Repository 'validate_fasta_database'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/caleb-easterly/validate_fasta_database

Changeset 1:0f08a4a0dd15 (2017-06-23)
Previous changeset 0:daf36a052a01 (2017-06-22) Next changeset 2:d61a95fe20e4 (2017-06-23)
Commit message:
planemo upload commit 833e8a1d5ef37cbd4cadad6c90a51b268871627b
modified:
FastaHeader-1.0-SNAPSHOT-jar-with-dependencies.jar
removed:
LICENSE
b
diff -r daf36a052a01 -r 0f08a4a0dd15 FastaHeader-1.0-SNAPSHOT-jar-with-dependencies.jar
b
Binary file FastaHeader-1.0-SNAPSHOT-jar-with-dependencies.jar has changed
b
diff -r daf36a052a01 -r 0f08a4a0dd15 LICENSE
--- a/LICENSE Thu Jun 22 18:27:45 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
b'@@ -1,674 +0,0 @@\n-                    GNU GENERAL PUBLIC LICENSE\n-                       Version 3, 29 June 2007\n-\n- Copyright (C) 2007 Free Software Foundation, Inc. <http://fsf.org/>\n- Everyone is permitted to copy and distribute verbatim copies\n- of this license document, but changing it is not allowed.\n-\n-                            Preamble\n-\n-  The GNU General Public License is a free, copyleft license for\n-software and other kinds of works.\n-\n-  The licenses for most software and other practical works are designed\n-to take away your freedom to share and change the works.  By contrast,\n-the GNU General Public License is intended to guarantee your freedom to\n-share and change all versions of a program--to make sure it remains free\n-software for all its users.  We, the Free Software Foundation, use the\n-GNU General Public License for most of our software; it applies also to\n-any other work released this way by its authors.  You can apply it to\n-your programs, too.\n-\n-  When we speak of free software, we are referring to freedom, not\n-price.  Our General Public Licenses are designed to make sure that you\n-have the freedom to distribute copies of free software (and charge for\n-them if you wish), that you receive source code or can get it if you\n-want it, that you can change the software or use pieces of it in new\n-free programs, and that you know you can do these things.\n-\n-  To protect your rights, we need to prevent others from denying you\n-these rights or asking you to surrender the rights.  Therefore, you have\n-certain responsibilities if you distribute copies of the software, or if\n-you modify it: responsibilities to respect the freedom of others.\n-\n-  For example, if you distribute copies of such a program, whether\n-gratis or for a fee, you must pass on to the recipients the same\n-freedoms that you received.  You must make sure that they, too, receive\n-or can get the source code.  And you must show them these terms so they\n-know their rights.\n-\n-  Developers that use the GNU GPL protect your rights with two steps:\n-(1) assert copyright on the software, and (2) offer you this License\n-giving you legal permission to copy, distribute and/or modify it.\n-\n-  For the developers\' and authors\' protection, the GPL clearly explains\n-that there is no warranty for this free software.  For both users\' and\n-authors\' sake, the GPL requires that modified versions be marked as\n-changed, so that their problems will not be attributed erroneously to\n-authors of previous versions.\n-\n-  Some devices are designed to deny users access to install or run\n-modified versions of the software inside them, although the manufacturer\n-can do so.  This is fundamentally incompatible with the aim of\n-protecting users\' freedom to change the software.  The systematic\n-pattern of such abuse occurs in the area of products for individuals to\n-use, which is precisely where it is most unacceptable.  Therefore, we\n-have designed this version of the GPL to prohibit the practice for those\n-products.  If such problems arise substantially in other domains, we\n-stand ready to extend this provision to those domains in future versions\n-of the GPL, as needed to protect the freedom of users.\n-\n-  Finally, every program is threatened constantly by software patents.\n-States should not allow patents to restrict development and use of\n-software on general-purpose computers, but in those that do, we wish to\n-avoid the special danger that patents applied to a free program could\n-make it effectively proprietary.  To prevent this, the GPL assures that\n-patents cannot be used to render the program non-free.\n-\n-  The precise terms and conditions for copying, distribution and\n-modification follow.\n-\n-                       TERMS AND CONDITIONS\n-\n-  0. Definitions.\n-\n-  "This License" refers to version 3 of the GNU General Public License.\n-\n-  "Copyright" also means copyright-like laws that apply to other kinds of\n-works, such as semiconductor masks.\n-\n-  "The Program" refers to a'..b'CE OF THE PROGRAM\n-IS WITH YOU.  SHOULD THE PROGRAM PROVE DEFECTIVE, YOU ASSUME THE COST OF\n-ALL NECESSARY SERVICING, REPAIR OR CORRECTION.\n-\n-  16. Limitation of Liability.\n-\n-  IN NO EVENT UNLESS REQUIRED BY APPLICABLE LAW OR AGREED TO IN WRITING\n-WILL ANY COPYRIGHT HOLDER, OR ANY OTHER PARTY WHO MODIFIES AND/OR CONVEYS\n-THE PROGRAM AS PERMITTED ABOVE, BE LIABLE TO YOU FOR DAMAGES, INCLUDING ANY\n-GENERAL, SPECIAL, INCIDENTAL OR CONSEQUENTIAL DAMAGES ARISING OUT OF THE\n-USE OR INABILITY TO USE THE PROGRAM (INCLUDING BUT NOT LIMITED TO LOSS OF\n-DATA OR DATA BEING RENDERED INACCURATE OR LOSSES SUSTAINED BY YOU OR THIRD\n-PARTIES OR A FAILURE OF THE PROGRAM TO OPERATE WITH ANY OTHER PROGRAMS),\n-EVEN IF SUCH HOLDER OR OTHER PARTY HAS BEEN ADVISED OF THE POSSIBILITY OF\n-SUCH DAMAGES.\n-\n-  17. Interpretation of Sections 15 and 16.\n-\n-  If the disclaimer of warranty and limitation of liability provided\n-above cannot be given local legal effect according to their terms,\n-reviewing courts shall apply local law that most closely approximates\n-an absolute waiver of all civil liability in connection with the\n-Program, unless a warranty or assumption of liability accompanies a\n-copy of the Program in return for a fee.\n-\n-                     END OF TERMS AND CONDITIONS\n-\n-            How to Apply These Terms to Your New Programs\n-\n-  If you develop a new program, and you want it to be of the greatest\n-possible use to the public, the best way to achieve this is to make it\n-free software which everyone can redistribute and change under these terms.\n-\n-  To do so, attach the following notices to the program.  It is safest\n-to attach them to the start of each source file to most effectively\n-state the exclusion of warranty; and each file should have at least\n-the "copyright" line and a pointer to where the full notice is found.\n-\n-    {one line to give the program\'s name and a brief idea of what it does.}\n-    Copyright (C) {year}  {name of author}\n-\n-    This program is free software: you can redistribute it and/or modify\n-    it under the terms of the GNU General Public License as published by\n-    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or\n-    (at your option) any later version.\n-\n-    This program is distributed in the hope that it will be useful,\n-    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\n-    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\n-    GNU General Public License for more details.\n-\n-    You should have received a copy of the GNU General Public License\n-    along with this program.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\n-\n-Also add information on how to contact you by electronic and paper mail.\n-\n-  If the program does terminal interaction, make it output a short\n-notice like this when it starts in an interactive mode:\n-\n-    {project}  Copyright (C) {year}  {fullname}\n-    This program comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY; for details type `show w\'.\n-    This is free software, and you are welcome to redistribute it\n-    under certain conditions; type `show c\' for details.\n-\n-The hypothetical commands `show w\' and `show c\' should show the appropriate\n-parts of the General Public License.  Of course, your program\'s commands\n-might be different; for a GUI interface, you would use an "about box".\n-\n-  You should also get your employer (if you work as a programmer) or school,\n-if any, to sign a "copyright disclaimer" for the program, if necessary.\n-For more information on this, and how to apply and follow the GNU GPL, see\n-<http://www.gnu.org/licenses/>.\n-\n-  The GNU General Public License does not permit incorporating your program\n-into proprietary programs.  If your program is a subroutine library, you\n-may consider it more useful to permit linking proprietary applications with\n-the library.  If this is what you want to do, use the GNU Lesser General\n-Public License instead of this License.  But first, please read\n-<http://www.gnu.org/philosophy/why-not-lgpl.html>.\n'