Mercurial > repos > xuebing > sharplabtool
directory /mytools/ @ 7:f0dc65e7f6c0
| name | size | permissions |
|---|---|---|
| [up] | drwxr-xr-x | |
 .DS_Store
|
6148 | -rw-r--r-- |
|
._.DS_Store
|
82 | -rw-r--r-- |
|
._StartGenometriCorr.xml
|
403 | -rw-r--r-- |
|
._Start_GenometriCorr.R
|
402 | -rw-r--r-- |
|
._align2database.py
|
259 | -rw-r--r-- |
|
._align2database.xml
|
171 | -rw-r--r-- |
|
._align2multiple.xml
|
581 | -rw-r--r-- |
|
._alignr.py
|
251 | -rw-r--r-- |
|
._alignr.xml
|
581 | -rw-r--r-- |
|
._alignvis.xml
|
171 | -rwxr-xr-x |
|
._altschulEriksonDinuclShuffle.py
|
415 | -rw-r--r-- |
|
._bed_to_bam.xml
|
572 | -rw-r--r-- |
|
._bedclean.xml
|
171 | -rwxr-xr-x |
|
._bedsort.xml
|
171 | -rwxr-xr-x |
|
._bigWigAverageOverBed.xml
|
572 | -rw-r--r-- |
|
._binaverage.xml
|
581 | -rw-r--r-- |
|
._bowtie2bed.pl
|
193 | -rwxr-xr-x |
|
._bowtie2bed.xml
|
193 | -rwxr-xr-x |
|
._bwBinavg.xml
|
572 | -rw-r--r-- |
|
._cdf.r
|
171 | -rwxr-xr-x |
|
._cdf.xml
|
581 | -rw-r--r-- |
|
._closestBed.xml
|
581 | -rw-r--r-- |
|
._collapseBed.py
|
530 | -rw-r--r-- |
|
._collapseBed.xml
|
572 | -rw-r--r-- |
|
._collapseTab.xml
|
572 | -rw-r--r-- |
|
._convertEnsembl.xml
|
581 | -rw-r--r-- |
|
._dreme.xml
|
171 | -rw-r--r-- |
|
._endbias.xml
|
572 | -rw-r--r-- |
|
._fastamarkov.xml
|
171 | -rwxr-xr-x |
|
._fastashuffle1.xml
|
171 | -rwxr-xr-x |
|
._fastashuffle2.xml
|
581 | -rw-r--r-- |
|
._fastqdump.xml
|
171 | -rwxr-xr-x |
|
._fimo2-old.xml
|
171 | -rw-r--r-- |
|
._fimo2.xml
|
171 | -rwxr-xr-x |
|
._fimo2bed.py
|
530 | -rw-r--r-- |
|
._fimo2bed.xml
|
581 | -rw-r--r-- |
|
._genomeView.xml
|
581 | -rw-r--r-- |
|
._genomeview-old2.r
|
572 | -rw-r--r-- |
|
._genomeview.r
|
572 | -rw-r--r-- |
|
._genomeview_notused
|
171 | -rw-r--r-- |
|
._headtail.xml
|
171 | -rwxr-xr-x |
|
._intersectSig.xml
|
171 | -rw-r--r-- |
|
._intersectbed.xml
|
581 | -rw-r--r-- |
|
._intervalSize.xml
|
171 | -rwxr-xr-x |
|
._iupac2meme.xml
|
171 | -rwxr-xr-x |
|
._makebigwig.sh
|
403 | -rwxr-xr-x |
|
._makebigwig.sh-old
|
287 | -rwxr-xr-x |
|
._makebigwig.xml
|
572 | -rw-r--r-- |
|
._makewindow.xml
|
171 | -rwxr-xr-x |
|
._meme.xml
|
171 | -rw-r--r-- |
|
._memelogo.xml
|
171 | -rwxr-xr-x |
|
._metaintv.xml
|
572 | -rw-r--r-- |
|
._metaintv_ext.xml
|
572 | -rw-r--r-- |
|
._phastCons.xml
|
572 | -rw-r--r-- |
|
._plotmatrix.xml
|
171 | -rwxr-xr-x |
|
._r_wrapper.sh
|
641 | -rwxr-xr-x |
|
._r_wrapper_old.sh
|
641 | -rwxr-xr-x |
|
._random_interval.py
|
521 | -rw-r--r-- |
|
._random_interval.xml
|
572 | -rw-r--r-- |
|
._removeDuplicate.xml
|
572 | -rw-r--r-- |
|
._resize.xml
|
171 | -rwxr-xr-x |
|
._revcompl.py
|
521 | -rw-r--r-- |
|
._revcompl.xml
|
581 | -rw-r--r-- |
|
._sampline.py
|
193 | -rwxr-xr-x |
|
._seq2meme.py
|
530 | -rw-r--r-- |
|
._seq2meme.xml
|
171 | -rwxr-xr-x |
|
._seqshuffle.py
|
521 | -rw-r--r-- |
|
._shuffleBed.py
|
521 | -rw-r--r-- |
|
._shuffleBed.xml
|
572 | -rw-r--r-- |
|
._shuffleSequenceUsingAltschulErikson.txt
|
542 | -rw-r--r-- |
|
._spatial_proximity.xml
|
572 | -rw-r--r-- |
|
._splicesite.xml
|
171 | -rw-r--r-- |
|
._splicesitescore
|
240 | -rwxr-xr-x |
|
._stats.txt
|
392 | -rw-r--r-- |
|
._venn.xml
|
581 | -rw-r--r-- |
|
.sorted.bed
|
0 | -rw-r--r-- |
|
StartGenometriCorr.xml
|
1025 | -rw-r--r-- |
|
Start_GenometriCorr.R
|
3007 | -rw-r--r-- |
|
align2database.py
|
4665 | -rw-r--r-- |
|
align2database.xml
|
4554 | -rw-r--r-- |
|
align2multiple.xml
|
4736 | -rw-r--r-- |
|
alignr.py
|
13819 | -rw-r--r-- |
|
alignr.xml
|
7471 | -rw-r--r-- |
|
alignvis.py
|
2647 | -rw-r--r-- |
|
alignvis.r
|
270 | -rw-r--r-- |
|
alignvis.xml
|
1979 | -rwxr-xr-x |
|
altschulEriksonDinuclShuffle.py
|
3960 | -rw-r--r-- |
|
bedClean.py
|
1112 | -rw-r--r-- |
|
bed_to_bam.xml
|
1421 | -rw-r--r-- |
|
bedclean.xml
|
1209 | -rwxr-xr-x |
|
bedsort.xml
|
692 | -rwxr-xr-x |
|
bigWigAverageOverBed.xml
|
560 | -rw-r--r-- |
|
binaverage.xml
|
3397 | -rw-r--r-- |
|
binnedAverage.py
|
2564 | -rw-r--r-- |
|
bowtie2bed.pl
|
1018 | -rwxr-xr-x |
|
bowtie2bed.xml
|
1580 | -rwxr-xr-x |
|
bwBinavg.xml
|
1954 | -rw-r--r-- |
|
cdf.r
|
2976 | -rwxr-xr-x |
|
cdf.xml
|
2876 | -rw-r--r-- |
|
closestBed.py
|
0 | -rw-r--r-- |
|
closestBed.xml
|
1309 | -rw-r--r-- |
|
collapseBed.py
|
1711 | -rw-r--r-- |
|
collapseBed.xml
|
839 | -rw-r--r-- |
|
collapseBed2.py
|
1076 | -rw-r--r-- |
|
collapseTab.py
|
1032 | -rw-r--r-- |
|
collapseTab.xml
|
737 | -rw-r--r-- |
|
convertEnsembl.py
|
413 | -rw-r--r-- |
|
convertEnsembl.xml
|
667 | -rw-r--r-- |
|
dreme.xml
|
2480 | -rw-r--r-- |
|
endbias.py
|
1351 | -rw-r--r-- |
|
endbias.xml
|
504 | -rw-r--r-- |
|
fasta-dinucleotide-shuffle.py
|
5849 | -rwxr-xr-x |
|
fastamarkov.xml
|
727 | -rwxr-xr-x |
|
fastashuffle1.xml
|
579 | -rwxr-xr-x |
|
fastashuffle2.xml
|
1306 | -rw-r--r-- |
|
fastqdump.xml
|
677 | -rwxr-xr-x |
|
fimo2-old.xml
|
2628 | -rw-r--r-- |
|
fimo2.xml
|
1762 | -rwxr-xr-x |
|
fimo2bed.py
|
1881 | -rw-r--r-- |
|
fimo2bed.xml
|
635 | -rw-r--r-- |
|
genomeView.xml
|
4704 | -rw-r--r-- |
|
genomeview.r
|
2146 | -rw-r--r-- |
|
getGenomicScore.py
|
3471 | -rw-r--r-- |
|
headtail.xml
|
1021 | -rwxr-xr-x |
|
intersectSig.py
|
3539 | -rw-r--r-- |
|
intersectSig.xml
|
2305 | -rw-r--r-- |
|
intersectbed.xml
|
4311 | -rw-r--r-- |
|
intervalOverlap.py
|
2880 | -rw-r--r-- |
|
intervalSize.py
|
430 | -rw-r--r-- |
|
intervalSize.xml
|
475 | -rwxr-xr-x |
|
iupac2meme.xml
|
2083 | -rwxr-xr-x |
|
makebigwig.sh
|
1366 | -rwxr-xr-x |
|
makebigwig.xml
|
1723 | -rw-r--r-- |
|
makewindow.py
|
526 | -rw-r--r-- |
|
makewindow.xml
|
594 | -rwxr-xr-x |
|
meme.xml
|
16934 | -rw-r--r-- |
|
memelogo.xml
|
673 | -rwxr-xr-x |
|
metaintv.py
|
3359 | -rw-r--r-- |
|
metaintv.xml
|
1288 | -rw-r--r-- |
|
metaintv2.py
|
3410 | -rw-r--r-- |
|
metaintv3.py
|
3410 | -rw-r--r-- |
|
metaintv_ext.py
|
4265 | -rw-r--r-- |
|
metaintv_ext.xml
|
958 | -rw-r--r-- |
|
phastCons.xml
|
2355 | -rw-r--r-- |
|
plotmatrix.py
|
2626 | -rw-r--r-- |
|
plotmatrix.xml
|
2110 | -rwxr-xr-x |
|
r_wrapper.sh
|
36 | -rwxr-xr-x |
|
r_wrapper_old.sh
|
565 | -rwxr-xr-x |
|
random_interval.py
|
2843 | -rw-r--r-- |
|
random_interval.xml
|
2941 | -rw-r--r-- |
|
removeDuplicate.xml
|
316 | -rw-r--r-- |
|
resize.py
|
1869 | -rw-r--r-- |
|
resize.xml
|
1691 | -rwxr-xr-x |
|
revcompl.py
|
1911 | -rw-r--r-- |
|
revcompl.xml
|
998 | -rw-r--r-- |
|
sampline.py
|
4639 | -rwxr-xr-x |
|
sampline.xml
|
4449 | -rwxr-xr-x |
|
seq2meme.py
|
3335 | -rw-r--r-- |
|
seq2meme.xml
|
979 | -rwxr-xr-x |
|
seqshuffle.py
|
1121 | -rw-r--r-- |
|
sequence.py
|
29075 | -rwxr-xr-x |
|
shuffleBed.py
|
3247 | -rw-r--r-- |
|
shuffleBed.xml
|
2107 | -rw-r--r-- |
|
spatial_proximity.py
|
1038 | -rw-r--r-- |
|
spatial_proximity.xml
|
1701 | -rw-r--r-- |
|
splicesite.xml
|
1438 | -rw-r--r-- |
|
venn.xml
|
3138 | -rw-r--r-- |