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Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/tools/nucleosome_prediction commit b309226826df04a53a14b1867547ce6c4810648f |
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added:
nucleosome_prediction.xml test-data/input.fa test-data/npresults.tab test-data/npresultsf.tab |
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| @@ -0,0 +1,65 @@ +<tool id="Nucleosome" name="Nucleosome Predictions" version="3.0"> + <requirements> + <requirement type="package" version="3.0">nucleosome_prediction</requirement> + </requirements> + <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[ + nucleosome_prediction.pl + -t Example + -s '$input' + -p predition_output + -tab + -c $c + -temp $temp + $raw_binding + ]]></command> + + <inputs> + <param type="data" name="input" label="Input sequence file (.fasta format)" format="fasta" /> + <param argument="-c" type="float" value="0.1" + label="Nucleosomes Concentration" help="Nucleosomes concentration: the default value = 0.1"/> + <param argument="-temp" type="integer" value="1" + label="Temperature Scaling" help="Temperature scaling: the default value = 1"/> + <param argument="-raw_binding" type="boolean" truevalue="-raw_binding" falsevalue="" + label="Raw Binding" help="Raw Binding: When 'No' (default), then the output will be the default average occupancy probabilities. When 'yes', then the output will be the raw nucleosome binding log-ratio per basepair"/> + </inputs> + + <outputs> + <data name="output" format="tabular" from_work_dir="predition_output.tab" /> + </outputs> + + <tests> + <test> + <param name="input" value="input.fa" ftype="fasta"/> + <param name="raw_binding" value="True"/> + <output name="output" file="npresults.tab" ftype="tabular"/> + </test> + <test> + <param name="input" value="input.fa" ftype="fasta"/> + <param name="c" value="0.1"/> + <param name="temp" value="1"/> + <output name="output" file="npresultsf.tab" ftype="tabular"/> + </test> + </tests> + + <help><![CDATA[ + + **What it does** + This tool allows you to submit a genomic sequence and to recieve a prediction of the nucleosomes positions on it, based on the nucleosome-DNA interaction model that we developed in these papers: + This version (version 3) is applicable to all species. + + The tool takes a sequence .fasta file and finds all positions of the matrices above the background + + ]]></help> + + <citations> + + <citation type="bibtex"> + @MISC{10.1038/nature07667, + DOI = {10.1038/nature07667}, + note = {The DNA-encoded nucleosome organization of a eukaryotic genome} + year = "2009" + } + </citation> + </citations> + +</tool> |
| b |
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| b |
| @@ -0,0 +1,2 @@ +>Seq1 +ACAAAGAACCTTTAGTTTTGTCATTGTCATCAGACAAGGGATGTTTTTCAACAGCCTCGACGGGAGTCAGCCTCCTGATTCCCACTGAGGAGGAAACGTTCGAGTGCAAGACCCTTTTAGGTACATTTGCATTATGATTTTCGTCATAGTTGTCGCCATCTGCCAGCATAGGCACTGGCACCAAGCCGAACTGGTTAAGGTCCAAACCTTTAAAGTTATCAGTTAACAAGCAGTTGTTGTTTTCATCACACAGAAGCAAAGCTTTCCAGAGCCAGCCTCTACTATTTTCTTTAAAGATAGAGTCATGGTAGAGTTCACCTTTCCAAATTCCCTTCTGCACCAGTTGGTCTCTTGTCTCGTAGTGGTCAATCGCCCATTGTAAGACATCCTTCATGGTTGCATAAGCGAAAAAATACAAACGCACGACAGCTAACCCTCTCTATGTATGCCAATTCTCTTGACAACTCTCCCCCATTGTTCTGAAAAAGGTAATGAAATTAAACGCTGCTGTACCGATTATGGAAAACTCAATGGAAAAATTGAAAAAAAAAAAAAAAGGAACTAGTAATGCCGTAGGAGAAGCGGGTAACATAATATCCGGTTTTCCTTTACGACCGCTTACAGGCCTAAACCAGCGCACCATCCAGTTACAATAACACTTGGAGCATGCGTACACGTGTGCGTATTCTACGGCTGGCATGGGCAAAATAAGACGTGGAATTTTTCTGTGGTCAGAACTTTGCGTCAGTAAATAATTCAAGAAAAAATAATAATTATGTCGAAAAAAAAATAGAAAAAAAAGAAAAAAAGAATACTAAAAGGTGAGTGTTCAGGAAAACCGCAAGCCATGTTTGTTGATTATTCCGGACTGGAGCGTTACACGGATATAAATGCATCTTTTGGTAAGTTGGTCAACACTTACTGCTGTTTTCAGCGCTGTGAAGCCATCAGCGAACAATTGGAGATTCTGAAAAGTCTAGTACCAAAGTGCCACGACATTG |
| b |
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| b |
| b'@@ -0,0 +1,856 @@\n+Sequence\tPosition\tRaw Binding (log 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