Repository 'vcfgandalftools'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/urgi-team/vcfgandalftools

Changeset 3:1fd1f727c330 (2016-04-08)
Previous changeset 2:6bebeb76fa8d (2016-04-05)
Commit message:
Uploaded
modified:
VCFGandalfTools/VCFCarto_wrapper.py
b
diff -r 6bebeb76fa8d -r 1fd1f727c330 VCFGandalfTools/VCFCarto_wrapper.py
--- a/VCFGandalfTools/VCFCarto_wrapper.py Tue Apr 05 08:33:41 2016 -0400
+++ b/VCFGandalfTools/VCFCarto_wrapper.py Fri Apr 08 12:07:35 2016 -0400
b
@@ -47,10 +47,6 @@
         args += " "
         args += "-o %s" % self._options.outFile
         args += " "
-        args += "-A %s" % self._options.refA
-        args += " "
-        args += "-H %s" % self._options.refH
-        args += " "
         args += "-v 2 "
         if self._options.onlyPar :
             args += " "
@@ -61,6 +57,11 @@
             if self._options.graphs :
                 args += " "
                 args += "-g"
+        else : 
+            args += " "
+            args += "-A %s" % self._options.refA
+            args += " "
+            args += "-H %s" % self._options.refH
         cmd = "%s %s" %(prg, args)
         
         print cmd