annotate test-data/e_coli_i.ftbl @ 0:9b03a930b08b draft

"planemo upload commit 8e69ff6919990050909511d8bdfb520c19a4af72"

PROJECT
	NAME	VERSION	FORMAT	DATE	COMMENT
	K12_MG1655.ftbl	1		101109	modele E coli K12 MG1655 WT avec voies centrales completes et voies biomasse simplifiees

NETWORK
	FLUX_NAME	EDUCT_1	EDUCT_2	PRODUCT_1	PRODUCT_2

// Glycolyse.
// PPP
// TCA
// voies anaplerotiques: pepc. enz malique
// voie glyoxylate
// avec pool interne unique de CO2 provenant soit du metabolisme soit de l'exterieur (CO2upt laisse libre)
// saisie differentielle des substrats marques


// Uptake substrats

	Glucupt_1	Gluc_1		Glc6P		// fehlt bei wolfgang
		#ABCDEF		#ABCDEF		// fehlt bei wolfgang

	Glucupt_U	Gluc_U		Glc6P		// fehlt bei wolfgang
		#ABCDEF		#ABCDEF		// fehlt bei wolfgang

//	CO2upt	CO2_ext		CO2		// entree de CO2 non marque
//		#A		#A		// ce flux est a laisser libre

//	FTHF0	FTHF_0		FTHF		// prise en charge de FTHF non marque
//		#A		#A

//	FTHF1	FTHF_1		FTHF		// prise en charge de FTHF marque
//		#a		#a


// Embden Meyerhof Parnas Pathway

	pgi	Glc6P		Fru6P
		#ABCDEF		#ABCDEF

	pfk	Fru6P		FruBP
		#ABCDEF		#ABCDEF

	ald	FruBP		GA3P	GA3P
		#ABCDEF		#CBA	#DEF

//	tpi	DHAP		GA3P
//		#ABC		#CBA

	pgk	GA3P		PGA
		#ABC		#ABC

	eno	PGA		PEP
		#ABC		#ABC

	pyk	PEP		Pyr
		#ABC		#ABC


// Methylglyoxal Pathway

//	mgs	DHAP		Pyr
//		#ABC		#ABC


// Pentose Phosphate Pathway

	zwf	Glc6P		Gnt6P
		#ABCDEF		#ABCDEF

	gnd	Gnt6P		CO2	Rib5P
		#ABCDEF		#A	#BCDEF

	edd	Gnt6P		Pyr	GA3P
		#ABCDEF		#ABC	#DEF

//	ta	Ery4P	Fru6P	GA3P	Sed7P
//		#ABCD	#abcdef	#def	#abcABCD

//	tk1	GA3P	Sed7P	Rib5P	Rib5P
//		#ABC	#abcdefg	#abABC	#cdefg

//	tk2	GA3P	Fru6P	Rib5P	Ery4P
//		#ABC	#abcdef	#abABC	#cdef

	ta	GA3P	Sed7P	Ery4P	Fru6P
		#ABC	#abcdefg	#defg	#abcABC

	tk1	Rib5P	Rib5P	GA3P	Sed7P
		#ABCDE	#abcde	#CDE	#ABabcde

	tk2	Rib5P	Ery4P	GA3P	Fru6P
		#ABCDE	#abcd	#CDE	#ABabcd


// Tricarboxylic Acid Cycle

	pdh	Pyr		AcCoA	CO2
		#ABC		#BC	#A

	citsynth	AcCoA	OAA	ICit
		#AB	#abcd	#dcbaBA

	idh	ICit		AKG	CO2
		#ABCDEF		#ABCEF	#D

	akgdh	AKG		Suc	CO2
		#ABCDE		#BCDE	#A

	fum_a	Suc		Mal
		#ABCD		#ABCD

	fum_b	Suc		Mal
		#ABCD		#DCBA

	maldh	Mal		OAA
		#ABCD		#ABCD


// Glyoxylate Shunt

//	gs1	ICit		GlyOx	Suc
//		#ABCDEF		#AB	#DCEF

//	gs2	GlyOx	AcCoA	OAA
//		#AB	#ab	#ABba


// Anaplerotic Reactions

	ppc	PEP	CO2	OAA			// PEPcarboxylase
		#ABC	#a	#ABCa

	mae	Mal		Pyr	CO2		// enzyme malique
		#ABCD		#ABC	#D

//	pck	OAA		PEP	CO2		// PEP carboxykinase
//		#ABCD		#ABC	#D


// Biosynthetic Pathways

	// Glucose-6-Phosphate Family

	bs_glc6P	Glc6P		BM_Glc6P
		#ABCDEF		#ABCDEF

	// Fructose-6-Phosphate Family

	bs_fru6P	Fru6P		BM_Fru6P		// sortie de Fru6P pour biomasse
		#ABCDEF		#ABCDEF

	// Phosphoglycerate Family

	bs_pga	PGA		BM_PGA
		#ABC		#ABC

	bs_pga_aux	BM_PGA		PGA_Aux
		#ABC		#ABC

	bs_pga1	BM_PGA		Ser
		#ABC		#ABC

	bs_pga1_aux	Ser		Ser_Aux
		#ABC		#ABC

	bs_pga2	Ser		Cys			// ce flux sert de sortie pour PGA hors formation de Gly
		#ABC		#ABC

	bs_pga2_aux	Cys		Cys_Aux			// ce flux sert de sortie pour PGA hors formation de Gly
		#ABC		#ABC

	bs_pga3	Ser		Gly	FTHF		// formation de gly pour biomasse
		#ABC		#AB	#C		// ce flux est reversible

	bs_pga3_aux	Gly		Gly_Aux		// pour conserver Gly comme metabolite intracellulaire
		#AB		#AB

	// TrioseP Family

	bs_DHAP	GA3P		Glp			// formation glycerolP pour lipides
		#ABC		#ABC

	// Pyruvate Family

	bs_pyr	Pyr		BM_Pyr
		#ABC		#ABC

	bs_pyr1	BM_Pyr		Ala
		#ABC		#ABC

	bs_pyr1_aux	Ala		Ala_Aux		// pour conserver Ala comme metabolite intracellulaire
		#ABC		#ABC

	bs_pyr2	BM_Pyr	BM_Pyr	AKV	CO2		// AKV et Val ont le meme squelette C
		#ABC	#abc	#ABbcC	#a		// cette reaction permet d'utiliser eventuellement les donnees obtenues sur Val

	bs_pyr4	AKV		Val		// permet de tenir compte de la sortie de Val
		#ABCDE		#ABCDE

	bs_pyr4_aux	Val		Val_Aux		// permet de tenir compte de la sortie de Val
		#ABCDE		#ABCDE

	bs_pyr3	AKV	BM_AcCoA	Leu	CO2
		#ABCDE	#ab	#abBCDE	#A

	bs_pyr3_aux	Leu		Leu_Aux		// pour conserver Leu comme metabolite intracellulaire
		#ABCDEF		#ABCDEF


	// Erythrose-4-Phosphate Family

	bs_e4p	Ery4P		BM_Ery4P		// pour utiliser les donnees sur Ery4P
		#ABCD		#ABCD

//	bs_e4p_aux	BM_Ery4P		Ery4P_aux		// pour utiliser les donnees sur Ery4P
//		#ABCD		#ABCD


	// Ribose-5-Phosphate Family

	bs_rib5p	Rib5P		BM_Rib5P	// pour utiliser les donnees sur Rib5P
		#ABCDE		#ABCDE

	bs_rib5p1	BM_Rib5P	FTHF	His		// pour utiliser les donnees sur Rib5P
		#ABCDE	#a	#EDCBAa

	bs_rib5p1_aux	His		His_Aux		// sortie pour conserver His comme metabolite intracellulaire
		#ABCDEF		#ABCDEF

	bs_rib5p2	BM_Rib5P		Ri5P_Aux		// sortie de Ri5P pour autres besoins que His
		#ABCDE		#ABCDE			// ce flux est important pour ne pas imposer de fausses contraintes sur FTHF si on considerait His comme seule sortie


	// Aromatic Amino Acids

	bs_pep	PEP		BM_PEP
		#ABC		#ABC

	bs_pep1	BM_PEP	BM_Ery4P	DAHP
		#ABC	#abcd	#ABCabcd

	bs_pep2	BM_PEP	DAHP	Chor
		#ABC	#abcdefg	#ABCabcdefg

	bs_pep3a	Chor		Phe	CO2
		#ABCDEFGHIJ		#ABCEFGHIJ	#D

	bs_pep3b	Chor		Phe	CO2
		#ABCDEFGHIJ		#ABCEJIHGF	#D

	bs_pep3_aux	Phe		Phe_Aux
		#ABCEFGHIJ		#ABCEFGHIJ

	bs_pep4a	Chor		Tyr	CO2
		#ABCDEFGHIJ		#ABCEFGHIJ	#D

	bs_pep4b	Chor		Tyr	CO2
		#ABCDEFGHIJ		#ABCEJIHGF	#D

	bs_pep4_aux	Tyr		Tyr_Aux
		#ABCEFGHIJ		#ABCEFGHIJ

	bs_pep5	BM_PEP		PEP_Aux
		#ABC		#ABC

	bs_pep6	Chor	BM_Rib5P	Trp	PyrCO2
		#ABCDEFGHIJ	#abcde	#edcbaJEFGHI	#ABCD

	bs_pep6_aux	Trp		Trp_Aux
		#ABCDEFGHIJK		#ABCDEFGHIJK

	bs_pep7	PyrCO2		Pyr	CO2
		#ABCD		#ABC	#D


	// Acetyl-CoA

	bs_accoa	AcCoA		BM_AcCoA
		#AB		#AB

	bs_accoa_aux	BM_AcCoA		AcCoA_Aux
		#AB		#AB


	// Alpha-Ketoglutarate Family

	bs_akg	AKG		BM_AKG			// Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG
		#ABCDE		#ABCDE

	bs_akg1	BM_AKG		Glu			// Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG
		#ABCDE		#ABCDE

	bs_akg2	Glu		Pro			// Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG
		#ABCDE		#ABCDE

	bs_akg3	Glu		Gln			// Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG
		#ABCDE		#ABCDE

	bs_akg4	Glu	CO2	Arg			// Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG
		#ABCDE	#a	#ABCDEa

	bs_akg4_aux	Arg		Arg_Aux			// Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG
		#ABCDEF		#ABCDEF


	// Oxaloacetate Family

	bs_oaa	OAA		BM_OAA
		#ABCD		#ABCD

	bs_oaa1	BM_OAA		Asp
		#ABCD		#ABCD

	bs_oaa1_aux	Asp		Asp_Aux
		#ABCD		#ABCD

	bs_oaa2	Thr	BM_Pyr	Ile	CO2
		#ABCD	#abc	#ABbCDc	#a

	bs_oaa2_aux	Ile		Ile_Aux
		#ABCDEF		#ABCDEF

	bs_oaa3a	BM_OAA	BM_Pyr	Lys	CO2
		#ABCD	#abc	#ABCDcb	#a

	bs_oaa3b	BM_OAA	BM_Pyr	Lys	CO2
		#ABCD	#abc	#abcDCB	#A

	bs_oaa3_aux	Lys		Lys_Aux
		#ABCDEF		#ABCDEF

	bs_oaa4	BM_OAA		OAA_Aux
		#ABCD		#ABCD

	bs_oaa5	BM_OAA		Thr
		#ABCD		#ABCD

	bs_oaa5_aux	Thr		Thr_Aux
		#ABCD		#ABCD

	bs_oaa6	BM_OAA	FTHF	Met
		#ABCD	#a	#ABCDa

	bs_oaa6_aux	Met		Met_Aux
		#ABCDE		#ABCDE

	bs_oaa7	BM_OAA		Asn
		#ABCD		#ABCD

	bs_oaa7_aux	Asn		Asn_Aux
		#ABCD		#ABCD


// Flux de sortie

	out_co2	CO2		CO2_out			// Sortie de CO2
		#A		#A

	out_Ac	AcCoA		Acetate			// Sortie d'acetate
		#AB		#AB

	out_FTHF	FTHF		FTHF_out
		#A		#A

FLUXES
	NET
		NAME	FCD	VALUE(F/C)	ED_WEIGHT	LOW(F)	INC(F)	UP(F)

		Glucupt_1	F	0.7	//0.807194
		Glucupt_U	D
//		CO2upt	F	0.669589
//		FTHF0	F	0.00224836
//		FTHF1	F	0.001

		pgi	D
		pfk	D
		ald	D
//		tpi	D
		pgk	D
		eno	D
		pyk	F	1.4

		zwf	F	0.2
		gnd	F	0.15062
		edd	D
		ta	D
		tk1	D
		tk2	D

		pdh	D
		citsynth	D
		idh	D
		akgdh	D
		fum_a	D
		fum_b	D
		maldh	D

//		gs1	C	0
//		gs2	D

		ppc	D
		mae	D
//		pck	D

		// flux de biomasse

		bs_glc6P	C	0.0109	// sortie de G6P
		bs_fru6P	C	0.0038	// sortie de F6P
		bs_pga	C	0.0791		// sortie de PGA pour formation de biomasse
		bs_pga_aux	D		// sortie de PGA pour formation de biomasse
		bs_pga1	D			// conversion PGA donne ser
		bs_pga1_aux	C	0.0109	// conversion PGA donne ser
		bs_pga2	D
		bs_pga2_aux	C	0.0046	// conversion PGA donne Cys
		bs_pga3	D			// reaction de synthese de Gly
		bs_pga3_aux	C	0.0308	// sortie de Gly
		bs_DHAP	C	0.0068		// formation de glycerolP pour lipides
		bs_pyr	C	0.1501	// avant : 0.1547		// sortie de Pyr pour formation de biomasse
		bs_pyr1	D	// formation d'Ala
		bs_pyr1_aux	D	// sortie d'Ala. correspond aux sorties de Pyr qui ne sont pas associees a Val et Leu
		bs_pyr2	D			// synthese d'AKV. consomme 2 Pyr
		bs_pyr4	D
		bs_pyr4_aux	C	0.0213	// sortie correspondant a l'utilisation de Val pour la biomasse
		bs_pyr3	D			// synthese de Leu (AKV+AcCoA consommes)
		bs_pyr3_aux	C	0.0227	// sortie de Leu
		bs_e4p	D		// sortie d'Ery4p pour biomasse
//		bs_e4p_aux	C	0	// sortie d'Ery4p pour Trp
		bs_rib5p	C	0.0476	// synthese d'His
		bs_rib5p1	D		// synthese d'His
		bs_rib5p1_aux	C	0.0048	// sortie d'His
		bs_rib5p2	D		// sortie de Rib5P autre que His
		bs_pep	C	0.0381		// sortie de PEP
		bs_pep1	D			// sortie de PEP
		bs_pep2	D
		bs_pep3a	D
		bs_pep3b	D
		bs_pep3_aux	C	0.0093
		bs_pep4a	D
		bs_pep4b	D
		bs_pep4_aux	C	0.0069
		bs_pep5	C	0.0027
		bs_pep6	D
		bs_pep6_aux	D
		bs_pep7	D
		bs_accoa	C	0.1565	// sortie d'AcCoA pour biomasse
		bs_accoa_aux	D		// sortie d'AcCoA pour biomasse en dehors de synthese Leu
		bs_akg	C	0.0571		// sortie d'AKG
		bs_akg1	D
		bs_akg2	C	0.0111
		bs_akg3	C	0.0132
		bs_akg4	D
		bs_akg4_aux	D
		bs_oaa	C	0.0947		// sortie d'OAA pour formation de biomasse
		bs_oaa1	D			// sortie d'OAA pour Asp
		bs_oaa1_aux	C	0.0121	// sortie d'Asp
		bs_oaa2	D			// synthese d'Ile
		bs_oaa2_aux	C	0.0146	// sortie d'Ile
		bs_oaa3a	D
		bs_oaa3b	D
		bs_oaa3_aux	C	0.0173
		bs_oaa4	D
		bs_oaa5	D
		bs_oaa5_aux	C	0.0128
		bs_oaa6	D
		bs_oaa6_aux	C	0.0077
		bs_oaa7	D
		bs_oaa7_aux	C	0.0121

		// Flux de sortie

		out_co2	D			// sortie de CO2
		out_Ac	F	0.213		// sortie d'acetate
		out_FTHF	D		// sortie de FTHF. a laisser libre pour ne pas imposer de contraintes sur FTHF


	XCH
		NAME	FCD	VALUE(F/C)	ED_WEIGHT	LOW(F)	INC(F)	UP(F)

		Glucupt_1	D
		Glucupt_U	D
//		CO2upt	D
//		FTHF0	D
//		FTHF1	D

		pgi	C	0.752386	// 2011-02-22 ssg: was F => often unresolved with --irand option
		pfk	C	0
		ald	F	0.413926
//		tpi	F	0.5
		pgk	C	0.984718	// 2011-02-22 ssg: was F => often unresolved with --irand option
		eno	F	0.800962
		pyk	C	0.0109591	// 2010-10-01 ssg: was F => unresolved if co2 uptake is unlimited

		zwf	C	0
		gnd	C	0
		edd	C	0
		ta	F	0.359468
		tk1	F	0.166316
		tk2	F	2.11559e-03

		pdh	C	0.0322745	// 2010-10-02 ssg: was F, otherwise unsolvable in monte-carlo
		citsynth	C	0
		idh	C	0
		akgdh	C	0
		fum_a	F	0.395958
		fum_b	D
		maldh	C	0.647115	//********************************************** C pour analyse de sensibilite, F pour minimisation

//		gs1	C	0
//		gs2	C	0

		ppc	F	0.256772
		mae	C	0
//		pck	C	0

		bs_glc6P	D		// sortie de G6P
		bs_fru6P	D		// sortie de F6P
		bs_pga	C	0		// conversion PGA donne Ser
		bs_pga_aux	D		// conversion PGA donne Ser
		bs_pga1	C	0		// conversion PGA donne Ser
		bs_pga1_aux	D		// conversion PGA donne Ser
		bs_pga2	C	0		// ser donne Cys. correspond a la sortie de PGA pour biomasse autre que formation Gly
		bs_pga2_aux	D
		bs_pga3	C	0.011799		// reaction de synthese de Gly. cette reaction est reversible
		bs_pga3_aux	D		// sortie de Gly
		bs_DHAP	D			// formation de glycerolP pour lipides
		bs_pyr	C	0		// formation d'Ala
		bs_pyr1	C	0		// formation d'Ala
		bs_pyr1_aux	D		// sortie d'Ala. correspond aux sorties de Pyr qui ne sont pas associees a Val et Ile
		bs_pyr2	C	0		// synthese d'AKV. consomme 2 Pyr
		bs_pyr4	C	0
		bs_pyr4_aux	D		// sortie correspondant a l'utilisation de Val pour la biomasse
		bs_pyr3	C	0		// synthese de Leu (AKV+AcCoA consommes)
		bs_pyr3_aux	D		// sortie de Leu
		bs_e4p	C	0		// sortie d'Ery4p
//		bs_e4p_aux	D		// sortie d'Ery4p pour Trp
		bs_rib5p	C	0	// synthese d'His
		bs_rib5p1	C	0	// synthese d'His
		bs_rib5p1_aux	D		// sortie d'His
		bs_rib5p2	D		// sortie de Rib5P autre que His
		bs_accoa	C	0	// sortie d'AcCoA pour biomasse
		bs_accoa_aux	D		// sortie d'AcCoA pour biomasse en dehors de synthese Leu
		bs_pep	C	0		// sortie de PEP
		bs_pep1	C	0		// sortie de PEP
		bs_pep2	C	0
		bs_pep3a	C	0
		bs_pep3b	C	0
		bs_pep3_aux	D
		bs_pep4a	C	0
		bs_pep4b	C	0
		bs_pep4_aux	D
		bs_pep5	D
		bs_pep6	C	0
		bs_pep6_aux	D
		bs_pep7	C	0
		bs_akg	C	0		// sortie d'AKG
		bs_akg1	C	0
		bs_akg2	D
		bs_akg3	D
		bs_akg4	C	0
		bs_akg4_aux	D
		bs_oaa	C	0
		bs_oaa1	C	0		// sortie d'OAA autres que Met
		bs_oaa1_aux	D		// sortie d'OAA autres que Met
		bs_oaa2	C	0		// synthese de Met
		bs_oaa2_aux	D		// sortie de Met
		bs_oaa3a	C	0
		bs_oaa3b	C	0
		bs_oaa3_aux	D
		bs_oaa4	D
		bs_oaa5	C	0
		bs_oaa5_aux	D
		bs_oaa6	C	0
		bs_oaa6_aux	D
		bs_oaa7	C	0
		bs_oaa7_aux	D

		// Flux de sortie

		out_co2	D			// sortie de CO2
		out_Ac	D			// sortie d'acetate
		out_FTHF	D		// sortie de FTHF. a laisser libre pour ne pas imposer de contraintes sur FTHF


EQUALITIES
	NET
		VALUE	FORMULA

		0	fum_a-fum_b		// scrambling reaction
		1	Glucupt_1+Glucupt_U
		0	bs_oaa3a-bs_oaa3b
		0	bs_pep3a-bs_pep3b
		0	bs_pep4a-bs_pep4b

	XCH
		VALUE	FORMULA

		0	fum_a-fum_b

INEQUALITIES
	NET
		VALUE	COMP	FORMULA
// Inequalities for Input and Output Fluxes are generated automatically
		1	<=	pyk
		0.0001	<=	edd
		0.0001	<=	gnd
		0.0001	<=	zwf
		0.0001	<=	ppc
		0.0001	<=	mae
//		2	>=	CO2upt // 2010-08-18 too high value makes jacobian rank deficient
	XCH
		VALUE	COMP	FORMULA
// Inequalities for Input and Output Fluxes are generated automatically
	METAB
		VALUE	COMP	FORMULA
//		1.2	>=	AKG


FLUX_MEASUREMENTS
	FLUX_NAME	VALUE	DEVIATION	//		Val	Dev
	out_Ac	0.213	0.0001

LABEL_INPUT
	META_NAME	ISOTOPOMER	VALUE

	Gluc_U	#111111	1
		#000000	0.
	Gluc_1	#100000	1.
		#000000	0.
//	CO2_ext	#0	0.989
//		#1	0.011

//	FTHF_0	#0	1
//	FTHF_1	#1	1


LABEL_MEASUREMENTS
	META_NAME	CUM_GROUP	VALUE	DEVIATION	CUM_CONSTRAINTS
											// Example

PEAK_MEASUREMENTS
	META_NAME	PEAK_NO	VALUE_S	VALUE_D-	VALUE_D+	VALUE_DD	VALUE_T	DEVIATION_S	DEVIATION_D-	DEVIATION_D+	DEVIATION_DD/T


MASS_SPECTROMETRY
	META_NAME	FRAGMENT	WEIGHT	VALUE	DEVIATION

// Deviation fixee a 0.02				// correction inoc 0.062



	Suc	1,2,3,4	1	0.371605319	0.01
			2	0.360829749	0.01
			3	0.208425325	0.01
			4	0.059139607	0.01
//	Mal	1,2,3,4	0	0.164619329483	0.02
//			1	0.110072868518	0.02
//			2	0.637801316225333	0.02
//			3	0.0863461044204333	0.02
//			4	0.00116038135315367	0.02
	ICit	1,2,3,4,5,6	0	0.131864539419667	0.02
			1	0.225857638569	0.02
			2	0.256421170949333	0.02
			3	0.209230210478667	0.02
			4	0.116863585449667	0.02
			5	0.0457727744643333	0.02
			6	0.0139900806697867	0.02
	PEP	1,2,3	0	0.421359839367667	0.01
			1	0.358998301162333	0.01
			2	0.0348521859365667	0.01
			3	0.184789673534	0.01
	PGA	1,2,3	0	0.434335785072667	0.01
			1	0.352829683224667	0.01
			2	0.0323479804176	0.01
			3	0.180486551285333	0.01
	FruBP	1,2,3,4,5,6	0	0.0738121029259333	0.01
			1	0.454450017158667	0.01
			2	0.160823529969333	0.01
			3	0.0944468077710667	0.01
			4	0.105281338489667	0.01
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