Mercurial > repos > tyty > structurefold

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/reactivity_cal/dis_f_N1Am_rrna.txt	Tue Nov 18 15:54:11 2014 -0500
@@ -0,0 +1,12 @@
+gi|186498419|ref|NR_022453.1|
+146241	38142	180120	134243	5639	6848	2492	1596	695	104	1741	160	1505	3009	210	1349	2366	197	353	97	3173	453	4575	656	218	3344	196	19655	540	360	303	351	1377	300	2479	445	3882	2244	293	272	3155	540	218	1849	1902	292	1037	15050	641	989	470	770	949	177	907	927	748	2819	796	490	117	237	272	723	994	173	162	157	86	147	65	296	86	342	115	1694	380	83	205	159	332	357	255	1017	697	80	599	217	474	673	246	170	327	468	47	818	403	25	100	57	84	527	158	349	409	220	94	111	177	27	207	64	770	309	108	92	47	63	17	6	25	10	33	4	117	35	64	27	1	69	42	43	163	12	9	133	81	44	213	125	136	106	26	1349	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
+coverage:3826.28048781
+25s
+881535	25444	3717	6666	4105	1066	5312	343	7553	1085	1543	5253	1667	4505	459	1269	413	1261	730	607	10420	1646	3144	15184	1253	844	238	933	1794	175	404	2754	1743	7660	4387	6957	6100	2702	2614	1344	34079	3185	11237	6583	14826	17602	9766	3553	2416	1976	1029	924	1317	493	2836	2337	7838	5981	4087	7747	4284	3160	1343	5529	7297	2897	1831	9203	24331	4407	27066	6161	1895	2462	9713	1400	500	535	2222	2026	2424	6289	6223	9688	4505	5981	11264	1102	514	2659	945	2177	4547	2493	3746	1433	2051	6678	3942	2867	3626	2142	2436	9252	5393	2318	3421	1770	3056	5925	598	13029	3780	4258	22078	9323	25339	10247	42891	7507	23054	20111	3098	1782	418	28408	873	3285	15629	4864	8369	23169	1872	5569	7312	3476	2407	9044	29647	4041	17941	5740	24376	140713	22800	9594	21798	14222	23929	13867	3985	8217	5057	5324	16195	13884	10203	186562	14369	2116	967	15121	3910	2528	19370	3819	4080	134820	2777	1441	13904	1835	779	318	10123	5901	1159	989	279	5817	4101	2100	5160	21152	11194	3346	5936	5458	1245	1072	646	3531	3013	7250	6407	10119	15469	2266	578	462	3143	507	1729	2757	4586	110	23	20	0	2	187	4	1	0	1	11	2431	788	424	226	1770	949	1003	12533	2294	1752	615	629	549	299	517	518	329	3892	2430	599	3623	558	2222	2591	751	1693	881	40147	3941	4139	185549	11408	5121	3102	2862	1508	2045	583	2113	1398	10303	202204	3622	3050	12547	2119	1551	981	944	3969	275	2145	1086	476	2576	1110	1499	1140	500	431	575	447	366	1653	2580	787	692	1220	1000	72	134	170	392	2413	754	2470	1029	415	456	203	262	169	1348	1142	1750	1301	818	3021	1232	2038	1909	210	176	1567	525	304	1196	79	123	359	173	606	776	1023	386	316	1540	98	83	49	278	129	251	335	487	194	68	644	148	240	81	2390	319	600	624	71	181	749	2860	256	4145	540	258	183	903	183	115	295	41	50	331	141	412	795	108	1191	3252	125	792	288	555	2688	962	337	369	36	104	615	897	136	148	526	585	967	663	956	620	313	132	226	180	348	1070	341	574	584	391	190	401	116	266	436	302	436	101	289	392	244	507	548	76	55	714	14	365	224	47	183	536	160	101	194	342	1200	145	131	54	811	115	77	204	564	1395	338	538	76	197	622	116	196	1803	627	965	31	79	259	177	63	305	61	98	622	67	39	89	1080	526	146	100	284	73	124	1039	109	134	29	279	340	573	2185	3550	2405	91	152	124	91	243	140	28	12	89	277	127	1296	4515	315	428	739	473	709	233	264	97	119	400	271	498	489	170	65	509	505	8	145	979	125	206	128	232	64	1530	91	130	839	91	100	227	85	89	219	39	27	100	300	344	1329	1666	1800	141	135	48	47	26	67	752	1616	608	361	657	520	484	1332	704	1705	160	151	61	164	92	156	153	118	113	45	22	1134	18	46	92	47	29	60	23	4	179	32	936	133	2	191	370	51	19	51	46	70	226	47	251	123	36	308	45	37	328	11	19	0	25	29	133	189	171	2865	183	53	84	43	2	17	13	35	3	101	46	288	151	21	402	259	24	100	98	210	2	9	19	2	26	1	23	56	52	192	58	28	41	4	0	11	74	235	191	15	19	62	35	4	0	14	1	45	56	225	10	156	236	13	4	13	7	160	10	200	74	76	3377	294	2508	3920	701635	17382	4008	16108	3395	387	274	1543	742	163	2534	764	204	1105	673	467	1137	628	318	286	5461	203	12872	442	805	613	182	473	1075	172	500	492	403	4364	532	7276	4864	240	535	202	498	310	1165	2788	1473	6240	2749	1484	6599	311	1998	1414	2399	1160	2224	851	3635	514	156	960	757	3193	1210	519	376	693	572	0	0	0	0	0	2	0	0	3	1	237	5	712	406	367	54	215	2451	2120	13909	1135	1526	485	377	795	935	100	1703	893	95	101	761	90	32	704	678	28	120	2392	292	443	975	551	172	2966	10624	444	934	2095	704	1639	526	1703	743	1979	3742	727	960	245	1113	6843	294	723	1212	1322	814	594	677	167	1324	879	403	4692	122	361	139	479	294	496	1894	243	1355	281	400	626	128	301	190	1866	2018	6127	6314	424	1715	216	576	617	373	356	1380	7208	1759	729	5065	185	421	369	389	403	146	1025	906	352	142	298	222	1246	2757	716	1375	510	457	332	265	622	147	696	566	2292	1014	15081	8878	7033	3273	439	587	151	350	1512	157	119	734	286	40	86	288	115	895	397	252	478	307	637	719	1100	1862	652	274	178	3315	2155	1053	450	517	695	3772	591	1731	1861	401	332	221	1214	46	280	1227	732	82	174	1609	472	411	54	472	496	970	1142	1221	306	718	589	130	360	872	307	568	274	1251	166	399	2354	189	2909	444	2266	2441	525	227	596	1266	741	85	4900	726	177	2269	1958	1182	350	1957	570	180	612	1103	251	121	74	211	327	34	1411	563	328	303	1862	1044	2108	946	225	141	210	334	464	2672	399	2743	822	908	4185	805	3000	969	607	1012	559	106	1241	271	147	1012	720	194	503	6541	1403	6636	860	1169	3860	938	3076	1174	608	709	3117	1851	270	687	708	1813	5048	2130	1318	652	476	1684	6117	1627	2989	766	1736	7241	3872	2282	1703	851	1320	1963	1841	575	147	16	0	0	0	0	0	0	1	15	99	89643	5883	1671	2969	1064	710	7147	505	215	7254	1012	1856	3127	2333	1853	1271	959	5795	5912	952	2700	6021	1959	4209	2842	2506	13855	3762	3321	1732	31128	2827	1291	1431	3650	997	170	8627	951	5781	495	314	3554	102	630	643	386	942	897	1418	581	3460	1630	2323	2373	1278	904	627	169	1157	127	1038	1646	715	4994	544	8701	535	1083	2287	626	3386	3746	420	1112	3243	288	1256	309	190	920	1437	194	6532	1729	674	643	265	177	250	1130	155	5891	3418	2612	1696	1619	1869	985	706	1629	2682	1991	2234	771	4649	440	1587	1559	719	437	490	1133	88	739	1767	538	991	196	913	812	198	5311	1290	1080	395	1879	324	662	484	395	1410	1587	526	1268	219	1381	625	2733	935	853	4610	199	492	452	132	504	377	4520	1193	4787	3028	197	827	929	431	352	423	420	844	445	476	3419	335	867	1654	2721	652	1305	857	618	388	682	16131	8438	2014	3340	715	940	324	1054	1353	1387	584	761	237	511	1895	204	1340	8353	4498	2056	5609	8653	908	12519	883	4480	39771	941	4475	432	264	2588	669	507	276	370	512	553	5417	965	12947	1546	1042	394	4780	5063	4441	12265	1156	3809	4986	2651	1057	2359	415	630	1161	618	1769	3594	3054	798	1153	1204	1411	515	1372	2945	5705	4063	7862	53609	4064	21774	24325	1750	3532	486	4491	754	532	535	949	1874	684	2732	2257	7631	13668	443	9914	9458	2248	1342	949	949	485	372	1779	2176	5474	5065	7304	2403	10023	3567	22185	2920	87159	31	0	0	1	0	2	48	4555	1854	1127	2614	585	17990	768	299	9449	1107	1953	7179	12336	3232	2854	576	1670	965	1755	985	31331	1199	1026	7084	395	801	532	3625	4148	1864	8345	4157	1994	6956	22918	6714	4236	10599	1538	5603	785	679	3979	822	785	6173	944	2095	4165	2027	3125	7796	1618	718	2343	484	1183	1296	1567	20771	616	728	980	820	208	546	2744	272	923	499	2348	3783	11308	6232	1271	1847	24	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	89	351	300	288	535	110	626	156	786	1092	50	298	121	2875	159	782	3165	173	1966	1142	1261	2122	2596	8551	240	9115	3643	368	2669	2014	880	1423	3378	880	609	8414	5844	4706	3602	7001	11501	12022	13679	10476	23836	10074	18582	5676	19445	3902	14070	7599	15154	2121	3513	6813	660	10245	8800	1932	14556	9167	5257	2119	4239	3906	543	1612	3336	1401	984	7956	17650	28824	6810	1928	1904	2059	8619	9682	3260	6091	5340	1575	3606	4469	1964	708	32185	2953	3689	7683	2417	10341	29009	2138	9499	5668	4387	64377	10067	6360	5021	3530	2408	96306	4508	54595	2345	5773	6140	4749	12010	19459	4768	2410	20651	2802	4126	4573	8447	3004	5393	16449	33261	8840	11096	4911	3010	14364	1486	2601	1586	6591	10130	29606	16771	14509	19592	4231	7699	748	18213	25767	19	0	0	19	0	0	0	2	2	106	75958	1669958	97659	24232	106371	33825	6463	63558	113856	11992	26904	139901	12300	18514	9374	20104	16368	8938	4227	3220	5052	16174	6583	1259	10946	26334	34393	118377	51455	33413	36320	14123	105334	5480	6410	3394	2884	5449	2323	5835	10053	4526	1633	34245	1519	1125	42849	3545	6084	6963	1783	3680	4631	5594	9651	101194	9719	4729	68124	3916	9185	16656	5965	5896	23260	2361	5478	5453	4941	6890	4002	668	3113	2763	2649	5164	1178	1464	1723	4459	2436	917	37184	8455	1646	7487	421	787	1733	791	2170	1758	883	212	2891	1048	949	7401	670	2527	1527	1339	11105	3050	2546	5543	3210	11959	2827	18338	14858	4205	5478	2753	2779	2873	1383	2014	4145	10799	10980	6751	14549	11772	2384	2135	712	629	660	668	673	3561	1629	813	907	405	528	574	904	782	3258	1146	1767	15269	1393	1936	405	414	2816	1284	760	445	731	572	276	320	3325	7010	941	1325	867	1339	265	275	1850	2634	518	2729	2637	363	526	376	239	862	389	687	2026	1220	298	1306	694	61	1277	288	438	434	215	6225	2357	1361	3662	416	7488	743	746	485	249	366	210	97	331	84	190	376	150	404	211	67	23	59	21	9	189	78	145	380	12	3	17	97	266	136	1011	371	850	345	610	217	205	189	30	54	138	46	760	35	79	327	1057	67	290	307	5139	2297	8529	547	117	188	233	147	36	566	37	39	39	37	335	23	82	1565	257	49	192	589	84	862	130	4209	195	253	313	74	344	281	32	981	1193	71	1660	83	160	47	24	162	87	178	386	287	129	173	268	54	581	1061	713	299	108	113	61	133	40	321	149	19	566	124	104	983	294	293	60	838	2816	1781	305	1237	576	463	325	125	205	543	589	1120	382	337	333	33	1738	345	91	1641	185	358	1188	4629	3364	2637	1178	2596	455	790	560	960	335	409	488	1877	784	2693	3142	354	765	2282	223	590	524	3005	3024	1016	1894	1990	1733	811	3949	1603	273	1344	292	405	1112	297	762	409	1519	449	688	362	716	370	292	1189	600	581	2013	288	370	382	899	334	537	4576	468	421	352	1790	750	395	1111	344	535	162	686	15966	1584	1396	277	303	4401	182	667	259	728	433	520	12626	997	3152	1536	474	85	236	1867	146	594	298	332	1529	151	226	771	4171	223	1378	653	520	104	2532	3701	1666	1825	274	409	825	164	144	1333	2166	444	545	224	7301	179	663	2659	138	1230	805	329	0	1	0	1	1	0	0	0	1	3	1	142	200	72	98	1160	1050	104	111	1370	226	132	773	1882	712	1192	7761	689	2853	369	282	234	303	414	116	1887	415	2774	566	81	778	693	873	939	1093	1615	230	123	253	156	1	27	824	208	1686	5087	1382	860	4543	7350	2482	2873	743	2996	149	1325	2715	581	1511	208	1659	233	1199	1763	369	568	1920	556	363	1911	3636	248	508	5458	1960	3502	1676	673	315	1004	2845	1404	762	1160	1109	104	600	1065	538	690	2119	2507	2120	1750	1881	3465	3830	3768	1541	571	1341	5618	3599	1903	714	623	499	257	3354	339	72	520	77	152	673	346	144	130	182	55	311	123	151	565	409	315	229	192	350	497	1361	422	433	1674	266	449	919	39	1471	144	453	585	254	3505	406	387	323	332	136	106	420	476	61	1484	1086	503	123	146	446	224	590	769	490	5915	815	433	2607	2716	744	1538	974	1822	304	608	2051	2013	2283	1409	1845	2559	670	3516	378	838	1723	366	1165	2334	779	630	251	1022	374	918	150	489	2756	299	123	1086	184	141	497	172	456	40	461	943	649	393	3455	9512	3623	3138	13746	597	2652	2875	1148	179	490	4042	1253	2920	3073	1873	1147	831	1096	1192	244	413	846	1439	2691	1286	2657	358	1039	215	439	1239	161	441	7350	28	4257	1728	143	1973	2777	5188	2349	2634	1536	1710	268	278	1705	50	473	241	1265	232	7867	774	1727	1644	944	471	783	709	3086	2582	4045	885	19507	1069	1472	3112	2132	2758	2162	440	377	433	456	1629	989	266	620	383	3298	3134	1830	369	385	2491	47	1446	2313	633	378	2058	682	1503	209	773	1157	428	890	2023	192	7210	1563	2425	32109	1892	10465	1207	840	680	2859	901	554	851	176	3037	4944	270	577	701	647	331	698	234	362	707	958	2128	1034	1431	3016	2860	302	6284	738	274	203	955	1419	2004	1370	3673	9598	765	6901	11602	456	2508	2622	141	847	1223	1904	7081	1511	296	1716	1789	613	8853	414	801	5372	1461	3507	464	3118	2826	548	2162	2759	303	1181	6000	1904	3554	6528	1379	2379	2758	2683	8105	2662	9700	601	863	7023	1678	1915	581	2901	2528	653	2972	876	1987	4498	3446	860	2689	4054	1803	25217	8111	10173	3781	1572	944	1417	1228	587	8564	3238	2548	1040	3595	932	5971	1897	3007	7696	2903	38995	21340	31470	3068	4031	10895	8550	20036	17508	12619	1616	1348	17528	762	3552	28634	4541	5892	6047	13672	1584	6897	17395	3338	7007	6943	3467	13132	8107	4118	1225	3170	6059	1810	1080	1541	2157	159	427	162	9	1	0	0	0	5	1	0	14	80	110	366	248	753	223	254	163	202	181	1081	14294	2402	5225	31062	1281	737	390	652	1043	2075	2079	1041	656	478	295	250	151	320	134	367	255	914	414	294	107	68	54	61	157	100	51	488	152	170	134	43	277	92	40	656	109	56	267	338	77	161	67	85	132	100	27	62	409	52	134	2132	717	787	266	138	126	977	35	2295	105	61	85	164	159	46	188	1019	416	232	144	38	419	173	48	75	175	139	45	603	92	217	238	113	3152	108	2152	1077	62	154	338	1375	981	1032	277	309	880	352	3016	230	632	872	150	458	80	1401	614	225	105	32	7518	203	177	330	829	395	102	1574	203	34	343	127	256	634	160	1878	3338	71	91	423	223	736	1975	441	4934	675	1420	655	2009	2015	255	1184	183	658	48	224	110	201	52	695	2739	3226	991	225	792	274	342	242	1101	3375	1349	615	307	506	284	118	571	67	463	367	1136	895	528	1495	458	473	195	401	155	2547	821	641	773	3203	192	1967	547	310	3089	239	979	2227	435	337	7724	407	372	341	762	532	81	538	840	1001	443	444	561	372	204	508	130	124	377	217	376	369	9	5	0	0	0	0	0	0	2	125	39	123	1176	1041	265	240	1029	206	241	747	1290	3205	1842	1714	535	588	402	716	256	175	449	970	623	1385	109	2189	606	946	2854	413	6218	2909	1602	269	1480	1387	1911	837	200	2638	464	535	5487	418	3451	1159	1492	537	3699	1351	2751	1973	731	950	776	576	183	1552	477	673	195	372	663	595	1185	555	1032	136	776	250	1910	393	368	1594	8778	684	10221	1571	996	6691	602	270	5658	455	805	568	1840	886	1314	2585	2045	2385	1707	612	516	872	1354	801	136	851	2593	1221	405	6194	331	587	1549	156	811	133	307	1678	400	155	1201	364	965	187	3068	4439	1601	15657	1316	803	970	273	501	814	411	791	1407	3896	1035	2249	2427	2207	869	184	1617	487	487	2515	493	11642	694	706	890	469	188	264	1724	410	525	287	1804	1951	295	392	270	235	73	1145	101	1050	2496	6971	480	1251	672	939	180	116	3268	175	747	987	121	4347	9976	736	1235	740	897	17387	36155	97860	6230	1808	2216	3012	1205	178	126	3421	152	1559	319	708	1187	700	8075	272	5300	2935	1951	1034	1787	5461	2144	7541	5725	2993	861	2410	350	1519	261	2335	5529	1393	1916	973	5156	560	343	579	951	433	3374	164	1035	1384	251	1731	1434	1545	6242	13046	3997	2158	4740	3898	4140	2744	6003	2040	709	2574	680	227	1789	3921	881	696	4904	419	2183	4713	5727	8957	2600	777	741	1430	2317	2730	9235	3564	1146	2497	1540	1176	2237	604	1318	562	15311	4047	5112	6831	2689	1817	903	531	4965	211	10519	874	325	419	258	357	269	375	952	998	742	6080	2333	2486	1526	822	1872	7156	746	360	641	1827	1497	154	1090	392	393	4726	401	330	869	1184	1429	651	253	1677	758	686	355	394	300	333	596	589	595	562	1148	8644	5295	901	6555	811	1132	4710	998	2525	421	1928	5434	355	1612	267	2751	4048	1828	1094	4299	1362	910	3308	302	2409	1639	874	1702	853	805	463	483	1445	675	770	4616	2689	1329	2285	14951	5151	277	600	3685	2095	7211	3099	7803	4609	1289	237	333	314	689	142	656	1333	704	886	738	1094	1577	1751	8486	4665	882	942	4077	1357	982	1967	1361	817	1370	6514	1484	15293	2222	2384	3915	4	0	1	0	3	0	2	88	569	288	408	296	1776	2817	455	1517	1116	1350	814	122	11881	772	2562	586	208	2711	449	1150	777	243	543	315	241	200	614	645	128	77	12	22	18	22	118	3	11	26	31	5	19	51	37	136	68	22	52	9	9	44	21	4	2	0	22	17	2	8	3	22	163	25	19	49	69	146	69	114	57	107	115	32	29	53	156	8	91	21	1	2	0	10	0	0	3	0	269	20	51	151	26	26	8	1	14	0	1	5	15	0	2	29	3	2	17	2	1	74	15	19	44	38	8	17	4	60	0	55	0	7	303	18	7	3	14	35	64	215	191	62	97	330	92	33	38	6	5	17	24	73	18	16	4	8	2	13	1	1	7	34	86	306	256	70	3	15	17	1	1	2	8	0	0	1	0	0	2	0	0	16	18	0	1	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
+coverage:3967.112
+Arabidopsis
+3576	59	260	50	109	47	4	158	108	38	202	49	126	56	11	88	6	7	123	13	81	27	273	29	127	9	191	47	19	52	39	89	83	3	8	19	37	90	3	20	1	19	67	2	25	0	0	0	1	4	33	10	2	12	3	12	4	0	2	0	2	0	0	1	0	31	0	5	0	0	0	0	0	17	11	0	1	0	0	1	33	1	2	1	0	17	1	0	0	27	0	3	0	0	0	8	1	0	33	0	8	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
+coverage:55.6776859504
+gi|20197903:2706-4513
+664844	19584	4512	8188	8869	807	1179	1838	1586	921	607	1482	290	699	1111	1305	635	1275	5971	1179	4954	1240	1531	6628	1388	27681	3268	6430	4637	1469	2014	3018	748	2327	1924	1076	8566	2026	2590	5458	6251	3000	29511	8288	3592	3814	2097	1650	2200	2406	6471	1220	4400	1142	22480	693	4580	2842	3536	1989	8994	4179	2077	3824	17310	8031	1121	2926	12754	1692	2944	12550	39746	82946	103909	35885	9457	9934	16206	3476	4979	6430	3370	6737	1616	13661	7418	887	1298	2649	1170	9062	1515	11022	907	1687	1151	864	6742	2720	34680	9511	7118	15779	5712	10571	4170	1341	7539	3114	10598	13699	11500	3081	6725	5103	1940	1993	2048	2275	1567	7186	1901	2083	5306	2537	2261	5461	2635	7179	18457	2027	11585	90440	3816	15265	5042	2611	13193	933	1674	2093	29483	3178	1315	4260	2904	2233	957	7267	5625	3740	8214	7715	9121	6022	7373	2831	4289	7253	997	5268	5199	2267	8245	14334	7108	1785	13819	1244	2162	2539	6363	1071	15654	29440	17948	12642	9103	13633	877	1166	3673	368	1350	12855	9487	10620	8071	39600	14068	4994	2977	4056	5970	41418	1299	1239	15876	2006	8971	3516	41725	10930	12997	8058	18683	6234	5983	9932	5611	31845	342908	112205	14220	12651	13688	4426	2215	22024	1068	1862	18098	2251	2601	2067	1823	9482	1109	2781	11972	19528	12623	2655	1159	4393	3154	22317	10622	7090	3766	16259	8754	13582	21038	2308	37832	4403	3558	20759	7681	16935	1935	31800	64462	4552	20884	2409	15769	4583	744	15590	1678	3356	15092	3458	4406	777	13401	66912	2520	3482	1625	15533	3057	640	3028	940	3159	28004	344212	214281	42282	148322	15460	16340	9728	8684	14160	598	1611	11418	1615	11035	2250	31897	18582	7879	19658	10420	36192	29084	17723	9600	20741	8246	7233	5613	2394	1883	887	1639	1053	1766	3104	12503	33150	2237	13088	8880	4069	3305	2482	13206	2144	1701	4600	1293	883	734	552	1293	1578	432	8626	3588	3282	3207	622	214	1037	1353	323	320	3070	1178	360	3458	648	485	336	486	470	1593	650	2059	3987	156	1066	181	689	558	429	4770	343	265	533	1270	1183	3431	6261	2038	1896	1338	1526	1465	779	1252	3207	408	1327	3972	338	1400	502	398	299	264	614	505	961	1075	1052	254	52	211	259	332	337	409	831	1915	609	914	8376	160	1324	793	251	157	2753	208	256	5222	209	2465	2013	883	427	5929	4381	2020	692	1344	1345	1068	898	309	2363	721	1152	1553	496	94	315	694	449	1761	651	13976	10935	7836	1980	507	2405	491	699	880	1760	554	967	175	791	262	823	3946	1066	12897	680	1191	828	120	153	1291	535	897	1786	774	1254	377	403	9594	1370	3962	9192	4206	9554	2167	9910	1258	3750	10106	3045	6387	1813	874	2302	529	344	88	555	153	239	983	874	17160	36573	440626	12682	13300	8366	5816	2874	1231	2949	403	904	3168	2219	35730	27479	5426	1530	1906	3166	6493	524	967	5143	1814	2394	13203	5245	6919	7640	7142	1933	4778	5909	2238	2250	732	441	1043	879	4700	1055	4024	28436	1290	818	6324	3923	1581	7174	16715	2892	6104	27838	4195	1729	2361	1444	2128	2720	3114	5545	603	20528	2917	1446	4450	1042	1545	1916	1683	340	1115	1915	1505	4843	4265	2738	1528	1835	1107	1498	883	1945	8718	5116	7390	21865	13665	2598	10052	5750	1173	6885	1179	1058	3757	1590	16889	17482	25590	10363	1814	7732	3469	4304	11242	20846	12543	206888	30140	20555	5083	23778	11712	3836	13382	3148	3452	6940	2250	3093	3095	18212	9127	21513	15736	28391	31012	8063	4515	8365	1748	1311	16363	3564	2104	14771	12754	3593	14205	12076	3760	1286	11426	4762	7344	4553	1567	7522	7594	2545	8636	1538	18103	2667	1654	8824	1022	1914	2478	1963	3725	2503	1937	5444	5399	668	2276	5734	6230	20711	12826	13399	12489	11736	4466	3694	4814	31552	16213	68719	6544	8953	3954	1915	5200	585	6225	5832	5120	64944	3869	2336	3941	2128	18719	9654	13437	6721	14526	11861	5504	16169	1599	5772	7011	7185	19109	8869	12053	35372	5364	1835	2053	35541	4586	3268	7467	3093	16799	135282	7492	8490	35564	26985	122709	27102	10252	6491	2495	1014	569	35051	1725	2304	146622	3965	5681	2029	6419	3092	1801	4838	5681	1353	9116	5566	2967	4630	27222	36971	16499	1821	8357	20475	4172	10081	10468	9828	1771	17474	9233	7044	15969	17181	32298	8821	14480	10649	4068	8906	3394	3564	1486	4256	40799	34618	5777	10405	7947	26370	12510	22031	2509	14303	8987	4719	34257	73258	9721	2550	2154	5237	1202	12015	3441	4884	30129	5130	92243	11309	82439	25721	8193	11232	16084	4389	77025	4587	3101	4353	2055	35287	5054	8028	30793	1882	23537	40334	5311	17780	17307	7010	9830	4570	40768	5520	4769	12705	1860	2095	8289	5302	995	1429	10420	14674	9100	1971	7869	10580	12761	11475	2077	1253	2663	3338	2080	6933	26858	7540	25514	14264	998	17039	12078	1760	1579	4691	11199	10762	31838	6990	72150	30655	9333	73128	39521	15581	24584	54402	15465	12320	10409	3667	3912	30971	14474	8626	3910	22307	2319	3167	2799	2783	5397	28612	29905	34939	7630	28768	2819	9438	22698	34915	3824	6286	33361	14469	38288	19161	11188	8439	34170	4546	22868	2460	9456	4218	9343	9126	26929	31871	19970	14362	19537	21187	5832	12562	6312	4898	5788	59726	20518	17851	20273	61446	15708	13619	8455	34807	3887	3132	85705	5958	5021	37196	150956	6976	37456	37148	5704	6902	19600	8376	19456	25363	21697	13905	15276	7275	63037	17528	9280	3988	14370	40614	10653	66891	39572	14272	3823	132462	24073	35227	63510	20084	11101	66418	10769	147577	45703	42097	29466	83254	48962	8076	64662	185605	17800	11836	505929	68907	31508	21129	56762	28777	18922	19761	4103	5013	6966	1436	11706	3561	14687	164845	9477	8591	55886	37650	22474	92985	8417	3062	43393	27607	15292	41719	19221	26992	4894	25987	19248	6765	2461	58729	14552	4541	31251	10509	14202	26568	5099	73898	19781	16738	31415	15382	20421	107908	86035	27870	17288	61677	6051	7074	22804	10797	3336	14022	1787	1905	38007	8645	6530	21764	5691	3712	2378	22041	25834	2171	6764	2764	1136	1224	815	25524	2618	4681	3069	1625	2110	2242	15920	12001	68089	29332	12018	5145	2081	6627	438	2302	660	609	703	969	1708	1777	1684	179	8048	815	504	3452	1788	6154	484	564	1069	581	983	392	1212	1502	1215	568	2044	913	928	2185	1096	521	249	54	135	327	142	110	435	102	56	83	71	190	258	136	508	801	477	532	409	1117	71	129	315	103	393	138	770	227	164	114	318	112	404	164	475	1089	200	1123	1570	543	649	1083	3060	611	564	753	1148	253	90	1390	219	399	268	737	828	162	379	133	42	373	83	12	373	72	77	486	151	123	532	206	124	160	67	51	119	48	38	441	346	12	269	625	382	892	1806	960	1498	655	702	289	787	2651	5539	113880	87284	6002	5671	1997	11349	548	190	433	316	1383	274	1208	2291	912	366	240	5390	2279	186	6122	386	412	2025	1251	1426	569	815	9874	3104	5782	2530	5808	2491	1176	1695	3187	7538	569	2392	1322	707	417	4272	1007	596	443	2206	439	563	467	1936	460	2450	535	3704	47219	1393	1521	3606	3698	1146	2176	550	3103	1904	1991	3758	459	2536	1431	664	6732	1074	478	1392	1161	440	2922	2052	848	5417	3711	785	26047	1056	719	585	1719	1354	352	9201	4149	1823	863	5013	4140	1012	997	1165	3135	774	714	940	1269	642	1532	646	1767	12456	6933	5326	1112	2604	4358	343	4361	6205	4815	9839	19013	6906	7165	2050	3029	2070	3562	3082	17744	1465	9525	12001	3158	3422	3596	48310	1976	6145	3100	1095	10107	699	963	9350	3643	2831	1830	2341	586	3926	2996	3169	2039	9574	10042	3331	2034	4768	4877	1358	1472	23895	4192	3601	2608	943	1318	3942	4524	9164	6857	82241	67542	32820	11002	1544	8654	4139	625	18461	980	1112	2882	10559	1903	5415	2082	1058	4076	24523	3904	10790	7816	4672	3290	3631	3155	358	3431	41867	8588	3107	18282	3822	1542	897	2563	1736	11816	23153	25312	9509	7488	4296	3117	5434	1284	6696	8269	4647	1083	14955	6786	14167	171751	172871	7227	5767	8462	6969	6007	21838	31757	46315	16731	27427	36246	2670	81174	9126	7668	10516	3961	5267	7784	3707	4923	13191	2113	1178	3105	5142	3910	5987	27511	13176	5570	34542	6277	3342	17860	8058	3250	6706	3920	1047	2720	2352	12670	2945	4647	67084	5025	7032	3923	6095	2556	9447	1552	10554	38393	5899	44231	6108	8287	2618	46807	3952	10152	13759	24063	10133	51288	4343	18775	28580	2182	6278	17574	5287	25614	17408	19796	120363	6585	81013	12888	2659	3959	1759	490	250	1963	1463	1791	21634	3834	6960	11880	1166	415	1636	770	2447	2160	7540	8943	3339	17768	14512	6606	7994	12307	5877	9936	13451	9254	28653	8081	7425	21963	2041	10890	7362	1481	2686	2354	1397	14777	4637	1984	1402	2639	3108	12492	6124	6092	1011	6926	7711	1599	17933	2649	1778	2591	4517	13666	5636	8725	2332	2001	892	673	343	497	2018	535	1268	5157	235	4114	3191	383	443	2401	19630	5818	5322	1750	763	2090	703	123	720	863	262	710	339	301	106	32	172	22	519	233	1913	787	55	1369	544	53	883	20	57	75	16	429	135	195	418	30	11	320	23	104	642	39	22	26	50	21	29	61	16	114	73	169	214	465	427	110	302	506	121	583	70	649	106	74	55	53	2575	71	74	259	28	48	5	259	268	783	443	2699	1043	1060	1764	21130	7175	8395	6374	3451	8792	1893	1191	2094	2591	1385	2204	1853	907	222	231	1141	631	268	216	129	258	258	29	136	37	744	2427	56	295	38	34	118	7	6	290	44	6	39	59	10	14	32	80	46	71	162	11	44	73	29	2	13	0	0	3	3	0	164	1	13	23	0	35	13	72	16	6	32	53	9	19	1	14	131	12	41	3	60	105	39	0	23	4	82	61	20	60	148	56	33	3	5	11	28	2	3	29	74	3	67	6	68	22	8	109	5	16	21	98	172	113	18	43	35	16	12	0	7	24	0	3	10	0	11	44	52	63	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
+coverage:10529.2378319
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/reactivity_cal/dis_f_N1Ap_rrna.txt	Tue Nov 18 15:54:11 2014 -0500
@@ -0,0 +1,12 @@
+gi|186498419|ref|NR_022453.1|
+120950	30299	169046	110541	5621	6575	2125	2733	591	78	681	257	1074	2477	161	1445	2282	224	589	156	2244	822	3768	1088	175	2330	246	32371	797	555	234	396	867	146	1141	349	2490	2039	111	259	2632	434	257	2169	2418	271	1574	16513	624	504	309	402	1100	102	714	765	857	8624	861	446	75	144	255	863	432	143	133	31	23	84	131	130	159	341	148	4789	473	108	132	123	236	438	183	1011	881	229	617	194	632	338	81	115	547	725	43	453	636	21	210	34	329	1140	189	439	115	228	62	204	221	14	67	15	476	590	514	11	16	26	10	13	11	2	3	8	177	382	104	8	11	9	2	185	61	14	12	30	19	15	130	575	59	16	23	963	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
+coverage:3510.65853658
+25s
+3160472	70217	7776	5133	2982	754	2925	902	6259	1264	1816	2767	752	4406	732	1556	536	1391	399	364	5590	2101	1495	7419	931	550	195	570	2390	211	1195	976	1957	4087	2585	4950	2485	2586	2338	418	11451	4182	4426	4128	7610	9905	7473	4201	2120	1600	1698	1540	613	335	2455	1234	7537	3443	2798	5504	4177	3390	1792	4855	5692	1855	1313	5978	14121	2649	14494	31539	2416	2286	6855	1012	360	710	1230	586	1483	2938	5425	20760	3031	3671	5551	464	594	1156	1019	1372	2671	2558	3369	1180	1270	4844	1916	1616	3996	1607	1949	6636	3503	3180	4028	1974	1435	3331	427	7963	2308	3851	54392	7103	14598	9361	89394	24134	11950	9382	1848	900	1222	12808	182	1305	7616	3497	4268	8371	2210	8622	5111	2192	2002	8630	18071	2313	12842	6275	27446	598639	83151	6938	18353	15860	44948	6369	2027	6487	4230	4869	13733	26704	14133	485231	23075	2747	2397	11888	2352	4795	16159	1940	2289	297883	6325	2594	13678	3575	885	467	10460	21099	1263	1126	675	4599	6013	3097	8008	17044	14240	2873	3927	3576	1049	1236	522	2346	1780	5999	10767	29170	14153	2746	377	628	1881	337	3319	2947	4670	88	167	16	3	0	576	27	2	1	10	56	1428	823	282	147	1197	1238	1796	24396	2938	2290	825	712	346	257	454	854	531	3883	7407	1477	3695	651	2092	3870	1461	3114	2016	102489	11072	16810	207605	13610	12019	4675	4935	1109	944	427	2311	1178	6596	164355	2934	2141	12380	2889	1557	1271	839	2364	357	1309	625	290	2384	1474	1853	833	388	233	647	844	540	2704	6103	4785	603	584	1099	91	168	189	355	2672	2190	2028	1627	704	2064	203	182	142	1676	1652	1938	2149	3039	13586	3390	3994	980	381	100	1389	583	81	1475	287	413	461	150	445	1460	1491	680	214	1433	97	297	242	130	79	123	346	678	157	57	1030	324	147	73	1301	232	282	303	76	143	606	11413	197	2083	888	251	188	425	70	51	175	90	82	365	218	439	670	213	5206	22665	477	976	293	1048	12454	11327	762	715	99	155	1647	2565	135	134	189	762	2633	3133	3890	2256	576	351	370	294	796	751	284	1124	2099	313	324	287	41	136	453	225	157	71	147	521	400	645	407	202	47	1151	43	363	93	44	169	1050	90	141	244	344	3183	61	137	146	427	92	90	69	294	1627	253	183	82	125	285	149	549	588	2202	518	43	40	155	72	21	262	21	91	161	49	43	363	1058	1455	169	142	147	30	170	1744	96	127	141	422	793	1572	5683	6573	2958	80	198	138	106	134	364	30	104	108	197	92	1082	5153	314	627	942	495	779	143	194	69	106	501	114	169	210	126	27	513	473	43	143	559	105	316	122	129	205	959	147	180	606	138	62	133	99	109	588	75	57	255	306	872	2317	2851	5736	409	129	153	43	17	96	695	835	694	413	906	629	436	2016	1535	1929	705	215	110	180	59	112	72	49	121	84	153	578	86	73	144	15	37	169	17	33	39	0	261	172	3	179	172	8	134	29	16	26	204	27	465	103	19	286	26	36	98	11	12	0	20	4	70	235	347	3917	272	81	266	14	18	1	27	17	13	136	100	427	218	38	497	470	33	68	101	26	2	33	11	14	47	12	144	36	15	24	5	7	27	8	2	9	110	103	9	20	17	52	17	23	1	37	3	1	24	77	40	23	8	10	9	16	19	17	1	61	52	25	1433	183	1527	3104	507034	13115	2403	11156	3091	228	166	1095	765	361	1608	1180	186	718	254	423	1031	213	236	933	3246	160	6528	228	528	336	110	304	879	159	361	502	537	5311	332	3824	45927	1222	1596	474	470	384	1762	4474	2659	6586	3747	2533	86064	1475	3914	14159	13563	4279	5489	6824	25438	1313	352	1511	1082	8377	2873	904	787	1354	1286	7	0	0	0	6	1	1	0	8	2	305	35	681	1067	186	173	214	3678	1729	16159	1238	3106	317	439	617	621	64	1548	3591	119	309	394	148	125	288	842	68	19	1289	455	375	691	508	154	3183	72776	2388	2739	4683	4296	9881	1508	4633	3913	5154	21439	1755	1314	654	1669	7229	457	940	1267	2905	1246	303	739	415	1416	723	284	4660	113	369	503	866	444	534	1397	188	1573	371	301	1121	93	174	164	2696	2111	6846	15540	456	1165	516	708	611	372	358	1036	8042	1791	484	3670	74	373	178	674	308	35	1175	1353	221	250	166	486	1073	2776	825	7360	3272	1179	123	353	614	154	1265	964	2517	1619	30015	8097	18838	1509	217	891	132	378	1546	71	401	617	550	366	157	251	44	890	595	241	867	165	1026	999	4122	1708	1275	518	307	4091	10249	3674	755	1009	1109	16250	6904	15392	6434	790	482	118	1454	51	998	3656	702	185	320	3121	658	422	65	325	987	926	1268	807	703	1064	670	195	416	1112	466	481	432	2362	804	857	1854	750	2605	235	2560	4128	780	257	685	2311	922	77	3224	1439	457	1804	1613	989	719	2468	891	70	488	534	162	105	157	139	253	52	1113	249	320	360	1323	1361	2396	783	271	121	287	333	623	1835	371	3183	1486	662	3085	831	2999	742	420	695	596	60	1577	192	310	616	515	190	1183	5599	4359	6022	693	1128	3997	1085	2654	951	437	583	1834	1428	206	697	507	2121	3664	1844	2022	1078	710	1073	5000	1586	4369	1484	1718	6133	4395	1992	1492	1006	1363	2877	1804	512	208	23	4	5	8	1	2	3	7	54	173	65288	4763	972	1827	471	644	5053	370	180	5532	1194	581	1502	2066	2866	889	697	2619	3612	878	3281	4948	1269	2071	1700	1747	9068	3947	2861	3836	25599	2219	969	774	1882	814	209	3383	1504	8313	611	217	1874	109	242	459	91	301	469	832	478	1867	1392	1853	1576	650	514	455	184	745	82	789	737	672	2152	398	2255	757	1873	1545	582	2434	2431	151	451	1795	351	981	127	131	507	629	201	2616	821	280	144	120	150	83	358	103	2498	1027	1636	1246	616	996	575	254	1135	2139	1880	2611	643	2219	352	787	1585	857	432	264	1175	63	258	1001	618	1301	357	1624	359	338	2809	747	786	327	1237	209	560	511	164	1060	5813	480	224	359	1008	342	1689	303	252	1749	194	276	378	150	792	312	1649	791	2560	1633	136	419	303	87	130	238	155	587	331	407	3031	815	1038	2540	2502	428	338	977	742	122	1413	10329	9529	1398	11833	1333	948	181	939	1676	1477	763	1153	347	331	2795	941	2683	10238	5552	2100	9658	113576	3141	13973	1376	8661	297556	5134	6052	2271	1716	1814	1036	657	259	875	909	1392	4499	713	8604	3543	1283	1035	8788	40049	18645	17080	9901	10591	9064	9247	3055	3852	161	1167	1538	655	1548	4547	9202	1917	1703	1411	2171	1212	3956	5528	16982	9275	18861	487491	18157	69822	144097	7900	4868	1124	3177	2556	687	637	1124	2217	834	4561	2915	9158	23401	877	13556	32475	3687	2221	1020	1333	359	401	1520	1841	5619	6552	22847	5786	16753	7239	17545	2472	42506	46	1	0	1	8	0	163	5839	2439	1791	2199	605	13763	421	425	11142	1585	2249	7419	11081	3924	1901	415	871	770	1588	759	14006	904	845	4384	410	869	420	1610	4948	2303	6636	7248	2001	9413	28171	6110	4417	12212	2191	5024	849	557	2872	485	1061	5742	1640	2312	4370	2864	2906	6964	2628	1090	1909	1677	2054	828	1389	13934	658	998	588	926	223	2159	6205	157	746	713	2627	3098	13609	25716	3496	7880	33	2	0	0	0	0	0	0	0	0	0	2	75	367	266	210	538	107	632	121	602	1200	347	203	441	1907	102	422	3394	214	1442	843	707	2292	2047	6033	2064	8211	5508	451	2672	1627	779	1221	3679	1635	998	5851	4609	4448	2553	6848	12922	7943	9396	13161	28683	14377	13190	6924	9891	3432	10803	12518	18312	5647	5469	8617	1661	10296	17593	4302	15343	6273	4521	2414	3148	6604	1802	2319	2548	1059	848	4336	34260	26791	5869	4048	2155	1775	7643	7946	11333	19871	8545	1072	2264	2645	1230	584	14483	5267	3448	8473	2570	15416	350181	10644	19662	6422	5570	205826	79123	30956	5990	3283	3071	65633	6340	26438	2668	6403	7173	7248	15695	15678	3775	3963	16322	2381	2796	4328	8573	2452	2962	12401	20436	14814	14379	3791	4406	8783	1307	3190	1351	5120	10832	30780	20818	21966	42888	19268	3136	1900	15381	12057	18	8	2	94	6	1	19	0	14	82	29178	1537402	154384	25671	53736	26917	5254	40974	306473	20984	28256	62025	9982	17188	8747	33620	31590	16776	5449	4884	8264	11900	7839	1094	6551	15535	25616	144487	95336	76982	100883	22690	926579	23942	7415	8152	6064	5299	2423	4923	17367	7371	2245	25656	1891	2504	65222	4861	10338	11619	2198	5366	5167	6502	10101	78663	10651	4257	57027	3155	8599	14624	4392	4156	20607	2322	4843	5209	4444	6195	6809	1135	5736	3385	6272	4170	618	1627	3526	5352	2357	1138	59786	14708	1787	6419	467	674	2443	509	2032	1653	524	280	1895	747	645	3479	675	2902	1474	1268	9649	7729	2240	5452	4036	9431	2816	15525	24052	5170	5377	2488	3433	2484	913	2689	3730	8775	10795	6995	15727	13549	2151	2214	729	485	481	1041	763	7173	1466	775	621	186	579	458	890	911	3408	2175	1525	52543	2221	1998	456	397	3503	1292	737	310	450	384	113	367	3571	12068	677	1134	714	2285	448	171	1900	1990	437	1930	5171	170	506	148	158	914	293	504	1889	1424	226	1189	557	82	685	400	512	607	378	5884	3303	1380	2561	494	5727	675	667	547	190	696	118	32	227	48	208	203	117	318	175	188	51	30	8	13	124	49	114	315	32	13	38	52	71	93	825	570	750	284	529	369	267	178	32	82	26	22	401	74	10	290	4528	110	425	267	3854	1696	6510	738	108	65	144	139	39	285	105	18	13	43	376	12	54	818	149	53	205	294	86	358	331	2968	251	136	810	311	743	581	263	8755	16380	497	1558	1393	187	37	20	94	35	198	263	434	318	420	164	49	764	1379	398	134	260	32	22	404	22	316	40	44	359	179	311	771	3078	326	42	766	4734	1524	426	1390	4721	684	333	601	665	471	467	598	1060	983	185	56	1239	1044	67	941	116	447	801	7383	4548	2549	1427	5010	1023	822	418	812	341	423	664	1534	1242	1819	5296	278	702	1107	156	1720	587	3655	11652	5076	4351	13937	12898	782	3517	1200	215	1630	267	171	735	343	875	232	1197	719	626	505	404	292	257	1240	191	221	1019	95	225	245	582	176	925	3174	819	250	467	1481	1294	219	456	240	606	254	1063	77562	4222	1026	738	820	4285	100	640	128	659	293	401	8725	595	3196	3253	492	172	500	1660	358	426	300	226	2034	162	138	798	13925	294	1217	835	524	187	2828	4384	2329	3875	308	643	1222	155	316	1365	9469	613	932	304	11778	531	593	1700	106	686	380	152	0	8	0	0	2	4	0	0	5	1	8	139	169	368	114	1467	5642	184	161	1606	377	176	1368	6094	3675	3854	18621	1643	8970	463	322	158	272	774	171	4555	1108	8622	1129	118	1117	1284	643	968	842	1460	142	119	255	69	14	170	1194	472	1746	8194	5742	2594	9161	26159	12020	2616	2397	4471	214	2687	10382	1234	1206	487	1646	735	3761	2337	570	840	2334	733	888	5406	13700	868	618	5200	1745	5654	4129	869	382	1627	5101	2970	2530	2425	903	133	620	1022	1020	453	2171	1821	2899	1837	2608	7062	5140	4630	2064	1836	1804	5177	3837	1068	943	747	907	137	3000	465	69	278	174	97	382	298	53	199	93	18	89	75	242	408	464	1032	354	1738	389	1022	2881	1620	260	2051	546	722	569	90	913	182	445	605	163	4852	507	453	262	170	48	307	424	247	58	4394	5172	409	64	346	408	318	367	873	1032	11527	1595	696	4121	1534	479	1632	2501	7686	1055	1383	2488	5116	5866	3456	11651	3146	1056	2062	252	811	2135	546	916	2071	1134	397	237	561	95	506	127	435	1916	341	145	668	160	85	158	94	586	20	571	780	1089	311	2306	8669	25195	15288	7826	976	1538	3036	1129	272	481	5685	1505	3889	2638	906	2833	1383	967	572	458	914	773	891	4075	8191	8811	921	550	856	596	1180	254	992	7579	191	3584	1616	576	1234	1877	4880	1918	1231	1000	2206	84	73	884	95	712	537	1755	680	48062	1985	1096	1212	937	932	1218	274	2262	3394	2932	443	13519	576	1150	1762	2784	3052	1838	137	324	236	103	896	1493	188	256	379	1711	2908	1031	193	319	1787	32	615	843	282	104	832	986	711	283	520	1043	374	594	1175	1291	89476	2818	2262	13420	1453	7048	1479	1019	356	2025	1044	2973	753	125	2392	4004	222	362	419	327	186	314	226	266	503	662	1892	6392	1281	5489	2667	263	4233	522	369	199	682	1353	1470	1505	10217	131899	5353	28255	177502	3990	9196	14586	976	818	1384	2277	11565	2843	249	2561	1728	738	5854	1218	936	5442	1665	2945	491	2292	1726	384	1943	1666	282	1006	5470	2276	1860	5077	1376	2308	2986	2734	9890	3971	15139	647	724	7827	1642	1868	423	2430	3178	995	4260	1611	2788	4185	2882	877	2009	4663	1812	17862	13636	8091	4300	1551	859	1431	1413	482	5868	2672	1735	787	2973	1086	11358	2559	3376	9141	5016	87757	68150	82320	5003	3940	14233	17321	39992	55967	11173	2008	2124	21935	760	3840	40615	4191	5698	4603	11610	1579	6718	36719	5363	16460	9673	3149	12763	11395	3109	1324	2289	4908	2465	976	1328	2228	94	385	132	3	1	0	0	0	6	1	0	6	152	267	676	314	628	252	255	146	235	515	1636	32184	5558	7355	37593	1459	793	476	778	1282	1594	2591	778	439	656	277	175	140	251	451	1675	211	1561	516	670	35	94	22	16	282	78	32	252	79	468	297	47	509	73	78	690	38	36	249	2738	112	151	309	133	92	466	43	108	718	43	359	1083	1447	428	224	87	59	566	23	1579	126	25	49	110	89	15	153	417	345	74	33	15	653	14	24	75	133	69	169	323	107	1627	222	310	4537	1007	4143	9816	248	257	396	1169	870	1019	381	882	1008	429	2206	149	595	764	83	277	171	1061	727	200	154	16	6602	329	145	317	962	558	164	892	432	40	233	237	53	688	133	1543	51682	764	222	1725	813	767	1295	7413	52303	2396	3868	11139	16721	23459	437	1757	361	957	59	361	229	195	614	1031	2981	3884	2162	363	1007	425	387	178	1544	6060	7005	3820	825	1213	1012	104	615	299	391	626	1236	1113	405	1578	646	622	297	463	362	3426	1452	296	492	2856	362	2608	790	616	1521	798	698	3052	1002	680	6059	461	414	222	1235	565	215	748	948	1197	469	563	802	581	132	382	191	37	252	86	340	372	2	8	0	0	0	1	18	12	10	131	55	150	1047	2731	351	109	831	166	218	418	527	5838	1211	1227	451	200	204	850	510	357	268	935	592	835	109	1379	207	270	1221	225	3231	1916	1004	172	1207	818	1261	346	48	1190	535	179	1034	118	755	726	819	383	1611	3069	1526	1854	444	780	370	361	129	359	91	92	167	137	208	170	698	427	285	41	457	229	7222	262	175	477	1943	406	3183	1271	481	23697	507	154	1468	513	271	383	665	562	932	846	979	821	664	236	454	404	698	283	79	478	522	250	235	3631	918	219	377	95	652	44	82	563	179	54	413	146	368	100	463	1441	407	3066	574	336	439	63	89	323	282	254	332	1182	346	905	7118	1451	173	44	369	147	173	766	511	4570	276	180	310	96	136	67	610	225	309	519	980	490	56	263	113	40	67	342	109	495	966	2220	142	924	410	226	50	43	1387	221	1348	316	174	41150	139269	2836	1430	1283	1873	23095	48834	119183	5769	4067	2610	1673	1580	99	121	2152	125	1507	579	500	1515	1416	7771	555	4300	13322	1502	542	645	4436	3790	4889	5713	2034	506	1931	1240	786	128	1937	3905	1270	1468	1308	2864	478	358	342	1269	777	9281	207	1267	985	307	1809	946	2390	5013	121475	5193	4599	5166	3358	4790	3287	4257	1932	1002	3876	1395	375	2840	5012	1839	1156	4408	675	1710	3286	8687	6027	5844	1477	861	3990	8955	8261	16777	4152	1096	2974	1247	1023	1728	1166	779	608	6974	3706	4827	27271	2298	1809	933	470	3133	87	6463	907	261	282	250	469	202	144	452	589	573	4498	1743	2354	1224	852	5204	36242	2114	310	414	2114	1365	142	981	215	348	2159	111	315	310	1110	1619	911	102	776	988	533	533	232	80	313	233	313	354	657	920	5498	15877	953	3723	2547	539	2418	738	1796	267	1283	11297	857	1474	340	11479	10067	1473	763	2684	2079	755	1460	268	1484	2382	615	4436	1198	479	281	242	924	607	478	3481	1222	1099	1786	48351	14317	406	651	3860	1672	5628	2051	6211	12893	1024	383	394	262	421	70	407	749	437	676	436	861	1024	1710	6525	4102	638	788	3317	688	660	1226	1225	811	992	4113	1432	11115	2354	1906	3151	8	3	0	0	0	1	6	70	442	149	212	133	934	1983	308	864	873	2505	752	126	4610	888	4907	572	147	1616	253	973	654	181	521	185	295	134	488	1766	227	63	33	38	9	31	70	4	10	68	22	5	23	49	75	226	39	7	17	3	27	48	23	4	4	11	17	22	1	8	28	9	33	15	28	34	278	710	66	160	215	34	181	25	15	22	139	9	72	26	9	4	0	16	3	1	1	12	260	77	83	138	44	145	10	38	9	4	7	27	1	0	1	43	13	7	7	8	0	45	18	21	30	48	21	30	86	6	5	18	7	2	91	18	17	5	36	34	48	133	147	74	133	421	155	37	60	15	7	3	11	46	22	11	3	0	0	2	8	2	0	161	43	97	72	80	4	0	9	1	3	1	3	1	0	0	0	0	21	0	2	3	0	0	0	1	5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
+coverage:6327.99377778
+Arabidopsis
+2309	150	152	44	94	20	31	66	129	49	181	10	86	26	10	36	96	5	158	13	45	27	145	13	85	1	70	41	1	16	21	44	28	21	7	6	27	263	8	43	2	24	108	7	0	9	0	0	1	3	14	33	1	12	3	5	8	2	13	13	1	9	2	1	3	17	5	0	1	0	4	7	22	1	4	15	16	0	0	6	26	4	5	0	14	39	38	18	1	26	9	0	0	0	0	0	18	33	5	35	6	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
+coverage:43.1900826446
+gi|20197903:2706-4513
+918451	43069	4973	6069	5424	764	1308	1439	883	907	987	3034	389	406	952	935	228	1164	4117	891	3486	1385	2729	4818	1258	26713	4029	5575	4375	1242	1070	2107	920	1244	1091	1165	4373	1897	5508	17168	30987	6744	39793	35181	2869	4645	4692	3044	1437	1272	3410	3227	3218	950	11595	1582	3975	4126	3534	2904	9622	9201	2662	5093	17776	53180	1503	5034	36896	3073	2696	12752	92843	89306	51420	20625	12112	19628	14536	7588	16552	7625	2887	5143	2395	77142	8914	1213	1504	2871	807	9425	1820	12549	1146	1756	873	702	4748	1983	28475	12593	4907	15539	18662	26723	5381	1232	6179	7188	7257	11050	8482	3815	5990	5082	1806	1922	2605	1940	1266	5733	1528	1833	4406	5121	2372	5536	3055	7605	63077	12644	78932	88354	15542	70445	7243	6242	120346	2540	1657	3245	25109	5755	1160	8889	5851	2503	876	7493	5714	9802	13634	8462	14457	8287	7986	2320	4129	8613	1888	5304	4607	2516	6019	15661	9337	2463	7209	1824	3285	2368	4304	947	36403	95330	40526	20022	54545	77764	3922	2515	3015	414	1370	14283	58088	11847	6695	24021	59631	6958	3539	4469	16242	340311	7244	1837	18429	8372	18021	5639	41746	21583	14255	9732	18318	11221	6535	10615	10301	40428	533599	326270	55341	36178	28527	8780	4316	27359	1402	2267	21704	3585	2449	2389	1205	6044	1632	2498	21387	25280	15320	4162	1764	3727	2635	19546	22097	8739	4664	21700	11278	21131	48044	2632	42293	5936	3669	21387	10312	18637	1858	25311	159741	5693	23447	3845	15343	7781	1209	18376	1883	2889	15421	5395	5221	589	16571	255673	5036	4649	4379	14806	6242	1153	6334	1207	2127	15500	269146	206619	25198	83043	13150	15591	7979	9163	13341	1153	2181	21654	3397	11882	2120	25839	34277	8235	17713	14707	33769	34611	23409	16045	46807	10245	7192	5440	2570	1530	629	5093	2209	1933	4632	13485	118398	3529	13894	12849	5579	3313	3197	12455	2575	1353	4839	1286	818	418	463	855	938	549	6614	4199	3176	3182	462	311	873	513	175	195	2569	689	217	3286	1004	486	365	683	978	2539	987	1931	14123	358	1065	201	1443	638	861	7076	735	494	607	1394	4512	5974	12877	3584	1718	2029	6966	1725	717	1255	2196	587	1166	3496	589	737	859	614	434	174	582	691	588	2404	1393	481	165	413	280	186	191	350	783	1657	971	1473	6521	258	1769	575	323	224	1775	321	167	3255	221	2023	11024	1286	569	4550	17400	11662	718	1234	4560	3160	642	257	2328	529	894	1211	579	256	506	909	688	2805	882	12678	27229	9905	8194	690	1257	786	734	852	2316	1227	1305	203	1235	585	1289	6637	6275	7344	596	2993	1093	199	81	784	866	959	1940	527	2090	452	362	7523	6256	18337	9647	5141	8828	3798	17697	2009	2458	9177	2905	5062	4758	1977	2374	922	306	215	1332	239	332	783	875	5373	16505	153966	10369	17786	5145	3987	2840	388	2542	1062	2393	3988	10780	46495	35443	5441	2750	3089	7490	44543	4522	7389	30017	41341	6083	16256	11272	14499	17752	12640	4905	12457	10533	8046	11038	3131	1047	9235	2518	7924	2114	8155	786504	20595	4724	18877	16816	3257	20972	174536	10915	10591	53044	9521	3903	5021	2460	3040	4609	4420	5187	966	207182	10038	4869	7684	1525	3982	2569	2485	342	1094	2782	1929	8190	6125	3783	3835	3938	1472	2345	1122	3299	13563	7847	15191	53606	151932	10494	12925	6127	1369	14734	2286	1409	4612	2395	20399	21833	37032	17626	2744	15445	6995	5652	15687	23622	24690	300234	38628	20789	7096	26987	63959	6745	13800	4071	5326	10434	3218	2338	5241	24342	17104	31725	24079	54301	80045	16097	14430	19838	3836	1915	20476	5640	2057	19218	17512	9583	19429	14930	4053	2368	36692	28478	17960	12763	3211	15723	17455	4262	15836	5574	17075	2971	1549	11262	1816	2481	3031	1711	2245	3302	2239	5581	5436	898	3189	6402	7369	19431	10181	13982	19518	19378	6052	3397	7060	48792	49466	166394	16294	11481	7588	2631	9634	818	7222	8071	5098	50033	3363	2907	3316	2831	28201	23752	15257	6539	31273	20417	8330	18882	2784	7312	11264	5719	37305	11156	34369	28532	7521	2088	5106	136216	6760	3184	8826	4505	17420	89725	5786	9835	47563	42284	228449	23151	10905	9629	2291	852	539	21600	1595	1643	83308	3168	9230	1691	5252	3309	1515	5225	4626	1267	7645	10913	3289	11718	160149	96128	20051	4231	10627	21149	6156	9864	8341	10069	2123	20394	14350	9726	19497	27938	98863	14126	12365	11455	5934	8883	3699	2200	1856	2930	29028	20229	4265	13036	10997	123690	13292	23786	7293	26281	10459	4324	80443	74236	29597	4360	3106	7668	2936	50151	6032	8456	41215	30315	72582	22633	82098	56991	7444	11502	18815	3986	51306	4799	3007	3601	2699	32496	8227	8523	51338	3731	23833	383982	16734	54704	181869	15780	44891	8843	61934	8722	3511	9541	2014	2082	9791	12879	1256	1769	16492	23018	25711	3425	5757	7748	6637	8538	2421	1180	2306	3558	2511	6676	15736	2895	16995	12150	784	15694	19837	2235	2291	6787	14289	13577	33423	7455	104407	25193	11741	76444	149786	13133	19339	38730	9696	10093	11742	2843	2973	16682	8778	4261	3432	9341	2088	3519	5195	2142	3650	23502	21304	29334	11102	24475	3829	8448	25057	29207	4072	4295	15963	7557	13441	16457	6903	7517	18114	2888	15355	2912	9314	10223	7355	6996	23929	34758	32336	23582	18784	13062	4052	11500	5164	4390	4450	43219	15862	13078	12019	32352	11400	10789	7759	44295	10190	3755	43157	4945	3789	27000	728401	15353	25752	37886	6521	5833	10411	4997	13530	17532	19474	11376	13583	5615	59799	19137	5037	2415	10195	20867	7197	43957	40619	11990	3397	65413	14393	17403	45882	12444	17080	25725	6268	53375	26086	21210	13030	129383	28084	5386	30859	1007498	36810	9120	149119	20793	14276	9005	28255	24819	10532	6806	1929	2209	3994	923	4758	1557	5077	62586	3615	4418	25161	37477	29847	26458	4883	1416	16824	23999	7771	24194	18853	15112	7284	9706	25453	5458	1093	20049	5547	1700	13748	5212	7528	10561	2127	30562	9086	10290	22396	13044	7444	39588	38983	13299	10989	29106	3213	2719	7463	12171	1211	5657	907	946	25627	3807	2467	8638	3158	2323	1169	8655	20054	1144	2165	1022	473	515	318	9968	1982	1785	1586	645	932	1326	18572	6003	23624	24494	5382	4548	1073	2357	145	748	93	132	194	310	543	519	435	90	4330	484	165	904	623	1328	564	238	536	221	273	205	600	900	308	221	1905	591	606	861	459	142	100	18	42	102	37	51	143	25	28	49	15	80	85	30	219	395	310	209	208	2609	58	17	91	62	113	104	170	238	117	203	99	25	65	33	650	499	93	524	459	207	420	1906	39597	754	479	1113	1080	101	56	540	249	224	131	465	759	185	233	72	27	138	32	13	211	60	50	402	134	122	149	95	32	86	45	34	117	55	57	138	80	13	328	510	195	680	1400	373	2025	336	525	103	352	946	3106	48146	65443	4484	25973	1591	6249	333	394	949	267	1063	365	1543	2689	578	477	144	2523	847	129	3781	777	386	968	721	2034	314	9986	7600	6795	2312	2609	3265	3657	1206	1537	34719	81640	1937	1853	3224	4988	714	3826	2129	1135	1260	2243	2459	1314	1287	3252	1490	5798	1287	33839	828802	15071	6467	17694	11929	2470	5783	499	5132	4324	4576	4040	1232	2842	2115	1433	15255	2204	1353	4861	1205	444	2760	1524	838	8666	3804	902	55166	2046	981	760	1848	1086	590	13977	5962	3093	1474	4197	3879	1882	1310	1314	3970	1193	448	1349	1551	886	2579	855	2295	13815	6410	5875	1631	2855	2952	549	8320	6165	4995	9738	15798	9726	13766	3409	3604	1852	4391	4035	19978	1370	11897	15640	4216	4196	5271	98189	3141	6442	2689	1344	10728	1082	1077	9202	4433	4742	3403	2571	684	4671	4971	2838	4010	8424	12091	3648	2359	5308	6442	1811	1627	19424	12480	4202	2763	1678	1400	6800	7776	10122	9578	190337	91025	34402	23174	2379	8401	3013	1489	10760	1976	1679	3867	13143	2621	11394	3139	1164	4008	23586	6376	9367	8775	6496	5845	9468	6204	465	3811	43823	12209	3920	20046	8528	2284	1178	3011	1706	18792	25150	38254	9642	7318	9454	4337	5776	1202	7027	18078	11395	1937	29155	13898	14404	135641	161207	7066	4404	11155	8655	6772	18892	24799	128909	26431	30188	46143	3328	87384	25884	8823	8085	3989	4756	7137	3970	8207	14751	3275	1486	3042	5599	2671	4629	21374	10866	7013	34532	9214	2570	12047	5339	2723	5135	3375	1212	1891	2006	9614	2371	3466	30358	5952	3412	2603	3365	2028	5615	444	6723	21353	4983	25946	6977	8179	2315	24559	2797	6644	7684	13108	9082	26909	3560	15175	27961	3236	5753	15358	9662	43960	13939	28670	208831	16478	275147	37432	3074	4436	1782	536	352	1036	1415	2556	21366	5609	8805	32111	1025	830	1367	477	2793	3119	8611	10826	3384	28549	21014	6481	9057	11687	5277	9019	15543	10283	27900	7132	4644	16608	2018	7261	6962	979	1551	2580	1025	9650	6228	1202	1888	2288	2266	8281	11051	5152	776	6184	6588	1243	11157	2088	1143	1834	3611	10885	7167	16069	1712	2014	709	563	509	343	1480	626	1128	3365	329	5016	2783	345	220	1965	14235	4296	5956	2167	887	1004	456	74	810	994	254	825	255	394	125	31	151	35	868	519	2423	435	80	919	675	18	1111	56	52	59	14	411	133	337	198	19	27	240	9	53	543	15	33	6	10	23	46	36	22	205	72	34	175	166	274	120	228	251	173	562	24	821	202	140	46	30	2102	39	16	40	22	24	0	172	191	512	370	1253	727	423	874	10347	3877	3532	3094	1517	4942	848	334	965	910	546	1048	774	276	104	112	559	997	136	190	61	66	85	20	35	6	489	2961	58	128	29	98	51	3	13	389	51	11	5	12	9	0	68	45	88	29	110	14	72	44	1	3	3	1	0	4	2	1	101	11	0	4	0	59	10	275	38	7	29	272	47	20	0	17	13	8	10	0	122	799	32	17	25	3	10	35	2	149	21	81	19	5	0	31	167	22	4	114	64	12	24	0	44	61	38	37	19	61	19	164	673	51	6	203	88	44	8	0	6	2	4	0	7	12	0	2	5	16	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
+coverage:14437.7997788
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/reactivity_cal/parse_dis_react.py	Tue Nov 18 15:54:11 2014 -0500
@@ -0,0 +1,51 @@
+#!/usr/bin/env python
+# -*- coding: utf-8 -*-
+import sys
+
+def parse_dist(in_file):
+    result = []
+    distribution = {}
+    name = []
+    f = open(in_file)
+    flag = 0
+    for aline in f.readlines():
+        line = aline.strip()
+        dis = line.strip()
+        dist = dis.split('\t')
+        if len(dist) > 0:
+            if len(dist) == 1:
+                if dist[0].strip().find('coverage')==-1:
+                    if flag == 0:
+                        name.append(line)
+                        flag = 1
+                        t_name = line
+                    else:
+                        distribution[t_name] = 'null'
+                        name.append(line)
+                        flag = 1
+                        t_name = line
+            else:
+                distri = []
+                for i in range(0, len(dist)):
+                    distri.append(dist[i].strip())
+                distribution[t_name] = distri
+                flag = 0
+    result.append(name)
+    result.append(distribution)
+    f.close()
+    return result
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Binary file reactivity_cal/parse_dis_react.pyc has changed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/reactivity_cal/rRNA.txt	Tue Nov 18 15:54:11 2014 -0500
@@ -0,0 +1,8 @@
+>25s rRNA 3375nts
+GCGACCCCAGGTCAGGCGGGATTACCCGCTGAGTTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCTTAGTAACGGCGAGCGAACCGGGAAGAGCCCAGCTTGAAAATCGGACGTCTTCGGCGTTCGAATTGTAGTCTGGAGAAGCGTCCTCAGCGACGGACCGGGCCTAAGTTCCCTGGAAAGGGGCGCCAGAGAGGGTGAGAGCCCGTCGTGCCCGGACCCTGTCGCACCACGAGGCGCTGTCTACGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCCAATCGGGCGGTAAATTCCGTCCAAGGCTAAATACGGGCGAGAGACCGATAGCGAACAAGTACCGCGAGGTAAAGATGAAAAGGACTTTGAAAAGAGAGTCAAAGAGTGCTTGAAATTGTCGGGAGGGAAGCGGATGGGGGCCGGCGATGCGTCCTGGTCGGATGCGGAACGGAGCAATCCGGTCCGCCGATCGATTCGGGGCGTGGACCGACGCGGATTACGGTGGCGGCCTAAGCCCGGGCTTTTGATACGCTTGTGGAGACGTCGCTGCCGTGATCGTGGTCTGCAGCACGCGCCTAACGGCGTGCCTCGGCATCAGCGTGCTCCGGGCGTCGGCCTGTGGGCTCCCCATTCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTGACATGTGTGCGAGTCAACGGGTGAGTAAACCCGTAAGGCGCAAGGAAGCTGATTGGCGGGATCCTCGCGGGTGCACCGCCGACCGACCTTGATCTTCTGAGAAGGGTTCGAGTGTGAGCATGCCTGTCGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAGCGGGGTAAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCCCGCAGCGATACTGACGTGCAAATCGTTCGTCTGACTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGAGCTCGGACGCGAGTTCTATCGGGTAAAGCCAATGATTAGAGGCATTGGGGGCGCAACGCCTCGACCTATTCTCAAACTTTAAATAGGTAGGACGTGTCGGCTGCTTTGTTGAGCCGTCACACGGAATCGAGAGCTCCAAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGGAAGCCGGGTTACGGTGCCCAACTGCGCGCTAACCTAGAACCCACAAAGGGTGTTGGTCGATTAAGACAGCAGGACGGTGGTCATGGAAGTCGAAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCCGAATCAACTAGCCCCGAAAATGGATGGCGCTTAAGCGCGACCTATACCCGGCCGTCGGGGCAAGAGCCAGGCCTCGATGAGTAGGAGGGCGCGGCGGTCGCTGCAAAACCTAGGGCGCGAGGCGCGGAGCGGCCGTCGGTGCAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAATATTCAAATGAGAACTTTGAAGGCCGAAGAGGGGAAAGGTTCCATGTGAACGGCACTTGCACATGGGTTAGTCGATCCTAAGAGTCGGGGGAAACCCGTCTGATAGCGCTTAAGCGAACTTCGAAAGGGGATCCGGTTAAAATTCCGGAACCGGGACGTGGCGGTTGACGGCAACGTTAGGGAGTCCGGAGACGTCGGCGGGGGCCTCGGGAAGAGTTATCTTTTCTGTTTAACAGCCTGCCCACCCTGGAAACGGCTCAGCCGGAGGTAGGGTCCAGCGGCTGGAAGAGCACCGCACGTCGCGTGGTGTCCGGTGCGCCCCCGGGCGCCCTTGAAAATCCGGAGGACCGAGTGCCGCTCACGCCCGGTCGTACTCATAACCGCATCAGGTCTCCAAGGTGAACAGCCTCTGGTCGATGGAACAATGTAGGCAAGGGAAGTCGGCAAAATGGATCCGTAACTTCGGGAAAAGGATTGGCTCTGAGGGCTGGGCTCGGGGGTCCCAGTTCCGAACCCGTCGGCTGTCAGCGGACTGCTCGAGCTGCTTCCGCGGCGAGAGCGGGTCGCCGGCTGCCGGCCGGGGGACGACTGGGAACGGCTCTCTCGGGAGCTTTCCCCGGGCGTCGAACAGTCAGCTCAGAACTGGTACGGACAAGGGGAATCCGACTGTTTAATTAAAACAAAGCATTGCGATGGTCCCTGCGGATGCTAACGCAATGTGATTTCTGCCCAGTGCTCTGAATGTCAAAGTGAAGAAATTCAACCAAGCGCGGGTAAACGGCGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATCTAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAGATTCCCACTGTCCCTGTCTACTATCCAGCGAAACCACAGCCAAGGGAACGGGCTTGGCAGAATCAGCGGGGAAAGAAGACCCTGTTGAGCTTGACTCTAGTCCGACTTTGTGAAATGACTTGAGAGGTGTAGGATAAGTGGGAGCTTCGGCGCAAGTGAAATACCACTACTTTTAACGTTATTTTACTTACTCCGTGAATCGGAGGCCGGGGTACAACCCCTGTTTTTGGTCCCAAGGCTCGCTTCGGCGGGTCGATCCGGGCGGAGGACATTGTCAGGTGGGGAGTTTGGCTGGGGCGGCACATCTGTTAAAAGATAACGCAGGTGTCCTAAGATGAGCTCAACGAGAACAGAAATCTCGTGTGGAACAAAAGGGTAAAAGCTCGTTTGATTCTGATTTTCAGTACGAATACGAACCGTGAAAGCGTGGCCTATCGATCCTTTAGACTTCGGAATTTGAAGCTAGAGGTGTCAGAAAAGTTACCACAGGGATAACTGGCTTGTGGCAGCCAAGCGTTCATAGCGACGTTGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGTGAAGCAGAATTCACCAAGTGTTGGATTGTTCACCCACCAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTGATGCCCGCGTCGCGATAGTAATTCAACCTAGTACGAGAGGAACCGTTGATTCGCACAATTGGTCATCGCGCTTGGTTGAAAAGCCAGTGGCGCGAAGCTACCGTGCGCTGGATTATGACTGAACGCCTCTAAGTCAGAATCCGGGCTAGAAGCGACGCATGCGCCCGCCGCCCGATTGCCGACCCTCAGTAGGAGCTTAGGCTCCAAAGGCACGTGTCGTTGGCTAAGTCCGTTCGGCGGAACGGTCGTTCGGACCGCCTTGAATTATAATTACCACCGAGCGGCGGGTAGAATCCTTTGCAGACGACTTAAATACGCGACGGGGTATTGTAAGTGGCAGAGTGGCCTTGCTGCCACGATCCACTGAGATTCAGCCCTTTGTCGCTAAGATTCGA
+>gi|20197903:2706-4513 Arabidopsis thaliana chromosome 2 BAC F23H14 genomic sequence, complete sequence
+TACCTGGTTGATCCTGCCAGTAGTCATATGCTTGTCTCAAAGATTAAGCCATGCATGTGTAAGTATGAACGAATTCAGACTGTGAAACTGCGAATGGCTCATTAAATCAGTTATAGTTTGTTTGATGGTAACTACTACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAACCCCGACTTATGGAAGGGACGCATTTATTAGATAAAAGGTCGACGCGGGCTCTGCCCGTTGCTCTGATGATTCATGATAACTCGACGGATCGCATGGCCTCTGTGCTGGCGACGCATCATTCAAATTTCTGCCCTATCAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGTAACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTCGATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACTGGGCTCTTTCGAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGATGGGTCGGCCGGTCCGCCTTTGGTGTGCATTGGTCGGCTTGTCCCTTCGGTCGGCGATACGCTCCTGGTCTTAATTGGCCGGGTCGTGCCTCCGGCGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCTACGCTCTGGATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGATTTCGATCCTATTGTGTTGGCCTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATACCGTCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTATAGGACTCCGCTGGCACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTGATTCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAATGAACGAGACCTCAGCCTGCTAACTAGCTACGTGGAGGCATCCCTTCACGGCCGGCTTCTTAGAGGGACTATGGCCGTTTAGGCCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGTATTCAACGAGTTCACACCTTGGCCGACAGGCCCGGGTAATCTTTGAAATTTCATCGTGATGGGGATAGATCATTGCAATTGTTGGTCTTCAACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCGAGTCATCAGCTCGCGTTGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAATGATCCGGTGAAGTGTTCGGATCGCGGCGACGTGGGTGGTTCGCCGCCCGCGACGTCGCGAGAAGTCCACTAAACCTTATCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTG
+>Arabidopsis thaliana 1
+GGATGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCATCCCTC
+>gi|186498419|ref|NR_022453.1| Arabidopsis thaliana (AT2G01020) rRNA
+AAAACGACTCTCGGCAACGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCAGAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCCAAGCCTTCTGGCCGAGGGCACGTCTGCCTGGGTGTCACAA
\ No newline at end of file
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/reactivity_cal/react_cal.py	Tue Nov 18 15:54:11 2014 -0500
@@ -0,0 +1,135 @@
+#!/usr/bin/env python
+# -*- coding: utf-8 -*-
+import sys
+from Bio import SeqIO
+import math
+from parse_dis_react import *
+from react_norm_function import *
+import os
+import random
+import string
+
+
+dist_file1 = sys.argv[1] #plus library
+dist_file2 = sys.argv[2] #minus library
+seq_file = sys.argv[3] #Reference library(genome/cDNA)
+nt_spec = sys.argv[4] #only show reactivity for AC or ATCG
+flag_in = sys.argv[5] # perform 2-8% normalization (1) or not (0)
+threshold = sys.argv[6] #Threshold to cap the reactivities
+output_file = sys.argv[7]
+
+
+distri_p = parse_dist(dist_file1)
+distri_m = parse_dist(dist_file2)
+threshold = float(threshold)
+
+
+syspathrs = os.getcwd()
+
+h = file(syspathrs+"react.txt",'w')
+flag_in = int(flag_in)
+
+seqs = SeqIO.parse(open(seq_file),'fasta');
+nt_s = set()
+for i in range(len(nt_spec)):
+    nt_s.add(nt_spec[i])
+
+flag = 0
+trans = []
+distri_p = distri_p[1]
+distri_m = distri_m[1]
+
+#thres = int(threshold)
+
+
+transcripts = {}
+for seq in seqs:
+    n = seq.id
+    trans.append(n)
+    transcripts[n] = seq.seq.tostring()
+
+
+#print(distri_p)
+
+
+for i in range(0, len(trans)):
+    h.write(trans[i])
+    h.write('\n')
+    for j in range(len(distri_p[trans[i]])):
+        distri_p[trans[i]][j] = math.log((int(distri_p[trans[i]][j])+1),math.e)
+    for j in range(len(distri_m[trans[i]])):
+        distri_m[trans[i]][j] = math.log((int(distri_m[trans[i]][j])+1),math.e)
+    s_p = sum(distri_p[trans[i]])
+    s_m = sum(distri_m[trans[i]])
+    length = len(distri_p[trans[i]])
+    if s_p!= 0 and s_m!= 0:
+        r = []
+        for j in range(0, len(distri_p[trans[i]])):
+            f_p = (float(distri_p[trans[i]][j]))/float(s_p)*length
+            f_m = (float(distri_m[trans[i]][j]))/float(s_m)*length
+            raw_react = f_p-f_m
+            r.append(max(0, raw_react))
+
+    if s_p!= 0 and s_m!= 0:
+        for k in range(1,(len(r)-1)):
+            if transcripts[trans[i]][k-1] in nt_s:
+                h.write(str(r[k]))
+                h.write('\t')
+            else:
+                h.write('NA')
+                h.write('\t')
+        k = k+1
+        if transcripts[trans[i]][k-1] in nt_s:
+            h.write(str(r[k]))
+            h.write('\n')
+        else:
+            h.write('NA')
+            h.write('\n')
+
+
+h.close()
+
+if flag_in:
+    react_norm((syspathrs+"react.txt"),output_file, threshold)
+else:
+    h_o = file(output_file, 'w')
+    f_i = open(syspathrs+"react.txt")
+    for aline in f_i.readlines():
+        h_o.write(aline.strip())
+        h_o.write('\n')
+os.system("rm -f "+syspathrs+"react.txt")
+
+#os.system("rm -r "+syspathrs)
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/reactivity_cal/react_norm_function.py	Tue Nov 18 15:54:11 2014 -0500
@@ -0,0 +1,82 @@
+#!/usr/bin/env python
+# -*- coding: utf-8 -*-
+import sys
+from Bio import SeqIO
+import math
+from parse_dis_react import *
+
+def cap(a,value):
+    if a>=value:
+        return value
+    else:
+        return a
+
+def react_norm(react_file, result_file, capped_value):
+    print("Normalizing.....")
+    react1 = parse_dist(react_file)
+    react = react1[1]
+    h = file(result_file, 'w')
+
+    capped = int(capped_value)
+
+    all_react = []
+
+
+    for t in react:
+        if react[t]!='null':
+            for i in range(len(react[t])):
+                if react[t][i]!='NA':
+                    all_react.append(float(react[t][i]))
+
+
+    all_react.sort(reverse = True)
+
+
+    eight = all_react[int(len(all_react)*0.02):int(len(all_react)*0.1)]
+    meight = sum(eight)/len(eight)
+
+    for t in react:
+        h.write(t)
+        h.write('\n')
+        if react[t]!='null':
+            for i in range((len(react[t])-1)):
+                if react[t][i]!='NA':
+                    h.write(str(cap((float(react[t][i])/meight),capped)))
+                else:
+                    h.write('NA')
+                h.write('\t')
+            if react[t][i+1]!='NA':
+                h.write(str(cap((float(react[t][i+1])/meight),capped)))
+            else:
+                h.write('NA')
+            h.write('\n')
+
+    h.close()
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
Binary file reactivity_cal/react_norm_function.pyc has changed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/reactivity_cal/reactivity_calculation.xml	Tue Nov 18 15:54:11 2014 -0500
@@ -0,0 +1,60 @@
+<tool id="react_cal_pipeline" name="Reactivity Calculation" version="1.0">
+	<description></description>
+	<command interpreter="python">react_cal.py $dist_file1 $dist_file2 $seq_file $nt_spec $flag_in $threshold $output </command>
+        <requirements>
+                <requirement type="package" version="1.61">biopython</requirement>
+                <requirement type="package" version="1.7.1">numpy</requirement>
+        </requirements>
+	<inputs>
+                <param name="dist_file1" type="data" format="txt" label="RTSC file for (+) library"/>
+		        <param name="dist_file2" type="data" format="txt" label="RTSC file for (-) library"/>
+                <param name="seq_file" type="data" format="fasta" label="Reference genome/transcriptome"/>
+                <param name="nt_spec" type="select" label="Nucleotide specificity">
+                    <option value="AC">AC</option>
+                    <option value="ATCG">AUCG</option>
+                </param>
+                <param name="flag_in" type="boolean" checked="true" truevalue = "1" falsevalue = "0" label="Normalization is performed if checked"/>
+                <param name="threshold" type="float" value = "7" optional = "true" label="Threshold to cap the reactivities"/>
+	</inputs>
+	<outputs>
+		<data name="output" format="txt"/>
+	</outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="dist_file1" value="dis_f_N1Ap_rrna.txt" />
+	        <param name="dist_file2" value="dis_f_N1Am_rrna.txt" />
+            <param name="seq_file" value="rRNA.txt" />
+            <param name="nt_spec" value="AC" />
+            <param name="flag_in" value="1" />
+            <param name="threshold" value="7" />
+	        <output name="output" file="DMS_reactivities.out" />
+
+          </test>
+    </tests>
+
+	<help>
+
+
+**TIPS**:
+
+-----
+
+**Input**:
+
+* 1. RTSC files (Output of Get RT Stop Counts) for (+) and (-) library
+* 2. Reference file (fasta) used to map the reads to
+* 3. Nucleotide Specificity (Type of nucleotides to have reactivity, e.g. AC for DMS and ACTG for SHAPE)
+* [Optional]:
+* 1. A threshold to cap the structural reactivities. {Default: 7}
+* 2. Flag that determines whether to perform 2%-8% normalization {Default: Yes}
+
+-----
+
+**Output**:
+
+A text file with structural reactivity for each nucleotide (Reactivity file)
+
+
+
+	</help>
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/reactivity_cal/read_file.py	Tue Nov 18 15:54:11 2014 -0500
@@ -0,0 +1,21 @@
+#!/usr/bin/env python
+# -*- coding: utf-8 -*-
+
+import sys
+
+
+
+def read_t_file(in_file):
+    f = open(in_file);
+    result = [];
+    for aline in f.readlines():
+        temp = [];
+        tline = aline.strip();
+        tl = tline.split('\t');
+        for i in range(0, len(tl)):
+            temp.append(tl[i].strip());
+        result.append(temp);
+    f.close();
+    return result;
+
+