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diff test-data/1_short.vcf @ 0:cb29f95c7b88 draft
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| author | ulfschaefer |
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| date | Mon, 09 May 2016 09:27:06 -0400 |
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/1_short.vcf Mon May 09 09:27:06 2016 -0400 @@ -0,0 +1,50000 @@ +##fileformat=VCFv4.1 +##FILTER=<ID=LowQual,Description="Low quality"> +##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed"> +##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Approximate read depth (reads with MQ=255 or with bad mates are filtered)"> +##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality"> +##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"> +##FORMAT=<ID=PL,Number=G,Type=Integer,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for genotypes as defined in the VCF specification"> +##GATKCommandLine=<ID=SelectVariants,Version=2.6-5-gba531bd,Date="Thu May 22 09:24:36 BST 2014",Epoch=1400747076888,CommandLineOptions="analysis_type=SelectVariants input_file=[] read_buffer_size=null phone_home=AWS gatk_key=null tag=NA read_filter=[] intervals=null 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