annotate test-data/e_coli_growth.ftbl @ 0:9b03a930b08b draft

"planemo upload commit 8e69ff6919990050909511d8bdfb520c19a4af72"

PROJECT
	NAME	VERSION	FORMAT	DATE	COMMENT
	Nissle.ftbl	1		100910	modele E coli Nissle WT avec voies centrales completes et voies biomasse
	Nissle.ftbl	2		121025	growth fluxes+pooled penthoses
	Nissle.ftbl	3		121123	concentration measurements

NETWORK
	FLUX_NAME	EDUCT_1	EDUCT_2	PRODUCT_1	PRODUCT_2

// Glycolyse.
// PPP
// TCA
// voies anaplerotiques: pepc. enz malique
// voie glyoxylate
// avec pool interne unique de CO2 provenant soit du metabolisme soit de l'exterieur (CO2upt laisse libre)
// saisie differentielle des substrats marques


// Uptake substrats

	Glucupt_1	Gluc_1		Glc
		#ABCDEF		#ABCDEF

	Glucupt_U	Gluc_U		Glc
		#ABCDEF		#ABCDEF

	Glucupt	Glc		Glc6P
		#ABCDEF		#ABCDEF

	CO2upt	CO2_ext		CO2		// entree de CO2 non marque
		#A		#A		// ce flux est a laisser libre

//	FTHF0	FTHF_0		FTHF		// prise en charge de FTHF non marque
//		#A		#A

//	FTHF1	FTHF_1		FTHF		// prise en charge de FTHF marque
//		#a		#a


// Embden Meyerhof Parnas Pathway

	pgi	Glc6P		Fru6P
		#ABCDEF		#ABCDEF

	pfk	Fru6P		FruBP
		#ABCDEF		#ABCDEF

	ald	FruBP		GA3P	GA3P
		#ABCDEF		#CBA	#DEF

//	tpi	DHAP		GA3P
//		#ABC		#CBA

	pgk	GA3P		PGA
		#ABC		#ABC

	eno	PGA		PEP
		#ABC		#ABC

	pyk	PEP		Pyr
		#ABC		#ABC


// Methylglyoxal Pathway

//	mgs	DHAP		Pyr
//		#ABC		#ABC


// Pentose Phosphate Pathway

	zwf	Glc6P		Gnt6P
		#ABCDEF		#ABCDEF

	gnd	Gnt6P		CO2 	Rub5P
		#ABCDEF		#A	#BCDEF

	rib	Rub5P		Rib5P
		#ABCDE		#ABCDE

	xul	Rub5P		Xul5P
		#ABCDE		#ABCDE

	edd	Gnt6P		Pyr	GA3P
		#ABCDEF		#ABC	#DEF

//	ta	GA3P	Sed7P	Ery4P	Fru6P
//		#ABC	#abcdefg	#defg	#abcABC

//	tk1	Rib5P	Rib5P	GA3P	Sed7P
//		#ABCDE	#abcde	#CDE	#ABabcde

//	tk2	Rib5P	Ery4P	GA3P	Fru6P
//		#ABCDE	#abcd	#CDE	#ABabcd

	HR1	GA3P	E2	Xul5P
		#CDE	#AB	#ABCDE

	HR2	Fru6P		Ery4P	E2
		#ABCDEF		#CDEF	#AB

	HR3	Fru6P		GA3P	E3
		#ABCDEF		#DEF	#ABC

	HR4	Sed7P		Rib5P	E2
		#abABCDE		#ABCDE	#ab

	HR5	Ery4P	E3	Sed7P
		#ABCD	#abc	#abcABCD


// Tricarboxylic Acid Cycle

	pdh	Pyr		AcCoA	CO2
		#ABC		#BC	#A

	citsynth	AcCoA	OAA	Cit
		#AB	#abcd	#dcbaBA

	idh	Cit		AKG	CO2
		#ABCDEF		#ABCEF	#D

	akgdh	AKG		Suc	CO2
		#ABCDE		#BCDE	#A

	fum_a	Suc		Mal
		#ABCD		#ABCD

	fum_b	Suc		Mal
		#ABCD		#DCBA

	maldh	Mal		OAA
		#ABCD		#ABCD


// Glyoxylate Shunt

//	gs1	Cit		GlyOx	Suc
//		#ABCDEF		#AB	#DCEF

//	gs2	GlyOx	AcCoA	OAA
//		#AB	#ab	#ABba


// Anaplerotic Reactions

	ppc	PEP	CO2	OAA			// PEPcarboxylase
		#ABC	#a	#ABCa

//	mae	Mal		Pyr	CO2		// enzyme malique
//		#ABCD		#ABC	#D

//	pck	OAA		PEP	CO2		// PEP carboxykinase
//		#ABCD		#ABC	#D


// Biosynthetic Pathways

	// Glucose-6-Phosphate Family

	bs_glc6P	Glc6P		BM_Glc6P
		#ABCDEF		#ABCDEF

	// Fructose-6-Phosphate Family

	bs_fru6P	Fru6P		BM_Fru6P
		#ABCDEF		#ABCDEF

	// Phosphoglycerate Family

	bs_pga	PGA		BM_PGA
		#ABC		#ABC

//	bs_pga_aux	BM_PGA		PGA_Aux
//		#ABC		#ABC

//	bs_pga1	BM_PGA		Ser
//		#ABC		#ABC

//	bs_pga1_aux	Ser		Ser_Aux
//		#ABC		#ABC

//	bs_pga2	Ser		Cys
//		#ABC		#ABC

//	bs_pga2_aux	Cys		Cys_Aux
//		#ABC		#ABC

//	bs_pga3	Ser		Gly	FTHF
//		#ABC		#AB	#C

//	bs_pga3_aux	Gly		Gly_Aux
//		#AB		#AB

	// TrioseP Family

	bs_DHAP	GA3P		Glp
		#ABC		#ABC

	// Pyruvate Family

	bs_pyr	Pyr		BM_Pyr
		#ABC		#ABC

//	bs_pyr1	BM_Pyr		Ala
//		#ABC		#ABC

//	bs_pyr1_aux	Ala		Ala_Aux
//		#ABC		#ABC

//	bs_pyr2	BM_Pyr	BM_Pyr	AKV	CO2
//		#ABC	#abc	#ABbcC	#a

//	bs_pyr4	AKV		Val
//		#ABCDE		#ABCDE

//	bs_pyr4_aux	Val		Val_Aux
//		#ABCDE		#ABCDE

//	bs_pyr3	AKV	BM_AcCoA	Leu	CO2
//		#ABCDE	#ab	#abBCDE	#A

//	bs_pyr3_aux	Leu		Leu_Aux
//		#ABCDEF		#ABCDEF

	// Erythrose-4-Phosphate Family

	bs_e4p	Ery4P		BM_Ery4P
		#ABCD		#ABCD

//	bs_e4p_aux	BM_Ery4P		Ery4P_aux
//		#ABCD		#ABCD

	// Ribose-5-Phosphate Family

	bs_rib5P	Rib5P		BM_Rib5P
		#ABCDE		#ABCDE

//	bs_rib5P1	BM_Rib5P	FTHF	His
//		#ABCDE	#a	#EDCBAa

//	bs_rib5P1_aux	His		His_Aux
//		#ABCDEF		#ABCDEF

//	bs_rib5P2	BM_Rib5P		Ri5P_Aux
//		#ABCDE		#ABCDE


	// Aromatic Amino Acids

	bs_pep	PEP		BM_PEP
		#ABC		#ABC

//	bs_pep1	BM_PEP	BM_Ery4P	DAHP
//		#ABC	#abcd	#ABCabcd

//	bs_pep2	BM_PEP	DAHP	Chor
//		#ABC	#abcdefg	#ABCabcdefg

//	bs_pep3a	Chor		Phe	CO2
//		#ABCDEFGHIJ		#ABCEFGHIJ	#D

//	bs_pep3b	Chor		Phe	CO2
//		#ABCDEFGHIJ		#ABCEJIHGF	#D

//	bs_pep3_aux	Phe		Phe_Aux
//		#ABCEFGHIJ		#ABCEFGHIJ

//	bs_pep4a	Chor		Tyr	CO2
//		#ABCDEFGHIJ		#ABCEFGHIJ	#D

//	bs_pep4b	Chor		Tyr	CO2
//		#ABCDEFGHIJ		#ABCEJIHGF	#D

//	bs_pep4_aux	Tyr		Tyr_Aux
//		#ABCEFGHIJ		#ABCEFGHIJ

//	bs_pep5	BM_PEP		PEP_Aux
//		#ABC		#ABC

//	bs_pep6	Chor	BM_Rib5P	Trp	PyrCO2
//		#ABCDEFGHIJ	#abcde	#edcbaJEFGHI	#ABCD

//	bs_pep6_aux	Trp		Trp_Aux
//		#ABCDEFGHIJK		#ABCDEFGHIJK

//	bs_pep7	PyrCO2		Pyr	CO2
//		#ABCD		#ABC	#D

	// Acetyl-CoA

	bs_accoa	AcCoA		BM_AcCoA
		#AB		#AB

//	bs_accoa_aux	BM_AcCoA		AcCoA_Aux
//		#AB		#AB

	// Alpha-Ketoglutarate Family

	bs_akg	AKG		BM_AKG
		#ABCDE		#ABCDE

//	bs_akg1	BM_AKG		Glu
//		#ABCDE		#ABCDE

//	bs_akg2	Glu		Pro
//		#ABCDE		#ABCDE

//	bs_akg3	Glu		Gln
//		#ABCDE		#ABCDE

//	bs_akg4	Glu	CO2	Arg
//		#ABCDE	#a	#ABCDEa

//	bs_akg4_aux	Arg		Arg_Aux
//		#ABCDEF		#ABCDEF

//	bs_akg2_aux	Pro		Pro_Aux
//		#ABCDE		#ABCDE


	// Oxaloacetate Family

	bs_oaa	OAA		BM_OAA
		#ABCD		#ABCD

//	bs_oaa1	BM_OAA		Asp
//		#ABCD		#ABCD

//	bs_oaa1_aux	Asp		Asp_Aux
//		#ABCD		#ABCD

//	bs_oaa2	Thr	BM_Pyr	Ile	CO2
//		#ABCD	#abc	#ABbCDc	#a

//	bs_oaa2_aux	Ile		Ile_Aux
//		#ABCDEF		#ABCDEF

//	bs_oaa3a	BM_OAA	BM_Pyr	Lys	CO2
//		#ABCD	#abc	#ABCDcb	#a

//	bs_oaa3b	BM_OAA	BM_Pyr	Lys	CO2
//		#ABCD	#abc	#abcDCB	#A

//	bs_oaa3_aux	Lys		Lys_Aux
//		#ABCDEF		#ABCDEF

//	bs_oaa4	BM_OAA		OAA_Aux
//		#ABCD		#ABCD

//	bs_oaa5	BM_OAA		Thr
//		#ABCD		#ABCD

//	bs_oaa5_aux	Thr		Thr_Aux
//		#ABCD		#ABCD

//	bs_oaa6	BM_OAA	FTHF	Met
//		#ABCD	#a	#ABCDa

//	bs_oaa6_aux	Met		Met_Aux
//		#ABCDE		#ABCDE

//	bs_oaa7	BM_OAA		Asn
//		#ABCD		#ABCD

//	bs_oaa7_aux	Asn		Asn_Aux
//		#ABCD		#ABCD


// Extracellular fluxes

	out_co2	CO2		CO2_out			// CO2 output
		#A		#A

	out_Ac	AcCoA		Acetate			// Acetate output
		#AB		#AB

//	out_FTHF	FTHF		FTHF_out
//		#A		#A

FLUXES
	NET
		NAME	FCD	VALUE(F/C)	ED_WEIGHT	LOW(F)	INC(F)	UP(F)

	// INPUT
		Glucupt_1	F	0.8128
		Glucupt_U	D
		Glucupt	D
		CO2upt	C	0.77	// fixed arbitrary
//		FTHF0	F	0.00224836
//		FTHF1	F	0.001

	// Glycolysis
		pgi	F	0.1
		pfk	D
		ald	D
//		tpi	D
		pgk	D	0.1
		eno	D
		pyk	D	1.21144

	// PPP + EDP
		zwf	D	0.4
		gnd	D
		edd	F	0.1
		rib	D
		xul	D
//		ta	D
//		tk1	D
//		tk2	D
		HR1	D
		HR2	D
		HR3	D
		HR4	D
		HR5	D

	// TCA
		pdh	D
		citsynth	D
		idh	D
		akgdh	D
		fum_a	D
		fum_b	D
		maldh	D
//		gs1	C	0
//		gs2	D
		ppc	D
//		mae	D
//		pck	D

	// Biosynthetic pathways
		bs_glc6P	C	0.0132	// sortie de G6P
		bs_fru6P	C	0.0045	// sortie de F6P
		bs_pga	C	0.0958	// sortie de PGA
//		bs_pga_aux	D
//		bs_pga1	D
//		bs_pga1_aux	C	0.0132	// sortie de Ser
//		bs_pga2	D
//		bs_pga2_aux	C	0.0056	// sortie de Cys
//		bs_pga3	D
//		bs_pga3_aux	C	0.0373	// sortie de Gly
		bs_DHAP	C	0.0083
		bs_pyr	C	0.1818	// sortie de Pyr
//		bs_pyr1	D
//		bs_pyr1_aux	D		// sortie d'Ala
//		bs_pyr2	D
//		bs_pyr4	D
//		bs_pyr4_aux	C	0.0258	// sortie de Val
//		bs_pyr3	D
//		bs_pyr3_aux	C	0.0275	// sortie de Leu
		bs_e4p	C	0.0247	// sortie d'E4P
		bs_rib5P	C	0.0576	// sortie de R5P
//		bs_rib5P1	D
//		bs_rib5P1_aux	C	0.0058	// sortie d'His
//		bs_rib5P2	D
		bs_pep	C	0.0461	// sortie de PEP
//		bs_pep1	D
//		bs_pep2	D
//		bs_pep3a	D
//		bs_pep3b	D
//		bs_pep3_aux	C	0.0113	// sortie de Phe
//		bs_pep4a	D
//		bs_pep4b	D
//		bs_pep4_aux	C	0.0084	// sortie de Tyr
//		bs_pep5	C	0.0033	// sorties autres que ac. amines
//		bs_pep6	D
//		bs_pep6_aux	D
//		bs_pep7	D
		bs_accoa	C	0.1895	// sortie d'AcCoA
//		bs_accoa_aux	D		// sortie d'AcCoA pour biomasse en dehors de synthese Leu
		bs_akg	C	0.0692	// sortie d'AcCoA
//		bs_akg1	D
//		bs_akg2	D		// sortie de Pro
//		bs_akg3	C	0.0160	// sortie de Gln
//		bs_akg4	D
//		bs_akg2_aux	C	0.013475
//		bs_akg4_aux	D
		bs_oaa	C	0.1146
//		bs_oaa1	D
//		bs_oaa1_aux	C	0.0147	// sortie d'Asp
//		bs_oaa2	D
//		bs_oaa2_aux	C	0.0177	// sortie d'Ile
//		bs_oaa3a	D
//		bs_oaa3b	D
//		bs_oaa3_aux	C	0.0209	// sortie de Lys
//		bs_oaa4	D
//		bs_oaa5	D
//		bs_oaa5_aux	C	0.0155	// sortie de Thr
//		bs_oaa6	D
//		bs_oaa6_aux	C	0.0094	// sortie de Met
//		bs_oaa7	D
//		bs_oaa7_aux	C	0.0147	// sortie d'Asn

	// Extracellular fluxes

		out_co2	D	0.1		// sortie de CO2
		out_Ac	F	0.48		// sortie d'acetate
//		out_FTHF	D		// sortie de FTHF


	XCH
		NAME	FCD	VALUE(F/C)	ED_WEIGHT	LOW(F)	INC(F)	UP(F)

	// INPUT
		Glucupt_1	D
		Glucupt_U	D
		Glucupt	C	0
		CO2upt	D
//		FTHF0	D
//		FTHF1	D

	// Glycolysis
		pgi	F	0.4
		pfk	F	0.01
		ald	F	0.4
//		tpi	F	0.5
		pgk	F	0.99
		eno	F	0.99
		pyk	F	0.4

	// PPP + EDP
		zwf	C	0
		gnd	C	0
		edd	C	0
		rib	C	0.99	// fixed arbitrary big
		xul	F	0
//		ta	F	0.35468
//		tk1	F	0.0960538
//		tk2	F	0.0521646
		HR1	C	0.24	// fixed arbitrary
		HR2	F	0.0151117
		HR3	F	0.14
		HR4	C	0.04	// fixed arbitrary
		HR5	F	0.02

	// TCA
		pdh	C	0.01
		citsynth	C	0
		idh	C	0
		akgdh	C	0
		fum_a	C	0.01	// fixed arbitrary
		fum_b	D
//		maldh	F	0.99
		maldh	C	0.42	// fixed arbitrary
//		gs1	C	0
//		gs2	C	0
		ppc	F	0.2
//		mae	C	0
//		pck	C	0

	// Biosynthetic pathways
		bs_glc6P	D
		bs_fru6P	D
		bs_pga	D
//		bs_pga_aux	D
//		bs_pga1	C	0
//		bs_pga1_aux	D
//		bs_pga2	C	0
//		bs_pga2_aux	D
//		bs_pga3	C	0.00824415
//		bs_pga3_aux	D
		bs_DHAP	D
		bs_pyr	D
//		bs_pyr1	C	0
//		bs_pyr1_aux	D
//		bs_pyr2	C	0
//		bs_pyr4	C	0
//		bs_pyr4_aux	D
//		bs_pyr3	C	0
//		bs_pyr3_aux	D
		bs_e4p	D	0
//		bs_e4p_aux	D
		bs_rib5P	D	0
//		bs_rib5P1	C	0
//		bs_rib5P1_aux	D
//		bs_rib5P2	D
		bs_accoa	D	0
//		bs_accoa_aux	D
		bs_pep	D	0
//		bs_pep1	C	0
//		bs_pep2	C	0
//		bs_pep3a	C	0
//		bs_pep3b	C	0
//		bs_pep3_aux	D
//		bs_pep4a	C	0
//		bs_pep4b	C	0
//		bs_pep4_aux	D
//		bs_pep5	D
//		bs_pep6	C	0
//		bs_pep6_aux	D
//		bs_pep7	C	0
		bs_akg	D	0
//		bs_akg1	C	0
//		bs_akg2	C	0
//		bs_akg3	D
//		bs_akg4	C	0
//		bs_akg4_aux	D
//		bs_akg2_aux	D
		bs_oaa	D	0
//		bs_oaa1	C	0
//		bs_oaa1_aux	D
//		bs_oaa2	C	0
//		bs_oaa2_aux	D
//		bs_oaa3a	C	0
//		bs_oaa3b	C	0
//		bs_oaa3_aux	D
//		bs_oaa4	D
//		bs_oaa5	C	0
//		bs_oaa5_aux	D
//		bs_oaa6	C	0
//		bs_oaa6_aux	D
//		bs_oaa7	C	0
//		bs_oaa7_aux	D

		// Flux de sortie
		out_co2	C	0	// sortie de CO2
		out_Ac	C	0	// sortie d'acetate
//		out_FTHF	D	// sortie de FTHF. a laisser libre pour ne pas imposer de contraintes sur FTHF

EQUALITIES
	NET
		VALUE	FORMULA

		0	fum_a-fum_b		// scrambling reaction
		1	Glucupt_1+Glucupt_U
//		0	bs_oaa3a-bs_oaa3b
//		0	bs_pep3a-bs_pep3b
//		0	bs_pep4a-bs_pep4b

	XCH
		VALUE	FORMULA

		0	fum_a-fum_b

INEQUALITIES
	NET
		VALUE	COMP	FORMULA
//		1	<=	pyk
		0	<=	edd
		0	<=	gnd
		0	<=	zwf
		0	<=	ppc
		0	<=	idh
		0	<=	akgdh
//		0	<=	mae

	XCH
		VALUE	COMP	FORMULA

FLUX_MEASUREMENTS
	FLUX_NAME	VALUE	DEVIATION
	out_Ac	0.497	0.04

LABEL_INPUT
	META_NAME	ISOTOPOMER	VALUE

	Gluc_U	#111111	0.952
		#011111	0.008
		#101111	0.008
		#110111	0.008
		#111011	0.008
		#111101	0.008
		#111110	0.008

	Gluc_1	#100000	0.9465
		#110000	0.0107
		#101000	0.0107
		#100100	0.0107
		#100010	0.0107
		#100001	0.0107

	CO2_ext	#0	0.9893
		#1	0.0107

//	FTHF_0	#0	1
//	FTHF_1	#1	1


LABEL_MEASUREMENTS
	META_NAME	CUM_GROUP	VALUE	DEVIATION	CUM_CONSTRAINTS

	AcCoA	1	0.495	0.02	#00
		2	0.303	0.02	#01	// CH3 specific enrichment
		3	0.012	0.02	#10
		4	0.190	0.02	#11

PEAK_MEASUREMENTS

	META_NAME	PEAK_NO	VALUE_S	VALUE_D-	VALUE_D+	VALUE_DD	VALUE_T	DEVIATION_S	DEVIATION_D-	DEVIATION_D+	DEVIATION_DD/T

METAB_MEASUREMENTS
	META_NAME	VALUE	DEVIATION
	// source: p.millard 2010/12/03 Nissle_Glc_conc.xlsx sent by email
	Suc	15.8893144279264*1.e-3/10.7	1.e-2
	Mal	6.47828321758155*1.e-3/10.7	1.e-2
	PEP	0.588638938013844*1.e-3/10.7	1.e-2
	PGA	5.35922289028553*1.e-3/10.7	1.e-2
	Cit	17.4452511107891*1.e-3/10.7	1.e-2
	Gnt6P	1.54945619497337*1.e-3/10.7	1.e-2
	FruBP	5.27278870110121*1.e-3/10.7	1.e-2
	Fru6P	1.07071770798187*1.e-3/10.7	1.e-2
	Glc6P	5.24845556085526*1.e-3/10.7	1.e-2
	Rub5P+Rib5P+Xul5P	1.66034545348219*1.e-3/10.7	1.e-2

MASS_SPECTROMETRY
	META_NAME	FRAGMENT	WEIGHT	VALUE	DEVIATION
	Mal	1,2,3,4	1	0.587391867374382	0.0493159626907812
			2	0.216493214407424	0.0306546571894417
			3	0.159494782909672	0.03
			4	0.0366201353085213	0.03
	PEP	1,2,3	0	0.462166666666667	0.01
			1	0.340003333333333	0.01
			2	0.0273166666666667	0.01
			3	0.170513333333333	0.01
	PGA	1,2,3	0	0.447066666666667	0.0180848260520618
			1	0.34127	0.018075350619006
			2	0.02441	0.01
			3	0.187253333333333	0.01
	Gnt6P	1,2,3,4,5,6	0	0.0195533333333333	0.01
			1	0.72562	0.0120547874307264
			2	0.0571233333333333	0.01
			3	0.0135033333333333	0.01
			4	0.01331	0.01
			5	0.0131033333333333	0.01
			6	0.157793333333333	0.01
	Sed7P	1,2,3,4,5,6,7	0	0.272433333333333	0.0122309539012022
			1	0.23752	0.01
			2	0.180446666666667	0.01
			3	0.12744	0.01
			4	0.06321	0.01
			5	0.0839233333333333	0.01
			6	0.01751	0.01
			7	0.0175266666666667	0.01
	FruBP	1,2,3,4,5,6	0	0.0853733333333333	0.02
			1	0.482283333333333	0.02
			2	0.140086666666667	0.02
			3	0.0953466666666667	0.02
			4	0.09712	0.02
			5	0.0120166666666667	0.02
			6	0.0877666666666667	0.02
	Rib5P+Xul5P+Rub5P	1,2,3,4,5	0	0.433956666666667	0.0115292555411585
			1	0.215956666666667	0.01
			2	0.09658	0.01
			3	0.129033333333333	0.01
			4	0.0272733333333333	0.01
			5	0.0971933333333333	0.01
	Glc6P	1,2,3,4,5,6	0	0.0167633333333333	0.01
			1	0.716826666666667	0.01
			2	0.0578233333333333	0.01
			3	0.0122433333333333	0.01
			4	0.01151	0.01
			5	0.01089	0.01
			6	0.173946666666667	0.01
	Fru6P	1,2,3,4,5,6	0	0.04716	0.01
			1	0.623343333333333	0.0106878170518274
			2	0.0820266666666667	0.01
			3	0.03604	0.01
			4	0.0315766666666667	0.01
			5	0.0149133333333333	0.01
			6	0.164943333333333	0.0111688555068697

	Cit	1,2,3,4,5,6	1	0.322208057034832	0.03
			2	0.288291305558056	0.03
			3	0.212855540659154	0.03
			4	0.117626468347467	0.03
			5	0.0484839619377435	0.03
			6	0.0105346664627478	0.03

OPTIONS
	OPT_NAME	OPT_VALUE
	MATLAB_FOR_FLUX_EQ_CONSTR_MATR	1
	include_growth_flux	1
	mu	0.8
	optctrl_maxit	50
	commandArgs	--TIMEIT
	//optctrl_btdesc	0.1
	posttreat_R	plot_smeas.R
METABOLITE_POOLS
	META_NAME	META_SIZE	// size is in units of metab_scale option defined before
	// source: p.millard 2010/12/03 Nissle_Glc_conc.xlsx sent by email
	//Fum	-2.47158569399681*1.e-3/10.7
	Suc	-15.8893144279264*1.e-3/10.7
	Mal	-6.47828321758155*1.e-3/10.7
	PEP	-0.588638938013844*1.e-3/10.7
	//Aco	-0.871035781090548*1.e-3/10.7
	PGA	-5.35922289028553*1.e-3/10.7
	Cit	-17.4452511107891*1.e-3/10.7
	//1-3diPG	-7.31670971749174*1.e-3/10.7
	Gnt6P	-1.54945619497337*1.e-3/10.7
	//Sed7P	-11.5512490274248*1.e-3/10.7 conc
	//PRPP	-2.74943425027474*1.e-3/10.7
	//CMP	-0.433742769835568*1.e-3/10.7
	//UMP	-4.69421895911195*1.e-3/10.7
	//cAMP	-0.109838817225867*1.e-3/10.7
	FruBP	-5.27278870110121*1.e-3/10.7
	//AMP	-0.801372321192278*1.e-3/10.7
	//GMP	-0.394103922207334*1.e-3/10.7
	//dCDP	-4.41071909173208*1.e-3/10.7
	//CDP	-0.204009683016196*1.e-3/10.7
	//UDP	-0.528949008341637*1.e-3/10.7
	//ADP	-2.0246124170601*1.e-3/10.7
	//GDP	-1.02724694822302*1.e-3/10.7
	//CTP	-1.39055711133101*1.e-3/10.7
	//UTP	-1.73433655893259*1.e-3/10.7
	//ATP	-6.32820169657847*1.e-3/10.7
	//UDP-Glc	-9.93608536663137*1.e-3/10.7 conc
	//ADP-Glc	-0*1.e-3/10.7
	//GDP-Man	-5.52555199979534*1.e-3/10.7
	//G1P	-72.1756241692542*1.e-3/10.7 conc
	//F1P	-0.0942291270750201*1.e-3/10.7
	Fru6P	-1.07071770798187*1.e-3/10.7
	Glc6P	-5.24845556085526*1.e-3/10.7
	//M6P	-0.642830603277483*1.e-3/10.7
	//Rib1P	-0.0558080128279041*1.e-3/10.7
	Rub5P	-1.66034545348219/3*1.e-3/10.7
//	Rib5P	-1.66034545348219/3*1.e-3/10.7
	Rib5P	1.e-7	// fixed arbitrary low
	Xul5P	-4*1.66034545348219/3*1.e-3/10.7
	//dADP	-5.86959266616353*1.e-3/10.7 conc
	//dATP	-13.1542008577561*1.e-3/10.7 conc
	//dTDP	-9.52423600696743*1.e-3/10.7 conc
	//dTTP	-19.9757914243397*1.e-3/10.7 conc