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comparison test-data/e_coli_i.ftbl @ 2:57f199aa07e4 draft default tip

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author workflow4metabolomics
date Wed, 13 Dec 2023 08:56:04 +0000
parents 4e3d4318113b
children
comparison
equal deleted inserted replaced
1:4e3d4318113b 2:57f199aa07e4
1 PROJECT
2 NAME VERSION FORMAT DATE COMMENT
3 K12_MG1655.ftbl 1 101109 modele E coli K12 MG1655 WT avec voies centrales completes et voies biomasse simplifiees
4
5 NETWORK
6 FLUX_NAME EDUCT_1 EDUCT_2 PRODUCT_1 PRODUCT_2
7
8 // Glycolyse.
9 // PPP
10 // TCA
11 // voies anaplerotiques: pepc. enz malique
12 // voie glyoxylate
13 // avec pool interne unique de CO2 provenant soit du metabolisme soit de l'exterieur (CO2upt laisse libre)
14 // saisie differentielle des substrats marques
15
16
17 // Uptake substrats
18
19 Glucupt_1 Gluc_1 Glc6P // fehlt bei wolfgang
20 #ABCDEF #ABCDEF // fehlt bei wolfgang
21
22 Glucupt_U Gluc_U Glc6P // fehlt bei wolfgang
23 #ABCDEF #ABCDEF // fehlt bei wolfgang
24
25 // CO2upt CO2_ext CO2 // entree de CO2 non marque
26 // #A #A // ce flux est a laisser libre
27
28 // FTHF0 FTHF_0 FTHF // prise en charge de FTHF non marque
29 // #A #A
30
31 // FTHF1 FTHF_1 FTHF // prise en charge de FTHF marque
32 // #a #a
33
34
35 // Embden Meyerhof Parnas Pathway
36
37 pgi Glc6P Fru6P
38 #ABCDEF #ABCDEF
39
40 pfk Fru6P FruBP
41 #ABCDEF #ABCDEF
42
43 ald FruBP GA3P GA3P
44 #ABCDEF #CBA #DEF
45
46 // tpi DHAP GA3P
47 // #ABC #CBA
48
49 pgk GA3P PGA
50 #ABC #ABC
51
52 eno PGA PEP
53 #ABC #ABC
54
55 pyk PEP Pyr
56 #ABC #ABC
57
58
59 // Methylglyoxal Pathway
60
61 // mgs DHAP Pyr
62 // #ABC #ABC
63
64
65 // Pentose Phosphate Pathway
66
67 zwf Glc6P Gnt6P
68 #ABCDEF #ABCDEF
69
70 gnd Gnt6P CO2 Rib5P
71 #ABCDEF #A #BCDEF
72
73 edd Gnt6P Pyr GA3P
74 #ABCDEF #ABC #DEF
75
76 // ta Ery4P Fru6P GA3P Sed7P
77 // #ABCD #abcdef #def #abcABCD
78
79 // tk1 GA3P Sed7P Rib5P Rib5P
80 // #ABC #abcdefg #abABC #cdefg
81
82 // tk2 GA3P Fru6P Rib5P Ery4P
83 // #ABC #abcdef #abABC #cdef
84
85 ta GA3P Sed7P Ery4P Fru6P
86 #ABC #abcdefg #defg #abcABC
87
88 tk1 Rib5P Rib5P GA3P Sed7P
89 #ABCDE #abcde #CDE #ABabcde
90
91 tk2 Rib5P Ery4P GA3P Fru6P
92 #ABCDE #abcd #CDE #ABabcd
93
94
95 // Tricarboxylic Acid Cycle
96
97 pdh Pyr AcCoA CO2
98 #ABC #BC #A
99
100 citsynth AcCoA OAA ICit
101 #AB #abcd #dcbaBA
102
103 idh ICit AKG CO2
104 #ABCDEF #ABCEF #D
105
106 akgdh AKG Suc CO2
107 #ABCDE #BCDE #A
108
109 fum_a Suc Mal
110 #ABCD #ABCD
111
112 fum_b Suc Mal
113 #ABCD #DCBA
114
115 maldh Mal OAA
116 #ABCD #ABCD
117
118
119 // Glyoxylate Shunt
120
121 // gs1 ICit GlyOx Suc
122 // #ABCDEF #AB #DCEF
123
124 // gs2 GlyOx AcCoA OAA
125 // #AB #ab #ABba
126
127
128 // Anaplerotic Reactions
129
130 ppc PEP CO2 OAA // PEPcarboxylase
131 #ABC #a #ABCa
132
133 mae Mal Pyr CO2 // enzyme malique
134 #ABCD #ABC #D
135
136 // pck OAA PEP CO2 // PEP carboxykinase
137 // #ABCD #ABC #D
138
139
140 // Biosynthetic Pathways
141
142 // Glucose-6-Phosphate Family
143
144 bs_glc6P Glc6P BM_Glc6P
145 #ABCDEF #ABCDEF
146
147 // Fructose-6-Phosphate Family
148
149 bs_fru6P Fru6P BM_Fru6P // sortie de Fru6P pour biomasse
150 #ABCDEF #ABCDEF
151
152 // Phosphoglycerate Family
153
154 bs_pga PGA BM_PGA
155 #ABC #ABC
156
157 bs_pga_aux BM_PGA PGA_Aux
158 #ABC #ABC
159
160 bs_pga1 BM_PGA Ser
161 #ABC #ABC
162
163 bs_pga1_aux Ser Ser_Aux
164 #ABC #ABC
165
166 bs_pga2 Ser Cys // ce flux sert de sortie pour PGA hors formation de Gly
167 #ABC #ABC
168
169 bs_pga2_aux Cys Cys_Aux // ce flux sert de sortie pour PGA hors formation de Gly
170 #ABC #ABC
171
172 bs_pga3 Ser Gly FTHF // formation de gly pour biomasse
173 #ABC #AB #C // ce flux est reversible
174
175 bs_pga3_aux Gly Gly_Aux // pour conserver Gly comme metabolite intracellulaire
176 #AB #AB
177
178 // TrioseP Family
179
180 bs_DHAP GA3P Glp // formation glycerolP pour lipides
181 #ABC #ABC
182
183 // Pyruvate Family
184
185 bs_pyr Pyr BM_Pyr
186 #ABC #ABC
187
188 bs_pyr1 BM_Pyr Ala
189 #ABC #ABC
190
191 bs_pyr1_aux Ala Ala_Aux // pour conserver Ala comme metabolite intracellulaire
192 #ABC #ABC
193
194 bs_pyr2 BM_Pyr BM_Pyr AKV CO2 // AKV et Val ont le meme squelette C
195 #ABC #abc #ABbcC #a // cette reaction permet d'utiliser eventuellement les donnees obtenues sur Val
196
197 bs_pyr4 AKV Val // permet de tenir compte de la sortie de Val
198 #ABCDE #ABCDE
199
200 bs_pyr4_aux Val Val_Aux // permet de tenir compte de la sortie de Val
201 #ABCDE #ABCDE
202
203 bs_pyr3 AKV BM_AcCoA Leu CO2
204 #ABCDE #ab #abBCDE #A
205
206 bs_pyr3_aux Leu Leu_Aux // pour conserver Leu comme metabolite intracellulaire
207 #ABCDEF #ABCDEF
208
209
210 // Erythrose-4-Phosphate Family
211
212 bs_e4p Ery4P BM_Ery4P // pour utiliser les donnees sur Ery4P
213 #ABCD #ABCD
214
215 // bs_e4p_aux BM_Ery4P Ery4P_aux // pour utiliser les donnees sur Ery4P
216 // #ABCD #ABCD
217
218
219 // Ribose-5-Phosphate Family
220
221 bs_rib5p Rib5P BM_Rib5P // pour utiliser les donnees sur Rib5P
222 #ABCDE #ABCDE
223
224 bs_rib5p1 BM_Rib5P FTHF His // pour utiliser les donnees sur Rib5P
225 #ABCDE #a #EDCBAa
226
227 bs_rib5p1_aux His His_Aux // sortie pour conserver His comme metabolite intracellulaire
228 #ABCDEF #ABCDEF
229
230 bs_rib5p2 BM_Rib5P Ri5P_Aux // sortie de Ri5P pour autres besoins que His
231 #ABCDE #ABCDE // ce flux est important pour ne pas imposer de fausses contraintes sur FTHF si on considerait His comme seule sortie
232
233
234 // Aromatic Amino Acids
235
236 bs_pep PEP BM_PEP
237 #ABC #ABC
238
239 bs_pep1 BM_PEP BM_Ery4P DAHP
240 #ABC #abcd #ABCabcd
241
242 bs_pep2 BM_PEP DAHP Chor
243 #ABC #abcdefg #ABCabcdefg
244
245 bs_pep3a Chor Phe CO2
246 #ABCDEFGHIJ #ABCEFGHIJ #D
247
248 bs_pep3b Chor Phe CO2
249 #ABCDEFGHIJ #ABCEJIHGF #D
250
251 bs_pep3_aux Phe Phe_Aux
252 #ABCEFGHIJ #ABCEFGHIJ
253
254 bs_pep4a Chor Tyr CO2
255 #ABCDEFGHIJ #ABCEFGHIJ #D
256
257 bs_pep4b Chor Tyr CO2
258 #ABCDEFGHIJ #ABCEJIHGF #D
259
260 bs_pep4_aux Tyr Tyr_Aux
261 #ABCEFGHIJ #ABCEFGHIJ
262
263 bs_pep5 BM_PEP PEP_Aux
264 #ABC #ABC
265
266 bs_pep6 Chor BM_Rib5P Trp PyrCO2
267 #ABCDEFGHIJ #abcde #edcbaJEFGHI #ABCD
268
269 bs_pep6_aux Trp Trp_Aux
270 #ABCDEFGHIJK #ABCDEFGHIJK
271
272 bs_pep7 PyrCO2 Pyr CO2
273 #ABCD #ABC #D
274
275
276 // Acetyl-CoA
277
278 bs_accoa AcCoA BM_AcCoA
279 #AB #AB
280
281 bs_accoa_aux BM_AcCoA AcCoA_Aux
282 #AB #AB
283
284
285 // Alpha-Ketoglutarate Family
286
287 bs_akg AKG BM_AKG // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG
288 #ABCDE #ABCDE
289
290 bs_akg1 BM_AKG Glu // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG
291 #ABCDE #ABCDE
292
293 bs_akg2 Glu Pro // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG
294 #ABCDE #ABCDE
295
296 bs_akg3 Glu Gln // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG
297 #ABCDE #ABCDE
298
299 bs_akg4 Glu CO2 Arg // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG
300 #ABCDE #a #ABCDEa
301
302 bs_akg4_aux Arg Arg_Aux // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG
303 #ABCDEF #ABCDEF
304
305
306 // Oxaloacetate Family
307
308 bs_oaa OAA BM_OAA
309 #ABCD #ABCD
310
311 bs_oaa1 BM_OAA Asp
312 #ABCD #ABCD
313
314 bs_oaa1_aux Asp Asp_Aux
315 #ABCD #ABCD
316
317 bs_oaa2 Thr BM_Pyr Ile CO2
318 #ABCD #abc #ABbCDc #a
319
320 bs_oaa2_aux Ile Ile_Aux
321 #ABCDEF #ABCDEF
322
323 bs_oaa3a BM_OAA BM_Pyr Lys CO2
324 #ABCD #abc #ABCDcb #a
325
326 bs_oaa3b BM_OAA BM_Pyr Lys CO2
327 #ABCD #abc #abcDCB #A
328
329 bs_oaa3_aux Lys Lys_Aux
330 #ABCDEF #ABCDEF
331
332 bs_oaa4 BM_OAA OAA_Aux
333 #ABCD #ABCD
334
335 bs_oaa5 BM_OAA Thr
336 #ABCD #ABCD
337
338 bs_oaa5_aux Thr Thr_Aux
339 #ABCD #ABCD
340
341 bs_oaa6 BM_OAA FTHF Met
342 #ABCD #a #ABCDa
343
344 bs_oaa6_aux Met Met_Aux
345 #ABCDE #ABCDE
346
347 bs_oaa7 BM_OAA Asn
348 #ABCD #ABCD
349
350 bs_oaa7_aux Asn Asn_Aux
351 #ABCD #ABCD
352
353
354 // Flux de sortie
355
356 out_co2 CO2 CO2_out // Sortie de CO2
357 #A #A
358
359 out_Ac AcCoA Acetate // Sortie d'acetate
360 #AB #AB
361
362 out_FTHF FTHF FTHF_out
363 #A #A
364
365 FLUXES
366 NET
367 NAME FCD VALUE(F/C) ED_WEIGHT LOW(F) INC(F) UP(F)
368
369 Glucupt_1 F 0.7 //0.807194
370 Glucupt_U D
371 // CO2upt F 0.669589
372 // FTHF0 F 0.00224836
373 // FTHF1 F 0.001
374
375 pgi D
376 pfk D
377 ald D
378 // tpi D
379 pgk D
380 eno D
381 pyk F 1.4
382
383 zwf F 0.2
384 gnd F 0.15062
385 edd D
386 ta D
387 tk1 D
388 tk2 D
389
390 pdh D
391 citsynth D
392 idh D
393 akgdh D
394 fum_a D
395 fum_b D
396 maldh D
397
398 // gs1 C 0
399 // gs2 D
400
401 ppc D
402 mae D
403 // pck D
404
405 // flux de biomasse
406
407 bs_glc6P C 0.0109 // sortie de G6P
408 bs_fru6P C 0.0038 // sortie de F6P
409 bs_pga C 0.0791 // sortie de PGA pour formation de biomasse
410 bs_pga_aux D // sortie de PGA pour formation de biomasse
411 bs_pga1 D // conversion PGA donne ser
412 bs_pga1_aux C 0.0109 // conversion PGA donne ser
413 bs_pga2 D
414 bs_pga2_aux C 0.0046 // conversion PGA donne Cys
415 bs_pga3 D // reaction de synthese de Gly
416 bs_pga3_aux C 0.0308 // sortie de Gly
417 bs_DHAP C 0.0068 // formation de glycerolP pour lipides
418 bs_pyr C 0.1501 // avant : 0.1547 // sortie de Pyr pour formation de biomasse
419 bs_pyr1 D // formation d'Ala
420 bs_pyr1_aux D // sortie d'Ala. correspond aux sorties de Pyr qui ne sont pas associees a Val et Leu
421 bs_pyr2 D // synthese d'AKV. consomme 2 Pyr
422 bs_pyr4 D
423 bs_pyr4_aux C 0.0213 // sortie correspondant a l'utilisation de Val pour la biomasse
424 bs_pyr3 D // synthese de Leu (AKV+AcCoA consommes)
425 bs_pyr3_aux C 0.0227 // sortie de Leu
426 bs_e4p D // sortie d'Ery4p pour biomasse
427 // bs_e4p_aux C 0 // sortie d'Ery4p pour Trp
428 bs_rib5p C 0.0476 // synthese d'His
429 bs_rib5p1 D // synthese d'His
430 bs_rib5p1_aux C 0.0048 // sortie d'His
431 bs_rib5p2 D // sortie de Rib5P autre que His
432 bs_pep C 0.0381 // sortie de PEP
433 bs_pep1 D // sortie de PEP
434 bs_pep2 D
435 bs_pep3a D
436 bs_pep3b D
437 bs_pep3_aux C 0.0093
438 bs_pep4a D
439 bs_pep4b D
440 bs_pep4_aux C 0.0069
441 bs_pep5 C 0.0027
442 bs_pep6 D
443 bs_pep6_aux D
444 bs_pep7 D
445 bs_accoa C 0.1565 // sortie d'AcCoA pour biomasse
446 bs_accoa_aux D // sortie d'AcCoA pour biomasse en dehors de synthese Leu
447 bs_akg C 0.0571 // sortie d'AKG
448 bs_akg1 D
449 bs_akg2 C 0.0111
450 bs_akg3 C 0.0132
451 bs_akg4 D
452 bs_akg4_aux D
453 bs_oaa C 0.0947 // sortie d'OAA pour formation de biomasse
454 bs_oaa1 D // sortie d'OAA pour Asp
455 bs_oaa1_aux C 0.0121 // sortie d'Asp
456 bs_oaa2 D // synthese d'Ile
457 bs_oaa2_aux C 0.0146 // sortie d'Ile
458 bs_oaa3a D
459 bs_oaa3b D
460 bs_oaa3_aux C 0.0173
461 bs_oaa4 D
462 bs_oaa5 D
463 bs_oaa5_aux C 0.0128
464 bs_oaa6 D
465 bs_oaa6_aux C 0.0077
466 bs_oaa7 D
467 bs_oaa7_aux C 0.0121
468
469 // Flux de sortie
470
471 out_co2 D // sortie de CO2
472 out_Ac F 0.213 // sortie d'acetate
473 out_FTHF D // sortie de FTHF. a laisser libre pour ne pas imposer de contraintes sur FTHF
474
475
476 XCH
477 NAME FCD VALUE(F/C) ED_WEIGHT LOW(F) INC(F) UP(F)
478
479 Glucupt_1 D
480 Glucupt_U D
481 // CO2upt D
482 // FTHF0 D
483 // FTHF1 D
484
485 pgi C 0.752386 // 2011-02-22 ssg: was F => often unresolved with --irand option
486 pfk C 0
487 ald F 0.413926
488 // tpi F 0.5
489 pgk C 0.984718 // 2011-02-22 ssg: was F => often unresolved with --irand option
490 eno F 0.800962
491 pyk C 0.0109591 // 2010-10-01 ssg: was F => unresolved if co2 uptake is unlimited
492
493 zwf C 0
494 gnd C 0
495 edd C 0
496 ta F 0.359468
497 tk1 F 0.166316
498 tk2 F 2.11559e-03
499
500 pdh C 0.0322745 // 2010-10-02 ssg: was F, otherwise unsolvable in monte-carlo
501 citsynth C 0
502 idh C 0
503 akgdh C 0
504 fum_a F 0.395958
505 fum_b D
506 maldh C 0.647115 //********************************************** C pour analyse de sensibilite, F pour minimisation
507
508 // gs1 C 0
509 // gs2 C 0
510
511 ppc F 0.256772
512 mae C 0
513 // pck C 0
514
515 bs_glc6P D // sortie de G6P
516 bs_fru6P D // sortie de F6P
517 bs_pga C 0 // conversion PGA donne Ser
518 bs_pga_aux D // conversion PGA donne Ser
519 bs_pga1 C 0 // conversion PGA donne Ser
520 bs_pga1_aux D // conversion PGA donne Ser
521 bs_pga2 C 0 // ser donne Cys. correspond a la sortie de PGA pour biomasse autre que formation Gly
522 bs_pga2_aux D
523 bs_pga3 C 0.011799 // reaction de synthese de Gly. cette reaction est reversible
524 bs_pga3_aux D // sortie de Gly
525 bs_DHAP D // formation de glycerolP pour lipides
526 bs_pyr C 0 // formation d'Ala
527 bs_pyr1 C 0 // formation d'Ala
528 bs_pyr1_aux D // sortie d'Ala. correspond aux sorties de Pyr qui ne sont pas associees a Val et Ile
529 bs_pyr2 C 0 // synthese d'AKV. consomme 2 Pyr
530 bs_pyr4 C 0
531 bs_pyr4_aux D // sortie correspondant a l'utilisation de Val pour la biomasse
532 bs_pyr3 C 0 // synthese de Leu (AKV+AcCoA consommes)
533 bs_pyr3_aux D // sortie de Leu
534 bs_e4p C 0 // sortie d'Ery4p
535 // bs_e4p_aux D // sortie d'Ery4p pour Trp
536 bs_rib5p C 0 // synthese d'His
537 bs_rib5p1 C 0 // synthese d'His
538 bs_rib5p1_aux D // sortie d'His
539 bs_rib5p2 D // sortie de Rib5P autre que His
540 bs_accoa C 0 // sortie d'AcCoA pour biomasse
541 bs_accoa_aux D // sortie d'AcCoA pour biomasse en dehors de synthese Leu
542 bs_pep C 0 // sortie de PEP
543 bs_pep1 C 0 // sortie de PEP
544 bs_pep2 C 0
545 bs_pep3a C 0
546 bs_pep3b C 0
547 bs_pep3_aux D
548 bs_pep4a C 0
549 bs_pep4b C 0
550 bs_pep4_aux D
551 bs_pep5 D
552 bs_pep6 C 0
553 bs_pep6_aux D
554 bs_pep7 C 0
555 bs_akg C 0 // sortie d'AKG
556 bs_akg1 C 0
557 bs_akg2 D
558 bs_akg3 D
559 bs_akg4 C 0
560 bs_akg4_aux D
561 bs_oaa C 0
562 bs_oaa1 C 0 // sortie d'OAA autres que Met
563 bs_oaa1_aux D // sortie d'OAA autres que Met
564 bs_oaa2 C 0 // synthese de Met
565 bs_oaa2_aux D // sortie de Met
566 bs_oaa3a C 0
567 bs_oaa3b C 0
568 bs_oaa3_aux D
569 bs_oaa4 D
570 bs_oaa5 C 0
571 bs_oaa5_aux D
572 bs_oaa6 C 0
573 bs_oaa6_aux D
574 bs_oaa7 C 0
575 bs_oaa7_aux D
576
577 // Flux de sortie
578
579 out_co2 D // sortie de CO2
580 out_Ac D // sortie d'acetate
581 out_FTHF D // sortie de FTHF. a laisser libre pour ne pas imposer de contraintes sur FTHF
582
583
584 EQUALITIES
585 NET
586 VALUE FORMULA
587
588 0 fum_a-fum_b // scrambling reaction
589 1 Glucupt_1+Glucupt_U
590 0 bs_oaa3a-bs_oaa3b
591 0 bs_pep3a-bs_pep3b
592 0 bs_pep4a-bs_pep4b
593
594 XCH
595 VALUE FORMULA
596
597 0 fum_a-fum_b
598
599 INEQUALITIES
600 NET
601 VALUE COMP FORMULA
602 // Inequalities for Input and Output Fluxes are generated automatically
603 1 <= pyk
604 0.0001 <= edd
605 0.0001 <= gnd
606 0.0001 <= zwf
607 0.0001 <= ppc
608 0.0001 <= mae
609 // 2 >= CO2upt // 2010-08-18 too high value makes jacobian rank deficient
610 XCH
611 VALUE COMP FORMULA
612 // Inequalities for Input and Output Fluxes are generated automatically
613 METAB
614 VALUE COMP FORMULA
615 // 1.2 >= AKG
616
617
618 FLUX_MEASUREMENTS
619 FLUX_NAME VALUE DEVIATION // Val Dev
620 out_Ac 0.213 0.0001
621
622 LABEL_INPUT
623 META_NAME ISOTOPOMER VALUE
624
625 Gluc_U #111111 1
626 #000000 0.
627 Gluc_1 #100000 1.
628 #000000 0.
629 // CO2_ext #0 0.989
630 // #1 0.011
631
632 // FTHF_0 #0 1
633 // FTHF_1 #1 1
634
635
636 LABEL_MEASUREMENTS
637 META_NAME CUM_GROUP VALUE DEVIATION CUM_CONSTRAINTS
638 // Example
639
640 PEAK_MEASUREMENTS
641 META_NAME PEAK_NO VALUE_S VALUE_D- VALUE_D+ VALUE_DD VALUE_T DEVIATION_S DEVIATION_D- DEVIATION_D+ DEVIATION_DD/T
642
643
644 MASS_SPECTROMETRY
645 META_NAME FRAGMENT WEIGHT VALUE DEVIATION
646
647 // Deviation fixee a 0.02 // correction inoc 0.062
648
649
650
651 Suc 1,2,3,4 1 0.371605319 0.01
652 2 0.360829749 0.01
653 3 0.208425325 0.01
654 4 0.059139607 0.01
655 // Mal 1,2,3,4 0 0.164619329483 0.02
656 // 1 0.110072868518 0.02
657 // 2 0.637801316225333 0.02
658 // 3 0.0863461044204333 0.02
659 // 4 0.00116038135315367 0.02
660 ICit 1,2,3,4,5,6 0 0.131864539419667 0.02
661 1 0.225857638569 0.02
662 2 0.256421170949333 0.02
663 3 0.209230210478667 0.02
664 4 0.116863585449667 0.02
665 5 0.0457727744643333 0.02
666 6 0.0139900806697867 0.02
667 PEP 1,2,3 0 0.421359839367667 0.01
668 1 0.358998301162333 0.01
669 2 0.0348521859365667 0.01
670 3 0.184789673534 0.01
671 PGA 1,2,3 0 0.434335785072667 0.01
672 1 0.352829683224667 0.01
673 2 0.0323479804176 0.01
674 3 0.180486551285333 0.01
675 FruBP 1,2,3,4,5,6 0 0.0738121029259333 0.01
676 1 0.454450017158667 0.01
677 2 0.160823529969333 0.01
678 3 0.0944468077710667 0.01
679 4 0.105281338489667 0.01
680 5 0.0155016033633 0.01
681 6 0.0956846003217333 0.01
682 Glc6P 1,2,3,4,5,6 0 0.0160587173349 0.01
683 1 0.673510772480667 0.01
684 2 0.0930110047641 0.01
685 3 0.0280359937297 0.01
686 4 0.0397315614067667 0.01
687 5 0.0145524520950667 0.01
688 6 0.135099498189 0.01
689 Fru6P 1,2,3,4,5,6 0 0.0235029951295 0.01
690 1 0.624253565357667 0.01
691 2 0.113068441282333 0.01
692 3 0.0456605631765 0.01
693 4 0.0516089447155667 0.01
694 5 0.0185881765378333 0.01
695 6 0.123317313800333 0.01
696 Rib5P 1,2,3,4,5 0 0.341615670498667 0.01
697 1 0.25454117519 0.01
698 2 0.159027180368333 0.01
699 3 0.113789577528667 0.01
700 4 0.0615266612553333 0.01
701 5 0.0694997351590667 0.01
702 Gnt6P 1,2,3,4,5,6 0 0.0249552273874 0.01
703 1 0.672556163913 0.01
704 2 0.0866890773125333 0.01
705 3 0.0313987199704333 0.01
706 4 0.0314691889898667 0.01
707 5 0.0138168327362333 0.01
708 6 0.139114789690333 0.01
709 // Ery4P 1,2,3,4 0 0.178453461108 0.01
710 // 1 0.412398433968333 0.01
711 // 2 0.273694508221667 0.01
712 // 3 0.116142498670667 0.01
713 // 4 0.0193110980315 0.01
714 METABOLITE_POOLS
715 META_NAME META_SIZE
716 AKG -1
717 AKV 1
718 AcCoA 1
719 Ala 1
720 Arg 1
721 Asn 1
722 Asp 1
723 BM_AKG 1
724 BM_AcCoA 1
725 BM_Ery4P 1
726 BM_OAA 1
727 BM_PEP 1
728 BM_PGA 1
729 BM_Pyr 1
730 BM_Rib5P 1
731 CO2 1
732 Chor 1
733 Cys 1
734 DAHP 1
735 Ery4P -1
736 FTHF 1
737 Fru6P -1
738 FruBP -1
739 GA3P -1
740 Glc6P 1
741 Glu 1
742 Gly 1
743 Gnt6P -1
744 His 1
745 ICit -1
746 Ile 1
747 Leu 1
748 Lys 1
749 Mal 1
750 Met 1
751 OAA -1
752 PEP -1
753 PGA -1
754 Phe 1
755 Pyr -1
756 PyrCO2 1
757 Rib5P -1
758 Sed7P -1
759 Ser 1
760 Suc -1
761 Thr 1
762 Trp 1
763 Tyr 1
764 Val 1
765 METAB_MEASUREMENTS
766 META_NAME VALUE DEVIATION
767 Fru6P 0.4263681348074568 0.01
768 GA3P 0.469998855791378 0.01
769 FruBP 1.860001398406723 0.01
770 PEP 0.1099999780931608 0.01
771 Rib5P 0.01933825682263468 0.01
772 Sed7P 0.05727159999541005 0.01
773
774 OPTIONS
775 OPT_NAME OPT_VALUE
776 dt 1
777 nsubdiv_dt 4
778 //tmax 10
779 file_labcin e_coli_msen.txt
780 commandArgs --noscale --TIMEIT --time_order=2 --zc=0 --clowp 1.e-9
781 optctrl_errx 1.e-3
782 optctrl_maxit 50
783 optctrl_btmaxit 16
784 optctrl_btstart 1
785 optctrl_btfrac 0.5
786 //optctrl_history 1
787 optctrl_adaptbt 1
788 optctrl_monotone 1
789 posttreat_R plot_imass.R