Repository 'ambertools_acpype'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/chemteam/ambertools_acpype

Changeset 13:095ad4d096d1 (2022-01-27)
Previous changeset 12:7e0b829bbc22 (2021-11-30)
Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/ commit def3e8d4a983ab47ceedde678f585b54c79bb8d1"
modified:
macros.xml
added:
test-data/ZAFF.frcmod
test-data/ZAFF.prep
test-data/leap_testfile.txt
test-data/sarscov2_helicase_ZincBindingDomain.pdb
b
diff -r 7e0b829bbc22 -r 095ad4d096d1 macros.xml
--- a/macros.xml Tue Nov 30 10:00:14 2021 +0000
+++ b/macros.xml Thu Jan 27 17:18:33 2022 +0000
b
b'@@ -1,23 +1,582 @@\n <macros>\n-  <token name="@TOOL_VERSION@">21.10</token>\n-  <xml name="requirements">\n-    <requirements>\n-      <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">ambertools</requirement>\n-      <yield/>\n-    </requirements>\n-  </xml>\n-  <xml name="citations">\n-    <citations>\n-      <citation type="doi">10.1002/jcc.20290</citation>\n-      <citation type="bibtex">\n+\t<token name="@TOOL_VERSION@">21.10</token>\n+\t<xml name="requirements">\n+\t\t<requirements>\n+\t\t\t<requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">ambertools</requirement>\n+\t\t\t<yield/>\n+\t\t</requirements>\n+\t</xml>\n+\t<xml name="builtin_amberfiles">\n+\t\t<param name="arg_filename" type="select" label="File">\n+\t\t\t<option value="epASN.prepin">epASN.prepin</option>\n+\t\t\t<option value="epACE.prepin">epACE.prepin</option>\n+\t\t\t<option value="GLYCAM_06j-1.prep">GLYCAM_06j-1.prep</option>\n+\t\t\t<option value="toyrna.in">toyrna.in</option>\n+\t\t\t<option value="epTRP.prepin">epTRP.prepin</option>\n+\t\t\t<option value="epSER.prepin">epSER.prepin</option>\n+\t\t\t<option value="epALA.prepin">epALA.prepin</option>\n+\t\t\t<option value="epASP.prepin">epASP.prepin</option>\n+\t\t\t<option value="amino12.in">amino12.in</option>\n+\t\t\t<option value="amino10.in">amino10.in</option>\n+\t\t\t<option value="epPHE.prepin">epPHE.prepin</option>\n+\t\t\t<option value="uni_amino03.in">uni_amino03.in</option>\n+\t\t\t<option value="aminoct12.in">aminoct12.in</option>\n+\t\t\t<option value="epTHR.prepin">epTHR.prepin</option>\n+\t\t\t<option value="uni_aminoct03.in">uni_aminoct03.in</option>\n+\t\t\t<option value="epNME.prepin">epNME.prepin</option>\n+\t\t\t<option value="chcl3.in">chcl3.in</option>\n+\t\t\t<option value="all_aminont03.in">all_aminont03.in</option>\n+\t\t\t<option value="epTYR.prepin">epTYR.prepin</option>\n+\t\t\t<option value="epVAL.prepin">epVAL.prepin</option>\n+\t\t\t<option value="epGLU.prepin">epGLU.prepin</option>\n+\t\t\t<option value="meoh.in">meoh.in</option>\n+\t\t\t<option value="all_aminoct03.in">all_aminoct03.in</option>\n+\t\t\t<option value="epHID.prepin">epHID.prepin</option>\n+\t\t\t<option value="all_amino03.in">all_amino03.in</option>\n+\t\t\t<option value="aminont10.in">aminont10.in</option>\n+\t\t\t<option value="epLEU.prepin">epLEU.prepin</option>\n+\t\t\t<option value="GLYCAM_lipids_06h.prep">GLYCAM_lipids_06h.prep</option>\n+\t\t\t<option value="GLYCAM_06EPb.prep">GLYCAM_06EPb.prep</option>\n+\t\t\t<option value="epILE.prepin">epILE.prepin</option>\n+\t\t\t<option value="epHIE.prepin">epHIE.prepin</option>\n+\t\t\t<option value="aminoct10.in">aminoct10.in</option>\n+\t\t\t<option value="epCYS.prepin">epCYS.prepin</option>\n+\t\t\t<option value="epGLN.prepin">epGLN.prepin</option>\n+\t\t\t<option value="epLYS.prepin">epLYS.prepin</option>\n+\t\t\t<option value="epARG.prepin">epARG.prepin</option>\n+\t\t\t<option value="epGLY.prepin">epGLY.prepin</option>\n+\t\t\t<option value="nma.in">nma.in</option>\n+\t\t\t<option value="uni_aminont03.in">uni_aminont03.in</option>\n+\t\t\t<option value="nucleic10.in">nucleic10.in</option>\n+\t\t\t<option value="epMET.prepin">epMET.prepin</option>\n+\t\t\t<option value="dna_nuc94-bsc0_chiOl4-ezOL1.in">dna_nuc94-bsc0_chiOl4-ezOL1.in</option>\n+\t\t\t<option value="aminont12.in">aminont12.in</option>\n+\t\t\t<option value="protonated_nucleic/RGE_noP.pdb">protonated_nucleic/RGE_noP.pdb</option>\n+\t\t\t<option value="protonated_nucleic/DA+_noP.pdb">protonated_nucleic/DA+_noP.pdb</option>\n+\t\t\t<option value="protonated_nucleic/DC+.pdb">protonated_nucleic/DC+.pdb</option>\n+\t\t\t<option value="protonated_nucleic/RC+_noP.pdb">protonated_nucleic/RC+_noP.pdb</option>\n+\t\t\t<option value="protonated_nucleic/DC+_noP.pdb">protonated_nucleic/DC+_noP.pdb</option>\n+\t\t\t<option value="protonated_nucleic/RC+.pdb">protonated_nucleic/RC+.pdb</option>\n+\t\t\t<option value="protonated_nucleic/RGE.pdb">protonated_nucleic/RGE.pdb</option>\n+\t\t\t<option value="protonated_nucleic/DTE_noP.pdb">protonated_nucleic/DTE_noP.pdb</option>\n+\t\t\t<option value="protonated_nucleic/DGE_noP.pdb">protonated_nucleic/DGE_noP.pdb</option>\n+\t\t\t<option value="protonated_nucleic/RG-.pdb">protonated_nucleic/RG-.pdb'..b'"DeleteExtraPointAngles">DeleteExtraPointAngles</option>\n+\t\t\t<option value="FlexibleWater">FlexibleWater</option>\n+\t\t\t<option value="PBRadii">PBRadii</option>\n+\t\t\t<option value="Dielectric">Dielectric</option>\n+\t\t\t<option value="dipole_damp_factor">dipole_damp_factor</option>\n+\t\t\t<option value="sceescalefactor">sceescalefactor</option>\n+\t\t\t<option value="scnbscalefactor">scnbscalefactor</option>\n+\t\t\t<option value="CMAP">CMAP</option>\n+\t\t\t<option value="PHIPSIMAP">PHIPSIMAP</option>\n+\t\t\t<option value="ipol">ipol</option>\n+\t\t\t<option value="nocenter">nocenter</option>\n+\t\t\t<option value="reorder_residues">reorder_residues</option>\n+\t\t</param>\n+\t</xml>\n+\t<xml name="settingoptions">\n+\t\t<param name="usersetting" label="setting" type="select" help="If unsure of what to choose, please refer to the \'help\' message for this command by scrolling down this page, to see which settings apply to each command.">\n+\t\t\t<option value="on">ON</option>\n+\t\t\t<option value="off">OFF</option>\n+\t\t\t<option value="bondi">bondi</option>\n+\t\t\t<option value="mbondi">mbondi</option>\n+\t\t\t<option value="mbondi2">mbondi2</option>\n+\t\t\t<option value="mbondi3">mbondi3</option>\n+\t\t\t<option value="parse">parse</option>\n+\t\t\t<option value="pbamber">pbamber</option>\n+\t\t\t<option value="amber6">amber6</option>\n+\t\t\t<option value="distance">distance</option>\n+\t\t\t<option value="constant">constant</option>\n+\t\t\t<option value="real">real</option>\n+\t\t\t<option value="integer">integer</option>\n+\t\t</param>\n+\t</xml>\n+\t<xml name="solvateparams">\n+\t\t<param name="arg_solute" label="solute UNIT" type="text" value="" help="This is the variable name for the target UNIT, which can be a protein, ligand, or any other unique molecular component of the system that is loaded into LEaP and you are now trying to solvate. "/>\n+\t\t<param name="arg_solvent" label="solvent UNIT" type="text" value="" help="The UNIT name for the water model you would like to use. Options include TIP3PBOX, TIP4PBOX, TIP4PEWBOX, and TIP5PBOX. "/>\n+\t\t<param name="arg_buffer" label="buffer value" type="text" value="" help="object"/>\n+\t\t<param name="arg_closeness" label="closeness value" type="text" value="" help="This is used to control the extent to which solvent atoms overlap solute atoms. The default value is 1.0, which allows no overlap. "/>\n+\t</xml>\n+\t<xml name="amberfiles_conditional">\n+\t\t<conditional name="file_source">\n+\t\t\t<param name="file_source_selector" type="select" label="Select file source">\n+\t\t\t\t<option value="history">From history</option>\n+\t\t\t\t<option value="builtin">From Built-in AmberTools data</option>\n+\t\t\t</param>\n+\t\t\t<when value="history">\n+\t\t\t\t<expand macro="loadfile" />\n+\t\t\t</when>\n+\t\t\t<when value="builtin">\n+\t\t\t\t<expand macro="builtin_amberfiles" />\n+\t\t\t</when>\n+\t\t</conditional>\n+\t</xml>\n+\t<xml name="citations">\n+\t\t<citations>\n+\t\t\t<citation type="doi">10.1002/jcc.20290</citation>\n+\t\t\t<citation type="bibtex">\n         @misc{ambertools, author = {D.A. Case, I.Y. Ben-Shalom, S.R. Brozell, D.S. Cerutti, T.E. Cheatham, III, V.W.D. Cruzeiro, T.A. Darden, R.E. Duke, D. Ghoreishi, M.K. Gilson, H. Gohlke, A.W. Goetz, D. Greene, R Harris, N. Homeyer, S. Izadi, A.\n         Kovalenko, T. Kurtzman, T.S. Lee, S. LeGrand, P. Li, C. Lin, J. Liu, T. Luchko, R. Luo, D.J. Mermelstein, K.M. Merz, Y. Miao, G. Monard, C. Nguyen, H. Nguyen, I. Omelyan, A. Onufriev, F. Pan, R. Qi, D.R. Roe, A. Roitberg, C. Sagui, S. Schott-Verdugo,\n         J. Shen, C.L. Simmerling, J. Smith, R. Salomon-Ferrer, J. Swails, R.C. Walker, J. Wang, H. Wei, R.M. Wolf, X. Wu, L. Xiao, D.M. York and P.A. Kollman }, year = {2018}, title = {AMBER 2018}, publisher = {University of California, San Francisco}, url =\n         {http://ambermd.org/CiteAmber.php}, }</citation>\n-      <yield/>\n-    </citations>\n-  </xml>\n-  <xml name="mmpbsa_citation">\n-     <citation type="doi">10.1021/ct300418h</citation>\n-  </xml>\n+\t\t\t<yield/>\n+\t\t</citations>\n+\t</xml>\n+\t<xml name="mmpbsa_citation">\n+\t\t<citation type="doi">10.1021/ct300418h</citation>\n+\t</xml>\n </macros>\n'
b
diff -r 7e0b829bbc22 -r 095ad4d096d1 test-data/ZAFF.frcmod
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ZAFF.frcmod Thu Jan 27 17:18:33 2022 +0000
b
b'@@ -0,0 +1,1332 @@\n+ZAFF parameter set created by MTK++/MCPB \n+\n+MASS\n+ZN  65.400\n+S1  32.060\n+S2  32.060\n+N1  14.010\n+S3  32.060\n+N2  14.010\n+S4  32.060\n+N3  14.010\n+S5  32.060\n+N4  14.010\n+N5  14.010\n+N6  14.010\n+N7  14.010\n+O1  16.000\n+N8  14.010\n+N9  14.010\n+N0  14.010\n+O2  16.000\n+NT  14.010\n+O3  16.000\n+NY  14.010\n+O4  16.000\n+E1  14.010\n+D1  16.000\n+NQ  14.010\n+NP  14.010\n+E2  14.010\n+D2  16.000\n+NR  14.010\n+\n+BOND\n+ZN-S1   32.69   2.426\n+ZN-S2   51.79   2.355\n+ZN-N1   29.24   2.176\n+ZN-S3   50.99   2.353\n+ZN-N2   35.80   2.145\n+ZN-S4   67.39   2.305\n+ZN-N3   50.10   2.089\n+ZN-S5   88.50   2.262\n+ZN-N4   62.61   2.047\n+ZN-D1   41.86   2.109\n+ZN-E1   36.30   2.133\n+ZN-D2   76.81   1.986\n+ZN-NQ   70.86   2.028\n+ZN-NP   70.85   2.027\n+ZN-E2   52.77   2.073\n+ZN-NR   78.18   2.011\n+ZN-N5   93.97   1.978\n+ZN-N6   90.76   1.982\n+ZN-N7   90.80   1.984\n+ZN-O1   41.32   2.112\n+ZN-N8   66.61   2.029\n+ZN-N9   66.69   2.040\n+ZN-N0   66.11   2.041\n+ZN-O2  169.29   1.860\n+ZN-NT  113.59   1.947\n+ZN-O3   56.37   2.054\n+ZN-NY  124.58   1.926\n+ZN-O4   71.26   2.011\n+CT-S1  237.00   1.810\n+HS-S1  274.00   1.336\n+CT-S2  237.00   1.810\n+HS-S2  274.00   1.336\n+CB-N1  414.00   1.391\n+CK-N1  529.00   1.304\n+CC-N1  410.00   1.394\n+CR-N1  488.00   1.335\n+CV-N1  410.00   1.394\n+CT-S3  237.00   1.810\n+HS-S3  274.00   1.336\n+CB-N2  414.00   1.391\n+CK-N2  529.00   1.304\n+CC-N2  410.00   1.394\n+CR-N2  488.00   1.335\n+CV-N2  410.00   1.394\n+CT-S4  237.00   1.810\n+HS-S4  274.00   1.336\n+CB-N3  414.00   1.391\n+CK-N3  529.00   1.304\n+CC-N3  410.00   1.394\n+CR-N3  488.00   1.335\n+CV-N3  410.00   1.394\n+CT-S5  237.00   1.810\n+HS-S5  274.00   1.336\n+CB-N4  414.00   1.391\n+CK-N4  529.00   1.304\n+CC-N4  410.00   1.394\n+CR-N4  488.00   1.335\n+CV-N4  410.00   1.394\n+CB-N5  414.00   1.391\n+CK-N5  529.00   1.304\n+CC-N5  410.00   1.394\n+CR-N5  488.00   1.335\n+CV-N5  410.00   1.394\n+CB-N6  414.00   1.391\n+CK-N6  529.00   1.304\n+CC-N6  410.00   1.394\n+CR-N6  488.00   1.335\n+CV-N6  410.00   1.394\n+CB-N7  414.00   1.391\n+CK-N7  529.00   1.304\n+CC-N7  410.00   1.394\n+CR-N7  488.00   1.335\n+CV-N7  410.00   1.394\n+O1-HW  553.00   0.957\n+CB-N8  414.00   1.391\n+CK-N8  529.00   1.304\n+CC-N8  410.00   1.394\n+CR-N8  488.00   1.335\n+CV-N8  410.00   1.394\n+CB-N9  414.00   1.391\n+CK-N9  529.00   1.304\n+CC-N9  410.00   1.394\n+CR-N9  488.00   1.335\n+CV-N9  410.00   1.394\n+CB-N0  414.00   1.391\n+CK-N0  529.00   1.304\n+CC-N0  410.00   1.394\n+CR-N0  488.00   1.335\n+CV-N0  410.00   1.394\n+O2-HW  553.00   0.957\n+O2-HO  566.02   0.967\n+CB-NT  414.00   1.391\n+CK-NT  529.00   1.304\n+CC-NT  410.00   1.394\n+CR-NT  488.00   1.335\n+CV-NT  410.00   1.394\n+O3-HW  553.00   0.957\n+CB-NY  414.00   1.391\n+CK-NY  529.00   1.304\n+CC-NY  410.00   1.394\n+CR-NY  488.00   1.335\n+CV-NY  410.00   1.394\n+O4-HW  553.00   0.957\n+CB-E1  414.00   1.391\n+CK-E1  529.00   1.304\n+CC-E1  410.00   1.394\n+CR-E1  488.00   1.335\n+CV-E1  410.00   1.394\n+C -D1  656.00   1.250\n+D1-P   525.00   1.480\n+CB-NQ  414.00   1.391\n+CK-NQ  529.00   1.304\n+CC-NQ  410.00   1.394\n+CR-NQ  488.00   1.335\n+CV-NQ  410.00   1.394\n+CB-NP  414.00   1.391\n+CK-NP  529.00   1.304\n+CC-NP  410.00   1.394\n+CR-NP  488.00   1.335\n+CV-NP  410.00   1.394\n+CB-E2  414.00   1.391\n+CK-E2  529.00   1.304\n+CC-E2  410.00   1.394\n+CR-E2  488.00   1.335\n+CV-E2  410.00   1.394\n+C -D2  656.00   1.250\n+D2-P   525.00   1.480\n+CB-NR  414.00   1.391\n+CK-NR  529.00   1.304\n+CC-NR  410.00   1.394\n+CR-NR  488.00   1.335\n+CV-NR  410.00   1.394\n+\n+ANGL\n+CT-S1-ZN   64.397     101.733\n+S1-ZN-S1   35.729     109.472\n+CT-S2-ZN   61.944     102.595\n+CR-N1-ZN   56.635     118.830\n+CC-N1-ZN   57.308     133.971\n+S2-ZN-S2   35.018     115.180\n+S2-ZN-N1   31.195     102.917\n+CT-S3-ZN   61.716     101.845\n+CR-N2-ZN   57.361     124.866\n+S3-ZN-S3   33.795     116.417\n+S3-ZN-N2   29.241     101.219\n+CV-N2-ZN   59.513     128.392\n+CT-S4-ZN   76.591     104.861\n+CV-N3-ZN   47.416     129.669\n+N3-ZN-N3   31.653     106.850\n+S4-ZN-S4   22.852     135.466\n+S4-ZN-N3   29.089     103.036\n+C'..b'.000\n+D2-ZN-NP-CV   3    0.000         0.000           3.000\n+D2-ZN-NP-CR   3    0.000         0.000           3.000\n+D2-ZN-E2-CC   3    0.000         0.000           3.000\n+D2-ZN-E2-CR   3    0.000         0.000           3.000\n+CT-C -D2-ZN   3    0.000         0.000           3.000\n+D2-C -D2-ZN   3    0.000         0.000           3.000\n+C -D2-ZN-NQ   3    0.000         0.000           3.000\n+C -D2-ZN-NP   3    0.000         0.000           3.000\n+C -D2-ZN-E2   3    0.000         0.000           3.000\n+D2-ZN-NQ-CV   3    0.000         0.000           3.000\n+D2-ZN-NQ-CR   3    0.000         0.000           3.000\n+D2-ZN-NP-CV   3    0.000         0.000           3.000\n+D2-ZN-NP-CR   3    0.000         0.000           3.000\n+D2-ZN-E2-CC   3    0.000         0.000           3.000\n+D2-ZN-E2-CR   3    0.000         0.000           3.000\n+C -D2-ZN-NQ   3    0.000         0.000           3.000\n+D2-ZN-NQ-CV   3    0.000         0.000           3.000\n+D2-ZN-NQ-CR   3    0.000         0.000           3.000\n+C -D2-ZN-NQ   3    0.000         0.000           3.000\n+D2-ZN-NQ-CV   3    0.000         0.000           3.000\n+D2-ZN-NQ-CR   3    0.000         0.000           3.000\n+C -D2-ZN-NP   3    0.000         0.000           3.000\n+D2-ZN-NP-CV   3    0.000         0.000           3.000\n+D2-ZN-NP-CR   3    0.000         0.000           3.000\n+C -D2-ZN-NP   3    0.000         0.000           3.000\n+D2-ZN-NP-CV   3    0.000         0.000           3.000\n+D2-ZN-NP-CR   3    0.000         0.000           3.000\n+C -D2-ZN-E2   3    0.000         0.000           3.000\n+D2-ZN-E2-CC   3    0.000         0.000           3.000\n+D2-ZN-E2-CR   3    0.000         0.000           3.000\n+C -D2-ZN-E2   3    0.000         0.000           3.000\n+D2-ZN-E2-CC   3    0.000         0.000           3.000\n+D2-ZN-E2-CR   3    0.000         0.000           3.000\n+X -CB-NR-X    2    5.100       180.000           2.000\n+X -CK-NR-X    2   20.000       180.000           2.000\n+X -CC-NR-X    2    4.800       180.000           2.000\n+X -CR-NR-X    2   10.000       180.000           2.000\n+X -CV-NR-X    2    4.800       180.000           2.000\n+CR-NR-ZN-NR   3    0.000         0.000           3.000\n+CV-NR-ZN-NR   3    0.000         0.000           3.000\n+CR-NR-ZN-NR   3    0.000         0.000           3.000\n+CV-NR-ZN-NR   3    0.000         0.000           3.000\n+\n+IMPR\n+N1-CW-CC-CT       1.100        180.000       2.000\n+N2-CW-CC-CT       1.100        180.000       2.000\n+N3-CW-CC-CT       1.100        180.000       2.000\n+N4-CW-CC-CT       1.100        180.000       2.000\n+N5-CW-CC-CT       1.100        180.000       2.000\n+N6-CW-CC-CT       1.100        180.000       2.000\n+N7-CW-CC-CT       1.100        180.000       2.000\n+N8-CW-CC-CT       1.100        180.000       2.000\n+N9-CW-CC-CT       1.100        180.000       2.000\n+N0-CW-CC-CT       1.100        180.000       2.000\n+NT-CW-CC-CT       1.100        180.000       2.000\n+NY-CW-CC-CT       1.100        180.000       2.000\n+E1-CW-CC-CT       1.100        180.000       2.000\n+X -D1-C -D1      10.500        180.000       2.000\n+NQ-CW-CC-CT       1.100        180.000       2.000\n+NP-CW-CC-CT       1.100        180.000       2.000\n+E2-CW-CC-CT       1.100        180.000       2.000\n+X -D2-C -D2      10.500        180.000       2.000\n+NR-CW-CC-CT       1.100        180.000       2.000\n+\n+NONB\n+ZN     1.10    0.013\n+S1     2.00    0.250\n+S2     2.00    0.250\n+N1     1.82    0.170\n+S3     2.00    0.250\n+N2     1.82    0.170\n+S4     2.00    0.250\n+N3     1.82    0.170\n+S5     2.00    0.250\n+N4     1.82    0.170\n+N5     1.82    0.170\n+N6     1.82    0.170\n+N7     1.82    0.170\n+O1     1.77    0.152\n+N8     1.82    0.170\n+N9     1.82    0.170\n+N0     1.82    0.170\n+O2     1.77    0.152\n+NT     1.82    0.170\n+O3     1.77    0.152\n+NY     1.82    0.170\n+O4     1.77    0.152\n+E1     1.82    0.170\n+D1     1.66    0.210\n+NQ     1.82    0.170\n+NP     1.82    0.170\n+E2     1.82    0.170\n+D2     1.66    0.210\n+NR     1.82    0.170\n'
b
diff -r 7e0b829bbc22 -r 095ad4d096d1 test-data/ZAFF.prep
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/ZAFF.prep Thu Jan 27 17:18:33 2022 +0000
b
b'@@ -0,0 +1,1015 @@\n+    1    1    2\n+ZAFF_201108 set created by MTK++/MCPB\n+CYSTEINE with negative charge\n+\n+ CY1 INT 1\n+ CORR OMIT DU   BEG \n+0.00000\n+   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000      .0        .0      .00000\n+   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449      .0        .0      .00000\n+   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.1        .0      .00000\n+   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.46300\n+   5  HN    H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.25200\n+   6  CA    CT    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000   0.03500\n+   7  HA    H1    E    6   4   3     1.090   109.500   300.000   0.04800\n+   8  CB    CT    3    6   4   3     1.525   111.100    60.000  -0.54300\n+   9  HB3   H1    E    8   6   4     1.090   109.500    60.000   0.18377\n+  10  HB2   H1    E    8   6   4     1.090   109.500   300.000   0.18377\n+  11  SG    S1    E    8   6   4     1.810   116.000   180.000  -0.43963\n+  12  C     C     M    6   4   3     1.522   111.100   180.000   0.61600\n+  13  O     O     E   12   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.50400\n+ \n+IMPROPER\n+ -M   CA   N    HN \n+ CA   +M   C    O  \n+ \n+DONE\n+Zinc(II) Ion\n+\n+ ZN1 INT 1\n+ CORR OMIT DU   BEG \n+0.00000\n+   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000      .0        .0      .00000\n+   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449      .0        .0      .00000\n+   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.1        .0      .00000\n+   4 ZN     ZN    M    3   2   1     1.000    90.000   180.000   0.52437\n+ \n+DONE\n+CYSTEINE with negative charge\n+\n+ CY2 INT 1\n+ CORR OMIT DU   BEG \n+0.00000\n+   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000      .0        .0      .00000\n+   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449      .0        .0      .00000\n+   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.1        .0      .00000\n+   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.46300\n+   5  HN    H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.25200\n+   6  CA    CT    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000   0.03500\n+   7  HA    H1    E    6   4   3     1.090   109.500   300.000   0.04800\n+   8  CB    CT    3    6   4   3     1.525   111.100    60.000  -0.42561\n+   9  HB3   H1    E    8   6   4     1.090   109.500    60.000   0.17337\n+  10  HB2   H1    E    8   6   4     1.090   109.500   300.000   0.17337\n+  11  SG    S2    E    8   6   4     1.810   116.000   180.000  -0.44155\n+  12  C     C     M    6   4   3     1.522   111.100   180.000   0.61600\n+  13  O     O     E   12   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.50400\n+ \n+IMPROPER\n+ -M   CA   N    HN \n+ CA   +M   C    O  \n+ \n+DONE\n+HISTIDINE EPSILONH\n+\n+ HE1 INT 1\n+ CORR OMIT DU   BEG \n+0.00000\n+   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000      .0        .0      .00000\n+   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449      .0        .0      .00000\n+   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.1        .0      .00000\n+   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.41570\n+   5  H     H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.27190\n+   6  CA    CT    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000  -0.05810\n+   7  HA    H1    E    6   4   3     1.090   109.500   300.000   0.13600\n+   8  CB    CT    3    6   4   3     1.525   111.100    60.000   0.04092\n+   9  HB2   HC    E    8   6   4     1.090   109.500   300.000   0.06506\n+  10  HB3   HC    E    8   6   4     1.090   109.500    60.000   0.06506\n+  11  CG    CC    S    8   6   4     1.510   115.000   180.000  -0.11300\n+  12  ND1   N1    S   11   8   6     1.390   122.000   180.000  -0.08206\n+  13  CE1   CR    B   12  11   8     1.320   108.000   180.000  -0.14656\n+  14  HE1   H5    E   13  12  11     1.090   120.000   180.000   0.19871\n+  15  NE2   NA    B   13  12  11     1.310   109.000     0.000  -0.01782\n+  16  HE2   H     E   15  13  12     1.010   125.000   180.000   0.27163\n+  17  CD2   CW    S   15  13  12     1.360   110.000     0.000  -0.19685\n+  18  HD2   H4    E   17  15  13'..b'0  -0.61460\n+  17  CD2   CV    S   16  14  12     1.360   110.000     0.000   0.33532\n+  18  HD2   H4    E   17  16  14     1.090   120.000   180.000   0.01604\n+  19  C     C     M    6   4   3     1.522   111.100   180.000   0.59730\n+  20  O     O     E   19   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.56790\n+ \n+LOOP\n+ CG   CD2\n+ \n+IMPROPER\n+ -M   CA   N    H  \n+ CA   +M   C    O  \n+ CG   CE1  ND1  HD1\n+ CG   NE2  CD2  HD2\n+ ND1  NE2  CE1  HE1\n+ ND1  CD2  CG   CB \n+ \n+DONE\n+WATER, TIP3P MODEL\n+\n+ WT2 INT 1\n+ CORR OMIT DU   BEG \n+0.00000\n+   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000      .0        .0      .00000\n+   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449      .0        .0      .00000\n+   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.1        .0      .00000\n+   4  H1    HW    M    3   2   1     1.000   101.430   -98.890   0.44434\n+   5  O     O3    M    4   3   2     0.957   104.520   -39.220  -0.78345\n+   6  H2    HW    E    5   4   3     0.957   104.520  -151.000   0.44434\n+ \n+LOOP\n+ H1   H2 \n+ \n+DONE\n+Zinc(II) Ion\n+\n+ Z11 INT 1\n+ CORR OMIT DU   BEG \n+0.00000\n+   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000      .0        .0      .00000\n+   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449      .0        .0      .00000\n+   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.1        .0      .00000\n+   4 ZN     ZN    M    3   2   1     1.000    90.000   180.000   1.11246\n+ \n+DONE\n+HISTIDINE EPSILONH\n+\n+ HE6 INT 1\n+ CORR OMIT DU   BEG \n+0.00000\n+   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000      .0        .0      .00000\n+   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449      .0        .0      .00000\n+   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.1        .0      .00000\n+   4  N     N     M    3   2   1     1.335   116.600   180.000  -0.41570\n+   5  H     H     E    4   3   2     1.010   119.800     0.000   0.27190\n+   6  CA    CT    M    4   3   2     1.449   121.900   180.000  -0.05810\n+   7  HA    H1    E    6   4   3     1.090   109.500   300.000   0.13600\n+   8  CB    CT    3    6   4   3     1.525   111.100    60.000   1.05997\n+   9  HB2   HC    E    8   6   4     1.090   109.500   300.000  -0.21528\n+  10  HB3   HC    E    8   6   4     1.090   109.500    60.000  -0.21528\n+  11  CG    CC    S    8   6   4     1.510   115.000   180.000  -0.28845\n+  12  ND1   NY    S   11   8   6     1.390   122.000   180.000  -0.49024\n+  13  CE1   CR    B   12  11   8     1.320   108.000   180.000  -0.00101\n+  14  HE1   H5    E   13  12  11     1.090   120.000   180.000   0.15620\n+  15  NE2   NA    B   13  12  11     1.310   109.000     0.000  -0.04727\n+  16  HE2   H     E   15  13  12     1.010   125.000   180.000   0.34231\n+  17  CD2   CW    S   15  13  12     1.360   110.000     0.000  -0.12203\n+  18  HD2   H4    E   17  15  13     1.090   120.000   180.000   0.26454\n+  19  C     C     M    6   4   3     1.522   111.100   180.000   0.59730\n+  20  O     O     E   19   6   4     1.229   120.500     0.000  -0.56790\n+ \n+LOOP\n+ CG   CD2\n+ \n+IMPROPER\n+ -M   CA   N    H  \n+ CA   +M   C    O  \n+ CE1  CD2  NE2  HE2\n+ CG   NE2  CD2  HD2\n+ ND1  NE2  CE1  HE1\n+ ND1  CD2  CG   CB \n+ \n+DONE\n+WATER, TIP3P MODEL\n+\n+ WT3 INT 1\n+ CORR OMIT DU   BEG \n+0.00000\n+   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000      .0        .0      .00000\n+   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449      .0        .0      .00000\n+   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.1        .0      .00000\n+   4  H1    HW    M    3   2   1     1.000   101.430   -98.890   0.40063\n+   5  O     O4    M    4   3   2     0.957   104.520   -39.220  -0.60020\n+   6  H2    HW    E    5   4   3     0.957   104.520  -151.000   0.40063\n+ \n+LOOP\n+ H1   H2 \n+ \n+DONE\n+Zinc(II) Ion\n+\n+ Z12 INT 1\n+ CORR OMIT DU   BEG \n+0.00000\n+   1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000      .0        .0      .00000\n+   2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449      .0        .0      .00000\n+   3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.522   111.1        .0      .00000\n+   4 ZN     ZN    M    3   2   1     1.000    90.000   180.000   0.98985\n+ \n+DONE\n+STOP\n'
b
diff -r 7e0b829bbc22 -r 095ad4d096d1 test-data/leap_testfile.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/leap_testfile.txt Thu Jan 27 17:18:33 2022 +0000
b
@@ -0,0 +1,14 @@
+source oldff/leaprc.ff14SB
+loadAmberParams frcmod.ff14SB
+loadAmberParams frcmod.ionsjc_tip4pew
+loadAmberPrep sample.dat 
+loadAmberParams sample.dat
+mol = loadPdb sample.dat
+bond mol.114.ZN mol.5.SG 
+set mol box 12
+addIons mol Cl- 0
+addIons mol Na+ 0
+saveAmberParm mol out/saveAmberParm_topologyfilename_9_1.prmtop out/saveAmberParm_coordinatefilename_9_2.inpcrd
+savePdb mol out/savePdb_filename_10_1.pdb
+quit
+          
\ No newline at end of file
b
diff -r 7e0b829bbc22 -r 095ad4d096d1 test-data/sarscov2_helicase_ZincBindingDomain.pdb
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/sarscov2_helicase_ZincBindingDomain.pdb Thu Jan 27 17:18:33 2022 +0000
b
b'@@ -0,0 +1,1663 @@\n+ATOM      1  N   ALA     1     451.649  -5.712  69.486  1.00  0.00\n+ATOM      2  H1  ALA     1     450.883  -6.309  69.206  1.00  0.00\n+ATOM      3  H2  ALA     1     451.742  -5.736  70.492  1.00  0.00\n+ATOM      4  H3  ALA     1     452.505  -6.045  69.064  1.00  0.00\n+ATOM      5  CA  ALA     1     451.382  -4.305  69.037  1.00  0.00\n+ATOM      6  HA  ALA     1     450.489  -3.941  69.546  1.00  0.00\n+ATOM      7  CB  ALA     1     452.583  -3.448  69.480  1.00  0.00\n+ATOM      8  HB1 ALA     1     453.487  -3.780  68.967  1.00  0.00\n+ATOM      9  HB2 ALA     1     452.399  -2.399  69.241  1.00  0.00\n+ATOM     10  HB3 ALA     1     452.726  -3.537  70.558  1.00  0.00\n+ATOM     11  C   ALA     1     451.177  -4.128  67.546  1.00  0.00\n+ATOM     12  O   ALA     1     450.896  -3.027  67.092  1.00  0.00\n+ATOM     13  N   VAL     2     451.298  -5.210  66.754  1.00  0.00\n+ATOM     14  H   VAL     2     451.475  -6.116  67.161  1.00  0.00\n+ATOM     15  CA  VAL     2     451.264  -5.158  65.309  1.00  0.00\n+ATOM     16  HA  VAL     2     451.033  -4.151  64.977  1.00  0.00\n+ATOM     17  CB  VAL     2     452.586  -5.609  64.686  1.00  0.00\n+ATOM     18  HB  VAL     2     452.672  -6.695  64.753  1.00  0.00\n+ATOM     19  CG1 VAL     2     452.667  -5.189  63.207  1.00  0.00\n+ATOM     20 HG11 VAL     2     452.654  -4.102  63.129  1.00  0.00\n+ATOM     21 HG12 VAL     2     453.594  -5.566  62.774  1.00  0.00\n+ATOM     22 HG13 VAL     2     451.831  -5.606  62.645  1.00  0.00\n+ATOM     23  CG2 VAL     2     453.765  -4.981  65.459  1.00  0.00\n+ATOM     24 HG21 VAL     2     453.849  -5.408  66.458  1.00  0.00\n+ATOM     25 HG22 VAL     2     454.698  -5.192  64.934  1.00  0.00\n+ATOM     26 HG23 VAL     2     453.640  -3.899  65.527  1.00  0.00\n+ATOM     27  C   VAL     2     450.137  -6.087  64.929  1.00  0.00\n+ATOM     28  O   VAL     2     449.922  -7.082  65.623  1.00  0.00\n+ATOM     29  N   GLY     3     449.347  -5.763  63.894  1.00  0.00\n+ATOM     30  H   GLY     3     449.526  -4.931  63.349  1.00  0.00\n+ATOM     31  CA  GLY     3     448.202  -6.590  63.544  1.00  0.00\n+ATOM     32  HA2 GLY     3     448.526  -7.622  63.401  1.00  0.00\n+ATOM     33  HA3 GLY     3     447.482  -6.565  64.363  1.00  0.00\n+ATOM     34  C   GLY     3     447.521  -6.135  62.292  1.00  0.00\n+ATOM     35  O   GLY     3     448.018  -5.272  61.574  1.00  0.00\n+ATOM     36  N   ALA     4     446.339  -6.701  61.997  1.00  0.00\n+ATOM     37  H   ALA     4     445.958  -7.398  62.619  1.00  0.00\n+ATOM     38  CA  ALA     4     445.540  -6.325  60.855  1.00  0.00\n+ATOM     39  HA  ALA     4     446.178  -5.964  60.047  1.00  0.00\n+ATOM     40  CB  ALA     4     444.767  -7.548  60.344  1.00  0.00\n+ATOM     41  HB1 ALA     4     444.285  -8.067  61.175  1.00  0.00\n+ATOM     42  HB2 ALA     4     444.004  -7.235  59.630  1.00  0.00\n+ATOM     43  HB3 ALA     4     445.457  -8.229  59.843  1.00  0.00\n+ATOM     44  C   ALA     4     444.515  -5.266  61.193  1.00  0.00\n+ATOM     45  O   ALA     4     443.754  -5.390  62.151  1.00  0.00\n+ATOM     46  N   CY1     5     444.443  -4.188  60.391  1.00  0.00\n+ATOM     47  HN  CY1     5     445.076  -4.102  59.609  1.00  0.00\n+ATOM     48  CA  CY1     5     443.446  -3.151  60.572  1.00  0.00\n+ATOM     49  HA  CY1     5     443.649  -2.656  61.519  1.00  0.00\n+ATOM     50  CB  CY1     5     443.597  -2.100  59.443  1.00  0.00\n+ATOM     51  HB3 CY1     5     443.538  -2.611  58.481  1.00  0.00\n+ATOM     52  HB2 CY1     5     444.592  -1.667  59.526  1.00  0.00\n+ATOM     53 SG   CY1     5     442.360  -0.739  59.440  1.00  0.00\n+ATOM     54  C   CY1     5     442.003  -3.650  60.562  1.00  0.00\n+ATOM     55  O   CY1     5     441.581  -4.352  59.650  1.00  0.00\n+ATOM     56  N   VAL     6     441.181  -3.202  61.531  1.00  0.00\n+ATOM     57  H   VAL     6     441.551  -2.562  62.217  1.00  0.00\n+ATOM     58  CA  VAL     6     439.807  -3.651  61.711  1.00  0.00\n+ATOM     59  HA  VAL     6     439.'..b'61  1.00  0.00\n+ATOM   1601 HG13 ILE   109     428.660   1.834  64.249  1.00  0.00\n+ATOM   1602  CD1 ILE   109     429.564  -0.042  63.764  1.00  0.00\n+ATOM   1603 HD11 ILE   109     429.921   0.487  62.880  1.00  0.00\n+ATOM   1604 HD12 ILE   109     430.376  -0.654  64.152  1.00  0.00\n+ATOM   1605 HD13 ILE   109     428.740  -0.693  63.471  1.00  0.00\n+ATOM   1606  C   ILE   109     430.814   3.033  67.606  1.00  0.00\n+ATOM   1607  O   ILE   109     430.554   2.794  68.792  1.00  0.00\n+ATOM   1608  N   ALA   110     431.983   3.596  67.278  1.00  0.00\n+ATOM   1609  H   ALA   110     432.163   3.821  66.310  1.00  0.00\n+ATOM   1610  CA  ALA   110     433.054   3.808  68.219  1.00  0.00\n+ATOM   1611  HA  ALA   110     433.182   2.899  68.808  1.00  0.00\n+ATOM   1612  CB  ALA   110     434.349   4.045  67.425  1.00  0.00\n+ATOM   1613  HB1 ALA   110     434.259   4.953  66.827  1.00  0.00\n+ATOM   1614  HB2 ALA   110     435.186   4.154  68.115  1.00  0.00\n+ATOM   1615  HB3 ALA   110     434.553   3.199  66.769  1.00  0.00\n+ATOM   1616  C   ALA   110     432.831   4.959  69.179  1.00  0.00\n+ATOM   1617  O   ALA   110     433.438   4.995  70.250  1.00  0.00\n+ATOM   1618  N   THR   111     431.964   5.926  68.831  1.00  0.00\n+ATOM   1619  H   THR   111     431.480   5.878  67.945  1.00  0.00\n+ATOM   1620  CA  THR   111     431.707   7.059  69.708  1.00  0.00\n+ATOM   1621  HA  THR   111     432.377   7.016  70.566  1.00  0.00\n+ATOM   1622  CB  THR   111     431.963   8.415  69.060  1.00  0.00\n+ATOM   1623  HB  THR   111     431.842   9.213  69.793  1.00  0.00\n+ATOM   1624  CG2 THR   111     433.402   8.466  68.526  1.00  0.00\n+ATOM   1625 HG21 THR   111     433.485   9.278  67.804  1.00  0.00\n+ATOM   1626 HG22 THR   111     434.081   8.673  69.353  1.00  0.00\n+ATOM   1627 HG23 THR   111     433.707   7.545  68.032  1.00  0.00\n+ATOM   1628  OG1 THR   111     431.086   8.670  67.968  1.00  0.00\n+ATOM   1629  HG1 THR   111     431.223   7.988  67.314  1.00  0.00\n+ATOM   1630  C   THR   111     430.315   7.105  70.295  1.00  0.00\n+ATOM   1631  O   THR   111     430.038   8.000  71.090  1.00  0.00\n+ATOM   1632  N   CYS   112     429.402   6.167  69.966  1.00  0.00\n+ATOM   1633  H   CYS   112     429.635   5.429  69.316  1.00  0.00\n+ATOM   1634  CA  CYS   112     428.073   6.164  70.566  1.00  0.00\n+ATOM   1635  HA  CYS   112     427.729   7.197  70.636  1.00  0.00\n+ATOM   1636  CB  CYS   112     427.030   5.413  69.695  1.00  0.00\n+ATOM   1637  HB2 CYS   112     426.038   5.580  70.115  1.00  0.00\n+ATOM   1638  HB3 CYS   112     427.039   5.823  68.686  1.00  0.00\n+ATOM   1639  SG  CYS   112     427.324   3.602  69.613  1.00  0.00\n+ATOM   1640  HG  CYS   112     427.289   3.380  70.936  1.00  0.00\n+ATOM   1641  C   CYS   112     428.058   5.578  71.982  1.00  0.00\n+ATOM   1642  O   CYS   112     429.027   4.954  72.413  1.00  0.00\n+ATOM   1643  N   ASP   113     426.952   5.752  72.748  1.00  0.00\n+ATOM   1644  H   ASP   113     426.155   6.246  72.372  1.00  0.00\n+ATOM   1645  CA  ASP   113     426.914   5.370  74.156  1.00  0.00\n+ATOM   1646  HA  ASP   113     427.903   5.016  74.443  1.00  0.00\n+ATOM   1647  CB  ASP   113     426.651   6.606  75.066  1.00  0.00\n+ATOM   1648  HB2 ASP   113     426.990   6.345  76.070  1.00  0.00\n+ATOM   1649  HB3 ASP   113     427.293   7.421  74.725  1.00  0.00\n+ATOM   1650  CG  ASP   113     425.229   7.139  75.210  1.00  0.00\n+ATOM   1651  OD1 ASP   113     424.231   6.456  74.879  1.00  0.00\n+ATOM   1652  OD2 ASP   113     425.104   8.280  75.712  1.00  0.00\n+ATOM   1653  C   ASP   113     425.975   4.234  74.508  1.00  0.00\n+ATOM   1654  O   ASP   113     426.016   3.721  75.633  1.00  0.00\n+ATOM   1655  OXT ASP   113     425.097   3.884  73.722  1.00  0.00\n+TER   \n+ATOM   1656 ZN   ZN1   114     442.651   0.750  57.290  1.00  0.00\n+TER   \n+ATOM   1657 ZN   ZN2   115     455.033  18.827  75.069  1.00  0.00\n+TER   \n+ATOM   1658 ZN   ZN4   116     439.355   6.392  70.261  1.00  0.00\n+TER   \n+END   \n'