Repository 'golm_ws_lib_search'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/fgiacomoni/golm_ws_lib_search

Changeset 3:28d579fa1718 (2018-10-03)
Previous changeset 2:11779b6402bc (2017-02-22)
Commit message:
Master branch Updating - - Fxx
modified:
golm_ws_lib_search.xml
added:
t/data/2017-05YG_peakspectra.msp
b
diff -r 11779b6402bc -r 28d579fa1718 golm_ws_lib_search.xml
--- a/golm_ws_lib_search.xml Wed Feb 22 07:37:36 2017 -0500
+++ b/golm_ws_lib_search.xml Wed Oct 03 05:35:16 2018 -0400
b
@@ -1,14 +1,14 @@
-<tool id="golm_ws_lib_search" name="Golm Metabolome Database search spectrum" version="2016-12-05">
+<tool id="golm_ws_lib_search" name="Golm Metabolome Database search spectrum" version="2018-10-01">
   <description>
        : GC-MS Mass Spectral Database.
   </description>
   
   <requirements>
-      <requirement type="package" version="0.413">perl-list-moreutils</requirement>
+      <requirement type="package" version="0.428">perl-list-moreutils</requirement>
       <requirement type="package" version="1.19">perl-soap-lite</requirement>
-      <requirement type="package" version="0.95">perl-excel-writer-xlsx</requirement>
+      <!--<requirement type="package" version="0.95">perl-excel-writer-xlsx</requirement>-->
       <requirement type="package" version="2.90">perl-json</requirement>
-      <requirement type="package" version="2.95">perl-html-template</requirement>
+      <requirement type="package" version="2.97">perl-html-template</requirement>
   </requirements>
   
   <stdio>
b
diff -r 11779b6402bc -r 28d579fa1718 t/data/2017-05YG_peakspectra.msp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/t/data/2017-05YG_peakspectra.msp Wed Oct 03 05:35:16 2018 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,353 @@\n+Name: Unknown 1\n+DB.idx: -1\n+rt: 19.5\n+RI: 1657\n+Class: Unknown\n+Num Peaks: 150\n+ 51  331136;  52  487032;  53  382068;  54  478333;  55  2583478; \n+ 56  992765;  57  1777882;  58  5626000;  59  6964301;  60  1145051; \n+ 61  2036806;  62  155584;  63  119910;  65  244797;  66  2961314; \n+ 67  2120910;  68  726443;  69  696156;  70  2144465;  71  1355424; \n+ 72  6645529;  73  98819264;  74  8454684;  75  11275124;  76  735302; \n+ 77  496197;  80  364217;  81  216845;  82  381085;  83  536517; \n+ 84  1917990;  85  1340575;  86  1974375;  87  570335;  88  226422; \n+ 89  219472;  91  73819;  92  158904;  93  879456;  95  216841; \n+ 96  276820;  97  307021;  98  874347;  99  1001781;  100  1752290; \n+ 101  516126;  102  460645;  103  637106;  104  150101;  105  254080; \n+ 106  75473;  107  656852;  109  92384;  110  433667;  111  267415; \n+ 112  2175294;  113  756577;  114  1070691;  115  886853;  117  1293214; \n+ 118  237363;  119  407189;  121  3484808;  122  461713;  124  132183; \n+ 125  67941;  126  521370;  127  362714;  128  400572;  129  602485; \n+ 131  2237082;  132  669029;  133  3928309;  134  537096;  135  312006; \n+ 136  55974;  139  325019;  140  2944295;  141  1056576;  142  778921; \n+ 143  229900;  144  210773;  146  566853;  147  24085640;  148  3919572; \n+ 149  2384053;  150  315259;  151  197386;  153  511197;  154  2267097; \n+ 156  171208192;  157  22453512;  158  7499734;  159  686597;  161  84383; \n+ 167  64939;  168  302853;  169  105170;  170  258244;  171  71021; \n+ 172  270649;  182  44425;  183  146013;  184  113902;  185  66156; \n+ 186  230187;  190  308620;  192  37792;  196  25921;  198  85870; \n+ 199  28476;  200  46655;  210  16303;  211  44081;  213  124907; \n+ 214  1132050;  215  273402;  216  205199;  224  25884;  225  56107; \n+ 227  97740;  228  983325;  230  14665124;  231  2839145;  242  45042; \n+ 251  18275;  253  38297;  254  50631;  256  170157;  258  15215428; \n+ 259  3227723;  260  1358519;  261  213955;  272  63951;  273  571738; \n+ 274  128479;  275  56042;  307  44008;  309  9432;  320  22293; \n+ 326  9240;  328  12816;  346  46823;  347  16823;  355  8059; \n+ 357  8313;  366  14353;  374  4686;  393  3295;  438  2900; \n+\n+Name: Unknown 2\n+DB.idx: -2\n+rt: 15.31\n+RI: 1453\n+Class: Unknown\n+Num Peaks: 109\n+ 54  130985;  55  386304;  57  572006;  58  1626517;  59  11332940; \n+ 60  1105852;  61  779043;  62  49838;  66  309409;  71  464676; \n+ 72  2090765;  73  42740320;  74  3703100;  75  3623063;  76  274144; \n+ 85  249850;  86  414586;  87  239455;  88  98221;  97  140325; \n+ 99  1052895;  100  24192800;  101  2494568;  102  1015568;  103  546189; \n+ 104  125585;  105  183390;  106  40513;  111  37644;  112  79349; \n+ 113  463977;  114  6892017;  115  1341075;  116  1447155;  117  1475621; \n+ 118  333477;  119  566729;  121  43164;  126  53442;  127  96521; \n+ 128  223305;  129  541549;  130  2409628;  131  2458746;  132  713618; \n+ 133  6865427;  134  1028935;  135  501012;  136  44352;  137  98973; \n+ 141  33025;  142  228741;  143  102661;  146  477377;  147  13679376; \n+ 148  2077954;  149  1185419;  150  119782;  158  1165756;  159  276042; \n+ 161  159910;  171  108878;  172  1354853;  173  338360;  175  667469; \n+ 176  157953;  178  27122;  183  99766;  185  204644;  186  577938; \n+ 188  75097568;  189  13668140;  190  6203580;  191  1823164;  192  296459; \n+ 193  101260;  194  19856;  200  323091;  201  92126;  202  875048; \n+ 203  195692;  204  330140;  216  178605;  221  132418;  222  36299; \n+ 223  18897;  232  176396;  246  854916;  247  204988;  251  20344; \n+ 261  382321;  262  13058662;  263  3238526;  264  1545900;  265  284162; \n+ 266  85796;  274  23404;  275  24860;  277  41487;  286  16538; \n+ 289  99968;  290  2020076;  291  499514;  292  263523;  293  71717; \n+ 294  20217;  305  21687;  330  6032;  437  4823; \n+\n+Name: Unknown 3\n+DB.idx: -3\n+rt: 13.95\n+RI: 1391\n+Class: Unknown\n+Num Peaks: 99\n+ 55  275674;  57  567253;  58  1478262;  59  6933425;  60'..b'77  377818; \n+ 203  457034;  204  803831;  205  5185592;  206  1061940;  217  346315; \n+ 218  1548849;  219  298102;  220  124613;  263  31206;  293  122443; \n+ 323  4285;  381  6432; \n+\n+Name: Unknown 11\n+DB.idx: -11\n+rt: 18.74\n+RI: 1618\n+Class: Unknown\n+Num Peaks: 77\n+ 53  40812;  54  21260;  55  146430;  56  77603;  59  908307; \n+ 60  106007;  61  53777;  67  29572;  68  37685;  69  64507; \n+ 72  143191;  73  1762979;  74  194863;  80  35725;  81  27528; \n+ 82  51068;  84  55681;  85  89896;  86  828644;  87  84646; \n+ 88  49644;  89  205056;  90  20012;  91  19169;  94  13462; \n+ 96  48668;  98  33260;  100  403811;  101  61630;  109  11536; \n+ 111  28957;  112  79463;  113  54448;  114  61327;  115  54540; \n+ 116  83696;  117  101112;  118  35941;  119  21167;  124  6835; \n+ 126  42214;  127  44069;  129  66184;  130  200987;  131  80685; \n+ 132  42641;  138  11726;  140  22741;  142  21205;  144  32215; \n+ 146  24281;  152  24271;  153  20832;  158  61244;  161  16101; \n+ 163  9971;  166  17850;  168  31693;  169  577126;  170  139563; \n+ 171  66005;  173  127042;  174  4796783;  175  847814;  176  407684; \n+ 177  62776;  178  12618;  183  32320;  184  19051;  186  54023; \n+ 187  15389;  199  14205;  200  17445;  201  17567;  241  11800; \n+ 288  10448;  290  5007; \n+\n+Name: Unknown 12\n+DB.idx: -12\n+rt: 16.97\n+RI: 1531\n+Class: Unknown\n+Num Peaks: 100\n+ 54  47878;  56  282539;  57  153571;  59  593941;  60  186652; \n+ 61  240778;  62  29689;  67  51736;  68  118524;  70  138070; \n+ 72  504478;  73  9093456;  74  1418244;  75  1616427;  76  145139; \n+ 77  118021;  85  58780;  87  88493;  88  186504;  89  198370; \n+ 90  73954;  91  34464;  98  86699;  100  242339;  101  136247; \n+ 102  504345;  103  1774298;  104  242232;  105  109551;  111  26546; \n+ 112  83080;  113  108938;  114  210996;  115  165449;  116  203302; \n+ 117  219295;  118  86507;  119  78941;  124  13998;  126  50258; \n+ 127  99432;  128  1099596;  129  1591586;  131  273502;  132  138850; \n+ 133  494301;  134  92130;  135  63677;  141  32620;  142  200537; \n+ 143  168256;  144  1650355;  145  326613;  146  188649;  147  1833438; \n+ 148  324070;  149  338173;  150  62825;  151  25138;  161  33780; \n+ 163  22733;  164  12143;  165  14428;  176  72804;  177  31961; \n+ 189  817834;  190  186725;  191  95242;  192  15799;  200  24096; \n+ 201  36112;  202  54941;  203  897664;  204  499809;  205  972365; \n+ 206  202463;  213  13118;  215  43985;  216  45999;  217  335123; \n+ 218  140404;  219  53933;  221  39622;  222  15163;  229  23829; \n+ 231  35030;  233  445215;  234  9632150;  235  2048150;  236  912243; \n+ 237  107163;  238  43814;  240  17452;  241  16833;  249  16027; \n+ 291  10111;  306  9362;  310  9326;  323  6392;  408  4238; \n+\n+Name: Unknown 13\n+DB.idx: -13\n+rt: 10.49\n+RI: 1243\n+Class: Unknown\n+Num Peaks: 63\n+ 73  2608558;  74  259289;  119  45060;  133  119547;  146  126142; \n+ 147  2071419;  148  320745;  149  203305;  150  41001;  163  21345; \n+ 165  22740;  177  43829;  178  14755;  179  46037;  181  6454; \n+ 189  53917;  191  202459;  193  83967;  195  13020;  203  31098; \n+ 205  87391;  207  412488;  208  126065;  221  36364;  235  27212; \n+ 237  19894;  247  40312;  249  329561;  250  112987;  251  103491; \n+ 253  23929;  261  11575;  263  14377;  265  339935;  266  85092; \n+ 267  77377;  269  8066;  277  22768;  279  46230;  281  2114038; \n+ 282  568172;  283  408364;  284  90638;  285  39917;  286  10026; \n+ 295  5943;  309  6064;  322  4007;  337  6595;  348  4820; \n+ 353  27914;  355  13556;  361  6526;  366  8572;  368  19262; \n+ 369  491049;  370  232649;  371  135119;  372  46012;  373  19844; \n+ 374  2925;  392  1828;  434  1752; \n+\n+Name: Unknown 14\n+DB.idx: -14\n+rt: 11.43\n+RI: 1281\n+Class: Unknown\n+Num Peaks: 16\n+ 87  119129;  100  186341;  115  59259;  116  992454;  117  191691; \n+ 118  63267;  122  20884;  190  122183;  191  47676;  192  22568; \n+ 212  47401;  213  12863;  232  154371;  233  39862;  247  10897; \n+ 356  9061; \n+\n'