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author wolma
date Tue, 19 Dec 2017 04:56:11 -0500
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chrII	239	.	A	G	9.75336	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:34,3,0:1:0,1:4
chrII	252	.	A	T	44.4523	.	DP=11;VDB=0.0411132;SGB=0.620439;RPB=0.916482;MQB=0.916482;MQSB=1.00775;BQB=0.366593;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=4,3,2,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	0/1:75,0,160:10:7,3:74
chrII	265	.	A	G	161.0	.	DP=14;VDB=0.00228484;SGB=4.69269;RPB=0.965069;MQB=1;MQSB=0.966012;BQB=0.686908;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=4,1,3,6;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	0/1:191,0,96:14:5,9:96
chrII	278	.	A	T	167.0	.	DP=14;VDB=0.000574122;SGB=4.69269;RPB=0.249352;MQB=1;MQSB=0.966012;BQB=0.867428;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=2,3,5,4;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	0/1:197,0,111:14:5,9:111
chrII	279	.	A	T,G	38.2143	.	DP=14;VDB=0.0501588;SGB=1.94933;RPB=0.448332;MQB=1;MQSB=0.966012;BQB=0.118179;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1,0;AN=2;DP4=7,2,0,5;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0,0,0,0:0:0,0,0:0	0/1:69,0,186,71,175,247:14:9,4,1:67
chrII	291	.	A	G	86.0	.	DP=14;VDB=0.0340507;SGB=1.94933;RPB=1;MQB=1;MQSB=0.966012;BQB=0.197899;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=6,3,1,4;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	0/1:116,0,189:14:9,5:116
chrII	300	.	A	C	231.0	.	DP=14;VDB=3.24567e-05;SGB=7.05893;MQSB=0.966012;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,7,7;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:255,42,0:14:0,14:53
chrII	304	.	A	T	137.0	.	DP=14;VDB=0.000156924;SGB=4.00342;RPB=0.991701;MQB=1;MQSB=0.966012;BQB=0.703221;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=1,5,6,2;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	0/1:167,0,107:14:6,8:108
chrII	305	.	A	T	27.2811	.	DP=14;VDB=0.0785113;SGB=0.620439;RPB=0.973096;MQB=1;MQSB=0.966012;BQB=0.738577;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=6,5,1,2;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	0/1:59,0,236:14:11,3:56
chrII	317	.	A	G	101.0	.	DP=14;VDB=0.00324086;SGB=2.63044;RPB=0.94925;MQB=1;MQSB=0.966012;BQB=0.997919;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=4,4,3,3;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	0/1:131,0,172:14:8,6:127
chrII	331	.	A	T	121.0	.	DP=14;VDB=0.0126037;SGB=3.31571;RPB=0.497296;MQB=0.966012;MQSB=0.966012;BQB=0.834543;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=5,2,2,5;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	0/1:151,0,154:14:7,7:127
chrII	343	.	A	G	90.0	.	DP=9;VDB=0.00476095;SGB=1.97062;RPB=0.346719;MQB=0.924584;MQSB=0.924584;BQB=0.462292;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=1,2,5,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	0/1:120,0,74:9:3,6:74
chrII	11921	.	A	T	7.18923	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	1/1:31,3,0:1:0,1:4	./.:0,0,0:0:0,0:0
chrII	17381	.	G	A	4.14838	.	DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=0,1,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	0/1:32,0,34:2:1,1:32	./.:0,0,0:0:0,0:0
chrII	17518	.	A	T	14.9987	.	DP=3;VDB=0.5;SGB=0.0985265;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=0,1,2,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	0/1:45,0,29:3:1,2:30	./.:0,0,0:0:0,0:0
chrII	19959	.	T	A	7.18923	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	1/1:31,3,0:1:0,1:4	./.:0,0,0:0:0,0:0
chrIII	7994	.	C	T	12.5173	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:37,3,0:1:0,1:4
chrIII	8004	.	T	C	13.4669	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:38,3,0:1:0,1:4
chrIII	8023	.	A	G	11.5799	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:36,3,0:1:0,1:4
chrIII	8026	.	A	G	11.5799	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:36,3,0:1:0,1:4
chrIII	8027	.	A	G	11.5799	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:36,3,0:1:0,1:4
chrIII	8039	.	C	A	9.75336	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:34,3,0:1:0,1:4
chrIII	9659	.	C	T	9.75336	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:34,3,0:1:0,1:4
chrIII	9662	.	G	T	11.5799	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:36,3,0:1:0,1:4
chrIII	9700	.	A	T	12.5173	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:37,3,0:1:0,1:4
chrIV	9450	.	A	G	4.78389	.	DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=1,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	0/1:33,0,27:2:1,1:28	./.:0,0,0:0:0,0:0
chrIV	16467	.	T	C	4.14182	.	DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=0,1,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	0/1:32,0,25:2:1,1:26	./.:0,0,0:0:0,0:0
chrIV	16478	.	C	G	4.58205	.	DP=3;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=0.3;HOB=0.125;AC=1;AN=4;DP4=0,2,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	0/1:35,0,23:2:1,1:28	0/0:0,3,29:1:1,0:5
chrIV	16499	.	A	G	3.42278	.	DP=3;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=0.3;HOB=0.125;AC=1;AN=4;DP4=1,1,0,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	0/0:0,6,79:2:2,0:4	0/1:35,3,0:1:0,1:3
chrIV	16537	.	aaga	a	25.8002	.	INDEL;IDV=1;IMF=1;DP=3;VDB=0.206307;SGB=-0.516033;MQSB=1;MQ0F=0;ICB=0.3;HOB=0.125;AC=1;AN=4;DP4=1,1,0,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	0/0:0,6,120:2:2,0:4	0/1:60,3,0:1:0,1:3
chrIV	16633	.	C	A	12.5173	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:37,3,0:1:0,1:4
chrIV	16697	.	C	T	52.0	.	DP=2;VDB=0.48;SGB=-0.759771;MQSB=1;MQ0F=0;AC=4;AN=4;DP4=0,0,1,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	1/1:40,3,0:1:0,1:9	1/1:36,3,0:1:0,1:9
chrIV	16709	.	C	G	5.30774	.	DP=3;VDB=0.98;SGB=0.0985265;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=0.3;HOB=0.125;AC=3;AN=4;DP4=0,1,2,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	0/1:0,3,39:1:1,0:3	1/1:38,6,0:2:0,2:4
chrIV	16729	.	C	T	4.14943	.	DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=0.5;HOB=0.5;AC=2;AN=4;DP4=0,1,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	0/1:0,3,37:1:1,0:3	0/1:35,3,0:1:0,1:3
chrIV	16769	.	A	T	13.7861	.	DP=2;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:38,3,0:1:0,1:6
chrIV	16814	.	A	G	3.03341	.	DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=1,0,0,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	0/1:30,0,31:2:1,1:30
chrIV	16815	.	C	A	48.4033	.	DP=2;VDB=0.42;SGB=0.0985265;MQSB=1;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:73,6,0:2:0,2:9
chrIV	16823	.	A	C	4.14995	.	DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=0,1,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	0/1:32,0,28:2:1,1:29
chrIV	16829	.	T	C	3.56356	.	DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=1,0,0,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	0/1:31,0,32:2:1,1:31
chrIV	16833	.	A	T,G	14.5409	.	DP=2;VDB=0.42;SGB=0.0985265;MQSB=1;MQ0F=0;AC=1,1;AN=2;DP4=0,0,1,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0,0,0,0:0:0,0,0:0	1/2:65,34,31,34,0,31:2:0,1,1:29
chrIV	16834	.	T	A	3.56452	.	DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=1,0,0,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	0/1:31,0,27:2:1,1:28
chrIV	16894	.	T	C	55.0	.	DP=2;VDB=0.58;SGB=-0.759771;MQ0F=0;AC=4;AN=4;DP4=0,0,2,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	1/1:41,3,0:1:0,1:9	1/1:38,3,0:1:0,1:9
chrIV	16899	.	T	A	49.5769	.	DP=2;VDB=0.58;SGB=-0.759771;MQ0F=0;AC=4;AN=4;DP4=0,0,2,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	1/1:41,3,0:1:0,1:9	1/1:33,3,0:1:0,1:9
chrIV	16902	.	T	G	55.0	.	DP=2;VDB=0.58;SGB=-0.759771;MQ0F=0;AC=4;AN=4;DP4=0,0,2,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	1/1:41,3,0:1:0,1:9	1/1:38,3,0:1:0,1:9
chrIV	16921	.	A	G	68.0	.	DP=3;VDB=0.58;SGB=-0.759771;MQ0F=0;AC=4;AN=4;DP4=0,0,2,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	1/1:54,3,0:1:0,1:11	1/1:38,3,0:1:0,1:11
chrIV	16951	.	C	A	76.0	.	DP=3;VDB=0.740702;SGB=-0.8159;MQSB=1;MQ0F=0;AC=4;AN=4;DP4=0,0,2,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	1/1:35,3,0:1:0,1:11	1/1:65,6,0:2:0,2:13
chrIV	17000	.	T	C	149.0	.	DP=7;VDB=0.103091;SGB=-0.680382;MQSB=1;MQ0F=0;AC=4;AN=4;DP4=0,0,6,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	1/1:41,3,0:1:0,1:14	1/1:132,18,0:6:0,6:29
chrIV	17020	.	C	G,A	99.0	.	DP=8;VDB=0.391417;SGB=2.55596;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0;AC=1,1;AN=4;DP4=0,1,7,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	0/0:0,3,34,3,34,34:1:1,0,0:3	1/2:150,33,15,125,0,122:7:0,6,1:10
chrIV	17024	.	T	C	14.4249	.	DP=7;VDB=0.48;SGB=0.00473136;RPB=0.6;MQB=1;BQB=0.8;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=5,0,2,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	0/1:45,0,103:7:5,2:44
chrIV	17037	.	T	A	37.8983	.	DP=7;VDB=0.460446;SGB=0.620439;RPB=1.01283;MQB=1.01283;BQB=0.810265;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=4,0,3,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	0/1:68,0,95:7:4,3:69
chrIV	17051	.	C	T	103.0	.	DP=6;VDB=0.534935;SGB=1.41704;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,5,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:127,15,0:5:0,5:22
chrIV	17112	.	T	A	3.03494	.	DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=0,1,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	0/1:30,0,30:2:1,1:30
chrV	5001	.	T	G	4.94666	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:28,3,0:1:0,1:4
chrV	10045	.	C	T	11.5799	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:36,3,0:1:0,1:4
chrV	10095	.	T	A	50.0	.	DP=2;VDB=0.56;SGB=0.0985265;MQSB=1;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:75,6,0:2:0,2:9
chrV	10108	.	C	A	4.15167	.	DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=0,1,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	0/1:32,0,32:2:1,1:32
chrV	10158	.	C	T	12.5173	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:37,3,0:1:0,1:4
chrV	10166	.	G	A	13.4669	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:38,3,0:1:0,1:4
chrV	10205	.	A	G	13.4669	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:38,3,0:1:0,1:4
chrV	10229	.	G	C	13.4669	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:38,3,0:1:0,1:4
chrV	10249	.	G	T	13.4669	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:38,3,0:1:0,1:4
chrV	10250	.	C	T	11.5799	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:36,3,0:1:0,1:4
chrV	10251	.	T	C	13.4669	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:38,3,0:1:0,1:4
chrV	10257	.	A	T	6.39934	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:30,3,0:1:0,1:4
chrV	10279	.	T	C	13.4669	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:38,3,0:1:0,1:4
chrV	14271	.	T	C	39.4036	.	DP=2;VDB=0.06;SGB=0.0985265;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,2,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:64,6,0:2:0,2:9
chrV	14273	.	G	C	39.4036	.	DP=2;VDB=0.06;SGB=0.0985265;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,2,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:64,6,0:2:0,2:9
chrV	14285	.	T	C	76.0	.	DP=3;VDB=0.074936;SGB=0.461295;MQSB=1;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,2,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:100,9,0:3:0,3:13
chrV	14335	.	T	G	19.5632	.	DP=6;VDB=0.18;SGB=0.00473136;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=0.875;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=4,0,0,2;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	0/1:50,0,98:6:4,2:49
chrV	14337	.	A	G	100.0	.	DP=6;VDB=0.405004;SGB=1.41704;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=0,1,4,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	0/1:132,0,14:6:1,5:9
chrV	14339	.	A	G	154.0	.	DP=6;VDB=0.189016;SGB=1.97062;MQSB=1;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,4,2;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:178,18,0:6:0,6:25
chrV	14346	.	C	T	100.0	.	DP=6;VDB=0.405004;SGB=1.41704;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=0,1,4,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	0/1:132,0,18:6:1,5:14
chrV	14367	.	C	A	104.0	.	DP=5;VDB=0.220638;SGB=0.908071;MQSB=1;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,2,2;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:128,12,0:4:0,4:19
chrV	14445	.	A	G	21.4343	.	DP=2;VDB=0.06;SGB=0.0985265;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,2;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:46,6,0:2:0,2:9
chrV	14481	.	G	A	4.15167	.	DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=0,1,0,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	0/1:32,0,32:2:1,1:32
chrV	14488	.	G	T	4.15167	.	DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=0,1,0,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	0/1:32,0,32:2:1,1:32
chrV	14528	.	G	A	3.56356	.	DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=0,1,0,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	0/1:31,0,32:2:1,1:31
chrV	14530	.	A	G	4.13076	.	DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=0,1,0,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	0/1:32,0,22:2:1,1:23
chrV	14538	.	T	C	32.4055	.	DP=2;VDB=0.06;SGB=0.0985265;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,2;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:57,6,0:2:0,2:9
chrX	1592	.	T	C	13.4669	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:38,3,0:1:0,1:4
chrX	1622	.	G	T	13.4669	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:38,3,0:1:0,1:4
chrX	1648	.	A	C	12.5173	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:37,3,0:1:0,1:4
chrX	1650	.	T	A	10.6576	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:35,3,0:1:0,1:4
chrX	6015	.	A	T	13.4669	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	1/1:38,3,0:1:0,1:4	./.:0,0,0:0:0,0:0
chrX	6032	.	G	A	8.01478	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	1/1:32,3,0:1:0,1:4	./.:0,0,0:0:0,0:0
chrX	6058	.	ta	t	15.3937	.	INDEL;IDV=1;IMF=1;DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	1/1:40,3,0:1:0,1:4	./.:0,0,0:0:0,0:0
chrX	6118	.	A	G	15.394	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	1/1:40,3,0:1:0,1:4	./.:0,0,0:0:0,0:0
chrX	6143	.	G	A	12.5173	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	1/1:37,3,0:1:0,1:4	./.:0,0,0:0:0,0:0
chrX	6984	.	T	A	13.4669	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:38,3,0:1:0,1:4
chrX	7025	.	A	G	12.5173	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:37,3,0:1:0,1:4
chrX	10527	.	c	cC	8.86989	.	INDEL;IDV=1;IMF=1;DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:33,3,0:1:0,1:4
chrX	10535	.	T	C	11.8912	.	DP=2;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:36,3,0:1:0,1:6
chrX	10562	.	C	G	18.2649	.	DP=7;VDB=0.18;SGB=0.00473136;RPB=0.8;MQB=1;MQSB=1;BQB=0.9;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=4,1,2,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	0/1:49,0,131:7:5,2:48
chrX	10595	.	T	G	148.0	.	DP=7;VDB=0.00429645;SGB=2.55596;MQSB=1;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,6,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:172,21,0:7:0,7:29
chrX	10629	.	gt	g	45.8065	.	INDEL;IDV=4;IMF=0.666667;DP=6;VDB=0.14;SGB=0.0985265;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,2,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:70,6,0:2:0,2:13
chrX	10630	.	T	C,G	10.4616	.	DP=2;VDB=0.32;SGB=0.0985265;MQSB=1;MQ0F=0;AC=1,1;AN=2;DP4=0,0,1,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0,0,0,0:0:0,0,0:0	1/2:58,29,26,32,0,29:2:0,1,1:25
chrX	10643	.	G	T	34.5919	.	DP=3;VDB=0.02;SGB=0.0985265;MQSB=1;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:59,6,0:2:0,2:11
chrX	15480	.	T	C	13.4669	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:38,3,0:1:0,1:4
chrX	15495	.	G	C	13.4669	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:38,3,0:1:0,1:4
chrX	24890	.	C	G	13.4669	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:38,3,0:1:0,1:4
chrX	24935	.	A	C	11.5799	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:36,3,0:1:0,1:4
MtDNA	954	.	G	T	4.79534	.	DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=0.5;HOB=0.5;AC=2;AN=4;DP4=0,1,0,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	0/1:36,3,0:1:0,1:3	0/1:0,3,33:1:1,0:3
MtDNA	5979	.	C	A	7.18923	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	./.:0,0,0:0:0,0:0	1/1:31,3,0:1:0,1:4
MtDNA	8429	.	A	G	38.5774	.	DP=2;VDB=0.36;SGB=-0.759771;MQSB=1;MQ0F=0;AC=4;AN=4;DP4=0,0,1,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	1/1:26,3,0:1:0,1:9	1/1:37,3,0:1:0,1:9
MtDNA	12134	.	A	G	6.22224	.	DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=0.5;HOB=0.5;AC=2;AN=4;DP4=0,1,0,1;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	0/1:0,3,41:1:1,0:3	0/1:38,3,0:1:0,1:3
MtDNA	12637	.	G	T	8.72328	.	DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=0.5;HOB=0.5;AC=2;AN=4;DP4=1,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	0/1:41,3,0:1:0,1:3	0/1:0,3,25:1:1,0:3
MtDNA	12998	.	C	T	14.4264	.	DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60	GT:PL:DP:DPR:GQ	1/1:39,3,0:1:0,1:4	./.:0,0,0:0:0,0:0