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Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/kc-align commit 3b23039a67d8cb2d185c56df50b837e5601a95bf" |
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added:
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| @@ -0,0 +1,85 @@ +<tool id="kc-align" name="Kc-Align" version="0.1.0" python_template_version="3.5"> + <requirements> + <requirement type="package" version="0.5">kcalign</requirement> + <requirement type="package" version="2.04">kalign2</requirement> + </requirements> + <command detect_errors="exit_code"> + <![CDATA[ + kc-align + --mode $position.mode + --reference '$reference' + --reads '$reads' + #if $position.mode == "genome": + --start $position.start + --end $position.end + #end if + ]]></command> + <inputs> + <param name="reference" type="data" format="fasta" label="Reference Sequence" help="Single FASTA reference sequence to be aligned" /> + <param name="reads" type="data" format="fasta" label="Reads" help="Single or multi-FASTA seqeunces to be aligned with the reference" /> + <conditional name="position" > + <param name="mode" type="select" label="Mode" > + <option value="genome">Genome</option> + <option value="gene">Gene</option> + <option value="mixed">Mixed</option> + </param> + <when value="genome" > + <param name="start" type="integer" value="0" min="0" label="Start Position" help="The 1-indexed start position of the gene of interest in the reference sequence" /> + <param name="end" type="integer" value="0" min="0" label="End Position" help="The 1-indexed end position of the gene of interest in the reference sequence" /> + </when> + <when value="gene" > + </when> + <when value="mixed" > + </when> + </conditional> + </inputs> + <outputs> + <data name="fasta" format="fasta" from_work_dir="kc-align.fasta" label="out.fasta" /> + <data name="clustal" format="txt" from_work_dir="kc-align.clustal" label="out.clustal" /> + </outputs> +<tests> + <test> + <param name="reference" ftype="fasta" value="MN908947.3.fasta" /> + <param name="reads" ftype="fasta" value="corona.fasta" /> + <param name="mode" value="genome" /> + <param name="start" value="21563" /> + <param name="end" value="25384" /> + <output name="fasta" ftype="fasta" compare="diff" value="kc-align.fasta" /> + <output name="clustal" ftype="txt" compare="diff" value="kc-align.clustal" /> + </test> +</tests> + <help><![CDATA[ + +============ +Kc-Align +============ + +Kc-Algin is a codon-aware multiple aligner that uses Kalgin2 to produce in-frame gapped codon alignments for selection analysis of small genomes (mostly viral and some smaller bacterial genomes). Takes nucleotide seqeunces as inputs, converts them to their in-frame amino acid sequences, performs multiple alignment with Kalign, and then converts the alignments back to their original codon sequence while preserving the gaps. Produces two outputs: the gapped nucleotide alignments in FASTA format and in CLUSTAL format. + +Kc-Align will also attempt to detect any frameshift mutations in the input reads. If a frameshift is detected, that sequence will not be included in the multiple alignment and its ID will be printed to stdout. + +Modes: +------ + +Kc-Align can be run in three different modes, depending on your input data. + +* In **genome** mode, the "reference" and "reads" input parameters are all full genome FASTA files. This mode also requires the 1-based start and end position numbers corresponding to the gene you are interested in aligning from the reference input. + +* If both the "reference" and "reads" inputs are already in-frame genes, the **gene** mode should be used. This mode does not require start and end position parameters as the reference is already in-frame. + +* For the case when your "reference" is an in-frame gene while the "reads" are whole genomes, the **mixed** mode can be used. Like gene mode, this mode does not require the start and end point position parameters. + + + ]]></help> + <citations> + <citation type="bibtex"> + @misc{githubkcalign, + author = {Nicholas Keener, Emil Bouvier}, + year = {2020}, + title = {Kc-Align}, + publisher = {Github}, + journal = {Github repository}, + url = {https://github.com/davebx/kc-align}, + }</citation> + </citations> +</tool> |
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| diff -r 000000000000 -r 04b13fc809ac test-data/MN908947.3.fasta --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/MN908947.3.fasta Tue Mar 17 15:24:15 2020 -0400 |
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| b'@@ -0,0 +1,430 @@\n+>MN908947.3 Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome\n+ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAA\n+CGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAAC\n+TAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTG\n+TTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTTCGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTC\n+CCTGGTTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTAC\n+GTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGG\n+CTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAAACGTTCGGAT\n+GCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACTCGAAGGCATTCAGTACGGTC\n+GTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGGCGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCT\n+TCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGGTGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTA\n+GGCGACGAGCTTGGCACTGATCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTG\n+TTACCCGTGAACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGG\n+CCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTCATGCACTTTG\n+TCCGAACAACTGGACTTTATTGACACTAAGAGGGGTGTATACTGCTGCCGTGAACATGAGCATGAAATTG\n+CTTGGTACACGGAACGTTCTGAAAAGAGCTATGAATTGCAGACACCTTTTGAAATTAAATTGGCAAAGAA\n+ATTTGACACCTTCAATGGGGAATGTCCAAATTTTGTATTTCCCTTAAATTCCATAATCAAGACTATTCAA\n+CCAAGGGTTGAAAAGAAAAAGCTTGATGGCTTTATGGGTAGAATTCGATCTGTCTATCCAGTTGCGTCAC\n+CAAATGAATGCAACCAAATGTGCCTTTCAACTCTCATGAAGTGTGATCATTGTGGTGAAACTTCATGGCA\n+GACGGGCGATTTTGTTAAAGCCACTTGCGAATTTTGTGGCACTGAGAATTTGACTAAAGAAGGTGCCACT\n+ACTTGTGGTTACTTACCCCAAAATGCTGTTGTTAAAATTTATTGTCCAGCATGTCACAATTCAGAAGTAG\n+GACCTGAGCATAGTCTTGCCGAATACCATAATGAATCTGGCTTGAAAACCATTCTTCGTAAGGGTGGTCG\n+CACTATTGCCTTTGGAGGCTGTGTGTTCTCTTATGTTGGTTGCCATAACAAGTGTGCCTATTGGGTTCCA\n+CGTGCTAGCGCTAACATAGGTTGTAACCATACAGGTGTTGTTGGAGAAGGTTCCGAAGGTCTTAATGACA\n+ACCTTCTTGAAATACTCCAAAAAGAGAAAGTCAACATCAATATTGTTGGTGACTTTAAACTTAATGAAGA\n+GATCGCCATTATTTTGGCATCTTTTTCTGCTTCCACAAGTGCTTTTGTGGAAACTGTGAAAGGTTTGGAT\n+TATAAAGCATTCAAACAAATTGTTGAATCCTGTGGTAATTTTAAAGTTACAAAAGGAAAAGCTAAAAAAG\n+GTGCCTGGAATATTGGTGAACAGAAATCAATACTGAGTCCTCTTTATGCATTTGCATCAGAGGCTGCTCG\n+TGTTGTACGATCAATTTTCTCCCGCACTCTTGAAACTGCTCAAAATTCTGTGCGTGTTTTACAGAAGGCC\n+GCTATAACAATACTAGATGGAATTTCACAGTATTCACTGAGACTCATTGATGCTATGATGTTCACATCTG\n+ATTTGGCTACTAACAATCTAGTTGTAATGGCCTACATTACAGGTGGTGTTGTTCAGTTGACTTCGCAGTG\n+GCTAACTAACATCTTTGGCACTGTTTATGAAAAACTCAAACCCGTCCTTGATTGGCTTGAAGAGAAGTTT\n+AAGGAAGGTGTAGAGTTTCTTAGAGACGGTTGGGAAATTGTTAAATTTATCTCAACCTGTGCTTGTGAAA\n+TTGTCGGTGGACAAATTGTCACCTGTGCAAAGGAAATTAAGGAGAGTGTTCAGACATTCTTTAAGCTTGT\n+AAATAAATTTTTGGCTTTGTGTGCTGACTCTATCATTATTGGTGGAGCTAAACTTAAAGCCTTGAATTTA\n+GGTGAAACATTTGTCACGCACTCAAAGGGATTGTACAGAAAGTGTGTTAAATCCAGAGAAGAAACTGGCC\n+TACTCATGCCTCTAAAAGCCCCAAAAGAAATTATCTTCTTAGAGGGAGAAACACTTCCCACAGAAGTGTT\n+AACAGAGGAAGTTGTCTTGAAAACTGGTGATTTACAACCATTAGAACAACCTACTAGTGAAGCTGTTGAA\n+GCTCCATTGGTTGGTACACCAGTTTGTATTAACGGGCTTATGTTGCTCGAAATCAAAGACACAGAAAAGT\n+ACTGTGCCCTTGCACCTAATATGATGGTAACAAACAATACCTTCACACTCAAAGGCGGTGCACCAACAAA\n+GGTTACTTTTGGTGATGACACTGTGATAGAAGTGCAAGGTTACAAGAGTGTGAATATCACTTTTGAACTT\n+GATGAAAGGATTGATAAAGTACTTAATGAGAAGTGCTCTGCCTATACAGTTGAACTCGGTACAGAAGTAA\n+ATGAGTTCGCCTGTGTTGTGGCAGATGCTGTCATAAAAACTTTGCAACCAGTATCTGAATTACTTACACC\n+ACTGGGCATTGATTTAGATGAGTGGAGTATGGCTACATACTACTTATTTGATGAGTCTGGTGAGTTTAAA\n+TTGGCTTCACATATGTATTGTTCTTTCTACCCTCCAGATGAGGATGAAGAAGAAGGTGATTGTGAAGAAG\n+AAGAGTTTGAGCCATCAACTCAATATGAGTATGGTACTGAAGATGATTACCAAGGTAAACCTTTGGAATT\n+TGGTGCCACTTCTGCTGCTCTTCAACCTGAAGAAGAGCAAGAAGAAGATTGGTTAGATGATGATAGTCAA\n+CAAACTGTTGGTCAACAAGACGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTATTCAAACAATTGTTGAGGTTC\n+AACCTCAATTAGAGATGGAACTTACACCAGTTGTTCAGACTATTGAAGTGAATAGTTTTAGTGGTTATTT\n+AAAACTTACTGACAATGTATACATTAAAAATGCAGACATTGTGGAAGAAGCTAAAAAGGTAAAACCAACA\n+GTGGTTGTTAATGCAGCCAATGTTTACCTTAAACATGGAGGAGGTGTTGCAGGAGCCTTAAATAAGGCTA\n+CTAACAATGCCATGCAAGTTGAATCTGATGATTACATAGCTACTAATGGACCACTTAAAGTGGGTGGTAG\n+TTGTGTTTTAAGCGGACACAATCTTGCTAAACACTGTCTTCATGTTGTCGGCCCAAATGTTAACAAAGGT\n+GAAGACATTCAACTTCTTAAGAGTGCTTATGAAAATTTTAATCAGCACGAAGTTCTACTTGCACCATTAT\n+TATCAGCTGGTATTTTTGGTGCTGACCCTATACATTCTTTAAGAGTTTGTGTAGATACTGTTCGCACAAA\n+TGTCTA'..b'GACTATTACCAGCTGTACTCA\n+ACTCAATTGAGTACAGACACTGGTGTTGAACATGTTACCTTCTTCATCTACAATAAAATTGTTGATGAGC\n+CTGAAGAACATGTCCAAATTCACACAATCGACGGTTCATCCGGAGTTGTTAATCCAGTAATGGAACCAAT\n+TTATGATGAACCGACGACGACTACTAGCGTGCCTTTGTAAGCACAAGCTGATGAGTACGAACTTATGTAC\n+TCATTCGTTTCGGAAGAGACAGGTACGTTAATAGTTAATAGCGTACTTCTTTTTCTTGCTTTCGTGGTAT\n+TCTTGCTAGTTACACTAGCCATCCTTACTGCGCTTCGATTGTGTGCGTACTGCTGCAATATTGTTAACGT\n+GAGTCTTGTAAAACCTTCTTTTTACGTTTACTCTCGTGTTAAAAATCTGAATTCTTCTAGAGTTCCTGAT\n+CTTCTGGTCTAAACGAACTAAATATTATATTAGTTTTTCTGTTTGGAACTTTAATTTTAGCCATGGCAGA\n+TTCCAACGGTACTATTACCGTTGAAGAGCTTAAAAAGCTCCTTGAACAATGGAACCTAGTAATAGGTTTC\n+CTATTCCTTACATGGATTTGTCTTCTACAATTTGCCTATGCCAACAGGAATAGGTTTTTGTATATAATTA\n+AGTTAATTTTCCTCTGGCTGTTATGGCCAGTAACTTTAGCTTGTTTTGTGCTTGCTGCTGTTTACAGAAT\n+AAATTGGATCACCGGTGGAATTGCTATCGCAATGGCTTGTCTTGTAGGCTTGATGTGGCTCAGCTACTTC\n+ATTGCTTCTTTCAGACTGTTTGCGCGTACGCGTTCCATGTGGTCATTCAATCCAGAAACTAACATTCTTC\n+TCAACGTGCCACTCCATGGCACTATTCTGACCAGACCGCTTCTAGAAAGTGAACTCGTAATCGGAGCTGT\n+GATCCTTCGTGGACATCTTCGTATTGCTGGACACCATCTAGGACGCTGTGACATCAAGGACCTGC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