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Commit message:
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--- a/README.rst Wed Jun 22 00:56:44 2022 +0000
+++ b/README.rst Tue Sep 13 00:19:37 2022 +0000

@@ -8,11 +8,6 @@
Requirements
------------

-The developers provide an official Docker container. However, the Docker
-container won’t run unless ``/etc/passwd`` is mounted (`see this
-issue <https://github.com/ComparativeGenomicsToolkit/cactus/issues/677>`__).
-Because of this, it is recommended to run Cactus using Singularity.
-
Cactus uses a lot of RAM. We have tested it on Galaxy using 24 GB of RAM
for a progressive alignment of three chromosome-level, 150 megabase
genomes.

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--- a/job_output/evolverMammals_both.maf Wed Jun 22 00:56:44 2022 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000

b'@@ -1,238809 +0,0 @@\n-##maf version=1 scoring=N/A\n-# hal ((simHuman_chr6:0.144018,(simMouse_chr6:0.084509,simRat_chr6:0.091589)mr:0.271974)Anc1:0.020593,(simCow_chr6:0.18908,simDog_chr6:0.16303)Anc2:0.032898)Anc0;\n-\n-a\n-s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t0\t4\t+\t636262\tTTTT\n-s\tAnc0.Anc0refChr9\t0\t4\t-\t35212\tTCTT\n-s\tAnc1.Anc1refChr0\t0\t4\t+\t16026\tTCTT\n-s\tAnc2.Anc2refChr0\t0\t4\t+\t56053\tTCTT\n-s\tmr.mrrefChr0\t0\t4\t+\t130230\tTTTT\n-s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t0\t4\t+\t602619\tTCTT\n-s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t0\t4\t+\t593897\tTCTT\n-s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t0\t4\t+\t601863\tTCTT\n-s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t0\t4\t+\t647215\tTTTT\n-\n-a\n-s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t4\t33\t+\t636262\tTCAGTTGCAATACCCAACCGGGAGAAACTTTCA\n-s\tAnc0.Anc0refChr9\t4\t33\t-\t35212\tTCTGGTGCAATACCCAATCTGTAGACAGTTTCA\n-s\tAnc1.Anc1refChr0\t4\t33\t+\t16026\tTCTGGTGCAATACCCAATCTGTAGACAGTTTCA\n-s\tAnc2.Anc2refChr0\t4\t33\t+\t56053\tTCTGGTGCACTACCCAATCTGTAGACAGTCTCA\n-s\tmr.mrrefChr0\t5\t33\t+\t130230\tTCAGTTGCAATACCCAACCTGGAGACACTTTCA\n-s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t4\t33\t+\t602619\tTCTGGTGCGCGACCCAATCTGTAGACGGACTTA\n-s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t5\t33\t+\t593897\tTCTGGTGCACTACCCAATCTGTAGACAGTCTCA\n-s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t4\t33\t+\t601863\tTCTGGTGCAATAGCCAATCTGCAAACAGTTTCA\n-s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t5\t31\t+\t647215\t--GGCTGCAATACCCAACCTGAAGACATTTTCA\n-\n-a\n-s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t37\t60\t+\t636262\tGTGAGCACACCTCAGGTTCCTATATCAAGCAGGCAGTCTTGCATAGCAAATGGTCTCTGG\n-s\tAnc0.Anc0refChr9\t39\t43\t-\t35212\tATGAGCACACCTTATGTGACTATATCAAGCA-----------------CATAGTCTTGCA\n-s\tAnc1.Anc1refChr0\t39\t60\t+\t16026\tATGAGCACACCTTATGTGACTATATCAAGCATACAGTCTTGCCTAGCACATAGTCTTGCA\n-s\tAnc2.Anc2refChr0\t39\t43\t+\t56053\tATGAGCACACCTTATGTGACTATATCAAGCA-----------------CATAGTCTTGCA\n-s\tmr.mrrefChr0\t38\t60\t+\t130230\tGTGAGCACACCTCAGGTTCCTATATCAAGCAGACAGTCTTGCATAGCAAATGGTCTCTGA\n-s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t39\t43\t+\t602619\tCTGAGCACACCTTATGTGATTATATCAAGCA-----------------GATAGTCTTGCA\n-s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t40\t41\t+\t593897\tAT--ACAAACCTTATGTGACTATATCAAGCA-----------------CATGGTCTTGCA\n-s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t39\t58\t+\t601863\tATGAGCACACCTTATATGAC--TATCAAGCATACAGTCTTGCCTAGCACACAATCTTGCA\n-s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t36\t60\t+\t647215\tGTGGGCCCACCTCAGGTTCTTATATCAAGCAGACAGTCTTGCGCAACAGATGGTCTCTGA\n-\n-a\n-s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t97\t41\t+\t636262\tTAGACGGTGCACTCAATCTATGTGAGGTATAGAAAATAAAG\n-s\tAnc0.Anc0refChr9\t82\t41\t-\t35212\tTAGATTGTGCAATCACTCTATCTGAGAGTCAGAGACCAAAG\n-s\tAnc1.Anc1refChr0\t99\t41\t+\t16026\tTAGATTGTGCAATCACTCTATCTGAGAGTCAGAGACCAAAG\n-s\tAnc2.Anc2refChr0\t82\t41\t+\t56053\tTAGATTGTGCAATGACTCTATCCAAGAGTCAGAGACCAGAG\n-s\tmr.mrrefChr0\t98\t41\t+\t130230\tTAGACGGTGCACTCAATCTATGTGAGGGATAGAAAACAAAG\n-s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t82\t41\t+\t602619\tTTGATTGTGCAATGACTCTATCCAAGAGTCAAAGACCAGAG\n-s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t81\t41\t+\t593897\tTAGATTGTGCAATGACTCTATCCAAGAGTCAGAGGCTGGAG\n-s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t98\t41\t+\t601863\tTAGATTGTACAATCTCTCGTTCTGGGAGTCAGAGACCAAAG\n-s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t96\t41\t+\t647215\tTAGACAGTGCACTCAATCTATGTGAAGGATAGAAAACAAAG\n-\n-a\n-s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t138\t39\t+\t636262\tGACTACACACATCTCATCAAGTATCCCGTCATATTTGTG\n-s\tAnc0.Anc0refChr9\t127\t37\t-\t35212\tTACT--GCATAGTTCATCGAGTATCCTGGAGTCTTGGTC\n-s\tAnc1.Anc1refChr0\t144\t37\t+\t16026\tTACT--GCATAGTTCATCGAGTATCCTGGAGTCTTGGTC\n-s\tAnc2.Anc2refChr0\t127\t37\t+\t56053\tTACT--GCATAGTTCATTGAGAATCCTGGAGTCTTGGTC\n-s\tmr.mrrefChr0\t139\t37\t+\t130230\tGACT--ACACATCTCATCAAGTATCCTGTCGTATTTGTG\n-s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t126\t36\t+\t602619\tTACG--GCATAGTTTATTG-GAATCCTGGAGTATGGGTC\n-s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t126\t37\t+\t593897\tTATT--ACATAGTTCTCTGAGAATCCTGGAGTCTTTATC\n-s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t143\t37\t+\t601863\tTACT--GTGTGGTTGATCGGGTATCCTGGAGTGTTGGTA\n-s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t137\t37\t+\t647215\tGACT--ACTCATCTCATCAAGTATCCTGTCGTATTTGTG\n-\n-a\n-s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t177\t9\t+\t636262\tGCAAAACAC\n-s\tAnc0.Anc0refChr9\t175\t9\t-\t35212\tGCAAAGCGC\n-s\tAnc1.Anc1refChr0\t192\t9\t+\t16026\tGCAAAGCGC\n-s\tAnc2.Anc2refChr0\t175\t9\t+\t56053\tGCAAAGCGC\n-s\tmr.mrrefChr0\t187\t9\t+\t130230\tGCAAAACAC\n-s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t173\t9\t+\t602619\tGCAAAGCAC\n-s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t174\t9\t+\t593897\tGCAAAGCGC\n-s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t191\t4\t+\t601863\tA'..b'r6\t593734\t7\t+\t593897\tCCATGGA-----------\n-s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t601703\t7\t+\t601863\tCCAGCCA-----------\n-s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t1101\t7\t-\t647215\tTGTGCCA-----------\n-\n-a\n-s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t636055\t35\t+\t636262\tATGAACCACTCAAGAACATTATGAGCGTTATAGGG\n-s\tAnc0.Anc0refChr2\t17835\t35\t+\t17989\tATCAACTGCTCGGGAAGATCATCAGCCTCATATGG\n-s\tAnc1.Anc1refChr1\t69613\t35\t+\t69767\tATCAACTGCTCGGGAAGATCATCAGCCTCATATGG\n-s\tAnc2.Anc2refChr1\t142833\t35\t+\t142988\tATCAACTGCTCGGGAAGATCATCAGTCTCATATGG\n-s\tmr.mrrefChr1\t492\t35\t+\t670\tATGAACCACTCAAGAACATTATGAGCCTTATAGGG\n-s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t602467\t34\t+\t602619\tACCAACTGCTCTGGAAGA-TAGCAGTCTCATTTGG\n-s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t593741\t34\t+\t593897\tATCAACTGCCCGGGAAGACCATCAG-CTTGTATTG\n-s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t601710\t35\t+\t601863\tATCAACTGGTCCTGAAGATCATCAGCCTCATGTGG\n-s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t647041\t35\t+\t647215\tCAGTACCACTCAAGAACATTATGAGCCTTATAAGG\n-\n-a\n-s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t636090\t62\t+\t636262\tACAACATATTATTAACCTCATGGAGACATTGTGGCGACATTGCCAAAGATAGAGATATTGCC\n-s\tAnc0.Anc0refChr2\t17870\t8\t+\t17989\tATAA------------------------------------------------------TGCC\n-s\tAnc1.Anc1refChr1\t69648\t8\t+\t69767\tATAA------------------------------------------------------TGCC\n-s\tAnc2.Anc2refChr1\t142868\t8\t+\t142988\tATAT------------------------------------------------------TGCC\n-s\tmr.mrrefChr1\t527\t33\t+\t670\tACAACATATTATTAACCTCATGGAGAC-----------------------------ATTGCC\n-s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t602502\t8\t+\t602619\tACAG------------------------------------------------------TGCC\n-s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t593775\t8\t+\t593897\tATGT------------------------------------------------------TGCC\n-s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t601745\t8\t+\t601863\tATAA------------------------------------------------------TGCC\n-s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t647076\t33\t+\t647215\tACAACACATTGTTAGCCTCATGGAGAC-----------------------------ATTGCC\n-\n-a\n-s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t636152\t23\t+\t636262\tAAAGATATATTGAATACTGTTAT\n-s\tAnc0.Anc0refChr2\t17878\t21\t+\t17989\tAAAGATG--ATAAGAACTGTTGT\n-s\tAnc1.Anc1refChr1\t69656\t21\t+\t69767\tAAAGATG--ATAAGAACTGTTGT\n-s\tAnc2.Anc2refChr1\t142877\t21\t+\t142988\tAAAGATC--ATAAGAACTGTTGT\n-s\tmr.mrrefChr1\t560\t23\t+\t670\tAAAGATGTATTAAATACTGTTAT\n-s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t602511\t20\t+\t602619\tAA-GATC--TCAAGAACTGTTGT\n-s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t593786\t21\t+\t593897\tAAAATTC--ATAAGAACTGTTGT\n-s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t601753\t21\t+\t601863\tAAAGATG--ATAAGCATTGTTGT\n-s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t647109\t23\t+\t647215\tAAAGATGTATTAAATACTGTTAT\n-\n-a\n-s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t636175\t19\t+\t636262\tCCCATGTTATATTCACAAA\n-s\tAnc0.Anc0refChr2\t17901\t19\t+\t17989\tCCCATGTTATATTTAAAAA\n-s\tAnc1.Anc1refChr1\t69679\t19\t+\t69767\tCCCATGTTATATTTAAAAA\n-s\tAnc2.Anc2refChr1\t142900\t19\t+\t142988\tCCCATGTTATATTTAAGAG\n-s\tmr.mrrefChr1\t583\t19\t+\t670\tCCCATGTTATATTCACAAA\n-s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t602533\t19\t+\t602619\tCCCCTGTTATATTTATGAG\n-s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t593809\t19\t+\t593897\tTCCATGTTAGATTCAAGAG\n-s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t601776\t19\t+\t601863\tCCCATGTTATATGTAAAAA\n-s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t647132\t19\t+\t647215\tCCCATGTTATATTCACAAA\n-\n-a\n-s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t636194\t68\t+\t636262\tCAACTCTCATCCCAACGAATGCTTTGCACACATTAAGACTCACAAATTGAAGACACTGTTGTGAGAAT\n-s\tAnc0.Anc0refChr2\t17921\t68\t+\t17989\tTAACTCTCACCCCAGCAAATGCTTTGTGCATATTGAGACCAACTCATTGAAGACACTGTTATGAGAAT\n-s\tAnc1.Anc1refChr1\t69699\t68\t+\t69767\tTAACTCTCACCCCAGCAAATGCTTTGTGCATATTGAGACCAACTCATTGAAGACACTGTTATGAGAAT\n-s\tAnc2.Anc2refChr1\t142920\t68\t+\t142988\tTAACTCTCACCCCAGCAAATGCTTTGTGTATATTGAGACCAACTCATTGAAGACACTGTTATGAGAAT\n-s\tmr.mrrefChr1\t602\t68\t+\t670\tCAACTCTCATCCCAACAAATGCTTTGTACACATTAAGACTCACAAATTGAAGACACTGTTGTGAGAAT\n-s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t602553\t66\t+\t602619\tAAACCCTCACCCCAGCAAATGCTTTGTGTGC--TGAGACTCACTCATTGAAGACACTGTTATGAAAAT\n-s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t593829\t68\t+\t593897\tTCACTCTCACCCCAGCACATACTTTGTGTATATTGAGACCAACACATTGAAGACACTGCTATGAGAAT\n-s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t601796\t67\t+\t601863\tTAGCTCCCAGCCCAGCAAAAGTTTTGTGCAT-TTGAGACCAGCTCACTGAAGACACCATTATGAGAAT\n-s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t647151\t64\t+\t647215\tCAAC-CTCATCCCAACAAATGCTTTGTACACATTAAGACTTACA---TAAAGACATTGTTGTGAGAAT\n-\n'

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