Repository 'tmhmm_and_signalp'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/peterjc/tmhmm_and_signalp

Changeset 10:09ff180d1615 (2013-03-27)
Previous changeset 9:e52220a9ddad (2013-01-25) Next changeset 11:99b82a2b1272 (2013-04-03)
Commit message:
Uploaded v0.1.3 with missing HMM file for RXLR tool included.
modified:
tools/protein_analysis/README
added:
tools/protein_analysis/whisson_et_al_rxlr_eer_cropped.hmm
b
diff -r e52220a9ddad -r 09ff180d1615 tools/protein_analysis/README
--- a/tools/protein_analysis/README Fri Jan 25 06:08:31 2013 -0500
+++ b/tools/protein_analysis/README Wed Mar 27 11:21:05 2013 -0400
b
@@ -129,6 +129,7 @@
 v0.1.1 - Fixed an error in the header of the tabular output from Promoter
 v0.1.2 - Use the new <stdio> settings in the XML wrappers to catch errors
        - Use SGE style $NSLOTS for thread count (otherwise default to 4)
+v0.1.3 - Added missing file whisson_et_al_rxlr_eer_cropped.hmm to Tool Shed
 
 
 Developers
@@ -143,7 +144,7 @@
 For making the "Galaxy Tool Shed" http://community.g2.bx.psu.edu/ tarball use
 the following command from the Galaxy root folder:
 
-tar -czf ~/tmhmm_signalp_etc.tar.gz tools/protein_analysis/LICENSE tools/protein_analysis/README tools/protein_analysis/suite_config.xml tools/protein_analysis/seq_analysis_utils.py tools/protein_analysis/signalp3.xml tools/protein_analysis/signalp3.py tools/protein_analysis/tmhmm2.xml tools/protein_analysis/tmhmm2.py tools/protein_analysis/promoter2.xml tools/protein_analysis/promoter2.py tools/protein_analysis/wolf_psort.xml tools/protein_analysis/wolf_psort.py tools/protein_analysis/rxlr_motifs.xml tools/protein_analysis/rxlr_motifs.py  test-data/four_human_proteins.* test-data/empty.fasta test-data/empty_tmhmm2.tabular test-data/empty_signalp3.tabular
+tar -czf ~/tmhmm_signalp_etc.tar.gz tools/protein_analysis/LICENSE tools/protein_analysis/README tools/protein_analysis/suite_config.xml tools/protein_analysis/seq_analysis_utils.py tools/protein_analysis/signalp3.xml tools/protein_analysis/signalp3.py tools/protein_analysis/tmhmm2.xml tools/protein_analysis/tmhmm2.py tools/protein_analysis/promoter2.xml tools/protein_analysis/promoter2.py tools/protein_analysis/wolf_psort.xml tools/protein_analysis/wolf_psort.py tools/protein_analysis/rxlr_motifs.xml tools/protein_analysis/rxlr_motifs.py tools/protein_analysis/whisson_et_al_rxlr_eer_cropped.hmm test-data/four_human_proteins.* test-data/empty.fasta test-data/empty_tmhmm2.tabular test-data/empty_signalp3.tabular
 
 Check this worked:
 
@@ -162,6 +163,7 @@
 tools/protein_analysis/wolf_psort.py
 tools/protein_analysis/rxlr_motifs.xml
 tools/protein_analysis/rxrl_motifs.py
+tools/protein_analysis/whisson_et_al_rxlr_eer_cropped.hmm
 test-data/four_human_proteins.fasta
 test-data/four_human_proteins.signalp3.tabular
 test-data/four_human_proteins.tmhmm2.tabular
b
diff -r e52220a9ddad -r 09ff180d1615 tools/protein_analysis/whisson_et_al_rxlr_eer_cropped.hmm
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tools/protein_analysis/whisson_et_al_rxlr_eer_cropped.hmm Wed Mar 27 11:21:05 2013 -0400
[
b'@@ -0,0 +1,135 @@\n+HMMER2.0  [2.3.2]\r\n+NAME  cropped\r\n+LENG  39\r\n+ALPH  Amino\r\n+RF    no\r\n+CS    no\r\n+MAP   yes\r\n+COM   hmmbuild --amino consistency/cropped.hmm cropped.fas\r\n+NSEQ  39\r\n+DATE  Mon Dec  4 09:31:34 2006\r\n+CKSUM 7487\r\n+XT      -8455     -4  -1000  -1000  -8455     -4  -8455     -4 \r\n+NULT      -4  -8455\r\n+NULE     595  -1558     85    338   -294    453  -1158    197    249    902  -1085   -142    -21   -313     45    531    201    384  -1998   -644 \r\n+HMM        A      C      D      E      F      G      H      I      K      L      M      N      P      Q      R      S      T      V      W      Y    \r\n+         m->m   m->i   m->d   i->m   i->i   d->m   d->d   b->m   m->e\r\n+          -40      *  -5177\r\n+     1   -255  -3924   1452   -518  -4241  -1227   1132   -986    195  -3938  -3014   1281    153  -1634  -2181     93   1473    691  -4109   -192     5\r\n+     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 \r\n+     -     -2 -10298 -11340   -894  -1115   -701  -1378    -40      * \r\n+     2    764    659   1008   -569      3  -3512   1129    153   -489  -3982  -3065    808  -3605    -60    210   -327    438   1332  -4164  -3490     6\r\n+     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 \r\n+     -     -2 -10382 -11424   -894  -1115   -701  -1378      *      * \r\n+     3    103  -4006   -696   1095  -4317  -1307   2047   -183  -1778   -483    102   1457   -786   -250   -552    562    -54    300  -4195  -3518     7\r\n+     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 \r\n+     -     -2 -10411 -11453   -894  -1115   -701  -1378      *      * \r\n+     4    620  -4029    829      0   -576   1035  -2229  -1102    607  -4039    312  -2210  -3662   -199   -672    838   1043   -450  -4221   -425     8\r\n+     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 \r\n+     -     -2 -10448 -11490   -894  -1115   -701  -1378      *      * \r\n+     5   -314  -4060   -780   -661  -4381     87  -2220  -1520   2552  -4076  -3149   -456   -857   1160    948   -337   -967   -378  -4243   -416     9\r\n+     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 \r\n+     -     -2 -10448 -11490   -894  -1115   -701  -1378      *      * \r\n+     6  -8586  -7226  -8133  -8319  -8633  -7181  -7502  -9637  -7500  -8969  -8869  -8292  -7599  -7966   4272  -9023  -8672  -9332  -7346  -8510    10\r\n+     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 \r\n+     -     -2 -10448 -11490   -894  -1115   -701  -1378      *      * \r\n+     7  -1286  -2881  -4016  -3437   2218  -4166   1024    -26   -503   1398  -2072   -897  -4230    424   -844   1397  -2725   -262  -3310  -2924    11\r\n+     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 \r\n+     -     -2 -10448 -11490   -894  -1115   -701  -1378      *      * \r\n+     8  -7898  -6806  -8217  -8444  -5914  -7316  -7563  -5637  -8522   3411  -4888  -8458  -7570  -7966  -7946  -8843  -7894  -6444  -6753  -7295    12\r\n+     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 \r\n+     -     -2 -10448 -11490   -894  -1115   -701  -1378      *      * \r\n+     9  -8586  -7226  -8133  -8319  -8633  -7181  -7502  -9637  -7500  -8969  -8869  -8292  -7599  -7966   4272  -9023  -8672  -9332  -7346  -8510    13\r\n+     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394'..b' -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 \r\n+     -     -2 -10356 -11398   -894  -1115   -595  -1565      *      * \r\n+    30  -1134  -4034   1957   1843    384    339  -2196  -4103  -1777  -4049    -70    831  -3631    527   -679    192   -175  -1283  -4218  -3535    36\r\n+     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 \r\n+     -     -2 -10420 -11462   -894  -1115   -424  -1972      *      * \r\n+    31  -8459  -7269  -7060   3979  -8664  -7077  -7487  -9715  -8268  -9059  -9007  -7680  -7533  -7964  -8011  -8707  -8600  -9371  -7404  -8554    37\r\n+     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 \r\n+     -     -2 -10448 -11490   -894  -1115   -701  -1378      *      * \r\n+    32  -5014  -7143   1163   3707  -7231  -4694  -4174  -7258  -4657  -7072  -6552   -392  -5301  -3875  -5734  -4598  -5127  -6680  -7272  -6094    38\r\n+     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 \r\n+     -     -2 -10448 -11490   -894  -1115   -701  -1378      *      * \r\n+    33  -5069  -5632  -5959  -4772  -6914  -5557  -3776  -6269  -2344  -5890  -5245  -4542  -5674   -259   4133  -1220  -4911  -5939  -5669  -5631    39\r\n+     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 \r\n+     -    -40 -10448  -5229   -894  -1115   -701  -1378      *      * \r\n+    34   1552  -2931     -4  -3142    331   1758    472   -779    467  -1465    292  -3179  -4125  -2808   -713  -3061    472    386  -3346  -2943    40\r\n+     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 \r\n+     -  -1468 -10368   -649   -894  -1115   -371  -2142      *      * \r\n+    35    846  -2494  -1545   -993    474    744  -1217    140   -893  -2442  -1628   1513  -2621   1034    384    810  -1415  -2030  -2780    842    41\r\n+     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 \r\n+     -     -5  -8657  -9699   -894  -1115    -93  -3998      *      * \r\n+    36   -936  -2486  -4993  -4357    603  -1247  -3075    219  -3955   1137   1375    282   -842  -3580   -789    321   -678   1235   2070   1212    42\r\n+     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 \r\n+     -   -100 -10105  -3915   -894  -1115   -375  -2126      *      * \r\n+    37   -179  -3726   -666   -266  -4047    808    447  -3798    819    -39  -2815    488    -24    140   -334   1148    730   -984  -3909  -3227    43\r\n+     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 \r\n+     -     -2  -9963 -11005   -894  -1115   -255  -2628      *      * \r\n+    38   -839  -3715    289   -396   1009    699  -1898   1076   -234  -1572  -2806    952    841    151    521   -716     99   -945  -3903  -3225    44\r\n+     -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 \r\n+     -     -3  -9574 -10616   -894  -1115   -701  -1378      *      * \r\n+    39    195  -2998  -1913    771    802  -2934  -1611  -2850    751   -875    683    220   -244  -1212  -1741   1189   1509   -582  -3266  -2675    45\r\n+     -      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      * \r\n+     -      *      *      *      *      *      *      *      *      0 \r\n+//\r\n'