Mercurial > repos > workflow4metabolomics > influx_si
diff test-data/e_coli_growth.ftbl @ 2:57f199aa07e4 draft default tip
planemo upload for repository https://github.com/workflow4metabolomics/tools-metabolomics/blob/master/tools/influx_si/ commit 77b389c6f38fb8eb7d46366e7dd75b01229cc911
| author | workflow4metabolomics |
|---|---|
| date | Wed, 13 Dec 2023 08:56:04 +0000 |
| parents | 4e3d4318113b |
| children |
line wrap: on
line diff
--- a/test-data/e_coli_growth.ftbl Wed Sep 13 19:52:44 2023 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,822 +0,0 @@ -PROJECT - NAME VERSION FORMAT DATE COMMENT - Nissle.ftbl 1 100910 modele E coli Nissle WT avec voies centrales completes et voies biomasse - Nissle.ftbl 2 121025 growth fluxes+pooled penthoses - Nissle.ftbl 3 121123 concentration measurements - -NETWORK - FLUX_NAME EDUCT_1 EDUCT_2 PRODUCT_1 PRODUCT_2 - -// Glycolyse. -// PPP -// TCA -// voies anaplerotiques: pepc. enz malique -// voie glyoxylate -// avec pool interne unique de CO2 provenant soit du metabolisme soit de l'exterieur (CO2upt laisse libre) -// saisie differentielle des substrats marques - - -// Uptake substrats - - Glucupt_1 Gluc_1 Glc - #ABCDEF #ABCDEF - - Glucupt_U Gluc_U Glc - #ABCDEF #ABCDEF - - Glucupt Glc Glc6P - #ABCDEF #ABCDEF - - CO2upt CO2_ext CO2 // entree de CO2 non marque - #A #A // ce flux est a laisser libre - -// FTHF0 FTHF_0 FTHF // prise en charge de FTHF non marque -// #A #A - -// FTHF1 FTHF_1 FTHF // prise en charge de FTHF marque -// #a #a - - -// Embden Meyerhof Parnas Pathway - - pgi Glc6P Fru6P - #ABCDEF #ABCDEF - - pfk Fru6P FruBP - #ABCDEF #ABCDEF - - ald FruBP GA3P GA3P - #ABCDEF #CBA #DEF - -// tpi DHAP GA3P -// #ABC #CBA - - pgk GA3P PGA - #ABC #ABC - - eno PGA PEP - #ABC #ABC - - pyk PEP Pyr - #ABC #ABC - - -// Methylglyoxal Pathway - -// mgs DHAP Pyr -// #ABC #ABC - - -// Pentose Phosphate Pathway - - zwf Glc6P Gnt6P - #ABCDEF #ABCDEF - - gnd Gnt6P CO2 Rub5P - #ABCDEF #A #BCDEF - - rib Rub5P Rib5P - #ABCDE #ABCDE - - xul Rub5P Xul5P - #ABCDE #ABCDE - - edd Gnt6P Pyr GA3P - #ABCDEF #ABC #DEF - -// ta GA3P Sed7P Ery4P Fru6P -// #ABC #abcdefg #defg #abcABC - -// tk1 Rib5P Rib5P GA3P Sed7P -// #ABCDE #abcde #CDE #ABabcde - -// tk2 Rib5P Ery4P GA3P Fru6P -// #ABCDE #abcd #CDE #ABabcd - - HR1 GA3P E2 Xul5P - #CDE #AB #ABCDE - - HR2 Fru6P Ery4P E2 - #ABCDEF #CDEF #AB - - HR3 Fru6P GA3P E3 - #ABCDEF #DEF #ABC - - HR4 Sed7P Rib5P E2 - #abABCDE #ABCDE #ab - - HR5 Ery4P E3 Sed7P - #ABCD #abc #abcABCD - - -// Tricarboxylic Acid Cycle - - pdh Pyr AcCoA CO2 - #ABC #BC #A - - citsynth AcCoA OAA Cit - #AB #abcd #dcbaBA - - idh Cit AKG CO2 - #ABCDEF #ABCEF #D - - akgdh AKG Suc CO2 - #ABCDE #BCDE #A - - fum_a Suc Mal - #ABCD #ABCD - - fum_b Suc Mal - #ABCD #DCBA - - maldh Mal OAA - #ABCD #ABCD - - -// Glyoxylate Shunt - -// gs1 Cit GlyOx Suc -// #ABCDEF #AB #DCEF - -// gs2 GlyOx AcCoA OAA -// #AB #ab #ABba - - -// Anaplerotic Reactions - - ppc PEP CO2 OAA // PEPcarboxylase - #ABC #a #ABCa - -// mae Mal Pyr CO2 // enzyme malique -// #ABCD #ABC #D - -// pck OAA PEP CO2 // PEP carboxykinase -// #ABCD #ABC #D - - -// Biosynthetic Pathways - - // Glucose-6-Phosphate Family - - bs_glc6P Glc6P BM_Glc6P - #ABCDEF #ABCDEF - - // Fructose-6-Phosphate Family - - bs_fru6P Fru6P BM_Fru6P - #ABCDEF #ABCDEF - - // Phosphoglycerate Family - - bs_pga PGA BM_PGA - #ABC #ABC - -// bs_pga_aux BM_PGA PGA_Aux -// #ABC #ABC - -// bs_pga1 BM_PGA Ser -// #ABC #ABC - -// bs_pga1_aux Ser Ser_Aux -// #ABC #ABC - -// bs_pga2 Ser Cys -// #ABC #ABC - -// bs_pga2_aux Cys Cys_Aux -// #ABC #ABC - -// bs_pga3 Ser Gly FTHF -// #ABC #AB #C - -// bs_pga3_aux Gly Gly_Aux -// #AB #AB - - // TrioseP Family - - bs_DHAP GA3P Glp - #ABC #ABC - - // Pyruvate Family - - bs_pyr Pyr BM_Pyr - #ABC #ABC - -// bs_pyr1 BM_Pyr Ala -// #ABC #ABC - -// bs_pyr1_aux Ala Ala_Aux -// #ABC #ABC - -// bs_pyr2 BM_Pyr BM_Pyr AKV CO2 -// #ABC #abc #ABbcC #a - -// bs_pyr4 AKV Val -// #ABCDE #ABCDE - -// bs_pyr4_aux Val Val_Aux -// #ABCDE #ABCDE - -// bs_pyr3 AKV BM_AcCoA Leu CO2 -// #ABCDE #ab #abBCDE #A - -// bs_pyr3_aux Leu Leu_Aux -// #ABCDEF #ABCDEF - - // Erythrose-4-Phosphate Family - - bs_e4p Ery4P BM_Ery4P - #ABCD #ABCD - -// bs_e4p_aux BM_Ery4P Ery4P_aux -// #ABCD #ABCD - - // Ribose-5-Phosphate Family - - bs_rib5P Rib5P BM_Rib5P - #ABCDE #ABCDE - -// bs_rib5P1 BM_Rib5P FTHF His -// #ABCDE #a #EDCBAa - -// bs_rib5P1_aux His His_Aux -// #ABCDEF #ABCDEF - -// bs_rib5P2 BM_Rib5P Ri5P_Aux -// #ABCDE #ABCDE - - - // Aromatic Amino Acids - - bs_pep PEP BM_PEP - #ABC #ABC - -// bs_pep1 BM_PEP BM_Ery4P DAHP -// #ABC #abcd #ABCabcd - -// bs_pep2 BM_PEP DAHP Chor -// #ABC #abcdefg #ABCabcdefg - -// bs_pep3a Chor Phe CO2 -// #ABCDEFGHIJ #ABCEFGHIJ #D - -// bs_pep3b Chor Phe CO2 -// #ABCDEFGHIJ #ABCEJIHGF #D - -// bs_pep3_aux Phe Phe_Aux -// #ABCEFGHIJ #ABCEFGHIJ - -// bs_pep4a Chor Tyr CO2 -// #ABCDEFGHIJ #ABCEFGHIJ #D - -// bs_pep4b Chor Tyr CO2 -// #ABCDEFGHIJ #ABCEJIHGF #D - -// bs_pep4_aux Tyr Tyr_Aux -// #ABCEFGHIJ #ABCEFGHIJ - -// bs_pep5 BM_PEP PEP_Aux -// #ABC #ABC - -// bs_pep6 Chor BM_Rib5P Trp PyrCO2 -// #ABCDEFGHIJ #abcde #edcbaJEFGHI #ABCD - -// bs_pep6_aux Trp Trp_Aux -// #ABCDEFGHIJK #ABCDEFGHIJK - -// bs_pep7 PyrCO2 Pyr CO2 -// #ABCD #ABC #D - - // Acetyl-CoA - - bs_accoa AcCoA BM_AcCoA - #AB #AB - -// bs_accoa_aux BM_AcCoA AcCoA_Aux -// #AB #AB - - // Alpha-Ketoglutarate Family - - bs_akg AKG BM_AKG - #ABCDE #ABCDE - -// bs_akg1 BM_AKG Glu -// #ABCDE #ABCDE - -// bs_akg2 Glu Pro -// #ABCDE #ABCDE - -// bs_akg3 Glu Gln -// #ABCDE #ABCDE - -// bs_akg4 Glu CO2 Arg -// #ABCDE #a #ABCDEa - -// bs_akg4_aux Arg Arg_Aux -// #ABCDEF #ABCDEF - -// bs_akg2_aux Pro Pro_Aux -// #ABCDE #ABCDE - - - // Oxaloacetate Family - - bs_oaa OAA BM_OAA - #ABCD #ABCD - -// bs_oaa1 BM_OAA Asp -// #ABCD #ABCD - -// bs_oaa1_aux Asp Asp_Aux -// #ABCD #ABCD - -// bs_oaa2 Thr BM_Pyr Ile CO2 -// #ABCD #abc #ABbCDc #a - -// bs_oaa2_aux Ile Ile_Aux -// #ABCDEF #ABCDEF - -// bs_oaa3a BM_OAA BM_Pyr Lys CO2 -// #ABCD #abc #ABCDcb #a - -// bs_oaa3b BM_OAA BM_Pyr Lys CO2 -// #ABCD #abc #abcDCB #A - -// bs_oaa3_aux Lys Lys_Aux -// #ABCDEF #ABCDEF - -// bs_oaa4 BM_OAA OAA_Aux -// #ABCD #ABCD - -// bs_oaa5 BM_OAA Thr -// #ABCD #ABCD - -// bs_oaa5_aux Thr Thr_Aux -// #ABCD #ABCD - -// bs_oaa6 BM_OAA FTHF Met -// #ABCD #a #ABCDa - -// bs_oaa6_aux Met Met_Aux -// #ABCDE #ABCDE - -// bs_oaa7 BM_OAA Asn -// #ABCD #ABCD - -// bs_oaa7_aux Asn Asn_Aux -// #ABCD #ABCD - - -// Extracellular fluxes - - out_co2 CO2 CO2_out // CO2 output - #A #A - - out_Ac AcCoA Acetate // Acetate output - #AB #AB - -// out_FTHF FTHF FTHF_out -// #A #A - -FLUXES - NET - NAME FCD VALUE(F/C) ED_WEIGHT LOW(F) INC(F) UP(F) - - // INPUT - Glucupt_1 F 0.8128 - Glucupt_U D - Glucupt D - CO2upt C 0.77 // fixed arbitrary -// FTHF0 F 0.00224836 -// FTHF1 F 0.001 - - // Glycolysis - pgi F 0.1 - pfk D - ald D -// tpi D - pgk D 0.1 - eno D - pyk D 1.21144 - - // PPP + EDP - zwf D 0.4 - gnd D - edd F 0.1 - rib D - xul D -// ta D -// tk1 D -// tk2 D - HR1 D - HR2 D - HR3 D - HR4 D - HR5 D - - // TCA - pdh D - citsynth D - idh D - akgdh D - fum_a D - fum_b D - maldh D -// gs1 C 0 -// gs2 D - ppc D -// mae D -// pck D - - // Biosynthetic pathways - bs_glc6P C 0.0132 // sortie de G6P - bs_fru6P C 0.0045 // sortie de F6P - bs_pga C 0.0958 // sortie de PGA -// bs_pga_aux D -// bs_pga1 D -// bs_pga1_aux C 0.0132 // sortie de Ser -// bs_pga2 D -// bs_pga2_aux C 0.0056 // sortie de Cys -// bs_pga3 D -// bs_pga3_aux C 0.0373 // sortie de Gly - bs_DHAP C 0.0083 - bs_pyr C 0.1818 // sortie de Pyr -// bs_pyr1 D -// bs_pyr1_aux D // sortie d'Ala -// bs_pyr2 D -// bs_pyr4 D -// bs_pyr4_aux C 0.0258 // sortie de Val -// bs_pyr3 D -// bs_pyr3_aux C 0.0275 // sortie de Leu - bs_e4p C 0.0247 // sortie d'E4P - bs_rib5P C 0.0576 // sortie de R5P -// bs_rib5P1 D -// bs_rib5P1_aux C 0.0058 // sortie d'His -// bs_rib5P2 D - bs_pep C 0.0461 // sortie de PEP -// bs_pep1 D -// bs_pep2 D -// bs_pep3a D -// bs_pep3b D -// bs_pep3_aux C 0.0113 // sortie de Phe -// bs_pep4a D -// bs_pep4b D -// bs_pep4_aux C 0.0084 // sortie de Tyr -// bs_pep5 C 0.0033 // sorties autres que ac. amines -// bs_pep6 D -// bs_pep6_aux D -// bs_pep7 D - bs_accoa C 0.1895 // sortie d'AcCoA -// bs_accoa_aux D // sortie d'AcCoA pour biomasse en dehors de synthese Leu - bs_akg C 0.0692 // sortie d'AcCoA -// bs_akg1 D -// bs_akg2 D // sortie de Pro -// bs_akg3 C 0.0160 // sortie de Gln -// bs_akg4 D -// bs_akg2_aux C 0.013475 -// bs_akg4_aux D - bs_oaa C 0.1146 -// bs_oaa1 D -// bs_oaa1_aux C 0.0147 // sortie d'Asp -// bs_oaa2 D -// bs_oaa2_aux C 0.0177 // sortie d'Ile -// bs_oaa3a D -// bs_oaa3b D -// bs_oaa3_aux C 0.0209 // sortie de Lys -// bs_oaa4 D -// bs_oaa5 D -// bs_oaa5_aux C 0.0155 // sortie de Thr -// bs_oaa6 D -// bs_oaa6_aux C 0.0094 // sortie de Met -// bs_oaa7 D -// bs_oaa7_aux C 0.0147 // sortie d'Asn - - // Extracellular fluxes - - out_co2 D 0.1 // sortie de CO2 - out_Ac F 0.48 // sortie d'acetate -// out_FTHF D // sortie de FTHF - - - XCH - NAME FCD VALUE(F/C) ED_WEIGHT LOW(F) INC(F) UP(F) - - // INPUT - Glucupt_1 D - Glucupt_U D - Glucupt C 0 - CO2upt D -// FTHF0 D -// FTHF1 D - - // Glycolysis - pgi F 0.4 - pfk F 0.01 - ald F 0.4 -// tpi F 0.5 - pgk F 0.99 - eno F 0.99 - pyk F 0.4 - - // PPP + EDP - zwf C 0 - gnd C 0 - edd C 0 - rib C 0.99 // fixed arbitrary big - xul F 0 -// ta F 0.35468 -// tk1 F 0.0960538 -// tk2 F 0.0521646 - HR1 C 0.24 // fixed arbitrary - HR2 F 0.0151117 - HR3 F 0.14 - HR4 C 0.04 // fixed arbitrary - HR5 F 0.02 - - // TCA - pdh C 0.01 - citsynth C 0 - idh C 0 - akgdh C 0 - fum_a C 0.01 // fixed arbitrary - fum_b D -// maldh F 0.99 - maldh C 0.42 // fixed arbitrary -// gs1 C 0 -// gs2 C 0 - ppc F 0.2 -// mae C 0 -// pck C 0 - - // Biosynthetic pathways - bs_glc6P D - bs_fru6P D - bs_pga D -// bs_pga_aux D -// bs_pga1 C 0 -// bs_pga1_aux D -// bs_pga2 C 0 -// bs_pga2_aux D -// bs_pga3 C 0.00824415 -// bs_pga3_aux D - bs_DHAP D - bs_pyr D -// bs_pyr1 C 0 -// bs_pyr1_aux D -// bs_pyr2 C 0 -// bs_pyr4 C 0 -// bs_pyr4_aux D -// bs_pyr3 C 0 -// bs_pyr3_aux D - bs_e4p D 0 -// bs_e4p_aux D - bs_rib5P D 0 -// bs_rib5P1 C 0 -// bs_rib5P1_aux D -// bs_rib5P2 D - bs_accoa D 0 -// bs_accoa_aux D - bs_pep D 0 -// bs_pep1 C 0 -// bs_pep2 C 0 -// bs_pep3a C 0 -// bs_pep3b C 0 -// bs_pep3_aux D -// bs_pep4a C 0 -// bs_pep4b C 0 -// bs_pep4_aux D -// bs_pep5 D -// bs_pep6 C 0 -// bs_pep6_aux D -// bs_pep7 C 0 - bs_akg D 0 -// bs_akg1 C 0 -// bs_akg2 C 0 -// bs_akg3 D -// bs_akg4 C 0 -// bs_akg4_aux D -// bs_akg2_aux D - bs_oaa D 0 -// bs_oaa1 C 0 -// bs_oaa1_aux D -// bs_oaa2 C 0 -// bs_oaa2_aux D -// bs_oaa3a C 0 -// bs_oaa3b C 0 -// bs_oaa3_aux D -// bs_oaa4 D -// bs_oaa5 C 0 -// bs_oaa5_aux D -// bs_oaa6 C 0 -// bs_oaa6_aux D -// bs_oaa7 C 0 -// bs_oaa7_aux D - - // Flux de sortie - out_co2 C 0 // sortie de CO2 - out_Ac C 0 // sortie d'acetate -// out_FTHF D // sortie de FTHF. a laisser libre pour ne pas imposer de contraintes sur FTHF - -EQUALITIES - NET - VALUE FORMULA - - 0 fum_a-fum_b // scrambling reaction - 1 Glucupt_1+Glucupt_U -// 0 bs_oaa3a-bs_oaa3b -// 0 bs_pep3a-bs_pep3b -// 0 bs_pep4a-bs_pep4b - - XCH - VALUE FORMULA - - 0 fum_a-fum_b - -INEQUALITIES - NET - VALUE COMP FORMULA -// 1 <= pyk - 0 <= edd - 0 <= gnd - 0 <= zwf - 0 <= ppc - 0 <= idh - 0 <= akgdh -// 0 <= mae - - XCH - VALUE COMP FORMULA - -FLUX_MEASUREMENTS - FLUX_NAME VALUE DEVIATION - out_Ac 0.497 0.04 - -LABEL_INPUT - META_NAME ISOTOPOMER VALUE - - Gluc_U #111111 0.952 - #011111 0.008 - #101111 0.008 - #110111 0.008 - #111011 0.008 - #111101 0.008 - #111110 0.008 - - Gluc_1 #100000 0.9465 - #110000 0.0107 - #101000 0.0107 - #100100 0.0107 - #100010 0.0107 - #100001 0.0107 - - CO2_ext #0 0.9893 - #1 0.0107 - -// FTHF_0 #0 1 -// FTHF_1 #1 1 - - -LABEL_MEASUREMENTS - META_NAME CUM_GROUP VALUE DEVIATION CUM_CONSTRAINTS - - AcCoA 1 0.495 0.02 #00 - 2 0.303 0.02 #01 // CH3 specific enrichment - 3 0.012 0.02 #10 - 4 0.190 0.02 #11 - -PEAK_MEASUREMENTS - - META_NAME PEAK_NO VALUE_S VALUE_D- VALUE_D+ VALUE_DD VALUE_T DEVIATION_S DEVIATION_D- DEVIATION_D+ DEVIATION_DD/T - -METAB_MEASUREMENTS - META_NAME VALUE DEVIATION - // source: p.millard 2010/12/03 Nissle_Glc_conc.xlsx sent by email - Suc 15.8893144279264*1.e-3/10.7 1.e-2 - Mal 6.47828321758155*1.e-3/10.7 1.e-2 - PEP 0.588638938013844*1.e-3/10.7 1.e-2 - PGA 5.35922289028553*1.e-3/10.7 1.e-2 - Cit 17.4452511107891*1.e-3/10.7 1.e-2 - Gnt6P 1.54945619497337*1.e-3/10.7 1.e-2 - FruBP 5.27278870110121*1.e-3/10.7 1.e-2 - Fru6P 1.07071770798187*1.e-3/10.7 1.e-2 - Glc6P 5.24845556085526*1.e-3/10.7 1.e-2 - Rub5P+Rib5P+Xul5P 1.66034545348219*1.e-3/10.7 1.e-2 - -MASS_SPECTROMETRY - META_NAME FRAGMENT WEIGHT VALUE DEVIATION - Mal 1,2,3,4 1 0.587391867374382 0.0493159626907812 - 2 0.216493214407424 0.0306546571894417 - 3 0.159494782909672 0.03 - 4 0.0366201353085213 0.03 - PEP 1,2,3 0 0.462166666666667 0.01 - 1 0.340003333333333 0.01 - 2 0.0273166666666667 0.01 - 3 0.170513333333333 0.01 - PGA 1,2,3 0 0.447066666666667 0.0180848260520618 - 1 0.34127 0.018075350619006 - 2 0.02441 0.01 - 3 0.187253333333333 0.01 - Gnt6P 1,2,3,4,5,6 0 0.0195533333333333 0.01 - 1 0.72562 0.0120547874307264 - 2 0.0571233333333333 0.01 - 3 0.0135033333333333 0.01 - 4 0.01331 0.01 - 5 0.0131033333333333 0.01 - 6 0.157793333333333 0.01 - Sed7P 1,2,3,4,5,6,7 0 0.272433333333333 0.0122309539012022 - 1 0.23752 0.01 - 2 0.180446666666667 0.01 - 3 0.12744 0.01 - 4 0.06321 0.01 - 5 0.0839233333333333 0.01 - 6 0.01751 0.01 - 7 0.0175266666666667 0.01 - FruBP 1,2,3,4,5,6 0 0.0853733333333333 0.02 - 1 0.482283333333333 0.02 - 2 0.140086666666667 0.02 - 3 0.0953466666666667 0.02 - 4 0.09712 0.02 - 5 0.0120166666666667 0.02 - 6 0.0877666666666667 0.02 - Rib5P+Xul5P+Rub5P 1,2,3,4,5 0 0.433956666666667 0.0115292555411585 - 1 0.215956666666667 0.01 - 2 0.09658 0.01 - 3 0.129033333333333 0.01 - 4 0.0272733333333333 0.01 - 5 0.0971933333333333 0.01 - Glc6P 1,2,3,4,5,6 0 0.0167633333333333 0.01 - 1 0.716826666666667 0.01 - 2 0.0578233333333333 0.01 - 3 0.0122433333333333 0.01 - 4 0.01151 0.01 - 5 0.01089 0.01 - 6 0.173946666666667 0.01 - Fru6P 1,2,3,4,5,6 0 0.04716 0.01 - 1 0.623343333333333 0.0106878170518274 - 2 0.0820266666666667 0.01 - 3 0.03604 0.01 - 4 0.0315766666666667 0.01 - 5 0.0149133333333333 0.01 - 6 0.164943333333333 0.0111688555068697 - - Cit 1,2,3,4,5,6 1 0.322208057034832 0.03 - 2 0.288291305558056 0.03 - 3 0.212855540659154 0.03 - 4 0.117626468347467 0.03 - 5 0.0484839619377435 0.03 - 6 0.0105346664627478 0.03 - -OPTIONS - OPT_NAME OPT_VALUE - MATLAB_FOR_FLUX_EQ_CONSTR_MATR 1 - include_growth_flux 1 - mu 0.8 - optctrl_maxit 50 - commandArgs --TIMEIT - //optctrl_btdesc 0.1 - posttreat_R plot_smeas.R -METABOLITE_POOLS - META_NAME META_SIZE // size is in units of metab_scale option defined before - // source: p.millard 2010/12/03 Nissle_Glc_conc.xlsx sent by email - //Fum -2.47158569399681*1.e-3/10.7 - Suc -15.8893144279264*1.e-3/10.7 - Mal -6.47828321758155*1.e-3/10.7 - PEP -0.588638938013844*1.e-3/10.7 - //Aco -0.871035781090548*1.e-3/10.7 - PGA -5.35922289028553*1.e-3/10.7 - Cit -17.4452511107891*1.e-3/10.7 - //1-3diPG -7.31670971749174*1.e-3/10.7 - Gnt6P -1.54945619497337*1.e-3/10.7 - //Sed7P -11.5512490274248*1.e-3/10.7 conc - //PRPP -2.74943425027474*1.e-3/10.7 - //CMP -0.433742769835568*1.e-3/10.7 - //UMP -4.69421895911195*1.e-3/10.7 - //cAMP -0.109838817225867*1.e-3/10.7 - FruBP -5.27278870110121*1.e-3/10.7 - //AMP -0.801372321192278*1.e-3/10.7 - //GMP -0.394103922207334*1.e-3/10.7 - //dCDP -4.41071909173208*1.e-3/10.7 - //CDP -0.204009683016196*1.e-3/10.7 - //UDP -0.528949008341637*1.e-3/10.7 - //ADP -2.0246124170601*1.e-3/10.7 - //GDP -1.02724694822302*1.e-3/10.7 - //CTP -1.39055711133101*1.e-3/10.7 - //UTP -1.73433655893259*1.e-3/10.7 - //ATP -6.32820169657847*1.e-3/10.7 - //UDP-Glc -9.93608536663137*1.e-3/10.7 conc - //ADP-Glc -0*1.e-3/10.7 - //GDP-Man -5.52555199979534*1.e-3/10.7 - //G1P -72.1756241692542*1.e-3/10.7 conc - //F1P -0.0942291270750201*1.e-3/10.7 - Fru6P -1.07071770798187*1.e-3/10.7 - Glc6P -5.24845556085526*1.e-3/10.7 - //M6P -0.642830603277483*1.e-3/10.7 - //Rib1P -0.0558080128279041*1.e-3/10.7 - Rub5P -1.66034545348219/3*1.e-3/10.7 -// Rib5P -1.66034545348219/3*1.e-3/10.7 - Rib5P 1.e-7 // fixed arbitrary low - Xul5P -4*1.66034545348219/3*1.e-3/10.7 - //dADP -5.86959266616353*1.e-3/10.7 conc - //dATP -13.1542008577561*1.e-3/10.7 conc - //dTDP -9.52423600696743*1.e-3/10.7 conc - //dTTP -19.9757914243397*1.e-3/10.7 conc