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<param name="format" type="select" label="Output format" > - <option value="1">1.IG|Stanford</option> - <option value="2">2.GenBank|gb</option> - <option value="3">3.NBRF</option> - <option value="4">4.EMBL|em</option> - <option value="5">6.GCG</option> - <option value="6">6.DNAStrider</option> - <option value="8">8.Pearson|Fasta|fa</option> - <option value="11">11.Phylip3.2</option> - <option value="12" selected="true">12.Phylip|Phylip4</option> - <option value="13">13.Plain|Raw</option> - <option value="14">14.PIR|CODATA</option> - <option value="15">15.MSF</option> - <option value="17">17.PAUP|NEXUS</option> - <option value="18">18.Pretty</option> - <option value="19">19.XML</option> - <option value="22">22.Clustal</option> - <option value="23">23.FlatFeat|FFF</option> - <option value="24">24.GFF</option> - <option value="25">25.ACEDB</option> - </param> - </inputs> - - <!-- [REQUIRED] Output files --> - <outputs> - <data name="fileout_log" type="data" format="txt" label="${fileout_label}.log" /> - <data name="fileout" type="data" format="txt" label="${fileout_label}" /> - </outputs> - - <!-- [STRONGLY RECOMMANDED] Exit code rules --> - <stdio> - <!-- [HELP] If no exit code rule is defined, the tool will stop if anything is written to STDERR --> - <exit_code range="1:" level="fatal" /> - </stdio> - - <!-- [OPTIONAL] Tests to be run manually by the Galaxy admin --> - <tests> - <!-- [HELP] Test files have to be in the ~/test-data directory --> - - <test> - <param name="filein" value="alignment.fa" /> - <param name="format" value="12" /> - <output name="fileout" file="phylip" /> - <output name="fileout_log" file="phylip.log" /> - </test> - - <!-- [HELP] Multiple tests can be defined with different parameters --> -<!-- - <test> - </test> ---> - </tests> - - <!-- [OPTIONAL] Help displayed in Galaxy --> - <help> - -.. class:: infomark - -**Authors** Don Gilbert software@bio.indiana.edu - - | **Please cite** If you use this tool, please cite Don Gilbert software@bio.indiana.edu - - -.. class:: infomark - -**Galaxy integration** Andres Gwendoline, Institut Français de Bioinformatique. - -.. class:: infomark - -**Support** For any questions about Galaxy integration, please send an e-mail to support.abims@sb-roscoff.fr - ---------------------------------------------------- - - -======= -Readseq -======= - ------------ -Description ------------ - - Compute a phylip tree from a fasta alignment. - - ------------------ -Workflow position ------------------ - -**Upstream tools** - -=========== ========================== ======= -Name output file(s) format -=========== ========================== ======= -=========== ========================== ======= - - -**Downstream tools** - -=========== ========================== ======= -Name output file(s) format -=========== ========================== ======= -fastme Newick tree Newick -Rooting out tree Newick -=========== ========================== ======= - - ----------- -Input file ----------- - -Fasta file - The input data file contains sequence alignment(s) - - ----------- -Parameters ----------- - -Output name - Output base name for the ouput files - - ------------- -Output files ------------- - -Output_name - Resulting tree in phylip format - -Output_name.log - Log file - ------------- -Dependencies ------------- -ReadSeq - readseq.jar at 10.03.13 version - ---------------------------------------------------- - ---------------- -Working example ---------------- - -Input files -=========== - -Fasta file ------------ - -:: - - >IRAT112 GAGAACCGTCCTGTAAGTACTCTTGCTTTAAGTAATAAAGTAATACTAATCCATGACGCTTAAGTCGAAGAGAGAATAAGTCAATATTTAATTGGACTCATCGCTTATTATCATTATGAATCAATAAACAACTTGATGTTGTGCTCCATGTACGATATATAAAGACAGATA - >KARASUKARASURANKASU GAGAACCGTCCTGTAAGTACTCTTGCTTTAAATACGAAAGTAATACTAATCCATGACGCTTAAGTCGAAGAGAGAATAAGTCAATATTTAATTGGACTCATCGCTTATGTTCATCATGAATCTATAGTTAACTTGATGTTGTGCTCCATGTACGATATAAAAAGTTAGATA - - -Parameters -========== - -Output name -> phylip conversion - - -Output files -============ - -phylip conversion ------------------ - -:: - - 168 5125 - IRAT112 GAGAACCGTC CTGTAAGTAC TCTTGCTTTA AGTAATAAAG TAATACTAAT - KARASUKARA GAGAACCGTC CTGTAAGTAC TCTTGCTTTA AATACGAAAG TAATACTAAT - - </help> - -</tool> |
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AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGTGTG GTCTATTAAA TTGTA\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTAAT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTAAT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- ATTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTACAGTACG GTGCGCCTGA AAGAT\n- TTACAGTACG GTGCGCCTGA AAGAT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTAAT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTAAT\n- TTTCGGAACT AACTGCTTAT TTATT\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n-\n' |
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| [ |
| @@ -0,0 +1,205 @@ +<tool id="sniplay_readseq" name="Readseq" version="1.0.2"> + + <!-- [REQUIRED] Tool description displayed after the tool name --> + <description> Convert various alignment formats </description> + + <!-- [OPTIONAL] 3rd party tools, binaries, modules... required for the tool to work --> + <requirements> + <requirement type="binary">perl</requirement> + <requirement type="package" version="10.03.13">readseq.jar</requirement> + </requirements> + + <!-- [OPTIONAL] Command to be executed to get the tool's version string --> + <version_command> +<!-- + tool_binary -v +--> + </version_command> + + <!-- [REQUIRED] The command to execute --> + <command> + java -jar \$JAVA_JAR_PATH/readseq.jar $filein -f $format >> $fileout_log 2>&1 && mv ${filein}.phylip $fileout + </command> + + <!-- [REQUIRED] Input files and tool parameters --> + <inputs> + <param name="filein" type="data" format="fasta" optional="false" label="Fasta alignment input" /> + <param name="fileout_label" type="text" value="phylip conversion" label="Output name" help="Output name for files" /> + <param name="format" type="select" label="Output format" > + <option value="1">1.IG|Stanford</option> + <option value="2">2.GenBank|gb</option> + <option value="3">3.NBRF</option> + <option value="4">4.EMBL|em</option> + <option value="5">6.GCG</option> + <option value="6">6.DNAStrider</option> + <option value="8">8.Pearson|Fasta|fa</option> + <option value="11">11.Phylip3.2</option> + <option value="12" selected="true">12.Phylip|Phylip4</option> + <option value="13">13.Plain|Raw</option> + <option value="14">14.PIR|CODATA</option> + <option value="15">15.MSF</option> + <option value="17">17.PAUP|NEXUS</option> + <option value="18">18.Pretty</option> + <option value="19">19.XML</option> + <option value="22">22.Clustal</option> + <option value="23">23.FlatFeat|FFF</option> + <option value="24">24.GFF</option> + <option value="25">25.ACEDB</option> + </param> + </inputs> + + <!-- [REQUIRED] Output files --> + <outputs> + <data name="fileout_log" type="data" format="txt" label="${fileout_label}.log" /> + <data name="fileout" type="data" format="txt" label="${fileout_label}" /> + </outputs> + + <!-- [STRONGLY RECOMMANDED] Exit code rules --> + <stdio> + <!-- [HELP] If no exit code rule is defined, the tool will stop if anything is written to STDERR --> + <exit_code range="1:" level="fatal" /> + </stdio> + + <!-- [OPTIONAL] Tests to be run manually by the Galaxy admin --> + <tests> + <!-- [HELP] Test files have to be in the ~/test-data directory --> + + <test> + <param name="filein" value="alignment.fa" /> + <param name="format" value="12" /> + <output name="fileout" file="phylip" /> + <output name="fileout_log" file="phylip.log" /> + </test> + + <!-- [HELP] Multiple tests can be defined with different parameters --> +<!-- + <test> + </test> +--> + </tests> + + <!-- [OPTIONAL] Help displayed in Galaxy --> + <help> + +.. class:: infomark + +**Authors** Don Gilbert software@bio.indiana.edu + + | **Please cite** If you use this tool, please cite Don Gilbert software@bio.indiana.edu + + +.. class:: infomark + +**Galaxy integration** Andres Gwendoline, Institut Français de Bioinformatique. + +.. class:: infomark + +**Support** For any questions about Galaxy integration, please send an e-mail to support.abims@sb-roscoff.fr + +--------------------------------------------------- + + +======= +Readseq +======= + +----------- +Description +----------- + + Compute a phylip tree from a fasta alignment. + + +----------------- +Workflow position +----------------- + +**Upstream tools** + +=========== ========================== ======= +Name output file(s) format +=========== ========================== ======= +=========== ========================== ======= + + +**Downstream tools** + +=========== ========================== ======= +Name output file(s) format +=========== ========================== ======= +fastme Newick tree Newick +Rooting out tree Newick +=========== ========================== ======= + + +---------- +Input file +---------- + +Fasta file + The input data file contains sequence alignment(s) + + +---------- +Parameters +---------- + +Output name + Output base name for the ouput files + + +------------ +Output files +------------ + +Output_name + Resulting tree in phylip format + +Output_name.log + Log file + +------------ +Dependencies +------------ +ReadSeq + readseq.jar at 10.03.13 version + +--------------------------------------------------- + +--------------- +Working example +--------------- + +Input files +=========== + +Fasta file +----------- + +:: + + >IRAT112 GAGAACCGTCCTGTAAGTACTCTTGCTTTAAGTAATAAAGTAATACTAATCCATGACGCTTAAGTCGAAGAGAGAATAAGTCAATATTTAATTGGACTCATCGCTTATTATCATTATGAATCAATAAACAACTTGATGTTGTGCTCCATGTACGATATATAAAGACAGATA + >KARASUKARASURANKASU GAGAACCGTCCTGTAAGTACTCTTGCTTTAAATACGAAAGTAATACTAATCCATGACGCTTAAGTCGAAGAGAGAATAAGTCAATATTTAATTGGACTCATCGCTTATGTTCATCATGAATCTATAGTTAACTTGATGTTGTGCTCCATGTACGATATAAAAAGTTAGATA + + +Parameters +========== + +Output name -> phylip conversion + + +Output files +============ + +phylip conversion +----------------- + +:: + + 168 5125 + IRAT112 GAGAACCGTC CTGTAAGTAC TCTTGCTTTA AGTAATAAAG TAATACTAAT + KARASUKARA GAGAACCGTC CTGTAAGTAC TCTTGCTTTA AATACGAAAG TAATACTAAT + + </help> + +</tool> |
| b |
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| b |
| b'@@ -0,0 +1,336 @@\n+>IRAT112\n+GAGAACCGTCCTGTAAGTACTCTTGCTTTAAGTAATAAAGTAATACTAATCCATGACGCTTAAGTCGAAGAGAGAATAAGTCAATATTTAATTGGACTCATCGCTTATTATCATTATGAATCAATAAACAACTTGATGTTGTGCTCCATGTACGATATATAAAGACAGATAAAACCATAAGATCATCATTCAAGTATTGTATATAGCTCTAGATAGGATTTAAATAGAATTTTATTTTATGTGAATAAAGTCTTTTGAACATTTACTAAACAAAGCATAAAGTCTTATCATGAGTTTCGAGAAAAATGAGGCTATTCCAAGATAATGCATGTACGTTTTATATAATATGCTTCCTGAAATAATTAATAAATTGAGTTATTAAGCTTTAATTATAAATCAATATTTGATTAAAAAATTACCGAGAGCTACATTTTCTAATCAAAGGGAACAACTCTCTAAATTCAAAAATTTATGTCCGCAATCTGAGATAATATCAATTTTATTTTAATATAAGTTATTATAATGTACTGATTAATCTGACACTTTCATTTAAAATTAATTAAATTATAGCATAGTAAATAACTTTATAATATTGAGACAAGTTAATAAGCGGCCTTCCAGCCGATATAATAAACATGATTTTTTTTTGCTTATAATGAAGTAGCAGTAAAGAATTTCAGTTTATCTTATTTTATTTTGAAAATGTTAGTATGTCATCACCTAGAACGAATATCTATATTGAAACCTTCTATTATAAATTACAGTGATCGACCTATTAAAATCTTAGTATTAAAACAATATTTCTATTTTATCTAGATGTAATCCATGTTTAGTGTGTACTCATCAGATTTAAACGTATATTCAGATTTATGATATCTAAGACCATTATTAGTTGTATAGAAATGTTTAATGCTAAAATATGGAAAAATACTAAAGTAATTTTTTATATTATATACTTAATTAATACTATGAAGTGAGATACTTTAATTACGCATTAGGTATCAAATAACTTTCTTAGTAATATAAATTTAAAAGTAATTCGGCATGAGATAAACCAAATTATGTATCTTTGAATGTGAATATGTCTGGTTTATAAAATTGAATTTTTATAAAAATTTTATTAATTATCAAACTTATTAGCCTCATATGTCTCTAATCATTAAGTCTAGAACGATCCATTATTTAATGCTGTTTGGTCATACATACTCTATATTTATAAACAATTACATCAAACGTAAATATAACTTTACGAACAAATATTGAAACGTTAACAGAACTTCCTATACGATGTTTCCAGATTACGACTTAATTATAAATATTATAGGGCCTCCTTTTTCGAAACATCGTGTTATGGTTTAGGATTTGCAGAATTGTAATACGTTTATATTGCTGTAAGTTTTCTTGACAAATTTCTCAAAGATATTAATATAATTACCTGGAAAAAGATCTAAAAAAAATACGTATTACAATCCAGACATTGGTATTCGAATAAATAAATAAAAAATCTCCGGCTATTAATATTATGTAGAAGGACCCGGTATTGTATTATAGTTCAAAAAAAAAGAATTATCTTGTAAATCTTATTCCATCTTTAATATTCTCATGTATTCTTTTAAATGTCTATTTGAGTATATGTTTATCTTACATTTAGCTTAATCGAAATTGTTAAATAATTATAAAAATATTAATAGAATCAGTTAGATTATTATTAGTTCTTTGAACTATGGTGTTCAGACAGCTTTCCCTCAAATATTTTCAACTTGTAATGGAGAAGATCGAATTAAAATTATATTTTAAATATATTATTTTAAATACAAGATATTATATTATATACTATTAAAAAATAATATATTTATAAAATAGTAGATATATAAAGTCTCCCTAGGATATTAACCACCTCATACATGAAATCTTAATATAATATAATTATGTTATTCAATTGACATTAAGACGATAATTACTTGGCGAACCAATACATATATATATATTTTGATTTTACTAACGTATAAATCGACTCGTATTATTTATACTTTAAATTGCAGAAAAATTAGTATATTCTTATATCGTAAATGACATTTATAAGTTAAGGTTATTTATTTCTGTTCGTTACGTATTTAAAAGTAATATGACTTATTTTCTACACAGATTTAACTATACGTAGAATAACTTATATCTTAGGTAAGTAAGAGATTTTCGAATTTGATTTCGAATATGACTAATAGATTCATTATAAAGAATATATGTTATTGATTAGTTAAGTAGCATCGTGAATTATTTTAAAATTGCATTTGCGTTCAATATTAATTGAAAAGTGTAGTATCGAGTAATATATAATATAAAATTAGTTCAATTATAATCAATAGAATAGATTTTGAAGCCATGCGTGTAATTCTTGAAAAATTATTCTATATTATGTAGAAATAAGACTGAAAGATAAAACTAAAAAAATATTTATGACCGCAGACTTTAATTACGAATAATTAATAAATACAGCAGTTTATATATAGATACATATGAAATTTCTTGGTAATGAATACAAATAAATATATACTTGTAGTATTCTTTTTAATAATCTTTTTGAAAGTTAAAATTTGCTCTAAATAATCTTAAATTGCAATTATTCCTCGATTATAAATTTTATAATAAGTTATTGTATCCCCTAAAATATCTCTAGTTTTAAGTTTTATATAGGATTCTCTAAAAAAAAATCAATAAGATCTTTTATATAATCATAGTAATTTAACCACGCACTTTACTATCATTATTCTTTATGTATATGTTTAGGTTTTAAGAGTAATACATATTGTATAATCTGTTTGTAAATGGCACCAATAGGTTGTTTGATGAATAGTCTTAACTATAGTACCGGTATAATTAAAAAAAACAGATTTTTAATAAAAAAGAAAATCACTGTCTCTAATGTCTTGTATAATAACAATTAAACTGATGCATAATAATTTAAGATTTTGGTTTTATAAAAATTTAGGATCATAAGATTATGAAATTTTTTTTACTAGTTACTTCTAATATTATTAATTGCATCACTATTTAAAATAGCCCCTTAAATACTTATAAAAATAAAAATATTAGATTATTCAGGGATAAATATCATCAATTAATAAATTGTCAGAATAACATAATCCTAATGAAAATCATTTTATTTTTAATTGTAATAATATAGTTCATATAATAATATATTAATCCTCAAGGTTGGCACTAATATATTTTGATTTAATTATAAGTTGTAGGGACTAAATTATAATTGCTTAGCGTATTTCGAAAATAATAAAATTTACTTATCGGAGTAGTATCCAATTTCAATATATTATTTTTTAAAAACCTATATAGGATACTTATATTAATTAGTCATTAATTAAAATACACTCGTATCTTATATTTATTAAATAGTTACATTAAATTATCTGTATATAAACTAGCCGGACAGATTTATCCATTACTATACACATAATAAATGTCAATATTAAATATAAGATGCATTGACCAGTAAGATTAATAAATAATAATCTTGTAATAACTCCGTGCAACATGCTAAATTATATTCATTAAAGACAACAACACGTACACTTAATGATATATTGTGTGATAATATTTATTATAAAATGTATGTTTATTGTGTAATAATAAATTAATCTCAGATACAGCTTATGTTTAGTTTGTTACATTCAATTATCGCAAAATATAGCAGTCCTCCTAAAAAAAGTAAAGATTATATATGATGTATTTCTATTATTCATGTAGATTAATTAGATACTATTTACTAGATTATATTTATATAACTATTAAGAAATAGCCCGAAAAATTAAAAAATATATATTAGTGCAAATATATAAGTTGTGGGAAAATTTCATATGGGTGTTTTTATTATTAAGAGTTAAAAAATTTTTCATGTATAATTATCAGATAATTATAAAACTATATATTAATTTTTAGAAAATATATGAAATTAAAT'..b'TCAAACTTATTAGTCTCATATGTCTCTAATGATTAAGTCTAGAACGATCCATTATTTAATGCTGTTTGGTCATACATACTCCGTATTTTTAAACAATTACATCAAACGTAAATATAACTTTACGAACAAACATTGAATCGTTAACAGAACTTCCTATACGATGTTTCCAGATTACGACTTAATTATAAATATTATAGGGCCCCCTTTTTCGAAACATCGTGTCATGGTTTAGGATTTGCAGGATTGTAATACGTTAGCTTAGTATTTTAATAATCAGATATGATTTATAGAGATATTTAATATTAATCTTAGATTAGGTCCTTAATTATTTAAATATTCTGTATTTTGTTACAGATTTCGAACTGATAAATAAATTTGTTTACATGTTATCTTAAAAGGAGAAGGATCCGGTATTGTATTATAGTTCAATAAAAAAGAATTATCTTGTAAATCTTATTCCATCTTTAATATTCTCATGTATTCTTTTAAATGTCTTTTTGAGTATATGTTTATCTTACATTTAGCTTAATCGAAAACAAATTTATTATATATTGATATTAATAGAATCAGTTAGATTATTATTAGTTCTTTGAACTATGGTTCACAGAAAGCTTTCCCTCAAATATTTTCAACTTGTAATGGAGAAGATCGAATTAAAATTATATTTTAAATATATTATTTTAAATACAAGATATTATATATATTAAATACTTTTTGAATTATATTTATAAAATAGTAGATATATAAAGTCTCCCTAGGATATTAACCACCTCATACATGAAATCTTAATAATTATAAATAATGAATAACTATTGATTTATTGACGATAATTACTTGGCGAACCAATATATATATATATATTTTGATTTTACTAACGTATAAATCGTCTCGTATCATTTATATTTTAAATTGCAGAAAAATTAGTATATTCTTATATCGTAAATGACATTTATTAGTTAAGGTTATTTATTTCTGTTCGTTACGTATCTAAAAGTAATATGACTTATTT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