Repository 'find_snp'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/testtool/find_snp

Changeset 2:15bb9a34d924 (2017-06-11)
Previous changeset 1:f757b9219746 (2017-06-11) Next changeset 3:3e5470e49ba5 (2017-06-11)
Commit message:
Uploaded
added:
findSNPs/._.DS_Store
findSNPs/findSNPs.R
findSNPs/findSNPs.xml
findSNPs/test-data/._.DS_Store
findSNPs/test-data/findSNP.txt
removed:
findSNP/._.DS_Store
findSNP/findSNPs.R
findSNP/findSNPs.xml
findSNP/test-data/._.DS_Store
findSNP/test-data/GenomicRatioSet.RData
findSNP/test-data/findSNP.txt
b
diff -r f757b9219746 -r 15bb9a34d924 findSNP/._.DS_Store
b
Binary file findSNP/._.DS_Store has changed
b
diff -r f757b9219746 -r 15bb9a34d924 findSNP/findSNPs.R
--- a/findSNP/findSNPs.R Sun Jun 11 10:07:09 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
[
@@ -1,17 +0,0 @@
-require("minfi", quietly = TRUE)
-
-options(warn = -1)
-options("download.file.method"="wget")
-
-args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
-
-input = args[1]
-output = args[2]
-
-GRset <- get(load(input))
-
-snps <- getSnpInfo(GRset)
-
-write.table(snps, output)
-
-
b
diff -r f757b9219746 -r 15bb9a34d924 findSNP/findSNPs.xml
--- a/findSNP/findSNPs.xml Sun Jun 11 10:07:09 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
@@ -1,38 +0,0 @@
-<tool id="SNPs" name="SNPs" version="1.16.2">
-  <requirements>
-<requirement type="package" version="1.20.0">bioconductor-minfi</requirement>
-</requirements>
-<stdio>
-   <exit_code range="1:" />
-</stdio>
-  <command> Rscript $__tool_directory__/findSNPs.R "$input" "$output" </command>
-  <inputs>
-    <param name="input" format="Rdata"label="GenomicRatioSet.Rdata" help="e.g. 'GSE51547'"/>
-  </inputs>
-  <outputs>
-    <data format="txt" name="output" label="SNPs.txt"/>
-  </outputs>
-  <tests>
-    <test>
-      <param name="test">
-      <element name="test-data">
-           <collection type="data">
-                <element format="Rdata" name="input" label="test-data/GenomicRatioSet.Rdata"/>
-          </collection>
-        </element>
-        </param>
-        <output format="txt" name="output" label="test-data/findSNP.txt"/>
-        </test>
-    </tests>
-  <help>
-**What it does**
-SNPs inside the probe body or at the nucleotide extension can have important consequences on the downstream analysis, these tool offers the possibility to remove such probes
-**Input**
-GenomicRatioSet object e.g. output from getGRsetFromGEO tool
-**Output**
-Text file with columns containing the SNP information about the probes
-</help>
-<citations>
-<citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btu049</citation>
-</citations>
-</tool>
b
diff -r f757b9219746 -r 15bb9a34d924 findSNP/test-data/._.DS_Store
b
Binary file findSNP/test-data/._.DS_Store has changed
b
diff -r f757b9219746 -r 15bb9a34d924 findSNP/test-data/GenomicRatioSet.RData
b
Binary file findSNP/test-data/GenomicRatioSet.RData has changed
b
diff -r f757b9219746 -r 15bb9a34d924 findSNP/test-data/findSNP.txt
--- a/findSNP/test-data/findSNP.txt Sun Jun 11 10:07:09 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
b'@@ -1,485513 +0,0 @@\n-"Probe_rs" "Probe_maf" "CpG_rs" "CpG_maf" "SBE_rs" "SBE_maf"\n-"cg13869341" NA NA NA NA NA NA\n-"cg14008030" NA NA NA NA NA NA\n-"cg12045430" NA NA NA NA NA NA\n-"cg20826792" NA NA NA NA NA NA\n-"cg00381604" NA NA NA NA NA NA\n-"cg20253340" NA NA NA NA NA NA\n-"cg21870274" NA NA NA NA NA NA\n-"cg03130891" "rs77418980" 0.305556 NA NA NA NA\n-"cg24335620" "rs147502335" 0.0128 NA NA NA NA\n-"cg16162899" NA NA NA NA NA NA\n-"cg17149495" NA NA NA NA NA NA\n-"cg22802167" NA NA NA NA NA NA\n-"cg24669183" "rs6680725" 0.1081 NA NA NA NA\n-"cg17308840" NA NA NA NA NA NA\n-"cg17866181" NA NA NA NA NA NA\n-"cg24159721" NA NA NA NA NA NA\n-"cg15174812" NA NA NA NA NA NA\n-"cg08477687" NA NA NA NA NA NA\n-"cg00034556" NA NA NA NA NA NA\n-"cg00645010" NA NA NA NA NA NA\n-"cg15394630" NA NA NA NA NA NA\n-"cg05001044" NA NA NA NA NA NA\n-"cg03344490" NA NA NA NA NA NA\n-"cg17501828" NA NA NA NA NA NA\n-"cg23917638" NA NA NA NA NA NA\n-"cg18024856" NA NA NA NA NA NA\n-"cg18761878" NA NA NA NA NA NA\n-"cg27534567" NA NA NA NA NA NA\n-"cg08858441" NA NA NA NA NA NA\n-"cg03348902" NA NA NA NA NA NA\n-"cg01070250" NA NA NA NA NA NA\n-"cg21996134" NA NA NA NA NA NA\n-"cg07264491" NA NA NA NA NA NA\n-"cg15560884" NA NA NA NA NA NA\n-"cg10037654" NA NA NA NA NA NA\n-"cg14057946" "rs74512038" 0.076823 NA NA NA NA\n-"cg11422233" "rs74512038" 0.076823 NA NA NA NA\n-"cg16047670" "rs114983708" 0.115264 NA NA NA NA\n-"cg18263059" NA NA NA NA NA NA\n-"cg01014490" NA NA NA NA NA NA\n-"cg04231937" NA NA NA NA NA NA\n-"cg04496485" "rs149887893" 0.0261 NA NA NA NA\n-"cg17505339" NA NA NA NA NA NA\n-"cg09989996" NA NA NA NA NA NA\n-"cg11954957" "rs115498424" 0.029514 NA NA NA NA\n-"cg01068023" NA NA NA NA NA NA\n-"cg08167039" "rs3115849" 0.276256 NA NA NA NA\n-"cg20677962" "rs75333668" 0.0687 NA NA NA NA\n-"cg06402284" NA NA "rs71507462" 0.274931 NA NA\n-"cg24699430" "rs139039741" 0.0211 NA NA NA NA\n-"cg01551879" "rs142969342" 0.0485 NA NA NA NA\n-"cg22394869" NA NA NA NA NA NA\n-"cg02550592" NA NA NA NA NA NA\n-"cg03213877" NA NA "rs191770232" 0.0206 NA NA\n-"cg23803172" "rs191770232" 0.0206 NA NA NA NA\n-"cg19411932" "rs191770232" 0.0206 NA NA NA NA\n-"cg20788133" NA NA "rs2519025" 0.092322 NA NA\n-"cg08939496" NA NA NA NA NA NA\n-"cg16736630" NA NA NA NA NA NA\n-"cg01793617" NA NA NA NA NA NA\n-"cg09139287" NA NA "rs2905055" 0.336368 "rs2905055" 0.336368\n-"cg05662829" "rs2905055" 0.336368 NA NA NA NA\n-"cg22714517" NA NA NA NA NA NA\n-"cg00168193" NA NA "rs149504348" 0.0389 NA NA\n-"cg14280098" "rs74877941" 0.0545 NA NA NA NA\n-"cg15903280" "rs115634970" 0.030382 NA NA NA NA\n-"cg04352959" NA NA NA NA NA NA\n-"cg08258224" NA NA NA NA NA NA\n-"cg12285627" NA NA NA NA NA NA\n-"cg05898754" "rs112221884" 0.014639 NA NA NA NA\n-"cg03128332" NA NA NA NA NA NA\n-"cg15994267" NA NA NA NA NA NA\n-"cg16619049" "rs72631880" 0.136322 NA NA NA NA\n-"cg23100540" "rs72631880" 0.136322 NA NA NA NA\n-"cg20275697" NA NA NA NA NA NA\n-"cg05475702" "rs146711189" 0.0119 NA NA NA NA\n-"cg18147296" NA NA NA NA NA NA\n-"cg05597748" NA NA NA NA NA NA\n-"cg00111697" "rs4246500" 0.070974 NA NA NA NA\n-"cg10988531" NA NA NA NA NA NA\n-"cg24373735" NA NA NA NA NA NA\n-"cg13938959" NA NA NA NA NA NA\n-"cg12445832" NA NA NA NA NA NA\n-"cg23999112" "rs118163204" 0.012587 NA NA NA NA\n-"cg11527153" NA NA NA NA NA NA\n-"cg27573606" "rs4970384" 0.203097 NA NA NA NA\n-"cg04195702" NA NA NA NA NA NA\n-"cg01062849" NA NA "rs28477624" 0.040256 NA NA\n-"cg08128007" "rs78238606" 0.050778 NA NA NA NA\n-"cg23733394" NA NA NA NA NA NA\n-"cg13371836" NA NA NA NA NA NA\n-"cg04407431" NA NA NA NA NA NA\n-"cg13565718" NA NA NA NA NA NA\n-"cg01097950" NA NA NA NA NA NA\n-"cg08900511" NA NA NA NA NA NA\n-"cg04410003" NA NA NA NA NA NA\n-"cg18762746" "rs112856858" 0.326624 NA NA NA NA\n-"cg12726839" "rs7366404" 0.265967 NA NA NA NA\n-"cg04364728" NA NA NA NA NA NA\n-"cg05151709" NA NA NA NA NA NA\n-"cg08546707" NA NA NA NA NA NA\n-"cg06154531" "rs79396034" 0.13129 NA NA NA NA\n-"cg01782097" NA NA NA NA NA NA\n-"cg20825023" NA NA NA NA NA NA\n-"cg12549180" NA NA NA NA NA NA\n-"cg11851804" N'..b' NA NA NA NA NA\n-"cg25667057" NA NA NA NA NA NA\n-"cg23834181" NA NA NA NA NA NA\n-"cg03672679" NA NA NA NA NA NA\n-"cg04792227" NA NA NA NA NA NA\n-"cg00679624" NA NA NA NA NA NA\n-"cg20764275" NA NA NA NA NA NA\n-"cg14742615" NA NA NA NA NA NA\n-"cg01882666" NA NA NA NA NA NA\n-"cg03905640" NA NA NA NA NA NA\n-"cg01209756" NA NA NA NA NA NA\n-"cg17115812" NA NA NA NA NA NA\n-"cg14151065" NA NA NA NA NA NA\n-"cg25012987" NA NA NA NA NA NA\n-"cg16292375" NA NA NA NA NA NA\n-"cg16894943" NA NA NA NA NA NA\n-"cg06060201" NA NA NA NA NA NA\n-"cg04170994" NA NA NA NA NA NA\n-"cg09408193" NA NA NA NA NA NA\n-"cg10252249" NA NA NA NA NA NA\n-"cg23308414" NA NA NA NA NA NA\n-"cg26046487" NA NA NA NA NA NA\n-"cg10646950" NA NA NA NA NA NA\n-"cg00479827" NA NA NA NA NA NA\n-"cg10691859" NA NA NA NA NA NA\n-"cg15281205" NA NA NA NA NA NA\n-"cg05230942" NA NA NA NA NA NA\n-"cg13765957" NA NA NA NA NA NA\n-"cg26251715" NA NA NA NA NA NA\n-"cg03244189" NA NA NA NA NA NA\n-"cg13845521" NA NA NA NA NA NA\n-"cg10811597" NA NA NA NA NA NA\n-"cg11816202" NA NA NA NA NA NA\n-"cg00212031" NA NA NA NA NA NA\n-"cg15345074" NA NA NA NA NA NA\n-"cg11684211" NA NA NA NA NA NA\n-"cg06628792" NA NA NA NA NA NA\n-"cg00121626" NA NA NA NA NA NA\n-"cg15027426" NA NA NA NA NA NA\n-"cg00876332" NA NA NA NA NA NA\n-"cg15794778" NA NA NA NA NA NA\n-"cg09228985" NA NA NA NA NA NA\n-"cg06065495" NA NA NA NA NA NA\n-"cg03533500" NA NA NA NA NA NA\n-"cg06231362" NA NA NA NA NA NA\n-"cg25756647" NA NA NA NA NA NA\n-"cg06502680" NA NA NA NA NA NA\n-"cg20864678" NA NA NA NA NA NA\n-"cg14492024" NA NA NA NA NA NA\n-"cg05725925" NA NA NA NA NA NA\n-"cg05621349" NA NA NA NA NA NA\n-"cg10076560" NA NA NA NA NA NA\n-"cg15682993" NA NA NA NA NA NA\n-"cg07731488" NA NA NA NA NA NA\n-"cg05672930" NA NA NA NA NA NA\n-"cg17660627" NA NA NA NA NA NA\n-"cg14931215" NA NA NA NA NA NA\n-"cg00308367" NA NA NA NA NA NA\n-"cg27509967" NA NA NA NA NA NA\n-"cg15329860" NA NA NA NA NA NA\n-"cg25815185" NA NA NA NA NA NA\n-"cg27049643" NA NA NA NA NA NA\n-"cg26517491" NA NA NA NA NA NA\n-"cg15662272" NA NA NA NA NA NA\n-"cg02522936" NA NA NA NA NA NA\n-"cg10799208" NA NA NA NA NA NA\n-"cg26928789" NA NA NA NA NA NA\n-"cg09081202" NA NA NA NA NA NA\n-"cg01988452" NA NA NA NA NA NA\n-"cg13308744" NA NA NA NA NA NA\n-"cg10172760" NA NA NA NA NA NA\n-"cg10620659" NA NA NA NA NA NA\n-"cg15422579" NA NA NA NA NA NA\n-"cg15059553" NA NA NA NA NA NA\n-"cg01644972" NA NA NA NA NA NA\n-"cg02233190" NA NA NA NA NA NA\n-"cg26983535" NA NA NA NA NA NA\n-"cg11225091" NA NA NA NA NA NA\n-"cg03750315" NA NA NA NA NA NA\n-"cg02884332" NA NA NA NA NA NA\n-"cg08715207" NA NA NA NA NA NA\n-"cg08820785" NA NA NA NA NA NA\n-"cg10593480" NA NA NA NA NA NA\n-"cg00063477" "rs9341314" 0.036364 NA NA NA NA\n-"cg01900066" NA NA NA NA NA NA\n-"cg07747963" NA NA NA NA NA NA\n-"cg10841270" NA NA NA NA NA NA\n-"cg01943289" NA NA NA NA NA NA\n-"cg17741448" NA NA NA NA NA NA\n-"cg02012379" NA NA NA NA NA NA\n-"cg00676506" NA NA NA NA NA NA\n-"cg06322277" NA NA NA NA NA NA\n-"cg26058907" NA NA NA NA NA NA\n-"cg02050847" NA NA NA NA NA NA\n-"cg14029254" NA NA NA NA NA NA\n-"cg02352633" NA NA NA NA NA NA\n-"cg03416979" NA NA NA NA NA NA\n-"cg05051262" NA NA NA NA NA NA\n-"cg25427172" NA NA NA NA NA NA\n-"cg10666546" NA NA NA NA NA NA\n-"cg25640065" NA NA NA NA NA NA\n-"cg16552926" NA NA NA NA NA NA\n-"cg25918849" NA NA NA NA NA NA\n-"cg11021362" NA NA NA NA NA NA\n-"cg14467015" NA NA NA NA NA NA\n-"cg15516537" NA NA NA NA NA NA\n-"cg05999368" NA NA NA NA NA NA\n-"cg15462332" NA NA NA NA NA NA\n-"cg26497631" NA NA NA NA NA NA\n-"cg06865724" NA NA NA NA NA NA\n-"cg25914522" NA NA NA NA NA NA\n-"cg13808036" NA NA NA NA NA NA\n-"cg10267609" NA NA NA NA NA NA\n-"cg00335297" NA NA NA NA NA NA\n-"cg03827298" NA NA NA NA NA NA\n-"cg26983430" NA NA NA NA NA NA\n-"cg22051787" NA NA NA NA NA NA\n-"cg01757887" NA NA NA NA NA NA\n-"cg00061679" NA NA NA NA NA NA\n-"cg03930849" NA NA NA NA NA NA\n-"cg17939569" NA NA NA NA NA NA\n-"cg13365400" NA NA NA NA NA NA\n-"cg21106100" NA NA NA NA NA NA\n-"cg08265308" NA NA NA NA NA NA\n-"cg14273923" NA NA NA NA NA NA\n'
b
diff -r f757b9219746 -r 15bb9a34d924 findSNPs/._.DS_Store
b
Binary file findSNPs/._.DS_Store has changed
b
diff -r f757b9219746 -r 15bb9a34d924 findSNPs/findSNPs.R
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/findSNPs/findSNPs.R Sun Jun 11 11:49:04 2017 -0400
[
@@ -0,0 +1,17 @@
+require("minfi", quietly = TRUE)
+
+options(warn = -1)
+options("download.file.method"="wget")
+
+args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
+
+input = args[1]
+output = args[2]
+
+GRset <- get(load(input))
+
+snps <- getSnpInfo(GRset)
+
+write.table(snps, output)
+
+
b
diff -r f757b9219746 -r 15bb9a34d924 findSNPs/findSNPs.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/findSNPs/findSNPs.xml Sun Jun 11 11:49:04 2017 -0400
b
@@ -0,0 +1,39 @@
+<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
+<tool id="findSNPs" name="findSNPs" version="1.16.2">
+<requirements>
+<requirement type="package" version="1.20.0">bioconductor-minfi</requirement>
+</requirements>
+<stdio>
+<exit_code range="1:" />
+</stdio>
+  <command> Rscript $__tool_directory__/findSNPs.R "$input" "$output" </command>
+  <inputs>
+     <param name="input" type="RDdata" value="" label="Genomic Ratio Set" help="e.g. 'GRsetFromGEO tool output'"/>
+  </inputs>
+  <outputs>
+    <data format="text" name="output" label="findSNPs.txt"/>
+  </outputs>
+  <tests>
+    <test>
+      <param name="test">
+      <element name="test-data">
+          <collection type="data">
+                <element name="input" format="RData"  name="output" label="test-data/out.RData"> </element>
+          </collection>
+        </element>
+        </param>
+        <output type="data" format="text"  name="output" label="test-data/findSNPs.txt"/>
+        </test>
+    </tests>
+  <help>
+**What it does**
+Function To Retrieve The Chromosome And The Position Of Each SNP On A Given Affymetrix SNP Array
+**Input**
+GenomicRatioSet object
+**Output**
+Text file containing information on which probes contains SNPs
+  </help>
+  <citations>
+<citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btu049</citation>
+  </citations>
+</tool>
b
diff -r f757b9219746 -r 15bb9a34d924 findSNPs/test-data/._.DS_Store
b
Binary file findSNPs/test-data/._.DS_Store has changed
b
diff -r f757b9219746 -r 15bb9a34d924 findSNPs/test-data/findSNP.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/findSNPs/test-data/findSNP.txt Sun Jun 11 11:49:04 2017 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,485513 @@\n+"Probe_rs" "Probe_maf" "CpG_rs" "CpG_maf" "SBE_rs" "SBE_maf"\n+"cg13869341" NA NA NA NA NA NA\n+"cg14008030" NA NA NA NA NA NA\n+"cg12045430" NA NA NA NA NA NA\n+"cg20826792" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00381604" NA NA NA NA NA NA\n+"cg20253340" NA NA NA NA NA NA\n+"cg21870274" NA NA NA NA NA NA\n+"cg03130891" "rs77418980" 0.305556 NA NA NA NA\n+"cg24335620" "rs147502335" 0.0128 NA NA NA NA\n+"cg16162899" NA NA NA NA NA NA\n+"cg17149495" NA NA NA NA NA NA\n+"cg22802167" NA NA NA NA NA NA\n+"cg24669183" "rs6680725" 0.1081 NA NA NA NA\n+"cg17308840" NA NA NA NA NA NA\n+"cg17866181" NA NA NA NA NA NA\n+"cg24159721" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15174812" NA NA NA NA NA NA\n+"cg08477687" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00034556" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00645010" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15394630" NA NA NA NA NA NA\n+"cg05001044" NA NA NA NA NA NA\n+"cg03344490" NA NA NA NA NA NA\n+"cg17501828" NA NA NA NA NA NA\n+"cg23917638" NA NA NA NA NA NA\n+"cg18024856" NA NA NA NA NA NA\n+"cg18761878" NA NA NA NA NA NA\n+"cg27534567" NA NA NA NA NA NA\n+"cg08858441" NA NA NA NA NA NA\n+"cg03348902" NA NA NA NA NA NA\n+"cg01070250" NA NA NA NA NA NA\n+"cg21996134" NA NA NA NA NA NA\n+"cg07264491" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15560884" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10037654" NA NA NA NA NA NA\n+"cg14057946" "rs74512038" 0.076823 NA NA NA NA\n+"cg11422233" "rs74512038" 0.076823 NA NA NA NA\n+"cg16047670" "rs114983708" 0.115264 NA NA NA NA\n+"cg18263059" NA NA NA NA NA NA\n+"cg01014490" NA NA NA NA NA NA\n+"cg04231937" NA NA NA NA NA NA\n+"cg04496485" "rs149887893" 0.0261 NA NA NA NA\n+"cg17505339" NA NA NA NA NA NA\n+"cg09989996" NA NA NA NA NA NA\n+"cg11954957" "rs115498424" 0.029514 NA NA NA NA\n+"cg01068023" NA NA NA NA NA NA\n+"cg08167039" "rs3115849" 0.276256 NA NA NA NA\n+"cg20677962" "rs75333668" 0.0687 NA NA NA NA\n+"cg06402284" NA NA "rs71507462" 0.274931 NA NA\n+"cg24699430" "rs139039741" 0.0211 NA NA NA NA\n+"cg01551879" "rs142969342" 0.0485 NA NA NA NA\n+"cg22394869" NA NA NA NA NA NA\n+"cg02550592" NA NA NA NA NA NA\n+"cg03213877" NA NA "rs191770232" 0.0206 NA NA\n+"cg23803172" "rs191770232" 0.0206 NA NA NA NA\n+"cg19411932" "rs191770232" 0.0206 NA NA NA NA\n+"cg20788133" NA NA "rs2519025" 0.092322 NA NA\n+"cg08939496" NA NA NA NA NA NA\n+"cg16736630" NA NA NA NA NA NA\n+"cg01793617" NA NA NA NA NA NA\n+"cg09139287" NA NA "rs2905055" 0.336368 "rs2905055" 0.336368\n+"cg05662829" "rs2905055" 0.336368 NA NA NA NA\n+"cg22714517" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00168193" NA NA "rs149504348" 0.0389 NA NA\n+"cg14280098" "rs74877941" 0.0545 NA NA NA NA\n+"cg15903280" "rs115634970" 0.030382 NA NA NA NA\n+"cg04352959" NA NA NA NA NA NA\n+"cg08258224" NA NA NA NA NA NA\n+"cg12285627" NA NA NA NA NA NA\n+"cg05898754" "rs112221884" 0.014639 NA NA NA NA\n+"cg03128332" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15994267" NA NA NA NA NA NA\n+"cg16619049" "rs72631880" 0.136322 NA NA NA NA\n+"cg23100540" "rs72631880" 0.136322 NA NA NA NA\n+"cg20275697" NA NA NA NA NA NA\n+"cg05475702" "rs146711189" 0.0119 NA NA NA NA\n+"cg18147296" NA NA NA NA NA NA\n+"cg05597748" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00111697" "rs4246500" 0.070974 NA NA NA NA\n+"cg10988531" NA NA NA NA NA NA\n+"cg24373735" NA NA NA NA NA NA\n+"cg13938959" NA NA NA NA NA NA\n+"cg12445832" NA NA NA NA NA NA\n+"cg23999112" "rs118163204" 0.012587 NA NA NA NA\n+"cg11527153" NA NA NA NA NA NA\n+"cg27573606" "rs4970384" 0.203097 NA NA NA NA\n+"cg04195702" NA NA NA NA NA NA\n+"cg01062849" NA NA "rs28477624" 0.040256 NA NA\n+"cg08128007" "rs78238606" 0.050778 NA NA NA NA\n+"cg23733394" NA NA NA NA NA NA\n+"cg13371836" NA NA NA NA NA NA\n+"cg04407431" NA NA NA NA NA NA\n+"cg13565718" NA NA NA NA NA NA\n+"cg01097950" NA NA NA NA NA NA\n+"cg08900511" NA NA NA NA NA NA\n+"cg04410003" NA NA NA NA NA NA\n+"cg18762746" "rs112856858" 0.326624 NA NA NA NA\n+"cg12726839" "rs7366404" 0.265967 NA NA NA NA\n+"cg04364728" NA NA NA NA NA NA\n+"cg05151709" NA NA NA NA NA NA\n+"cg08546707" NA NA NA NA NA NA\n+"cg06154531" "rs79396034" 0.13129 NA NA NA NA\n+"cg01782097" NA NA NA NA NA NA\n+"cg20825023" NA NA NA NA NA NA\n+"cg12549180" NA NA NA NA NA NA\n+"cg11851804" N'..b' NA NA NA NA NA\n+"cg25667057" NA NA NA NA NA NA\n+"cg23834181" NA NA NA NA NA NA\n+"cg03672679" NA NA NA NA NA NA\n+"cg04792227" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00679624" NA NA NA NA NA NA\n+"cg20764275" NA NA NA NA NA NA\n+"cg14742615" NA NA NA NA NA NA\n+"cg01882666" NA NA NA NA NA NA\n+"cg03905640" NA NA NA NA NA NA\n+"cg01209756" NA NA NA NA NA NA\n+"cg17115812" NA NA NA NA NA NA\n+"cg14151065" NA NA NA NA NA NA\n+"cg25012987" NA NA NA NA NA NA\n+"cg16292375" NA NA NA NA NA NA\n+"cg16894943" NA NA NA NA NA NA\n+"cg06060201" NA NA NA NA NA NA\n+"cg04170994" NA NA NA NA NA NA\n+"cg09408193" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10252249" NA NA NA NA NA NA\n+"cg23308414" NA NA NA NA NA NA\n+"cg26046487" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10646950" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00479827" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10691859" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15281205" NA NA NA NA NA NA\n+"cg05230942" NA NA NA NA NA NA\n+"cg13765957" NA NA NA NA NA NA\n+"cg26251715" NA NA NA NA NA NA\n+"cg03244189" NA NA NA NA NA NA\n+"cg13845521" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10811597" NA NA NA NA NA NA\n+"cg11816202" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00212031" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15345074" NA NA NA NA NA NA\n+"cg11684211" NA NA NA NA NA NA\n+"cg06628792" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00121626" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15027426" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00876332" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15794778" NA NA NA NA NA NA\n+"cg09228985" NA NA NA NA NA NA\n+"cg06065495" NA NA NA NA NA NA\n+"cg03533500" NA NA NA NA NA NA\n+"cg06231362" NA NA NA NA NA NA\n+"cg25756647" NA NA NA NA NA NA\n+"cg06502680" NA NA NA NA NA NA\n+"cg20864678" NA NA NA NA NA NA\n+"cg14492024" NA NA NA NA NA NA\n+"cg05725925" NA NA NA NA NA NA\n+"cg05621349" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10076560" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15682993" NA NA NA NA NA NA\n+"cg07731488" NA NA NA NA NA NA\n+"cg05672930" NA NA NA NA NA NA\n+"cg17660627" NA NA NA NA NA NA\n+"cg14931215" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00308367" NA NA NA NA NA NA\n+"cg27509967" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15329860" NA NA NA NA NA NA\n+"cg25815185" NA NA NA NA NA NA\n+"cg27049643" NA NA NA NA NA NA\n+"cg26517491" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15662272" NA NA NA NA NA NA\n+"cg02522936" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10799208" NA NA NA NA NA NA\n+"cg26928789" NA NA NA NA NA NA\n+"cg09081202" NA NA NA NA NA NA\n+"cg01988452" NA NA NA NA NA NA\n+"cg13308744" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10172760" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10620659" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15422579" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15059553" NA NA NA NA NA NA\n+"cg01644972" NA NA NA NA NA NA\n+"cg02233190" NA NA NA NA NA NA\n+"cg26983535" NA NA NA NA NA NA\n+"cg11225091" NA NA NA NA NA NA\n+"cg03750315" NA NA NA NA NA NA\n+"cg02884332" NA NA NA NA NA NA\n+"cg08715207" NA NA NA NA NA NA\n+"cg08820785" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10593480" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00063477" "rs9341314" 0.036364 NA NA NA NA\n+"cg01900066" NA NA NA NA NA NA\n+"cg07747963" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10841270" NA NA NA NA NA NA\n+"cg01943289" NA NA NA NA NA NA\n+"cg17741448" NA NA NA NA NA NA\n+"cg02012379" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00676506" NA NA NA NA NA NA\n+"cg06322277" NA NA NA NA NA NA\n+"cg26058907" NA NA NA NA NA NA\n+"cg02050847" NA NA NA NA NA NA\n+"cg14029254" NA NA NA NA NA NA\n+"cg02352633" NA NA NA NA NA NA\n+"cg03416979" NA NA NA NA NA NA\n+"cg05051262" NA NA NA NA NA NA\n+"cg25427172" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10666546" NA NA NA NA NA NA\n+"cg25640065" NA NA NA NA NA NA\n+"cg16552926" NA NA NA NA NA NA\n+"cg25918849" NA NA NA NA NA NA\n+"cg11021362" NA NA NA NA NA NA\n+"cg14467015" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15516537" NA NA NA NA NA NA\n+"cg05999368" NA NA NA NA NA NA\n+"cg15462332" NA NA NA NA NA NA\n+"cg26497631" NA NA NA NA NA NA\n+"cg06865724" NA NA NA NA NA NA\n+"cg25914522" NA NA NA NA NA NA\n+"cg13808036" NA NA NA NA NA NA\n+"cg10267609" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00335297" NA NA NA NA NA NA\n+"cg03827298" NA NA NA NA NA NA\n+"cg26983430" NA NA NA NA NA NA\n+"cg22051787" NA NA NA NA NA NA\n+"cg01757887" NA NA NA NA NA NA\n+"cg00061679" NA NA NA NA NA NA\n+"cg03930849" NA NA NA NA NA NA\n+"cg17939569" NA NA NA NA NA NA\n+"cg13365400" NA NA NA NA NA NA\n+"cg21106100" NA NA NA NA NA NA\n+"cg08265308" NA NA NA NA NA NA\n+"cg14273923" NA NA NA NA NA NA\n'