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+contig23 43319 43715 trf 40 9.9 40 79 4 316 58 8 3 29 1.45 TAAATAACTAAATAACTAAATAAATAATTAAATAAATAAC
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+contig24 13722 13771 trf 16 3.1 16 77 11 55 36 22 36 4 1.73 GACGGACAGACAGACA
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+contig25 9180 9660 trf 163 3.0 161 82 3 597 36 13 12 37 1.83 ATTATTTTACCACTAATTTTCCGATTGTTCCTATGGCAGCTATATGATATAGTCGTCCGATTTTGATAAAATTTAATTCGAAATTCAGAACTAATTAAAAAATGTTATTTCCAAGCCTAGAAGGTTATATGTTAAAAAACACCAAAGATATAATTTTTAAT
+contig25 9174 9660 trf 162 3.0 158 82 5 578 36 13 12 37 1.83 TTTTATATTATTTTCCACTAATTTTCCGATTGTTCCTATGGCAGCTATATGATATAGTCGTCCGATTTTGATAAAATTTAATTCGAAATTCAGAACTAATTAAAAAATGTTATTTCCAAGCCTAGAGGGTATATGTTAAAAAACACCAAAGATATAAT
+contig25 10794 10823 trf 15 1.9 15 100 0 58 34 10 6 48 1.64 TAATTTAGATTTCAC
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+contig25 20371 21270 trf 162 5.7 162 70 14 532 35 12 14 38 1.83 ATAACATTTTTTAATTAGTTCTTAATTTCGAATTAAATTTTATCAAAATCGGACGACTATATCATATAGCTGCCATAGGAACGATCGGAAAATTAGTGGTAAAATAATAATGAAAAATTATATCTTCGGTGTTTTTTAACATATAACCTCATAAGCTTGAAA
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+contig25 29458 29504 trf 20 2.4 20 89 7 69 52 21 2 23 1.58 ACAATACAATACATTAGCAT
+contig25 36613 36916 trf 162 1.9 161 84 0 408 36 12 12 37 1.81 AAATTAGATCTTCGGTGTTTTTAACATATAACCTCATAAACTTGAAAATAACATTTTTTAATTAGTTCTGAATTTCGAATTAAATTTTATCAAAATCGGACGACTATAACATAAAGCTGCCATAGGAACAATCGGAAAATTAGTCGAAAAACATGAAATAA
+contig25 36630 36976 trf 162 2.1 162 81 2 390 36 11 14 37 1.82 TTTTTAACATATAACCTTATAAACTTGAAAATAACATTTTTTAATTAGTTCTGAATTTCGAATTAAATTTTATCAAAATCGGACGACTATAACATAAAGCTGCCATAGGAACAATCGGAAAATTAGTCGAAAAACATGAAATAAAAATTAGAGCTTTGGGGC
+contig25 38794 38823 trf 14 2.0 15 93 6 51 37 0 0 62 0.96 AATTTAATAATTTTT
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+contig36 5311 5681 trf 184 2.0 184 98 0 722 32 15 15 36 1.89 CAAAAATAATTAAAAAATGTTATTTCCAAGCGTAGAAGGTTATATGTTGAAAAACAACGAAGCTATAATTTTTTCATATTATTTTCTTACAATTTTTTTGTCGTTCGTGTGACAGCTATATGATATAGTGGTCCGATTTTGATACTGCGTTGCAAAAATCTGACTGAAATCATTCTAGCCTCCG
+contig36 7385 7829 trf 162 2.7 161 84 6 576 36 13 12 37 1.82 AAAAATTATATCTTCGTGTTTTTTAACATATAACCTTCTAAGCTTGGAAATAACATTTTTTAATTAGTTCTGAATTTCGAATTAAATTTTATCAAAATCGGACGACTATATCATATAGCTCCCATAGGAACAATCGGAAAATTAATAGGAAAACATGAAAT
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+contig37 47512 47537 trf 11 2.3 11 100 0 50 24 0 32 44 1.54 GTGAGTATTTA
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+contig40 53574 54070 trf 162 3.1 161 80 6 581 37 11 14 36 1.83 AAAAAATTATATCTTTGGTGTTTTTTAACATATAACCTTCTAAGCTTGGAAATAACATTTTTTAATTAGTTCTGAATTTCGAATTAAATTTTATCAAAATCGGACGACTATATCATATAGCTGCCATAGGAACGATCGGAAAATTAGTGGGAAATAATATG
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+contig49 19017 19401 trf 163 2.4 163 78 8 367 35 13 12 38 1.83 AAAATTATATCTTCTGTGTTTTTTCAACATATAACCTCCTAAGCTTGGAAATAGCATTGTTTAATAACTTCTAAATTTCCAATTAAATATTTTCAAAATCGAACAAATATAACATACAACTGCAACAGGAATCATCGGAAAATTATGGGTAAAATAATATGAC
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+contig50 30348 30379 trf 15 2.1 15 93 0 53 22 6 0 70 1.09 TATTATTCTTATATT
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+contig51 17503 17535 trf 15 2.1 15 94 0 55 78 3 12 6 1.06 AAGAAGAAAAAAATA
+contig51 25982 26007 trf 13 1.9 13 100 0 50 72 28 0 0 0.86 AACAACAACAAAC
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+contig51 48401 48453 trf 24 2.1 25 83 16 65 69 0 7 23 1.14 AAATAGTAAAGAAAATAAAATTTAA
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+contig52 18393 18445 trf 24 2.1 25 83 16 65 69 0 7 23 1.14 AAATAGTAAAGAAAATAAAATTTAA
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+contig52 31654 31682 trf 3 9.3 3 100 0 56 64 0 0 35 0.94 TAA
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+contig53 13135 13165 trf 14 2.1 15 93 6 53 23 26 0 50 1.50 TTTATCTCATCATCA
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+contig53 28566 29032 trf 154 2.9 161 76 9 461 37 13 10 37 1.80 CCACTAATTTTCCGATCGTTCCTATGGCAGCTATATAATATAGTCGTCCGATTTTGATAAAATTTAATTAGAAATTCAGAACTAATTAAAAAATGTTATTTCCAAGCTTAAAAGGTTATATGTTAAAAAACACAAAACATATAATTTTTAATATTATTTTA
+contig53 33859 33904 trf 23 2.0 21 83 8 54 60 2 0 37 1.09 TTTAATAAAAATACATAAAAA
+contig54 2140 2425 trf 157 1.8 157 85 0 399 34 16 13 35 1.88 TCCGATCGTTCCTATCACAGCTATATGATATAGTCGTCCGATTTAGATAAAATTGAATTCGAAATTCAAAACCAATTAAAAAATGTTATTTCCAAACGCAGAAGATTATATGTTAAAAAACACCAAAGATATCATTTTTTCATTTTCTCTGACTTTC
+contig54 8561 9027 trf 154 2.9 161 76 9 461 37 13 10 37 1.80 CCACTAATTTTCCGATCGTTCCTATGGCAGCTATATAATATAGTCGTCCGATTTTGATAAAATTTAATTAGAAATTCAGAACTAATTAAAAAATGTTATTTCCAAGCTTAAAAGGTTATATGTTAAAAAACACAAAACATATAATTTTTAATATTATTTTA
+contig54 13854 13899 trf 23 2.0 21 83 8 54 60 2 0 37 1.09 TTTAATAAAAATACATAAAAA
+contig55 18905 18943 trf 12 3.2 12 88 0 58 0 39 26 34 1.57 GTCTGTCCGTCC
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+contig55 26194 26253 trf 2 29.5 2 85 0 82 50 1 0 47 1.11 TA
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+contig56 16931 16961 trf 14 2.1 14 100 0 60 13 30 6 50 1.67 CTATTGCATTCTTC
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+contig58 14678 14860 trf 96 1.9 96 86 2 258 31 15 12 40 1.84 ATAATTGTATCATATTATTTTACCACCAATTTTCCGACCTTTCATATGGCAGCTATATGATATAGTCGACCGATTTTGATAAAAAAAACCGAAGAT
+contig58 20437 20471 trf 5 6.6 5 93 6 59 41 0 0 58 0.98 ATATT
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+contig58 32336 32641 trf 163 1.9 161 85 2 423 39 12 13 35 1.81 ACATATAACCTTCTAGCTTGCAAATAACATTTTTTAATAAATTTCGAATTTCAAATTAAATTTTATCAAAATCGGGAGACTAAATCATATAGCTGTCATAGAAACAATCGGAAAATTAATGCAAAAATAATATAAAAAAATTTTAGCTTTGGTGCTATTTG
+contig59 4678 4860 trf 96 1.9 96 86 2 258 31 15 12 40 1.84 ATAATTGTATCATATTATTTTACCACCAATTTTCCGACCTTTCATATGGCAGCTATATGATATAGTCGACCGATTTTGATAAAAAAAACCGAAGAT
+contig59 10437 10471 trf 5 6.6 5 93 6 59 41 0 0 58 0.98 ATATT
+contig59 14631 14676 trf 18 2.5 18 88 0 63 64 4 0 31 1.13 TTAAATAAAAAAAAACAT
+contig59 22336 22641 trf 163 1.9 161 85 2 423 39 12 13 35 1.81 ACATATAACCTTCTAGCTTGCAAATAACATTTTTTAATAAATTTCGAATTTCAAATTAAATTTTATCAAAATCGGGAGACTAAATCATATAGCTGTCATAGAAACAATCGGAAAATTAATGCAAAAATAATATAAAAAAATTTTAGCTTTGGTGCTATTTG
+contig60 15172 15203 trf 15 2.1 14 94 5 53 64 0 0 35 0.94 ATATATAATAAAAT
+contig60 16317 16571 trf 136 1.9 136 90 2 404 38 12 13 35 1.82 TTCTAAGCTTGGAAATAACATTTTATAATTAGTTCAGAATTTCAAATTAAATTTTATCAAAATCGGACGACTATATCATATACCTGCCATATGAACGATAGGAAAATTAGTGGTAAAATAGTATGAAAAAATTTCT
+contig60 19577 20119 trf 274 2.0 274 98 0 1039 35 12 21 29 1.91 GTAGTGATGAAGCACACCACAGGGTGTGCGAAGGCGTCTACCATATATAAACGAAGAATAATAAACTTAAAGAAAATAAATTTGTTTGAGACAAAGAGCGGTGAAAGTGTAAAAGTGAAAATTTTATCTGTTGGGCCCGGTGGGGATTTATATGTATAGAAAATAGAAATTGTATCTTACATGTCGGTAGGTCCCAAAACGTTAGTTTAGAGTCCTGATTCTAGACGATGTTAAACAGCTCAATATAAGAATCATTAGTTCTATTACTAATGTA
+contig60 29113 29147 trf 17 2.0 17 88 0 50 41 14 17 26 1.88 GGCAAAATCGATATTAA
+contig60 37472 37893 trf 163 2.5 163 82 8 478 36 13 14 36 1.85 ATAACATTTTTTAATAAGTTCTGAATTTCGAATTAAATTTTATCAAAATCGGACGACTATATCATATAGCTGCCATAGGAACGATCGGAAAAATAGGAAAATGAGTGCAAATATTAAATTATATCTTCGGTGTTTTTTAACTGATAACCTCCTAAGCTTGAAA
+contig60 43188 43482 trf 162 1.8 162 86 4 432 38 13 14 34 1.85 GTTCCTATGCCAGCTATATGATATAGTCGTCCGATTTTGATAAAATGTAATTCGAAATTCAAAACCAAATAAAAAATGTTATATCCAAGCGTAGAAAGGTATAAGTTAAAAAACACGAAAGATATAATTTTTCAATATTATTATACCACTAATTTTCCGATT
+contig60 49712 49778 trf 12 5.5 12 88 0 96 1 39 25 33 1.65 GTCCGTCTGTCC
+contig60 49720 49778 trf 4 14.5 4 74 0 53 1 39 24 34 1.65 GTCC
+contig61 167 198 trf 15 2.1 14 94 5 53 64 0 0 35 0.94 ATATATAATAAAAT
+contig61 1312 1566 trf 136 1.9 136 90 2 404 38 12 13 35 1.82 TTCTAAGCTTGGAAATAACATTTTATAATTAGTTCAGAATTTCAAATTAAATTTTATCAAAATCGGACGACTATATCATATACCTGCCATATGAACGATAGGAAAATTAGTGGTAAAATAGTATGAAAAAATTTCT
+contig61 4572 5114 trf 274 2.0 274 98 0 1039 35 12 21 29 1.91 GTAGTGATGAAGCACACCACAGGGTGTGCGAAGGCGTCTACCATATATAAACGAAGAATAATAAACTTAAAGAAAATAAATTTGTTTGAGACAAAGAGCGGTGAAAGTGTAAAAGTGAAAATTTTATCTGTTGGGCCCGGTGGGGATTTATATGTATAGAAAATAGAAATTGTATCTTACATGTCGGTAGGTCCCAAAACGTTAGTTTAGAGTCCTGATTCTAGACGATGTTAAACAGCTCAATATAAGAATCATTAGTTCTATTACTAATGTA
+contig61 14108 14142 trf 17 2.0 17 88 0 50 41 14 17 26 1.88 GGCAAAATCGATATTAA
+contig61 22467 22888 trf 163 2.5 163 82 8 478 36 13 14 36 1.85 ATAACATTTTTTAATAAGTTCTGAATTTCGAATTAAATTTTATCAAAATCGGACGACTATATCATATAGCTGCCATAGGAACGATCGGAAAAATAGGAAAATGAGTGCAAATATTAAATTATATCTTCGGTGTTTTTTAACTGATAACCTCCTAAGCTTGAAA
+contig61 28183 28477 trf 162 1.8 162 86 4 432 38 13 14 34 1.85 GTTCCTATGCCAGCTATATGATATAGTCGTCCGATTTTGATAAAATGTAATTCGAAATTCAAAACCAAATAAAAAATGTTATATCCAAGCGTAGAAAGGTATAAGTTAAAAAACACGAAAGATATAATTTTTCAATATTATTATACCACTAATTTTCCGATT
+contig61 34707 34773 trf 12 5.5 12 88 0 96 1 39 25 33 1.65 GTCCGTCTGTCC
+contig61 34715 34773 trf 4 14.5 4 74 0 53 1 39 24 34 1.65 GTCC
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+contig62 4707 4765 trf 4 14.5 4 74 0 53 1 39 24 34 1.65 GTCC
+contig62 13326 13828 trf 162 3.1 160 77 11 505 35 12 14 37 1.84 AAAAATTATATCTTCGGTGTTTTTTAACATATAACCCTCTAAGCTTGAAAATAACATTTTTTTATTAGTTCTGAATTTGAATTACATTTTATCAAAATCGGACGACTATATCATATAGCTGCCATAGAACGATCGGAAAATTAGTGGAAAAATAATATTG
+contig62 15612 15677 trf 10 6.3 10 89 7 85 49 6 0 44 1.27 TATATACATA
+contig62 15612 15677 trf 6 10.8 6 89 0 94 49 6 0 44 1.27 TATATA
+contig62 15612 15677 trf 16 4.1 16 91 0 94 49 6 0 44 1.27 TATATATATACATATA
+contig62 20766 20810 trf 17 2.5 17 85 3 52 56 0 0 43 0.99 AATTTAAATTTAAAATA
+contig62 20760 20810 trf 6 8.3 6 78 14 50 54 0 0 46 1.00 ATTTAA
+contig62 20760 20810 trf 11 4.2 12 77 12 50 54 0 0 46 1.00 ATTTAAATTTAA
+contig62 25630 25761 trf 64 2.0 64 82 2 156 27 26 17 28 1.98 CCTGCAAGGAACACGTCCAAAGGAAATCCCATCGCAAATTTCGCGATTTCTTCATGAACTTTCA
+contig62 25817 26053 trf 119 2.0 120 90 0 375 26 17 13 41 1.88 TAAATTGCATCCTATAAATCTAGGTTTTTCTCTAAATAATTTGTTTTTAATGTTTTTCATAGCTTTTCTGAAACATTAGTCCGGGTCCTCGGAATCCCTGGCCAAAGCTCCTGAAAATAA
+contig62 34444 34848 trf 162 2.5 162 80 6 444 36 13 14 35 1.86 TTAGTTCTGAATTTCGAATTAAATTTTATCAAAATCGGACGACTATATCATATAGCTGCCATAGGAACGATCGGAAAATTAATGGTAAAATCATAATCAAAAATTATATCTTCGGAGTTTTTCAACTGATAGCCTCATAAGCTTGAAAATAACATTTATTAG
+contig62 43046 43078 trf 15 2.0 17 88 11 50 21 15 6 56 1.62 TTTATAATTCTTGCACT
+contig63 8034 8066 trf 15 2.0 17 88 11 50 21 15 6 56 1.62 TTTATAATTCTTGCACT
+contig63 20531 20569 trf 12 3.2 12 88 0 58 0 39 26 34 1.57 GTCCGTCTGTCC
+contig63 20530 20568 trf 20 1.9 20 94 0 67 0 39 26 34 1.57 TGTCCGTCTGTCCGTCCGCC
+contig63 20725 21157 trf 163 2.8 155 78 13 449 37 10 13 38 1.80 AAATTATAGCTTCGGTGCTTTTTAAAATATAACCTTCTATAGCTTGGAAATAACATTTTTTAATTAGTTCTGAATTTCGAATTAAATTTTATCAAAATCGGACGACTATATCATATAGCATAGAACAGAAAATTAGTAGGAAAATAATATATAAC
+contig63 20847 21208 trf 163 2.2 164 85 8 511 40 9 14 34 1.80 AAAATTAGTAGGAAAATAATATGAAAAAATTATATGTTCGGTCTTTTTAAAATATATAACCTTCTATACTTGGAAATAACATTTTTTTAATTAGTTCTGAATTTCGAAATAAATTTGATCAAAATCGGAAGACTACATCATATAGCGGTCATAGGAACAATCGG
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+atattagcgaatttcgtattcaattttgataagactgacgactataccat
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+GTATGTAAGGTTATATGCTAAAAAAAAACATCAAAGGTATATTTTTATAC
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+AAAGATACATTTTTTAAATATTATTTTTCCACCAATTTTCCGATGTCGAT
+TAAATTCAATTCA
+>contig12
+ACGTCTTGGCGCTCTCAAAGTACGCAGTTATTTTAGGTACGGGAATTTCT
+GAAAATTTGTGCTCCGGGTGCTTCCTCGTCAGATAGACTATCAAATTAGA
+CGTATTTCCGCTGGTACGATACGACTTTGAACATATATTGCACCTAGCAG
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+ The tools downloaded by this dependency definition are free for academic use.
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\ No newline at end of file
diff -r 000000000000 -r ba819b65bef3 trfBig.xml
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+ and put masked results in outFile. inFile and outFile can be .fa
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+
+