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Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/artic commit 125ea4d98050db32bae4f722ef153305e8d48a94" |
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modified:
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| @@ -1,7 +1,7 @@ -<tool id="artic_minion" name="ARTIC minion" version="1.1.0_rc2+galaxy0"> - <description></description> +<tool id="artic_minion" name="ARTIC minion" version="1.1.2+galaxy0"> + <description>Build consensus sequence and call variants from amplicon-based nanopore sequence data</description> <requirements> - <requirement type="package" version="1.1.0_rc2">artic</requirement> + <requirement type="package" version="1.1.2">artic</requirement> </requirements> <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[ mkdir -p 'scheme/name/version' && @@ -38,14 +38,14 @@ <option value="history">From history</option> </param> <when value="tool_data_table"> - <param name="primer_scheme_bedfile" type="select" format="bed" label="Primer Scheme"> + <param name="primer_scheme_bedfile" type="select" format="tabular" label="Primer Scheme"> <options from_data_table="primer_scheme_bedfiles"> <validator type="no_options" message="No primer scheme .bed files are available" /> </options> </param> </when> <when value="history"> - <param name="primer_scheme_bedfile" type="data" format="bed" label="Primer Scheme" /> + <param name="primer_scheme_bedfile" type="data" format="tabular" label="Primer Scheme" /> </when> </conditional> <conditional name="reference_source"> @@ -70,33 +70,38 @@ <outputs> <data name="alignment_trimmed" format="bam" from_work_dir="*.trimmed.bam" label="${tool.name} on ${on_string}: trimmed alignment" /> <data name="variants_tabular" format="tabular" from_work_dir="*.variants.tab" label="${tool.name} on ${on_string}: variants table" /> - <data name="variants_merged_vcf" format="vcf_bgzip" from_work_dir="*.merged.vcf.gz" label="${tool.name} on ${on_string}: variants vcf" /> + <data name="variants_merged_vcf" format="vcf_bgzip" from_work_dir="*.merged.vcf.gz" label="${tool.name} on ${on_string}: variants merged" /> + <data name="variants_pass_vcf" format="vcf_bgzip" from_work_dir="*.pass.vcf.gz" label="${tool.name} on ${on_string}: variants pass" /> + <data name="variants_fail_vcf" format="vcf" from_work_dir="*.fail.vcf" label="${tool.name} on ${on_string}: variants fail" /> <data name="consensus_fasta" format="fasta" from_work_dir="*.consensus.fasta" label="${tool.name} on ${on_string}: consensus sequence" /> + <data name="alignment_report" format="tabular" from_work_dir="*.alignreport.txt" label="${tool.name} on ${on_string}: alignment report" /> + <data name="coverage_mask" format="tabular" from_work_dir="*.coverage_mask.txt" label="${tool.name} on ${on_string}: coverage mask" /> + <data name="analysis_log" format="txt" from_work_dir="*.minion.log.txt" label="${tool.name} on ${on_string}: analysis log" /> </outputs> <tests> <test> <param name="reference_source_selector" value="history" /> - <param name="read_file" value="SRR11410539_seqtk_sample_250_1.fastq" /> + <param name="read_file" value="SRR11410539_seqtk_sample_500_1.fastq" /> <param name="reference" value="nCoV-2019.reference.fasta" /> <param name="primer_scheme_source_selector" value="tool_data_table" /> <param name="primer_scheme_bedfile" value="test_entry" /> - <output name="consensus_fasta" file="SRR11410539_seqtk_sample_250_1.fastq.consensus.fasta" /> + <output name="consensus_fasta" file="SRR11410539_seqtk_sample_500_1.fastq.consensus.fasta" /> </test> <test> <param name="reference_source_selector" value="history" /> - <param name="read_file" value="SRR11410539_seqtk_sample_250_1.fastq" /> + <param name="read_file" value="SRR11410539_seqtk_sample_500_1.fastq" /> <param name="reference" value="nCoV-2019.reference.fasta" /> <param name="primer_scheme_source_selector" value="history" /> - <param name="primer_scheme_bedfile" value="nCoV-2019.V1.bed" /> - <output name="consensus_fasta" file="SRR11410539_seqtk_sample_250_1.fastq.consensus.fasta" /> + <param name="primer_scheme_bedfile" value="nCoV-2019.scheme.V1.bed" /> + <output name="consensus_fasta" file="SRR11410539_seqtk_sample_500_1.fastq.consensus.fasta" /> </test> <test> <param name="reference_source_selector" value="tool_data_table" /> - <param name="read_file" value="SRR11410539_seqtk_sample_250_1.fastq" /> + <param name="read_file" value="SRR11410539_seqtk_sample_500_1.fastq" /> <param name="reference" value="test_entry" /> <param name="primer_scheme_source_selector" value="tool_data_table" /> <param name="primer_scheme_bedfile" value="test_entry" /> - <output name="consensus_fasta" file="SRR11410539_seqtk_sample_250_1.fastq.consensus.fasta" /> + <output name="consensus_fasta" file="SRR11410539_seqtk_sample_500_1.fastq.consensus.fasta" /> </test> </tests> <help><![CDATA[ |
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| diff -r c411e2205442 -r 20165d3a8fb1 test-data/SRR11410539_seqtk_sample_250_1.fastq --- a/test-data/SRR11410539_seqtk_sample_250_1.fastq Thu Apr 30 04:05:09 2020 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 |
| b |
| b'@@ -1,1000 +0,0 @@\n-@SRR11410539.882919 882919/1\n-CTTGGGCATTAGTCGTTCAGTTACATGTACTAAGGTTAAACAGACGACTACAAACGGAATCCCGACAGCACCTACCAATAACTTTCAAATCGTAGTCTGTTCTCTAAATATGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCATCGGCTGCATGCTTAGTGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCCTCTTTATCTAGGTTTGTCGGGTGTGACCGAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCCTGGTTTCAACGAGAAAACACGTCCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGAGTCTTATCAGAGCACGTCAACATCTTAAAGATGAGGGTGCTATTGGTTTTCCCGTTTGTAGTCGTCTGTTTAACCTTAGCAATACGTAACTTT\n-+\n-$0%#%$##\'*(&)&&*)0/09711$$$&&/3%%)*3;:<:99:;;992&6;DF;<$&,2%%6/8:64=D@B?>:37//.11%%%%\'#%--($&%&)077AB:6A4/0.)\'(+.223301344/3%\'(*0169<,(3%\'\'$%%,+5//,((,40=,8%$8@>?=/&&15676.0++)1335:<:?<;>9;>=A??6**5<830-%&)4//265/1\'59:H@=>3//8:53/-13AE8<A:<:9:?977#%\'\'&&++.0&&)%$%&\'*12/05;ABC<4F)/AAAA?=99450*>;;=?B??B@/)+42.28122+*2/4//)<126,,.2,<9:,83$$-&9@<=6;<DA<<H4@@=CCAA3038)%%\'74.30+(/++*,.3010-7@A7<@C895.\'0:>@>54800+8=<70/6)*>9;EJBDE@0:24&\'(4<::3)).,.,/1,&,&*,0C=@<=9?;7>>;77*+,)-),%&*//;>B?<72&\'+*\n-@SRR11410539.1188960 1188960/1\n-TATTACTACCATTCGTTCCCATGCCTTACTAAGGTCACTCGACCAACTCTGGCATGAATCGACAGCACGCGAAGTGCTCTGCCTATACAGTTGAACTCGGTACAGAAGTAAATGAGTTCGCCTGTGTTGTGGCAGATGCTGTCATAAAGCTTTTGGCAATCATCTGGATGCACCCACACCACTAGGCATTGATTTAGATAGTGGAGTATGGCTACATACTACTTGTTTGATGAGTCTGGTGAGTTTAAATTGGCTTCACATATGTATTGTTCTTTTTACCCTCAGATGAGGATGAAGAAGGTGATTGTGAAGAGAAGTTTGAGCCATCAAACTCAATATGAGTATGTAGTACTGAAGATGATTACCAAGGTAAACCTTTGGAATTTGGTGCGCACTTCTGCATCTTCAACTGAAGAGCAAGAAGAAGATTGGTTAGATCGAAGGTGCTGTCAATTCCGTTTGTAGTAATCTGTTTAACCTTAGCAATACGTAACTT\n-+\n-#$#$$#$$%%%%\'%&$$%)(%%###$%($%))(\'(\'%"$%#$#%#%"\'-$"##$&%&*&086)%421$$*%&).6./8<ACFELGBBCACC>;:B@>D2:BF@21&+/?@C=80.B<<B?:<:9=<614)9844<?BABF93;11234\'/003+&\'*()%#&.9+)+)0%%(***/1632.&&&13>=><1./15-101\'*914,6=;?<=>:-.52261+((*\'-065280,-.;-58@32?EDA8923<0:552:8;602<;03+.<:=:?3/0(1>?<(780@/4)<?=2\'&8,,((2.)\'\'+-,&$5,+$&\'\'-22111<;4-:9:09-7((.-)&*,10%%$%*.&%167B@@EIFMD=79./40459::BA@=*/*0058&&,$$%029;:76\'$#//=9://1(++69;36=:\'0-,3)4//558=>--.%&&&-).<0.5&))&($\'%5499<+&+$$%%.64<9;?970((+</89994@:;00%%(\n-@SRR11410539.1794060 1794060/1\n-CATTTATTGCTTCGTTCAGTTACGTATTGCTAAGGTTAAACAGACGACTACAAACGGAATCGACAGCACCTAGCAGCATCTACAGCAAAAGCACAGAAAGATAATACAGTTGAATTGGCAGGCACTTCTGTTTGCATTACCAGCTTGTGAACGATGCTGTGGCAGCTAAACTACCAAGTACCATACCTCTATTTAGGTTGTTTTAATCCTTTAATAAAGTATAAATACTTCACTTTAGGACCTTTAGGTGTGTCTGTAACAAACCTACAAGGTGGTTTGATTCTGTATAGATAGTACCAGTTCCATCACTCTTAGGGAATCTGGCCATTTCAAATCATTAAATCGGATAACAGGCACAAGTACAAACCTACCTCCCTTTTGTTGTGTTGTAGTAAGCTAACGCATTGTCATCAGTGCAAGCAGTTTGTGTAGTACCGGCAGCACAAAGACATCTGTCGTAAGGTGCTGTCGATTCCGTTTAATAGTCGTCTGTTTAACCTTAGCAATACGTAACT\n-+\n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n-@SRR11410539.635976 635976/1\n-GTTGTACTTCGTTCGTTACGTATTGCTAAGGTTAAACAGACGACTACAAACAGATCGACAGCACCTCATGGCTGCATCACGGTCAAATTCAGATTGCCACATTCAAGACTTCTTCAACTTTTTAAGAACAACCAGAATCACCATTAGCAACAGCCTGCTCATAAGCTTCTTGAGCAGTAGCAAAAACTGCATATGATGGAAGGGAACTAAACTCTGAGGCTATAGCTTGTAAGGTTGCCCTGTTGTCCAGCATTTCTTCACAAAGCTTGTTTATGTCTACAGCACCCTGCATGGAAAGCAAAACAGAAAGTAGTGAAACCATTTTTCAGGCTTCAGTAGTATCTTTAGCTAAGGAATGTCATTGTGTAACTGGACACATTGAGCCCACAATTTAGATGATGATTCTACTCTGAGTTGTTGCAAAACTGAGAGTAAGACTACTGATGTGCAAGGTGCTGTCGATTCCGTTGTAGTCGTCTGTTTAACCTTAGCAATACGTAAC\n-+\n-*$%)35;=@;=H<,*1)9?@EI>I=@?\'(5>IHEG93/3/6.+&%#$.269--<9=8:56168==FD>?,232,&%\'*.2056<9:8:2+%1+2/\'25:?@@:8-.--"#&/26F<?DVTSNB,,(9B?9)$*?767;AD@?99=9<>>?BI>B?A?A8C43/1&()+9HGDD89784447?>>9\'3\'+DB@CADB?;=,4,;A;A>?;<-?=<9<-4:4:>3-/&&)*8893>GF;93+8>67@))@B;C>?AC@C04,,-.\'$$$0:>@CB;@>BC?@>GFEHI@;68:44546>?=AAHI@55=5=><34>@A:==@@>B'..b"ACAGAGTACAGTGAATGACATGAGAATAGTAAAGTATTAAAGGCAACTACATGACTGTATTCACCAAAAGCTCTTCTAAACCTCATAAAATAGTAGGCAAGGCATGTTACTACGATGGCTACAATACTGCCAGCTACTATAGATGCTGATATGTCCAAAGCACCAATAGGTTGAATTAGTGGTGTAAACATATTAGTAAGTAAATTTACAGCATCTACACCACAGAAAAACTCCTGGTAAAGATCTGTAATAATCATTGTTAAGTACCCATCTACCACTAGTAGATACACAAACACCAACTTCTGATCTTCACAAGTGCCGTGCCTACAGTACTCAGAAAGGTGCTGTCGATTCCGTTTGTAGTCGTCTGTTT\n-+\n-&$*%-%36;:<K<@8:FCA.>A??A3/@;;3CDFHJG=A<A9?<83(278%3%('%%5;:>+A&<?FFI>CEA@G><:53)(4**/?CC2BH+78@>GJ;9<;A>HDCCD=1''&$+,688ADCC:>648/*+58@BH@=67//+4&&&*2+<B@1)3B>;698<@BA<<<A=<>OQ?,5B:;:8:6@CCA>F??BFMFM<G?9=8<<=?DEFIADHEC><=7./1$-;<>>C5,+$%%67@CEEIBEEB=>8CA@6253A<;339*+).;;77CD?F9BBBA>=6879B<<ABA?HD>:FFKB12>8:=CHI@HG3*+133B>DFD@F>2;<?7977?6?D79B47G<<52?:<C>:<GEGI?BAGG;=@78>=:HEAB<<?82>??5.7-6-8?AA=BDE<88CA96)).(+9:;=?4324=?>K>BA':A@>;>>;CF61364.0.,AEG=>>:76==DB787C:F9@B<9969;A=74+\n-@SRR11410539.2047746 2047746/1\n-CGATGTACTTCGTTCAGTTACGTATTGCTAAGGTTAAACAGACGACTACAAACGGAATCGACGGCACCCGACGAATGTCTTGTGCTGCCGGTACTACACAAACTGCTTGCACTGATGACAATGCGTTAGCTTACTACAACACAACAAAGGGAGAGTAGGTTTGTACTTGCACTGTTATCCGATTTACAGGATTTGAAATGGGCTAGATTCCTAAGAGTGATGGAACTGGTACTATCTATACAGAACTGGAACCACCTTGTAGGTTTGTTACAGACACACCTAAGGTCCTAAAGTGAAGTATTTATACTTGCATTAAAGGATTAAACAACCTAAATAGAGGTATGGTACTTGGTAGTTTAGCTGCGCTGGTACGTCTACAAGCTGGTAATGCAACAGAAGTGCCTGCCAATTCAACTGTATTATCTTTCTGTGCTTTTGCTGTAGATGCTGCTAGGTGCTGTCGATTCCGTTTGTAGTCGTCTGTTTAACTATAACCAATACAT\n-+\n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n-@SRR11410539.2123302 2123302/1\n-CACGTACTTCGTTCAGTTACGTATTGCTAAGGTTAAACAGACGACTACAAACGGAATCGACAGCACCTCATGGCTGCATCACGGTCAAATTCAGATTTAGCCACATTCAAAGACTATTCCAACTTTTTAGAACAACTTCAGAATCACCATTAGCAACAGCCTGCTCATAAGCTTCTTGAGCAGTAGCAAAAGCTGCATATGATGGAAGGGCTAAACTCTGAGGCTATAGCTTGTAAGGTTGCCCTGTTGTCCAGCATTTCTTCACAAAGCTTGTTTATGTCTACAGCACCCTGCATGGAAAGCAAAACAGAGAAAGTAATTTGAACCATTTTCAAAGGCTTCAGTAGTATCCTTTAGCTAAGAGAATGTCATTGTGTAACTGGACACATTGAGCCCTGAGTTAGATGATGATTCTACTCTGAGTTGTTGCAAACGAGAACAGAACTACTGATGTGCAGGTGTCGATTCCGTTTGTAGTCGTCTGTTTAACAACAATAATAT\n-+\n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n-@SRR11410539.321039 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