: https://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/edgeR/inst/doc/edgeRUsersGuide.pdf
+.. _website: http://bioinf.wehi.edu.au/edgeR/
+.. _here: https://github.com/trinityrnaseq/GalaxyTrinityProtocol/wiki
+    </help>
+
+    <citations>
+        <citation type="doi">10.1038/nbt.1883</citation>
+    </citations>
+
+</tool>
diff -r 000000000000 -r f36264827fb4 test-data/Sp.Trinity.fasta
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/Sp.Trinity.fasta	Tue Jul 17 11:52:09 2018 -0400
@@ -0,0 +1,5256 @@
+>TRINITY_DN75_c0_g1_i1 len=570 path=[548:0-569] [-1, 548, -2]
+AAGGTTTAAGCAAAGTCCCGTTGCTAGCAATATGCCTACTTATGGAAGCTCTAACCGTAC
+GGTTCAATCCCAAAAGCGCTCGATTCGGGACAAATATATACAAATGCCAAATGATTCTAC
+GCAAGCTTCCCTTATGCCTTCTTATACCAGAAAAACTAGCAATGCATCAAAGAAACTTAC
+TACTGAAGAAGATGAATTTTATGACTCAGAAGAAGAGCCTGAAGCCATAGTTCACAGGGA
+TACATCGGCGTTAGAGAGAACTGTACTCAATTTTATAAACAGCAGTACTGCTAAGGAACT
+CTCTGATACTGCTAGTTGCCCTTTGTCCCACTCGAAACTCCTTTTAGAGCATCGTCCTTT
+CCAGACACTTGCCGAAGCTTGTATCATCAAACATCCTGATGACGTTCCTAGCAAACCTGG
+TAGACGTGGAAGGCGTCGTGAAAAAAATCCTATGGGCCAAAAAATCGTCAATGCTTGTAT
+GGAAACCATGGAAGGATATTATGCAATTGATAATCTAATTGCCAAATGCGAGTTTCTTGG
+TAATCGTATATCTAAAGGTATGGCCTCGTG
+>TRINITY_DN55_c0_g1_i1 len=2583 path=[2561:0-393 5289:394-417 2956:418-1586 5290:1587-1610 4149:1611-1646 5292:1647-1670 4209:1671-2169 5291:2170-2193 4732:2194-2582] [-1, 2561, 5289, 2956, 5290, 4149, 5292, 4209, 5291, 4732, -2]
+GTTATTTATAACCCATTTCCCACTAAGTTCCTTTGTTGAACGCTTAAAAGATTGTTCATA
+CGTTTGAACATATTTAAAATCACGTTATAGCTGAGAAGAAAACCCCTTTTCAAGTAATAA
+AAGTATATTTAATTACTTATTTTACCCTTTATATTACGAACTGTACGACTTAACCGGTTT
+TATCTATAAATTCCTTCATTTTTCTTTGTTTTCGTTTTCAATTTGATTTCATTACAAAAT
+GTCGAACACAGAAACTTTCAAGTTTGAGGCTGAAATCAGCCAGTTGATGTCTTTAATCAT
+CAACACTGTTTATTCTAACAAGGAAATTTTCCTTCGTGAGCTTATTTCCAACGCTTCCGA
+TGCCTTGGACAAAATTCGTTATCAAAGCCTTTCCGATCCTCATGCCTTAGACGCTGAGAA
+GGATCTTTTCATTCGCATTACTCCTGACAAGGAGAACAAAATCCTTAGCATTCGCGATAC
+CGGTATTGGTATGACCAAGAATGACCTTATCAACAACCTTGGTGTTATCGCCAAGTCTGG
+TACTAAGCAGTTTATGGAAGCTGCTGCTTCTGGTGCTGATATCTCCATGATTGGTCAATT
+CGGTGTTGGTTTCTACTCTGCATACTTGGTTGCCGACAAGGTCCAAGTCGTAAGTAAGCA
+TAATGACGATGAGCAATACATCTGGGAATCCTCTGCTGGTGGTAGCTTCACCGTCACTTT
+GGACACCGATGGACCTCGCTTGTTACGTGGTACCGAGATTCGTCTCTTCATGAAAGAAGA
+CCAACTTCAATACCTCGAGGAAAAGACTATCAAAGATACCGTCAAGAAACATAGTGAGTT
+CATCTCTTACCCCATTCAATTAGTTGTTACCCGTGAGGTTGAGAAGGAGGTCCCTGAAGA
+AGAAGAGACCGAAGAAGTTAAGAATGAAGAAGACGATAAGGCTCCTAAGATTGAGGAGGT
+TGATGATGAATCTGAGAAGAAGGAGAAGAAGACCAAGAAGGTCAAGGAGACCACCACTGA
+GACTGAGGAGTTGAACAAGACCAAGCCCATTTGGACTCGCAACCCCAGTGAAGTTACCAA
+GGAAGAGTATGCCTCTTTCTACAAGTCTTTGACTAACGACTGGGAAGACCATTTGGCCGT
+CAAGCACTTCAGCGTTGAAGGTCAATTGGAATTCCGTGCCATTCTTTTCGTCCCCCGCCG
+CGCTCCTATGGACCTTTTTGAGGCCAAGCGTAAGAAGAACAACATCAAGCTCTATGTTCG
+CCGTGTTTTCATTACCGACGACTGTGAAGAGTTGATTCCTGAATGGTTGGGTTTCATTAA
+GGGTGTTGTTGATTCTGAGGACTTGCCCTTGAACTTGTCTCGTGAGATGCTTCAACAAAA
+CAAGATCATGAAGGTTATTCGTAAGAACCTTGTCCGTCGTTGTCTTGATATGTTCAACGA
+GATTGCCGAGGACAAGGAGAACTTCAAGACTTTCTACGATGCTTTCAGCAAGAATTTGAA
+GCTTGGTATCCATGAGGATGCTGCTAACCGCCCTGCTTTAGCCAAGCTTTTGCGTTACAA
+CTCCCTTAACTCCCCTGATGATCTTATCAGTCTTGAGGACTACATCACTAAGATGCCCGA
+ACATCAAAAGAACATTTATTTCATCACTGGTGAATCTAAGCAAGCCGTTGAGAACTCTCC
+CTTCTTGGAAATCTTCCGTGCCAAGAAGTTTGATGTTCTCTTCATGGTTGACCCCATTGA
+TGAGTACGCTGTCACTCAACTCAAGGAATTCGAGGGCAAGAAATTGGTTAACATTACTAA
+GGATGGTCTTGAGTTGGAAGAGACTGACGAGGAGAAGGCTGCTCGCGAGAAGCTCGAAAA
+AGAGTATGAGGAGTTTGCTAAGCAACTTAAGACCATTTTGGGTGACAAGGTTGAAAAGGT
+TGTTGTTTCTAACAAGATTGTTGGTTCTCCTTGCTTGTTAACTACCGGTCAATATGGTTG
+GTCTGCTAACATGGAACGTATCATGAAGGCTCAAGCCCTTCGTGATACTTCTATGAGTGC
+CTATATGTCTAGCCGCAAGACTTTTGAGATTAACCCCAAGTCTCCCATCATTGCTGAGCT
+CAAGAAGAAGGTTGAGGAGAATGGTGCCGAAGACCGCTCTGTGAAGGATCTTGCTACTAT
+TTTGTATGAGACCGCCTTGTTGTCCTCTGGTTTCACTCTTGATGACCCTAGTGCTTATGC
+TCAACGTATCAACCGTCTTATTTCTCTTGGTCTTAGCATTGACGAAGAGGAGGAGGCTCC
+TATTGAGGAAATTTCTACCGAATCCGTCGCTGCTGAAAACAATGCTGAGAGCAAGATGGA
+GGAAGTCGATTAAATCAAATGCATCTAATGTGTCTTTCCAAAATTTATGCATATAATGTT
+TTTCTTGGATTAAAGCAAGTTATCCTATACATTGTTAACGATTCTAGTGTCTGTTGTCAT
+TCAAAAATTTCTTTCTACACGATTTTTCTTAATACACACTAGATTACAGGTTGTTTGGAA
+GTTGTTATAATATGGAATGTTGATTAGTAATATTAAAGTTTATGGATACTTATTAGTACA
+TCA
+>TRINITY_DN72_c0_g1_i1 len=381 path=[551:0-380] [-1, 551, -2]
+TTCCAGTCCTGTCTTATGAGAACCGTACTTTGAATTCTGAAGTCCATTTCTTAAAATTTG
+TTTTACCGGTGAAGACGGTAAACTCAAATCAGGATTACTAACGACCCTTTGCTTTTTATG
+CAGTCGTTTAGACACGGTCTGTCCTGGCGAGCGCTTTTGCTTGTTTAACTCTGAAACTGT
+CACGTCTAAAAAGTTCCAAACTTCCGATTCCGAAGAAATTCTCTTCAAACCATTATCTTT
+TTCCTTACATTTTCCTCTTTTCATTTCAAGGTTTCTTCAATCCGCCTGGCTTGACATCGA
+TTCTTTACAAAAATGGAGGAACACGGTCGTACCAACTCACAATGTAGCTTGTCGAGTGAG
+TGAAAACCTTCGAAAATAGAG
+>TRINITY_DN14_c0_g1_i1 len=3031 path=[1:0-135 114:136-150 129:151-3006 2985:3007-3007 2986:3008-3008 2987:3009-3009 2987:3010-3010 2987:3011-3011 2987:3012-3012 2987:3013-3013 2987:3014-3014 2987:3015-3015 2987:3016-3016 2987:3017-3017 2987:3018-3018 2987:3019-3019 2987:3020-3020 2987:3021-3021 2987:3022-3022 2987:3023-3023 2987:3024-3024 2987:3025-3025 2987:3026-3026 2987:3027-3027 2987:3028-3028 2987:3029-3029 2987:3030-3030] [-1, 1, 114, 129, 2985, 2986, 2987, 2987, 2987, 2987, 2987, 2987, 2987, 2987, 2987, 2987, 2987, 2987, 2987, 2987, 2987, 2987, 2987, 2987, 2987, 2987, 2987, 2987, -2]
+CTATAACCGAAGAATTTATTATAATAACGATATTAAGTTCTTATTAAATCGAACTGAAAA
+CCGTATATATTTACCGTTCAACGACTCTCTCTTTTTTGTTTTATAACGAGCGACAAATAT
+ACAATTCCTTTTTTTTGGATTTATCTATAAATTATAAAAATTCCTATAATAATATAACTC
+GATATGGCTGATTATCCTTTTACTGACAAAGCCGCAAAGACATTGTCTGATGCGTACTCA
+ATTGCACAATCTTATGGTCATTCACAATTAACCCCTATTCACATTGCTGCTGCTCTTTTG
+TCCGACAGTGACAGTAACGGTACTACCTTACTGCGCACCATCGTCGACAAAGCTGGTGGT
+GATGGTCAAAAGTTTGAGCGAAGTGTTACTAGTCGGTTAGTTCGCTTGCCTGCTCAGGAT
+CCACCTCCAGAACAAGTGACTCTGTCACCTGAAAGTGCGAAACTGCTGCGAAATGCTCAT
+GAACTTCAAAAAACACAAAAAGATTCTTACATTGCTCAAGATCATTTTATCGCTGTGTTC
+ACTAAAGACGACACGCTAAAGAGTTTATTGGCAGAAGCCGGTGTCACCCCGAAAGCGTTT
+GAATTTGCTGTAAATAACGTCCGTGGTAATAAAAGAATCGATTCAAAGAATGCCGAGGAA
+GGATTTGATGCACTAAATAAATTTACTGTTGATCTTACAGAGCTCGCTAGAAATGGTCAA
+CTGGATCCAGTTATCGGACGTGAAGATGAAATTCGTCGTACAATTCGCGTACTTTCTAGA
+AGAACGAAAAATAATCCAGTTCTTATTGGTGAGCCTGGTGTAGGTAAGACCTCCATTGCT
+GAAGGACTTGCTCGTCGTATAATTGACGATGATGTCCCCGCTAATCTTTCGAATTGTAAG
+CTTCTCAGCCTGGACGTCGGAAGCTTAGTTGCCGGCTCCAAATTTCGTGGTGAATTTGAA
+GAGCGTATCAAATCTGTTTTAAAAGAAGTTGAAGAAAGTGAAACTCCCATTATTTTATTC
+GTAGATGAAATGCATCTTTTAATGGGCGCAGGTTCCGGTGGTGAAGGTGGCATGGACGCT
+GCCAATTTGCTGAAGCCAATGCTTGCACGTGGTAAGCTTCACTGTATTGGTGCTACTACT
+TTGGCTGAATACAAGAAATACATCGAAAAAGATGCTGCTTTCGAACGTAGATTCCAAATC
+ATCTTGGTAAAAGAGCCTTCTATTGAAGATACGATTTCTATCCTTCGTGGTCTTAAAGAA
+AAGTATGAGGTTCATCATGGTGTTACTATCTCTGACCGTGCCTTGGTTACTGCTGCCCAT
+CTCGCTTCCCGGTACCTAACTTCTCGTCGTCTTCCAGATTCTGCCATCGACTTGGTCGAT
+GAAGCTGCGGCTGCAGTTCGTGTTACTCGTGAATCTCAGCCCGAAGTTCTTGATAACCTT
+GAGAGAAAGCTTCGACAACTCCGCGTTGAAATTCGTGCTTTAGAGCGTGAGAAGGACGAA
+GCTTCCAAAGAACGTCTCAAGGCTGCTCGTAAAGAGGCTGAACAAGTGGAAGAAGAAACA
+AGACCTATTCGTGAGAAGTATGAATTAGAAAAGTCTCGTGGAAGTGAACTTCAAGATGCT
+AAGCGTCGTCTTGATGAGTTGAAGGCTAAGGCTGAGGATGCCGAGCGTCGTAATGATTTC
+ACTCTTGCTGCTGATTTGAAATACTATGGTATTCCTGATTTGCAAAAACGTATTGAATAT
+TTAGAGCAACAAAAAAGAAAGGCTGATGCAGAAGCGATTGCAAACGCTCAACCAGGCTCA
+GAACCTTTACTTATTGACGTAGTTGGGCCCGATCAAATCAACGAAATCGTTGCAAGGTGG
+ACTGGTATTCCGGTTACTCGTTTGAAGACAACTGAAAAGGAACGACTCCTTAACATGGAG
+AAGGTTCTCAGTAAACAAGTAATTGGTCAAAATGAAGCAGTTACTGCAGTTGCAAACGCC
+ATTCGCTTATCTCGTGCTGGTCTTTCTGATCCTAATCAACCAATCGCATCTTTCTTGTTT
+TGCGGTCCTTCCGGTACTGGTAAGACTTTATTGACAAAGGCATTGGCATCATTTATGTTT
+GATGATGAAAATGCAATGATTCGTATTGACATGTCTGAATACATGGAAAAACACTCTGTT
+TCACGTCTCATTGGAGCACCACCCGGTTATGTTGGACATGAAGCTGGTGGACAGCTTACT
+GAACAACTTCGTCGACGACCTTACTCCGTCATCTTGTTTGACGAGATTGAAAAGGCTGCT
+CCAGAAGTATTGACTGTACTTTTGCAGGTACTAGATGATGGACGTATCACTAGTGGCCAA
+GGCCAGGTTGTTGATGCCAAGAATGCTGTTATCATTATGACTTCTAACTTGGGCGCTGAA
+TACTTGACAACAGACAATGAGTCTGATGATGGAAAGATAGATAGTACCACTCGGGAAATG
+GTTATGAACTCGATTCGTGGCTTCTTCCGTCCCGAATTTTTGAATCGTATCTCTTCAATC
+GTTATCTTTAATCGTCTGCGTCGTGTGGATATCCGCAATATTGTCGAAAATCGTATATTA
+GAGGTTCAGAAACGGCTTCAATCCAATCATCGCTCAATTAAAATCGAGGTTAGCGACGAA
+GCTAAAGACCTTCTTGGAAGCGCTGGTTATTCCCCTGCTTATGGTGCAAGACCTTTGAAC
+CGTGTCATTCAAAATCAAGTTTTGAATCCCATGGCTGTCTTAATTTTGAATGGCCAGCTT
+CGCGATAAGGAGACTGCTCATGTCGTAGTCCAAAATGGCAAGATATTTGTCAAACCAAAT
+CATGAAGCTAATGCAAACGGCTCTGCTGATATTGACATGGATGGTATTGACGACGATGTT
+AATGATGAAGAATTGGAATAAATGTATTTCAAATGAGAAAGTTCTAACGATACTTTATGA
+TATAGTTTAATGATATGCTTAATCTTAATATATTTTATTTATTTATAAAAAAAAAAAAAA
+AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
+>TRINITY_DN14_c0_g2_i1 len=3031 path=[3081:0-23 3081:24-24 3081:25-25 3081:26-26 3081:27-27 3081:28-28 3081:29-29 3081:30-30 3081:31-31 3081:32-32 3081:33-33 3081:34-34 3081:35-35 3081:36-36 3081:37-37 3081:38-38 3081:39-39 3081:40-40 3081:41-41 3081:42-42 3081:43-43 3081:44-44 3082:45-45 3034:46-46 3083:47-2902 5939:2903-2917 5954:2918-3030] [-1, 3081, 3081, 3081, 3081, 3081, 3081, 3081, 3081, 3081, 3081, 3081, 3081, 3081, 3081, 3081, 3081, 3081, 3081, 3081, 3081, 3081, 3081, 3082, 3034, 3083, 5939, 5954, -2]
+TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAAATAAATAAAAT
+ATATTAAGATTAAGCATATCATTAAACTATATCATAAAGTATCGTTAGAACTTTCTCATT
+TGAAATACATTTATTCCAATTCTTCATCATTAACATCGTCGTCAATACCATCCATGTCAA
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+GGACTACGACATGAGCAGTCTCCTTATCGCGAAGCTGGCCATTCAAAATTAAGACAGCCA
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