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# User ulfschaefer
# Date 1450269074 18000
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-
-
- GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
- Version 3, 29 June 2007
-
- Copyright (C) 2007 Free Software Foundation, Inc.
- Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies
- of this license document, but changing it is not allowed.
-
- Preamble
-
- The GNU General Public License is a free, copyleft license for
-software and other kinds of works.
-
- The licenses for most software and other practical works are designed
-to take away your freedom to share and change the works. By contrast,
-the GNU General Public License is intended to guarantee your freedom to
-share and change all versions of a program--to make sure it remains free
-software for all its users. We, the Free Software Foundation, use the
-GNU General Public License for most of our software; it applies also to
-any other work released this way by its authors. You can apply it to
-your programs, too.
-
- When we speak of free software, we are referring to freedom, not
-price. Our General Public Licenses are designed to make sure that you
-have the freedom to distribute copies of free software (and charge for
-them if you wish), that you receive source code or can get it if you
-want it, that you can change the software or use pieces of it in new
-free programs, and that you know you can do these things.
-
- To protect your rights, we need to prevent others from denying you
-these rights or asking you to surrender the rights. Therefore, you have
-certain responsibilities if you distribute copies of the software, or if
-you modify it: responsibilities to respect the freedom of others.
-
- For example, if you distribute copies of such a program, whether
-gratis or for a fee, you must pass on to the recipients the same
-freedoms that you received. You must make sure that they, too, receive
-or can get the source code. And you must show them these terms so they
-know their rights.
-
- Developers that use the GNU GPL protect your rights with two steps:
-(1) assert copyright on the software, and (2) offer you this License
-giving you legal permission to copy, distribute and/or modify it.
-
- For the developers' and authors' protection, the GPL clearly explains
-that there is no warranty for this free software. For both users' and
-authors' sake, the GPL requires that modified versions be marked as
-changed, so that their problems will not be attributed erroneously to
-authors of previous versions.
-
- Some devices are designed to deny users access to install or run
-modified versions of the software inside them, although the manufacturer
-can do so. This is fundamentally incompatible with the aim of
-protecting users' freedom to change the software. The systematic
-pattern of such abuse occurs in the area of products for individuals to
-use, which is precisely where it is most unacceptable. Therefore, we
-have designed this version of the GPL to prohibit the practice for those
-products. If such problems arise substantially in other domains, we
-stand ready to extend this provision to those domains in future versions
-of the GPL, as needed to protect the freedom of users.
-
- Finally, every program is threatened constantly by software patents.
-States should not allow patents to restrict development and use of
-software on general-purpose computers, but in those that do, we wish to
-avoid the special danger that patents applied to a free program could
-make it effectively proprietary. To prevent this, the GPL assures that
-patents cannot be used to render the program non-free.
-
- The precise terms and conditions for copying, distribution and
-modification follow.
-
- TERMS AND CONDITIONS
-
- 0. Definitions.
-
- "This License" refers to version 3 of the GNU General Public License.
-
- "Copyright" also means copyright-like laws that apply to other kinds of
-works, such as semiconductor masks.
-
- "The Program" refers to any copyrightable work licensed under this
-License. Each licensee is addressed as "you". "Licensees" and
-"recipients" may be individuals or organizations.
-
- To "modify" a work means to copy from or adapt all or part of the work
-in a fashion requiring copyright permission, other than the making of an
-exact copy. The resulting work is called a "modified version" of the
-earlier work or a work "based on" the earlier work.
-
- A "covered work" means either the unmodified Program or a work based
-on the Program.
-
- To "propagate" a work means to do anything with it that, without
-permission, would make you directly or secondarily liable for
-infringement under applicable copyright law, except executing it on a
-computer or modifying a private copy. Propagation includes copying,
-distribution (with or without modification), making available to the
-public, and in some countries other activities as well.
-
- To "convey" a work means any kind of propagation that enables other
-parties to make or receive copies. Mere interaction with a user through
-a computer network, with no transfer of a copy, is not conveying.
-
- An interactive user interface displays "Appropriate Legal Notices"
-to the extent that it includes a convenient and prominently visible
-feature that (1) displays an appropriate copyright notice, and (2)
-tells the user that there is no warranty for the work (except to the
-extent that warranties are provided), that licensees may convey the
-work under this License, and how to view a copy of this License. If
-the interface presents a list of user commands or options, such as a
-menu, a prominent item in the list meets this criterion.
-
- 1. Source Code.
-
- The "source code" for a work means the preferred form of the work
-for making modifications to it. "Object code" means any non-source
-form of a work.
-
- A "Standard Interface" means an interface that either is an official
-standard defined by a recognized standards body, or, in the case of
-interfaces specified for a particular programming language, one that
-is widely used among developers working in that language.
-
- The "System Libraries" of an executable work include anything, other
-than the work as a whole, that (a) is included in the normal form of
-packaging a Major Component, but which is not part of that Major
-Component, and (b) serves only to enable use of the work with that
-Major Component, or to implement a Standard Interface for which an
-implementation is available to the public in source code form. A
-"Major Component", in this context, means a major essential component
-(kernel, window system, and so on) of the specific operating system
-(if any) on which the executable work runs, or a compiler used to
-produce the work, or an object code interpreter used to run it.
-
- The "Corresponding Source" for a work in object code form means all
-the source code needed to generate, install, and (for an executable
-work) run the object code and to modify the work, including scripts to
-control those activities. However, it does not include the work's
-System Libraries, or general-purpose tools or generally available free
-programs which are used unmodified in performing those activities but
-which are not part of the work. For example, Corresponding Source
-includes interface definition files associated with source files for
-the work, and the source code for shared libraries and dynamically
-linked subprograms that the work is specifically designed to require,
-such as by intimate data communication or control flow between those
-subprograms and other parts of the work.
-
- The Corresponding Source need not include anything that users
-can regenerate automatically from other parts of the Corresponding
-Source.
-
- The Corresponding Source for a work in source code form is that
-same work.
-
- 2. Basic Permissions.
-
- All rights granted under this License are granted for the term of
-copyright on the Program, and are irrevocable provided the stated
-conditions are met. This License explicitly affirms your unlimited
-permission to run the unmodified Program. The output from running a
-covered work is covered by this License only if the output, given its
-content, constitutes a covered work. This License acknowledges your
-rights of fair use or other equivalent, as provided by copyright law.
-
- You may make, run and propagate covered works that you do not
-convey, without conditions so long as your license otherwise remains
-in force. You may convey covered works to others for the sole purpose
-of having them make modifications exclusively for you, or provide you
-with facilities for running those works, provided that you comply with
-the terms of this License in conveying all material for which you do
-not control copyright. Those thus making or running the covered works
-for you must do so exclusively on your behalf, under your direction
-and control, on terms that prohibit them from making any copies of
-your copyrighted material outside their relationship with you.
-
- Conveying under any other circumstances is permitted solely under
-the conditions stated below. Sublicensing is not allowed; section 10
-makes it unnecessary.
-
- 3. Protecting Users' Legal Rights From Anti-Circumvention Law.
-
- No covered work shall be deemed part of an effective technological
-measure under any applicable law fulfilling obligations under article
-11 of the WIPO copyright treaty adopted on 20 December 1996, or
-similar laws prohibiting or restricting circumvention of such
-measures.
-
- When you convey a covered work, you waive any legal power to forbid
-circumvention of technological measures to the extent such circumvention
-is effected by exercising rights under this License with respect to
-the covered work, and you disclaim any intention to limit operation or
-modification of the work as a means of enforcing, against the work's
-users, your or third parties' legal rights to forbid circumvention of
-technological measures.
-
- 4. Conveying Verbatim Copies.
-
- You may convey verbatim copies of the Program's source code as you
-receive it, in any medium, provided that you conspicuously and
-appropriately publish on each copy an appropriate copyright notice;
-keep intact all notices stating that this License and any
-non-permissive terms added in accord with section 7 apply to the code;
-keep intact all notices of the absence of any warranty; and give all
-recipients a copy of this License along with the Program.
-
- You may charge any price or no price for each copy that you convey,
-and you may offer support or warranty protection for a fee.
-
- 5. Conveying Modified Source Versions.
-
- You may convey a work based on the Program, or the modifications to
-produce it from the Program, in the form of source code under the
-terms of section 4, provided that you also meet all of these conditions:
-
- a) The work must carry prominent notices stating that you modified
- it, and giving a relevant date.
-
- b) The work must carry prominent notices stating that it is
- released under this License and any conditions added under section
- 7. This requirement modifies the requirement in section 4 to
- "keep intact all notices".
-
- c) You must license the entire work, as a whole, under this
- License to anyone who comes into possession of a copy. This
- License will therefore apply, along with any applicable section 7
- additional terms, to the whole of the work, and all its parts,
- regardless of how they are packaged. This License gives no
- permission to license the work in any other way, but it does not
- invalidate such permission if you have separately received it.
-
- d) If the work has interactive user interfaces, each must display
- Appropriate Legal Notices; however, if the Program has interactive
- interfaces that do not display Appropriate Legal Notices, your
- work need not make them do so.
-
- A compilation of a covered work with other separate and independent
-works, which are not by their nature extensions of the covered work,
-and which are not combined with it such as to form a larger program,
-in or on a volume of a storage or distribution medium, is called an
-"aggregate" if the compilation and its resulting copyright are not
-used to limit the access or legal rights of the compilation's users
-beyond what the individual works permit. Inclusion of a covered work
-in an aggregate does not cause this License to apply to the other
-parts of the aggregate.
-
- 6. Conveying Non-Source Forms.
-
- You may convey a covered work in object code form under the terms
-of sections 4 and 5, provided that you also convey the
-machine-readable Corresponding Source under the terms of this License,
-in one of these ways:
-
- a) Convey the object code in, or embodied in, a physical product
- (including a physical distribution medium), accompanied by the
- Corresponding Source fixed on a durable physical medium
- customarily used for software interchange.
-
- b) Convey the object code in, or embodied in, a physical product
- (including a physical distribution medium), accompanied by a
- written offer, valid for at least three years and valid for as
- long as you offer spare parts or customer support for that product
- model, to give anyone who possesses the object code either (1) a
- copy of the Corresponding Source for all the software in the
- product that is covered by this License, on a durable physical
- medium customarily used for software interchange, for a price no
- more than your reasonable cost of physically performing this
- conveying of source, or (2) access to copy the
- Corresponding Source from a network server at no charge.
-
- c) Convey individual copies of the object code with a copy of the
- written offer to provide the Corresponding Source. This
- alternative is allowed only occasionally and noncommercially, and
- only if you received the object code with such an offer, in accord
- with subsection 6b.
-
- d) Convey the object code by offering access from a designated
- place (gratis or for a charge), and offer equivalent access to the
- Corresponding Source in the same way through the same place at no
- further charge. You need not require recipients to copy the
- Corresponding Source along with the object code. If the place to
- copy the object code is a network server, the Corresponding Source
- may be on a different server (operated by you or a third party)
- that supports equivalent copying facilities, provided you maintain
- clear directions next to the object code saying where to find the
- Corresponding Source. Regardless of what server hosts the
- Corresponding Source, you remain obligated to ensure that it is
- available for as long as needed to satisfy these requirements.
-
- e) Convey the object code using peer-to-peer transmission, provided
- you inform other peers where the object code and Corresponding
- Source of the work are being offered to the general public at no
- charge under subsection 6d.
-
- A separable portion of the object code, whose source code is excluded
-from the Corresponding Source as a System Library, need not be
-included in conveying the object code work.
-
- A "User Product" is either (1) a "consumer product", which means any
-tangible personal property which is normally used for personal, family,
-or household purposes, or (2) anything designed or sold for incorporation
-into a dwelling. In determining whether a product is a consumer product,
-doubtful cases shall be resolved in favor of coverage. For a particular
-product received by a particular user, "normally used" refers to a
-typical or common use of that class of product, regardless of the status
-of the particular user or of the way in which the particular user
-actually uses, or expects or is expected to use, the product. A product
-is a consumer product regardless of whether the product has substantial
-commercial, industrial or non-consumer uses, unless such uses represent
-the only significant mode of use of the product.
-
- "Installation Information" for a User Product means any methods,
-procedures, authorization keys, or other information required to install
-and execute modified versions of a covered work in that User Product from
-a modified version of its Corresponding Source. The information must
-suffice to ensure that the continued functioning of the modified object
-code is in no case prevented or interfered with solely because
-modification has been made.
-
- If you convey an object code work under this section in, or with, or
-specifically for use in, a User Product, and the conveying occurs as
-part of a transaction in which the right of possession and use of the
-User Product is transferred to the recipient in perpetuity or for a
-fixed term (regardless of how the transaction is characterized), the
-Corresponding Source conveyed under this section must be accompanied
-by the Installation Information. But this requirement does not apply
-if neither you nor any third party retains the ability to install
-modified object code on the User Product (for example, the work has
-been installed in ROM).
-
- The requirement to provide Installation Information does not include a
-requirement to continue to provide support service, warranty, or updates
-for a work that has been modified or installed by the recipient, or for
-the User Product in which it has been modified or installed. Access to a
-network may be denied when the modification itself materially and
-adversely affects the operation of the network or violates the rules and
-protocols for communication across the network.
-
- Corresponding Source conveyed, and Installation Information provided,
-in accord with this section must be in a format that is publicly
-documented (and with an implementation available to the public in
-source code form), and must require no special password or key for
-unpacking, reading or copying.
-
- 7. Additional Terms.
-
- "Additional permissions" are terms that supplement the terms of this
-License by making exceptions from one or more of its conditions.
-Additional permissions that are applicable to the entire Program shall
-be treated as though they were included in this License, to the extent
-that they are valid under applicable law. If additional permissions
-apply only to part of the Program, that part may be used separately
-under those permissions, but the entire Program remains governed by
-this License without regard to the additional permissions.
-
- When you convey a copy of a covered work, you may at your option
-remove any additional permissions from that copy, or from any part of
-it. (Additional permissions may be written to require their own
-removal in certain cases when you modify the work.) You may place
-additional permissions on material, added by you to a covered work,
-for which you have or can give appropriate copyright permission.
-
- Notwithstanding any other provision of this License, for material you
-add to a covered work, you may (if authorized by the copyright holders of
-that material) supplement the terms of this License with terms:
-
- a) Disclaiming warranty or limiting liability differently from the
- terms of sections 15 and 16 of this License; or
-
- b) Requiring preservation of specified reasonable legal notices or
- author attributions in that material or in the Appropriate Legal
- Notices displayed by works containing it; or
-
- c) Prohibiting misrepresentation of the origin of that material, or
- requiring that modified versions of such material be marked in
- reasonable ways as different from the original version; or
-
- d) Limiting the use for publicity purposes of names of licensors or
- authors of the material; or
-
- e) Declining to grant rights under trademark law for use of some
- trade names, trademarks, or service marks; or
-
- f) Requiring indemnification of licensors and authors of that
- material by anyone who conveys the material (or modified versions of
- it) with contractual assumptions of liability to the recipient, for
- any liability that these contractual assumptions directly impose on
- those licensors and authors.
-
- All other non-permissive additional terms are considered "further
-restrictions" within the meaning of section 10. If the Program as you
-received it, or any part of it, contains a notice stating that it is
-governed by this License along with a term that is a further
-restriction, you may remove that term. If a license document contains
-a further restriction but permits relicensing or conveying under this
-License, you may add to a covered work material governed by the terms
-of that license document, provided that the further restriction does
-not survive such relicensing or conveying.
-
- If you add terms to a covered work in accord with this section, you
-must place, in the relevant source files, a statement of the
-additional terms that apply to those files, or a notice indicating
-where to find the applicable terms.
-
- Additional terms, permissive or non-permissive, may be stated in the
-form of a separately written license, or stated as exceptions;
-the above requirements apply either way.
-
- 8. Termination.
-
- You may not propagate or modify a covered work except as expressly
-provided under this License. Any attempt otherwise to propagate or
-modify it is void, and will automatically terminate your rights under
-this License (including any patent licenses granted under the third
-paragraph of section 11).
-
- However, if you cease all violation of this License, then your
-license from a particular copyright holder is reinstated (a)
-provisionally, unless and until the copyright holder explicitly and
-finally terminates your license, and (b) permanently, if the copyright
-holder fails to notify you of the violation by some reasonable means
-prior to 60 days after the cessation.
-
- Moreover, your license from a particular copyright holder is
-reinstated permanently if the copyright holder notifies you of the
-violation by some reasonable means, this is the first time you have
-received notice of violation of this License (for any work) from that
-copyright holder, and you cure the violation prior to 30 days after
-your receipt of the notice.
-
- Termination of your rights under this section does not terminate the
-licenses of parties who have received copies or rights from you under
-this License. If your rights have been terminated and not permanently
-reinstated, you do not qualify to receive new licenses for the same
-material under section 10.
-
- 9. Acceptance Not Required for Having Copies.
-
- You are not required to accept this License in order to receive or
-run a copy of the Program. Ancillary propagation of a covered work
-occurring solely as a consequence of using peer-to-peer transmission
-to receive a copy likewise does not require acceptance. However,
-nothing other than this License grants you permission to propagate or
-modify any covered work. These actions infringe copyright if you do
-not accept this License. Therefore, by modifying or propagating a
-covered work, you indicate your acceptance of this License to do so.
-
- 10. Automatic Licensing of Downstream Recipients.
-
- Each time you convey a covered work, the recipient automatically
-receives a license from the original licensors, to run, modify and
-propagate that work, subject to this License. You are not responsible
-for enforcing compliance by third parties with this License.
-
- An "entity transaction" is a transaction transferring control of an
-organization, or substantially all assets of one, or subdividing an
-organization, or merging organizations. If propagation of a covered
-work results from an entity transaction, each party to that
-transaction who receives a copy of the work also receives whatever
-licenses to the work the party's predecessor in interest had or could
-give under the previous paragraph, plus a right to possession of the
-Corresponding Source of the work from the predecessor in interest, if
-the predecessor has it or can get it with reasonable efforts.
-
- You may not impose any further restrictions on the exercise of the
-rights granted or affirmed under this License. For example, you may
-not impose a license fee, royalty, or other charge for exercise of
-rights granted under this License, and you may not initiate litigation
-(including a cross-claim or counterclaim in a lawsuit) alleging that
-any patent claim is infringed by making, using, selling, offering for
-sale, or importing the Program or any portion of it.
-
- 11. Patents.
-
- A "contributor" is a copyright holder who authorizes use under this
-License of the Program or a work on which the Program is based. The
-work thus licensed is called the contributor's "contributor version".
-
- A contributor's "essential patent claims" are all patent claims
-owned or controlled by the contributor, whether already acquired or
-hereafter acquired, that would be infringed by some manner, permitted
-by this License, of making, using, or selling its contributor version,
-but do not include claims that would be infringed only as a
-consequence of further modification of the contributor version. For
-purposes of this definition, "control" includes the right to grant
-patent sublicenses in a manner consistent with the requirements of
-this License.
-
- Each contributor grants you a non-exclusive, worldwide, royalty-free
-patent license under the contributor's essential patent claims, to
-make, use, sell, offer for sale, import and otherwise run, modify and
-propagate the contents of its contributor version.
-
- In the following three paragraphs, a "patent license" is any express
-agreement or commitment, however denominated, not to enforce a patent
-(such as an express permission to practice a patent or covenant not to
-sue for patent infringement). To "grant" such a patent license to a
-party means to make such an agreement or commitment not to enforce a
-patent against the party.
-
- If you convey a covered work, knowingly relying on a patent license,
-and the Corresponding Source of the work is not available for anyone
-to copy, free of charge and under the terms of this License, through a
-publicly available network server or other readily accessible means,
-then you must either (1) cause the Corresponding Source to be so
-available, or (2) arrange to deprive yourself of the benefit of the
-patent license for this particular work, or (3) arrange, in a manner
-consistent with the requirements of this License, to extend the patent
-license to downstream recipients. "Knowingly relying" means you have
-actual knowledge that, but for the patent license, your conveying the
-covered work in a country, or your recipient's use of the covered work
-in a country, would infringe one or more identifiable patents in that
-country that you have reason to believe are valid.
-
- If, pursuant to or in connection with a single transaction or
-arrangement, you convey, or propagate by procuring conveyance of, a
-covered work, and grant a patent license to some of the parties
-receiving the covered work authorizing them to use, propagate, modify
-or convey a specific copy of the covered work, then the patent license
-you grant is automatically extended to all recipients of the covered
-work and works based on it.
-
- A patent license is "discriminatory" if it does not include within
-the scope of its coverage, prohibits the exercise of, or is
-conditioned on the non-exercise of one or more of the rights that are
-specifically granted under this License. You may not convey a covered
-work if you are a party to an arrangement with a third party that is
-in the business of distributing software, under which you make payment
-to the third party based on the extent of your activity of conveying
-the work, and under which the third party grants, to any of the
-parties who would receive the covered work from you, a discriminatory
-patent license (a) in connection with copies of the covered work
-conveyed by you (or copies made from those copies), or (b) primarily
-for and in connection with specific products or compilations that
-contain the covered work, unless you entered into that arrangement,
-or that patent license was granted, prior to 28 March 2007.
-
- Nothing in this License shall be construed as excluding or limiting
-any implied license or other defenses to infringement that may
-otherwise be available to you under applicable patent law.
-
- 12. No Surrender of Others' Freedom.
-
- If conditions are imposed on you (whether by court order, agreement or
-otherwise) that contradict the conditions of this License, they do not
-excuse you from the conditions of this License. If you cannot convey a
-covered work so as to satisfy simultaneously your obligations under this
-License and any other pertinent obligations, then as a consequence you may
-not convey it at all. For example, if you agree to terms that obligate you
-to collect a royalty for further conveying from those to whom you convey
-the Program, the only way you could satisfy both those terms and this
-License would be to refrain entirely from conveying the Program.
-
- 13. Use with the GNU Affero General Public License.
-
- Notwithstanding any other provision of this License, you have
-permission to link or combine any covered work with a work licensed
-under version 3 of the GNU Affero General Public License into a single
-combined work, and to convey the resulting work. The terms of this
-License will continue to apply to the part which is the covered work,
-but the special requirements of the GNU Affero General Public License,
-section 13, concerning interaction through a network will apply to the
-combination as such.
-
- 14. Revised Versions of this License.
-
- The Free Software Foundation may publish revised and/or new versions of
-the GNU General Public License from time to time. Such new versions will
-be similar in spirit to the present version, but may differ in detail to
-address new problems or concerns.
-
- Each version is given a distinguishing version number. If the
-Program specifies that a certain numbered version of the GNU General
-Public License "or any later version" applies to it, you have the
-option of following the terms and conditions either of that numbered
-version or of any later version published by the Free Software
-Foundation. If the Program does not specify a version number of the
-GNU General Public License, you may choose any version ever published
-by the Free Software Foundation.
-
- If the Program specifies that a proxy can decide which future
-versions of the GNU General Public License can be used, that proxy's
-public statement of acceptance of a version permanently authorizes you
-to choose that version for the Program.
-
- Later license versions may give you additional or different
-permissions. However, no additional obligations are imposed on any
-author or copyright holder as a result of your choosing to follow a
-later version.
-
- 15. Disclaimer of Warranty.
-
- THERE IS NO WARRANTY FOR THE PROGRAM, TO THE EXTENT PERMITTED BY
-APPLICABLE LAW. EXCEPT WHEN OTHERWISE STATED IN WRITING THE COPYRIGHT
-HOLDERS AND/OR OTHER PARTIES PROVIDE THE PROGRAM "AS IS" WITHOUT WARRANTY
-OF ANY KIND, EITHER EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO,
-THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
-PURPOSE. THE ENTIRE RISK AS TO THE QUALITY AND PERFORMANCE OF THE PROGRAM
-IS WITH YOU. SHOULD THE PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF
-ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.
-
- 16. Limitation of Liability.
-
- IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING
-WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MODIFIES AND/OR CONVEYS
-THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES, INCLUDING ANY
-GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE
-USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF
-DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD
-PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER PROGRAMS),
-EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF
-SUCH DAMAGES.
-
- 17. Interpretation of Sections 15 and 16.
-
- If the disclaimer of warranty and limitation of liability provided
-above cannot be given local legal effect according to their terms,
-reviewing courts shall apply local law that most closely approximates
-an absolute waiver of all civil liability in connection with the
-Program, unless a warranty or assumption of liability accompanies a
-copy of the Program in return for a fee.
-
- END OF TERMS AND CONDITIONS
-
- How to Apply These Terms to Your New Programs
-
- If you develop a new program, and you want it to be of the greatest
-possible use to the public, the best way to achieve this is to make it
-free software which everyone can redistribute and change under these terms.
-
- To do so, attach the following notices to the program. It is safest
-to attach them to the start of each source file to most effectively
-state the exclusion of warranty; and each file should have at least
-the "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.
-
- {one line to give the program's name and a brief idea of what it does.}
- Copyright (C) {year} {name of author}
-
- This program is free software: you can redistribute it and/or modify
- it under the terms of the GNU General Public License as published by
- the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
- (at your option) any later version.
-
- This program is distributed in the hope that it will be useful,
- but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
- MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the
- GNU General Public License for more details.
-
- You should have received a copy of the GNU General Public License
- along with this program. If not, see .
-
-Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.
-
- If the program does terminal interaction, make it output a short
-notice like this when it starts in an interactive mode:
-
- {project} Copyright (C) {year} {fullname}
- This program comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details type `show w'.
- This is free software, and you are welcome to redistribute it
- under certain conditions; type `show c' for details.
-
-The hypothetical commands `show w' and `show c' should show the appropriate
-parts of the General Public License. Of course, your program's commands
-might be different; for a GUI interface, you would use an "about box".
-
- You should also get your employer (if you work as a programmer) or school,
-if any, to sign a "copyright disclaimer" for the program, if necessary.
-For more information on this, and how to apply and follow the GNU GPL, see
-.
-
- The GNU General Public License does not permit incorporating your program
-into proprietary programs. If your program is a subroutine library, you
-may consider it more useful to permit linking proprietary applications with
-the library. If this is what you want to do, use the GNU Lesser General
-Public License instead of this License. But first, please read
-.
diff -r f72039c5faa4 -r fd42dbe82c12 phe/__init__.py
--- a/phe/__init__.py Wed Dec 16 07:29:05 2015 -0500
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,4 +0,0 @@
-if __name__ == "phe":
- # If this package is added as library, append extended path.
- from pkgutil import extend_path
- __path__ = extend_path(__path__, __name__)
\ No newline at end of file
diff -r f72039c5faa4 -r fd42dbe82c12 phe/__init__.pyc
Binary file phe/__init__.pyc has changed
diff -r f72039c5faa4 -r fd42dbe82c12 phe/metadata/__init__.py
--- a/phe/metadata/__init__.py Wed Dec 16 07:29:05 2015 -0500
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,16 +0,0 @@
-"""Metadata related information."""
-
-import abc
-
-class PHEMetaData(object):
- """Abstract class to provide interface for meta-data creation."""
-
- __metaclass__ = abc.ABCMeta
-
- def __init__(self):
- pass
-
- @abc.abstractmethod
- def get_meta(self):
- """Get the metadata."""
- raise NotImplementedError("get meta has not been implemented yet.")
diff -r f72039c5faa4 -r fd42dbe82c12 phe/variant/GATKVariantCaller.py
--- a/phe/variant/GATKVariantCaller.py Wed Dec 16 07:29:05 2015 -0500
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,126 +0,0 @@
-'''
-Created on 22 Sep 2015
-
-@author: alex
-'''
-from collections import OrderedDict
-import logging
-import os
-import subprocess
-
-from phe.variant import VariantCaller
-
-
-class GATKVariantCaller(VariantCaller):
- """Implemetation of the Broad institute's variant caller."""
-
- name = "gatk"
- """Plain text name of the variant caller."""
-
- _default_options = "--sample_ploidy 2 --genotype_likelihoods_model BOTH -rf BadCigar -out_mode EMIT_ALL_SITES -nt 1"
- """Default options for the variant caller."""
-
- def __init__(self, cmd_options=None):
- """Constructor"""
- if cmd_options is None:
- cmd_options = self._default_options
-
- super(GATKVariantCaller, self).__init__(cmd_options=cmd_options)
-
- self.last_command = None
-
- def get_info(self, plain=False):
- d = {"name": "gatk", "version": self.get_version(), "command": self.last_command}
-
- if plain:
- result = "GATK(%(version)s): %(command)s" % d
- else:
- result = OrderedDict(d)
-
- return result
-
- def get_version(self):
-
- p = subprocess.Popen(["java", "-jar", os.environ["GATK_JAR"], "-version"], stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.STDOUT)
- (output, _) = p.communicate()
-
- # last character is EOL.
- version = output.split("\n")[-2]
-
- return version
-
- def make_vcf(self, *args, **kwargs):
- ref = kwargs.get("ref")
- bam = kwargs.get("bam")
-
- if kwargs.get("vcf_file") is None:
- kwargs["vcf_file"] = "variants.vcf"
-
- opts = {"ref": os.path.abspath(ref),
- "bam": os.path.abspath(bam),
- "gatk_jar": os.environ["GATK_JAR"],
- "all_variants_file": os.path.abspath(kwargs.get("vcf_file")),
- "extra_cmd_options": self.cmd_options}
-
-# if not self.create_aux_files(ref):
-# logging.warn("Auxiliary files were not created.")
-# return False
-
- # Call variants
- # FIXME: Sample ploidy = 2?
- os.environ["GATK_JAR"]
- cmd = "java -XX:+UseSerialGC -jar %(gatk_jar)s -T UnifiedGenotyper -R %(ref)s -I %(bam)s -o %(all_variants_file)s %(extra_cmd_options)s" % opts
- success = os.system(cmd)
-
- if success != 0:
- logging.warn("Calling variants returned non-zero exit status.")
- return False
-
- self.last_command = cmd
-
- return True
-
- def create_aux_files(self, ref):
- """Create auxiliary files needed for this variant.
-
- Tools needed: samtools and picard tools. Picard tools is a Java
- library that can be defined using environment variable: PICARD_JAR
- specifying path to picard.jar or PICARD_TOOLS_PATH specifying path
- to the directory where separate jars are (older version before jars
- were merged into a single picard.jar).
- Parameters:
- -----------
- ref: str
- Path to the reference file.
-
- Returns:
- --------
- bool:
- True if auxiliary files were created, False otherwise.
- """
-
- ref_name, _ = os.path.splitext(ref)
-
- success = os.system("samtools faidx %s" % ref)
-
- if success != 0:
- logging.warn("Fasta index could not be created.")
- return False
-
- d = {"ref": ref, "ref_name": ref_name}
-
- if os.environ.get("PICARD_TOOLS_PATH"):
- d["picard_tools_path"] = os.path.join(os.environ["PICARD_TOOLS_PATH"], "CreateSequenceDictionary.jar")
- elif os.environ.get("PICARD_JAR"):
- # This is used in newer version of PICARD tool where multiple
- # jars were merged into a single jar file.
- d["picard_tools_path"] = "%s %s" % (os.environ["PICARD_JAR"], "CreateSequenceDictionary")
- else:
- logging.error("Picard tools are not present in the path.")
- return False
-
- success = os.system("java -jar %(picard_tools_path)s R=%(ref)s O=%(ref_name)s.dict" % d)
-
- if success != 0:
- logging.warn("Dictionary for the %s reference could not be created", ref)
- return False
diff -r f72039c5faa4 -r fd42dbe82c12 phe/variant/MPileupVariantCaller.py
--- a/phe/variant/MPileupVariantCaller.py Wed Dec 16 07:29:05 2015 -0500
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,96 +0,0 @@
-'''
-Created on 22 Sep 2015
-
-@author: alex
-'''
-from collections import OrderedDict
-import logging
-import os
-import subprocess
-import tempfile
-
-from phe.variant import VariantCaller
-
-
-class MPileupVariantCaller(VariantCaller):
- """Implemetation of the Broad institute's variant caller."""
-
- name = "mpileup"
- """Plain text name of the variant caller."""
-
- _default_options = "-m -f GQ"
- """Default options for the variant caller."""
-
- def __init__(self, cmd_options=None):
- """Constructor"""
- if cmd_options is None:
- cmd_options = self._default_options
-
- super(MPileupVariantCaller, self).__init__(cmd_options=cmd_options)
-
- self.last_command = None
-
- def get_info(self, plain=False):
- d = {"name": self.name, "version": self.get_version(), "command": self.last_command}
-
- if plain:
- result = "mpileup(%(version)s): %(command)s" % d
- else:
- result = OrderedDict(d)
-
- return result
-
- def get_version(self):
-
- p = subprocess.Popen(["samtools", "--version"], stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.STDOUT)
- (output, _) = p.communicate()
-
- # first line is the version of the samtools
- version = output.split("\n")[0].split(" ")[1]
-
- return version
-
- def make_vcf(self, *args, **kwargs):
- ref = kwargs.get("ref")
- bam = kwargs.get("bam")
-
- if kwargs.get("vcf_file") is None:
- kwargs["vcf_file"] = "variants.vcf"
-
- opts = {"ref": os.path.abspath(ref),
- "bam": os.path.abspath(bam),
- "all_variants_file": os.path.abspath(kwargs.get("vcf_file")),
- "extra_cmd_options": self.cmd_options}
-
- with tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".pileup") as tmp:
- opts["pileup_file"] = tmp.name
- cmd = "samtools mpileup -t DP,DV,DP4,DPR,SP -Auf %(ref)s %(bam)s | bcftools call %(extra_cmd_options)s > %(all_variants_file)s" % opts
- print cmd
- self.last_command = cmd
- if os.system(cmd) != 0:
- logging.warn("Pileup creation was not successful.")
- return False
-
- return True
-
- def create_aux_files(self, ref):
- """Index reference with faidx from samtools.
-
- Parameters:
- -----------
- ref: str
- Path to the reference file.
-
- Returns:
- --------
- bool:
- True if auxiliary files were created, False otherwise.
- """
-
- success = os.system("samtools faidx %s" % ref)
-
- if success != 0:
- logging.warn("Fasta index could not be created.")
- return False
-
- return True
diff -r f72039c5faa4 -r fd42dbe82c12 phe/variant/__init__.py
--- a/phe/variant/__init__.py Wed Dec 16 07:29:05 2015 -0500
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,288 +0,0 @@
-"""Classes and methods to work with variants and such."""
-import abc
-#ulf
-# from collections import OrderedDict
-try:
- from collections import OrderedDict
-except ImportError:
- from ordereddict import OrderedDict
-
-import logging
-import pickle
-
-from vcf import filters
-import vcf
-from vcf.parser import _Filter
-
-from phe.metadata import PHEMetaData
-from phe.variant_filters import make_filters, PHEFilterBase, str_to_filters
-
-
-class VCFTemplate(object):
- """This is a small hack class for the Template used in generating
- VCF file."""
-
- def __init__(self, vcf_reader):
- self.infos = vcf_reader.infos
- self.formats = vcf_reader.formats
- self.filters = vcf_reader.filters
- self.alts = vcf_reader.alts
- self.contigs = vcf_reader.contigs
- self.metadata = vcf_reader.metadata
- self._column_headers = vcf_reader._column_headers
- self.samples = vcf_reader.samples
-
-class VariantSet(object):
- """A convenient representation of set of variants.
- TODO: Implement iterator and generator for the variant set.
- """
-
- _reader = None
-
- def __init__(self, vcf_in, filters=None):
- """Constructor of variant set.
-
- Parameters:
- -----------
- vcf_in: str
- Path to the VCF file for loading information.
- filters: str or dict, optional
- Dictionary or string of the filter:threshold key value pairs.
- """
- self.vcf_in = vcf_in
- self._reader = vcf.Reader(filename=vcf_in)
- self.out_template = VCFTemplate(self._reader)
-
- self.filters = []
- if filters is not None:
- if isinstance(filters, str):
- self.filters = str_to_filters(filters)
- elif isinstance(filters, dict):
- self.filters = make_filters(config=filters)
- elif isinstance(filters, list):
- self.filters = filters
- else:
- logging.warn("Could not create filters from %s", filters)
- else:
- reader = vcf.Reader(filename=self.vcf_in)
- filters = {}
- for filter_id in reader.filters:
- filters.update(PHEFilterBase.decode(filter_id))
-
- if filters:
- self.filters = make_filters(config=filters)
-
- self.variants = []
-
- def filter_variants(self, keep_only_snps=True):
- """Create a variant """
-
- if self._reader is None:
- # Create a reader class from input VCF.
- self._reader = vcf.Reader(filename=self.vcf_in)
-
- # get list of existing filters.
- existing_filters = {}
- removed_filters = []
-
- for filter_id in self._reader.filters:
- conf = PHEFilterBase.decode(filter_id)
- tuple(conf.keys())
- existing_filters.update({tuple(conf.keys()):filter_id})
-
- # Add each filter we are going to use to the record.
- # This is needed for writing out proper #FILTER header in VCF.
- for record_filter in self.filters:
- # We know that each filter has short description method.
- short_doc = record_filter.short_desc()
- short_doc = short_doc.split('\n')[0].lstrip()
-
- filter_name = PHEFilterBase.decode(record_filter.filter_name())
-
- # Check if the sample has been filtered for this type of filter
- # in the past. If so remove is, because it is going to be refiltered.
- if tuple(filter_name) in existing_filters:
- logging.info("Removing existing filter: %s", existing_filters[tuple(filter_name)])
- removed_filters.append(existing_filters[tuple(filter_name)])
- del self._reader.filters[existing_filters[tuple(filter_name)]]
-
- self._reader.filters[record_filter.filter_name()] = _Filter(record_filter.filter_name(), short_doc)
-
- # For each record (POSITION) apply set of filters.
- for record in self._reader:
-
- # If this record failed filters and we removed some,
- # check is they need to be removed from record.
- if isinstance(record.FILTER, list) and len(record.FILTER) > 0:
- for filter_id in removed_filters:
- if filter_id in record.FILTER:
- record.FILTER.remove(filter_id)
-
- for record_filter in self.filters:
-
- # Call to __call__ method in each filter.
- result = record_filter(record)
-
- # Record is KEPT if filter returns None
- if result == None:
- continue
-
- # If we got this far, then record is filtered OUT.
- record.add_filter(record_filter.filter_name())
-
- # After applying all filters, check if FILTER is None.
- # If it is, then record PASSED all filters.
- if record.FILTER is None or record.FILTER == []:
- record.FILTER = 'PASS'
- # FIXME: Does this work for indels?
- if keep_only_snps and record.is_snp:
- self.variants.append(record)
- else:
- self.variants.append(record)
-
- self.update_filters(self._reader.filters)
-
- return [ variant for variant in self.variants if variant.FILTER == "PASS"]
-
- def add_metadata(self, info):
- """Add metadata to the variant set.
-
- Parameters:
- -----------
- info: dict
- Dictionary of key value pairs to be inserted into metadata.
- """
- for info_key, metadata in info.items():
- self.out_template.metadata[info_key] = metadata
-
- def write_variants(self, vcf_out, only_snps=False, only_good=False):
- """Write variants to a VCF file.
-
- Parameters:
- -----------
- vcf_out: str
- Path to the file where VCF data is written.
- only_snps: bool, optional
- True is *only* SNP are to be written to the output (default: False).
- only_good: bool, optional
- True if only those records that PASS all filters should be written
- (default: False).
-
- Returns:
- int:
- Number of records written.
- """
- written_variants = 0
- with open(vcf_out, "w") as out_vcf:
- writer = vcf.Writer(out_vcf, self.out_template)
- for record in self.variants:
-
- if only_snps and not record.is_snp:
- continue
-
- if only_good and record.FILTER != "PASS" or record.FILTER is None:
- continue
-
- writer.write_record(record)
- written_variants += 1
-
- return written_variants
-
- def _write_bad_variants(self, vcf_out):
- """**PRIVATE:** Write only those records that **haven't** passed."""
- written_variants = 0
- with open(vcf_out, "w") as out_vcf:
- writer = vcf.Writer(out_vcf, self.out_template)
- for record in self.variants:
- if record.FILTER != "PASS" and record.FILTER is not None:
- writer.write_record(record)
- written_variants += 1
- return written_variants
-
- def serialise(self, out_file):
- """Save the data in this class to a file for future use/reload.
-
- Parameters:
- -----------
- out_file: str
- path to file where the data should be written to.
-
- Returns:
- --------
- int:
- Number of variants written.
- """
- written_variants = 0
- with open(out_file, "w") as out_vcf:
- writer = vcf.Writer(out_vcf, self.out_template)
- for record in self.variants:
- writer.write_record(record)
- written_variants += 1
-
- return written_variants
-
- def update_filters(self, new_filters):
- """Update internal filters in the output template."""
- for new_filter, filter_data in new_filters.items():
- self.out_template.filters[new_filter] = filter_data
-
-
-class VariantCaller(PHEMetaData):
- """Abstract class used for access to the implemented variant callers."""
-
- __metaclass__ = abc.ABCMeta
-
- def __init__(self, cmd_options=None):
- """Constructor for variant caller.
-
- Parameters:
- -----------
- cmd_options: str, optional
- Command options to pass to the variant command.
- """
- self.cmd_options = cmd_options
-
- super(VariantCaller, self).__init__()
-
- @abc.abstractmethod
- def make_vcf(self, *args, **kwargs):
- """Create a VCF from **BAM** file.
-
- Parameters:
- -----------
- ref: str
- Path to the reference file.
- bam: str
- Path to the indexed **BAM** file for calling variants.
- vcf_file: str
- path to the VCF file where data will be written to.
-
- Returns:
- --------
- bool:
- True if variant calling was successful, False otherwise.
- """
- raise NotImplementedError("make_vcf is not implemented yet.")
-
- @abc.abstractmethod
- def create_aux_files(self, ref):
- """Create needed (if any) auxiliary files.
- These files are required for proper functioning of the variant caller.
- """
- raise NotImplementedError("create_aux_files is not implemeted.")
-
- @abc.abstractmethod
- def get_info(self, plain=False):
- """Get information about this variant caller."""
- raise NotImplementedError("Get info has not been implemented yet."
- )
- def get_meta(self):
- """Get the metadata about this variant caller."""
- od = self.get_info()
- od["ID"] = "VariantCaller"
- return OrderedDict({"PHEVariantMetaData": [od]})
-
- @abc.abstractmethod
- def get_version(self):
- """Get the version of the underlying command used."""
- raise NotImplementedError("Get version has not been implemented yet.")
diff -r f72039c5faa4 -r fd42dbe82c12 phe/variant/variant_factory.py
--- a/phe/variant/variant_factory.py Wed Dec 16 07:29:05 2015 -0500
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,92 +0,0 @@
-'''Classes and functions for working with variant callers.
-
-Created on 22 Sep 2015
-
-@author: alex
-'''
-import glob
-import inspect
-import logging
-import os
-import sys
-
-from phe.variant import VariantCaller
-
-def dynamic_caller_loader():
- """Fancy way of dynamically importing existing variant callers.
-
- Returns
- -------
- dict:
- Available variant callers dictionary. Keys are parameters that
- can be used to call variants.
- """
-
- # We assume the caller are in the same directory as THIS file.
- variants_dir = os.path.dirname(__file__)
- variants_dir = os.path.abspath(variants_dir)
-
- # This is populated when the module is first imported.
- avail_callers = {}
-
- # Add this directory to the syspath.
- sys.path.insert(0, variants_dir)
-
- # Find all "py" files.
- for caller_mod in glob.glob(os.path.join(variants_dir, "*.py")):
-
- # Derive name of the module where caller is.
- caller_mod_file = os.path.basename(caller_mod)
-
- # Ignore __init__ file, only base class is there.
- if caller_mod_file.startswith("__init__"):
- continue
-
- # Import the module with a caller.
- mod = __import__(caller_mod_file.replace(".pyc", "").replace(".py", ""))
-
- # Find all the classes contained in this module.
- classes = inspect.getmembers(mod, inspect.isclass)
- for cls_name, cls in classes:
- # For each class, if it is a sublass of VariantCaller, add it.
- if cls_name != "VariantCaller" and issubclass(cls, VariantCaller):
- # The name is inherited and defined within each caller.
- avail_callers[cls.name] = cls
-
- sys.path.remove(variants_dir)
-
- return avail_callers
-
-_avail_variant_callers = dynamic_caller_loader()
-
-def available_callers():
- """Return list of available variant callers."""
- return _avail_variant_callers.keys()
-
-def factory(variant=None, custom_options=None):
- """Make an instance of a variant class.
-
- Parameters:
- -----------
- variant: str, optional
- Name of the variant class to instantiate.
- custom_options: str, optional
- Custom options to be passed directly to the implementing class.
-
- Returns:
- --------
- :py:class:`phe.variant.VariantCaller`:
- Instance of the :py:class:`phe.variant.VariantCaller` for given
- variant name, or None if one couldn't be found.
- """
- if variant is not None and isinstance(variant, str):
-
- variant = variant.lower()
- if variant in _avail_variant_callers:
- return _avail_variant_callers[variant](cmd_options=custom_options)
- else:
- logging.error("No implementation for %s mapper.")
- return None
-
- logging.warn("Unknown parameters. Mapper could not be initialised.")
- return None
diff -r f72039c5faa4 -r fd42dbe82c12 phe/variant_filters/__init__.py
--- a/phe/variant_filters/__init__.py Wed Dec 16 07:29:05 2015 -0500
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,209 +0,0 @@
-"""Classes and functions for working with variant filters."""
-
-from __builtin__ import __import__
-from abc import abstractproperty
-import abc
-import argparse
-import glob
-import inspect
-import logging
-import os
-import re
-import sys
-
-import vcf
-import vcf.filters
-from vcf.parser import _Filter
-
-IUPAC_CODES = {frozenset(["A", "G"]): "R",
- frozenset(["C", "T"]): "Y",
- frozenset(["G", "C"]): "S",
- frozenset(["A", "T"]): "W",
- frozenset(["G", "T"]): "K",
- frozenset(["A", "C"]): "M",
- frozenset(["C", "G", "T"]): "B",
- frozenset(["A", "G", "T"]): "D",
- frozenset(["A", "C", "T"]): "H",
- frozenset(["A", "C", "G"]): "V"
- }
-
-class PHEFilterBase(vcf.filters.Base):
- """Base class for VCF filters."""
- __meta__ = abc.ABCMeta
-
- magic_sep = ":"
- decoder_pattern = re.compile(magic_sep)
-
- @abc.abstractproperty
- def parameter(self):
- """Short name of parameter being filtered."""
- return self.parameter
-
- @abc.abstractproperty
- def _default_threshold(self):
- """Default threshold for filtering."""
- return self._default_threshold
-
- def __init__(self, args):
- super(PHEFilterBase, self).__init__(args)
-
- # Change the threshold to custom gq value.
- self.threshold = self._default_threshold
-
- if isinstance(args, dict):
- self.threshold = args.get(self.parameter)
-
- def __str__(self):
- return self.filter_name()
-
- @abc.abstractmethod
- def short_desc(self):
- """Short description of the filter (included in VCF)."""
- raise NotImplementedError("Get short description is not implemented.")
-
- def get_config(self):
- """This is used for reconstructing filter."""
- return {self.parameter: self.threshold}
-
- def filter_name(self):
- """Create filter names by their parameter separated by magic.
- E.g. if filter parameter is ad_ratio and threshold is 0.9 then
- ad_ratio:0.9 if the filter name.
- """
- return "%s%s%s" % (self.parameter, self.magic_sep, self.threshold)
-
- @staticmethod
- def decode(filter_id):
- """Decode name of filter."""
- conf = {}
-
- if PHEFilterBase.magic_sep in filter_id:
- info = PHEFilterBase.decoder_pattern.split(filter_id)
- assert len(info) == 2
- conf[info[0]] = info[1]
- return conf
-
- def is_gap(self):
- return False
-
- def is_n(self):
- return True
-
- @staticmethod
- def call_concensus(record):
- extended_code = "N"
- try:
- sample_ad = set([str(c) for c in record.ALT] + [record.REF])
-
-
- for code, cov in IUPAC_CODES.items():
- if sample_ad == cov:
- extended_code = code
- break
- except AttributeError:
- extended_code = "N"
-
- return extended_code
-
-def dynamic_filter_loader():
- """Fancy way of dynamically importing existing filters.
-
- Returns
- -------
- dict:
- Available filters dictionary. Keys are parameters that
- can be supplied to the filters.
- """
-
- # We assume the filters are in the same directory as THIS file.
- filter_dir = os.path.dirname(__file__)
- filter_dir = os.path.abspath(filter_dir)
-
- # This is populated when the module is first imported.
- avail_filters = {}
-
- # Add this directory to the syspath.
- sys.path.insert(0, filter_dir)
-
- # Find all "py" files.
- for filter_mod in glob.glob(os.path.join(filter_dir, "*.py")):
-
- # Derive name of the module where filter is.
- filter_mod_file = os.path.basename(filter_mod)
-
- # Ignore this file, obviously.
- if filter_mod_file.startswith("__init__"):
- continue
-
- # Import the module with a filter.
- mod = __import__(filter_mod_file.replace(".pyc", "").replace(".py", ""))
-
- # Find all the classes contained in this module.
- classes = inspect.getmembers(mod, inspect.isclass)
- for cls_name, cls in classes:
- # For each class, if it is a sublass of PHEFilterBase, add it.
- if cls_name != "PHEFilterBase" and issubclass(cls, PHEFilterBase):
- # The parameters are inherited and defined within each filter.
- avail_filters[cls.parameter] = cls
-
- sys.path.remove(filter_dir)
-
- return avail_filters
-
-_avail_filters = dynamic_filter_loader()
-
-def available_filters():
- """Return list of available filters."""
- return _avail_filters.keys()
-
-def str_to_filters(filters):
- """Convert from filter string to array of filters.
- E.g. ad_ration:0.9,min_depth:5
-
- Parameters:
- -----------
- filters: str
- String version of filters, separated by comma.
-
- Returns:
- --------
- list:
- List of :py:class:`phe.variant_filters.PHEFilterBase` instances.
- """
-
- config = {}
- for kv_pair in filters.split(","):
- pair = kv_pair.split(":")
- assert len(pair) == 2, "Filters should be separated by ':' %s" % kv_pair
-
- # We don't care about casting them to correct type because Filters
- # will do it for us.
- config[pair[0]] = pair[1]
-
- return make_filters(config)
-
-def make_filters(config):
- """Create a list of filters from *config*.
-
- Parameters:
- -----------
- config: dict, optional
- Dictionary with parameter: value pairs. For each parameter, an
- appropriate Filter will be found and instanciated.
-
- Returns:
- --------
- list:
- List of :py:class:`PHEFilterBase` filters.
- """
- filters = []
-
- if config:
- for custom_filter in config:
- if custom_filter in _avail_filters:
- filters.append(_avail_filters[custom_filter](config))
- else:
- logging.warn("Could not find appropriate filter for %s",
- custom_filter)
-
- return filters
diff -r f72039c5faa4 -r fd42dbe82c12 phe/variant_filters/__init__.pyc
Binary file phe/variant_filters/__init__.pyc has changed
diff -r f72039c5faa4 -r fd42dbe82c12 test-data/1_short.vcf
--- a/test-data/1_short.vcf Wed Dec 16 07:29:05 2015 -0500
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,50000 +0,0 @@
-##fileformat=VCFv4.1
-##FILTER=
-##FORMAT=
-##FORMAT=
-##FORMAT=
-##FORMAT=
-##FORMAT=
-##GATKCommandLine=
-##GATKCommandLine=
-##INFO=
-##INFO=
-##INFO=
-##INFO=
-##INFO=
-##INFO=
-##INFO=
-##INFO=
-##INFO=
-##INFO=
-##INFO=
-##INFO=
-##INFO=
-##INFO=
-##INFO=
-##INFO=
-##INFO=
-##INFO=
-##INFO=
-##INFO=
-##contig=
-##reference=file:///phengs/galaxy/database/tmp/tmp-gatk-lMh4vi/gatk_input.fasta
-##source=SelectVariants
-##INFO=
-#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT H133840545_1
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 1 . A . 332.23 . AN=2;DP=101;MQ=56.86;MQ0=0 GT:DP 0/0:101
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 2 . G . 326.23 . AN=2;DP=101;MQ=56.86;MQ0=0 GT:DP 0/0:101
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 3 . C . 332.23 . AN=2;DP=101;MQ=56.86;MQ0=0 GT:DP 0/0:101
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 4 . T . 332.23 . AN=2;DP=101;MQ=56.86;MQ0=0 GT:DP 0/0:101
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 5 . T . 329.23 . AN=2;DP=101;MQ=56.86;MQ0=0 GT:DP 0/0:101
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 6 . T . 332.23 . AN=2;DP=101;MQ=56.86;MQ0=0 GT:DP 0/0:101
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 7 . T . 332.23 . AN=2;DP=102;MQ=56.89;MQ0=0 GT:DP 0/0:102
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 8 . C . 341.23 . AN=2;DP=104;MQ=56.95;MQ0=0 GT:DP 0/0:104
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 9 . A . 338.23 . AN=2;DP=104;MQ=56.95;MQ0=0 GT:DP 0/0:104
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 10 . T . 341.23 . AN=2;DP=104;MQ=56.95;MQ0=0 GT:DP 0/0:104
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 11 . T . 335.23 . AN=2;DP=104;MQ=56.95;MQ0=0 GT:DP 0/0:104
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 12 . C . 341.23 . AN=2;DP=104;MQ=56.95;MQ0=0 GT:DP 0/0:104
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 13 . T . 341.23 . AN=2;DP=105;MQ=56.98;MQ0=0 GT:DP 0/0:105
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 14 . G . 344.23 . AN=2;DP=105;MQ=56.98;MQ0=0 GT:DP 0/0:105
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 15 . A . 344.23 . AN=2;DP=105;MQ=56.98;MQ0=0 GT:DP 0/0:105
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 16 . C . 344.23 . AN=2;DP=107;MQ=57.04;MQ0=0 GT:DP 0/0:106
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 17 . T . 347.23 . AN=2;DP=107;MQ=57.04;MQ0=0 GT:DP 0/0:107
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 18 . G . 347.23 . AN=2;DP=108;MQ=57.06;MQ0=0 GT:DP 0/0:108
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 19 . C . 347.23 . AN=2;DP=108;MQ=57.06;MQ0=0 GT:DP 0/0:106
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 20 . A . 350.23 . AN=2;DP=108;MQ=57.06;MQ0=0 GT:DP 0/0:108
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 21 . A . 353.23 . AN=2;DP=108;MQ=57.06;MQ0=0 GT:DP 0/0:108
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 22 . C . 359.23 . AN=2;DP=110;MQ=57.12;MQ0=0 GT:DP 0/0:110
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 23 . G . 380.23 . AN=2;DP=117;MQ=57.30;MQ0=0 GT:DP 0/0:117
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 24 . G . 392.23 . AN=2;DP=121;MQ=57.39;MQ0=0 GT:DP 0/0:121
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 25 . G . 395.23 . AN=2;DP=122;MQ=57.41;MQ0=0 GT:DP 0/0:122
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 26 . C . 395.23 . AN=2;DP=123;MQ=57.43;MQ0=0 GT:DP 0/0:123
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 27 . A . 404.23 . AN=2;DP=125;MQ=57.47;MQ0=0 GT:DP 0/0:125
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 28 . A . 419.23 . AN=2;DP=131;MQ=57.59;MQ0=0 GT:DP 0/0:131
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 29 . T . 416.23 . AN=2;DP=132;MQ=57.61;MQ0=0 GT:DP 0/0:132
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 30 . A . 437.23 . AN=2;DP=137;MQ=57.70;MQ0=0 GT:DP 0/0:137
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 31 . T . 425.23 . AN=2;DP=134;MQ=58.08;MQ0=0 GT:DP 0/0:134
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 32 . G . 443.23 . AN=2;DP=140;MQ=58.41;MQ0=0 GT:DP 0/0:140
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 33 . T . 458.23 . AN=2;DP=146;MQ=58.58;MQ0=0 GT:DP 0/0:146
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 34 . C . 452.23 . AN=2;DP=146;MQ=58.58;MQ0=0 GT:DP 0/0:146
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 35 . T . 446.23 . AN=2;DP=143;MQ=58.96;MQ0=0 GT:DP 0/0:143
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 36 . C . 449.23 . AN=2;DP=143;MQ=58.96;MQ0=0 GT:DP 0/0:143
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 37 . T . 416.23 . AN=2;DP=132;MQ=59.76;MQ0=0 GT:DP 0/0:132
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 38 . G . 419.23 . AN=2;DP=132;MQ=59.76;MQ0=0 GT:DP 0/0:132
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 39 . T . 401.23 . AN=2;DP=131;MQ=59.94;MQ0=0 GT:DP 0/0:131
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 40 . G . 404.23 . AN=2;DP=131;MQ=59.94;MQ0=0 GT:DP 0/0:130
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 41 . T . 392.23 . AN=2;DP=127;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:127
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 42 . G . 392.23 . AN=2;DP=126;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:126
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 43 . G . 383.23 . AN=2;DP=124;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:124
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 44 . A . 389.23 . AN=2;DP=127;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:125
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 45 . T . 389.23 . AN=2;DP=127;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:127
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 46 . T . 380.23 . AN=2;DP=126;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:126
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 47 . A . 383.23 . AN=2;DP=126;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:126
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 48 . A . 398.23 . AN=2;DP=132;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:132
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 49 . A . 413.23 . AN=2;DP=136;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:136
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 50 . A . 434.23 . AN=2;DP=145;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:145
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 51 . A . 425.23 . AN=2;DP=142;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:142
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 52 . A . 416.23 . AN=2;DP=141;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:141
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 53 . A . 410.23 . AN=2;DP=141;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:141
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 54 . G . 416.23 . AN=2;DP=142;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:142
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 55 . A . 419.23 . AN=2;DP=143;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:143
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 56 . G . 422.23 . AN=2;DP=142;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:142
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 57 . T . 410.23 . AN=2;DP=139;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:139
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 58 . C . 434.23 . AN=2;DP=143;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:143
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 59 . T . 428.23 . AN=2;DP=144;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:144
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 60 . C . 437.23 . AN=2;DP=144;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:144
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 61 . T . 425.23 . AN=2;DP=143;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:143
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 62 . G . 425.23 . AN=2;DP=144;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:144
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 63 . A . 428.23 . AN=2;DP=146;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:146
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 64 . C . 425.23 . AN=2;DP=146;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:145
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 65 . A . 425.23 . AN=2;DP=145;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:145
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 66 . G . 431.23 . AN=2;DP=142;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:142
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 67 . C . 428.23 . AN=2;DP=143;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:142
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 68 . A . 419.23 . AN=2;DP=140;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:140
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 69 . G . 419.23 . AN=2;DP=140;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:140
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 70 . C . 443.23 . AN=2;DP=145;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:145
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 71 . T . 449.23 . AN=2;DP=148;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:148
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 72 . T . 431.23 . AN=2;DP=146;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:145
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 73 . C . 434.23 . AN=2;DP=143;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:143
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 74 . T . 425.23 . AN=2;DP=143;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:143
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 75 . G . 428.23 . AN=2;DP=143;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:143
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 76 . A . 437.23 . AN=2;DP=145;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:145
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 77 . A . 431.23 . AN=2;DP=145;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:145
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 78 . C . 431.23 . AN=2;DP=147;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:147
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 79 . T . 419.23 . AN=2;DP=141;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:141
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 80 . G . 431.23 . AN=2;DP=144;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:144
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 81 . G . 419.23 . AN=2;DP=144;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:144
-gi|15829254|ref|NC_002695.1| 82 . T . 419.23 . AN=2;DP=142;MQ=60.00;MQ0=0 GT:DP 0/0:142
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-TTTTACACGA
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-CCCATAGCAG
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--- a/tool_dependencies.xml Wed Dec 16 07:29:05 2015 -0500
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--- a/vcfs2fasta.py Wed Dec 16 07:29:05 2015 -0500
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,415 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env python
-'''
-Merge SNP data from multiple VCF files into a single fasta file.
-
-Created on 5 Oct 2015
-
-@author: alex
-'''
-import argparse
-from collections import OrderedDict
-import glob
-import itertools
-import logging
-import os
-
-from Bio import SeqIO
-from bintrees import FastRBTree
-
-# Try importing the matplotlib and numpy for stats.
-try:
- from matplotlib import pyplot as plt
- import numpy
- can_stats = True
-except ImportError:
- can_stats = False
-
-import vcf
-
-from phe.variant_filters import IUPAC_CODES
-
-
-def plot_stats(pos_stats, total_samples, plots_dir="plots", discarded={}):
- if not os.path.exists(plots_dir):
- os.makedirs(plots_dir)
-
- for contig in pos_stats:
-
- plt.style.use('ggplot')
-
- x = numpy.array([pos for pos in pos_stats[contig] if pos not in discarded.get(contig, [])])
- y = numpy.array([ float(pos_stats[contig][pos]["mut"]) / total_samples for pos in pos_stats[contig] if pos not in discarded.get(contig, []) ])
-
- f, (ax1, ax2, ax3, ax4) = plt.subplots(4, sharex=True, sharey=True)
- f.set_size_inches(12, 15)
- ax1.plot(x, y, 'ro')
- ax1.set_title("Fraction of samples with SNPs")
- plt.ylim(0, 1.1)
-
- y = numpy.array([ float(pos_stats[contig][pos]["N"]) / total_samples for pos in pos_stats[contig] if pos not in discarded.get(contig, [])])
- ax2.plot(x, y, 'bo')
- ax2.set_title("Fraction of samples with Ns")
-
- y = numpy.array([ float(pos_stats[contig][pos]["mix"]) / total_samples for pos in pos_stats[contig] if pos not in discarded.get(contig, [])])
- ax3.plot(x, y, 'go')
- ax3.set_title("Fraction of samples with mixed bases")
-
- y = numpy.array([ float(pos_stats[contig][pos]["gap"]) / total_samples for pos in pos_stats[contig] if pos not in discarded.get(contig, [])])
- ax4.plot(x, y, 'yo')
- ax4.set_title("Fraction of samples with uncallable genotype (gap)")
-
- plt.savefig(os.path.join(plots_dir, "%s.png" % contig), dpi=100)
-
-def get_mixture(record, threshold):
- mixtures = {}
- try:
- if len(record.samples[0].data.AD) > 1:
-
- total_depth = sum(record.samples[0].data.AD)
- # Go over all combinations of touples.
- for comb in itertools.combinations(range(0, len(record.samples[0].data.AD)), 2):
- i = comb[0]
- j = comb[1]
-
- alleles = list()
-
- if 0 in comb:
- alleles.append(str(record.REF))
-
- if i != 0:
- alleles.append(str(record.ALT[i - 1]))
- mixture = record.samples[0].data.AD[i]
- if j != 0:
- alleles.append(str(record.ALT[j - 1]))
- mixture = record.samples[0].data.AD[j]
-
- ratio = float(mixture) / total_depth
- if ratio == 1.0:
- logging.debug("This is only designed for mixtures! %s %s %s %s", record, ratio, record.samples[0].data.AD, record.FILTER)
-
- if ratio not in mixtures:
- mixtures[ratio] = []
- mixtures[ratio].append(alleles.pop())
-
- elif ratio >= threshold:
- try:
- code = IUPAC_CODES[frozenset(alleles)]
- if ratio not in mixtures:
- mixtures[ratio] = []
- mixtures[ratio].append(code)
- except KeyError:
- logging.warn("Could not retrieve IUPAC code for %s from %s", alleles, record)
- except AttributeError:
- mixtures = {}
-
- return mixtures
-
-def print_stats(stats, pos_stats, total_vars):
- for contig in stats:
- for sample, info in stats[contig].items():
- print "%s,%i,%i" % (sample, len(info.get("n_pos", [])), total_vars)
-
- for contig in stats:
- for pos, info in pos_stats[contig].iteritems():
- print "%s,%i,%i,%i,%i" % (contig, pos, info.get("N", "NA"), info.get("-", "NA"), info.get("mut", "NA"))
-
-
-def get_args():
- args = argparse.ArgumentParser(description="Combine multiple VCFs into a single FASTA file.")
-
- group = args.add_mutually_exclusive_group(required=True)
- group.add_argument("--directory", "-d", help="Path to the directory with .vcf files.")
- group.add_argument("--input", "-i", type=str, nargs='+', help="List of VCF files to process.")
-
- args.add_argument("--out", "-o", required=True, help="Path to the output FASTA file.")
-
- args.add_argument("--with-mixtures", type=float, help="Specify this option with a threshold to output mixtures above this threshold.")
-
- args.add_argument("--column-Ns", type=float, help="Keeps columns with fraction of Ns above specified threshold.")
-
- args.add_argument("--sample-Ns", type=float, help="Keeps samples with fraction of Ns above specified threshold.")
-
- args.add_argument("--reference", type=str, help="If path to reference specified (FASTA), then whole genome will be written.")
-
- group = args.add_mutually_exclusive_group()
-
- group.add_argument("--include")
- group.add_argument("--exclude")
-
- args.add_argument("--with-stats", help="If a path is specified, then position of the outputed SNPs is stored in this file. Requires mumpy and matplotlib.")
- args.add_argument("--plots-dir", default="plots", help="Where to write summary plots on SNPs extracted. Requires mumpy and matplotlib.")
-
- return args.parse_args()
-
-def main():
- """
- Process VCF files and merge them into a single fasta file.
- """
-
- logging.basicConfig(level=logging.INFO)
-
- args = get_args()
- contigs = list()
-
- sample_stats = dict()
-
- # All positions available for analysis.
- avail_pos = dict()
- # Stats about each position in each chromosome.
- pos_stats = dict()
- # Cached version of the data.
- vcf_data = dict()
- mixtures = dict()
-
- empty_tree = FastRBTree()
-
- exclude = False
- include = False
-
- if args.reference:
- ref_seq = OrderedDict()
- with open(args.reference) as fp:
- for record in SeqIO.parse(fp, "fasta"):
- ref_seq[record.id] = str(record.seq)
-
- args.reference = ref_seq
-
- if args.exclude or args.include:
- pos = {}
- chr_pos = []
- bed_file = args.include if args.include is not None else args.exclude
-
- with open(bed_file) as fp:
- for line in fp:
- data = line.strip().split("\t")
-
- chr_pos += [ (i, False,) for i in xrange(int(data[1]), int(data[2]) + 1)]
-
- if data[0] not in pos:
- pos[data[0]] = []
-
- pos[data[0]] += chr_pos
-
-
- pos = {chrom: FastRBTree(l) for chrom, l in pos.items()}
-
- if args.include:
- include = pos
- else:
- exclude = pos
-
-
- if args.directory is not None and args.input is None:
- args.input = glob.glob(os.path.join(args.directory, "*.vcf"))
-
- # First pass to get the references and the positions to be analysed.
- for vcf_in in args.input:
- sample_name, _ = os.path.splitext(os.path.basename(vcf_in))
- vcf_data[vcf_in] = list()
- reader = vcf.Reader(filename=vcf_in)
-
- for record in reader:
- if include and include.get(record.CHROM, empty_tree).get(record.POS, True) or exclude and not exclude.get(record.CHROM, empty_tree).get(record.POS, True):
- continue
-
- vcf_data[vcf_in].append(record)
-
- if record.CHROM not in contigs:
- contigs.append(record.CHROM)
- avail_pos[record.CHROM] = FastRBTree()
- mixtures[record.CHROM] = {}
- sample_stats[record.CHROM] = {}
-
- if sample_name not in mixtures[record.CHROM]:
- mixtures[record.CHROM][sample_name] = FastRBTree()
-
- if sample_name not in sample_stats[record.CHROM]:
- sample_stats[record.CHROM][sample_name] = {}
-
- if not record.FILTER:
- if record.is_snp:
- if record.POS in avail_pos[record.CHROM] and avail_pos[record.CHROM][record.POS] != record.REF:
- logging.critical("SOMETHING IS REALLY WRONG because reference for the same position is DIFFERENT! %s", record.POS)
- return 2
-
- if record.CHROM not in pos_stats:
- pos_stats[record.CHROM] = {}
-
- avail_pos[record.CHROM].insert(record.POS, str(record.REF))
- pos_stats[record.CHROM][record.POS] = {"N":0, "-": 0, "mut": 0, "mix": 0, "gap": 0}
-
- elif args.with_mixtures and record.is_snp:
- mix = get_mixture(record, args.with_mixtures)
-
- for ratio, code in mix.items():
- for c in code:
- avail_pos[record.CHROM].insert(record.POS, str(record.REF))
- if record.CHROM not in pos_stats:
- pos_stats[record.CHROM] = {}
- pos_stats[record.CHROM][record.POS] = {"N": 0, "-": 0, "mut": 0, "mix": 0, "gap": 0}
-
- if sample_name not in mixtures[record.CHROM]:
- mixtures[record.CHROM][sample_name] = FastRBTree()
-
- mixtures[record.CHROM][sample_name].insert(record.POS, c)
-
-
- all_data = { contig: {} for contig in contigs}
- samples = []
-
- for vcf_in in args.input:
-
- sample_seq = ""
- sample_name, _ = os.path.splitext(os.path.basename(vcf_in))
- samples.append(sample_name)
-
- # Initialise the data for this sample to be REF positions.
- for contig in contigs:
- all_data[contig][sample_name] = { pos: avail_pos[contig][pos] for pos in avail_pos[contig] }
-
-# reader = vcf.Reader(filename=vcf_in)
- for record in vcf_data[vcf_in]:
- # Array of filters that have been applied.
- filters = []
-
- # If position is our available position.
- if avail_pos.get(record.CHROM, empty_tree).get(record.POS, False):
- if record.FILTER == "PASS" or not record.FILTER:
- if record.is_snp:
- if len(record.ALT) > 1:
- logging.info("POS %s passed filters but has multiple alleles. Inserting N")
- all_data[record.CHROM][sample_name][record.POS] = "N"
- else:
- all_data[record.CHROM][sample_name][record.POS] = record.ALT[0].sequence
- pos_stats[record.CHROM][record.POS]["mut"] += 1
- else:
-
- # Currently we are only using first filter to call consensus.
- extended_code = mixtures[record.CHROM][sample_name].get(record.POS, "N")
-
-# extended_code = PHEFilterBase.call_concensus(record)
-
- # Calculate the stats
- if extended_code == "N":
- pos_stats[record.CHROM][record.POS]["N"] += 1
-
- if "n_pos" not in sample_stats[record.CHROM][sample_name]:
- sample_stats[record.CHROM][sample_name]["n_pos"] = []
- sample_stats[record.CHROM][sample_name]["n_pos"].append(record.POS)
-
- elif extended_code == "-":
- pos_stats[record.CHROM][record.POS]["-"] += 1
- else:
- pos_stats[record.CHROM][record.POS]["mix"] += 1
-# print "Good mixture %s: %i (%s)" % (sample_name, record.POS, extended_code)
- # Record if there was uncallable genoty/gap in the data.
- if record.samples[0].data.GT == "./.":
- pos_stats[record.CHROM][record.POS]["gap"] += 1
-
- # Save the extended code of the SNP.
- all_data[record.CHROM][sample_name][record.POS] = extended_code
- del vcf_data[vcf_in]
-
- # Output the data to the fasta file.
- # The data is already aligned so simply output it.
- discarded = {}
-
- if args.reference:
- # These should be in the same order as the order in reference.
- contigs = args.reference.keys()
-
- if args.sample_Ns:
- delete_samples = []
- for contig in contigs:
- for sample in samples:
-
- # Skip if the contig not in sample_stats
- if contig not in sample_stats:
- continue
-
- sample_n_ratio = float(len(sample_stats[contig][sample]["n_pos"])) / len(avail_pos[contig])
- if sample_n_ratio > args.sample_Ns:
- for pos in sample_stats[contig][sample]["n_pos"]:
- pos_stats[contig][pos]["N"] -= 1
-
- logging.info("Removing %s due to high Ns in sample: %s", sample , sample_n_ratio)
-
- delete_samples.append(sample)
-
- samples = [sample for sample in samples if sample not in delete_samples]
- snp_positions = []
- with open(args.out, "w") as fp:
-
- for sample in samples:
- sample_seq = ""
- for contig in contigs:
- if contig in avail_pos:
- if args.reference:
- positions = xrange(1, len(args.reference[contig]) + 1)
- else:
- positions = avail_pos[contig].keys()
- for pos in positions:
- if pos in avail_pos[contig]:
- if not args.column_Ns or float(pos_stats[contig][pos]["N"]) / len(samples) < args.column_Ns and \
- float(pos_stats[contig][pos]["-"]) / len(samples) < args.column_Ns:
- sample_seq += all_data[contig][sample][pos]
- else:
- if contig not in discarded:
- discarded[contig] = []
- discarded[contig].append(pos)
- elif args.reference:
- sample_seq += args.reference[contig][pos - 1]
- elif args.reference:
- sample_seq += args.reference[contig]
-
- fp.write(">%s\n%s\n" % (sample, sample_seq))
- # Do the same for reference data.
- ref_snps = ""
-
- for contig in contigs:
- if contig in avail_pos:
- if args.reference:
- positions = xrange(1, len(args.reference[contig]) + 1)
- else:
- positions = avail_pos[contig].keys()
- for pos in positions:
- if pos in avail_pos[contig]:
- if not args.column_Ns or float(pos_stats[contig][pos]["N"]) / len(samples) < args.column_Ns and \
- float(pos_stats[contig][pos]["-"]) / len(samples) < args.column_Ns:
-
- ref_snps += str(avail_pos[contig][pos])
- snp_positions.append((contig, pos,))
- elif args.reference:
- ref_snps += args.reference[contig][pos - 1]
- elif args.reference:
- ref_snps += args.reference[contig]
-
- fp.write(">reference\n%s\n" % ref_snps)
-
- if can_stats and args.with_stats:
- with open(args.with_stats, "wb") as fp:
- fp.write("contig\tposition\tmutations\tn_frac\n")
- for values in snp_positions:
- fp.write("%s\t%s\t%s\t%s\n" % (values[0],
- values[1],
- float(pos_stats[values[0]][values[1]]["mut"]) / len(args.input),
- float(pos_stats[values[0]][values[1]]["N"]) / len(args.input)))
- plot_stats(pos_stats, len(samples), discarded=discarded, plots_dir=os.path.abspath(args.plots_dir))
- # print_stats(sample_stats, pos_stats, total_vars=len(avail_pos[contig]))
-
- total_discarded = 0
- for _, i in discarded.items():
- total_discarded += len(i)
- logging.info("Discarded total of %i poor quality columns", float(total_discarded) / len(args.input))
- return 0
-
-if __name__ == '__main__':
- import time
-
-# with PyCallGraph(output=graphviz):
-# T0 = time.time()
- r = main()
-# T1 = time.time()
-
-# print "Time taken: %i" % (T1 - T0)
- exit(r)
diff -r f72039c5faa4 -r fd42dbe82c12 vcfs2fasta.sh
--- a/vcfs2fasta.sh Wed Dec 16 07:29:05 2015 -0500
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,51 +0,0 @@
-#!/bin/bash
-
-echo $@
-
-OUTPUT=$1
-shift
-WITHMIXTURES=$1
-shift
-COLUMNNS=$1
-shift
-SAMPLENS=$1
-shift
-REFERENCE=$1
-shift
-INCLUDE=$1
-shift
-EXCLUDE=$1
-shift
-INPUT=$@
-
-DIR="$( cd "$( dirname "${BASH_SOURCE[0]}" )" && pwd )"
-export PATH=$PATH:$DIR
-
-CMD="vcfs2fasta.py --out $OUTPUT --input $INPUT"
-
-if [ $WITHMIXTURES != "NOTTHERE" ]; then
- CMD="$CMD --with-mixtures $WITHMIXTURES"
-fi
-
-if [ $COLUMNNS != "NOTTHERE" ]; then
- CMD="$CMD --column-Ns $COLUMNNS"
-fi
-
-if [ $SAMPLENS != "NOTTHERE" ]; then
- CMD="$CMD --sample-Ns $SAMPLENS"
-fi
-
-if [ $REFERENCE != "NOTTHERE" ]; then
- CMD="$CMD --reference $REFERENCE"
-fi
-
-if [ $INCLUDE != "NOTTHERE" ]; then
- CMD="$CMD --include INCLUDE"
-fi
-
-if [ $EXCLUDE != "NOTTHERE" ]; then
- CMD="$CMD --exclude EXCLUDE"
-fi
-
-echo $CMD
-eval $CMD
diff -r f72039c5faa4 -r fd42dbe82c12 vcfs2fasta.xml
--- a/vcfs2fasta.xml Wed Dec 16 07:29:05 2015 -0500
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,123 +0,0 @@
-
- Takes a set of VCF files and outputs a multi fasta file with only the variant positions.
-
- python
- pyvcf
- pyyaml
- bintrees
- biopython
- matplotlib
-
-
-
-
-
-
-
- vcfs2fasta.sh
- $output
- #if str($mix_cond.mix) == "yes":
- $mix_cond.mix_value
- #else
- NOTTHERE
- #end if
- #if str($cols_cond.cols) == "yes":
- $cols_cond.column_ns
- #else
- NOTTHERE
- #end if
- #if str($sample_cond.sample) == "yes":
- $sample_cond.sample_ns
- #else
- NOTTHERE
- #end if
- #if str($reference_cond.reference) == "yes":
- $reference_cond.ref_fa
- #else
- NOTTHERE
- #end if
- #if str($include_cond.include) == "yes":
- $include_cond.in_bed
- #else
- NOTTHERE
- #end if
- #if str($exclude_cond.exclude) == "yes":
- $exclude_cond.ex_bed
- #else
- NOTTHERE
- #end if
- #for $i, $input_vcf in enumerate( $input_vcfs ):
- "${input_vcf}"
- #end for
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
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