Repository 'sniplay'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/dereeper/sniplay

Changeset 3:345f88a8f483 (2015-07-10)
Previous changeset 2:feb40a9a8eae (2015-07-10) Next changeset 4:10627af23f10 (2015-12-15)
Commit message:
Uploaded
added:
MDSplot/MDSbasedOnIBSmatrix.pl
MDSplot/MDSbasedOnIBSmatrix.pl.org
MDSplot/mdsplot.sh
MDSplot/mdsplot.xml
MDSplot/test-data/analyse.ibs_matrix.txt
MDSplot/test-data/analyse.log
MDSplot/test-data/analyse.mds_plot.txt
MDSplot/test-data/input.map
MDSplot/test-data/input.ped
PedToFasta/Ped2Fasta.pl
PedToFasta/pedToFasta.xml
PedToFasta/test-data/result.fa
PedToFasta/test-data/sample.ped
Rooting/Rooting.pl
Rooting/Rootings_54.jar
Rooting/rooting.xml
Rooting/test-data/newick
Rooting/test-data/out_tree
Rooting/test-data/out_tree.log
SNP_density/CalculateSlidingWindowsSNPdensitiesFromHapmap.pl
SNP_density/calculateSlidingWindowsSNPdensitiesFromHapMap_wrapper.xml
SNP_density/calculateSlidingWindowsSNPdensitiesFromHapmap.sh
SNP_density/test-data/hapmap
SNP_density/test-data/result.txt
SNP_density/test-data/result_bysample.txt
VCF2Hapmap/VCF2FastaAndHapmap.pl
VCF2Hapmap/vcf2FastaAndHapmap.sh
VCF2Hapmap/vcf2FastaAndHapmap.xml
check_gwas_inputs/CheckGWASInputs.pl
check_gwas_inputs/CheckGWASInputs.sh
check_gwas_inputs/CheckGWASInputs.xml
egglib/CalculateDiversityIndexes.pl
egglib/CalculateDiversityIndexes.sh
egglib/CalculateDiversityIndexes.xml
egglib/egglib-2.1.5/bin/eggstats
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Align.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Arg.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/BaseDiversity.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/ChangeTypes.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/CharMatrix.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Consensus.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Container.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Controller.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Convert.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Current.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/DataMatrix.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Edge.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/EggException.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/FStatistics.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Fasta.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/HFStatistics.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/HaplotypeDiversity.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/LinkageDisequilibrium.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/MicrosatelliteDiversity.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Ms.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Mutation.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Mutator.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/NucleotideDiversity.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/ParamSet.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Population.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Random.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/SitePolymorphism.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Staden.hpp
egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/config.h
egglib/egglib-2.1.5/lib/libegglib-cpp.a
hapmap2mlmm/HapmapToMLMMFiles.pl
hapmap2mlmm/HapmapToMLMMFiles.sh
hapmap2mlmm/HapmapToMLMMFiles.xml
hapmap2mlmm/transpose.awk
ped2bed/ped2bed.sh
ped2bed/ped2bed.xml
tool_dependencies.xml
removed:
Rooting/rooting.xml~
check_gwas_inputs/CheckGWASInputs.xml~
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 MDSplot/MDSbasedOnIBSmatrix.pl
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/MDSplot/MDSbasedOnIBSmatrix.pl Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
@@ -0,0 +1,110 @@
+#!/usr/bin/perl
+
+use strict;
+use Switch;
+use Getopt::Long;
+use Bio::SeqIO;
+
+my $PLINK_EXE= "plink";
+
+my $usage = qq~Usage:$0 <args> [<opts>]
+where <args> are:
+    -i, --in         <input>
+    -o, --out        <output>
+~;
+$usage .= "\n";
+
+my ($in,$out);
+
+
+GetOptions(
+ "in=s"        => \$in,
+ "out=s"       => \$out
+);
+
+die $usage
+  if ( !$in || !$out);
+  
+
+my $plink_command = $PLINK_EXE . " --file $in --noweb --cluster --matrix --mds-plot 2 --out $out >>$in.plink.log 2>&1";
+system($plink_command);
+
+my $awk_cmd = "awk \{\'print \$1\'\} $in.ped";
+my $inds = `$awk_cmd`;
+my @individuals = split("\n",$inds);
+
+my %populations;
+if (-e "$in.individual_info.txt")
+{
+ open(my $I,"$in.individual_info.txt");
+ while(<$I>)
+ {
+ my $line = $_;
+ $line =~s/\n//g;
+ $line =~s/\r//g;
+ my ($ind,$pop) = split(/;/,$line);
+ $populations{$ind} = $pop;
+ }
+ close($I);
+}
+
+open(my $OUT,">$out.mds_plot.txt");
+my $go = 0;
+open(my $O,"$out.mds");
+while(<$O>)
+{
+ if ($go)
+ {
+ my $line = $_;
+ $line =~s/\n//g;
+ $line =~s/\r//g;
+ my @i = split(/\s+/,$line);
+ if ($line =~/^ /)
+ {
+ my $ind = $i[1];
+ my $pop = "Pop1";
+ if ($populations{$ind})
+ {
+ $pop = $populations{$ind};
+ }
+ print $OUT "$pop $ind ".$i[4]." ".$i[5]."\n";
+ }
+ if ($line =~/^\w/)
+ {
+ my $ind = $i[0];
+ my $pop = "Pop1";
+ if ($populations{$ind})
+ {
+ $pop = $populations{$ind};
+ }
+ print $OUT "$pop $ind ".$i[3]." ".$i[4]."\n";
+ }
+
+ }
+ if (/C1/){$go = 1;}
+}
+close($O);
+close($OUT);
+
+
+my $j = 0;
+open(my $IBS,">$out.ibs_matrix.txt");
+print $IBS "Individuals " . join("\t",@individuals)."\n";
+open(my $O2,"$out.mibs");
+while(<$O2>)
+{
+ my $line = $_;
+ $line =~s/\n//g;
+ $line =~s/\r//g;
+ my @i = split(/\s+/,$line);
+ print $IBS $individuals[$j]. " ". join("\t",@i)."\n";
+ $j++;
+}
+close($O2);
+close($IBS);
+
+
+
+
+
+
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 MDSplot/MDSbasedOnIBSmatrix.pl.org
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/MDSplot/MDSbasedOnIBSmatrix.pl.org Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
@@ -0,0 +1,77 @@
+#!/usr/bin/perl
+
+use strict;
+use Switch;
+use Getopt::Long;
+use Bio::SeqIO;
+
+my $PLINK_EXE= "/apps/www/sniplay.cirad.fr/tools/plink/plink-1.07-x86_64/plink";
+
+my $usage = qq~Usage:$0 <args> [<opts>]
+where <args> are:
+    -i, --in         <input>
+    -o, --out        <output>
+~;
+$usage .= "\n";
+
+my ($in,$out);
+
+
+GetOptions(
+ "in=s"        => \$in,
+ "out=s"       => \$out
+);
+
+die $usage
+  if ( !$in || !$out);
+  
+
+my $plink_command = $PLINK_EXE . " --file $in --noweb --cluster --matrix --mds-plot 2 --out $out >>$in.plink.log 2>&1";
+system($plink_command);
+
+my $awk_cmd = "awk \{\'print \$1\'\} $in.ped";
+my $inds = `$awk_cmd`;
+my @individuals = split("\n",$inds);
+
+
+open(my $OUT,">$out.mds_plot.txt");
+my $go = 0;
+open(my $O,"$out.mds");
+while(<$O>)
+{
+ if ($go)
+ {
+ my $line = $_;
+ $line =~s/\n//g;
+ $line =~s/\r//g;
+ my @i = split(/\s+/,$line);
+ my $ind = $i[1];
+ print $OUT "$ind ".$i[4]." ".$i[5]."\n";
+ }
+ if (/C1/){$go = 1;}
+}
+close($O);
+close($OUT);
+
+
+my $j = 0;
+open(my $IBS,">$out.ibs_matrix.txt");
+print $IBS "Individuals " . join("\t",@individuals)."\n";
+open(my $O2,"$out.mibs");
+while(<$O2>)
+{
+ my $line = $_;
+ $line =~s/\n//g;
+ $line =~s/\r//g;
+ my @i = split(/\s+/,$line);
+ print $IBS $individuals[$j]. " ". join("\t",@i)."\n";
+ $j++;
+}
+close($O2);
+close($IBS);
+
+
+
+
+
+
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 MDSplot/mdsplot.sh
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/MDSplot/mdsplot.sh Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,23 @@
+#!/bin/bash
+
+tool_path=$(dirname $0)
+ped=$1
+map=$2
+fileout_label=$3
+fileout_matrix=$4
+fileout_plot=$5
+fileout_log=$6
+
+rsync -a $ped input.ped 
+rsync -a $map input.map
+
+perl $tool_path/MDSbasedOnIBSmatrix.pl --in input --out $fileout_label
+
+rm -f input.ped input.map
+
+cp $fileout_label.ibs_matrix.txt $fileout_matrix
+cp $fileout_label.mds_plot.txt $fileout_plot
+cp input.plink.log $fileout_log
+
+
+rm -f $fileout_label.ibs_matrix.txt $fileout_label.mds_plot.txt input.plink.log
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 MDSplot/mdsplot.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/MDSplot/mdsplot.xml Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
@@ -0,0 +1,232 @@
+<tool id="sniplay_mdsplot" name="MDS plot" version="1.1.1">
+    
+    <!-- [REQUIRED] Tool description displayed after the tool name -->
+    <description> IBS matrix / multi-dimensional scaling</description>
+    
+    <!-- [OPTIONAL] 3rd party tools, binaries, modules... required for the tool to work -->
+    <requirements>
+        <requirement type="binary">perl</requirement>
+ <requirement type="package" version="1.07">plink</requirement>
+    </requirements>
+    
+    <!-- [OPTIONAL] Command to be executed to get the tool's version string -->
+    <version_command>
+<!--
+        tool_binary -v
+-->
+    </version_command>
+    
+    <!-- [REQUIRED] The command to execute -->
+    <command interpreter="bash">
+ mdsplot.sh $fileped $filemap $fileout_label $fileout_matrix $fileout_plot $fileout_log
+    </command>
+   
+    <!-- [REQUIRED] Input files and tool parameters -->
+    <inputs>
+ <param name="fileped" type="data" format="txt" optional="false" label="PED input" />
+ <param name="filemap" type="data" format="txt" optional="false" label="MAP input" help="4 columns tabular file: chromosome, snp id, genetic distance, bp position"/>
+ <param name="fileout_label" type="text" value="analyse" label="Output name" help="Output name for tabular files" />
+    </inputs>
+    
+    <!-- [REQUIRED] Output files -->
+    <outputs>
+ <data name="fileout_matrix" type="data" format="tabular" label="${fileout_label}.ibs_matrix.txt" />
+ <data name="fileout_plot" type="data" format="tabular" label="${fileout_label}.mds_plot.txt" />
+ <data name="fileout_log" type="data" format="txt" label="${fileout_label}.log" />
+    </outputs>
+    
+    <!-- [STRONGLY RECOMMANDED] Exit code rules -->
+    <stdio>
+        <!-- [HELP] If no exit code rule is defined, the tool will stop if anything is written to STDERR -->
+        <exit_code range="1:" level="fatal" />
+    </stdio>
+    
+    <!-- [OPTIONAL] Tests to be run manually by the Galaxy admin -->
+    <tests>
+        <!-- [HELP] Test files have to be in the ~/test-data directory -->
+
+        <test>
+         <param name="fileped" value="input.ped" />
+  <param name="filemap" value="input.map" />
+         <output name="fileout_matrix" file="output.ibs_matrix.txt" />
+  <output name="fileout_plot" file="output.mds_plot.txt" />
+  <output name="fileout_log" file="output.log" />
+        </test>
+
+        <!-- [HELP] Multiple tests can be defined with different parameters -->
+<!--
+        <test>
+        </test>
+-->
+    </tests>
+    
+    <!-- [OPTIONAL] Help displayed in Galaxy -->
+    <help>
+
+
+.. class:: infomark
+
+**Authors** plink_
+
+.. _plink: http://pngu.mgh.harvard.edu/purcell/plink/
+
+  | "PLINK: a toolset for whole-genome association and population-based linkage analysis.", **Purcell S, Neale B, Todd-Brown K, Thomas L, Ferreira MAR, Bender D, Maller J, Sklar P, de Bakker PIW, Daly MJ, Sham PC.**, American Journal of Human Genetics, 81, 2007.
+
+
+.. class:: infomark
+
+**Galaxy integration** Andres Gwendoline, Institut Français de Bioinformatique.
+
+.. class:: infomark
+
+**Support** For any questions about Galaxy integration, please send an e-mail to support.abims@sb-roscoff.fr
+
+.. class:: infomark
+
+**Please cite** "SNiPlay3: a web-based application for exploration and large scale analyses of genomic variations", **Dereeper A. et al.**, Nucl. Acids Res. (1 july 2015) 43 (W1).
+
+---------------------------------------------------
+
+
+
+========
+MDS plot
+========
+
+-----------
+Description
+-----------
+
+  Compute an IBS matrix and a multi-dimensional scaling.
+
+
+-----------------
+Workflow position
+-----------------
+
+**Upstream tool**
+
+=============== ========================== ===============
+Name            output file(s)             format 
+=============== ========================== ===============
+VCFtools Filter PED and MAP file    tabular and MAP
+=============== ========================== ===============
+
+
+
+----------
+Input file
+----------
+
+PED file
+
+MAP file
+ 4 columns tabular file: chromosome, snp id, genetic distance, bp position 
+
+
+----------
+Parameters
+----------
+
+Output name
+        Output base name for the ouput files
+
+
+------------
+Output files
+------------
+
+Output_name.ibs_matrix.txt
+ Tabular file with IBS matrix 
+
+Output_name.mds_plot.txt
+ File to construct mds plot
+
+Output_name.log
+ Log file
+
+------------
+Dependencies
+------------
+plink 
+ version 1.07
+
+---------------------------------------------------
+
+---------------
+Working example
+---------------
+
+Input files
+===========
+
+PED file
+-----------
+
+::
+
+ IRAT112 1 0 0 1 1 1 1 4 4 ...
+ IAC25 1 0 0 1 1 1 1 4 4 ...
+ CIRAD409 1 0 0 1 1 3 3 1 1 ...
+
+
+MAP file
+-----------
+
+::
+
+ Chr1 Chr1:4299 0 4299
+ Chr1 Chr1:26710 0 26710
+ Chr1 Chr1:56184 0 56184
+ Chr1 Chr1:93272 0 93272
+
+
+
+Parameters
+==========
+
+Output name -> densities
+
+
+Output files
+============
+
+densities.ibs_matrix.txt
+------------------------
+
+::
+
+ Individuals IRAT112 IAC25 IAC165 KARASUKARASURANKASU DOURADOPRECOCE ...
+ IRAT112 1 0.93691 0.937407 0.734724 0.943368 ...
+ IAC25 0.93691 1 0.958768 0.723299 0.965723 ...
+
+
+densities.mds_plot.txt
+----------------------
+
+::
+
+ IRAT112 -0.0969382 0.0376036
+ IAC25 -0.0918126 0.0501177
+
+
+
+    </help>
+    <citations>
+        <!-- [HELP] As DOI or BibTex entry -->
+     <citation type="bibtex">@article{Dereeper03062015,
+author = {Dereeper, Alexis and Homa, Felix and Andres, Gwendoline and Sempere, Guilhem and Sarah, Gautier and Hueber, Yann and Dufayard, Jean-François and Ruiz, Manuel}, 
+title = {SNiPlay3: a web-based application for exploration and large scale analyses of genomic variations},
+year = {2015}, 
+doi = {10.1093/nar/gkv351}, 
+abstract ={SNiPlay is a web-based tool for detection, management and analysis of genetic variants including both single nucleotide polymorphisms (SNPs) and InDels. Version 3 now extends functionalities in order to easily manage and exploit SNPs derived from next generation sequencing technologies, such as GBS (genotyping by sequencing), WGRS (whole gre-sequencing) and RNA-Seq technologies. Based on the standard VCF (variant call format) format, the application offers an intuitive interface for filtering and comparing polymorphisms using user-defined sets of individuals and then establishing a reliable genotyping data matrix for further analyses. Namely, in addition to the various scaled-up analyses allowed by the application (genomic annotation of SNP, diversity analysis, haplotype reconstruction and network, linkage disequilibrium), SNiPlay3 proposes new modules for GWAS (genome-wide association studies), population stratification, distance tree analysis and visualization of SNP density. Additionally, we developed a suite of Galaxy wrappers for each step of the SNiPlay3 process, so that the complete pipeline can also be deployed on a Galaxy instance using the Galaxy ToolShed procedure and then be computed as a Galaxy workflow. SNiPlay is accessible at http://sniplay.southgreen.fr.}, 
+URL = {http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/06/03/nar.gkv351.abstract}, 
+eprint = {http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/06/03/nar.gkv351.full.pdf+html}, 
+journal = {Nucleic Acids Research} 
+}
+
+     </citation>
+
+    </citations>
+    
+</tool>
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 MDSplot/test-data/analyse.ibs_matrix.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/MDSplot/test-data/analyse.ibs_matrix.txt Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,94 @@\n+Individuals\tIRAT112\tIAC25\tIAC165\tKARASUKARASURANKASU\tDOURADOPRECOCE\tCUIABANA\tBICOBRANCO\tCAAWA/FORTUNA6\tCANELADEFERRO\tCIRAD358\tCOLOMBIA1\tCIRAD409\tBAGANANASALAO\tBAKUNGH\tFOHISOMOTRA\tKAKANI2\tGUARANI\tDOURADOAGULHA\tIRAT13\tDAWASANRED\tGRAZI\tIRAT144\tIAC47\tMOROBEREKAN\tIRAT362\tGIZA171\tIDSA77\tIRAT216\tIRAT177\tCHAPHUMA\tCIRAD392\tARROZCEBADA\tINDANE\tDINORADO\t63-104\tIR63380-16\tCANAROXA\tCICIHBETON\tIR68704-145-1-1-B\tHAWMOM\tIRAT364\tIRAT212\tKHAODAM\t62667\tIRAT234\tNIPPONBARE_D\tJUMULA2\tCUBA65\tBABER\tCIRAD488\tBENGALYVAKARINA\tESPERANZA\tBULUPANDAK\tARIAS\tGOMPA2\tCT13582-15-5-M\tIRAT335\tM202\tIR65907-188-1-B\tIR71525-19-1-1\tCNA-7_BO_1_1_33-13-6-1\tIRAT257\tIRAT109\tKANIRANGA\tIR66421-096-2-1-1\tGOGO\tGEMJYAJYANAM\tDANGREY\tBINULAWAN\tCAIAPO\tIGUAPECATETO\tIRAT170\tIRAT380\tARAGUAIA\tGOGOLEMPAK\tJAOHAW\tCHALOYOE\tGANIGI\tGUNDILKUNING\tIRAT2\tIRAT366\tIRAT104\tDAVAO\tHD1-4\tCURINCA\tDAM\tCIRAD403\tJUMALI\tJIMBRUKJOLOWORO\tGOGOLEMPUK\tCIRAD394\tIR63372-08\tIR60080-46A\n+IRAT112\t1\t0.93691\t0.937407\t0.734724\t0.943368\t0.819672\t0.903626\t0.850969\t0.842524\t0.802285\t0.717834\t0.836562\t0.804272\t0.832588\t0.81073\t0.614009\t0.946846\t0.943368\t0.944362\t0.688525\t0.807253\t0.712866\t0.929955\t0.782414\t0.902136\t0.692499\t0.817188\t0.796821\t0.943865\t0.697963\t0.790859\t0.787879\t0.704918\t0.833582\t0.917039\t0.769001\t0.938897\t0.682563\t0.814704\t0.707402\t0.859911\t0.787879\t0.709389\t0.945355\t0.883259\t0.703924\t0.697963\t0.843517\t0.725286\t0.725782\t0.84302\t0.876304\t0.69995\t0.74466\t0.651267\t0.836066\t0.958271\t0.651764\t0.755092\t0.859911\t0.861898\t0.905614\t0.892201\t0.739692\t0.828117\t0.80924\t0.650273\t0.644312\t0.860407\t0.853949\t0.922504\t0.944858\t0.81073\t0.908097\t0.756085\t0.674118\t0.744163\t0.785892\t0.698957\t0.944858\t0.80775\t0.857427\t0.838053\t0.931446\t0.831098\t0.721311\t0.798808\t0.592151\t0.739692\t0.757079\t0.767014\t0.781918\t0.899155\n+IAC25\t0.93691\t1\t0.958768\t0.723299\t0.965723\t0.825137\t0.93691\t0.836562\t0.850969\t0.772976\t0.713363\t0.807253\t0.791853\t0.819175\t0.814208\t0.602583\t0.934426\t0.966716\t0.904123\t0.676105\t0.817685\t0.706408\t0.948336\t0.811724\t0.892697\t0.693989\t0.819672\t0.784401\t0.902633\t0.677596\t0.806259\t0.812221\t0.717337\t0.813214\t0.876801\t0.757576\t0.923497\t0.706905\t0.806259\t0.69995\t0.833582\t0.777447\t0.693989\t0.904123\t0.896672\t0.703428\t0.694486\t0.813214\t0.728763\t0.747144\t0.82464\t0.864878\t0.710383\t0.758073\t0.643815\t0.834575\t0.925981\t0.674118\t0.745653\t0.839543\t0.845504\t0.900149\t0.851962\t0.764034\t0.817685\t0.814704\t0.655738\t0.644809\t0.819175\t0.834575\t0.90313\t0.90462\t0.838053\t0.928465\t0.751615\t0.666667\t0.733731\t0.800298\t0.707402\t0.902633\t0.805266\t0.846995\t0.822653\t0.955787\t0.809737\t0.700944\t0.788376\t0.591654\t0.750124\t0.751615\t0.790363\t0.769498\t0.879781\n+IAC165\t0.937407\t0.958768\t1\t0.722802\t0.929459\t0.839543\t0.932439\t0.862891\t0.85544\t0.786388\t0.739692\t0.817685\t0.790363\t0.817685\t0.822653\t0.596125\t0.968703\t0.929459\t0.920517\t0.677596\t0.832091\t0.704918\t0.9846\t0.822156\t0.92002\t0.688525\t0.834078\t0.794834\t0.921013\t0.685047\t0.805763\t0.823646\t0.717834\t0.826627\t0.895181\t0.769995\t0.945852\t0.688525\t0.825633\t0.694486\t0.846001\t0.77993\t0.697466\t0.920517\t0.90611\t0.694983\t0.689021\t0.809737\t0.723299\t0.745653\t0.810233\t0.87233\t0.692002\t0.76155\t0.636364\t0.849975\t0.91853\t0.66766\t0.755092\t0.866865\t0.855936\t0.916542\t0.868356\t0.746647\t0.822156\t0.813214\t0.651267\t0.632389\t0.82464\t0.844014\t0.927471\t0.921013\t0.832588\t0.963736\t0.774963\t0.661202\t0.743169\t0.796821\t0.702931\t0.921013\t0.800795\t0.864382\t0.80924\t0.98609\t0.821162\t0.709389\t0.797814\t0.588177\t0.735718\t0.774963\t0.783905\t0.780924\t0.901143\n+KARASUKARASURANKASU\t0.734724\t0.723299\t0.722802\t1\t0.73075\t0.748137\t0.745653\t0.766518\t0.747144\t0.796324\t0.673125\t0.738202\t0.774466\t0.753105\t0.780924\t0.630899\t0.731247\t0.73075\t0.769498\t0.802782\t0.769498\t0.677099\t0.73224\t0.749627\t0.754098\t0.817685\t0.715847\t0.721311\t0.769001\t0.837059\t0.777943\t0.775956\t0.827124\t0.740189\t0.778937\t0.707402\t0.743169\t0.675609\t0.704421\t0.80775\t0.780427\t0.748137\t0.879285\t0.770492\t0.759066\t0.828117\t0.731744\t0.743169\t0.761053\t0.669151\t0.764531\t0.71237\t0.693989\t0.737705\t0.668157\t0.735718\t0.723795\t0.781918\t0.728266\t0.764531\t0.750621\t0.741679\t0.731247\t0.689'..b'\t0.74764\t0.723795\t0.61997\t0.77546\t0.692002\t0.730253\t0.850969\t0.703428\t0.672628\t0.654247\t0.640835\t0.722305\t0.694983\t0.726279\t0.74615\t0.727769\t0.724292\t0.71535\t0.653751\t0.740189\t0.724292\t0.656731\t0.687531\t0.811227\t0.726279\t0.688525\t0.723795\t0.800795\t0.680079\t0.663189\t0.748137\t0.658718\t0.663189\t0.791356\t0.721311\t0.737705\t0.759563\t0.631396\t0.682067\t0.741679\t0.647789\t0.671634\t0.77844\t0.689021\t0.774466\t0.682563\t0.865872\t0.707899\t0.814208\t0.616493\t0.60457\t0.774963\t0.726776\t0.736711\t0.724292\t0.733234\t0.709389\t0.77993\t0.691008\t0.679583\t0.775956\t0.727769\t0.723299\t0.796821\t0.777943\t0.763537\t0.734724\t0.651267\t0.678589\t0.643815\t0.600099\t1\t0.77993\t0.680576\t0.641828\t0.739195\n+GOGOLEMPUK\t0.757079\t0.751615\t0.774963\t0.710383\t0.756085\t0.791356\t0.783905\t0.780924\t0.771485\t0.801788\t0.63686\t0.69995\t0.750124\t0.79533\t0.835072\t0.597615\t0.789369\t0.756085\t0.782911\t0.727769\t0.801788\t0.685544\t0.787382\t0.852459\t0.776453\t0.693989\t0.669647\t0.673125\t0.782414\t0.71535\t0.717834\t0.79533\t0.730253\t0.754595\t0.77546\t0.685047\t0.790363\t0.748634\t0.706905\t0.729757\t0.795827\t0.765524\t0.725782\t0.783905\t0.815201\t0.697466\t0.689518\t0.729757\t0.73075\t0.693492\t0.795827\t0.715847\t0.777943\t0.738202\t0.645802\t0.72926\t0.762047\t0.643318\t0.674118\t0.813711\t0.751118\t0.782911\t0.733731\t0.840537\t0.772976\t0.789866\t0.73224\t0.718331\t0.780427\t0.743169\t0.761053\t0.783408\t0.722802\t0.749627\t0.998013\t0.734228\t0.721808\t0.838053\t0.785892\t0.783408\t0.808246\t0.853949\t0.759066\t0.787879\t0.660705\t0.728763\t0.675112\t0.577745\t0.77993\t1\t0.677099\t0.675112\t0.791356\n+CIRAD394\t0.767014\t0.790363\t0.783905\t0.761053\t0.778937\t0.725782\t0.783905\t0.742176\t0.750621\t0.693492\t0.725286\t0.755589\t0.71535\t0.742673\t0.705912\t0.677099\t0.764531\t0.778937\t0.803775\t0.700944\t0.727273\t0.718331\t0.781421\t0.717337\t0.811227\t0.834078\t0.755092\t0.759563\t0.803279\t0.692499\t0.865872\t0.736711\t0.685544\t0.76155\t0.813214\t0.787382\t0.784401\t0.674118\t0.73075\t0.680079\t0.723299\t0.794337\t0.706905\t0.804769\t0.793343\t0.838549\t0.783905\t0.729757\t0.722802\t0.748137\t0.752111\t0.770492\t0.676602\t0.714357\t0.733234\t0.783905\t0.742176\t0.79235\t0.745653\t0.735221\t0.813711\t0.766021\t0.764531\t0.699454\t0.790859\t0.761053\t0.690512\t0.685544\t0.738698\t0.789866\t0.76304\t0.804272\t0.824143\t0.758569\t0.676105\t0.69846\t0.723795\t0.693989\t0.680576\t0.803279\t0.655241\t0.752608\t0.728266\t0.781918\t0.745156\t0.702931\t0.763537\t0.645306\t0.680576\t0.677099\t1\t0.773472\t0.781421\n+IR63372-08\t0.781918\t0.769498\t0.780924\t0.735221\t0.76006\t0.712866\t0.778937\t0.796821\t0.74764\t0.697466\t0.868356\t0.944362\t0.747144\t0.729757\t0.717834\t0.605564\t0.781421\t0.761053\t0.834575\t0.707899\t0.728266\t0.642822\t0.77844\t0.702434\t0.835072\t0.700944\t0.945852\t0.981123\t0.835072\t0.700447\t0.763537\t0.741679\t0.710383\t0.74466\t0.836066\t0.93542\t0.798311\t0.619473\t0.846001\t0.698957\t0.757079\t0.721808\t0.720815\t0.835569\t0.773472\t0.71237\t0.683557\t0.742673\t0.707899\t0.690512\t0.719324\t0.769498\t0.61699\t0.697466\t0.634873\t0.85544\t0.759066\t0.690015\t0.963239\t0.767014\t0.849478\t0.757079\t0.798311\t0.660705\t0.837556\t0.750124\t0.663686\t0.672628\t0.745653\t0.764034\t0.753105\t0.835072\t0.760556\t0.79235\t0.674118\t0.687531\t0.711873\t0.691008\t0.627919\t0.835072\t0.670144\t0.746647\t0.72926\t0.77993\t0.938897\t0.709886\t0.981123\t0.592648\t0.641828\t0.675112\t0.773472\t1\t0.812221\n+IR60080-46A\t0.899155\t0.879781\t0.901143\t0.753105\t0.867362\t0.807253\t0.869349\t0.878291\t0.845007\t0.808743\t0.738202\t0.861898\t0.787879\t0.817188\t0.84004\t0.617486\t0.924491\t0.868356\t0.946846\t0.702931\t0.799801\t0.769001\t0.898659\t0.818679\t0.934426\t0.704918\t0.801788\t0.82613\t0.946349\t0.722305\t0.799305\t0.812221\t0.714357\t0.837059\t0.919523\t0.797317\t0.925484\t0.702931\t0.846001\t0.725782\t0.861401\t0.84302\t0.742673\t0.947839\t0.865872\t0.711376\t0.719324\t0.835072\t0.725782\t0.741182\t0.80775\t0.858917\t0.721311\t0.762047\t0.672628\t0.882265\t0.880278\t0.680079\t0.806259\t0.942871\t0.891207\t0.923\t0.903626\t0.743169\t0.832588\t0.813711\t0.674615\t0.66468\t0.842027\t0.871336\t0.87233\t0.947342\t0.812221\t0.871833\t0.790363\t0.718331\t0.743666\t0.798311\t0.722305\t0.947342\t0.79533\t0.910581\t0.837556\t0.901143\t0.785892\t0.726776\t0.828117\t0.603577\t0.739195\t0.791356\t0.781421\t0.812221\t1\n'
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 MDSplot/test-data/analyse.log
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/MDSplot/test-data/analyse.log Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
@@ -0,0 +1,56 @@
+
+@----------------------------------------------------------@
+|        PLINK!       |     v1.07      |   10/Aug/2009     |
+|----------------------------------------------------------|
+|  (C) 2009 Shaun Purcell, GNU General Public License, v2  |
+|----------------------------------------------------------|
+|  For documentation, citation & bug-report instructions:  |
+|        http://pngu.mgh.harvard.edu/purcell/plink/        |
+@----------------------------------------------------------@
+
+Skipping web check... [ --noweb ] 
+Writing this text to log file [ analyse.log ]
+Analysis started: Tue Jan 20 09:30:56 2015
+
+Options in effect:
+ --file input
+ --noweb
+ --cluster
+ --matrix
+ --mds-plot 2
+ --out analyse
+
+2013 (of 2013) markers to be included from [ input.map ]
+93 individuals read from [ input.ped ] 
+93 individuals with nonmissing phenotypes
+Assuming a disease phenotype (1=unaff, 2=aff, 0=miss)
+Missing phenotype value is also -9
+0 cases, 93 controls and 0 missing
+93 males, 0 females, and 0 of unspecified sex
+Before frequency and genotyping pruning, there are 2013 SNPs
+Converting data to SNP-major format
+93 founders and 0 non-founders found
+Total genotyping rate in remaining individuals is 1
+0 SNPs failed missingness test ( GENO > 1 )
+0 SNPs failed frequency test ( MAF < 0 )
+Converting data to Individual-major format
+After frequency and genotyping pruning, there are 2013 SNPs
+After filtering, 0 cases, 93 controls and 0 missing
+After filtering, 93 males, 0 females, and 0 of unspecified sex
+
+ **Warning** this analysis typically requires whole-genome level data
+             to give accurate results 
+
+Clustering individuals based on genome-wide IBS
+Merge distance p-value constraint = 0
+IBS(g) calculation: 0 of 4278          IBS(g) calculation: 100 of 4278          IBS(g) calculation: 200 of 4278          IBS(g) calculation: 300 of 4278          IBS(g) calculation: 400 of 4278          IBS(g) calculation: 500 of 4278          IBS(g) calculation: 600 of 4278          IBS(g) calculation: 700 of 4278          IBS(g) calculation: 800 of 4278          IBS(g) calculation: 900 of 4278          IBS(g) calculation: 1000 of 4278          IBS(g) calculation: 1100 of 4278          IBS(g) calculation: 1200 of 4278          IBS(g) calculation: 1300 of 4278          IBS(g) calculation: 1400 of 4278          IBS(g) calculation: 1500 of 4278          IBS(g) calculation: 1600 of 4278          IBS(g) calculation: 1700 of 4278          IBS(g) calculation: 1800 of 4278          IBS(g) calculation: 1900 of 4278          IBS(g) calculation: 2000 of 4278          IBS(g) calculation: 2100 of 4278          IBS(g) calculation: 2200 of 4278          IBS(g) calculation: 2300 of 4278          IBS(g) calculation: 2400 of 4278          IBS(g) calculation: 2500 of 4278          IBS(g) calculation: 2600 of 4278          IBS(g) calculation: 2700 of 4278          IBS(g) calculation: 2800 of 4278          IBS(g) calculation: 2900 of 4278          IBS(g) calculation: 3000 of 4278          IBS(g) calculation: 3100 of 4278          IBS(g) calculation: 3200 of 4278          IBS(g) calculation: 3300 of 4278          IBS(g) calculation: 3400 of 4278          IBS(g) calculation: 3500 of 4278          IBS(g) calculation: 3600 of 4278          IBS(g) calculation: 3700 of 4278          IBS(g) calculation: 3800 of 4278          IBS(g) calculation: 3900 of 4278          IBS(g) calculation: 4000 of 4278          IBS(g) calculation: 4100 of 4278          IBS(g) calculation: 4200 of 4278          Writing IBS similarity matrix to [ analyse.mibs ]
+Of these, 4278 are pairable based on constraints
+Writing cluster progress to [ analyse.cluster0 ]
+Writing cluster solution (1) [ analyse.cluster1 ]
+Writing cluster solution (2) [ analyse.cluster2 ]
+Writing cluster solution (3) [ analyse.cluster3 ]
+Writing MDS solution to [ analyse.mds ] 
+MDS plot of individuals (not clusters)
+
+Analysis finished: Tue Jan 20 09:30:57 2015
+
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 MDSplot/test-data/analyse.mds_plot.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/MDSplot/test-data/analyse.mds_plot.txt Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,93 @@
+IRAT112 -0.0969382 0.0376036
+IAC25 -0.0918126 0.0501177
+IAC165 -0.104815 0.0453876
+KARASUKARASURANKASU 0.107782 -0.0683546
+DOURADOPRECOCE -0.0831697 0.0516412
+CUIABANA 0.0327877 0.0497752
+BICOBRANCO -0.0554177 0.0501857
+CAAWA/FORTUNA6 -0.052355 0.0170584
+CANELADEFERRO -0.0142283 0.0598394
+CIRAD358 0.0497841 0.0645487
+COLOMBIA1 -0.110347 -0.172742
+CIRAD409 -0.113614 -0.105898
+BAGANANASALAO 0.0247582 0.0186246
+BAKUNGH 0.0199022 0.0613692
+FOHISOMOTRA 0.0344309 0.0697592
+KAKANI2 0.147713 -0.0780455
+GUARANI -0.0892761 0.0387007
+DOURADOAGULHA -0.0831373 0.0514523
+IRAT13 -0.0757215 0.00312413
+DAWASANRED 0.131309 -0.102364
+GRAZI 0.0177091 0.0870472
+IRAT144 0.0146443 0.0067734
+IAC47 -0.0968934 0.0477667
+MOROBEREKAN 0.0395544 0.0952695
+IRAT362 -0.0921075 -0.00860852
+GIZA171 0.14498 -0.0932001
+IDSA77 -0.122827 -0.120219
+IRAT216 -0.120205 -0.136803
+IRAT177 -0.0762395 0.00230332
+CHAPHUMA 0.149543 -0.0680637
+CIRAD392 0.0187265 -0.047646
+ARROZCEBADA 0.0110416 0.0787137
+INDANE 0.108691 -0.0338065
+DINORADO -0.00819237 0.0386578
+63-104 -0.053974 -0.00204494
+IR63380-16 -0.0968028 -0.0931822
+CANAROXA -0.0756689 0.0253328
+CICIHBETON 0.108857 0.142633
+IR68704-145-1-1-B -0.103292 -0.071382
+HAWMOM 0.129651 -0.0473323
+IRAT364 -0.0118523 0.0472973
+IRAT212 0.0231616 -0.00146178
+KHAODAM 0.123936 -0.0654516
+62667 -0.0752552 0.00278556
+IRAT234 -0.0346607 0.0551203
+NIPPONBARE_D 0.133199 -0.0963396
+JUMULA2 0.104558 -0.0524994
+CUBA65 -0.0124835 0.013679
+BABER 0.090299 -0.0460696
+CIRAD488 -0.0201481 -0.0262103
+BENGALYVAKARINA 0.028631 0.0637662
+ESPERANZA -0.108888 -0.00812147
+BULUPANDAK 0.119762 0.143912
+ARIAS 0.0327948 0.0827878
+GOMPA2 0.133341 -0.0543414
+CT13582-15-5-M -0.0922561 -0.0543988
+IRAT335 -0.0886849 0.0522465
+M202 0.13463 -0.106462
+IR65907-188-1-B -0.0755893 -0.136821
+IR71525-19-1-1 -0.0353444 0.0478985
+CNA-7_BO_1_1_33-13-6-1 -0.0823478 -0.0435581
+IRAT257 -0.0606191 0.0564989
+IRAT109 -0.1006 -0.00959445
+KANIRANGA 0.0705459 0.129888
+IR66421-096-2-1-1 -0.00859728 -0.0570793
+GOGO 0.0232414 0.0351889
+GEMJYAJYANAM 0.170032 -0.0857315
+DANGREY 0.175792 -0.113683
+BINULAWAN -0.0208225 0.0611919
+CAIAPO -0.0149329 -0.0122987
+IGUAPECATETO -0.0740464 0.0552386
+IRAT170 -0.0756928 0.00297643
+IRAT380 -0.0210318 -0.00092536
+ARAGUAIA -0.123443 0.0273298
+GOGOLEMPAK 0.0598291 0.107462
+JAOHAW 0.17563 -0.0587865
+CHALOYOE 0.0904761 -0.0565325
+GANIGI 0.0526286 0.0960475
+GUNDILKUNING 0.116788 0.130234
+IRAT2 -0.0762849 0.00262428
+IRAT366 0.0273652 0.13551
+IRAT104 -0.00310702 0.0636479
+DAVAO -0.00538403 0.0564886
+HD1-4 -0.0960109 0.0459137
+CURINCA -0.128876 -0.121141
+DAM 0.129029 -0.0660183
+CIRAD403 -0.117849 -0.134651
+JUMALI 0.123992 -0.0843623
+JIMBRUKJOLOWORO 0.0549906 0.135017
+GOGOLEMPUK 0.0597267 0.10733
+CIRAD394 0.0040454 -0.0885135
+IR63372-08 -0.0951857 -0.140804
+IR60080-46A -0.0732581 0.0197832
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 MDSplot/test-data/input.map
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/MDSplot/test-data/input.map Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,2013 @@\n+Chr1 Chr1:4299 0 4299\n+Chr1 Chr1:26710 0 26710\n+Chr1 Chr1:56184 0 56184\n+Chr1 Chr1:93272 0 93272\n+Chr1 Chr1:93274 0 93274\n+Chr1 Chr1:146252 0 146252\n+Chr1 Chr1:171433 0 171433\n+Chr1 Chr1:186286 0 186286\n+Chr1 Chr1:198907 0 198907\n+Chr1 Chr1:205550 0 205550\n+Chr1 Chr1:206108 0 206108\n+Chr1 Chr1:214680 0 214680\n+Chr1 Chr1:214775 0 214775\n+Chr1 Chr1:215711 0 215711\n+Chr1 Chr1:217307 0 217307\n+Chr1 Chr1:238821 0 238821\n+Chr1 Chr1:240448 0 240448\n+Chr1 Chr1:240579 0 240579\n+Chr1 Chr1:300528 0 300528\n+Chr1 Chr1:312532 0 312532\n+Chr1 Chr1:337330 0 337330\n+Chr1 Chr1:351841 0 351841\n+Chr1 Chr1:353617 0 353617\n+Chr1 Chr1:405193 0 405193\n+Chr1 Chr1:405217 0 405217\n+Chr1 Chr1:409167 0 409167\n+Chr1 Chr1:415515 0 415515\n+Chr1 Chr1:424861 0 424861\n+Chr1 Chr1:425116 0 425116\n+Chr1 Chr1:429660 0 429660\n+Chr1 Chr1:439393 0 439393\n+Chr1 Chr1:456979 0 456979\n+Chr1 Chr1:479030 0 479030\n+Chr1 Chr1:479033 0 479033\n+Chr1 Chr1:525146 0 525146\n+Chr1 Chr1:535685 0 535685\n+Chr1 Chr1:536093 0 536093\n+Chr1 Chr1:572628 0 572628\n+Chr1 Chr1:577906 0 577906\n+Chr1 Chr1:630114 0 630114\n+Chr1 Chr1:653644 0 653644\n+Chr1 Chr1:660019 0 660019\n+Chr1 Chr1:660070 0 660070\n+Chr1 Chr1:715091 0 715091\n+Chr1 Chr1:715130 0 715130\n+Chr1 Chr1:725844 0 725844\n+Chr1 Chr1:735420 0 735420\n+Chr1 Chr1:735757 0 735757\n+Chr1 Chr1:735810 0 735810\n+Chr1 Chr1:746855 0 746855\n+Chr1 Chr1:753267 0 753267\n+Chr1 Chr1:754061 0 754061\n+Chr1 Chr1:769014 0 769014\n+Chr1 Chr1:782878 0 782878\n+Chr1 Chr1:787761 0 787761\n+Chr1 Chr1:789186 0 789186\n+Chr1 Chr1:792359 0 792359\n+Chr1 Chr1:805716 0 805716\n+Chr1 Chr1:841793 0 841793\n+Chr1 Chr1:845425 0 845425\n+Chr1 Chr1:847587 0 847587\n+Chr1 Chr1:853188 0 853188\n+Chr1 Chr1:853218 0 853218\n+Chr1 Chr1:854818 0 854818\n+Chr1 Chr1:855663 0 855663\n+Chr1 Chr1:859613 0 859613\n+Chr1 Chr1:859635 0 859635\n+Chr1 Chr1:917609 0 917609\n+Chr1 Chr1:917933 0 917933\n+Chr1 Chr1:925316 0 925316\n+Chr1 Chr1:930060 0 930060\n+Chr1 Chr1:930069 0 930069\n+Chr1 Chr1:937007 0 937007\n+Chr1 Chr1:937014 0 937014\n+Chr1 Chr1:938444 0 938444\n+Chr1 Chr1:938619 0 938619\n+Chr1 Chr1:961472 0 961472\n+Chr1 Chr1:961537 0 961537\n+Chr1 Chr1:963122 0 963122\n+Chr1 Chr1:963313 0 963313\n+Chr1 Chr1:973080 0 973080\n+Chr1 Chr1:986764 0 986764\n+Chr1 Chr1:1004926 0 1004926\n+Chr1 Chr1:1009979 0 1009979\n+Chr1 Chr1:1011056 0 1011056\n+Chr1 Chr1:1011714 0 1011714\n+Chr1 Chr1:1012017 0 1012017\n+Chr1 Chr1:1012026 0 1012026\n+Chr1 Chr1:1012111 0 1012111\n+Chr1 Chr1:1026043 0 1026043\n+Chr1 Chr1:1083377 0 1083377\n+Chr1 Chr1:1095742 0 1095742\n+Chr1 Chr1:1124378 0 1124378\n+Chr1 Chr1:1125022 0 1125022\n+Chr1 Chr1:1167717 0 1167717\n+Chr1 Chr1:1172746 0 1172746\n+Chr1 Chr1:1173064 0 1173064\n+Chr1 Chr1:1180585 0 1180585\n+Chr1 Chr1:1182388 0 1182388\n+Chr1 Chr1:1184650 0 1184650\n+Chr1 Chr1:1188838 0 1188838\n+Chr1 Chr1:1197390 0 1197390\n+Chr1 Chr1:1197550 0 1197550\n+Chr1 Chr1:1197663 0 1197663\n+Chr1 Chr1:1208561 0 1208561\n+Chr1 Chr1:1229816 0 1229816\n+Chr1 Chr1:1250047 0 1250047\n+Chr1 Chr1:1286631 0 1286631\n+Chr1 Chr1:1303497 0 1303497\n+Chr1 Chr1:1306055 0 1306055\n+Chr1 Chr1:1306058 0 1306058\n+Chr1 Chr1:1306085 0 1306085\n+Chr1 Chr1:1318689 0 1318689\n+Chr1 Chr1:1358972 0 1358972\n+Chr1 Chr1:1359766 0 1359766\n+Chr1 Chr1:1359769 0 1359769\n+Chr1 Chr1:1365854 0 1365854\n+Chr1 Chr1:1404921 0 1404921\n+Chr1 Chr1:1407386 0 1407386\n+Chr1 Chr1:1443131 0 1443131\n+Chr1 Chr1:1446645 0 1446645\n+Chr1 Chr1:1486728 0 1486728\n+Chr1 Chr1:1492913 0 1492913\n+Chr1 Chr1:1496524 0 1496524\n+Chr1 Chr1:1509728 0 1509728\n+Chr1 Chr1:1515087 0 1515087\n+Chr1 Chr1:1546579 0 1546579\n+Chr1 Chr1:1551208 0 1551208\n+Chr1 Chr1:1563026 0 1563026\n+Chr1 Chr1:1563029 0 1563029\n+Chr1 Chr1:1565548 0 1565548\n+Chr1 Chr1:1598133 0 1598133\n+Chr1 Chr1:1627278 0 1627278\n+Chr1 Chr1:1627327 0 1627327\n+Chr1 Chr1:1632085 0 1632085\n+Chr1 Chr1:1655772 0 1655772\n+Chr1 Chr1:1655775 0 1655775\n+Chr1 Chr1:1671697 0 1671697\n+Chr1 Chr1:1685316 0 1685316\n+Chr1 Chr1:1687456 0 1687456\n+Chr1 Chr1:1703238 0 1703238\n+Chr1 Chr1:1703264 0 1703264\n+Chr1 Chr1:1722207 0 1722207\n+Chr1 Chr'..b'+Chr1 Chr1:41945638 0 41945638\n+Chr1 Chr1:41954934 0 41954934\n+Chr1 Chr1:41958052 0 41958052\n+Chr1 Chr1:41961218 0 41961218\n+Chr1 Chr1:41961221 0 41961221\n+Chr1 Chr1:41965592 0 41965592\n+Chr1 Chr1:41965659 0 41965659\n+Chr1 Chr1:41968928 0 41968928\n+Chr1 Chr1:41968936 0 41968936\n+Chr1 Chr1:41970211 0 41970211\n+Chr1 Chr1:41998459 0 41998459\n+Chr1 Chr1:42001355 0 42001355\n+Chr1 Chr1:42047135 0 42047135\n+Chr1 Chr1:42047157 0 42047157\n+Chr1 Chr1:42061862 0 42061862\n+Chr1 Chr1:42063149 0 42063149\n+Chr1 Chr1:42081350 0 42081350\n+Chr1 Chr1:42081405 0 42081405\n+Chr1 Chr1:42088625 0 42088625\n+Chr1 Chr1:42089983 0 42089983\n+Chr1 Chr1:42097607 0 42097607\n+Chr1 Chr1:42106144 0 42106144\n+Chr1 Chr1:42138453 0 42138453\n+Chr1 Chr1:42150639 0 42150639\n+Chr1 Chr1:42155417 0 42155417\n+Chr1 Chr1:42156013 0 42156013\n+Chr1 Chr1:42164107 0 42164107\n+Chr1 Chr1:42165734 0 42165734\n+Chr1 Chr1:42169797 0 42169797\n+Chr1 Chr1:42169819 0 42169819\n+Chr1 Chr1:42187340 0 42187340\n+Chr1 Chr1:42192288 0 42192288\n+Chr1 Chr1:42196386 0 42196386\n+Chr1 Chr1:42227135 0 42227135\n+Chr1 Chr1:42229251 0 42229251\n+Chr1 Chr1:42231379 0 42231379\n+Chr1 Chr1:42242069 0 42242069\n+Chr1 Chr1:42244104 0 42244104\n+Chr1 Chr1:42276315 0 42276315\n+Chr1 Chr1:42301791 0 42301791\n+Chr1 Chr1:42302347 0 42302347\n+Chr1 Chr1:42324275 0 42324275\n+Chr1 Chr1:42332621 0 42332621\n+Chr1 Chr1:42352040 0 42352040\n+Chr1 Chr1:42352085 0 42352085\n+Chr1 Chr1:42352093 0 42352093\n+Chr1 Chr1:42352397 0 42352397\n+Chr1 Chr1:42354188 0 42354188\n+Chr1 Chr1:42354191 0 42354191\n+Chr1 Chr1:42357534 0 42357534\n+Chr1 Chr1:42357591 0 42357591\n+Chr1 Chr1:42367404 0 42367404\n+Chr1 Chr1:42367442 0 42367442\n+Chr1 Chr1:42419046 0 42419046\n+Chr1 Chr1:42419769 0 42419769\n+Chr1 Chr1:42421769 0 42421769\n+Chr1 Chr1:42423110 0 42423110\n+Chr1 Chr1:42427556 0 42427556\n+Chr1 Chr1:42460597 0 42460597\n+Chr1 Chr1:42460615 0 42460615\n+Chr1 Chr1:42469025 0 42469025\n+Chr1 Chr1:42471750 0 42471750\n+Chr1 Chr1:42479925 0 42479925\n+Chr1 Chr1:42487487 0 42487487\n+Chr1 Chr1:42487514 0 42487514\n+Chr1 Chr1:42548763 0 42548763\n+Chr1 Chr1:42583428 0 42583428\n+Chr1 Chr1:42586452 0 42586452\n+Chr1 Chr1:42594255 0 42594255\n+Chr1 Chr1:42596478 0 42596478\n+Chr1 Chr1:42602822 0 42602822\n+Chr1 Chr1:42602885 0 42602885\n+Chr1 Chr1:42610308 0 42610308\n+Chr1 Chr1:42612885 0 42612885\n+Chr1 Chr1:42616231 0 42616231\n+Chr1 Chr1:42620187 0 42620187\n+Chr1 Chr1:42620190 0 42620190\n+Chr1 Chr1:42620878 0 42620878\n+Chr1 Chr1:42620881 0 42620881\n+Chr1 Chr1:42631741 0 42631741\n+Chr1 Chr1:42634538 0 42634538\n+Chr1 Chr1:42664013 0 42664013\n+Chr1 Chr1:42665624 0 42665624\n+Chr1 Chr1:42666354 0 42666354\n+Chr1 Chr1:42669650 0 42669650\n+Chr1 Chr1:42669653 0 42669653\n+Chr1 Chr1:42673304 0 42673304\n+Chr1 Chr1:42674707 0 42674707\n+Chr1 Chr1:42682058 0 42682058\n+Chr1 Chr1:42682061 0 42682061\n+Chr1 Chr1:42690508 0 42690508\n+Chr1 Chr1:42706257 0 42706257\n+Chr1 Chr1:42711112 0 42711112\n+Chr1 Chr1:42762398 0 42762398\n+Chr1 Chr1:42763941 0 42763941\n+Chr1 Chr1:42763944 0 42763944\n+Chr1 Chr1:42766241 0 42766241\n+Chr1 Chr1:42777810 0 42777810\n+Chr1 Chr1:42780446 0 42780446\n+Chr1 Chr1:42825046 0 42825046\n+Chr1 Chr1:42826857 0 42826857\n+Chr1 Chr1:42880271 0 42880271\n+Chr1 Chr1:42916070 0 42916070\n+Chr1 Chr1:42916090 0 42916090\n+Chr1 Chr1:42920553 0 42920553\n+Chr1 Chr1:42928342 0 42928342\n+Chr1 Chr1:42959997 0 42959997\n+Chr1 Chr1:42968423 0 42968423\n+Chr1 Chr1:43046967 0 43046967\n+Chr1 Chr1:43048104 0 43048104\n+Chr1 Chr1:43065469 0 43065469\n+Chr1 Chr1:43068624 0 43068624\n+Chr1 Chr1:43072051 0 43072051\n+Chr1 Chr1:43073361 0 43073361\n+Chr1 Chr1:43079457 0 43079457\n+Chr1 Chr1:43079480 0 43079480\n+Chr1 Chr1:43093204 0 43093204\n+Chr1 Chr1:43100601 0 43100601\n+Chr1 Chr1:43123958 0 43123958\n+Chr1 Chr1:43132577 0 43132577\n+Chr1 Chr1:43141118 0 43141118\n+Chr1 Chr1:43141179 0 43141179\n+Chr1 Chr1:43154143 0 43154143\n+Chr1 Chr1:43158899 0 43158899\n+Chr1 Chr1:43179527 0 43179527\n+Chr1 Chr1:43214669 0 43214669\n+Chr1 Chr1:43229591 0 43229591\n+Chr1 Chr1:43249859 0 43249859\n+Chr1 Chr1:43269458 0 43269458\n'
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 MDSplot/test-data/input.ped
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/MDSplot/test-data/input.ped Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,93 @@\n+IRAT112\t1\t0\t0\t1\t1\t1 1\t4 4\t2 2\t1 1\t4 4\t2 2\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t3 3\t4 4\t2 2\t1 1\t3 3\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t2 2\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t2 2\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t3 3\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t2 2\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t3 3\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t3 3\t4 4\t4 4\t2 2\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t2 2\t2 2\t4 4\t2 2\t1 1\t1 1\t3 3\t3 3\t4 4\t4 4\t3 3\t3 3\t2 2\t1 1\t2 2\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t4 4\t3 3\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t3 3\t4 4\t4 4\t3 3\t4 4\t1 1\t3 3\t3 3\t3 3\t1 1\t2 2\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t3 3\t2 2\t4 4\t4 4\t1 1\t3 3\t2 2\t3 3\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t2 2\t3 3\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t2 2\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t2 2\t3 3\t3 3\t1 1\t3 3\t4 4\t1 1\t3 3\t4 4\t1 1\t4 4\t2 2\t2 2\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t2 2\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t2 2\t2 2\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t3 3\t3 3\t1 1\t4 4\t1 1\t2 2\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t3 3\t4 4\t2 2\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t2 2\t1 1\t2 2\t4 4\t2 2\t3 3\t4 4\t1 1\t4 4\t2 2\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t3 3\t4 4\t4 4\t1 1\t2 2\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t2 2\t4 4\t3 3\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t2 2\t4 4\t1 1\t3 3\t2 2\t2 2\t3 3\t3 3\t1 1\t2 2\t1 1\t3 3\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t2 2\t2 2\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t2 2\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t2 2\t1 1\t2 2\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t3 3\t4 4\t2 2\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t3 3\t1 1\t4 4\t3 3\t2 2\t1 1\t4 4\t4 4\t3 3\t1 1\t2 2\t2 2\t1 1\t3 3\t4 4\t1 1\t1 1\t3 3\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t2 2\t4 4\t4 4\t3 3\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t2 2\t4 4\t2 2\t2 2\t3 3\t4 4\t3 3\t2 2\t1 1\t1 1\t2 2\t1 1\t4 4\t3 3\t2 2\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t2 2\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t3 3\t1 1\t2 2\t1 1\t1 1\t2 2\t1 1\t1 1\t2 2\t1 1\t2 2\t3 3\t4 4\t1 1\t2 2\t1 1\t2 2\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t3 3\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t3 3\t4 4\t3 3\t4 4\t3 3\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t3 3\t4 4\t1 1\t4 4\t3 3\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t3 3\t4 4\t3 3\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t2 2\t4 4\t2 2\t1 1\t3 3\t1 1\t4 4\t1 1\t2 2\t1 1\t3 3\t2 2\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t3 3\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t3 3\t4 4\t4 4\t4 4\t3 3\t4 4\t4 4\t1 1\t2 2\t1 1\t4 4\t4 4\t2 2\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t2 2\t3 3\t2 2\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t3 3\t2 2\t1 1\t3 3\t4 4\t2 2\t2 2\t4 4\t2 2\t2 2\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t3 3\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t3 3\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t3 3\t1 1\t4 4\t3 3\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t2 2\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t2 2\t1 1\t4 4\t3 3\t4 4\t1 1\t3 3\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t3 3\t1 1\t4 4\t1 1\t2 2\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t2 2\t4 4\t1 1\t3 3\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t2 2\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t3 3\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t3 3\t2 2\t2 2\t2 2\t3 3\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t3 3\t4 4\t3 3\t2 2\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t3 3\t4 4\t4 4\t3 3\t4 4\t3 3\t3 3\t3 3\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t2 2\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t3 3\t3 3\t3 3\t4 4\t3 3\t4 4\t4 4\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t3 3\t1 1\t3 3\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t4 4\t4 4\t2 2\t1 1\t4 4\t3 3\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t2 2\t1 1\t3 3\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t2 2\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t3 3\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t3 3\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t3 3\t1 1\t1 1\t4 4\t3 3\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t2 2\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t3 3\t1 1\t2 2\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t2 2\t1 1\t1 1\t2 2\t4 4\t1 1\t3 3\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t3 3\t3 3\t2 2\t3 3\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t3 3\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t2 2\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t2 2\t4 4\t1 1\t3 3\t3 3\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t2 2\t3 3\t1 1\t3 3\t1 1\t4 4\t4 4\t2 2\t4 4\t4 4\t1 1\t3 3\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t3 3'..b' 1\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t3 3\t1 1\t3 3\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t3 3\t2 2\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t2 2\t3 3\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t2 2\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t4 4\t2 2\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t2 2\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t3 3\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t3 3\t2 2\t4 4\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t2 2\t1 1\t4 4\t1 1\t2 2\t4 4\t1 1\t3 3\t1 1\t1 1\t3 3\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t3 3\t3 3\t2 2\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t2 2\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t3 3\t1 1\t3 3\t4 4\t3 3\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t2 2\t4 4\t2 2\t2 2\t1 1\t4 4\t4 4\t2 2\t4 4\t4 4\t4 4\t3 3\t1 1\t3 3\t3 3\t3 3\t4 4\t4 4\t2 2\t1 1\t2 2\t4 4\t1 1\t4 4\t2 2\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t2 2\t1 1\t3 3\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t2 2\t3 3\t4 4\t1 1\t3 3\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t2 2\t1 1\t3 3\t3 3\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t2 2\t4 4\t2 2\t4 4\t1 1\t2 2\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t2 2\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t3 3\t1 1\t4 4\t4 4\t3 3\t3 3\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t2 2\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t3 3\t3 3\t2 2\t1 1\t4 4\t3 3\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t2 2\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t2 2\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t2 2\t3 3\t4 4\t4 4\t1 1\t3 3\t2 2\t2 2\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t2 2\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t2 2\t1 1\t3 3\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t2 2\t4 4\t3 3\t3 3\t1 1\t2 2\t2 2\t4 4\t2 2\t3 3\t1 1\t1 1\t3 3\t3 3\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t3 3\t4 4\t2 2\t4 4\t4 4\t3 3\t2 2\t3 3\t3 3\t4 4\t4 4\t2 2\t2 2\t4 4\t2 2\t4 4\t4 4\t4 4\t2 2\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t3 3\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t3 3\t1 1\t1 1\t3 3\t1 1\t4 4\t3 3\t3 3\t1 1\t4 4\t1 1\t3 3\t3 3\t3 3\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t3 3\t4 4\t4 4\t3 3\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t3 3\t4 4\t4 4\t1 1\t3 3\t4 4\t1 1\t1 1\t2 2\t4 4\t3 3\t2 2\t3 3\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t3 3\t2 2\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t2 2\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t3 3\t1 1\t3 3\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t3 3\t1 1\t3 3\t3 3\t1 1\t3 3\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t4 4\t2 2\t4 4\t2 2\t4 4\t2 2\t1 1\t3 3\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t4 4\t4 4\t2 2\t1 1\t2 2\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t3 3\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t2 2\t3 3\t4 4\t1 1\t4 4\t3 3\t3 3\t3 3\t1 1\t4 4\t3 3\t3 3\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t2 2\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t2 2\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t2 2\t4 4\t4 4\t3 3\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t2 2\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t2 2\t4 4\t1 1\t1 1\t3 3\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t2 2\t4 4\t4 4\t3 3\t1 1\t1 1\t4 4\t2 2\t1 1\t3 3\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t3 3\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t2 2\t3 3\t4 4\t2 2\t4 4\t4 4\t2 2\t1 1\t2 2\t1 1\t2 2\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t3 3\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t2 2\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t3 3\t4 4\t2 2\t1 1\t2 2\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t2 2\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t2 2\t3 3\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t2 2\t4 4\t1 1\t1 1\t2 2\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t4 4\t3 3\t3 3\t4 4\t4 4\t2 2\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t3 3\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t3 3\t4 4\t3 3\t4 4\t4 4\t1 1\t3 3\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t2 2\t4 4\t3 3\t2 2\t4 4\t4 4\t4 4\t4 4\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t3 3\t1 1\t4 4\t1 1\t2 2\t3 3\t2 2\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t3 3\t2 2\t4 4\t2 2\t1 1\t3 3\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t3 3\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t3 3\t4 4\t2 2\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t2 2\t4 4\t4 4\t4 4\t3 3\t1 1\t1 1\t3 3\t1 1\t2 2\t1 1\t3 3\t2 2\t1 1\t2 2\t1 1\t1 1\t1 1\t2 2\t1 1\t4 4\t3 3\t1 1\t3 3\t1 1\t1 1\t3 3\t4 4\t1 1\t3 3\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t2 2\t3 3\t3 3\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t2 2\t1 1\t4 4\t2 2\t2 2\t4 4\t4 4\t1 1\t2 2\t4 4\t3 3\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t3 3\t4 4\t2 2\t1 1\t4 4\t3 3\t1 1\t4 4\t2 2\t1 1\t4 4\t3 3\t1 1\t1 1\t4 4\t2 2\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t3 3\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t2 2\t1 1\t1 1\t1 1\t3 3\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t3 3\t1 1\t1 1\t4 4\t3 3\t1 1\t4 4\t2 2\t4 4\t1 1\t2 2\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t2 2\t4 4\t3 3\t1 1\t2 2\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t3 3\t1 1\t2 2\t3 3\t2 2\t3 3\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t3 3\t4 4\t2 2\t1 1\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t2 2\t4 4\t4 4\t4 4\t4 4\t2 2\t1 1\t3 3\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t3 3\t1 1\t3 3\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t3 3\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t1 1\t1 1\t1 1\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t2 2\t3 3\t3 3\t1 1\t1 1\t2 2\t4 4\t1 1\t1 1\t2 2\t4 4\t3 3\t2 2\t4 4\t4 4\t1 1\t4 4\t4 4\t4 4\t1 1\t1 1\t4 4\n'
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 PedToFasta/Ped2Fasta.pl
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/PedToFasta/Ped2Fasta.pl Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
@@ -0,0 +1,70 @@
+
+#!/usr/bin/perl
+
+use strict;
+use Getopt::Long;
+
+my $usage = qq~Usage:$0 <args> [<opts>]
+
+where <args> are:
+
+    -i, --in           <PED input>
+    -o, --out          <Fasta output>
+~;
+$usage .= "\n";
+
+my ($input,$out);
+
+
+
+GetOptions(
+ "in=s"          => \$input,
+ "out=s"          => \$out,
+);
+
+
+die $usage
+  if ( !$input || !$out);
+  
+
+my %IUPAC =
+(
+ '00'=> "?",
+ 'AA'=> "A",
+ 'CC'=> "C",
+ 'GG'=> "G",
+ 'TT'=> "T",
+        'AG'=> "R",
+        'GA'=> "R",
+        'CT'=> "Y",
+        'TC'=> "Y",
+        'TG'=> "K",
+        'GT'=> "K",
+        'CG'=> "S",
+        'GC'=> "S",
+        'AT'=> "W",
+        'TA'=> "W",
+        'AC'=> "M",
+        'CA'=> "M",
+);
+
+open(my $O,">$out");
+open(my $P,$input) or die "File does not exist";
+while(<$P>)
+{
+ my $line = $_;
+ $line =~s/\r//g;
+ $line =~s/\n//g;
+ my @infos = split("\t",$_);
+ my $ind = $infos[0];
+ print $O ">$ind\n";
+ for (my $i = 6; $i <= $#infos; $i= $i+2)
+ {
+ my $code = $infos[$i].$infos[$i+1];
+ my $letter = $IUPAC{$code};
+ print $O $letter;
+ }
+ print $O "\n";
+}
+close($P);
+close($O);
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 PedToFasta/pedToFasta.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/PedToFasta/pedToFasta.xml Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
@@ -0,0 +1,171 @@
+<tool id="sniplay_pedToFasta" name="Ped2Fasta" version="1.0.0">
+    
+    <!-- [REQUIRED] Tool description displayed after the tool name -->
+    <description> Convert PED file to Fasta File </description>
+    
+    <!-- [OPTIONAL] 3rd party tools, binaries, modules... required for the tool to work -->
+    <requirements>
+        <requirement type="binary">perl</requirement>
+    </requirements>
+    
+    <!-- [OPTIONAL] Command to be executed to get the tool's version string -->
+    <version_command>
+<!--
+        tool_binary -v
+-->
+    </version_command>
+    
+    <!-- [REQUIRED] The command to execute -->
+    <command interpreter="perl">
+ Ped2Fasta.pl --in $filein --out $fileout 
+    </command>
+     
+    <!-- [REQUIRED] Input files and tool parameters -->
+    <inputs>
+ <param name="filein" type="data" format="txt" optional="false" label="PED input" />
+ <param name="fileout_label" type="text" value="filtered" optional="false" label="Output file name"/>
+    </inputs>
+    
+    <!-- [REQUIRED] Output files -->
+    <outputs>
+ <data name="fileout" type="data" format="fasta" label="${fileout_label}.fa" />
+    </outputs>
+    
+    <!-- [STRONGLY RECOMMANDED] Exit code rules -->
+    <stdio>
+        <!-- [HELP] If no exit code rule is defined, the tool will stop if anything is written to STDERR -->
+        <exit_code range="1:" level="fatal" />
+    </stdio>
+    
+    <!-- [OPTIONAL] Tests to be run manually by the Galaxy admin -->
+    <tests>
+        <!-- [HELP] Test files have to be in the ~/test-data directory -->
+        <test>
+         <param name="filein" value="sample.ped" />
+         <output name="fileout" file="result.fa" />
+        </test>
+    </tests>
+    
+    <!-- [OPTIONAL] Help displayed in Galaxy -->
+    <help>
+
+.. class:: infomark
+
+**Authors** Dereeper Alexis (alexis.dereeper@ird.fr), IRD, South Green platform
+
+ | **Please cite** "SNiPlay3: a web-based application for exploration and large scale analyses of genomic variations", **Dereeper A. et al.**, Nucl. Acids Res. (1 july 2015) 43 (W1).
+
+.. class:: infomark
+
+**Galaxy integration** Andres Gwendoline, Institut Français de Bioinformatique. 
+
+.. class:: infomark
+
+**Support** For any questions, please send an e-mail to support.abims@sb-roscoff.fr 
+
+---------------------------------------------------
+
+=========
+Ped2Fasta
+=========
+
+-----------
+Description
+-----------
+
+  Convert PED file to Fasta File
+
+-----------------
+Workflow position
+-----------------
+
+**Upstream tool**
+
+=============== ========================== =======
+Name            output file(s)             format 
+=============== ========================== =======
+VCFtools Filter VCF file        VCF
+=============== ========================== =======
+
+
+**Downstream tool**
+
+=========== ========================== =======
+Name            input file(s)          format
+=========== ========================== =======
+Readseq     Fasta alignment        fasta
+=========== ========================== =======
+
+
+----------
+Input file
+----------
+
+PED file
+ PED file usually from VCF tools
+
+----------
+Parameters
+----------
+
+Output file name
+ Prefix for the output fasta file
+
+------------
+Output files
+------------
+
+Fasta file
+ PED file conversion 
+
+---------------------------------------------------
+
+---------------
+Working example
+---------------
+
+Input files
+===========
+
+PED file
+---------
+
+::
+
+ CATB1   CATB1   0       0       0       0       C       T       T       A       C       T       A       T       A       T       A       G       G       A
+
+Parameters
+==========
+
+Output name -> pedFile
+
+Output files
+============
+
+pedFile.fa
+----------
+
+::
+
+        YWYWWRRSYYMKRRKMYRKSRKYRYRYKRKRSKKSYRWYSYRRYRRRWYWWYYWRRYRSRWSSRMYRRKSWMSKWRRYYWMYKYWRSYRWRYMWYYYMKYKYWRYRYRY
+
+
+    </help>
+
+    <citations>
+        <!-- [HELP] As DOI or BibTex entry -->
+     <citation type="bibtex">@article{Dereeper03062015,
+author = {Dereeper, Alexis and Homa, Felix and Andres, Gwendoline and Sempere, Guilhem and Sarah, Gautier and Hueber, Yann and Dufayard, Jean-François and Ruiz, Manuel}, 
+title = {SNiPlay3: a web-based application for exploration and large scale analyses of genomic variations},
+year = {2015}, 
+doi = {10.1093/nar/gkv351}, 
+abstract ={SNiPlay is a web-based tool for detection, management and analysis of genetic variants including both single nucleotide polymorphisms (SNPs) and InDels. Version 3 now extends functionalities in order to easily manage and exploit SNPs derived from next generation sequencing technologies, such as GBS (genotyping by sequencing), WGRS (whole gre-sequencing) and RNA-Seq technologies. Based on the standard VCF (variant call format) format, the application offers an intuitive interface for filtering and comparing polymorphisms using user-defined sets of individuals and then establishing a reliable genotyping data matrix for further analyses. Namely, in addition to the various scaled-up analyses allowed by the application (genomic annotation of SNP, diversity analysis, haplotype reconstruction and network, linkage disequilibrium), SNiPlay3 proposes new modules for GWAS (genome-wide association studies), population stratification, distance tree analysis and visualization of SNP density. Additionally, we developed a suite of Galaxy wrappers for each step of the SNiPlay3 process, so that the complete pipeline can also be deployed on a Galaxy instance using the Galaxy ToolShed procedure and then be computed as a Galaxy workflow. SNiPlay is accessible at http://sniplay.southgreen.fr.}, 
+URL = {http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/06/03/nar.gkv351.abstract}, 
+eprint = {http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/06/03/nar.gkv351.full.pdf+html}, 
+journal = {Nucleic Acids Research} 
+}
+
+     </citation>
+
+    </citations>
+</tool>
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 PedToFasta/test-data/result.fa
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/PedToFasta/test-data/result.fa Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,2 @@
+>CATB1
+YWYWWRRSYYMKRRKMYRKSRKYRYRYKRKRSKKSYRWYSYRRYRRRWYWWYYWRRYRSRWSSRMYRRKSWMSKWRRYYWMYKYWRSYRWRYMWYYYMKYKYWRYRYRYYKKYWRMMWKYYSYYWRYSKRWRSRRRYYWYYYKYYKYRMKKRYYRKYKKWWKRYWRMYRSWYWYYWRRRRRYRSRKRWKWRKKYYYKMKYYYSWSSYRRKRMSKMKRRKRWRRRRYWRKKYWRKRYWWWKMRRRYRYYWWRYYRKKWYYRRWYYRKYSRRYWRYWSWYYWWKYYKYWYRMRYRYYRRWYYYSRYRRKRRYMMSSRRYYYSRMWRRRRSWRYYMYYRYWYRRSSYYMYRKKRKYWKRRYYRYRMMWYWRYSSWYYYRYWWWWWRYRRYRYWWMMYRYYYRSYYRRRRRYYYRYYRRKKMYMRRRRSYKYRRRYWYRRYWRYSYYRYRRYSRMMKRKYYYMMRWYKWYMRYRSWRYRYMYMMRRYSRYRRRSRRSRRMKRKYYYRRYMYYRYRRKYRRRRRYYRYYWYYSRRMKRYYYSYRRYYWRMYSRYYYMMRRYYRWKMWWWYRRWYYYSWRRYRYRYRRRYRYRYRYYYYRRRWMYKMWRRYYYYRMYSSRRRWYRWRRRWYRWYRKWYYMKRYRMYRYMRRYRYYYYYRMRRWYYRSYYSYRYYYYSWKYMRYYYYYYYRRKWYYMYRYMWYYYSYYMWYMWSYWWWYRYYYSYRYMMRRRYKYRWRYYRRRKYYYKRYYRYYMYRMRYYYKWYWWYYKYRYWWRYRMSSYYYYYKYRYRRYYRYYRYRKRYYKYYYWYRYRRYYYRMYYRRRYWRRKRYYYYRRRYRYYKYYRRRRWYKWRRRMYWRYRRSWSSYYYYRYYYYYSRYYMRRYSRWMYRYYYRRYRYWYYYMWWRRYMRYYYRRMYRRSKRRYYSRYKRRRMRWYYMWYYMRWYYWWYYYKSYKYYYYYYYWYYSRWSYYYYRRYSRMYYYRRYSWYYYYWRYYSRYYKRRYYYMWYYYRWWYKYMYRRRMYYSRKYMMYYRRRWRYRRRMYKYRKRYRYRSYYRYSRMYWWWWWWYKYRSYYWKMRWWYWSMMSMRKYRSWWMKWYYYWKRRKRWRWYWWWYSYRSYYYYYRRWMMRWYRYYWYKRMWRYRYYRRWWRYMYYYRYYYMRYYYRRYRWRYRYWWKWMRWRYYRRRYWSYWRSRYWYSRYKRRYRRKRYRYWSWWYRWRRRKYKYRYYWYKKRYYYRRYYYYYRKRYKYMYYRWYKRWMYRRKYRRRYRYRWYSYRYKYMSYYRWRMWKSRSYYRWSRRRRYSMSRRWKRRRYYYRRYWWYYRRYMYMRRYWWRYYYRMRKKYKWMYYRMYYKMWMYRWRKYRSRMKSYRSYYRWMMSSKRYMYKYRWRRRRRYYSRKYRYYYYRYRRKRYYYWYYWYYWRYRKMRKRRYRYWWMMRRRYYYYWSWSRMWWYRWYSYYWRYYRRYRRYYRRRWYSSRYRYYSRRKWYSMYSSKYYRMRRRYWMRYRKRRRRKYYWSYRYYYYRRMRRYWRRRRYSYRYYRRWSRMSRYSRWYRSRYRKKWYRYYWRWRRYMKRKRKKRKYMMKYRMRRRYRRYYRMWWRRRYYWWYRKRYYYRYYYYYRYYWRRYYMYSSWRRKYRRYYRRKYSMWMWRYRMRRYRMYRRWRWRKRYSKYSSRYSRYYMRRRRWKYRSRRKKYRRMMYRMRWRRRKRWRRYYKWYRKRRRMKRRSYYWSRKRRRMYWWWWKRYRRYYMWMYRRYRRMYYSWYMMYRYSKWWRYWYRWYWWYRRYRSSMYKMSYRSRRYYYYMKWWMKSRMRYRSRYMRRRYWRYMKYRYSWWMSKYYSWYRYRRRMYYWSRWWYYRYMSSYYYRYYWYYMRYSMWRYRYYRKRRRRMRYRRWYSYYWYYMWYRYYRWRYYYSRRYRRRMMMRSYKRWWKRYYRRKYRYWRRRYWRRRYMYYYWYWYYWRRRYRYRSRWMRRRWYYYKWYRRYSRKMRRRRSKYMWKRYMKKRSMKYYRRRRKRYRKYRYMYYYYRRRMKKMRWYYKWYMWYSWWRYRKYKWWRKYRRYMYRWRYWWRYWMRRRRRRRKRSYMKYRRKRKWRYYWKSSYYWYMSYSYRWRRRMRWMRWSWYSRYYYWWRRYRSWWSKSRYYYYYYMYRYSRWSWYYYMYWYRRYWRYYYWSYRYYRKWRYYRYRWKYMSYRRRKRRWYYWKSKSYMSRRYYYYYYYYRYRWSWMYWRKYMRWYRKYRRMMYYRMYMWYKWYYRWRRRYRYYRYYYRYSYYWWYYYRYRRRSRRYRMYMKYKYRYSYKYWRWRRYSYRWKRYYWRYYYYKYMWYMWRYMWSRKRWYRMRYYRYKRSRRRWRMRRKYRYRYRYRRYRKYYRRYRRMSKRKRWKRWMYMYKRWRSRYYYKRWYRRRKRYRRYWWKYYYRMRYRRMRWSYSYWWRYMWYKRKSYRMYWKSKSRWYYYRRRSRYRYKRYWWWRMWYYSYRRYKYYYSWYKRMYRKRRRYYWSKYSKYYMYYYYKRKYYYSSRRRYRSWYRYRKMSYRRWMRSYKRYKKWYYYYMKRYWYYRYRRMRSMMYSMKYYYSRKYRYMYSRKYKYYYKRKYWYKYYYRYRRKYWRRRYYSRYRWWRRRWYMRWRRRRRYSRWKYRMWYYYRYRYRRRRRYRRRYYYYWYYRRYYYRMKYYYWWMWRRRRYRYRRRWMKRRYWKKRYRYMYMYYRYYWRYRRWRWRMYYSRWRYRYYRMKRMWSRRKRRYYRYRKWWMSYRRRRSWKYSMKYWRSYSYSSYRKRRKSYYYRWRYWYYRYRRRYYYRYRYRRYRWWYYRYRSYRRYRMRKYSYWYMWYRYYRYYYSWYYRMRKRYSYWYRWYRYRYRYYYYRRMYRYWYYYYRYRSMRYKRYRYKMYYYYYRSWSMRRYRSWYYWWYYWYRYRRYSRRYYRYKYRYRYYYRRRSYKRMYRMYWWSRWYYMYKYRRMYWRKYRYRRYYRKRYYWYYWYRRRRSRYSYYRYYRWYRRWKRRYRWSYRRYYRYYRYRRRYRKMYWYMSRYRYYWSWKRWYYMSMRWRRYKYYYRYRKWYYRRKYRRMWMWYRSKKKKYRSKWWMYYSMYRRMWRKMKRYYRRKMRKKYYWRKWKYYRRRRMYRWRRWKSRKKYMRWYRSRRKYKSWRSRRRYKYWYWYYMYRYYRRYSRRRYRYKWRRYYKMWWKYYWMRMYRRRYSYYRWMYYRYSSYYYRSRWWRSKRYRRMKYWRRSRRYYSRYRYYRYRYMSYRRYMRYRYYRMRWYRYMWKWRYKYRRKRRKSYYMRRYYYYYYMYRRRRKYYKRRWYYWMRYYRRRYYYKRYYRYYRYMKRRYRYWWYRRRRYRYYSWMMWYWMYWSYYRWWWYRRRRYWYKSKRYSSYYYWRRRMMRSYYKYRKYYMYKRYYYKRYSMYYWYRSWRRWRYKRYRYYYRYRKYYYRYKYYYYRSYKWYMWSMRRYRMKRMRYSRYSRYYYRMYKRRRWRYYRRRRYYWYYWRRKWKKRYRWRWYSMYRRSMRWWWSMRMSRKYWRRYYYWYRYSYRMWMRSWRYKKRRWSSYYYYYRYYYMYYYYMRYKYYRWYYYRYYYYYYRMYYYRRRYYYYRRYKWRYRRRYWWYKMRKSYYYYYRYWRRRRKSYSYM
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 PedToFasta/test-data/sample.ped
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/PedToFasta/test-data/sample.ped Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,1 @@\n+CATB1\tCATB1\t0\t0\t0\t0\tC\tT\tT\tA\tC\tT\tA\tT\tA\tT\tA\tG\tG\tA\tC\tG\tC\tT\tT\tC\tA\tC\tT\tG\tA\tG\tA\tG\tT\tG\tA\tC\tC\tT\tA\tG\tT\tG\tC\tG\tA\tG\tT\tG\tT\tC\tA\tG\tC\tT\tG\tA\tT\tC\tG\tT\tG\tA\tG\tT\tG\tA\tG\tC\tT\tG\tT\tG\tC\tG\tC\tT\tA\tG\tA\tT\tC\tT\tG\tC\tT\tC\tG\tA\tA\tG\tC\tT\tG\tA\tA\tG\tG\tA\tA\tT\tT\tC\tA\tT\tA\tT\tC\tT\tC\tT\tA\tT\tA\tG\tG\tA\tC\tT\tA\tG\tG\tC\tA\tG\tA\tT\tG\tC\tC\tG\tG\tA\tC\tA\tT\tC\tA\tG\tA\tG\tT\tG\tG\tC\tA\tT\tA\tC\tG\tC\tG\tT\tA\tT\tG\tA\tG\tA\tC\tT\tC\tT\tA\tT\tC\tA\tC\tT\tT\tG\tT\tC\tA\tT\tG\tA\tC\tG\tT\tC\tG\tA\tT\tA\tA\tG\tC\tT\tC\tA\tT\tA\tC\tT\tC\tT\tT\tC\tA\tC\tG\tT\tC\tT\tT\tG\tC\tT\tA\tT\tA\tG\tC\tT\tA\tG\tC\tT\tA\tG\tC\tT\tT\tC\tT\tG\tG\tT\tC\tT\tT\tA\tA\tG\tC\tA\tA\tC\tA\tT\tT\tG\tC\tT\tC\tT\tC\tG\tC\tT\tT\tC\tT\tA\tA\tG\tT\tC\tC\tG\tT\tG\tA\tG\tA\tT\tG\tA\tG\tC\tA\tG\tA\tG\tG\tA\tC\tT\tT\tC\tT\tA\tC\tT\tT\tC\tT\tC\tT\tG\tT\tC\tT\tC\tG\tT\tT\tC\tA\tG\tA\tC\tT\tG\tG\tT\tG\tA\tC\tT\tC\tT\tA\tG\tT\tG\tT\tC\tT\tG\tT\tG\tA\tT\tT\tA\tT\tG\tG\tA\tC\tT\tT\tA\tA\tG\tC\tA\tT\tC\tG\tA\tC\tG\tA\tT\tC\tT\tT\tA\tT\tC\tT\tC\tT\tA\tG\tA\tA\tG\tA\tG\tA\tG\tA\tG\tT\tC\tG\tA\tG\tC\tA\tG\tG\tT\tG\tA\tA\tT\tT\tG\tA\tT\tA\tG\tG\tT\tT\tG\tC\tT\tT\tC\tT\tC\tG\tT\tA\tC\tG\tT\tC\tT\tT\tC\tT\tC\tG\tC\tT\tA\tC\tG\tC\tG\tC\tT\tA\tG\tG\tA\tT\tG\tG\tA\tA\tC\tC\tG\tG\tT\tA\tC\tT\tG\tA\tG\tG\tA\tG\tT\tA\tG\tA\tT\tG\tA\tG\tA\tA\tG\tG\tA\tT\tC\tA\tT\tA\tG\tG\tT\tT\tG\tC\tT\tT\tA\tA\tG\tT\tG\tG\tA\tT\tC\tT\tA\tA\tT\tT\tA\tG\tT\tA\tC\tG\tA\tG\tA\tA\tG\tC\tT\tA\tG\tC\tT\tT\tC\tT\tA\tA\tT\tA\tG\tT\tC\tT\tC\tA\tG\tT\tG\tG\tT\tT\tA\tT\tC\tT\tC\tA\tG\tG\tA\tT\tA\tT\tC\tT\tC\tA\tG\tT\tG\tC\tT\tC\tG\tA\tG\tG\tA\tC\tT\tA\tT\tA\tG\tT\tC\tA\tT\tG\tC\tA\tT\tT\tC\tC\tT\tA\tT\tA\tT\tG\tT\tT\tC\tT\tC\tG\tT\tT\tC\tA\tT\tT\tC\tG\tA\tC\tA\tA\tG\tC\tT\tA\tG\tT\tC\tC\tT\tA\tG\tA\tG\tA\tT\tC\tT\tC\tT\tT\tC\tG\tC\tG\tA\tC\tT\tA\tG\tG\tA\tT\tG\tA\tG\tG\tA\tC\tT\tA\tC\tC\tA\tG\tC\tC\tG\tG\tA\tA\tG\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tC\tG\tA\tG\tA\tC\tA\tT\tG\tA\tG\tA\tA\tG\tA\tG\tG\tC\tA\tT\tG\tA\tC\tT\tT\tC\tC\tA\tC\tT\tT\tC\tA\tG\tT\tC\tA\tT\tC\tT\tG\tA\tG\tA\tG\tC\tC\tG\tC\tT\tC\tT\tA\tC\tT\tC\tA\tG\tT\tG\tG\tT\tA\tG\tT\tG\tC\tT\tT\tA\tG\tT\tA\tG\tG\tA\tC\tT\tT\tC\tG\tA\tT\tC\tA\tG\tC\tA\tA\tC\tA\tT\tT\tC\tT\tA\tG\tA\tT\tC\tG\tC\tG\tC\tT\tA\tC\tT\tT\tC\tT\tC\tA\tG\tT\tC\tA\tT\tA\tT\tT\tA\tA\tT\tT\tA\tG\tA\tT\tC\tG\tA\tA\tG\tT\tC\tG\tA\tC\tT\tA\tT\tA\tT\tA\tC\tA\tC\tC\tT\tA\tG\tT\tC\tT\tC\tT\tC\tA\tG\tC\tG\tC\tT\tC\tT\tG\tA\tG\tA\tG\tA\tG\tA\tG\tA\tC\tT\tT\tC\tC\tT\tA\tG\tC\tT\tT\tC\tA\tG\tA\tG\tG\tT\tG\tT\tC\tA\tC\tT\tC\tA\tG\tA\tG\tA\tG\tA\tA\tG\tC\tG\tT\tC\tT\tG\tT\tC\tG\tA\tA\tG\tG\tA\tT\tC\tT\tA\tT\tC\tA\tG\tG\tA\tT\tC\tT\tA\tA\tG\tC\tT\tG\tC\tC\tT\tC\tT\tG\tA\tT\tC\tG\tA\tG\tA\tC\tT\tG\tC\tA\tG\tA\tC\tA\tC\tG\tT\tG\tA\tG\tT\tT\tC\tT\tC\tT\tC\tC\tA\tC\tA\tG\tA\tA\tT\tC\tT\tT\tG\tT\tA\tT\tC\tA\tC\tA\tG\tT\tC\tG\tA\tC\tG\tA\tT\tA\tG\tT\tC\tA\tG\tT\tC\tA\tC\tC\tT\tC\tA\tA\tC\tG\tA\tA\tG\tT\tC\tG\tC\tG\tA\tC\tT\tG\tA\tG\tA\tA\tG\tG\tC\tA\tG\tA\tG\tG\tC\tA\tG\tA\tG\tA\tC\tG\tT\tG\tA\tG\tT\tC\tT\tC\tT\tT\tC\tG\tA\tA\tG\tC\tT\tA\tC\tC\tT\tC\tT\tA\tG\tC\tT\tG\tA\tG\tA\tG\tT\tC\tT\tG\tA\tG\tA\tG\tA\tG\tA\tG\tA\tC\tT\tT\tC\tG\tA\tC\tT\tT\tC\tA\tT\tC\tT\tT\tC\tG\tC\tG\tA\tG\tA\tA\tC\tG\tT\tG\tA\tC\tT\tC\tT\tT\tC\tC\tG\tT\tC\tG\tA\tA\tG\tT\tC\tT\tC\tA\tT\tG\tA\tC\tA\tT\tC\tG\tC\tG\tA\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tC\tA\tC\tA\tG\tA\tG\tA\tC\tT\tC\tT\tG\tA\tT\tA\tT\tG\tA\tC\tA\tT\tT\tA\tA\tT\tC\tT\tA\tG\tG\tA\tT\tA\tC\tT\tT\tC\tT\tC\tC\tG\tT\tA\tG\tA\tG\tA\tT\tC\tA\tG\tT\tC\tG\tA\tC\tT\tA\tG\tA\tG\tG\tA\tT\tC\tG\tA\tT\tC\tA\tG\tC\tT\tG\tA\tT\tC\tC\tT\tC\tT\tT\tC\tG\tA\tA\tG\tG\tA\tA\tT\tC\tA\tT\tC\tT\tG\tC\tA\tA\tT\tA\tG\tG\tA\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tG\tA\tC\tA\tT\tC\tC\tG\tG\tC\tA\tG\tG\tA\tG\tA\tT\tA\tC\tT\tG\tA\tT\tA\tA\tG\tG\tA\tA\tG\tA\tT\tT\tC\tA\tG\tA\tT\tT\tC\tA\tG\tT\tG\tA\tT\tC\tT\tC\tT\tC\tA\tG\tT\tG\tA\tC\tT\tG\tA\tC\tA\tC\tT\tG\tA\tC\tT\tC\tA\tG\tA\tG\tA\tC\tT\tA\tG\tT\tC\tT\tC\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tG\tA\tA\tC\tA\tG\tA\tG\tA\tT\tC\tT\tC\tT\tG\tA\tG\tC\tC\tT\tT\tC\tC\tG\tT\tC\tA\tG\tT\tC\tC\tT\tT\tC\tC\tT\tG\tC\tA\tT\tG\tT\tC\tT\tA\tC\tA\tG\tC\tT\tT\tC\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tT\tC\tC\tT\tG\tA\tG\tA\tG\tT\tA\tT\tC\tT\tT\tC\tC\tA\tC\tT\tG\tA\tC\tT\tC\tA\tT\tA\tC\tT\tC\tT\tT\tC\tC\tG\tC\tT\tT\tC\tA\tC\tT\tA\tC\tT\tA\tC\tA\tT\tC\tG\tT\tC\tT\tA\tA\tT\tT\tA\tT\tC\tG\tA\tC\tT\tC\tT\tT\tC\tC\tG\tT\tC\tG\tA\tC\tT\tA\tC\tC\tA\tG\tA\tG\tA\tG\tA\tT\tC\tT\tG\tT\tC\tA\tG\tA\tT\tG\tA\tT\tC\tC\tT\tG\tA\tA\tG\tA\tG\tT\tG\tC\tT\tC\tT\tT\tC\tT\tG\tG\tA\tC\tT\tC\tT\tG\tA\tC\tT\tC\tT\tC\tA\tT\tC\tG\tA\tC\tA\tG\tA\tC\tT\tT\tC\tT\tC\tG\tT\tA\tT\tC\tT\tT\tA\tT\tA\tT\tC\tC\tT\tT\tG\tC\tT\tG\tA\tT\tC\tA\tT\tT\tA\tA\tG\tT\tC\tG\tA\tA\tC\tG\tC\tG\tC\tC\tT\tT\tC\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tT\tG\tT\tC\tA\tG\tT\tC\tA\tG\tA\tG\tC\tT\tC\tT\tA\tG\tC\tT\tT\tC\tG\tA\tC\tT\tG\tA\tG\tT\tG\tA\tC\tT\tC\tT\tG\tT\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tT\tA\tC\tT\tA\tG\tT\tC\tG\tA\tG\tA\tC\tT\tT\tC\tC\tT\tG\tA\tA\tC\tC\tT\tC\tT\tA\tG\tG\tA\tG\tA\tC\tT\tA\tT\tA\tG\tA\tG\tG\tT\tA\tG\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tA\tG\tA\tG\tG\tA\tC\tT\tG\tA\tC\tT\tC\tT\tG\tT\tC\tT\tT\tC\tG\tA\tG\tA\tG\tA\tG\tA\tT\tA\tC\tT\tG\tT\tT\tA\tG\tA\tG\tA\tG\tA\tC\tA\tT\tC\tA\tT\tG\tA\tT\tC\tA\tG\tG\tA\tC\tG\tA\tT\tC\tG\tG\tC\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tG\tA\tT\tC\tC\tT\tC\tT\tT\tC\tC\tT\tC\tG\tA\tG\tT\tC\tT\tC\tC\tA\tG\tA\tA\tG\tC\tT\tC\tG\tG\tA\tA\tT\tA\tC\tT\tC\tA\tG\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tG\tA\tG\tA\tC\tT\tA\tG\tC\tT\tT\tA\tC\tT\tT\tC\tC\tT\tA\tC\tA\tT\tA\tT\tG\tA\tG\tA\tC\tT\tA\tC\tG\tA\tT\tC\tC\tT\tC\tT\tG\tA\tG\tA\tA\tC\tC\tT\tG\tA\tG\tA\tG\tC\tT\tG\tG\tA\tA\tG\tC\tT\tC\tT\tG\tC\tG\tA\tT\tC\tG\tT\tG\tA\tG\tA\tG\tA\tA\tC\tA\tG\tT\tA\tT\tC\tT\tC\tC\tA\tT\tA\tC\tT\tC\tT\tA\tC\tG\tA\tT\tA\tC\tT\tC\tT\tT\tA\tT\tA\tT\tC\tT\tC\tT\tC\tG\tT\tC\tG\tT\tC\tT\tG\tT\tC\tC\tT\tC\tT\tT\tC\tC\tT\tC\tT\tT\tC\tT\tA\tC\tT\tT\tC\tC\tG\tA\tG\tT\tA\tC\tG\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tT\tC\tG\tA\tG\tA\tT\tC\tG\tC\tA\tG\tA\tC\tT\tC\tC\tT\tT\tC\tG\tA\tG\tA\tT\tC\tC\tG\tA\tT\tC\tT\tC\tT\tT\tC\tC\tT\tA\tT\tG\tA\tC\tT\tC\tT\tC\tG\tA\tG\tT\t'..b'\tG\tG\tA\tA\tG\tG\tA\tC\tT\tC\tG\tG\tA\tT\tA\tG\tT\tT\tC\tA\tG\tA\tC\tT\tA\tC\tT\tC\tT\tT\tC\tA\tG\tT\tC\tA\tG\tT\tC\tG\tA\tA\tG\tA\tG\tA\tG\tG\tA\tC\tT\tA\tG\tG\tA\tA\tG\tC\tT\tC\tT\tT\tC\tC\tT\tA\tT\tT\tC\tC\tT\tA\tG\tG\tA\tC\tT\tT\tC\tT\tC\tG\tA\tC\tA\tG\tT\tT\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tA\tA\tT\tC\tA\tA\tT\tA\tG\tA\tG\tA\tG\tA\tG\tC\tT\tA\tG\tC\tT\tA\tG\tA\tG\tA\tG\tA\tT\tA\tC\tT\tG\tG\tA\tA\tG\tT\tC\tT\tA\tG\tT\tT\tG\tA\tG\tT\tC\tA\tG\tT\tC\tC\tA\tC\tT\tC\tA\tT\tC\tT\tC\tA\tG\tC\tT\tT\tC\tT\tA\tA\tG\tC\tT\tA\tG\tG\tA\tT\tA\tG\tA\tA\tT\tA\tG\tA\tC\tT\tC\tC\tT\tG\tC\tG\tA\tT\tA\tG\tA\tC\tT\tA\tG\tT\tC\tC\tT\tG\tA\tC\tA\tG\tT\tG\tA\tC\tA\tA\tT\tC\tG\tG\tA\tA\tG\tG\tT\tA\tG\tG\tA\tC\tT\tT\tC\tG\tA\tC\tT\tA\tG\tG\tT\tA\tT\tT\tA\tA\tC\tC\tG\tC\tT\tG\tA\tG\tA\tA\tG\tA\tG\tC\tG\tT\tA\tG\tT\tC\tT\tG\tC\tA\tC\tT\tG\tT\tC\tT\tA\tA\tG\tC\tG\tC\tT\tG\tC\tT\tC\tC\tG\tG\tC\tC\tT\tG\tA\tT\tG\tG\tA\tA\tG\tT\tG\tC\tG\tC\tT\tC\tT\tT\tC\tA\tG\tA\tT\tA\tG\tT\tC\tA\tT\tC\tT\tC\tT\tG\tA\tC\tT\tG\tA\tG\tA\tA\tG\tC\tT\tT\tC\tT\tC\tA\tG\tT\tC\tG\tA\tT\tC\tA\tG\tA\tG\tC\tT\tG\tA\tA\tT\tA\tT\tT\tC\tT\tC\tG\tA\tT\tC\tA\tG\tG\tC\tC\tT\tG\tA\tA\tG\tT\tC\tG\tA\tA\tC\tA\tG\tG\tT\tT\tC\tG\tC\tC\tT\tT\tA\tC\tT\tC\tA\tA\tT\tC\tT\tG\tA\tC\tT\tT\tC\tG\tA\tT\tC\tT\tC\tT\tC\tC\tG\tA\tT\tT\tC\tC\tT\tG\tA\tA\tC\tG\tA\tT\tG\tG\tA\tT\tC\tG\tC\tC\tT\tA\tT\tC\tT\tA\tG\tA\tT\tT\tC\tA\tG\tC\tT\tG\tA\tC\tT\tG\tA\tC\tT\tT\tC\tC\tT\tC\tT\tG\tA\tG\tA\tA\tC\tC\tT\tG\tA\tC\tT\tT\tA\tC\tT\tC\tT\tT\tC\tT\tC\tG\tA\tC\tT\tG\tA\tG\tC\tA\tC\tG\tA\tT\tC\tT\tG\tG\tA\tC\tT\tG\tA\tT\tC\tT\tG\tC\tA\tC\tT\tC\tT\tT\tC\tC\tT\tT\tC\tA\tG\tC\tG\tT\tA\tC\tG\tA\tC\tA\tG\tA\tG\tC\tT\tG\tA\tG\tC\tA\tT\tT\tC\tC\tT\tT\tA\tA\tT\tT\tC\tC\tT\tT\tA\tC\tT\tG\tA\tC\tT\tG\tA\tA\tG\tT\tC\tC\tG\tG\tA\tG\tA\tT\tC\tT\tC\tA\tG\tC\tT\tT\tG\tC\tT\tA\tG\tC\tT\tA\tG\tT\tC\tT\tC\tT\tC\tA\tG\tG\tA\tG\tA\tC\tG\tC\tT\tT\tG\tA\tG\tC\tA\tC\tT\tA\tG\tC\tA\tT\tC\tA\tT\tT\tA\tG\tC\tA\tG\tT\tA\tT\tC\tC\tT\tC\tA\tT\tC\tT\tG\tT\tC\tA\tG\tA\tG\tC\tA\tC\tT\tA\tT\tA\tG\tG\tT\tT\tC\tG\tA\tC\tT\tG\tA\tG\tA\tC\tT\tC\tT\tG\tA\tG\tT\tG\tA\tT\tC\tT\tC\tT\tA\tC\tT\tC\tT\tA\tT\tC\tT\tG\tA\tA\tG\tG\tA\tG\tA\tG\tC\tA\tG\tT\tC\tC\tG\tC\tT\tC\tT\tG\tA\tC\tT\tC\tT\tG\tA\tA\tT\tC\tT\tG\tA\tA\tG\tT\tA\tT\tG\tG\tA\tG\tA\tC\tT\tG\tA\tT\tA\tG\tC\tC\tT\tG\tA\tG\tA\tT\tC\tC\tT\tG\tA\tT\tC\tT\tC\tG\tA\tC\tT\tG\tA\tG\tA\tG\tA\tT\tC\tA\tG\tT\tG\tA\tC\tC\tT\tT\tA\tT\tC\tC\tA\tG\tC\tG\tA\tC\tT\tG\tA\tC\tT\tC\tT\tT\tA\tC\tG\tT\tA\tT\tG\tG\tA\tT\tA\tC\tT\tC\tT\tA\tC\tG\tC\tA\tC\tG\tA\tA\tT\tA\tG\tA\tG\tT\tC\tG\tT\tC\tT\tC\tT\tT\tC\tA\tG\tT\tC\tA\tG\tT\tG\tA\tT\tT\tC\tC\tT\tG\tA\tA\tG\tG\tT\tT\tC\tA\tG\tG\tA\tA\tC\tA\tT\tA\tC\tT\tA\tC\tT\tA\tG\tG\tC\tT\tG\tG\tT\tG\tT\tG\tT\tT\tC\tA\tG\tG\tC\tT\tG\tT\tA\tA\tT\tA\tC\tT\tC\tC\tT\tG\tC\tC\tA\tC\tT\tA\tG\tA\tG\tA\tC\tT\tA\tA\tG\tT\tG\tA\tC\tT\tG\tG\tA\tT\tC\tT\tC\tA\tG\tG\tA\tT\tG\tC\tA\tA\tG\tG\tT\tG\tT\tC\tT\tC\tT\tT\tA\tG\tA\tT\tG\tA\tT\tT\tG\tC\tT\tC\tT\tA\tG\tG\tA\tG\tA\tG\tA\tA\tC\tC\tT\tG\tA\tT\tA\tA\tG\tG\tA\tA\tT\tT\tG\tG\tC\tA\tG\tT\tG\tG\tT\tT\tC\tA\tC\tG\tA\tT\tA\tT\tC\tG\tA\tC\tG\tA\tG\tG\tA\tG\tT\tC\tT\tG\tT\tC\tG\tA\tT\tG\tA\tG\tC\tG\tA\tA\tG\tG\tA\tT\tC\tG\tT\tC\tT\tA\tT\tT\tC\tA\tT\tT\tC\tT\tC\tA\tC\tT\tC\tG\tA\tT\tC\tC\tT\tG\tA\tG\tA\tC\tT\tC\tG\tG\tA\tG\tA\tA\tG\tC\tT\tG\tA\tT\tC\tT\tG\tA\tT\tA\tG\tA\tG\tC\tT\tT\tC\tG\tT\tA\tC\tT\tA\tT\tA\tG\tT\tC\tT\tC\tT\tT\tA\tA\tC\tG\tA\tC\tA\tC\tT\tA\tG\tG\tA\tA\tG\tC\tT\tC\tG\tC\tT\tC\tT\tG\tA\tT\tA\tC\tA\tT\tC\tC\tT\tA\tG\tT\tC\tG\tC\tC\tG\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tG\tA\tC\tG\tG\tA\tA\tT\tA\tT\tG\tA\tC\tG\tG\tT\tA\tG\tC\tT\tA\tG\tA\tG\tC\tA\tG\tT\tC\tT\tA\tT\tA\tG\tA\tG\tC\tG\tG\tA\tA\tG\tC\tT\tC\tT\tG\tC\tG\tA\tC\tT\tA\tG\tT\tC\tT\tC\tA\tG\tT\tC\tG\tA\tC\tT\tA\tC\tC\tG\tC\tT\tA\tG\tA\tG\tC\tT\tC\tA\tG\tA\tT\tC\tA\tG\tC\tT\tT\tC\tG\tA\tC\tA\tA\tG\tA\tT\tT\tC\tA\tG\tC\tT\tC\tA\tT\tA\tG\tT\tT\tA\tG\tA\tT\tC\tT\tG\tC\tT\tG\tA\tG\tA\tG\tT\tG\tA\tG\tA\tG\tT\tG\tC\tC\tT\tC\tT\tA\tC\tA\tG\tG\tA\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tT\tC\tC\tA\tC\tT\tG\tA\tG\tA\tG\tA\tG\tA\tG\tT\tT\tC\tT\tC\tG\tT\tA\tG\tG\tA\tA\tT\tT\tC\tT\tC\tA\tT\tA\tC\tA\tG\tT\tC\tC\tT\tG\tA\tG\tA\tA\tG\tC\tT\tT\tC\tT\tC\tG\tT\tG\tA\tT\tC\tC\tT\tA\tG\tT\tC\tT\tC\tA\tG\tC\tT\tA\tC\tT\tG\tG\tA\tA\tG\tC\tT\tA\tG\tC\tT\tT\tA\tT\tA\tC\tT\tG\tA\tA\tG\tA\tG\tG\tA\tC\tT\tG\tA\tC\tT\tT\tC\tC\tG\tA\tT\tA\tC\tC\tA\tT\tA\tC\tT\tT\tA\tC\tA\tT\tC\tA\tT\tC\tG\tT\tC\tT\tC\tG\tA\tT\tA\tT\tA\tT\tA\tT\tC\tG\tA\tA\tG\tA\tG\tG\tA\tC\tT\tT\tA\tC\tT\tG\tT\tG\tC\tT\tG\tG\tA\tT\tC\tG\tC\tG\tC\tC\tT\tC\tT\tT\tC\tA\tT\tG\tA\tG\tA\tG\tA\tA\tC\tA\tC\tA\tG\tC\tG\tT\tC\tT\tC\tT\tG\tC\tT\tA\tG\tG\tT\tC\tT\tC\tT\tC\tA\tC\tT\tT\tG\tA\tG\tT\tC\tC\tT\tT\tC\tT\tG\tG\tA\tC\tT\tG\tC\tC\tA\tT\tC\tT\tC\tT\tA\tT\tC\tG\tA\tG\tC\tA\tT\tG\tA\tA\tG\tT\tA\tA\tG\tC\tT\tG\tT\tA\tG\tC\tT\tA\tG\tT\tC\tT\tC\tT\tC\tA\tG\tT\tC\tA\tG\tG\tT\tC\tT\tT\tC\tT\tC\tA\tG\tC\tT\tT\tG\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tG\tA\tG\tC\tC\tT\tG\tT\tT\tA\tC\tT\tA\tC\tT\tA\tG\tC\tA\tC\tG\tA\tA\tG\tC\tT\tA\tG\tC\tA\tT\tG\tG\tA\tA\tC\tA\tG\tT\tC\tG\tC\tG\tA\tC\tT\tC\tG\tA\tG\tC\tT\tC\tT\tT\tC\tG\tA\tC\tA\tT\tC\tT\tG\tA\tG\tG\tA\tG\tA\tA\tT\tA\tG\tC\tT\tC\tT\tG\tA\tG\tA\tG\tA\tA\tG\tT\tC\tT\tC\tA\tT\tT\tC\tT\tC\tA\tT\tA\tG\tG\tA\tT\tG\tA\tT\tG\tT\tT\tG\tA\tG\tT\tC\tA\tG\tA\tT\tA\tG\tA\tT\tC\tT\tC\tG\tC\tA\tC\tT\tG\tA\tG\tA\tG\tC\tC\tA\tG\tA\tA\tT\tT\tA\tA\tT\tC\tG\tC\tA\tA\tG\tC\tA\tC\tG\tG\tA\tG\tT\tC\tT\tT\tA\tA\tG\tG\tA\tC\tT\tT\tC\tC\tT\tA\tT\tC\tT\tA\tG\tT\tC\tC\tG\tC\tT\tA\tG\tA\tC\tT\tA\tA\tC\tA\tG\tG\tC\tA\tT\tA\tG\tC\tT\tT\tG\tT\tG\tA\tG\tA\tG\tT\tA\tC\tG\tG\tC\tC\tT\tT\tC\tT\tC\tC\tT\tT\tC\tG\tA\tT\tC\tT\tC\tT\tC\tC\tA\tC\tT\tC\tT\tT\tC\tT\tC\tA\tC\tA\tG\tC\tT\tG\tT\tT\tC\tT\tC\tA\tG\tT\tA\tC\tT\tT\tC\tC\tT\tA\tG\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tG\tA\tA\tC\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tG\tA\tG\tA\tG\tA\tC\tT\tT\tC\tC\tT\tT\tC\tA\tG\tA\tG\tC\tT\tT\tG\tT\tA\tG\tA\tC\tT\tG\tA\tA\tG\tG\tA\tC\tT\tA\tT\tA\tT\tT\tC\tT\tG\tA\tC\tG\tA\tG\tT\tC\tG\tC\tT\tT\tC\tT\tC\tT\tC\tT\tC\tG\tA\tC\tT\tT\tA\tG\tA\tG\tA\tA\tG\tA\tG\tT\tG\tG\tC\tT\tC\tC\tG\tT\tC\tC\tA\tG\tA\n'
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 Rooting/Rooting.pl
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/Rooting/Rooting.pl Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
@@ -0,0 +1,59 @@
+#!/usr/bin/perl
+
+use strict;
+use Switch;
+use Getopt::Long;
+use Bio::SeqIO;
+use Cwd ;
+use FindBin qw ( $Bin $Script );
+
+my $CURRENT_DIR = $Bin;
+
+my $ROOTING_EXE = "java -jar ". $CURRENT_DIR . "/Rootings_54.jar";
+
+my $usage = qq~Usage:$0 <args> [<opts>]
+where <args> are:
+    -i, --input         <newick input>
+    -o, --output        <newick output>
+~;
+$usage .= "\n";
+
+my ($input,$outfile);
+
+
+GetOptions(
+ "input=s"    => \$input,
+ "output=s"   => \$outfile
+);
+
+
+die $usage
+  if ( !$input || !$outfile);
+  
+my $treefile = $input;
+
+
+# replace negative values by 0
+open(T,$treefile);
+open(T2,">$treefile.2");
+while(<T>)
+{
+ my $line = $_;
+ $line =~s/\-\d+\.*\d*\,/0,/g;
+ $line =~s/\-\d+\.*\d*\)/0\)/g;
+ print T2 $line;
+}
+close(T);
+close(T2);
+
+my $rooting_command = $ROOTING_EXE . " -input $treefile.2 -output $treefile.all -midpoint $treefile.midpoint >>$treefile.rooting.log 2>&1";
+system($rooting_command);
+
+unlink("$treefile.all");
+unlink("$treefile.2");
+rename("$treefile.midpoint",$outfile);
+
+
+
+
+
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 Rooting/Rootings_54.jar
b
Binary file Rooting/Rootings_54.jar has changed
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 Rooting/rooting.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/Rooting/rooting.xml Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
@@ -0,0 +1,193 @@
+<tool id="sniplay_rooting" name="Rooting" version="1.1">
+    
+    <!-- [REQUIRED] Tool description displayed after the tool name -->
+    <description> Midpoint rooting of newick tree </description>
+    
+    <!-- [OPTIONAL] 3rd party tools, binaries, modules... required for the tool to work -->
+    <requirements>
+        <requirement type="binary">perl</requirement>
+ <requirement type="package">Rootings_54.jar</requirement>
+    </requirements>
+    
+    <!-- [OPTIONAL] Command to be executed to get the tool's version string -->
+    <version_command>
+<!--
+        tool_binary -v
+-->
+    </version_command>
+    
+    <!-- [REQUIRED] The command to execute -->
+    <command interpreter="perl">
+ Rooting.pl -i $filein -o $fileout &amp;&amp; mv ${filein}.rooting.log $fileout_log
+    </command>
+   
+    <!-- [REQUIRED] Input files and tool parameters -->
+    <inputs>
+ <param name="filein" type="data" format="txt" optional="false" label="Newick tree input" />
+ <param name="fileout_label" type="text" value="out tree" label="Output name" help="Output name for files" />
+    </inputs> 
+    
+    <!-- [REQUIRED] Output files -->
+    <outputs>
+ <data name="fileout_log" type="data" format="txt" label="${fileout_label}.log" />
+ <data name="fileout" type="data" format="txt" label="${fileout_label}" />
+    </outputs>
+    
+    <!-- [STRONGLY RECOMMANDED] Exit code rules -->
+    <stdio>
+        <!-- [HELP] If no exit code rule is defined, the tool will stop if anything is written to STDERR -->
+        <exit_code range="1:" level="fatal" />
+    </stdio>
+    
+    <!-- [OPTIONAL] Tests to be run manually by the Galaxy admin -->
+    <tests>
+        <!-- [HELP] Test files have to be in the ~/test-data directory -->
+
+        <test>
+         <param name="filein" value="newick" />
+         <output name="fileout" file="out_tree" />
+  <output name="fileout_log" file="out_tree.log" />
+        </test>
+
+        <!-- [HELP] Multiple tests can be defined with different parameters -->
+<!--
+        <test>
+        </test>
+-->
+    </tests>
+    
+    <!-- [OPTIONAL] Help displayed in Galaxy -->
+    <help>
+
+
+.. class:: infomark
+
+**Authors** Jean-François Dufayard, CIRAD, South Green platform
+
+
+.. class:: infomark
+
+**Galaxy integration** Andres Gwendoline, Institut Français de Bioinformatique.
+
+.. class:: infomark
+
+**Support** For any questions about Galaxy integration, please send an e-mail to support.abims@sb-roscoff.fr
+
+.. class:: infomark
+
+**Please cite** "SNiPlay3: a web-based application for exploration and large scale analyses of genomic variations", **Dereeper A. et al.**, Nucl. Acids Res. (1 july 2015) 43 (W1).
+
+---------------------------------------------------
+
+
+
+
+=======
+Rooting
+=======
+
+-----------
+Description
+-----------
+
+  Compute a midpoint newick rooted tree.
+
+
+-----------------
+Workflow position
+-----------------
+
+**Upstream tool**
+
+=========== ========================== =======
+Name            output file(s)         format 
+=========== ========================== =======
+fastme      Newick tree                Newick 
+=========== ========================== =======
+
+
+
+----------
+Input file
+----------
+
+Newick file
+
+
+----------
+Parameters
+----------
+
+Output name
+        Output base name for the ouput files
+
+
+------------
+Output files
+------------
+
+Output_name
+ Resulting tree rooted in newick format
+
+Output_name.log
+ Log file
+
+------------
+Dependencies
+------------
+Rooting
+ CIRAD tool. Contact jean-francois.dufayard@cirad.fr
+
+---------------------------------------------------
+
+---------------
+Working example
+---------------
+
+Input files
+===========
+
+Newick file
+-----------
+
+::
+
+ (((((((((((((((((((((((((GOGOLEMPUK:0.001198,GOGOLEMPAK:0.002128):0.030378,TREMBESE:0.013258):0.055246,(((JIMBRUKJOL:0.045219,KETANKONIR:0.035298):0.006267, ...
+
+
+Parameters
+==========
+
+Output name -> out tree
+
+
+Output files
+============
+
+out tree
+--------
+
+::
+
+ (ref:0.9384270000000001,(((((((((((((((((((((((((((((((((((IRAT257:0.044246,IRAT112:0.023421):0.009006,ARAGUAIA:0.093061):0.004662...
+
+
+    </help>
+    <citations>
+        <!-- [HELP] As DOI or BibTex entry -->
+     <citation type="bibtex">@article{Dereeper03062015,
+author = {Dereeper, Alexis and Homa, Felix and Andres, Gwendoline and Sempere, Guilhem and Sarah, Gautier and Hueber, Yann and Dufayard, Jean-François and Ruiz, Manuel}, 
+title = {SNiPlay3: a web-based application for exploration and large scale analyses of genomic variations},
+year = {2015}, 
+doi = {10.1093/nar/gkv351}, 
+abstract ={SNiPlay is a web-based tool for detection, management and analysis of genetic variants including both single nucleotide polymorphisms (SNPs) and InDels. Version 3 now extends functionalities in order to easily manage and exploit SNPs derived from next generation sequencing technologies, such as GBS (genotyping by sequencing), WGRS (whole gre-sequencing) and RNA-Seq technologies. Based on the standard VCF (variant call format) format, the application offers an intuitive interface for filtering and comparing polymorphisms using user-defined sets of individuals and then establishing a reliable genotyping data matrix for further analyses. Namely, in addition to the various scaled-up analyses allowed by the application (genomic annotation of SNP, diversity analysis, haplotype reconstruction and network, linkage disequilibrium), SNiPlay3 proposes new modules for GWAS (genome-wide association studies), population stratification, distance tree analysis and visualization of SNP density. Additionally, we developed a suite of Galaxy wrappers for each step of the SNiPlay3 process, so that the complete pipeline can also be deployed on a Galaxy instance using the Galaxy ToolShed procedure and then be computed as a Galaxy workflow. SNiPlay is accessible at http://sniplay.southgreen.fr.}, 
+URL = {http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/06/03/nar.gkv351.abstract}, 
+eprint = {http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/06/03/nar.gkv351.full.pdf+html}, 
+journal = {Nucleic Acids Research} 
+}
+
+     </citation>
+
+    </citations>
+    
+</tool>
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 Rooting/rooting.xml~
--- a/Rooting/rooting.xml~ Fri Jul 10 10:38:11 2015 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
[
@@ -1,193 +0,0 @@
-<tool id="sniplay_rooting" name="Rooting" version="1.0.2">
-    
-    <!-- [REQUIRED] Tool description displayed after the tool name -->
-    <description> Midpoint rooting of newick tree </description>
-    
-    <!-- [OPTIONAL] 3rd party tools, binaries, modules... required for the tool to work -->
-    <requirements>
-        <requirement type="binary">perl</requirement>
- <requirement type="package">Rootings_54.jar</requirement>
-    </requirements>
-    
-    <!-- [OPTIONAL] Command to be executed to get the tool's version string -->
-    <version_command>
-<!--
-        tool_binary -v
--->
-    </version_command>
-    
-    <!-- [REQUIRED] The command to execute -->
-    <command interpreter="perl">
- Rooting.pl -i $filein -o $fileout &amp;&amp; mv ${filein}.rooting.log $fileout_log
-    </command>
-   
-    <!-- [REQUIRED] Input files and tool parameters -->
-    <inputs>
- <param name="filein" type="data" format="txt" optional="false" label="Fasta alignment input" />
- <param name="fileout_label" type="text" value="out tree" label="Output name" help="Output name for files" />
-    </inputs> 
-    
-    <!-- [REQUIRED] Output files -->
-    <outputs>
- <data name="fileout_log" type="data" format="txt" label="${fileout_label}.log" />
- <data name="fileout" type="data" format="txt" label="${fileout_label}" />
-    </outputs>
-    
-    <!-- [STRONGLY RECOMMANDED] Exit code rules -->
-    <stdio>
-        <!-- [HELP] If no exit code rule is defined, the tool will stop if anything is written to STDERR -->
-        <exit_code range="1:" level="fatal" />
-    </stdio>
-    
-    <!-- [OPTIONAL] Tests to be run manually by the Galaxy admin -->
-    <tests>
-        <!-- [HELP] Test files have to be in the ~/test-data directory -->
-
-        <test>
-         <param name="filein" value="newick" />
-         <output name="fileout" file="out_tree" />
-  <output name="fileout_log" file="out_tree.log" />
-        </test>
-
-        <!-- [HELP] Multiple tests can be defined with different parameters -->
-<!--
-        <test>
-        </test>
--->
-    </tests>
-    
-    <!-- [OPTIONAL] Help displayed in Galaxy -->
-    <help>
-
-
-.. class:: infomark
-
-**Authors** Jean-François Dufayard, CIRAD, South Green platform
-
-
-.. class:: infomark
-
-**Galaxy integration** Andres Gwendoline, Institut Français de Bioinformatique.
-
-.. class:: infomark
-
-**Support** For any questions about Galaxy integration, please send an e-mail to support.abims@sb-roscoff.fr
-
-.. class:: infomark
-
-**Please cite** "SNiPlay3: a web-based application for exploration and large scale analyses of genomic variations", **Dereeper A. et al.**, Nucl. Acids Res. (1 july 2015) 43 (W1).
-
----------------------------------------------------
-
-
-
-
-=======
-Rooting
-=======
-
------------
-Description
------------
-
-  Compute a midpoint newick rooted tree.
-
-
------------------
-Workflow position
------------------
-
-**Upstream tool**
-
-=========== ========================== =======
-Name            output file(s)         format 
-=========== ========================== =======
-fastme      Newick tree                Newick 
-=========== ========================== =======
-
-
-
-----------
-Input file
-----------
-
-Newick file
-
-
-----------
-Parameters
-----------
-
-Output name
-        Output base name for the ouput files
-
-
-------------
-Output files
-------------
-
-Output_name
- Resulting tree rooted in newick format
-
-Output_name.log
- Log file
-
-------------
-Dependencies
-------------
-Rooting
- CIRAD tool. Contact jean-francois.dufayard@cirad.fr
-
----------------------------------------------------
-
----------------
-Working example
----------------
-
-Input files
-===========
-
-Newick file
------------
-
-::
-
- (((((((((((((((((((((((((GOGOLEMPUK:0.001198,GOGOLEMPAK:0.002128):0.030378,TREMBESE:0.013258):0.055246,(((JIMBRUKJOL:0.045219,KETANKONIR:0.035298):0.006267, ...
-
-
-Parameters
-==========
-
-Output name -> out tree
-
-
-Output files
-============
-
-out tree
---------
-
-::
-
- (ref:0.9384270000000001,(((((((((((((((((((((((((((((((((((IRAT257:0.044246,IRAT112:0.023421):0.009006,ARAGUAIA:0.093061):0.004662...
-
-
-    </help>
-    <citations>
-        <!-- [HELP] As DOI or BibTex entry -->
-     <citation type="bibtex">@article{Dereeper03062015,
-author = {Dereeper, Alexis and Homa, Felix and Andres, Gwendoline and Sempere, Guilhem and Sarah, Gautier and Hueber, Yann and Dufayard, Jean-François and Ruiz, Manuel}, 
-title = {SNiPlay3: a web-based application for exploration and large scale analyses of genomic variations},
-year = {2015}, 
-doi = {10.1093/nar/gkv351}, 
-abstract ={SNiPlay is a web-based tool for detection, management and analysis of genetic variants including both single nucleotide polymorphisms (SNPs) and InDels. Version 3 now extends functionalities in order to easily manage and exploit SNPs derived from next generation sequencing technologies, such as GBS (genotyping by sequencing), WGRS (whole gre-sequencing) and RNA-Seq technologies. Based on the standard VCF (variant call format) format, the application offers an intuitive interface for filtering and comparing polymorphisms using user-defined sets of individuals and then establishing a reliable genotyping data matrix for further analyses. Namely, in addition to the various scaled-up analyses allowed by the application (genomic annotation of SNP, diversity analysis, haplotype reconstruction and network, linkage disequilibrium), SNiPlay3 proposes new modules for GWAS (genome-wide association studies), population stratification, distance tree analysis and visualization of SNP density. Additionally, we developed a suite of Galaxy wrappers for each step of the SNiPlay3 process, so that the complete pipeline can also be deployed on a Galaxy instance using the Galaxy ToolShed procedure and then be computed as a Galaxy workflow. SNiPlay is accessible at http://sniplay.southgreen.fr.}, 
-URL = {http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/06/03/nar.gkv351.abstract}, 
-eprint = {http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/06/03/nar.gkv351.full.pdf+html}, 
-journal = {Nucleic Acids Research} 
-}
-
-     </citation>
-
-    </citations>
-    
-</tool>
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 Rooting/test-data/newick
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/Rooting/test-data/newick Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,2 @@
+(((((((((((((((((((((((((GOGOLEMPUK:0.001198,GOGOLEMPAK:0.002128):0.030378,TREMBESE:0.013258):0.055246,(((JIMBRUKJOL:0.045219,KETANKONIR:0.035298):0.006267,KANIRANGA:0.042518):0.020121,(VARYMADINI:0.039903,BENGALYVAK:0.032305):0.012408):0.004740):0.001841,(((YANCAOUSSA:0.006364,PATEBLANCM:0.008832):0.000858,MOROBEREKA:0.004615):0.013114,VARYMALADY:0.026086):0.024153):0.015663,WAB706-3-4:0.050598):0.004174,(MAINTIMOLO:0.044761,(FOHISOMOTR:0.005656,VARYSOMOTR:0.006949):0.030574):0.009217):0.006248,IRAT364:0.047033):0.003654,((IRAT366:0.033773,CIRAD358:0.093382):0.015822,(((MANANELATR:0.040437,(ARROZCEBAD:0.027110,GRAZI:0.022678):0.000763):0.009870,KOMOJAMANI:0.049216):0.006713,((TSIPALA89:-0.000887,VARYLAVADE:0.037778):0.044182,MITSANGANA:0.082664):0.068968):0.000971):0.009442):0.002985,(((((((((JUMALI:0.077650,LAMBAYQUE1:0.170057):0.027742,(GOMPA2:0.049418,KAKANI2:0.052752):0.024526):0.081123,JUMULA2:0.075284):0.027607,ref:0.722923):0.015245,((((NPE826:0.019317,NPE253:0.017161):0.033863,((GIZA171:0.023894,NIPPONBARE:0.027998):0.013954,M202:0.053155):0.016691):0.020398,NEPHOAVANG:0.097913):0.011042,BABER:0.155657):0.024483):0.043699,((((((((DAM:0.054359,((((VIETNAM3:0.030951,SENG:0.038876):0.007914,(NABESHI:0.010252,KARASUKARA:0.010553):0.032650):0.012575,VIETNAM1:0.049323):0.003110,(PEHPINUO:0.070737,(CHUAN3:0.020631,CHUAN4:0.024135):0.014450):0.010970):0.020849):0.002227,(((((JAOHAW:0.044517,KHAODAM:0.031174):0.017389,MAHAE:0.041633):0.006695,(KHAOKAPXAN:0.005767,HAWMOM:0.009429):0.031367):0.015885,CHAPHUMA:0.071266):0.005503,KU115:0.043819):0.007631):0.009768,NHTA10:0.061745):0.006241,INDANE:0.079646):0.007679,(((GEMJYAJYAN:0.012403,YANGKUMRED:0.014267):0.008479,DANGREY:0.024493):0.020552,DAWASANRED:0.030369):0.065249):0.006240,CHALOYOE:0.058075):0.012844,NHTA5:0.138764):0.005686,YUNLU7:0.079119):0.012627):0.020665,CUIABANA:0.066182):0.018877,((GANIGI:0.040448,PULULAPA:0.039840):0.020258,GOGO:0.060904):0.005609):0.001416,(((((GUNDILKUNI:0.019719,(CICIHBETON:0.021620,BULUPANDAK:0.016924):0.008554):0.028704,PADIBOENAR:0.052396):0.002882,(REKETMAUN:0.059430,((POENOETHIT:0.042637,KETANLUMBU:0.035696):0.016617,MOLOK:0.055674):0.015506):0.001164):0.024179,PADIKASALL:0.093595):0.063014,RATHAL:0.090729):0.015609):0.008281):0.005079,RT1031-69:0.043520):0.002593,MANDRIRAVI:0.049833):0.005647,IRAT234:0.037316):0.007912,((((EARLYMUTAN:0.015218,(IAC25:0.007986,(DOURADOAGU:0.001563,DOURADOPRE:0.001763):0.010062):0.002688):0.011250,(((IAC47:0.007321,(IAC165:0.000500,VARYLAVA90:0.001650):0.006263):0.003063,HD1-4:0.015932):0.006876,GUARANI:0.013831):0.005817):0.007843,IGUAPECATE:0.036421):0.002898,BICOBRANCO:0.031026):0.008082):0.001457,((((((((IR60080-46:0.102166,IR71525-19:0.037083):0.071364,IR68704-14:0.144370):0.009188,((IR66421-10:0.104309,IR66421-09:0.112363):0.044923,CNA-7_BO_1:0.097756):0.030658):0.043160,(((((((CIRAD403:0.043568,MARAVILHA:0.105095):0.009135,CURINCA:0.140813):0.023139,CIRAD409:0.038172):0.045565,PCT4_SA_4_:0.177389):0.024197,(PCT11_0_0_:0.075858,P5589-1-1-:0.044714):0.022844):0.006949,ESPERANZA:0.077139):0.022033,((CT13582-15:0.086985,((((((IRAT216:0.017956,IR47684-05:0.006483):0.014180,((IR63372-08:0.008257,IR65907-18:0.049347):0.060968,IR65907-20:0.025334):0.004085):0.028888,COLOMBIA1:0.106747):0.009488,WAB56-50:0.048646):0.019308,IDSA77:0.026889):0.022776,WAB56-125:0.057970):0.025793):0.017149,IRAT362:0.030612):0.021338):0.005273):0.007474,((IR65261-19:0.088569,IR63380-16:0.060828):0.017377,ORYZICASAB:0.059793):0.020771):0.010205,((((IRAT2:0.006656,(62667:0.002564,(IRAT177:0.003065,IRAT13:0.006564):0.001422):0.001435):0.014034,IRAT109:0.079089):0.006041,IRAT170:0.013368):0.020262,63-104:0.022825):0.010789):0.003440,(((((KUROKA:0.096901,IRAT144:0.032372):0.040630,CIRAD488:0.062971):0.026055,(IRAT212:0.041268,PRIMAVERA:0.059109):0.012806):0.027141,((CIRAD392:0.025487,IRAT380:0.024721):0.028822,CIRAD394:0.055046):0.034180):0.011060,CAIAPO:0.072220):0.009469):0.006119,((ARAGUAIA:0.084755,(IRAT335:0.077784,IRAT112:0.027346):0.006445):0.007072,IRAT257:0.036873):0.020075):0.002575):0.004673,((IR47686-09:0.045565,IRAT104:0.041351):0.019777,IR71524-44:0.058741):0.008141):0.006303,((OS4:0.021016,OS6:0.015670):0.010953,(CANAROXA:0.018385,KINANDANGP:0.047364):0.022379):0.007502):0.001209,TRESMESES:0.028972):0.002988,PACHOLINHA:0.042509):0.002897,CANELADEFE:0.050931):0.011439,CAAWA/FORT:0.055630):0.006838,((LUDAN:0.054230,((CUBA65:0.037658,(IR53236-27:0.026784,AZUCENA:0.025318):0.020859):0.017556,DAVAO:0.045931):0.005774):0.010335,(BINULAWAN:0.059589,MALAGKITPI:0.062856):0.004216):0.000088):0.004898,DINORADO:0.065206):0.004869,(BAGANANASA:0.049455,BAKUNGH:0.048193):0.021502):0.004581,((SPEAKER:0.057882,(KEDAYAN:0.065817,ARIAS:0.074161):0.019154):0.012584,(TANDUI:0.078177,KETANMENAH:0.079797):0.013169):0.003598):0.031721,PALAWAN:0.032789,KENDINGA5H:0.028863);
+
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 Rooting/test-data/out_tree
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/Rooting/test-data/out_tree Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,1 @@
+(ref:0.575788,(((((((((((((((((((((((PALAWAN:0.032789,KENDINGA5H:0.028863):0.031721,((SPEAKER:0.057882,(KEDAYAN:0.065817,ARIAS:0.074161):0.019154):0.012584,(TANDUI:0.078177,KETANMENAH:0.079797):0.013169):0.003598):0.004581,(BAGANANASA:0.049455,BAKUNGH:0.048193):0.021502):0.004869,DINORADO:0.065206):0.004898,((LUDAN:0.05423,((CUBA65:0.037658,(IR53236-27:0.026784,AZUCENA:0.025318):0.020859):0.017556,DAVAO:0.045931):0.005774):0.010335,(BINULAWAN:0.059589,MALAGKITPI:0.062856):0.004216):8.8E-5):0.006838,CAAWA/FORT:0.05563):0.011439,CANELADEFE:0.050931):0.002897,PACHOLINHA:0.042509):0.002988,TRESMESES:0.028972):0.001209,((OS4:0.021016,OS6:0.01567):0.010953,(CANAROXA:0.018385,KINANDANGP:0.047364):0.022379):0.007502):0.006303,((IR47686-09:0.045565,IRAT104:0.041351):0.019777,IR71524-44:0.058741):0.008141):0.004673,((((((((IR60080-46:0.102166,IR71525-19:0.037083):0.071364,IR68704-14:0.14437):0.009188,((IR66421-10:0.104309,IR66421-09:0.112363):0.044923,CNA-7_BO_1:0.097756):0.030658):0.04316,(((((((CIRAD403:0.043568,MARAVILHA:0.105095):0.009135,CURINCA:0.140813):0.023139,CIRAD409:0.038172):0.045565,PCT4_SA_4_:0.177389):0.024197,(PCT11_0_0_:0.075858,P5589-1-1-:0.044714):0.022844):0.006949,ESPERANZA:0.077139):0.022033,((CT13582-15:0.086985,((((((IRAT216:0.017956,IR47684-05:0.006483):0.01418,((IR63372-08:0.008257,IR65907-18:0.049347):0.060968,IR65907-20:0.025334):0.004085):0.028888,COLOMBIA1:0.106747):0.009488,WAB56-50:0.048646):0.019308,IDSA77:0.026889):0.022776,WAB56-125:0.05797):0.025793):0.017149,IRAT362:0.030612):0.021338):0.005273):0.007474,((IR65261-19:0.088569,IR63380-16:0.060828):0.017377,ORYZICASAB:0.059793):0.020771):0.010205,((((IRAT2:0.006656,(62667:0.002564,(IRAT177:0.003065,IRAT13:0.006564):0.001422):0.001435):0.014034,IRAT109:0.079089):0.006041,IRAT170:0.013368):0.020262,63-104:0.022825):0.010789):0.00344,(((((KUROKA:0.096901,IRAT144:0.032372):0.04063,CIRAD488:0.062971):0.026055,(IRAT212:0.041268,PRIMAVERA:0.059109):0.012806):0.027141,((CIRAD392:0.025487,IRAT380:0.024721):0.028822,CIRAD394:0.055046):0.03418):0.01106,CAIAPO:0.07222):0.009469):0.006119,((ARAGUAIA:0.084755,(IRAT335:0.077784,IRAT112:0.027346):0.006445):0.007072,IRAT257:0.036873):0.020075):0.002575):0.001457,((((EARLYMUTAN:0.015218,(IAC25:0.007986,(DOURADOAGU:0.001563,DOURADOPRE:0.001763):0.010062):0.002688):0.01125,(((IAC47:0.007321,(IAC165:5.0E-4,VARYLAVA90:0.00165):0.006263):0.003063,HD1-4:0.015932):0.006876,GUARANI:0.013831):0.005817):0.007843,IGUAPECATE:0.036421):0.002898,BICOBRANCO:0.031026):0.008082):0.007912,IRAT234:0.037316):0.005647,MANDRIRAVI:0.049833):0.002593,RT1031-69:0.04352):0.005079,((((((((GOGOLEMPUK:0.001198,GOGOLEMPAK:0.002128):0.030378,TREMBESE:0.013258):0.055246,(((JIMBRUKJOL:0.045219,KETANKONIR:0.035298):0.006267,KANIRANGA:0.042518):0.020121,(VARYMADINI:0.039903,BENGALYVAK:0.032305):0.012408):0.00474):0.001841,(((YANCAOUSSA:0.006364,PATEBLANCM:0.008832):8.58E-4,MOROBEREKA:0.004615):0.013114,VARYMALADY:0.026086):0.024153):0.015663,WAB706-3-4:0.050598):0.004174,(MAINTIMOLO:0.044761,(FOHISOMOTR:0.005656,VARYSOMOTR:0.006949):0.030574):0.009217):0.006248,IRAT364:0.047033):0.003654,((IRAT366:0.033773,CIRAD358:0.093382):0.015822,(((MANANELATR:0.040437,(ARROZCEBAD:0.02711,GRAZI:0.022678):7.63E-4):0.00987,KOMOJAMANI:0.049216):0.006713,((TSIPALA89:0.0,VARYLAVADE:0.037778):0.044182,MITSANGANA:0.082664):0.068968):9.71E-4):0.009442):0.002985):0.008281,(((((GUNDILKUNI:0.019719,(CICIHBETON:0.02162,BULUPANDAK:0.016924):0.008554):0.028704,PADIBOENAR:0.052396):0.002882,(REKETMAUN:0.05943,((POENOETHIT:0.042637,KETANLUMBU:0.035696):0.016617,MOLOK:0.055674):0.015506):0.001164):0.024179,PADIKASALL:0.093595):0.063014,RATHAL:0.090729):0.015609):0.001416,((GANIGI:0.040448,PULULAPA:0.03984):0.020258,GOGO:0.060904):0.005609):0.018877,CUIABANA:0.066182):0.020665,((((((((DAM:0.054359,((((VIETNAM3:0.030951,SENG:0.038876):0.007914,(NABESHI:0.010252,KARASUKARA:0.010553):0.03265):0.012575,VIETNAM1:0.049323):0.00311,(PEHPINUO:0.070737,(CHUAN3:0.020631,CHUAN4:0.024135):0.01445):0.01097):0.020849):0.002227,(((((JAOHAW:0.044517,KHAODAM:0.031174):0.017389,MAHAE:0.041633):0.006695,(KHAOKAPXAN:0.005767,HAWMOM:0.009429):0.031367):0.015885,CHAPHUMA:0.071266):0.005503,KU115:0.043819):0.007631):0.009768,NHTA10:0.061745):0.006241,INDANE:0.079646):0.007679,(((GEMJYAJYAN:0.012403,YANGKUMRED:0.014267):0.008479,DANGREY:0.024493):0.020552,DAWASANRED:0.030369):0.065249):0.00624,CHALOYOE:0.058075):0.012844,NHTA5:0.138764):0.005686,YUNLU7:0.079119):0.012627):0.043699,((((NPE826:0.019317,NPE253:0.017161):0.033863,((GIZA171:0.023894,NIPPONBARE:0.027998):0.013954,M202:0.053155):0.016691):0.020398,NEPHOAVANG:0.097913):0.011042,BABER:0.155657):0.024483):0.015245,(((JUMALI:0.07765,LAMBAYQUE1:0.170057):0.027742,(GOMPA2:0.049418,KAKANI2:0.052752):0.024526):0.081123,JUMULA2:0.075284):0.027607):0.14713500000000007);
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 SNP_density/CalculateSlidingWindowsSNPdensitiesFromHapmap.pl
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/SNP_density/CalculateSlidingWindowsSNPdensitiesFromHapmap.pl Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
@@ -0,0 +1,124 @@
+#!/usr/bin/perl
+
+use strict;
+use Switch;
+use Getopt::Long;
+use Bio::SeqIO;
+
+my $usage = qq~Usage:$0 <args> [<opts>]
+where <args> are:
+    -i, --input         <Hapmap input>
+    -o, --out           <output in tabular format>
+    -s, --step          <step (in bp)>
+~;
+$usage .= "\n";
+
+my ($input,$out,$step);
+
+GetOptions(
+ "input=s"    => \$input,
+ "out=s"      => \$out,
+ "step=s"     => \$step,
+);
+
+
+die $usage
+  if ( !$input || !$step || !$out );
+  
+my $max_chr_num = 100;
+
+my %counts;
+my %counts_by_ind;
+open(my $HAPMAP,$input);
+my $headers= <$HAPMAP>;
+$headers=~s/\n//g;
+$headers=~s/\r//g;
+my @ind_names = split(/\t/,$headers);
+my @individual_names;
+for (my $i = 12; $i <= $#ind_names; $i++)
+{
+ push(@individual_names,$ind_names[$i]);
+}
+my %maximums;
+while(<$HAPMAP>)
+{
+ my $line = $_;
+ $line=~s/\n//g;
+ $line=~s/\r//g;
+ my @infos = split(/\t/,$line);
+ my $chrom = $infos[2];
+ my $position = $infos[3];
+ if ($position > $maximums{$chrom}){$maximums{$chrom}=$position;}
+ my $classe_position = int($position/$step);
+ $counts{$chrom}{$classe_position}++;
+
+ my $ref_allele = $infos[11];
+ for (my $i = 12; $i <= $#infos; $i++)
+ {
+ if (!$counts_by_ind{$chrom}{$classe_position}{$i}){$counts_by_ind{$chrom}{$classe_position}{$i} = 0;}
+ if ($infos[$i] ne $ref_allele)
+ {
+ $counts_by_ind{$chrom}{$classe_position}{$i}++;
+ }
+ }
+}
+close($HAPMAP);
+
+#######################################################
+# global
+#######################################################
+open(my $OUT,">$out");
+print $OUT "Chromosome Position SNPs\n";
+my $chr_num = 0;
+foreach my $chrom(sort keys(%counts))
+{
+ $chr_num++;
+ my $ref_counts = $counts{$chrom};
+ my %final_counts = %$ref_counts;
+ my $x = 0;
+ #foreach my $classe_position(sort {$a<=>$b} keys(%final_counts))
+ for (my $classe_position = 0; $classe_position <= $maximums{$chrom}/$step;$classe_position++)
+ {
+ my $nb = 0;
+ if ($counts{$chrom}{$classe_position})
+ {
+ $nb = $counts{$chrom}{$classe_position};
+ }
+ $x += $step;
+ print $OUT "$chrom $x $nb\n";
+ }
+ if ($chr_num >= $max_chr_num){last;}
+}
+close($OUT);
+
+#######################################################
+# For each individual
+#######################################################
+open(my $OUT2,">$out.by_sample");
+$chr_num = 0;
+print $OUT2 "Chromosome ".join("\t",@individual_names) . "\n";
+foreach my $chrom(sort keys(%counts_by_ind))
+{
+ $chr_num++;
+        my $ref_counts = $counts_by_ind{$chrom};
+        my %final_counts = %$ref_counts;
+ for (my $classe_position = 0; $classe_position <= $maximums{$chrom}/$step;$classe_position++)
+        {
+ print $OUT2 "$chrom";
+ my $num_ind = 12;
+ foreach my $indiv(@individual_names)
+ {
+ my $val = 0;
+
+ if ($counts_by_ind{$chrom}{$classe_position}{$num_ind})
+ {
+ $val = $counts_by_ind{$chrom}{$classe_position}{$num_ind};
+ }
+ print $OUT2 " $val";
+ $num_ind++;
+ }
+ print $OUT2 "\n";
+        }
+ if ($chr_num >= $max_chr_num){last;}
+}
+close($OUT2);
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 SNP_density/calculateSlidingWindowsSNPdensitiesFromHapMap_wrapper.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/SNP_density/calculateSlidingWindowsSNPdensitiesFromHapMap_wrapper.xml Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
@@ -0,0 +1,207 @@
+<tool id="sniplay_density" name="SNP density" version="1.2.0">
+    
+    <!-- [REQUIRED] Tool description displayed after the tool name -->
+    <description> Calculate SNP densities along chromosome from HapMap</description>
+    
+    <!-- [OPTIONAL] 3rd party tools, binaries, modules... required for the tool to work -->
+    <requirements>
+        <requirement type="binary">perl</requirement>
+    </requirements>
+    
+    <!-- [OPTIONAL] Command to be executed to get the tool's version string -->
+    <version_command>
+<!--
+        tool_binary -v
+-->
+    </version_command>
+    
+    <!-- [REQUIRED] The command to execute -->
+    <command interpreter="bash">
+ calculateSlidingWindowsSNPdensitiesFromHapmap.sh $filein $fileout $fileout_bysample $step
+    </command>
+   
+    <!-- [REQUIRED] Input files and tool parameters -->
+    <inputs>
+ <param name="filein" type="data" format="txt" optional="false" label="Hapmap input" />
+ <param name="step" type="integer" value="200000" label="Step" help="Step in bp"/>
+ <param name="fileout_label" type="text" value="densities" label="Output name" help="Output name for tabular files" />
+    </inputs>
+    
+    <!-- [REQUIRED] Output files -->
+    <outputs>
+ <data name="fileout" type="data" format="tabular" label="${fileout_label}" />
+ <data name="fileout_bysample" type="data" format="tabular" label="${fileout_label}.by_sample" />
+    </outputs>
+    
+    <!-- [STRONGLY RECOMMANDED] Exit code rules -->
+    <stdio>
+        <!-- [HELP] If no exit code rule is defined, the tool will stop if anything is written to STDERR -->
+        <exit_code range="1:" level="fatal" />
+    </stdio>
+    
+    <!-- [OPTIONAL] Tests to be run manually by the Galaxy admin -->
+    <tests>
+        <!-- [HELP] Test files have to be in the ~/test-data directory -->
+<!--
+        <test>
+         <param name="input" value="input_test.txt" />
+         <output name="output" file="output_test.txt" />
+        </test>
+-->
+        <!-- [HELP] Multiple tests can be defined with different parameters -->
+<!--
+        <test>
+        </test>
+-->
+    </tests>
+    
+    <!-- [OPTIONAL] Help displayed in Galaxy -->
+    <help>
+
+.. class:: infomark
+
+**Authors** Dereeper Alexis (alexis.dereeper@ird.fr), IRD, South Green platform 
+
+ | **Please cite** "SNiPlay3: a web-based application for exploration and large scale analyses of genomic variations", **Dereeper A. et al.**, Nucl. Acids Res. (1 july 2015) 43 (W1).
+
+
+.. class:: infomark
+
+**Galaxy integration** Andres Gwendoline, Institut Français de Bioinformatique.
+
+.. class:: infomark
+
+**Support** For any questions about Galaxy integration, please send an e-mail to support.abims@sb-roscoff.fr
+
+---------------------------------------------------
+
+
+
+=============
+SNP densities
+=============
+
+-----------
+Description
+-----------
+
+  Calculate SNP densities along chromosome from HapMap
+
+
+-----------------
+Workflow position
+-----------------
+
+**Upstream tool**
+
+=============== ====================== ===========
+Name            output file(s)         format 
+=============== ====================== ===========
+VCF to Hapmap   Hapmap file        hapmap
+=============== ====================== ===========
+
+
+----------
+Input file
+----------
+
+Hapmap file
+ File with SNPs
+
+
+----------
+Parameters
+----------
+
+Step
+        Step in bp for the window to calculate SNP density
+
+Output name
+        Output base name for the two ouput files
+
+
+------------
+Output files
+------------
+
+Output_name
+ Tabular file with SNP density in each postion 
+
+Output_name.by_sample
+ Tabular file with SNP density for each sample
+
+
+---------------------------------------------------
+
+---------------
+Working example
+---------------
+
+Input files
+===========
+
+hapmap file
+-----------
+
+::
+
+ rs#       alleles chrom pos  strand          assembly# center                protLSID assayLSID panelLSID QCcode ref BA58 BA59 BD54
+ chr1:1774 [G/T]   chr1  1774 Cc01_g00010:47  exon      NON_SYNONYMOUS_CODING gCg/gAg  A/E       25.0%     4      GG  TT   TT   TT
+ chr1:1640 [G/A]   chr1  1640 Cc01_g00010:127 exon      NON_SYNONYMOUS_CODING Ccg/Tcg  P/S       37.5%     4      GG  GG   AA   GA
+ chr1:1629 [A/C]   chr1  1629 Cc01_g00010:138 exon      SYNONYMOUS_CODING     ctT/ctG  L/L       37.5%     4      AA  CC   CC   AC
+ chr1:1628 [C/G]   chr1  1628 Cc01_g00010:139 exon      NON_SYNONYMOUS_CODING Ggg/Cgg  G/R       12.5%     4      CC  CC   CC   CG
+ chr1:1619 [T/G]   chr1  1619 Cc01_g00010:148 exon      NON_SYNONYMOUS_CODING Aaa/Caa  K/Q       37.5%     4      TT  TT   GG   TG
+ chr1:1405 [C/T]   chr1  1405 Cc01_g00010:362 exon      NON_SYNONYMOUS_CODING cGg/cAg  R/Q       16.7%     3      CC  CC   NN   CT
+
+Parameters
+==========
+
+Step -> 200000
+
+Output name -> densities
+
+
+Output files
+============
+
+densities
+---------
+
+::
+
+ Chromosome Position SNPs
+ chr1       200000   355
+ chr1       400000   228
+ chr1       600000   63
+ chr1       800000   191
+
+
+densities.by_sample
+-------------------
+
+::
+
+ Chromosome BA58 BA59 BD54
+ chr1       220  197  225
+ chr1       130  119  133
+ chr1       43   43   40
+ chr1       139  167  141
+
+    </help>
+    <citations>
+        <!-- [HELP] As DOI or BibTex entry -->
+     <citation type="bibtex">@article{Dereeper03062015,
+author = {Dereeper, Alexis and Homa, Felix and Andres, Gwendoline and Sempere, Guilhem and Sarah, Gautier and Hueber, Yann and Dufayard, Jean-François and Ruiz, Manuel}, 
+title = {SNiPlay3: a web-based application for exploration and large scale analyses of genomic variations},
+year = {2015}, 
+doi = {10.1093/nar/gkv351}, 
+abstract ={SNiPlay is a web-based tool for detection, management and analysis of genetic variants including both single nucleotide polymorphisms (SNPs) and InDels. Version 3 now extends functionalities in order to easily manage and exploit SNPs derived from next generation sequencing technologies, such as GBS (genotyping by sequencing), WGRS (whole gre-sequencing) and RNA-Seq technologies. Based on the standard VCF (variant call format) format, the application offers an intuitive interface for filtering and comparing polymorphisms using user-defined sets of individuals and then establishing a reliable genotyping data matrix for further analyses. Namely, in addition to the various scaled-up analyses allowed by the application (genomic annotation of SNP, diversity analysis, haplotype reconstruction and network, linkage disequilibrium), SNiPlay3 proposes new modules for GWAS (genome-wide association studies), population stratification, distance tree analysis and visualization of SNP density. Additionally, we developed a suite of Galaxy wrappers for each step of the SNiPlay3 process, so that the complete pipeline can also be deployed on a Galaxy instance using the Galaxy ToolShed procedure and then be computed as a Galaxy workflow. SNiPlay is accessible at http://sniplay.southgreen.fr.}, 
+URL = {http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/06/03/nar.gkv351.abstract}, 
+eprint = {http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/06/03/nar.gkv351.full.pdf+html}, 
+journal = {Nucleic Acids Research} 
+}
+
+     </citation>
+
+    </citations>    
+</tool>
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 SNP_density/calculateSlidingWindowsSNPdensitiesFromHapmap.sh
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/SNP_density/calculateSlidingWindowsSNPdensitiesFromHapmap.sh Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,13 @@
+#!/bin/bash
+
+tool_path=$(dirname $0)
+hapmap=$1
+fileout=$2
+fileout_bysample=$3
+step=$4
+
+perl $tool_path/CalculateSlidingWindowsSNPdensitiesFromHapmap.pl -i $hapmap -o $fileout -s $step
+
+cp  $fileout.by_sample $fileout_bysample
+rm $fileout.by_sample
+
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 SNP_density/test-data/hapmap
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/SNP_density/test-data/hapmap Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
b'@@ -0,0 +1,3584 @@\n+rs#\talleles\tchrom\tpos\tstrand\tassembly#\tcenter\tprotLSID\tassayLSID\tpanelLSID\tQCcode\tref\tBA58\tBA59\tBD54\n+chr1:1774\t[G/T]\tchr1\t1774\tCc01_g00010:47\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tgCg/gAg\tA/E\t25.0%\t4\tGG\tTT\tTT\tTT\n+chr1:1640\t[G/A]\tchr1\t1640\tCc01_g00010:127\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tCcg/Tcg\tP/S\t37.5%\t4\tGG\tGG\tAA\tGA\n+chr1:1629\t[A/C]\tchr1\t1629\tCc01_g00010:138\texon\tSYNONYMOUS_CODING\tctT/ctG\tL/L\t37.5%\t4\tAA\tCC\tCC\tAC\n+chr1:1628\t[C/G]\tchr1\t1628\tCc01_g00010:139\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tGgg/Cgg\tG/R\t12.5%\t4\tCC\tCC\tCC\tCG\n+chr1:1619\t[T/G]\tchr1\t1619\tCc01_g00010:148\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tAaa/Caa\tK/Q\t37.5%\t4\tTT\tTT\tGG\tTG\n+chr1:1405\t[C/T]\tchr1\t1405\tCc01_g00010:362\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tcGg/cAg\tR/Q\t16.7%\t3\tCC\tCC\tNN\tCT\n+chr1:1398\t[T/G]\tchr1\t1398\tCc01_g00010:369\texon\tSYNONYMOUS_CODING\tgcA/gcC\tA/A\t16.7%\t3\tTT\tTT\tNN\tTG\n+chr1:1394\t[G/C]\tchr1\t1394\tCc01_g00010:373\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tCgt/Ggt\tR/G\t16.7%\t3\tGG\tGG\tNN\tGC\n+chr1:1379\t[A/T]\tchr1\t1379\tCc01_g00010:388\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tTac/Aac\tY/N\t16.7%\t3\tAA\tAA\tNN\tAT\n+chr1:1352\t[T/C]\tchr1\t1352\tCc01_g00010:415\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tAct/Gct\tT/A\t33.3%\t3\tTT\tCC\tNN\tCC\n+chr1:1252\t[T/A]\tchr1\t1252\tCc01_g00010:515\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\taAg/aTg\tK/M\t12.5%\t4\tTT\tTT\tTT\tTA\n+chr1:17176\t[T/G]\tchr1\t17176\tCc01_g00030:504\texon\tSYNONYMOUS_CODING\tggT/ggG\tG/G\t12.5%\t4\tTT\tTT\tTG\tTT\n+chr1:18041\t[A/G]\tchr1\t18041\tCc01_g00030:661\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tAtc/Gtc\tI/V\t37.5%\t4\tAA\tAA\tGG\tAG\n+chr1:18442\t[C/A]\tchr1\t18442\tCc01_g00030:929\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\ttCc/tAc\tS/Y\t25.0%\t4\tCC\tCC\tCA\tCA\n+chr1:18478\t[T/C]\tchr1\t18478\tCc01_g00030:965\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tcTa/cCa\tL/P\t25.0%\t4\tTT\tTT\tTC\tTC\n+chr1:18554\t[T/G]\tchr1\t18554\tCc01_g00030:1041\texon\tSYNONYMOUS_CODING\ttcT/tcG\tS/S\t25.0%\t4\tTT\tTT\tTG\tTG\n+chr1:19062\t[T/A]\tchr1\t19062\tCc01_g00030:1151\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\ttTc/tAc\tF/Y\t33.3%\t3\tTT\tNN\tTT\tAA\n+chr1:19078\t[A/G]\tchr1\t19078\tCc01_g00030:1167\texon\tSYNONYMOUS_CODING\taaA/aaG\tK/K\t12.5%\t4\tAA\tAA\tAG\tAA\n+chr1:19138\t[T/C]\tchr1\t19138\tCc01_g00030:1227\texon\tSYNONYMOUS_CODING\ttaT/taC\tY/Y\t25.0%\t4\tTT\tTT\tCT\tTC\n+chr1:22125\t[C/T]\tchr1\t22125\tCc01_g00030:1773\texon\tSYNONYMOUS_CODING\tccC/ccT\tP/P\t25.0%\t4\tCC\tCC\tCT\tCT\n+chr1:22212\t[T/C]\tchr1\t22212\tCc01_g00030:1860\texon\tSYNONYMOUS_CODING\tagT/agC\tS/S\t12.5%\t4\tTT\tTT\tTC\tTT\n+chr1:22342\t[T/A]\tchr1\t22342\tCc01_g00030:1990\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tTca/Aca\tS/T\t25.0%\t4\tTT\tTT\tTA\tTA\n+chr1:22404\t[C/T]\tchr1\t22404\tCc01_g00030:2052\texon\tSYNONYMOUS_CODING\ttgC/tgT\tC/C\t25.0%\t4\tCC\tCC\tCT\tCT\n+chr1:22478\t[C/G]\tchr1\t22478\tCc01_g00030:2126\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\taCt/aGt\tT/S\t25.0%\t4\tCC\tGG\tCC\tCC\n+chr1:22613\t[C/T]\tchr1\t22613\tCc01_g00030:2261\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tgCg/gTg\tA/V\t25.0%\t4\tCC\tTT\tCC\tCC\n+chr1:22657\t[C/T]\tchr1\t22657\tCc01_g00030:2305\texon\tSYNONYMOUS_CODING\tCta/Tta\tL/L\t12.5%\t4\tCC\tCC\tCT\tCC\n+chr1:22758\t[A/G]\tchr1\t22758\tCc01_g00030:2406\texon\tSYNONYMOUS_CODING\tgaA/gaG\tE/E\t25.0%\t4\tAA\tAA\tAG\tAG\n+chr1:22903\t[C/A]\tchr1\t22903\tCc01_g00030:2551\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tCtt/Att\tL/I\t25.0%\t4\tCC\tCC\tCA\tCA\n+chr1:22965\t[G/T]\tchr1\t22965\tCc01_g00030:2613\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tatG/atT\tM/I\t12.5%\t4\tGG\tGG\tTG\tGG\n+chr1:23037\t[A/G]\tchr1\t23037\tCc01_g00030:2685\texon\tSYNONYMOUS_CODING\taaA/aaG\tK/K\t25.0%\t4\tAA\tAA\tAG\tAG\n+chr1:24151\t[A/G]\tchr1\t24151\tCc01_g00030:3063\texon\tSYNONYMOUS_CODING\tgcA/gcG\tA/A\t25.0%\t4\tAA\tAA\tAG\tAG\n+chr1:24436\t[T/C]\tchr1\t24436\tCc01_g00030:3240\texon\tSYNONYMOUS_CODING\tagT/agC\tS/S\t25.0%\t4\tTT\tTT\tTC\tTC\n+chr1:25763\t[G/C]\tchr1\t25763\tCc01_g00030:3610\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tGta/Cta\tV/L\t25.0%\t4\tGG\tGG\tGC\tGC\n+chr1:26910\t[T/G]\tchr1\t26910\tCc01_g00030:3889\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tTct/Gct\tS/A\t25.0%\t4\tTT\tTT\tTG\tTG\n+chr1:26996\t[C/T]\tchr1\t26996\tCc01_g00030:3975\texon\tSYNONYMOUS_CODING\tgaC/gaT\tD/D\t25.0%\t4\tCC\tCC\tCT\tCT\n+chr1:27095\t[A/T]\tchr1\t27095\tCc01_g00030:4074\texon\tSYNONYMOUS_CODING\tccA/ccT\tP/P\t37.5%\t4\tAA\tAA\tTT\tAT\n+chr1:27755\t[C/T]\tchr1\t27755\tCc01_g00030:4734\texon\tSYNONYMOUS_CODING\tagC/agT\tS/S\t25.0%\t4\tCC\tCC\tCT\tCT\n+chr1:30493\t[C/T]\tchr1\t30493\tCc01_g00030:4992\texon\tSYNONYMOUS_CODING\tgaC/gaT\tD/D\t12.5%\t4\tCC\tCC\tCT\tC'..b'n\tSYNONYMOUS_CODING\tacG/acA\tT/T\t25.0%\t4\tCC\tTT\tCC\tCC\n+chr1:3940278\t[G/A]\tchr1\t3940278\tCc01_g02140:861\texon\tSYNONYMOUS_CODING\taaC/aaT\tN/N\t25.0%\t4\tGG\tAA\tGG\tGG\n+chr1:3940190\t[T/C]\tchr1\t3940190\tCc01_g02140:949\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tAtc/Gtc\tI/V\t12.5%\t4\tTT\tTT\tTC\tTT\n+chr1:3940062\t[G/A]\tchr1\t3940062\tCc01_g02140:1077\texon\tSYNONYMOUS_CODING\taaC/aaT\tN/N\t37.5%\t4\tGG\tAA\tGA\tAA\n+chr1:3939962\t[C/A]\tchr1\t3939962\tCc01_g02140:1177\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tGcc/Tcc\tA/S\t12.5%\t4\tCC\tCA\tCC\tCC\n+chr1:3939959\t[G/T]\tchr1\t3939959\tCc01_g02140:1180\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tCtt/Att\tL/I\t25.0%\t4\tGG\tTT\tGG\tGG\n+chr1:3939916\t[C/T]\tchr1\t3939916\tCc01_g02140:1223\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\taGt/aAt\tS/N\t25.0%\t4\tCC\tTT\tCC\tCC\n+chr1:3938977\t[G/C]\tchr1\t3938977\tCc01_g02140:1335\texon\tSYNONYMOUS_CODING\ttcC/tcG\tS/S\t12.5%\t4\tGG\tGC\tGG\tGG\n+chr1:3938798\t[T/G]\tchr1\t3938798\tCc01_g02140:1369\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tAgt/Cgt\tS/R\t37.5%\t4\tTT\tGG\tTG\tTT\n+chr1:3938797\t[C/G]\tchr1\t3938797\tCc01_g02140:1370\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\taGt/aCt\tS/T\t12.5%\t4\tCC\tCC\tCC\tCG\n+chr1:3938792\t[G/A]\tchr1\t3938792\tCc01_g02140:1375\texon\tSYNONYMOUS_CODING\tCta/Tta\tL/L\t12.5%\t4\tGG\tGG\tGG\tAG\n+chr1:3938784\t[C/T]\tchr1\t3938784\tCc01_g02140:1383\texon\tSYNONYMOUS_CODING\tccG/ccA\tP/P\t25.0%\t4\tCC\tTC\tCT\tCC\n+chr1:3938738\t[C/T]\tchr1\t3938738\tCc01_g02140:1429\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tGtt/Att\tV/I\t12.5%\t4\tCC\tCC\tCT\tCC\n+chr1:3938734\t[T/C]\tchr1\t3938734\tCc01_g02140:1433\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tcAa/cGa\tQ/R\t25.0%\t4\tTT\tTT\tTC\tCT\n+chr1:3938731\t[A/G]\tchr1\t3938731\tCc01_g02140:1436\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tgTg/gCg\tV/A\t12.5%\t4\tAA\tAA\tAG\tAA\n+chr1:3938674\t[C/T]\tchr1\t3938674\tCc01_g02140:1493\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\taGt/aAt\tS/N\t12.5%\t4\tCC\tCC\tCT\tCC\n+chr1:3950327\t[A/C]\tchr1\t3950327\tCc01_g02150:300\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tcaT/caG\tH/Q\t37.5%\t4\tAA\tCC\tAC\tAA\n+chr1:3949508\t[G/T]\tchr1\t3949508\tCc01_g02150:438\texon\tSYNONYMOUS_CODING\ttcC/tcA\tS/S\t12.5%\t4\tGG\tGT\tGG\tGG\n+chr1:3949500\t[T/C]\tchr1\t3949500\tCc01_g02150:446\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\ttAt/tGt\tY/C\t12.5%\t4\tTT\tTT\tTC\tTT\n+chr1:3949478\t[G/A]\tchr1\t3949478\tCc01_g02150:468\texon\tSYNONYMOUS_CODING\tcgC/cgT\tR/R\t12.5%\t4\tGG\tGG\tGA\tGG\n+chr1:3949470\t[C/T]\tchr1\t3949470\tCc01_g02150:476\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\taGg/aAg\tR/K\t25.0%\t4\tCC\tTT\tCC\tCC\n+chr1:3949465\t[C/G]\tchr1\t3949465\tCc01_g02150:481\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tGgt/Cgt\tG/R\t37.5%\t4\tCC\tGG\tCG\tCC\n+chr1:3949086\t[C/T]\tchr1\t3949086\tCc01_g02150:541\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tGtc/Atc\tV/I\t12.5%\t4\tCC\tCC\tCT\tCC\n+chr1:3967535\t[C/T]\tchr1\t3967535\tCc01_g02160:57\texon\tSYNONYMOUS_CODING\tcgG/cgA\tR/R\t12.5%\t4\tCC\tCT\tCC\tCC\n+chr1:3967530\t[A/T]\tchr1\t3967530\tCc01_g02160:62\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tcTg/cAg\tL/Q\t12.5%\t4\tAA\tAA\tAA\tAT\n+chr1:3967524\t[G/A]\tchr1\t3967524\tCc01_g02160:68\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tcCa/cTa\tP/L\t37.5%\t4\tGG\tAG\tGA\tAG\n+chr1:3967512\t[A/G]\tchr1\t3967512\tCc01_g02160:80\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\taTa/aCa\tI/T\t12.5%\t4\tAA\tAA\tAG\tAA\n+chr1:3967435\t[A/G]\tchr1\t3967435\tCc01_g02160:157\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tTcc/Ccc\tS/P\t25.0%\t4\tAA\tAG\tAA\tAG\n+chr1:3967421\t[G/A]\tchr1\t3967421\tCc01_g02160:171\texon\tSYNONYMOUS_CODING\tacC/acT\tT/T\t12.5%\t4\tGG\tAG\tGG\tGG\n+chr1:3967412\t[A/C]\tchr1\t3967412\tCc01_g02160:180\texon\tSTOP_GAINED\ttaT/taG\tY/0\t37.5%\t4\tAA\tAC\tAC\tAC\n+chr1:3967382\t[A/G]\tchr1\t3967382\tCc01_g02160:210\texon\tSYNONYMOUS_CODING\tccT/ccC\tP/P\t25.0%\t4\tAA\tGA\tGA\tAA\n+chr1:3967354\t[G/T]\tchr1\t3967354\tCc01_g02160:238\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tCaa/Aaa\tQ/K\t12.5%\t4\tGG\tGG\tGG\tGT\n+chr1:3967352\t[T/C]\tchr1\t3967352\tCc01_g02160:240\texon\tSYNONYMOUS_CODING\tcaA/caG\tQ/Q\t37.5%\t4\tTT\tCC\tCT\tCC\n+chr1:3967310\t[G/C]\tchr1\t3967310\tCc01_g02160:282\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tatC/atG\tI/M\t37.5%\t4\tGG\tGC\tGC\tGC\n+chr1:3967300\t[C/T]\tchr1\t3967300\tCc01_g02160:292\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tGat/Aat\tD/N\t12.5%\t4\tCC\tCC\tCC\tTC\n+chr1:3967295\t[G/A]\tchr1\t3967295\tCc01_g02160:297\texon\tSYNONYMOUS_CODING\tatC/atT\tI/I\t12.5%\t4\tGG\tGG\tGA\tGG\n+chr1:3966909\t[T/A]\tchr1\t3966909\tCc01_g02160:683\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\ttAt/tTt\tY/F\t12.5%\t4\tTT\tTA\tTT\tTT\n+chr1:3966784\t[G/A]\tchr1\t3966784\tCc01_g02160:808\texon\tNON_SYNONYMOUS_CODING\tCtt/Ttt\tL/F\t16.7%\t3\tGG\tNN\tGA\tGG\n'
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 SNP_density/test-data/result.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/SNP_density/test-data/result.txt Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,21 @@
+Chromosome Position SNPs
+chr1 200000 355
+chr1 400000 228
+chr1 600000 63
+chr1 800000 191
+chr1 1000000 88
+chr1 1200000 90
+chr1 1400000 190
+chr1 1600000 267
+chr1 1800000 226
+chr1 2000000 163
+chr1 2200000 357
+chr1 2400000 132
+chr1 2600000 158
+chr1 2800000 104
+chr1 3000000 146
+chr1 3200000 331
+chr1 3400000 181
+chr1 3600000 36
+chr1 3800000 167
+chr1 4000000 110
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 SNP_density/test-data/result_bysample.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/SNP_density/test-data/result_bysample.txt Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,21 @@
+Chromosome BA58 BA59 BD54
+chr1 220 197 225
+chr1 130 119 133
+chr1 43 43 40
+chr1 139 167 141
+chr1 62 72 78
+chr1 35 76 38
+chr1 98 123 82
+chr1 133 205 135
+chr1 94 141 151
+chr1 112 116 117
+chr1 228 238 204
+chr1 86 95 96
+chr1 60 106 82
+chr1 60 74 64
+chr1 106 112 115
+chr1 199 220 228
+chr1 151 94 64
+chr1 18 32 27
+chr1 87 90 100
+chr1 54 75 47
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 VCF2Hapmap/VCF2FastaAndHapmap.pl
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/VCF2Hapmap/VCF2FastaAndHapmap.pl Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
b'@@ -0,0 +1,525 @@\n+\n+#!/usr/bin/perl\n+\n+use strict;\n+use Getopt::Long;\n+\n+my $usage = qq~Usage:$0 <args> [<opts>]\n+\n+where <args> are:\n+\n+    -v, --vcf          <VCF input>\n+    -o, --out          <Output basename>\n+      \n+<opts> are:\n+\n+    -r, --reference    <Reference fasta file>\n+    -g, --gff          <GFF input file to create alignments of genes>\n+~;\n+$usage .= "\\n";\n+\n+my ($input,$out,$reference,$gff);\n+\n+\n+\n+GetOptions(\n+\t"vcf=s"          => \\$input,\n+\t"out=s"          => \\$out,\n+\t"reference=s"    => \\$reference,\n+\t"gff=s"          => \\$gff\n+);\n+\n+\n+die $usage\n+  if ( !$input || !$out);\n+ \n+if ($gff && !$reference)\n+{\n+\tdie "You must provide a Fasta reference file when providing GFF annotation\\n";\n+}\n+\n+ \n+my %ref_sequences;  \n+if ($reference)\n+{\n+\tmy $id;\n+\tmy $sequence = "";\n+\topen(my $R,$reference) or die "cannot open file: $reference";\n+\twhile(<$R>)\n+\t{\n+\t\tmy $line =$_;\n+\t\t$line =~s/\\n//g;\n+\t\t$line =~s/\\r//g;\n+\t\tif ($line =~ />([^\\s]+)/){\n+\t\t\t$ref_sequences{$id} = $sequence;\n+\t\t\t$id=$1;$sequence="";\n+\t\t}\n+\t\telse\n+\t\t{\n+\t\t\t$sequence .= $line;\n+\t\t}\n+\t}\n+\tclose($R);\n+\t$ref_sequences{$id} = $sequence;\n+}\n+\n+\n+my %chr_of_gene;\n+my %ann;\n+if ($gff)\n+{\n+\topen(my $G,$gff) or die "cannot open file: $gff";\n+\twhile(<$G>)\n+\t{\n+\t\tmy $line =$_;\n+\t\t$line =~s/\\n//g;\n+\t\t$line =~s/\\r//g;\n+\t\tmy @i = split(/\\t/,$line);\n+\t\tmy $chr = $i[0];\n+\t\tmy $feature = $i[2];\n+\t\tmy $strand = $i[6];\n+\t\tmy $start = $i[3];\n+\t\tmy $stop = $i[4];\n+\t\tmy $inf = $i[8];\n+\t\tif ($feature eq \'gene\')\n+\t\t{\n+\t\t\t if ($inf =~/Name=([\\w\\-\\.]+)[;\\s]*/){$inf = $1;}\n+\t\t\t$ann{$inf}{"start"}=$start;\n+\t\t\t$ann{$inf}{"stop"}=$stop;\n+\t\t\t$ann{$inf}{"strand"}=$strand;\n+\t\t\t$chr_of_gene{$inf} = $chr;\n+\t\t}\n+\t}\n+\tclose($G);\n+}\n+\n+\n+\n+my %IUPAC =\n+(\n+        \'[A/G]\'=> "R",\n+        \'[G/A]\'=> "R",\n+        \'[C/T]\'=> "Y",\n+        \'[T/C]\'=> "Y",\n+        \'[T/G]\'=> "K",\n+        \'[G/T]\'=> "K",\n+        \'[C/G]\'=> "S",\n+        \'[G/C]\'=> "S",\n+        \'[A/T]\'=> "W",\n+        \'[T/A]\'=> "W",\n+        \'[A/C]\'=> "M",\n+        \'[C/A]\'=> "M",\n+        \'[C/A/T]\'=> "H",\n+        \'[A/T/C]\'=> "H",\n+        \'[A/C/T]\'=> "H",\n+        \'[C/T/A]\'=> "H",\n+        \'[T/C/A]\'=> "H",\n+        \'[T/A/C]\'=> "H",\n+        \'[C/A/G]\'=> "V",\n+        \'[A/G/C]\'=> "V",\n+        \'[A/C/G]\'=> "V",\n+        \'[C/G/A]\'=> "V",\n+        \'[G/C/A]\'=> "V",\n+        \'[G/A/C]\'=> "V",\n+        \'[C/T/G]\'=> "B",\n+        \'[T/G/C]\'=> "B",\n+        \'[T/C/G]\'=> "B",\n+        \'[C/G/T]\'=> "B",\n+        \'[G/C/T]\'=> "B",\n+        \'[G/T/C]\'=> "B",\n+        \'[T/A/G]\'=> "D",\n+        \'[A/G/T]\'=> "D",\n+        \'[A/T/G]\'=> "D",\n+        \'[T/G/A]\'=> "D",\n+        \'[G/T/A]\'=> "D",\n+        \'[G/A/T]\'=> "D",\n+);\n+\n+my %snps_of_gene;\n+my %snps_of_gene2;\n+my %indiv_order;\n+my $indiv_list;\n+my %genotyping_infos;\n+my $num_line = 0;\n+my $genename_rank_in_snpeff = 4;\n+\n+my $find_annotations = `grep -c \'EFF=\' $input`;\n+\n+open(my $HAPMAP,">$out.hapmap");\n+print $HAPMAP "rs#\talleles\tchrom\tpos\tgene\tfeature\teffect\tcodon_change\tamino_acid_change\tMAF\tmissing_data";\n+open(my $VCF,$input);\n+while(<$VCF>)\n+{\n+\tmy $line = $_;\n+\tchomp($line);\n+\tmy @infos = split(/\\t/,$line);\n+\t\n+\tif (/^##INFO=\\<ID=EFF/ && /Amino_Acid_length \\| Gene_Name \\| Transcript_BioType \\| Gene_Coding/)\n+\t{\n+\t\t$genename_rank_in_snpeff = 8;\n+\t}\n+\n+\tif (scalar @infos > 9)\n+\t{\n+\t\tif (/#CHROM/)\n+\t\t{\n+\t\t\tfor (my $j=9;$j<=$#infos;$j++)\n+\t\t\t{\n+\t\t\t\tmy $individu = $infos[$j];\n+\t\t\t\t$indiv_list .= "\t$individu";\n+\t\t\t\t$indiv_order{$j} = $individu;\n+\t\t\t}\n+\t\t\tprint $HAPMAP "$indiv_list\\n";\n+\t\t}\n+\t\telsif (!/^#/)\n+\t\t{\n+\t\t\t$num_line++;\n+\n+\t\t\tmy $chromosome = $infos[0];\n+\t\t\tmy $chromosome_position = $infos[1];\n+\t\t\tmy $ref_allele = $infos[3];\n+\t\t\tmy $alt_allele = $infos[4];\n+                    \t\n+\t\t\tif ($ref_allele =~/\\w\\w+/)\n+\t\t\t{\n+\t\t\t\t$ref_allele = "A";\n+\t\t\t\t$alt_allele = "T";\n+\t\t\t}\n+\t\t\telsif ($alt_allele =~/\\w\\w+/)\n+\t\t\t{\n+\t\t\t\t$ref_allele = "T";\n+\t\t\t\t$alt_allele = "A";\n+\t\t\t}\n+\t\t\t\n+\t\t\tmy $info = $infos[7];\n+\t\t\tmy $is_in_exon = "#";\n+\t\t\tmy $is_synonyme = "#";\n+\t\t\tmy $gene;\n+\t\t\tif ($find_annotations > 1)\n+\t\t\t{\n+'..b'\n+\t\t\tmy $stop = $ann{$seq}{"stop"};\n+\t\t\tmy $strand = $ann{$seq}{"strand"};\n+\t\t\tmy $genelength = $stop - $start+1;\n+\t\t\tmy $chr = $chr_of_gene{$seq};\n+\t\tmy $refseq = substr($ref_sequences{$chr},$start-1,$genelength);\n+\t\tif ($strand eq \'-\')\n+\t\t{\n+\t\t\t$refseq =~ tr /atcgATCG/tagcTAGC/; $refseq = reverse($refseq);\n+\t\t}\t\n+\t\t#print "$seq $chr $start $stop $refseq \\n";\n+\t\tmy $previous = 0;\n+\t\tforeach my $pos(sort {$a<=>$b} keys(%hashreal))\n+\t\t{\n+\t\t\tmy $length = $pos - $previous - 1;\n+\t\t\t$flanking5{$pos} = substr($refseq,$previous,$length);\n+\t\t\t$previous = $pos;\n+\t\t}\n+\t\tmy $length = length($refseq) - $previous;\n+\t\tmy $flanking3 = substr($refseq,$previous,$length);\n+\t\tforeach my $ind(@individuals_list)\n+\t\t{\n+\t\t\tmy $nb_missing_data_for_this_individual = 0;\n+\t\t\tif ($ind)\n+\t\t\t{\n+                                                my $alignment_for_ind = "";\n+                                                my $seq_without_underscore = $seq;\n+                                                $seq_without_underscore =~s/_//g;\n+                                                $alignment_for_ind .= ">$seq_without_underscore" . "_$ind" . "_1\\n";\n+                                                foreach my $pos(sort {$a<=>$b} keys(%hashreal))\n+                                                {\n+                                                        $alignment_for_ind .= $flanking5{$pos};\n+                                                        my $geno = $snps_of_gene{$seq}{$pos}{$ind};\n+                                                        $geno =~s/N/?/g;\n+                                                        if ($geno =~/\\?/){$nb_missing_data_for_this_individual++;}\n+                                                        my @alleles = split("",$geno);\n+                                                        $alignment_for_ind .= $alleles[0];\n+                                                        if ($alleles[0] eq $alleles[1])\n+                                                        {\n+                                                                $alignments_ind{$ind} .= $alleles[1];\n+                                                        }\n+                                                        else\n+                                                        {\n+                                                                my $snp_type = "[" . $alleles[0] . "/" . $alleles[1] . "]";\n+                                                                $alignments_ind{$ind} .= $IUPAC{$snp_type};\n+                                                        }\n+                                                }\n+                                                $alignment_for_ind .= $flanking3;\n+\t\t\t\t\t\t$alignment_for_ind .= "\\n";\n+\t\t\t\n+\t\t\t\n+                                                $alignment_for_ind .= ">$seq_without_underscore" . "_$ind" . "_2\\n";\n+                                                foreach my $pos(sort {$a<=>$b} keys(%hashreal))\n+                                                {\n+                                                        $alignment_for_ind .= $flanking5{$pos};\n+                                                        my $geno = $snps_of_gene{$seq}{$pos}{$ind};\n+                                                        $geno =~s/N/?/g;\n+                                                        my @alleles = split("",$geno);\n+                                                        $alignment_for_ind .= $alleles[1];\n+                                                }\n+                                                $alignment_for_ind .= $flanking3;\n+\t\t\t\t\t\t$alignment_for_ind .= "\\n";\n+                                                if (keys(%hashreal) != $nb_missing_data_for_this_individual)\n+                                                {\n+                                                        print $ALIGN_EGGLIB $alignment_for_ind;\n+                                                }\n+\t\t\t}\n+\t\t}\n+\t}\n+}\n+close($ALIGN_EGGLIB);\n+\n+\n+\n'
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 VCF2Hapmap/vcf2FastaAndHapmap.sh
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/VCF2Hapmap/vcf2FastaAndHapmap.sh Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
@@ -0,0 +1,45 @@
+#!/bin/bash
+
+tool_path=$(dirname $0)
+
+
+
+filein=$1
+fileout_label=$2
+fileout=$3
+option=$4
+
+option_text=''
+
+
+if [ "$option" != "none" ]
+then fileout_seq=$5 
+ fileout_fa1=$6 
+ filefasta=$7
+ if [ "$option" == "fasta_gff" ]
+ then filegff=$8
+ fi
+fi
+
+if [ "$option" == "fasta" ]
+then option_text="--reference $filefasta"
+fi
+
+if [ "$option" == "fasta_gff" ]
+then option_text="--reference $filefasta --gff $filegff"
+fi
+
+
+perl $tool_path/VCF2FastaAndHapmap.pl --vcf $filein --out $fileout_label $option_text
+
+
+cp  $fileout_label.hapmap $fileout ; rm $fileout_label.hapmap
+
+if [ "$option" == "fasta_gff" ]
+then cp  $fileout_label.flanking.txt $fileout_seq ; rm $fileout_label.flanking.txt ; cp  $fileout_label.gene_alignment.fas $fileout_fa1 ; rm $fileout_label.gene_alignment.fas ;
+fi
+
+if [ "$option" == "fasta" ]
+then cp  $fileout_label.flanking.txt $fileout_seq ; rm $fileout_label.flanking.txt ;
+fi
+
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 VCF2Hapmap/vcf2FastaAndHapmap.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/VCF2Hapmap/vcf2FastaAndHapmap.xml Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
b'@@ -0,0 +1,251 @@\n+<tool id="sniplay_vcf2fastaandhapmap" name="VCF to Hapmap" version="1.1.0">\n+    \n+    <!-- [REQUIRED] Tool description displayed after the tool name -->\n+    <description> Convert VCF to Hapmap  </description>\n+    \n+    <!-- [OPTIONAL] 3rd party tools, binaries, modules... required for the tool to work -->\n+    <requirements>\n+        <requirement type="binary">perl</requirement>\n+    </requirements>\n+    \n+    <!-- [OPTIONAL] Command to be executed to get the tool\'s version string -->\n+    <version_command>\n+<!--\n+        tool_binary -v\n+-->\n+    </version_command>\n+    \n+    <!-- [REQUIRED] The command to execute -->\n+    <command interpreter="bash">\n+\tvcf2FastaAndHapmap.sh $filein $fileout_label $fileout $optional.file_opt \n+\t#if str( $optional.file_opt ) != "none":\n+\t\t$fileout_seq $fileout_fa1 $filefasta \n+\t\t#if str( $optional.file_opt ) == "fasta_gff":\n+\t\t$filegff\n+\t\t#end if\n+\t#end if\n+    </command>\n+     \n+    <!-- [REQUIRED] Input files and tool parameters -->\n+    <inputs>\n+\t<param name="filein" type="data" format="vcf" optional="false" label="VCF input" />\n+\t<param name="fileout_label" type="text" value="input" optional="false" label="Output file basename"/>\n+\t<conditional name="optional" >\n+\t    <param name="file_opt" type="select" label="Optional files" >\n+\t    \t<option value="none" selected="true">No</option>\n+\t    \t<option value="fasta">Fasta</option>\n+            \t<option value="fasta_gff">Fasta and GFF</option>\n+            </param>\n+\t    <when value="none" />\n+            <when value="fasta">\n+\t\t<param name="filefasta" type="data" format="fasta" optional="false" label="Fasta file input" />\n+            </when>\n+\t    <when value="fasta_gff">\n+\t\t<param name="filefasta" type="data" format="fasta" optional="false" label="Fasta file input" />\n+\t\t<param name="filegff" type="data" format="gff" optional="false" label="GFF file input" help="VCF file must be annotated" />\n+            </when>\n+        </conditional>\n+    </inputs>\n+    \n+    <!-- [REQUIRED] Output files -->\n+    <outputs>\n+\t<data name="fileout" format="txt" label="${fileout_label}.hapmap" />\n+\t<data name="fileout_seq" format="txt" label="${fileout_label}.flanking.txt">\n+\t\t<filter>(optional[\'file_opt\'] != \'none\')</filter>\n+\t</data>\n+\t<data name="fileout_fa1" format="fasta" label="${fileout_label}.gene_alignment.fas">\n+\t\t<filter>(optional[\'file_opt\'] == \'fasta_gff\')</filter>\n+\t</data>\n+    </outputs>\n+    \n+    <!-- [STRONGLY RECOMMANDED] Exit code rules -->\n+    <stdio>\n+        <!-- [HELP] If no exit code rule is defined, the tool will stop if anything is written to STDERR -->\n+        <exit_code range="1:" level="fatal" />\n+    </stdio>\n+    \n+    <!-- [OPTIONAL] Tests to be run manually by the Galaxy admin -->\n+    <tests>\n+        <!-- [HELP] Test files have to be in the ~/test-data directory -->\n+        <test>\n+         <param name="filein" value="sample.vcf" />\n+         <param name="otpional.file_opt" value="none" />\n+         <output name="fileout" file="result1.hapmap" />\n+        </test>\n+\t<test>\n+         <param name="filein" value="sample.vcf" />\n+\t <param name="otpional.file_opt" value="fasta" />\n+         <param name="filefasta" value="reference.fa" />\n+         <output name="fileout" file="result2.hapmap" />\n+         <output name="fileout_seq" file="result2.flanking.txt" />\n+         <output name="fileout_fa1" file="result2.gene_alignment.fas" />\n+        </test>\n+    </tests>\n+    \n+    <!-- [OPTIONAL] Help displayed in Galaxy -->\n+    <help>\n+\n+\n+.. class:: infomark\n+\n+**Authors** Dereeper Alexis (alexis.dereeper@ird.fr), IRD, South Green platform\n+\n+ | **Please cite** "SNiPlay3: a web-based application for exploration and large scale analyses of genomic variations", **Dereeper A. et al.**, Nucl. Acids Res. (1 july 2015) 43 (W1).\n+\n+.. class:: infomark\n+\n+**Galaxy integration** Andres Gwendoline, Institut Fran\xc3\xa7ais de Bioinformatique. \n+\n+.. class:: infomark\n+\n+**Support** For any questions, please send an e-mail '..b's fasta file and GFF file.\n+\n+------------\n+Output files\n+------------\n+\n+Hapmap file \n+\tHapmap converted file\n+\n+Additional files \n+\tIf you add fasta and/or GFF file as reference, you obtain 3 more files : One with flanking sequence and a fasta file\n+\n+---------------------------------------------------\n+\n+---------------\n+Working example\n+---------------\n+\n+Input files\n+===========\n+\n+VCF file\n+---------\n+\n+::\n+\n+\t#fileformat=VCFv4.1\n+\t#FILTER=&lt;ID=LowQual,Description="Low quality">\n+\t#FORMAT=&lt;ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">\n+\t[...]\n+\tCHROM\tPOS\tID\tREF\tALT\tQUAL\tFILTER\tINFO\tFORMAT\tCATB1\n+\tchr1\t2209\t.\tG\tT\t213.84\t.\tAC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.50;MQ0=0;QD=30.55;EFF=DOWNSTREAM(MODIFIER||||Cc01g00020|mRNA||GSCOCT00012438001|),UPSTREAM(MODIFIER||||Cc01g00010|mRNA||GSCOCT00012439001|)\tGT:AD:DP:GQ:PL\t1/1:0,7:7:18:242,18,0\n+\n+Fasta file\n+----------\n+\n+\n+::\n+\n+\t>chr1\n+\tCAGTAAAGTTTGCAAAGAGATTCTGGCAAAGTT\n+\n+Parameters\n+==========\n+\n+Output name -> input\n+\n+Optional files -> Fasta\n+\n+\n+Output files\n+============\n+\n+input.hapmap\n+------------\n+\n+::\n+\n+        rs#\talleles\tchrom\tpos\tstrand\tassembly#\tcenter\tprotLSID\tassayLSID\tpanelLSID\tQCcode\tCATB1\n+\tchr1:2209\tG/T\tchr1\t2209\t+\tNA\tNA\tNA\tNA\tNA\tNA\tGG\tTT\n+\tchr1:2232\tA/C\tchr1\t2232\t+\tNA\tNA\tNA\tNA\tNA\tNA\tAA\tCC\n+\n+input.flanking.txt\n+------------------\n+\n+::\n+\n+\tchr1-2209,GTCGCATCTGCAGCATATAGCCAACCTTCAACTTGCAGCTAAAACTCATCATCTCTTTCT[G/T]ACTGGCTTAACGATATTGTAAGMTGACTCAGAGGCCCACTTTTTTTTTAAAAATYAGCCT,0,0,0,Project_name,0,diploid,Other,Forward\n+\tchr1-2232,ACCTTCAACTTGCAGCTAAAACTCATCATCTCTTTCTKACTGGCTTAACGATATTGTAAG[A/C]TGACTCAGAGGCCCACTTTTTTTTTAAAAATYAGCCTGTCCCCAGCCGTGCTGACTGGGC,0,0,0,Project_name,0,diploid,Other,Forward\n+\n+input.gene_alignment.fas\n+------------------------\n+\n+::\n+\n+\t>chr1_CATB1_1\n+\tTCCTCAAACTTTCTTCAGCGCCTATGAATACAGCGTGCTATAGTTACGTGGGGCGTTT\n+\n+\t\n+    </help>\n+\n+    <citations>\n+        <!-- [HELP] As DOI or BibTex entry -->\n+    \t<citation type="bibtex">@article{Dereeper03062015,\n+author = {Dereeper, Alexis and Homa, Felix and Andres, Gwendoline and Sempere, Guilhem and Sarah, Gautier and Hueber, Yann and Dufayard, Jean-Fran\xc3\xa7ois and Ruiz, Manuel}, \n+title = {SNiPlay3: a web-based application for exploration and large scale analyses of genomic variations},\n+year = {2015}, \n+doi = {10.1093/nar/gkv351}, \n+abstract ={SNiPlay is a web-based tool for detection, management and analysis of genetic variants including both single nucleotide polymorphisms (SNPs) and InDels. Version 3 now extends functionalities in order to easily manage and exploit SNPs derived from next generation sequencing technologies, such as GBS (genotyping by sequencing), WGRS (whole gre-sequencing) and RNA-Seq technologies. Based on the standard VCF (variant call format) format, the application offers an intuitive interface for filtering and comparing polymorphisms using user-defined sets of individuals and then establishing a reliable genotyping data matrix for further analyses. Namely, in addition to the various scaled-up analyses allowed by the application (genomic annotation of SNP, diversity analysis, haplotype reconstruction and network, linkage disequilibrium), SNiPlay3 proposes new modules for GWAS (genome-wide association studies), population stratification, distance tree analysis and visualization of SNP density. Additionally, we developed a suite of Galaxy wrappers for each step of the SNiPlay3 process, so that the complete pipeline can also be deployed on a Galaxy instance using the Galaxy ToolShed procedure and then be computed as a Galaxy workflow. SNiPlay is accessible at http://sniplay.southgreen.fr.}, \n+URL = {http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/06/03/nar.gkv351.abstract}, \n+eprint = {http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/06/03/nar.gkv351.full.pdf+html}, \n+journal = {Nucleic Acids Research} \n+}\n+\n+    \t}</citation>\n+\n+    </citations>\n+    \n+</tool>\n'
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 check_gwas_inputs/CheckGWASInputs.pl
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/check_gwas_inputs/CheckGWASInputs.pl Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
@@ -0,0 +1,184 @@
+#!/usr/bin/perl
+
+use strict;
+use Switch;
+use Getopt::Long;
+
+my $usage = qq~Usage:$0 <args> [<opts>]
+where <args> are:
+    -h, --hapmap       <Hapmap input file>
+    -t, --trait        <Trait input file>
+    -o, --out          <Output base name>
+~;
+$usage .= "\n";
+
+my ($hapmap,$trait,$out);
+
+
+GetOptions(
+        "trait=s"      => \$trait,
+        "out=s"        => \$out,
+        "hapmap=s"     => \$hapmap
+);
+
+
+die $usage
+  if ( !$trait || !$out || !$hapmap);
+  
+my %inds;
+
+#######################################
+# get individuals in trait file
+#######################################
+my %traits;
+my $head_trait = `head -1 $trait`;
+open(my $T,$trait);
+<$T>;
+while(<$T>)
+{
+ my @infos = split(/\t/,$_);
+ my $ind = $infos[0];
+ $inds{$ind}++;
+ $traits{$ind} = $_;
+}
+close($T);
+my $nb_ind_trait = scalar keys(%traits);
+
+#######################################
+# get individuals in hapmap file
+#######################################
+my $line_ind = `head -1 $hapmap`;
+chomp($line_ind);
+my @infos = split(/\t/,$line_ind);
+for (my $i = 11; $i <= $#infos; $i++)
+{
+ my $ind = $infos[$i];
+ $inds{$ind}++;
+}
+my $nb_ind_hapmap = scalar @infos - 11;
+
+#################################################################
+# create trait output by keeping individuals found in both files
+#################################################################
+open(my $O,">$out.trait");
+print $O $head_trait;
+my $nb_common = 0;
+foreach my $ind(keys(%inds))
+{
+ my $nb_found = $inds{$ind};
+ if ($nb_found == 2)
+ {
+ $nb_common++;
+ print $O $traits{$ind};
+ }
+}
+close($O);
+
+
+#####################################################################
+# create hapmap output after keeping individuals found in both files
+# and removing monomorphic positions
+#####################################################################
+open(my $O2,">$out.hapmap");
+my $numline = 0;
+my %genotypes;
+my %columns_to_keep;
+my $nb_monomorphic = 0;
+my $not_biallelic = 0;
+my $diff_variation = 0;
+open(my $H,$hapmap);
+while(<$H>)
+{
+ $numline++;
+ my $line = $_;
+ $line =~s/\n//g;
+ $line =~s/\r//g;
+ my @infos = split(/\t/,$line);
+ if ($numline == 1)
+ {
+ my @titles;
+ for (my $i = 0; $i <= 10; $i++)
+ {
+ my $title = $infos[$i];
+ push(@titles,$title);
+ }
+ print $O2 join("\t",@titles);
+ for (my $i = 11; $i <= $#infos; $i++)
+ {
+ my $ind = $infos[$i];
+ my $nb_found = $inds{$ind};
+ if ($nb_found == 2)
+ {
+ print $O2 " $ind";
+ $columns_to_keep{$i} = 1;
+ }
+ }
+ print $O2 "\n";
+ }
+ else
+ {
+ my $to_be_printed = "";
+ my $variation = $infos[1];
+        for (my $i = 0; $i <= 10; $i++)
+ {
+ my $title = $infos[$i];
+ $to_be_printed .= "$title ";
+ }
+ my %letters;
+ for (my $i = 11; $i <= $#infos; $i++)
+ {
+ if ($columns_to_keep{$i})
+ {
+ my $genotype = $infos[$i];
+ if ($genotype ne 'NN')
+ {
+ my ($allele1,$allele2) = split(//,$genotype);
+ $letters{$allele1}=1;
+ $letters{$allele2}=1;
+ }
+ $to_be_printed .= "$genotype ";
+ }
+ }
+ chop($to_be_printed);
+
+ my $variation_obs = join("/",sort keys(%letters));
+
+ # print only if polymorphic
+ if (scalar keys(%letters) < 2)
+ {
+ $nb_monomorphic++;
+ }
+ elsif (scalar keys(%letters) > 2)
+ {
+ $not_biallelic++;
+ }
+ else
+ {
+ if ($variation ne $variation_obs)
+ {
+ $to_be_printed =~s/$variation/$variation_obs/;
+ $diff_variation++;
+ }
+
+ print $O2 $to_be_printed . "\n";
+ }
+ }
+}
+close($H);
+close($O2);
+
+print "==============================================\n";
+print "Individuals\n";
+print "==============================================\n";
+print "Individuals in hapmap file: $nb_ind_hapmap\n";
+print "Individuals in trait file: $nb_ind_trait\n";
+print "Individuals found in both files: $nb_common\n";
+print "==============================================\n";
+print "Markers\n";
+print "==============================================\n";
+print "Discarded markers:\n";
+print "Monomorphic: $nb_monomorphic\n";
+print "Not biallelic: $not_biallelic\n";
+print "Modified markers:\n";
+print "Difference in variation: $diff_variation\n";
+
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 check_gwas_inputs/CheckGWASInputs.sh
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/check_gwas_inputs/CheckGWASInputs.sh Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,17 @@
+#!/bin/bash
+hapmap=$1
+trait=$2
+out_hapmap=$3
+out_trait=$4
+stats=$5
+
+directory=`dirname $0`
+mkdir tmpdir$$
+#cp -rf $input tmpdir$$/input

+perl $directory/CheckGWASInputs.pl -h $hapmap -t $trait -o tmpdir$$/out >>$stats 2>&1
+
+mv tmpdir$$/out.hapmap $out_hapmap
+mv tmpdir$$/out.trait $out_trait
+
+
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 check_gwas_inputs/CheckGWASInputs.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/check_gwas_inputs/CheckGWASInputs.xml Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
@@ -0,0 +1,184 @@
+<tool id="check_GWAS_inputs" name="Check GWAS Inputs" version="1.1">
+ <description>checks concordance between input files for GWAS analysis</description>
+ <command interpreter="bash">./CheckGWASInputs.sh $hapmap $trait $out_hapmap $out_trait $stats
+    </command>
+ <inputs>
+ <param format="txt" name="hapmap" type="data" label="Allelic file in Hapmap format" help="Allelic file in Hapmap format"/>
+ <param format="txt" name="trait" type="data" label="Trait file" help="Phenotypic file"/>
+ </inputs>
+ <outputs>
+ <data format="txt" name="out_hapmap" label="Hapmap output"/>
+ <data format="txt" name="out_trait" label="Trait output"/>
+ <data format="txt" name="stats" label="Logfile and statistics"/>
+ </outputs>
+    <!-- [STRONGLY RECOMMANDED] Exit code rules -->
+    <stdio>
+        <!-- [HELP] If no exit code rule is defined, the tool will stop if anything is written to STDERR -->
+        <exit_code range="1:" level="fatal" />
+    </stdio>
+    
+    <!-- [OPTIONAL] Tests to be run manually by the Galaxy admin -->
+    <tests>
+        <!-- [HELP] Test files have to be in the ~/test-data directory -->
+        <!-- [HELP] Multiple tests can be defined with different parameters -->
+<!--
+        <test>
+        </test>
+-->
+    </tests>
+ <help>
+
+        <![CDATA[
+
+
+.. class:: infomark
+
+**Authors** South Green
+
+  | **Please cite** "SNiPlay3: a web-based application for exploration and large scale analyses of genomic variations", **Dereeper A. et al.**, Nucl. Acids Res. (1 july 2015) 43 (W1).
+
+.. class:: infomark
+
+**Galaxy integration** South Green.
+
+---------------------------------------------------
+
+
+===============
+CheckGWASInputs
+===============
+
+-----------
+Description
+-----------
+
+  | CheckGWASInputs checks concordance between input files for GWAS analysis.
+
+
+-----------------
+Workflow position
+-----------------
+
+**Upstream tool**
+
+=============== ====================== ===========
+Name            output file(s)         format 
+=============== ====================== ===========
+VCF to Hapmap   Hapmap file        hapmap
+=============== ====================== ===========
+
+
+
+
+----------
+Input file
+----------
+
+Hapmap file
+ Allelic file in Hapmap format
+
+Trait file
+ Phenotypic file
+
+------------
+Output files
+------------
+
+Hapmap output
+
+Trait output
+
+Logfile and statistics
+
+---------------------------------------------------
+
+---------------
+Working example
+---------------
+
+Input files
+===========
+
+Hapmap file
+-----------
+
+::
+
+ rs# alleles chrom pos strand assembly# center protLSID assayLSID panel QCcode Ind1 Ind2
+ SNP1 A/T 1 3102 + assembly NA NA NA speciesname NA AA AA AA
+ SNP2 A/T 1 4648 + assembly NA NA NA speciesname NA AA AA AA
+
+Trait file
+----------
+
+::
+
+ <Trait> Test
+ Ind1 -2.9985936006411
+ Ind2 -2.68669426456267
+
+Output files
+============
+
+Hapmap output
+-------------
+
+::
+
+        rs#     alleles chrom   pos     strand  assembly#       center  protLSID        assayLSID       panel   QCcode  Ind1    Ind2    Ind3    Ind4
+        SNP1    A/T     1       3102    +       assembly        NA      NA      NA      speciesname     NA      AA      AA      AA      AA      AA
+        SNP2    A/T     1       4648    +       assembly        NA      NA      NA      speciesname     NA      AA      AA      AA      AA      TT
+
+
+Trait output
+------------
+
+::
+
+        <Trait> Test
+        Ind429  -26.2142525264157
+        Ind373  12.0306115988504
+        Ind81   1.98118654229534
+
+Logfile and statistics
+----------------------
+
+::
+
+
+        ==============================================
+        Individuals
+        ==============================================
+        Individuals in hapmap file: 500
+        Individuals in trait file: 500
+        Individuals found in both files: 500
+        ==============================================
+        Markers
+        ==============================================
+        Discarded markers:
+        Monomorphic: 0
+        Not biallelic: 0
+        Modified markers:
+        Difference in variation: 0
+
+        ]]>
+
+
+ </help>
+    <citations>
+        <!-- [HELP] As DOI or BibTex entry -->
+     <citation type="bibtex">@article{Dereeper03062015,
+author = {Dereeper, Alexis and Homa, Felix and Andres, Gwendoline and Sempere, Guilhem and Sarah, Gautier and Hueber, Yann and Dufayard, Jean-François and Ruiz, Manuel}, 
+title = {SNiPlay3: a web-based application for exploration and large scale analyses of genomic variations},
+year = {2015}, 
+doi = {10.1093/nar/gkv351}, 
+abstract ={SNiPlay is a web-based tool for detection, management and analysis of genetic variants including both single nucleotide polymorphisms (SNPs) and InDels. Version 3 now extends functionalities in order to easily manage and exploit SNPs derived from next generation sequencing technologies, such as GBS (genotyping by sequencing), WGRS (whole gre-sequencing) and RNA-Seq technologies. Based on the standard VCF (variant call format) format, the application offers an intuitive interface for filtering and comparing polymorphisms using user-defined sets of individuals and then establishing a reliable genotyping data matrix for further analyses. Namely, in addition to the various scaled-up analyses allowed by the application (genomic annotation of SNP, diversity analysis, haplotype reconstruction and network, linkage disequilibrium), SNiPlay3 proposes new modules for GWAS (genome-wide association studies), population stratification, distance tree analysis and visualization of SNP density. Additionally, we developed a suite of Galaxy wrappers for each step of the SNiPlay3 process, so that the complete pipeline can also be deployed on a Galaxy instance using the Galaxy ToolShed procedure and then be computed as a Galaxy workflow. SNiPlay is accessible at http://sniplay.southgreen.fr.}, 
+URL = {http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/06/03/nar.gkv351.abstract}, 
+eprint = {http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/06/03/nar.gkv351.full.pdf+html}, 
+journal = {Nucleic Acids Research} 
+}
+
+     </citation>
+
+    </citations>
+</tool>
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 check_gwas_inputs/CheckGWASInputs.xml~
--- a/check_gwas_inputs/CheckGWASInputs.xml~ Fri Jul 10 10:38:11 2015 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
[
@@ -1,184 +0,0 @@
-<tool id="check_GWAS_inputs" name="Check GWAS Inputs" version="1.0">
- <description>checks concordance between input files for GWAS analysis</description>
- <command interpreter="bash">./CheckGWASInputs.sh $hapmap $trait $out_hapmap $out_trait $stats
-    </command>
- <inputs>
- <param format="text" name="hapmap" type="data" label="Allelic file in Hapmap format" help="Allelic file in Hapmap format"/>
- <param format="text" name="trait" type="data" label="Trait file" help="Phenotypic file"/>
- </inputs>
- <outputs>
- <data format="txt" name="out_hapmap" label="Hapmap output"/>
- <data format="txt" name="out_trait" label="Trait output"/>
- <data format="txt" name="stats" label="Logfile and statistics"/>
- </outputs>
-    <!-- [STRONGLY RECOMMANDED] Exit code rules -->
-    <stdio>
-        <!-- [HELP] If no exit code rule is defined, the tool will stop if anything is written to STDERR -->
-        <exit_code range="1:" level="fatal" />
-    </stdio>
-    
-    <!-- [OPTIONAL] Tests to be run manually by the Galaxy admin -->
-    <tests>
-        <!-- [HELP] Test files have to be in the ~/test-data directory -->
-        <!-- [HELP] Multiple tests can be defined with different parameters -->
-<!--
-        <test>
-        </test>
--->
-    </tests>
- <help>
-
-        <![CDATA[
-
-
-.. class:: infomark
-
-**Authors** South Green
-
-  | **Please cite** "SNiPlay3: a web-based application for exploration and large scale analyses of genomic variations", **Dereeper A. et al.**, Nucl. Acids Res. (1 july 2015) 43 (W1).
-
-.. class:: infomark
-
-**Galaxy integration** South Green.
-
----------------------------------------------------
-
-
-===============
-CheckGWASInputs
-===============
-
------------
-Description
------------
-
-  | CheckGWASInputs checks concordance between input files for GWAS analysis.
-
-
------------------
-Workflow position
------------------
-
-**Upstream tool**
-
-=============== ====================== ===========
-Name            output file(s)         format 
-=============== ====================== ===========
-VCF to Hapmap   Hapmap file        hapmap
-=============== ====================== ===========
-
-
-
-
-----------
-Input file
-----------
-
-Hapmap file
- Allelic file in Hapmap format
-
-Trait file
- Phenotypic file
-
-------------
-Output files
-------------
-
-Hapmap output
-
-Trait output
-
-Logfile and statistics
-
----------------------------------------------------
-
----------------
-Working example
----------------
-
-Input files
-===========
-
-Hapmap file
------------
-
-::
-
- rs# alleles chrom pos strand assembly# center protLSID assayLSID panel QCcode Ind1 Ind2
- SNP1 A/T 1 3102 + assembly NA NA NA speciesname NA AA AA AA
- SNP2 A/T 1 4648 + assembly NA NA NA speciesname NA AA AA AA
-
-Trait file
-----------
-
-::
-
- <Trait> Test
- Ind1 -2.9985936006411
- Ind2 -2.68669426456267
-
-Output files
-============
-
-Hapmap output
--------------
-
-::
-
-        rs#     alleles chrom   pos     strand  assembly#       center  protLSID        assayLSID       panel   QCcode  Ind1    Ind2    Ind3    Ind4
-        SNP1    A/T     1       3102    +       assembly        NA      NA      NA      speciesname     NA      AA      AA      AA      AA      AA
-        SNP2    A/T     1       4648    +       assembly        NA      NA      NA      speciesname     NA      AA      AA      AA      AA      TT
-
-
-Trait output
-------------
-
-::
-
-        <Trait> Test
-        Ind429  -26.2142525264157
-        Ind373  12.0306115988504
-        Ind81   1.98118654229534
-
-Logfile and statistics
-----------------------
-
-::
-
-
-        ==============================================
-        Individuals
-        ==============================================
-        Individuals in hapmap file: 500
-        Individuals in trait file: 500
-        Individuals found in both files: 500
-        ==============================================
-        Markers
-        ==============================================
-        Discarded markers:
-        Monomorphic: 0
-        Not biallelic: 0
-        Modified markers:
-        Difference in variation: 0
-
-        ]]>
-
-
- </help>
-    <citations>
-        <!-- [HELP] As DOI or BibTex entry -->
-     <citation type="bibtex">@article{Dereeper03062015,
-author = {Dereeper, Alexis and Homa, Felix and Andres, Gwendoline and Sempere, Guilhem and Sarah, Gautier and Hueber, Yann and Dufayard, Jean-François and Ruiz, Manuel}, 
-title = {SNiPlay3: a web-based application for exploration and large scale analyses of genomic variations},
-year = {2015}, 
-doi = {10.1093/nar/gkv351}, 
-abstract ={SNiPlay is a web-based tool for detection, management and analysis of genetic variants including both single nucleotide polymorphisms (SNPs) and InDels. Version 3 now extends functionalities in order to easily manage and exploit SNPs derived from next generation sequencing technologies, such as GBS (genotyping by sequencing), WGRS (whole gre-sequencing) and RNA-Seq technologies. Based on the standard VCF (variant call format) format, the application offers an intuitive interface for filtering and comparing polymorphisms using user-defined sets of individuals and then establishing a reliable genotyping data matrix for further analyses. Namely, in addition to the various scaled-up analyses allowed by the application (genomic annotation of SNP, diversity analysis, haplotype reconstruction and network, linkage disequilibrium), SNiPlay3 proposes new modules for GWAS (genome-wide association studies), population stratification, distance tree analysis and visualization of SNP density. Additionally, we developed a suite of Galaxy wrappers for each step of the SNiPlay3 process, so that the complete pipeline can also be deployed on a Galaxy instance using the Galaxy ToolShed procedure and then be computed as a Galaxy workflow. SNiPlay is accessible at http://sniplay.southgreen.fr.}, 
-URL = {http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/06/03/nar.gkv351.abstract}, 
-eprint = {http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/06/03/nar.gkv351.full.pdf+html}, 
-journal = {Nucleic Acids Research} 
-}
-
-     </citation>
-
-    </citations>
-</tool>
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/CalculateDiversityIndexes.pl
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/CalculateDiversityIndexes.pl Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
@@ -0,0 +1,81 @@
+#!/usr/bin/perl
+
+use strict;
+use Switch;
+use Getopt::Long;
+use Bio::SeqIO;
+
+
+my $usage = qq~Usage:$0 <args> [<opts>]
+where <args> are:
+    -i, --input         <FASTA input>
+    -o, --output        <output filename>
+    -d, --directory     <directory of egglib package>
+~;
+$usage .= "\n";
+
+my ($infile,$outfile,$dir_exe);
+
+
+GetOptions(
+ "input=s"    => \$infile,
+ "output=s"   => \$outfile,
+ "directory=s"=> \$dir_exe
+);
+
+
+die $usage
+  if ( !$infile || !$outfile || !$dir_exe);
+  
+
+my $EGGSTATS_EXE = "$dir_exe/egglib-2.1.5/bin/eggstats";
+
+my %gene_alignments;
+my $in  = Bio::SeqIO->new(-file => $infile , '-format' => 'Fasta');
+while ( my $seq = $in->next_seq() ) 
+{
+ my $id = $seq -> id();
+ my $sequence = $seq -> seq();
+ my ($gene,$ind,$num_allele) = split("_",$id);
+ $gene_alignments{$gene}.= ">$id\n$sequence\n";
+}
+
+open(OUT,">$outfile");
+foreach my $gene(keys(%gene_alignments))
+{
+ open(F,">$gene.egglib_input.fa");
+ print F $gene_alignments{$gene};
+ close(F);
+
+ my $results_egglib = `$EGGSTATS_EXE $gene.egglib_input.fa`;
+
+ # parse Seqlib output
+ if ($results_egglib)
+ {
+ my %egglig_stats;
+ my @eggstats = split(/^/,$results_egglib);
+ foreach my $eggstat(@eggstats)
+ {
+ my ($desc,$value) = split(/: /,$eggstat);
+ chomp($value);
+ $egglig_stats{$desc} = $value;
+ }
+ print OUT "$gene;";
+ print OUT $egglig_stats{"Total number of sequences"} . ";";
+ print OUT $egglig_stats{"Total number of sites"} . ";";
+ print OUT $egglig_stats{"Number of analyzed sites"} . ";";
+ print OUT $egglig_stats{"S"} . ";";
+ print OUT $egglig_stats{"thetaW"} . ";";
+ print OUT $egglig_stats{"Pi"} . ";";
+ print OUT $egglig_stats{"D"} . ";";
+ print OUT $egglig_stats{"number of haplotypes"} . ";";
+ print OUT $egglig_stats{"haplotypes diversity"} . ";";
+ print OUT $egglig_stats{"Fay and Wu H"} . ";";
+ print OUT $egglig_stats{"Fst"} . ";";
+ print OUT $egglig_stats{"Snn"} . ";";
+ print OUT "\n";
+ unlink("$gene.egglib_input.fa");
+ }
+}
+close(OUT);
+
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/CalculateDiversityIndexes.sh
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/CalculateDiversityIndexes.sh Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,11 @@
+#!/bin/bash
+input=$1
+output=$2
+log=$3
+
+directory=`dirname $0`

+perl $directory/CalculateDiversityIndexes.pl -i $input -o $output -d $directory >>$log 2>&1
+
+
+
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/CalculateDiversityIndexes.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/CalculateDiversityIndexes.xml Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
@@ -0,0 +1,175 @@
+<tool id="calculate_diversity" name="Diversity by gene" version="2.1.6">
+ <description>calculates various diversity indexes with EggLib.</description>
+ <command interpreter="bash">./CalculateDiversityIndexes.sh $input $output $log
+    </command>
+ <inputs>
+ <param format="fasta" name="input" type="data" label="Fasta alignment" help="..."/>
+ </inputs>
+ <outputs>
+ <data format="txt" name="output" label="Diversity"/>
+ <data format="txt" name="log" label="Logfile"/>
+ </outputs>
+    <!-- [STRONGLY RECOMMANDED] Exit code rules -->
+    <stdio>
+        <!-- [HELP] If no exit code rule is defined, the tool will stop if anything is written to STDERR -->
+        <exit_code range="1:" level="fatal" />
+    </stdio>
+    
+    <!-- [OPTIONAL] Tests to be run manually by the Galaxy admin -->
+    <tests>
+        <!-- [HELP] Test files have to be in the ~/test-data directory -->
+        <!-- [HELP] Multiple tests can be defined with different parameters -->
+<!--
+        <test>
+        </test>
+-->
+    </tests>
+ <help>
+
+
+
+.. class:: infomark
+
+**Authors** EggLib_
+
+.. _EggLib: http://egglib.sourceforge.net/
+
+  | "EggLib: processing, analysis and simulation tools for population genetics and genomics.", **De Mita S. and M. Siol.**, BMC Genet. 2012. 13:27.
+
+.. class:: infomark
+
+**Galaxy integration** South Green.
+
+.. class:: infomark
+
+**Please cite** "SNiPlay3: a web-based application for exploration and large scale analyses of genomic variations", **Dereeper A. et al.**, Nucl. Acids Res. (1 july 2015) 43 (W1).
+
+---------------------------------------------------
+
+
+
+==================
+Diversity by genes
+==================
+
+-----------
+Description
+-----------
+
+  | Provides various diversity indexes using EggLib library.
+  | For further informations, please visite the EggLib website_.
+
+.. _website: http://egglib.sourceforge.net/
+
+
+-----------------
+Workflow position
+-----------------
+
+**Upstream tool**
+
+=============== ====================== ===========
+Name            output file(s)         format 
+=============== ====================== ===========
+VCF to Hapmap   Fasta alignment        fasta
+=============== ====================== ===========
+
+
+
+----------
+Input file
+----------
+
+Fasta file
+ Fasta alignment
+
+
+
+------------
+Output files
+------------
+
+Diversity
+
+Log file
+
+
+------------
+Dependencies
+------------
+EggLib 
+ version 2.1.5
+
+---------------------------------------------------
+
+---------------
+Working example
+---------------
+
+Input files
+===========
+
+Fasta file
+----------
+
+::
+
+ >LOCOs11g09160_AZUCENA_1
+ ATGTGGCGGGCGAGGCGGTGGCCGTGGCCGTGGCGGTCGCAGCGGCGCGCGGCGAGGATGCTCTCGTCGGGTGAGCCAGCGGCGGGGCGGCGGAGGGTGGCGGCGCTGTGGGGGAACGGGGA
+ CTACGGGCGGCTGGGGATGGGGGCGCTGGAGTCGCGGTGGAGCCCCACGGCGTGCCCCTTCTTCCTCACCGGCCGCCCCGGCGACGACGACGACGACCCGCCCGCCTCCCTCGCCTGCGGCG
+ GCGCCCACACCCTCTTCCTCACCGGTACTCCTGAATTGAAATCGCCTGCTTGTGTAATTACTCGAGCGAGAGAGAGATTGTGTTGAATCGAGATTAATGTGGGAGTATGTGATTTTTGGCCT
+ GCTGGTTTTGCTCAGAGAGCGGGCGCGTGTTCGCCGCGGGTCTCAACGACTTCGGGCAGCTCGGGATAGGCTCCTCCGTGACTCATTCCCTGGTACTGAGCTTCTTGTACATCATGCCTCCA
+ TGTGAAATTTTCATCTACATTGTGAGCCAGCCTACTTTTACACAGTAAGCGAAAGCTGGCTGGACATATCAGAGTTGCAATGGGGATTGACCAAATCAATTCTGACTCCTGTTACATGTTGC
+ >LOCOs11g09160_AZUCENA_2
+ ATGAGGCGGGCGAGGCGGTGGCCGTGGCCGTGGCGGTCGCAGCGGCGAGCGGCGAGGATGCTCTCGTCGGGTGAGCCAGCGGCGGGGCGGCGGAGGGTGGCGGCGCTGTGGGGGAACGGGGA
+ CTACGGGCGGCTGGGGATGGGGGCGCTGGAGTCGCGGTGGAGCCCCACGGCGTGCCCCTTCTTCCTCACCGGCCGCCCCGGCGACGACGACGACGACCCGCCCGCCTCCCTCGCCTGCGGCG
+ GCGCCCACACCCTCTTCCTCACCGGTACTCCTGAATTGAAATCGCCAGCTTGTGTAATTACTCGAGCGAGAGAGAGATTGTGTTGAATCGAGATTAATGTGGGAGTATGTGATTTTTGGCCT
+ GCTGGTTTTGCTCAGAGAGCGGGCGCGTGTTCGCCGCGGGTCTCAACGACTTCGGGCAGCTCGGGATAGGCTCCTCCGTGACTCATTCCCTGGTACTGAGCTTCTTGTACATCATGCCTCCA
+ TGTGAAATTTTCATCTACATTGTGAGCCAGCCTACTTTTACACAGTAAGCGAAAGCTGGCTGGACATATCAGAGTTGCAATGGGGATTGACCAAATCAATTCTGACTCCTGTTACATGTTGC
+ >LOCOs11g09160_BULUPANDAK_1
+ ATGTGGCGGGCGAGGCGGTGGCCGTGGCCGTGGCGGTCGCAGCGGCGCGCGGCGAGGATGCTCTCGTCGGGTGAGCCAGCGGCGGGGCGGCGGAGGGTGGCGGCGCTGTGGGGGAACGGGGA
+ CTACGGGCGGCTGGGGATGGGGGCGCTGGAGTCGCGGTGGAGCCCCACGGCGTGCCCCTTCTTCCTCACCGGCCGCCCCGGCGACGACGACGACGACCCGCCCGCCTCCCTCGCCTGCGGCG
+ GCGCCCACACCCTCTTCCTCACCGGTACTCCTGAATTGAAATCGCCTGCTTGTGTAATTACTCGAGCGAGAGAGAGATTGTGTTGAATCGAGATTAATGTGGGAGTATGTGATTTTTGGCCT
+ GCTGGTTTTGCTCAGAGAGCGGGCGCGTGTTCGCCGCGGGTCTCAACGACTTCGGGCAGCTCGGGATAGGCTCCTCCGTGACTCATTCCCTGGTACTGAGCTTCTTGTACATCATGCCTCCA
+ TGTGAAATTTTCATCTACATTGTGAGCCAGCCTACTTTTACACAGTAAGCGAAAGCTGGCTGGACATATCAGAGTTGCAATGGGGATTGACCAAATCAATTCTGACTCCTGTTACATGTTGC
+ >LOCOs11g09160_BULUPANDAK_2
+ ATGAGGCGGGCGAGGCGGTGGCCGTGGCCGTGGCGGTCGCAGCGGCGAGCGGCGAGGATGCTCTCGTCGGGTGAGCCAGCGGCGGGGCGGCGGAGGGTGGCGGCGCTGTGGGGGAACGGGGA
+ CTACGGGCGGCTGGGGATGGGGGCGCTGGAGTCGCGGTGGAGCCCCACGGCGTGCCCCTTCTTCCTCACCGGCCGCCCCGGCGACGACGACGACGACCCGCCCGCCTCCCTCGCCTGCGGCG
+ GCGCCCACACCCTCTTCCTCACCGGTACTCCTGAATTGAAATCGCCAGCTTGTGTAATTACTCGAGCGAGAGAGAGATTGTGTTGAATCGAGATTAATGTGGGAGTATGTGATTTTTGGCCT
+ GCTGGTTTTGCTCAGAGAGCGGGCGCGTGTTCGCCGCGGGTCTCAACGACTTCGGGCAGCTCGGGATAGGCTCCTCCGTGACTCATTCCCTGGTACTGAGCTTCTTGTACATCATGCCTCCA
+ TGTGAAATTTTCATCTACATTGTGAGCCAGCCTACTTTTACACAGTAAGCGAAAGCTGGCTGGACATATCAGAGTTGCAATGGGGATTGACCAAATCAATTCTGACTCCTGTTACATGTTGC
+ >LOCOs07g23169_AZUCENA_1
+ ACTAGTGAAGTGTTGCCCGTTGGGTTTGGTGGAGTTTGAAGAGCTCTGTCGCCGTCTTCACTCCTCGCAGTCAGACGGGAGTGGACTACTGGAGGGAGAGAGAGGGTGAGCGAGGTGTGGGA
+ GCTGGTTTTGCTCAGAGAGCGGGCGCGTGTTCGCCGCGGGTCTCAACGACTTCGGGCAGCTCGGGATAGGCTCCTCCGTGACTCATTCCCTGGTACTGAGCTTCTTGTACATCATGCCTCCA
+ TGTGAAATTTTCATCTACATTGTGAGCCAGCCTACTTTTACACAGTAAGCGAAAGCTGGCTGGACATATCAGAGTTGCAATGGGGATTGACCAAATCAATTCTGACTCCTGTTACATGTTGC
+
+Output files
+============
+
+Diversity
+---------
+
+::
+
+ LOCOs07g23169;8;10494;10494;2;7.35039e-05;8.16793e-05;0.414213;2;0.428571;0.857143;0;1;
+ LOCOs11g09160;8;6577;6577;2;0.00011728;0.000130324;0.414213;2;0.428571;0.857143;0;1;
+
+
+ </help>
+    <citations>
+        <!-- [HELP] As DOI or BibTex entry -->
+     <citation type="bibtex">@article{Dereeper03062015,
+author = {Dereeper, Alexis and Homa, Felix and Andres, Gwendoline and Sempere, Guilhem and Sarah, Gautier and Hueber, Yann and Dufayard, Jean-François and Ruiz, Manuel}, 
+title = {SNiPlay3: a web-based application for exploration and large scale analyses of genomic variations},
+year = {2015}, 
+doi = {10.1093/nar/gkv351}, 
+abstract ={SNiPlay is a web-based tool for detection, management and analysis of genetic variants including both single nucleotide polymorphisms (SNPs) and InDels. Version 3 now extends functionalities in order to easily manage and exploit SNPs derived from next generation sequencing technologies, such as GBS (genotyping by sequencing), WGRS (whole gre-sequencing) and RNA-Seq technologies. Based on the standard VCF (variant call format) format, the application offers an intuitive interface for filtering and comparing polymorphisms using user-defined sets of individuals and then establishing a reliable genotyping data matrix for further analyses. Namely, in addition to the various scaled-up analyses allowed by the application (genomic annotation of SNP, diversity analysis, haplotype reconstruction and network, linkage disequilibrium), SNiPlay3 proposes new modules for GWAS (genome-wide association studies), population stratification, distance tree analysis and visualization of SNP density. Additionally, we developed a suite of Galaxy wrappers for each step of the SNiPlay3 process, so that the complete pipeline can also be deployed on a Galaxy instance using the Galaxy ToolShed procedure and then be computed as a Galaxy workflow. SNiPlay is accessible at http://sniplay.southgreen.fr.}, 
+URL = {http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/06/03/nar.gkv351.abstract}, 
+eprint = {http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/06/03/nar.gkv351.full.pdf+html}, 
+journal = {Nucleic Acids Research} 
+}
+
+     </citation>
+
+    </citations>
+</tool>
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/bin/eggstats
b
Binary file egglib/egglib-2.1.5/bin/eggstats has changed
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Align.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Align.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
b'@@ -0,0 +1,378 @@\n+/*\r\n+    Copyright 2008-2009 St\xc3\xa9phane De Mita, Mathieu Siol\r\n+\r\n+    This file is part of the EggLib library.\r\n+\r\n+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify\r\n+    it under the terms of the GNU General Public License as published by\r\n+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or\r\n+    (at your option) any later version.\r\n+\r\n+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,\r\n+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r\n+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r\n+    GNU General Public License for more details.\r\n+\r\n+    You should have received a copy of the GNU General Public License\r\n+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r\n+*/\r\n+\r\n+\r\n+#ifndef EGGLIB_ALIGN_HPP\r\n+#define EGGLIB_ALIGN_HPP\r\n+\r\n+#include "Container.hpp"\r\n+#include "CharMatrix.hpp"\r\n+#include <vector>\r\n+\r\n+/** \\mainpage Summary\r\n+ * \r\n+ * This is the automatically-generated reference manual of the C++\r\n+ * egglib-cpp library. The library is presented as several modules, but\r\n+ * note that they are only used to structure the documentation.\r\n+ * \r\n+ * There is a single namespace (egglib) in which all classes are\r\n+ * defined. See an example of programming with egglib-cpp in the\r\n+ * EggLib package main documentation. Use "Modules" or "Classes" above\r\n+ * to navigate in the library reference manual.\r\n+ * \r\n+ */\r\n+\r\n+\r\n+/** \\defgroup core core\r\n+ *\r\n+ * \\brief Central core of the C++ library of Egglib\r\n+ *\r\n+ * Data storage classes, parsers/formatters and tools, plus exception\r\n+ * types.\r\n+ * \r\n+ */\r\n+\r\n+namespace egglib {\r\n+\r\n+\r\n+   /** \\brief Handles a sequence alignment\r\n+    *\r\n+    * \\ingroup core\r\n+    * \r\n+    * Creation from a file or string stream should be performed using\r\n+    * the class Fasta. Align objects can be created by deep copy from\r\n+    * both Align and Container type. In the latter case, the length are\r\n+    * artificially equalized by "?" characters. Align objects can be\r\n+    * created from a DataMatrix object (and all the way arround) using\r\n+    * the specific class DMAConverter.\r\n+    *\r\n+    * Sequences are represented by two strings (name and sequence) and\r\n+    * an integer (group) that can be accessed or modified by index.The\r\n+    * order of sequences is guaranteed to be conserved, as if Align was\r\n+    * a list of triplets (name, sequence, group).\r\n+    *\r\n+    * The data matrix is implemented as continuous array (char**) and\r\n+    * allows efficient access and modification of data. For very large\r\n+    * data matrices you might claim immediately the required memory\r\n+    * using the constructor Align(unsigned int, char**).\r\n+    * \r\n+    */\r\n+    class Align : public Container, public CharMatrix {\r\n+        public:\r\n+        \r\n+           /** \\brief Creates an empty alignment\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            Align();\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Creates an alignment from a data matrix.\r\n+            * \r\n+            * Allows you to create an object from data stored in a char*\r\n+            * array. The array\'s dimensions must be passed to the\r\n+            * constructor, and as a result there is not need to\r\n+            * terminate each sequence by a NULL character.\r\n+            * \r\n+            * \\param number_of_sequences the number of sequences (the\r\n+            * length of the first dimension of the array).\r\n+            * \r\n+            * \\param alignment_length the length of sequences (the\r\n+            * length of all lines of the array).\r\n+            * \r\n+            * \\param cstring_array the pointer to the data matrix.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            Align(unsigned int number_of_sequences, unsigned int alignment_length, char const * const * const cstring_array);\r\n+\r\n+\r\n+            /** \\brief Creates an alignment with given dimensions\r\n+             * \r\n+             * Allows you to allocate directly a data matrix of a given\r\n+   '..b'm position the position in the alignment (column).\r\n+            * \\param ch the new character value.\r\n+            */\r\n+            virtual void set(unsigned int sequence, unsigned position, char ch);\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Reverse a given column in binary data\r\n+            *\r\n+            * The specified column must contain only "0" ans "1" characters.\r\n+            * "0" is replaced by "1" and all the way around\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            void binSwitch(unsigned int pos);\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Extracts specified positions (columns) of the alignment\r\n+            *\r\n+            * All the specified sites are extracted in the specified\r\n+            * order. This function is suitable for bootstrap (resample\r\n+            * allowing redrawing the same site) and permutations.\r\n+            * \r\n+            * This function doesn\'t perform out-of-bound checking.\r\n+            * \r\n+            * \\param list_of_sites a vector containing alignment\r\n+            * positions.\r\n+            * \r\n+            * \\return A copy of the object containing the specified\r\n+            * set of positions.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            Align vslice(std::vector<unsigned int> list_of_sites);\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Extracts a range of positions (columns)\r\n+            * \r\n+            * \\param a the first position.\r\n+            * \r\n+            * \\param b the index immediately passed the last sequence to\r\n+            * extract.\r\n+            * \r\n+            * \\return A copy of the object containing the specified\r\n+            * range of sequences.\r\n+            * \r\n+            * Positions a to b-1 are extracted, provided that the\r\n+            * indices fit in the current length of sequences. To extract\r\n+            * all sequences, use align.vslice(0, align.ls()).\r\n+            * \r\n+            * Note: invalid ranges will be silently supported. If\r\n+            * a>=ls or b<=a, an empty object is returned. If b>ns,\r\n+            * ls will be substituted to a.\r\n+            */\r\n+            Align vslice(unsigned int a, unsigned int b);\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Deletes all the content of the object\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            virtual void clear();\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Same as ns()\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            inline unsigned int numberOfSequences() const {\r\n+                return _ns;\r\n+            }\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Same as ls()\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            inline unsigned int numberOfSites() const {\r\n+                return _ls;\r\n+            }\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Gets a group label (insecure)\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            inline unsigned int populationLabel(unsigned int sequenceIndex) const {\r\n+                return groups[sequenceIndex];\r\n+            }\r\n+            \r\n+            \r\n+           /** \\brief Just return the passed value\r\n+            *\r\n+            */\r\n+            inline double sitePosition(unsigned int position) const {\r\n+                return (double) position;\r\n+            }\r\n+\r\n+\r\n+        protected:\r\n+        \r\n+            /// This function is not available for alignments\r\n+            virtual void appendSequence(unsigned int pos, const char* sequence) {}\r\n+\r\n+            // Initializer (creates a valid empty alignment)\r\n+            virtual void init();\r\n+        \r\n+            // Makes a deep copy of the specified data matrix - if cstring_array is NULL, then ignores it and pads with ?\'s\r\n+            virtual void setFromSource(unsigned int number_of_sequences, unsigned int alignment_length, const char* const * const cstring_array);\r\n+\r\n+            // Copies from a Container\r\n+            virtual void copyObject(const Container&);\r\n+            \r\n+            // Copies from an Align\r\n+            virtual void copyObject(const Align&);\r\n+            \r\n+            // Alignment length\r\n+            unsigned int _ls;\r\n+    };\r\n+}\r\n+\r\n+#endif\r\n'
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Arg.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Arg.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
b'@@ -0,0 +1,300 @@\n+/*\r\n+    Copyright 2009-2010 St\xe9phane De Mita, Mathieu Siol\r\n+\r\n+    This file is part of the EggLib library.\r\n+\r\n+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify\r\n+    it under the terms of the GNU General Public License as published by\r\n+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or\r\n+    (at your option) any later version.\r\n+\r\n+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,\r\n+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r\n+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r\n+    GNU General Public License for more details.\r\n+\r\n+    You should have received a copy of the GNU General Public License\r\n+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r\n+*/\r\n+\r\n+\r\n+#ifndef EGGLIB_ARG_HPP\r\n+#define EGGLIB_ARG_HPP\r\n+\r\n+\r\n+#include "Current.hpp"\r\n+#include "Edge.hpp"\r\n+#include <string>\r\n+\r\n+\r\n+/** \\defgroup coalesce coalesce\r\n+ *\r\n+ * \\brief Coalescent simulator\r\n+ *\r\n+ * The set of classes implements a three-scale coalescent simulator with\r\n+ * recombination, and a flexible mutation model. The main classes are\r\n+ * Controller (the starting point for generating genealogies), ParamSet\r\n+ * (that centralizes parameter specification), the Change hierarchy\r\n+ * (that implements demographic change specifications), Arg (ancestral\r\n+ * recombination graph; the result of generation a genealogy) and\r\n+ * Mutator (that generates genotype data from an ARG).\r\n+ * \r\n+ */\r\n+\r\n+\r\n+namespace egglib {\r\n+    \r\n+    class Random;\r\n+\r\n+   /** \\brief Ancestral recombination graph\r\n+    *\r\n+    * \\ingroup coalesce\r\n+    * \r\n+    * This class stores the ARG (genealogical information). It is\r\n+    * progressively built by appropriate (especially regarding to the\r\n+    * timing) calls to coal() and recomb() methods. Then it can be\r\n+    * used by a mutator class to generates data, or it can also\r\n+    * generate newick trees (one tree by non-recombining segment).\r\n+    *\r\n+    */\r\n+    class Arg {\r\n+\r\n+        public:\r\n+        \r\n+           /** \\brief Default constructor\r\n+            *\r\n+            * Creates a null, useless, object.\r\n+            *\r\n+            */\r\n+            Arg();\r\n+\r\n+            \r\n+           /** \\brief Object initialization\r\n+            * \r\n+            * \\param current address of the Current instance used by\r\n+            * the simulator.\r\n+            * \r\n+            * \\param numberOfSegments number of recombining segments.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            void set(Current* current, unsigned int numberOfSegments);\r\n+\r\n+            \r\n+           /** \\brief Object reset method\r\n+            * \r\n+            * This method doesn\'t reset all parameters (the number of\r\n+            * segments and associated tables are retained, as well as\r\n+            * the Edge object pool).\r\n+            * \r\n+            * \\param current address of the Current instance used by\r\n+            * the simulator.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            void reset(Current* current);\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Standard constructor\r\n+            * \r\n+            * \\param current address of the Current instance used by\r\n+            * the simulator.\r\n+            * \r\n+            * \\param numberOfSegments number of recombining segments\r\n+            *\r\n+            */\r\n+            Arg(Current* current, unsigned int numberOfSegments);\r\n+\r\n+            \r\n+           /** \\brief Destructor\r\n+            * \r\n+            * Clears all Edge instances referenced in the object.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            virtual ~Arg();\r\n+            \r\n+\r\n+           /** \\brief Gets the current value of the time counter\r\n+            * \r\n+            */ \r\n+            double time() const;\r\n+            \r\n+\r\n+           /** \\brief Increments the time counter\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            void addTime(double increment);\r\n+            \r\n+\r\n+           /** \\brief Performs a coalescence ev'..b'\n+            * \r\n+            * The uMRCA is the ultimate Most Recent Common Ancestor,\r\n+            * that is the point where the last segment finds its most\r\n+            * recent common ancestor. This member will have a meaningful\r\n+            * value only if the coalescent process is completed.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            inline double ageUltimateMRCA() const {\r\n+                return _time;\r\n+            }\r\n+            \r\n+\r\n+           /** \\brief Age of the MRCA for a given segment\r\n+            * \r\n+            * The MRCA is the Most Recent Common Ancestor, that is the\r\n+            * point where the coalescent process is over (all lineages\r\n+            * have coalesced). This member will have a meaningful\r\n+            * value only if the coalescent process is completed.\r\n+            * \r\n+            * Note that the value is cached; it is computed only one\r\n+            * upon first call and no again, even if the Arg is modified<\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            inline double ageMRCA(unsigned int segmentIndex) {\r\n+                return _MRCA[segmentIndex]->bottom;\r\n+            }\r\n+\r\n+           /** \\brief  MRCA for each segment\r\n+            * \r\n+            * The MRCA is the Most Recent Common Ancestor, that is the\r\n+            * point where the coalescent process is over (all lineages\r\n+            * have coalesced). This member will have a meaningful\r\n+            * value only if the coalescent process is completed.\r\n+            * \r\n+            * Note that the value is cached; it is computed only one\r\n+            * upon first call and no again, even if the Arg is modified\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            inline const Edge* MRCA(unsigned int segmentIndex) {\r\n+                return _MRCA[segmentIndex];\r\n+            }\r\n+\r\n+            /// Ultimate MRCA\r\n+            \r\n+            inline const Edge* uMRCA() {\r\n+                return edges[numberOfEdges-1];\r\n+            }\r\n+            \r\n+            \r\n+            /// the number of recombining segments\r\n+            unsigned int numberOfSegments;\r\n+\r\n+           /** \\brief Formats the newick-formatted tree for a segment\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            std::string newick(unsigned int segment);\r\n+            \r\n+\r\n+            /// Number of initial lineages\r\n+            unsigned int numberOfSamples;\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Total tree length (summed over all segments)\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            double totalLength;\r\n+\r\n+           /** \\brief Segment-specific tree length\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            double* segmentLengths;\r\n+\r\n+            /// Current number of Edges in the tree (including the MRCA node)\r\n+            unsigned int numberOfEdges;\r\n+\r\n+            /// Total number of recombination events that occurred\r\n+            unsigned int numberOfRecombinationEvents;\r\n+           \r\n+            /// Set the number of actual sites in all branches\r\n+            void set_actualNumberOfSites(unsigned int actualNumberOfSites);\r\n+           \r\n+            \r\n+        private:\r\n+        \r\n+            /// Copy constructor not available\r\n+            Arg(const Arg&) { }\r\n+            \r\n+            /// Assignment operator not available\r\n+            Arg& operator=(const Arg&) { return *this; }\r\n+\r\n+            void init_stable_parameters();\r\n+            void init_variable_parameters();\r\n+            void clear();\r\n+            void addEdge(Edge*);\r\n+            std::string rnewick(Edge* edge, unsigned int segment, double cache);\r\n+\r\n+            Current* current;\r\n+            double _time;\r\n+            Edge** edges;\r\n+            \r\n+            void findMRCA(unsigned int segmentIndex);\r\n+            void computeTotalLength();\r\n+            void computeSegmentLength(unsigned int segmentIndex);\r\n+\r\n+            unsigned int* numberOfEdgesPerSegment;\r\n+            Edge** _MRCA;\r\n+            \r\n+            EdgePool edgePool;\r\n+    };\r\n+\r\n+}\r\n+\r\n+#endif\r\n'
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/BaseDiversity.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/BaseDiversity.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,169 @@
+/*
+    Copyright 2009 St�phane De Mita, Mathieu Siol
+
+    This file is part of the EggLib library.
+
+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify
+    it under the terms of the GNU General Public License as published by
+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
+    (at your option) any later version.
+
+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,
+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+    GNU General Public License for more details.
+
+    You should have received a copy of the GNU General Public License
+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+*/
+
+#ifndef EGGLIB_BASEDIVERSITY_HPP
+#define EGGLIB_BASEDIVERSITY_HPP
+
+#include "CharMatrix.hpp"
+#include "SitePolymorphism.hpp"
+#include <string>
+
+/** \defgroup polymorphism polymorphism
+ *
+ * \brief Diversity analyses
+ *
+ * Two classes are contained in this module: NucleotideDiversity, that
+ * performs site-centered polymorphism analyses, and HaplotypeDiversity,
+ * that performs haplotype-centered analyses. The detection of
+ * polymorphic sites is common to both, through the base class
+ * BaseDiversity. However this phase must be repeated when stats from
+ * the two classes are needed. To reduce the computational burden, the
+ * function reserve() can be use, that directly allocates needed memory
+ * when the eventual number of polymorphic sites is known prior to
+ * analysis (even if not precisely). For both classes, a set of
+ * statistics are computed immediately upon load of a data set. For
+ * NucleotideDiversity, additional statistics are computed per group
+ * upon use of the corresponding accessors. This number of operations
+ * performed several times is strictly limited. This is particularly
+ * useful when different statistics are needed for a given alignment.
+ * However, this system allows not computing unnecessary statistics to
+ * a certain extend.
+ * 
+ */
+
+namespace egglib {
+
+    /** \brief Base class of diversity classes
+    *
+    * Mutualizes the analysis of polymorphic sites through the method
+    * importSites() and related accessors.
+    * 
+    * \ingroup polymorphism
+    *
+    */
+    class BaseDiversity {
+    
+        public:
+    
+           /** \brief Constructor
+            * 
+            */ 
+            BaseDiversity();
+            
+           /** \brief Destructor
+            * 
+            */ 
+            virtual ~BaseDiversity();
+            
+           /** \brief Reserve sufficient memory for a given number of
+            * polymorphic sites.
+            * 
+            * This method makes importSite function faster when you
+            * already know how many polymorphic sites to expect, since
+            * the necessary memory will be allocated prior the screening
+            * of data. It is possible to use reserve() even if with a
+            * number of sites that is not matching what importSites()
+            * will find.
+            * 
+            * \param numberOfSites a strictly positive integer.
+            * 
+            */
+            virtual void reserve(unsigned int numberOfSites);
+
+            /// Gets a site
+            const SitePolymorphism* get_site(unsigned int index) const;
+
+            /// Gets a site position
+            unsigned int get_position(unsigned int index) const;
+
+           /** \brief Predefined mapping string for DNA data
+            * 
+            */
+            static const std::string dnaMapping;
+
+
+           /** \brief Predefined mapping string for RNA data
+            * 
+            */
+            static const std::string rnaMapping;
+
+
+           /** \brief Predefined mapping string for amino acid data
+            * 
+            */
+            static const std::string aaMapping;
+
+
+            /// Clears and re-initializes object
+            virtual void reset();
+
+
+        protected:
+    
+            virtual void init();
+            virtual void clear();
+    
+            // 
+            void importSites(CharMatrix& data, bool allowMultipleMutations,
+                double minimumExploitableData, unsigned int ignoreFrequency,
+                std::string characterMapping, bool useZeroAsAncestral,
+                bool ignoreOutgroup);
+
+            // 
+            void analyzeSite(CharMatrix& data, unsigned int index, double maxMissingData, bool ignoreOutgroup); // analyzes a site, adds a Site to the Site container if the site is polymorphic
+            unsigned int getPopIndex(unsigned int label) const;  // returns v_npop if not found
+            
+            SitePolymorphism** v_sites;  // holder of polymorphic site addresses
+            bool* v_orientables;         // stores whether the sites are orientable or not
+            unsigned int* v_sitePositions;   // stores position of sites
+
+            unsigned int  v_reserved;
+            unsigned int  v_ns;       // maximum number of sequences analyzed (max of sites' ns)
+            unsigned int  v_S;        // number of polymorphic sites
+            unsigned int  v_So;       // number of orientable sites
+            unsigned int  v_eta;      // number of mutation (whatever multiple)
+            double        v_nseff;    // average number of analyzed sequence
+            unsigned int  v_lseff;    // number of analyzed sites
+            double        v_nseffo;   // average number of analyzed sequences for analyzes with outgroup
+            unsigned int  v_lseffo;   // number of analyzed sites for analyzes with outgroup
+            unsigned int  v_npop;     // number of populations
+            unsigned int *v_popLabel; // label of each pop
+
+            // options
+            bool          p_allowMultipleMutations;
+            double        p_minimumExploitableData;
+            std::string   p_characterMapping;
+            unsigned int  p_pos_sep_mapping;
+            bool          p_useZeroAsAncestral;
+            unsigned int  p_ignoreFrequency;
+
+
+    
+        private:
+            
+            BaseDiversity(const BaseDiversity& source) { }
+            
+            BaseDiversity& operator=(const BaseDiversity& source) {
+                return *this;
+            }
+
+    };
+}
+
+#endif
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/ChangeTypes.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/ChangeTypes.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,428 @@\n+/*\r\n+    Copyright 2009-2010 St\xe9phane De Mita, Mathieu Siol\r\n+\r\n+    This file is part of the EggLib library.\r\n+\r\n+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify\r\n+    it under the terms of the GNU General Public License as published by\r\n+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or\r\n+    (at your option) any later version.\r\n+\r\n+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,\r\n+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r\n+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r\n+    GNU General Public License for more details.\r\n+\r\n+    You should have received a copy of the GNU General Public License\r\n+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r\n+*/\r\n+\r\n+#ifndef EGGLIB_CHANGETYPES_HPP\r\n+#define EGGLIB_CHANGETYPES_HPP\r\n+\r\n+#include "ParamSet.hpp"\r\n+#include "Controller.hpp"\r\n+\r\n+namespace egglib {\r\n+\r\n+/**********************************************************************/\r\n+\r\n+   /** \\brief Pure virtual base class for parameter changes\r\n+    *\r\n+    * \\ingroup coalesce\r\n+    *\r\n+    */\r\n+    class Change {\r\n+        public:\r\n+    \r\n+           /** \\brief Default constructor\r\n+            *\r\n+            * The default date is 0.\r\n+            *\r\n+            */\r\n+            Change();\r\n+            \r\n+           /** \\brief Standard constructor\r\n+            *\r\n+            * \\param date the event date.\r\n+            *\r\n+            */\r\n+            Change(double date);\r\n+\r\n+            /// Gets the event date value\r\n+            double date() const;\r\n+            \r\n+            /// Sets the event date value\r\n+            void date(double value);\r\n+            \r\n+           /** \\brief Applies the event\r\n+            *\r\n+            * \\param paramSet the ParamSet instance to which the Change\r\n+            * instance is attached.\r\n+            * \\param controller the Controller instance of the\r\n+            * simulation.\r\n+            *\r\n+            */\r\n+            virtual void apply(ParamSet* paramSet, Controller* controller) const = 0;\r\n+        \r\n+        protected:\r\n+            double _date;\r\n+    \r\n+    };\r\n+\r\n+/**********************************************************************/\r\n+\r\n+   /** \\brief Pure virtual base class for single parameter changes\r\n+    *\r\n+    * \\ingroup coalesce\r\n+    *\r\n+    */\r\n+    class SingleParamChange : public Change {\r\n+        public:\r\n+    \r\n+           /** \\brief Default constructor\r\n+            *\r\n+            * The default date is 0., the default parameter value is 0.\r\n+            *\r\n+            */\r\n+            SingleParamChange();\r\n+            \r\n+           /** \\brief Standard constructor\r\n+            *\r\n+            * \\param date the event date.\r\n+            * \\param value the parameter value.\r\n+            *\r\n+            */\r\n+            SingleParamChange(double date, double value);\r\n+\r\n+            /// Gets the parameter value\r\n+            double value() const;\r\n+            \r\n+            /// Sets the parameter value\r\n+            void value(double value);\r\n+\r\n+        protected:\r\n+            double _value;\r\n+\r\n+    };\r\n+\r\n+/**********************************************************************/\r\n+\r\n+   /** \\brief Single parameter changes applied to a single population\r\n+    *\r\n+    * \\ingroup coalesce\r\n+    *\r\n+    */\r\n+    class PopulationParamChange : public SingleParamChange {\r\n+        public:\r\n+\r\n+           /** \\brief Default constructor\r\n+            *\r\n+            * The default date is 0., the default parameter value is 0.,\r\n+            * the  default population is 0\r\n+            *\r\n+            */\r\n+            PopulationParamChange();\r\n+            \r\n+           /** \\brief Standard constructor\r\n+            *\r\n+            * \\param date the event date.\r\n+            * \\param population the population index.\r\n+            * \\param value the parameter value.\r\n+            *\r\n+            */\r\n+            PopulationParamCha'..b'    */\r\n+            PopulationSplit();\r\n+\r\n+           /** \\brief Standard constructor\r\n+            *\r\n+            * A the time given by date, the specified population is\r\n+            * split in two. An additional population (whose index is\r\n+            * incremented from the current total number of population)\r\n+            * is created and lineages are randomly picked and moved to\r\n+            * the new population. The parameter proba gives the\r\n+            * probability that a lineage from the population number pop\r\n+            * moves instantly to the new population. If proba is 0,\r\n+            * the program emulates the creation of an empty population\r\n+            * (thinking forward in time, this is a population\r\n+            * extinction). In general, forward in time, this is a\r\n+            * population fusion.\r\n+            * \r\n+            * \\param date the date of the event.\r\n+            * \\param pop population index.\r\n+            * \\param proba the probability that lineages move to the\r\n+            * new population.\r\n+            *\r\n+            */\r\n+            PopulationSplit(double date, unsigned int pop, double proba);\r\n+            \r\n+            void apply(ParamSet* paramSet, Controller* controller) const;\r\n+            \r\n+            /// Gets the population index\r\n+            unsigned int population() const;\r\n+            \r\n+            /// Sets the population index\r\n+            void population(unsigned int);\r\n+            \r\n+            /// Gets the probability of instant migration\r\n+            double probability() const;\r\n+\r\n+            /// Sets the probability of instant migration\r\n+            void probability(double);\r\n+            \r\n+        protected:\r\n+            unsigned int _population;\r\n+            double _probability;\r\n+    };\r\n+\r\n+/**********************************************************************/\r\n+\r\n+   /** \\brief Change of the migration rate of all population pairs\r\n+    *\r\n+    * The parameter is the new rate (applied to all population pairs)\r\n+    *\r\n+    * \\ingroup coalesce\r\n+    *\r\n+    */\r\n+    class AllMigrationRateChange : public SingleParamChange {\r\n+        public:\r\n+        AllMigrationRateChange(double date, double value) : SingleParamChange(date, value) {}\r\n+        void apply(ParamSet* paramSet, Controller* controller) const;\r\n+    };\r\n+\r\n+/**********************************************************************/\r\n+    \r\n+   /** \\brief Change of a single migration rate\r\n+    *\r\n+    * \\ingroup coalesce\r\n+    *\r\n+    */\r\n+    class SingleMigrationRateChange : public SingleParamChange {\r\n+        public:\r\n+           /** \\brief Default constructor\r\n+            *\r\n+            * The default date is 0., the default parameter value is 0.,\r\n+            * the  default source population is 0, the default\r\n+            * destination population 1.\r\n+            *\r\n+            */\r\n+            SingleMigrationRateChange();\r\n+\r\n+           /** \\brief Standard constructor\r\n+            *\r\n+            * \\param date the date of the event.\r\n+            * \\param source index of the source population.\r\n+            * \\param dest index of the destination population.\r\n+            * \\param migr new value of the pairwise migration rate.\r\n+            *\r\n+            */\r\n+            SingleMigrationRateChange(double date, unsigned int source, unsigned int dest, double migr);\r\n+            \r\n+            /// Gets the source population index\r\n+            unsigned source() const;\r\n+            \r\n+            /// Sets the source population index\r\n+            void source(unsigned int);\r\n+\r\n+            /// Gets the dest population index\r\n+            unsigned dest() const;\r\n+            \r\n+            /// Sets the dest population index\r\n+            void dest(unsigned int);\r\n+\r\n+            void apply(ParamSet* paramSet, Controller* controller) const;\r\n+        \r\n+        protected:\r\n+            unsigned int _source;\r\n+            unsigned int _dest;\r\n+    };\r\n+}\r\n+\r\n+#endif\r\n'
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/CharMatrix.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/CharMatrix.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,70 @@
+/*
+    Copyright 2009 St�phane De Mita, Mathieu Siol
+
+    This file is part of the EggLib library.
+
+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify
+    it under the terms of the GNU General Public License as published by
+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
+    (at your option) any later version.
+
+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,
+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+    GNU General Public License for more details.
+
+    You should have received a copy of the GNU General Public License
+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+*/
+
+#ifndef EGGLIB_CHARMATRIX_HPP
+#define EGGLIB_CHARMATRIX_HPP
+
+
+namespace egglib {
+
+    /** \brief Interface for classes usable as a square matrix of characters
+    *
+    * \ingroup core
+    *
+    */
+    class CharMatrix {
+    
+    public:
+    
+        /** \brief Gets number of rows or sequences
+         * 
+         */
+        virtual unsigned int numberOfSequences() const = 0;
+
+
+        /** \brief Gets number of columns or sites
+         * 
+         */
+        virtual unsigned int numberOfSites() const = 0;
+        
+        
+        /** \brief Gets the character at a given position
+         * 
+         * The accessor should be "fast" and does not guarantee to
+         * perform out-of-bounds checks
+         * 
+         */
+        virtual char character(unsigned int sequence, unsigned int site) const = 0;
+        
+        
+       /** \brief Gets population index
+        * 
+        */
+        virtual unsigned int populationLabel(unsigned int row) const = 0;
+        
+        
+       /** \brief Get site position
+        * 
+        */
+        virtual double sitePosition(unsigned int column) const = 0;
+
+    };
+}
+
+#endif
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Consensus.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Consensus.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,421 @@\n+/*\r\n+    Copyright 2008-2009 St\xe9phane De Mita, Mathieu Siol\r\n+\r\n+    This file is part of the EggLib library.\r\n+\r\n+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify\r\n+    it under the terms of the GNU General Public License as published by\r\n+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or\r\n+    (at your option) any later version.\r\n+\r\n+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,\r\n+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r\n+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r\n+    GNU General Public License for more details.\r\n+\r\n+    You should have received a copy of the GNU General Public License\r\n+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r\n+*/\r\n+\r\n+#ifndef EGGLIB_CONSENSUS_HPP\r\n+#define EGGLIB_CONSENSUS_HPP\r\n+\r\n+#include "Align.hpp"\r\n+#include <sstream>\r\n+#include <string>\r\n+#include <vector>\r\n+\r\n+namespace egglib {\r\n+\r\n+   /** \\brief Generates consensus sequences\r\n+    *\r\n+    * \\ingroup polymorphism\r\n+    * \r\n+    *\r\n+    * A consensus is generated when two sequences have the same name, \r\n+    * ignoring everything after the first separator character (by\r\n+    * default, "_"). Hence, the names "foo", "foo_goo" and "foo_third"\r\n+    * will be treated as identical and the root will be "foo". The root\r\n+    * will be used to name the resulting sequence. Note that the\r\n+    * class works only for DNA sequences.\r\n+    *\r\n+    * Symbol convention:\r\n+    *     - A: adenosine\r\n+    *     - C: cytosine\r\n+    *     - G: guanine\r\n+    *     - T: thymine\r\n+    *     - M: A or C\r\n+    *     - R: A or G\r\n+    *     - W: A or T (weak)\r\n+    *     - S: C or G (strong)\r\n+    *     - Y: C or T\r\n+    *     - K: G or T\r\n+    *     - B: C or G or T(not A)\r\n+    *     - D: A or G or T (not C)\r\n+    *     - H: A or C or T (not G)\r\n+    *     - V: A or C or G (not T)\r\n+    *     - N: A or C or G or T\r\n+    *     - ?: nonsequenced position\r\n+    * \r\n+    * Other symbols will be treated as ? (lowercase are supported).\r\n+    * \r\n+    * Rigorous (alias liberal or strong) mode:\r\n+    *    - If two characters are the same, it is retained whatever it is\r\n+    * (A + A = A)\r\n+    * - Otherwise:\r\n+    *        - If one is the missing character (?) the other is retained\r\n+    * whatever it is (A + ? = A).\r\n+    *             - If characters are consistent, that is one contains\r\n+    * more information, that one is retained (A + M = A).\r\n+    *             - If characters are not consistent, the closest \r\n+    * generic symbol is retained (A + C = M).\r\n+    *    .\r\n+    *     Note that the feedback of inconsistent characters in the\r\n+    * outcome is not garanteed.\r\n+    *     In fact, (A + A + G) will result in R (as expected) but (A +\r\n+    * G + A) will result in A, masking the problem.\r\n+    *     However, the position will indeed be counted as inconsistent.\r\n+    *  \r\n+    * Not rigorous (conservative/weak) mode:\r\n+    *     - If two characters are the same, it is retained whatever it\r\n+    * is (A + A = A).\r\n+    *     - Otherwise:\r\n+    *        - If one is ? the other is retained whatever it is (A + ?\r\n+    * = A).\r\n+    *        - Otherwise an inconsistent character (by default, Z) is\r\n+    * retained (A + C = Z).\r\n+    * \r\n+    * Iterative process of consensus:\r\n+    *     - Each sequence is taken in turn.\r\n+    *     - Each pair involving the focus sequence is processed and a\r\n+    * consensus is generated.\r\n+    *     - When all pair have been processsed, the consensus already\r\n+    * generated are themselves iteratively processed until only one\r\n+    * remains.\r\n+    *     - Note that at each time the last two are taken first.\r\n+    * \r\n+    * A transparent interface gives access to the data for all steps of\r\n+    * the consensus process, as vectors that covers all pairs (including\r\n+    * intermediate steps of the iterative procedure described above) as\r\n+    * well as singleton sequences. For the latter'..b'\r\n+                 // Code for disgrement\r\n+                 char DISAGREEMENT;\r\n+     \r\n+            public:\r\n+                // This class manages relationships different symbols\r\n+                class CharacterContainer {\r\n+                      public:\r\n+                         // Default value: @\r\n+                         CharacterContainer();\r\n+                         \r\n+                         // Initiates to a given symbol\r\n+                         CharacterContainer(const char&);\r\n+                         \r\n+                         // Assignment operator\r\n+                         CharacterContainer& operator=(const char&);\r\n+                         \r\n+                         // Sets the symbol\r\n+                         void setValue(char);\r\n+                         \r\n+                         // Set the descendants\r\n+                         void setSons(std::vector<CharacterContainer>);\r\n+                         \r\n+                         // Tests whether the symbol is the same\r\n+                         bool is(CharacterContainer);\r\n+                         \r\n+                         // Tests if the query is contained amongst the sons\r\n+                         bool has(CharacterContainer);\r\n+                         \r\n+                         // Tests if the query is contained amongst the sons\r\n+                         bool has(char);\r\n+                         \r\n+                         /* Tests whether the left character has the left one\r\n+                          * Should be called on the N object only.\r\n+                          */\r\n+                         char lhas(CharacterContainer,CharacterContainer);\r\n+                         \r\n+                         /* Creates the object with the proper sons\r\n+                          * Should be called on the N object only.\r\n+                          */\r\n+                         CharacterContainer init(char);\r\n+                         \r\n+                         // The symbol\r\n+                         char value;\r\n+                         \r\n+                         // The descendants\r\n+                         std::vector<CharacterContainer> sons;\r\n+                  };\r\n+\r\n+             private:\r\n+                  // Symbol ?\r\n+                  CharacterContainer ccQ;\r\n+                  \r\n+                  // Symbol A\r\n+                  CharacterContainer ccA;\r\n+                  \r\n+                  // Symbol C\r\n+                  CharacterContainer ccC;\r\n+                  \r\n+                  // Symbol G\r\n+                  CharacterContainer ccG;\r\n+                  \r\n+                  // Symbol T\r\n+                  CharacterContainer ccT;\r\n+                  \r\n+                  // Symbol U\r\n+                  CharacterContainer ccU;\r\n+                  \r\n+                  // Symbol M\r\n+                  CharacterContainer ccM;\r\n+                  \r\n+                  // Symbol R\r\n+                  CharacterContainer ccR;\r\n+                  \r\n+                  // Symbol W\r\n+                  CharacterContainer ccW;\r\n+                  \r\n+                  // Symbol S\r\n+                  CharacterContainer ccS;\r\n+                  \r\n+                  // Symbol Y\r\n+                  CharacterContainer ccY;\r\n+                  \r\n+                  // Symbol K\r\n+                  CharacterContainer ccK;\r\n+                  \r\n+                  // Symbol B\r\n+                  CharacterContainer ccB;\r\n+                  \r\n+                  // Symbol D\r\n+                  CharacterContainer ccD;\r\n+                  \r\n+                  // Symbol H\r\n+                  CharacterContainer ccH;\r\n+                  \r\n+                  // Symbol V\r\n+                  CharacterContainer ccV;\r\n+                  \r\n+                  // Symbol N\r\n+                  CharacterContainer ccN;\r\n+                  \r\n+                  // Symbol -\r\n+                  CharacterContainer ccGAP;\r\n+          };\r\n+    };\r\n+}\r\n+\r\n+#endif\r\n+\r\n'
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Container.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Container.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
b"@@ -0,0 +1,326 @@\n+/*\r\n+    Copyright 2008-2009 St\xe9phane De Mita, Mathieu Siol\r\n+    \r\n+    This file is part of the EggLib library.\r\n+\r\n+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify\r\n+    it under the terms of the GNU General Public License as published by\r\n+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or\r\n+    (at your option) any later version.\r\n+\r\n+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,\r\n+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r\n+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r\n+    GNU General Public License for more details.\r\n+\r\n+    You should have received a copy of the GNU General Public License\r\n+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r\n+*/\r\n+\r\n+\r\n+#ifndef EGGLIB_CONTAINER_HPP\r\n+#define EGGLIB_CONTAINER_HPP\r\n+\r\n+\r\n+namespace egglib {\r\n+\r\n+   /** \\brief Handles a set of sequence alignment (aligned or not)\r\n+    *\r\n+    * \\ingroup core\r\n+    * \r\n+    * Creation from a file or string stream should be performed using\r\n+    * the class Fasta.\r\n+    *\r\n+    * Sequences are represented by two strings (name and sequence) and\r\n+    * an integer (group) that can be accessed or modified by index.The\r\n+    * order of sequences is guaranteed to be conserved, as if Container\r\n+    * was a list of triplets (name, sequence, group).\r\n+    *\r\n+    * The data matrix is implemented as continuous arrays (char**) and\r\n+    * allows efficient access and modification of data. For very large\r\n+    * data matrices you might claim immediately the required memory\r\n+    * using the constructor Container(unsigned int, char**).\r\n+    *\r\n+    */\r\n+    class Container {\r\n+    \r\n+        public:\r\n+      \r\n+          /** \\brief Creates an empty object\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            Container();\r\n+        \r\n+        \r\n+           /** \\brief Copy constructor\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            Container(const Container& source);\r\n+        \r\n+        \r\n+           /** \\brief Assignment operator\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            Container& operator= (const Container& source);\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Creates an object from a data matrix\r\n+            * \r\n+            * Allows you to create an object from data stored in a char*\r\n+            * array. The array's size must be passed to the constructor.\r\n+            * Since sequences can have different lengths, you need to\r\n+            * terminate each sequence by a NULL character. This constructor\r\n+            * is dedicated to very performance-critical tasks. For usual\r\n+            * tasks, using the default constructor and subsequently adding\r\n+            * sequences with addSeq should be enough.\r\n+            * \r\n+            * \\param number_of_sequences the number of sequences (the length\r\n+            * of the first dimension of the array).\r\n+            * \r\n+            * \\param cstring_array the pointer to the data matrix.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            Container(unsigned int number_of_sequences, char const* const* const cstring_array);\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Destructor\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            virtual ~Container();\r\n+\r\n+        \r\n+           /** \\brief Clears all content of the object\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            virtual void clear();\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Adds a sequence to the object\r\n+            *\r\n+            * \\param name the name of the sequence, as a c-string.\r\n+            * \\param sequence the sequence string, as a c-string.\r\n+            * \\param group the group index of the sequence.\r\n+            *\r\n+            * \\return The new number of sequences.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            virtual unsigned int append(const char* name, const char* sequence, unsigned int group=0);\r\n+    \r\n+    \r\n+           /** \\brief Removes a sequence from the object\r\n+            *\r\n+            * \\param pos the index of the seque"..b"r of sequences\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            unsigned int ns() const;\r\n+        \r\n+        \r\n+           /** \\brief Gets the length of a given sequence\r\n+            * \r\n+            * \\param pos the index of the sequence.\r\n+            * \r\n+            * \\return The length of that particular sequence.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            virtual unsigned int ls(unsigned int pos) const ;\r\n+        \r\n+        \r\n+           /** \\brief Gets the name of the a given sequence\r\n+            * \r\n+            * \\param pos the index of the sequence.\r\n+            * \r\n+            * \\return The name of that particular sequence.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            virtual const char* name(unsigned int pos) const;\r\n+\r\n+        \r\n+           /** \\brief Gets the name of a given sequence\r\n+            * \r\n+            * \\param pos the index of the sequence.\r\n+            * \r\n+            * \\return The sequence string for that particular sequence.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            virtual const char* sequence(unsigned int pos) const;\r\n+\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Gets the group index of a given sequence\r\n+            * \r\n+            * \\param pos the index of the sequence.\r\n+            * \r\n+            * \\return The group index of that particular sequence.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            virtual unsigned int group(unsigned int pos) const;\r\n+        \r\n+        \r\n+           /** \\brief Checks if all lengths are equal\r\n+            * \r\n+            * Returns true if the length of all sequences are equal or\r\n+            * if there is less thant two sequences.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            bool isEqual() const;\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Equalizes sequence lengths\r\n+            *\r\n+            * Extends sequences as need to ensure that all sequences\r\n+            * have the same length.\r\n+            *\r\n+            * \\param ch the character to use for padding.\r\n+            * \r\n+            * \\return The final length obtained, which is the length of\r\n+            * the longest sequence before the operation.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            unsigned int equalize(char ch='?');\r\n+\r\n+        \r\n+           /** \\brief Finds a sequence by its name\r\n+            * \r\n+            * Gets the position of the first sequence with the specified\r\n+            * name.\r\n+            * \r\n+            * \\param string a sequence name.\r\n+            * \r\n+            * \\param strict if true, seeks an exact match. If false,\r\n+            * compares only until the end of the requested name (for\r\n+            * example: ATCFF will match ATCFF_01 if strict is false).\r\n+            * \r\n+            * \\return The lowest index where the name matches, -1 if no\r\n+            * sequence has such name.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            int find(const char* string, bool strict=true) const;\r\n+\r\n+\r\n+        protected:\r\n+            // The number of sequences\r\n+            unsigned int _ns;\r\n+        \r\n+            // The array of name lengths\r\n+            unsigned int* lnames;\r\n+    \r\n+            // The array of names\r\n+            char** names;\r\n+        \r\n+            // The array of sequences (as c-strings)\r\n+            char** sequences;\r\n+        \r\n+            // The array of groups\r\n+            unsigned int* groups;\r\n+        \r\n+            // Imports an array of c-strings\r\n+            virtual void setFromSource(unsigned int number_of_sequences, const char* const* const cstring_array);\r\n+        \r\n+            // Constructor helper\r\n+            virtual void copyObject(const Container&);\r\n+        \r\n+            // Constructor partial helper\r\n+            virtual void getNamesAndGroups(const Container&);\r\n+        \r\n+        private:\r\n+       \r\n+            // The array of sequence lengths\r\n+            unsigned int* lsequences;\r\n+        \r\n+            // Setup a valid empty object\r\n+            virtual void init();\r\n+    };\r\n+}\r\n+    \r\n+#endif\r\n"
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Controller.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Controller.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,156 @@
+/*
+    Copyright 2009-2010 St�phane De Mita, Mathieu Siol
+
+    This file is part of the EggLib library.
+
+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify
+    it under the terms of the GNU General Public License as published by
+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
+    (at your option) any later version.
+
+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,
+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+    GNU General Public License for more details.
+
+    You should have received a copy of the GNU General Public License
+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+*/
+
+#ifndef EGGLIB_CONTROLLER_HPP
+#define EGGLIB_CONTROLLER_HPP
+
+#include "Current.hpp"
+#include "Arg.hpp"
+#include "ParamSet.hpp"
+
+namespace egglib {
+    
+    class Random;
+
+   /** \brief Controls a coalescent simulation
+    *
+    * \ingroup coalesce
+    * 
+    * This class generates the gene genealogy, based on the parameters
+    * stocked in a ParamSet object.
+    *
+    */
+    class Controller {
+
+        public:
+    
+           /** \brief Default constructor
+            *
+            * Uses a default ParamSet object that will not allow
+            * performing simulations.
+            *
+            */
+            Controller();
+
+           /** \brief Destructor
+            * 
+            */
+            ~Controller();
+            
+           /** \brief Standard constructor
+            * 
+            * \param paramSet a ParamSet object containing run
+            * parameters (it is taken as a reference and stored as this
+            * so it must not be modified during simulations).
+            * 
+            * \param random the address of the random number generator.
+            *
+            */
+            Controller(const ParamSet* paramSet, Random* random);
+            
+          /** \brief Reset for a new simulation
+           * 
+           * Object is reinitiliazed for a new simulation.
+           * 
+           */
+           void reset();
+            
+           /** \brief Increments the coalescent model
+            * 
+            * \return The number of lineages.
+            *
+            */
+            unsigned int step();
+            
+           /** \brief Gets the Ancestral Recombination Graph
+            * 
+            * \return The address of the ARG contained in the object.
+            * 
+            */
+            Arg* getArg();
+
+           /** \brief Applies a bottleneck to a given population
+            * 
+            * The bottleneck is applied following Galtier, Depaulis and
+            * Barton (Genetics, 2000): the general time counter is
+            * stopped, and coalescence events are performed during a
+            * time (of normal coalescent process) given by the parameter
+            * strength. All coalescent events are instantaneous.
+            * 
+            * \param populationIndex index of the population concerned
+            * by the event.
+            * 
+            * \param strength strength of the bottleneck given by a
+            * number of time units (2N generations times the size of
+            * the population).
+            * 
+            */
+            void bottleneck(unsigned int populationIndex, double strength);
+
+           /** \brief Migrate a complete population
+            * 
+            * Takes all the lineages currently present in the population
+            * source to the population dest.
+            * 
+            */
+            void moveAllLineages(unsigned int source, unsigned int dest);
+            
+           /** \brief Migrate a complete population
+            * 
+            * Takes all the lineages currently present in the population
+            * source to the population dest.
+            * 
+            * \param source source population.
+            * \param dest destination population.
+            * \param probability the probability that a lineage of
+            * source migrates to dest.
+            * 
+            */
+            void moveSomeLineages(unsigned int source, unsigned int dest, double probability);
+
+            /// Adds an empty population
+            void addPopulation();
+
+        private:
+        
+            /// The copy constructor is disabled
+            Controller(const Controller& source) {}
+            
+            /// The assignment operator is disabled
+            Controller& operator=(const Controller& source) {return *this;}
+
+            void diploids();
+            double getMigrationTime(double& migrationParameterDestination);
+            void getCoalescenceTime(double& destTime, unsigned int& destPopIndex);
+            double getCoalescenceTimeForPopulation(unsigned int populationIndex);
+            double getRecombinationTime() const;
+            void migrate(double migrationParameter);
+
+            const ParamSet* initialParamSet;
+            ParamSet paramSet;
+            Current current;
+            Arg arg;
+            
+            Random* random;
+
+    };
+
+}
+
+#endif
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Convert.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Convert.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,234 @@\n+/*\r\n+    Copyright 2009 St\xc3\xa9phane De Mita, Mathieu Siol\r\n+\r\n+    This file is part of the EggLib library.\r\n+\r\n+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify\r\n+    it under the terms of the GNU General Public License as published by\r\n+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or\r\n+    (at your option) any later version.\r\n+\r\n+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,\r\n+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r\n+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r\n+    GNU General Public License for more details.\r\n+\r\n+    You should have received a copy of the GNU General Public License\r\n+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r\n+*/\r\n+\r\n+\r\n+#ifndef EGGLIB_CONVERT_HPP\r\n+#define EGGLIB_CONVERT_HPP\r\n+\r\n+\r\n+#include "DataMatrix.hpp"\r\n+#include "Align.hpp"\r\n+#include "EggException.hpp"\r\n+#include "Random.hpp"\r\n+#include <string>\r\n+\r\n+#include "config.h"\r\n+\r\n+#ifdef HAVE_LIBBPP_SEQ\r\n+#include <Bpp/Seq/Alphabet.all>\r\n+#include <Bpp/Seq/Sequence.h>\r\n+#include <Bpp/Seq/Container.all>\r\n+#endif\r\n+\r\n+\r\n+\r\n+namespace egglib {\r\n+\r\n+\r\n+   /** \\brief Performs conversion between sequence holder types\r\n+    *\r\n+    * \\ingroup core\r\n+    * \r\n+    * Static methods of this class allows conversion between sequence\r\n+    * holder types implying parametrizable modifications.\r\n+    * \r\n+    */\r\n+    class Convert {\r\n+\r\n+        public:\r\n+        \r\n+           /** \\brief DataMatrix to Align conversion\r\n+            * \r\n+            * By defaut, this method generates an Align instance\r\n+            * containing only the polymorphic sites. The integers of\r\n+            * the DataMatrix will be converted as follow: 0 to A, 1 to\r\n+            * C, 2 to G and 3 to T. This behaviour can be largely\r\n+            * modified using options.\r\n+            * \r\n+            * \\param dataMatrix DataMatrix instance.\r\n+            * \r\n+            * \\param length length of the desired alignment. Non-varying\r\n+            * stretches of data will be introduced to reach the\r\n+            * specified length. By default the positions of segregating\r\n+            * sites will be determined from the positions given by the\r\n+            * DataMatrix object. Those positions are expressed in a\r\n+            * continuous range, and will be discretized. Mutations\r\n+            * falling on the same site will be moved of one position\r\n+            * left or right (always preserving the order of mutation\r\n+            * sites). If positions are all zero (the default of the\r\n+            * DataMatrix class) and if length is larger than the number\r\n+            * of segregating sites, then all segregating sites will\r\n+            * cluster on the left-hand side of the alignment.\r\n+            * \r\n+            * \\param random the address to a Random object allowing to \r\n+            * draw random numbers (for randomizing positions and/or\r\n+            * non-varying states). If an address is provided but no\r\n+            * random numbers are required, it is ignored. If no address\r\n+            * if provided and random numbers are required, a Random\r\n+            * instance is built internally.\r\n+            * \r\n+            * \\param randomizePositions if true, the positions specified\r\n+            * in the DataMatrix objects are ignored and the positions of\r\n+            * mutations are drawn randomly along the interval (only if\r\n+            * the specified length is larger than the number of\r\n+            * segregating sites). If randomizePositions and false and\r\n+            * positions are not\r\n+            * \r\n+            * \\param enforceLength specify whether a\r\n+            * EggRuntimeError should be thrown when the number of\r\n+            * polymorphic sites is larger than the specified length. If\r\n+            * false (the default) and in cases where the specified\r\n+            * length is too short to harbor all polymorphic '..b'rt).\r\n+            * \r\n+            * \\param nonVaryingState character to use for conserved\r\n+            * stretches of data. It doesn\'t have to be included in the\r\n+            * mapping. If randomizeNonVaryingState is true, this\r\n+            * argument is ignored.\r\n+            * \r\n+            * \\return The resulting Align object.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            static Align align(\r\n+                DataMatrix& dataMatrix,\r\n+                unsigned int length=0,\r\n+                Random* random=NULL,\r\n+                bool randomizePositions=false,\r\n+                bool randomizeNonVaryingStates=false,\r\n+                bool randomizeAlleles=false,\r\n+                bool enforceLength=false,\r\n+                std::string mapping="ACGT",\r\n+                char unknown=\'?\',\r\n+                char nonVaryingState=\'A\'\r\n+            );\r\n+\r\n+\r\n+#ifdef HAVE_LIBBPP_SEQ\r\n+\r\n+            /** \\brief Converts an alignment to the equivalent Bio++ type\r\n+            *\r\n+            * During conversion, name information is lost (arbitrary\r\n+            * names are generated in order toprevent duplicate names).\r\n+            * The object is attached to an alphabet matching the passed\r\n+            * integer. The names are bare rank integers (starting at the\r\n+            * value giving by *offset*).\r\n+            *\r\n+            * \\param align the source alignment object.\r\n+            * \r\n+            * \\param alphabetID an integer indicating which alphabet to\r\n+            * use:\r\n+            *       - 1 for DNA\r\n+            *       - 2 for RNA\r\n+            *       - 3 for proteins\r\n+            *       - 4 for standard codon\r\n+            *       - 5 for vertebrate mitochondrial codon\r\n+            *       - 6 for invertebrate mitochondrial codon\r\n+            *       - 7 for echinoderm mitochondrial codon\r\n+            *       .\r\n+            * Other values will result in an exception.\r\n+            * \r\n+            * \\param outgroupFlag an integer indicating whether to\r\n+            * include outgroup sequences:\r\n+            *       - 0 use all sequences\r\n+            *       - 1 use only sequences without 999 label (ingroup)\r\n+            *       - 2 use only sequences with 999 label (outgroup)\r\n+            *       .\r\n+            * Other values will result in an exception.\r\n+            * \r\n+            * \\param offset enter an integer to shift the names of the\r\n+            * resulting alignment (useful to merge alignment and ensure\r\n+            * that names are not duplicated).\r\n+            * \r\n+            * \\return A Bio++ alignment.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            static bpp::AlignedSequenceContainer egglib2bpp(Align& align, unsigned int alphabetID, unsigned int outgroupFlag, unsigned int offset=0);\r\n+\r\n+#endif\r\n+\r\n+\r\n+\r\n+        protected:\r\n+\r\n+           /** \\brief This class cannot be instantiated\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            Convert() { }\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief This class cannot be instantiated\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            Convert(const Convert& source) { }\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief This class cannot be instantiated\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            Convert& operator=(const Convert& source) { return *this; }\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief This class cannot be instantiated\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            virtual ~Convert() { }\r\n+\r\n+#ifdef HAVE_LIBBPP_SEQ\r\n+            static bpp::DNA dnaAlphabet;\r\n+            static bpp::RNA rnaAlphabet;\r\n+            static bpp::ProteicAlphabet proteicAlphabet;\r\n+            static bpp::StandardCodonAlphabet standardCodonAlphabet;\r\n+            static bpp::VertebrateMitochondrialCodonAlphabet vertebrateMitochondrialCodonAlphabet;\r\n+            static bpp::InvertebrateMitochondrialCodonAlphabet invertebrateMitochondrialCodonAlphabet;\r\n+            static bpp::EchinodermMitochondrialCodonAlphabet echinodermMitochondrialCodonAlphabet;\r\n+#endif\r\n+\r\n+    };\r\n+}\r\n+\r\n+#endif\r\n'
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Current.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Current.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,128 @@
+/*
+    Copyright 2009-2010 St�phane De Mita, Mathieu Siol
+
+    This file is part of the EggLib library.
+
+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify
+    it under the terms of the GNU General Public License as published by
+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
+    (at your option) any later version.
+
+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,
+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+    GNU General Public License for more details.
+
+    You should have received a copy of the GNU General Public License
+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+*/
+
+#ifndef EGGLIB_CURRENT_HPP
+#define EGGLIB_CURRENT_HPP
+
+
+namespace egglib {
+
+    class Population;
+    class ParamSet;
+
+   /** \brief Represents the current set of populations
+    *
+    * \ingroup coalesce
+    * 
+    */
+    class Current {
+
+        public:
+
+           /** \brief Default constructor
+            * 
+            */
+            Current();
+            
+           /** \brief Standard constructor
+            *
+            * \param paramSet allows to initiate the correct structure
+            * of populations.
+            * 
+            */
+            Current(ParamSet* paramSet);
+
+           /** \brief Rebuilds the object
+            *
+            * \param paramSet allows to initiate the correct structure
+            * of populations.
+            * 
+            */
+            void reset(ParamSet* paramSet);
+            
+           /** \brief Destructor
+            * 
+            */
+            virtual ~Current();
+
+           /** \brief Copy constructor
+            * 
+            */
+            Current(const Current&);
+
+           /** \brief Assignment operator
+            * 
+            */
+            Current& operator=(const Current&);
+
+           /** \brief Gets the current number of populations
+            * 
+            */
+            unsigned int numberOfPopulations() const;
+
+            
+           /** \brief Adds an empty population to the system
+            *
+            */
+            void addPopulation();
+
+            
+           /** \brief Gets the number of lineages contained by a given
+            * population
+            * 
+            */
+            unsigned int populationNumberOfLineages(unsigned int populationIndex) const;
+
+            
+           /** \brief Provides access to a given population
+            * 
+            * The returned pointer can be used to modify the object.
+            * 
+            */
+            Population* population(unsigned int populationIndex);
+            
+            
+           /** \brief Total number of lineages
+            * 
+            */
+            unsigned int totalNumberOfLineages() const;
+
+
+           /** \brief Efficient number of lineages
+            * 
+            * This sums the number of covered segments of each lineage.
+            * 
+            */
+            unsigned int efficientNumberOfLineages() const;
+
+
+        private:
+
+            void setPopulationArray();
+            void copy(const Current&);
+            void clear();
+
+            unsigned int _numberOfPopulations;
+            unsigned int _numberOfSegments;
+            Population** populations;
+    };
+
+}
+
+#endif
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/DataMatrix.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/DataMatrix.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
@@ -0,0 +1,219 @@
+/*
+    Copyright 2009-2010 St�phane De Mita, Mathieu Siol
+
+    This file is part of the EggLib library.
+
+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify
+    it under the terms of the GNU General Public License as published by
+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
+    (at your option) any later version.
+
+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,
+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+    GNU General Public License for more details.
+
+    You should have received a copy of the GNU General Public License
+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+*/
+
+#ifndef EGGLIB_DATAMATRIX_HPP
+#define EGGLIB_DATAMATRIX_HPP
+
+
+#include "CharMatrix.hpp"
+
+
+namespace egglib {
+
+    /** \brief Data table
+    *
+    * \ingroup core
+    *
+    * Holds a data matrix representing genotype data from simulations.
+    * Data are stored as integers, to each site is associated a
+    * position, and to each sequence is associated a group index (any
+    * integer labelling, for example, a subpopulation). Supports the
+    * CharMatrix interface with the condition that allele genotype
+    * datum is >=0 and <=9.
+    * 
+    */
+    class DataMatrix : public CharMatrix {
+    
+    public:
+    
+        /** \brief Default constructor
+         *
+         * The data table default dimensions are {0,0}
+         *
+         */
+        DataMatrix();
+
+
+        /** \brief Standard constructor
+         *
+         * The data table dimensions must be given.
+         * Each cell default default is 0, and each site position is 0..
+         *
+         * \param numberOfSequences number of lines of the data table.
+         * \param numberOfSites number of columns of the data table.
+         *
+         */
+        DataMatrix(unsigned int numberOfSequences, unsigned int numberOfSites);
+
+
+        /** \brief Copy constructor
+         * 
+         */
+        DataMatrix(const DataMatrix&);
+
+
+        /** \brief Copy constructor
+         * 
+         */
+        DataMatrix(const CharMatrix&);
+
+        
+        /** \brief Assignment operator
+         * 
+         */
+        virtual DataMatrix& operator=(const DataMatrix&);
+        
+        
+        /** \brief Assignment operator
+         * 
+         */
+        virtual DataMatrix& operator=(const CharMatrix&);
+
+
+        /** \brief Destructor
+         * 
+         */
+        virtual ~DataMatrix();
+        
+        
+        /** \brief Gets number of sites
+         * 
+         */
+        unsigned int numberOfSites() const;
+
+
+        /** \brief Gets number of sequences
+         * 
+         */
+        unsigned int numberOfSequences() const;
+        
+        
+        /** \brief Sets a value of the data table
+         * 
+         */
+        void set(unsigned int sequence, unsigned int site, int value);
+
+
+        /** \brief Gets a value from the data table
+         * 
+         */
+        int get(unsigned int sequence, unsigned int site) const;
+        
+        
+        /** \brief Faster and unsecure version of get
+         * 
+         */
+        inline int fget(unsigned int sequence, unsigned int site) const {
+            return dataMatrix[sequence][site];
+        }
+
+
+        /** \brief Sets the position of a site
+         * 
+         */
+        void sitePosition(unsigned int site, double value);
+
+
+        /** \brief Gets the position of a site
+         * 
+         */
+        double sitePosition(unsigned int site) const;
+
+
+        /** \brief Sets the group label of a sequence
+         * 
+         */
+        void populationLabel(unsigned int sequence, unsigned int value);
+
+
+        /** \brief Gets the group label of a sequence
+         * 
+         */
+        unsigned int populationLabel(unsigned int sequence) const;
+
+
+        /** \brief Removes all information from the object
+         * 
+         */
+        void clear();
+
+
+        /** \brief Resizes the data matrix
+         *
+         * \param newNumberOfSequences number of sequences (rows)
+         * \param newNumberOfSites number of sites (columns)
+         *
+         * If new values are larger, data already set is left unchanged.
+         * New data are set to zero.
+         *
+         */
+        void resize(unsigned int newNumberOfSequences, unsigned int newNumberOfSites);
+
+
+       /** \brief Shifts allele value
+        * 
+        * \param minimum the minimum allele value.
+        * 
+        * Shifts all alleles at all sites to ensure that alleles alleles
+        * are equal to or larger than minimum. The shifting is specific
+        * to each site.
+        * 
+        */
+        void shift(int minimum);
+
+        /** \brief Gets the character at a given position
+         * 
+         * An exception is generated if the allele value at this
+         * position is not >=0 and <=9. Not out-of-bound check is
+         * performed.
+         * 
+         */
+        char character(unsigned int sequence, unsigned int site) const;
+        
+
+
+    private:
+        
+        // Initializes to default values (for empty object)
+        void init();
+        
+        // Copies from a source object
+        virtual void copy(const CharMatrix&);
+
+        // Copies from a source object
+        virtual void copy(const DataMatrix&);
+        
+        // Number of lines of the data matrix
+        unsigned int _numberOfSequences;
+        
+        // Number of columns of the data matrix
+        unsigned int _numberOfSites;
+        
+        // Data matrix
+        int **dataMatrix;
+        
+        // Vector of site positions
+        double *positions;
+        
+        // Vector of group indices
+        unsigned int *groups;
+    };
+}
+
+#endif
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Edge.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Edge.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
b'@@ -0,0 +1,331 @@\n+/*\r\n+    Copyright 2009-2010 St\xe9phane De Mita, Mathieu Siol\r\n+\r\n+    This file is part of the EggLib library.\r\n+\r\n+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify\r\n+    it under the terms of the GNU General Public License as published by\r\n+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or\r\n+    (at your option) any later version.\r\n+\r\n+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,\r\n+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r\n+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r\n+    GNU General Public License for more details.\r\n+\r\n+    You should have received a copy of the GNU General Public License\r\n+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r\n+*/\r\n+\r\n+#ifndef EGGLIB_EDGE_HPP\r\n+#define EGGLIB_EDGE_HPP\r\n+\r\n+#include <vector>\r\n+#include <climits>\r\n+#include "EggException.hpp"\r\n+\r\n+namespace egglib {\r\n+\r\n+    class Random;\r\n+\r\n+    /** \\brief Edge of the ancestral recombination graph\r\n+    *\r\n+    * \\ingroup coalesce\r\n+    *\r\n+    * Each Edge instance provides access to its 0, 1 or 2 descendants\r\n+    * (the former holds for a terminal node, the middle for the parent\r\n+    * of a recombined node and the latter for the parent of a coalesced\r\n+    * node (most classical node in the coalescent).The Edge also\r\n+    * provides to the edge length. Note that the Edge instance must be\r\n+    * understood as an ARG node and the branch above it (latter in the\r\n+    * coalescence process). Edge instances also keep track of the list\r\n+    * of descendants descending from this node (which may differ along\r\n+    * recombining segment). Edge instances *must* be created through one\r\n+    * of the "default" and "coalescence" constructors or through the \r\n+    * recombination method. Edge instances should never be copied but\r\n+    * manipulated by references.\r\n+    * \r\n+    */\r\n+    class Edge {\r\n+    \r\n+        public:\r\n+        \r\n+            /// Destructor\r\n+            virtual ~Edge();\r\n+        \r\n+           /** \\brief Constructor\r\n+            * \r\n+            * \\param numberOfSegments the number of recombining segments\r\n+            * (one for a non-recombining region).\r\n+            * \r\n+            * Use the Pool, instead. Objects are delivered with a\r\n+            * complete coverage.\r\n+            * \r\n+            */ \r\n+            Edge(unsigned int numberOfSegments);\r\n+\r\n+\r\n+            /// Restore object to `factory` state\r\n+            void reset();\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Builds for internal node\r\n+            * \r\n+            * \\param date the date of creation of the edge.\r\n+            * \\param son1 first edge descending from this edge.\r\n+            * \\param son2 second edge descending from this edge.\r\n+            * \\param edgesPerSegments counts the current number of\r\n+            * (non-coalesced lineages for each lineages); must have the\r\n+            * appropriate size and will be updated.\r\n+            * \\param MRCA the list where to place the address of segment\r\n+            * MRCA, if it occurs.\r\n+            * \\param totalLength the total length of the tree.\r\n+            * \\param segmentLengths the table of tree lengths per\r\n+            * segment.\r\n+            *\r\n+            * Assumes the current object has the correct number of\r\n+            * segments.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            void coalescence(double date, Edge* son1, Edge* son2,\r\n+                        unsigned int* edgesPerSegments, Edge** MRCA,\r\n+                        double& totalLength, double* segmentLengths);\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Generates a recombination event\r\n+            * \r\n+            * \\param date the date of the event.\r\n+            * \\param dest1 destination for the first resulting edge.\r\n+            * \\param dest2 destination for the second resulting edge.\r\n+            * \\param random pointer to the Random instance used by the \r\n+            * simulator.\r\n+           '..b"numberOfSegments) {\r\n+                    if (segbools[i]==true) {\r\n+                        totalLength += segments[i]*length;\r\n+                        for (j=0; j<segments[i]; j++) {\r\n+                            segmentLengths[i+j] += length;\r\n+                        }\r\n+                    }\r\n+                    i+=segments[i];\r\n+                }\r\n+            }\r\n+\r\n+\r\n+    };\r\n+\r\n+\r\n+\r\n+\r\n+\r\n+\r\n+\r\n+\r\n+\r\n+\r\n+\r\n+\r\n+    /** \\brief Pool of Edge objects\r\n+    *\r\n+    * \\ingroup coalesce\r\n+    *\r\n+    * Holds a pool of Edge objects that can be recycled to spare the\r\n+    * building burden. A construction time, a number of Edge objects\r\n+    * equals to the predicted number of needed instances should be\r\n+    * requested. The Edge's will be prebuilt immediately and delivered\r\n+    * upon request. After use, the Edge's should be released. It is only\r\n+    * possible to release the last issued Edge instance or all of them\r\n+    * at once.\r\n+    * \r\n+    */\r\n+    class EdgePool {\r\n+\r\n+        public:\r\n+        \r\n+            /// Default constructor (nothing allocated)\r\n+            EdgePool();\r\n+\r\n+\r\n+            /// Destructor\r\n+            virtual ~EdgePool();\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Configure pool\r\n+            * \r\n+            * Pre-allocates a given number of Edge objects. The objects\r\n+            * will be immediately available.\r\n+            * \r\n+            * Data previously allocated (by a previous call of this\r\n+            * function or by the deliver() method) will be lost so it\r\n+            * can be required to use clear() before.\r\n+            * \r\n+            * \\param numberOfSegments the number of segments of the\r\n+            * simulation; all Edge instances will use this value.\r\n+            * \r\n+            * \\param numberOfPreAllocated the number of Edge that should\r\n+            * be kept ready for immediate use.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            void set(unsigned int numberOfSegments, unsigned numberOfPreAllocated);\r\n+            \r\n+            \r\n+           /** \\brief Frees internally stored memory\r\n+            * \r\n+            * This invalidate all points that have been delivered\r\n+            * previously. However, any previously set number of segments\r\n+            * (0, by default) is retained.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            void clear();\r\n+\r\n+            \r\n+           /** \\brief Deliver an Edge\r\n+            * \r\n+            * The object must not be freed by the client! This object is\r\n+            * allocated on the heap if the cache is not large enough,\r\n+            * only reset if it was previously released, or just delivered\r\n+            * if it is one of the initially allocated instances.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            Edge* deliver();\r\n+            \r\n+            \r\n+           /** \\brief Release an Edge\r\n+            * \r\n+            * Release the last delivered Edge. The instance is only\r\n+            * cached for a potential future use; it is not freed nor\r\n+            * reset immediately.  If no Edge's are in use, nothing is\r\n+            * done.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            void releaseLast();\r\n+\r\n+            \r\n+           /** \\brief Release all Edge's\r\n+            * \r\n+            * Release all delivered Edges. The instances are only\r\n+            * cached for a potential future use; they are not freed nor\r\n+            * reset immediately. If no Edge's are in use, nothing is\r\n+            * done.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            void releaseAll();\r\n+\r\n+        private:\r\n+        \r\n+            /// Not available\r\n+            EdgePool(const EdgePool& ep) {}\r\n+            \r\n+            /// Not available\r\n+            EdgePool& operator=(const EdgePool& ep) { return *this; }\r\n+\r\n+            unsigned int numberOfSegments;\r\n+            unsigned int used;\r\n+            unsigned int released;\r\n+            unsigned int ready;\r\n+            Edge** cache;\r\n+            \r\n+    };\r\n+\r\n+}\r\n+\r\n+#endif\r\n"
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/EggException.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/EggException.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,173 @@
+/*
+    Copyright 2009 St�phane De Mita, Mathieu Siol
+
+    This file is part of the EggLib library.
+
+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify
+    it under the terms of the GNU General Public License as published by
+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
+    (at your option) any later version.
+
+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,
+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+    GNU General Public License for more details.
+
+    You should have received a copy of the GNU General Public License
+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+*/
+
+#ifndef EGGLIB_EGGEXCEPTION_HPP
+#define EGGLIB_EGGEXCEPTION_HPP
+
+#include <string>
+#include <exception>
+
+namespace egglib {
+
+    /** \brief Base exception type for errors occurring in this library
+     *
+     * \ingroup core
+     *
+     */
+    class EggException : public std::exception {
+        public:
+            /// Constructor with empty error message
+            EggException();
+            /// Creates the exception
+            EggException(const char* message);
+            /// Destructor
+            ~EggException() throw() {}
+            /// Gets error message
+            virtual const char* what() const throw();
+            
+      protected:
+            std::string message;
+
+    };
+
+  
+    /** \brief Exception type for memory errors
+     *
+     * \ingroup core
+     *
+     */
+    class EggMemoryError : public EggException {
+        public:
+            /// Creates the exception
+            EggMemoryError();
+            /// Destructor
+            ~EggMemoryError() throw() {}
+    };
+
+
+    /** \brief Exception type for argument value errors
+     *
+     * \ingroup core
+     *
+     */
+    class EggArgumentValueError : public EggException {
+        public:
+            /// Creates the exception
+            EggArgumentValueError(const char* m );
+            /// Destructor
+            ~EggArgumentValueError() throw() {}
+    };
+    
+
+    /** \brief Exception type for runtime errors
+     * 
+     * Runtime error definition is rather large. Includes bugs as well
+     * as logical errors.
+     *
+     * \ingroup core
+     *
+     */
+    class EggRuntimeError : public EggException {
+        public:
+            /// Creates the exception
+            EggRuntimeError(const char* m );
+            /// Destructor
+            ~EggRuntimeError() throw() {}
+    };
+
+
+    /** \brief Exception type for file/string formatting errors
+     *
+     * \ingroup core
+     *
+     */
+    class EggFormatError : public EggException {
+        public:
+            /// Creates the exception
+            EggFormatError(const char* fileName, const char* expectedFormat, const char* m);
+            /// Destructor
+            ~EggFormatError() throw() {}
+            /// Gets the file name
+            std::string fileName() const;
+            /// Gets the expected format
+            std::string expectedFormat() const;
+            /// Formats a longer string
+            virtual const char* what_more() const;
+            
+        protected:
+            std::string fname;
+            std::string eformat;
+    };
+
+
+    /** \brief Exception type for errors while opening a file
+     * 
+     * \ingroup core
+     *
+     */
+    class EggOpenFileError : public EggException {
+        public:
+            /// Creates the exception
+            EggOpenFileError(const char* fileName );
+            /// Destructor
+            ~EggOpenFileError() throw() {}
+    };
+    
+    
+    /** \brief Exception type for unaligned sequences
+     * 
+     * \ingroup core
+     * 
+     */
+    class EggUnalignedError : public EggException {
+        public:
+           /** \brief Creates the exception
+            * 
+            */
+            EggUnalignedError();
+            
+           /** \brief Destructor
+            * 
+            */
+            ~EggUnalignedError() throw() {}
+    };
+
+   /** \brief Exception type for invalid character
+    * 
+    * \ingroup core
+    * 
+    */
+    class EggInvalidCharacterError : public EggException {
+        public:
+           /** \brief Creates the exception
+            * 
+            */
+            EggInvalidCharacterError(char c, unsigned int seqIndex, unsigned int posIndex);
+            
+           /** \brief Destructor
+            * 
+            */
+            ~EggInvalidCharacterError() throw() {}
+    };
+
+}
+
+
+
+#endif
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/FStatistics.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/FStatistics.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,288 @@\n+/*\r\n+    Copyright 2009 St\xe9phane De Mita, Mathieu Siol\r\n+\r\n+    This file is part of the EggLib library.\r\n+\r\n+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify\r\n+    it under the terms of the GNU General Public License as published by\r\n+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or\r\n+    (at your option) any later version.\r\n+\r\n+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,\r\n+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r\n+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r\n+    GNU General Public License for more details.\r\n+\r\n+    You should have received a copy of the GNU General Public License\r\n+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r\n+*/\r\n+\r\n+#ifndef EGGLIB_FSTATISTICS_HPP\r\n+#define EGGLIB_FSTATISTICS_HPP\r\n+\r\n+\r\n+\r\n+namespace egglib {\r\n+\r\n+\r\n+    /** \\brief Computes Fis, Fst and Fit from diploid data\r\n+    *\r\n+    * The class requires loading data. Data are loaded by individual\r\n+    * (two genotypes per individual). The analyses are cached: they are\r\n+    * performed upon the first call to statistics accessors. The cache\r\n+    * is emptied whenever a datum is loaded.\r\n+    * \r\n+    * The computations are performed after Weir and Cockerham. The\r\n+    * statistics F, theta and f are generalized for multiple alleles.\r\n+    * To allow computation of multi-locus statistics, variance\r\n+    * components are also available. The three components of the\r\n+    * variance are Vpopulation (between-population), Vindividual\r\n+    * (within-population, between-individual) and Vallele (within-\r\n+    * individual). The formulas to compute the F-statistics are as\r\n+    * follows:\r\n+    *       - 1-F = Vallele/(Vpopulation+Vindividual+Vallele)\r\n+    *       - theta = Vpopulation/(Vpopulation+Vindividual+Vallele)\r\n+    *       - 1-f = Vallele/(Vindividual+Vallele).\r\n+    * \r\n+    * \\ingroup polymorphism\r\n+    *\r\n+    */\r\n+    class FStatistics {\r\n+    \r\n+        public:\r\n+    \r\n+           /** \\brief Constructor\r\n+            * \r\n+            */ \r\n+            FStatistics();\r\n+\r\n+            \r\n+           /** \\brief Destructor\r\n+            * \r\n+            */ \r\n+            virtual ~FStatistics();\r\n+\r\n+            \r\n+           /** \\brief Reserve sufficient memory for a given number of\r\n+            * individuals.\r\n+            * \r\n+            * This method makes the load function faster by allocating\r\n+            * all required memory at once.\r\n+            * \r\n+            * \\param numberOfIndividuals a strictly positive integer.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            void reserve(unsigned int numberOfIndividuals);\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Loads the data for one individual\r\n+            * \r\n+            * \\param genotype1 an integer giving the first allele.\r\n+            * \\param genotype2 an integer giving the second allele.\r\n+            * \\param populationLabel an integer indication belonging to\r\n+            * a population.\r\n+            * \r\n+            * Genotypes and population labels are not required to be\r\n+            * consecutive (both are labels, not indices). They are\r\n+            * internally mapped to indices (the mapping can be obtained\r\n+            * by accessors populationLabel and allele).\r\n+            * \r\n+            * All genotypes are considered to be valid (no missing data).\r\n+            * If statistics were computed previous to call to this\r\n+            * function, all data will be erase.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            void loadIndividual(unsigned int genotype1,\r\n+                    unsigned int genotype2, unsigned int populationLabel);\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Label of a population\r\n+            * \r\n+            * The index corresponds to the local mapping of populations\r\n+            * regardless of the ranking of population labels. (No out\r\n+            * of bound checking.)\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            unsigne'..b'leIndex);\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Absolute genotype frequency\r\n+            * \r\n+            * Note that allele AB is considered different to BA (this\r\n+            * means that values can be accessed both sides of the\r\n+            * diagonal.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            unsigned int genotypeFrequencyTotal(unsigned int alleleIndex1, unsigned int alleleIndex2);\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Absolute genotype frequency in a population\r\n+            * \r\n+            * Note that allele AB is considered different to BA (this\r\n+            * means that values can be accessed both sides of the\r\n+            * diagonal.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            unsigned int genotypeFrequencyPerPopulation(unsigned int populationIndex, unsigned int alleleIndex1, unsigned int alleleIndex2);\r\n+\r\n+            \r\n+           /** \\brief Sample size of a population\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            unsigned int populationFrequency(unsigned int populationIndex);\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Weir-Cockerham F-statistic\r\n+            * \r\n+            * Note: equivalent to Fit.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            double F();\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Weir-Cockerham theta-statistic\r\n+            * \r\n+            * Note: equivalent to Fst.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            double theta();\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Weir-Cockerham f-statistic\r\n+            * \r\n+            * Note: equivalent to Fis.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            double f();\r\n+            \r\n+\r\n+           /** \\brief Between-population component of variance\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            double Vpopulation();\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Within-population, between-individual component of variance\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            double Vindividual();\r\n+            \r\n+            \r\n+           /** \\brief Within-individual component of variance\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            double Vallele();\r\n+\r\n+\r\n+        protected:\r\n+    \r\n+            bool d_flag;\r\n+            void d_init();\r\n+            void d_clear();\r\n+            unsigned int  d_reserved;\r\n+            unsigned int  d_numberOfGenotypes;\r\n+            unsigned int *d_genotypes;\r\n+            unsigned int *d_populationLabels;\r\n+\r\n+            bool s_flag;\r\n+            void s_init();\r\n+            void s_clear();\r\n+            void s_compute();\r\n+            void processPopulations();\r\n+            void processAlleles();\r\n+            unsigned int getPopulationIndex(unsigned int) const;\r\n+            unsigned int getAlleleIndex(unsigned int) const;\r\n+            unsigned int    s_numberOfAlleles;\r\n+            unsigned int   *s_alleleValueMapping;\r\n+            unsigned int    s_numberOfPopulations;\r\n+            unsigned int   *s_populationLabelMapping;\r\n+            unsigned int   *s_populationFrequencies;\r\n+            unsigned int   *s_alleleFrequenciesTotal;\r\n+            unsigned int  **s_alleleFrequenciesPerPopulation;\r\n+            unsigned int  **s_genotypeFrequenciesTotal;\r\n+            unsigned int ***s_genotypeFrequenciesPerPopulation;\r\n+\r\n+            bool w_flag;\r\n+            void w_init();\r\n+            void w_clear();\r\n+            void w_compute();\r\n+            double  w_F;\r\n+            double  w_T;\r\n+            double  w_f;\r\n+            double *w_a;\r\n+            double *w_b;\r\n+            double *w_c;\r\n+            double  w_nbar;\r\n+            double  w_nc;\r\n+            double *w_pbar;\r\n+            double *w_ssquare;\r\n+            double *w_hbar;\r\n+            double  w_sum_a;\r\n+            double  w_sum_b;\r\n+            double  w_sum_c;\r\n+            double  w_sum_abc;\r\n+            double  w_sum_bc;\r\n+\r\n+    \r\n+        private:\r\n+            \r\n+            FStatistics(const FStatistics& source) { }\r\n+            \r\n+            FStatistics& operator=(const FStatistics& source) {\r\n+                return *this;\r\n+            }\r\n+\r\n+    };\r\n+}\r\n+\r\n+#endif\r\n'
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Fasta.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Fasta.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,278 @@\n+/*\r\n+    Copyright 2008-2009 St\xe9phane De Mita, Mathieu Siol\r\n+\r\n+    This file is part of the EggLib library.\r\n+\r\n+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify\r\n+    it under the terms of the GNU General Public License as published by\r\n+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or\r\n+    (at your option) any later version.\r\n+\r\n+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,\r\n+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r\n+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r\n+    GNU General Public License for more details.\r\n+\r\n+    You should have received a copy of the GNU General Public License\r\n+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r\n+*/\r\n+\r\n+#ifndef EGGLIB_FASTA_HPP\r\n+#define EGGLIB_FASTA_HPP\r\n+\r\n+#include <istream>\r\n+#include <iostream>\r\n+#include <string>\r\n+#include "Container.hpp"\r\n+\r\n+namespace egglib {\r\n+\r\n+   /** \\brief Fasta parser/formatted\r\n+    *\r\n+    * \\ingroup core\r\n+    *\r\n+    * Reads a multifasta sequence file from a string, a stream or a file\r\n+    * and returns a Container. See the description of the format below.\r\n+    * Formats a fasta string from a sequence container object and places\r\n+    * it in a string, a stream of a file. All methods are static and the\r\n+    * class cannot be instantiated. The methods parsef and formatf will\r\n+    * open the file for you while the others will read/write directly\r\n+    * in a string.\r\n+    * \r\n+    * Specifications of the fasta format:\r\n+    * \r\n+    *    - The number of sequences is not limited.\r\n+    * \r\n+    *    - Each sequence is preceded by a header limited to a single\r\n+    *      line and starting by a ">" character.\r\n+    * \r\n+    *    - The header length is not limited and all characters are\r\n+    *      allowed but white spaces and special characters are\r\n+    *      discouraged.\r\n+    * \r\n+    *    - Group indices are specified by \\@0, \\@1, \\@2...  strings\r\n+    *      appearing at the end of the header string (just before the\r\n+    *      carriage return). Note that group labels are ignored by\r\n+    *      default.\r\n+    * \r\n+    *    - Group indices are ignored unless specifically specified in a\r\n+    *      parser\'s options.\r\n+    * \r\n+    *    - The sequence itself continues on following lines until the\r\n+    *      next ">" character or the end of the file.\r\n+    * \r\n+    *    - White spaces, tab and carriage returns are allowed at any\r\n+    *      position There is no limitation in length and different\r\n+    *      sequences can have different lengths.\r\n+    * \r\n+    *    - Although the standard is lower case characters, Fasta\r\n+    *      assumes upper case characters and only supports lower case\r\n+    *      characters (and converts them to upper case characters).\r\n+    *      Information coded by change in case is lost.\r\n+    *\r\n+    */\r\n+    class Fasta {\r\n+\r\n+      public:\r\n+\r\n+       /** \\brief Imports a fasta file\r\n+         *\r\n+         * Imports the content of the file as is. Calls the method\r\n+         * pase(std::istream*, bool) by creating its own istream.\r\n+         *\r\n+         * \\param fname the name of a fasta file.\r\n+         * \r\n+         * \\param importGroupLabels if set to true, scan automatically\r\n+         * for groups. The format is @ followed by an integer, placed\r\n+         * at the end of the header string(sequences without labels\r\n+         * will be treated as \\@0).\r\n+         * \r\n+         * \\return A Container object containing the sequences.\r\n+         * \r\n+         */\r\n+        static Container parsef(const char* fname, bool importGroupLabels=false);\r\n+\r\n+\r\n+       /** \\brief Imports a fasta file\r\n+         *\r\n+         * Imports the content of the file as is. Calls the method\r\n+         * pase(std::istream*, bool) by creating its own istream. This\r\n+         * method expects a reference to a Container to which the\r\n+         * sequences will be appended.\r\n+         *\r\n+'..b'ner object containing the sequences.\r\n+         * \r\n+         */\r\n+        static Container parse(std::istream& stream, bool importGroupLabels=false);\r\n+\r\n+\r\n+       /** \\brief Imports a fasta file from an open stream\r\n+         *\r\n+         * Imports the content of the file as is. This\r\n+         * method expects a reference to a Container to which the\r\n+         * sequences will be appended.\r\n+         *\r\n+         * \\param stream an open stream (file or string) containing the\r\n+         * data.\r\n+         * \r\n+         * \\param container a Container instance, empty or not.\r\n+         * \r\n+         * \\param importGroupLabels if set to true, scan automatically\r\n+         * for groups. The format is @ followed by an integer, placed\r\n+         * at the end of the header string(sequences without labels\r\n+         * will be treated as \\@0).\r\n+         * \r\n+         * \\return Nothing: the new sequences are appended to the\r\n+         * Container passed as argument.\r\n+         * \r\n+         */\r\n+        static void parse(std::istream& stream, Container& container, bool importGroupLabels=false);\r\n+        \r\n+        \r\n+       /** \\brief Export sequences as fasta\r\n+        *\r\n+        * \\param fname the name of the file where to place the result.\r\n+        * \r\n+        * \\param container Container object to export.\r\n+        * \r\n+        * \\param exportGroupLabels if set to true, exports group\r\n+        * indices as a \\@x at the end of the sequence name, where x is\r\n+        * the group index. Otherwise, this information is discarded.\r\n+        * \r\n+        * \\param lineLength the number of characters to place on a\r\n+        * single line. If zero, no newlines are inserted within\r\n+        * sequences.\r\n+        * \r\n+        */\r\n+        static void formatf(const char* fname, const Container& container, bool exportGroupLabels=false, unsigned int lineLength=50);\r\n+\r\n+\r\n+       /** \\brief Export sequences as fasta\r\n+        *\r\n+        * \\param file an open stream.\r\n+        * \r\n+        * \\param container Container object to export.\r\n+        * \r\n+        * \\param exportGroupLabels if set to true, exports group\r\n+        * indices as a \\@x at the end of the sequence name, where x is\r\n+        * the group index. Otherwise, this information is discarded.\r\n+        * \r\n+        * \\param lineLength the number of characters to place on a\r\n+        * single line. If zero, no newlines are inserted within\r\n+        * sequences.\r\n+        * \r\n+        */\r\n+        static void format(std::ostream& file, const Container& container, bool exportGroupLabels=false, unsigned int lineLength=50);\r\n+\r\n+\r\n+       /** \\brief Export sequences as fasta\r\n+        * \r\n+        * This medod creates internally an ostringstream, calls the\r\n+        * method format(ostream, container, bool) and returns the\r\n+        * resulting string.\r\n+        *\r\n+        * \\param container Container object to export.\r\n+        * \r\n+        * \\param exportGroupLabels if set to true, exports group\r\n+        * indices as a \\@x at the end of the sequence name, where x is\r\n+        * the group index. Otherwise, this information is discarded.\r\n+        * \r\n+        * \\param lineLength the number of characters to place on a\r\n+        * single line. If zero, no newlines are inserted within\r\n+        * sequences.\r\n+        * \r\n+        * \\return The formatted string.\r\n+        * \r\n+        */\r\n+        static std::string format(const Container& container, bool exportGroupLabels=false, unsigned int lineLength=50);\r\n+\r\n+          \r\n+          \r\n+      protected:\r\n+        \r\n+        /// This class cannot be instantiated\r\n+        Fasta() { }\r\n+        \r\n+        /// This class cannot be instantiated\r\n+        Fasta(const Fasta& source) { }\r\n+        \r\n+        /// This class cannot be or copied\r\n+        Fasta& operator=(const Fasta& source) { return *this; }\r\n+        \r\n+        /// This class cannot be instantiated\r\n+        virtual ~Fasta() { }\r\n+\r\n+        \r\n+    };\r\n+}\r\n+\r\n+#endif\r\n'
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/HFStatistics.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/HFStatistics.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,227 @@
+/*
+    Copyright 2010 St�phane De Mita, Mathieu Siol
+
+    This file is part of the EggLib library.
+
+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify
+    it under the terms of the GNU General Public License as published by
+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
+    (at your option) any later version.
+
+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,
+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+    GNU General Public License for more details.
+
+    You should have received a copy of the GNU General Public License
+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+*/
+
+#ifndef EGGLIB_HFSTATISTICS_HPP
+#define EGGLIB_HFSTATISTICS_HPP
+
+
+
+namespace egglib {
+
+
+    /** \brief Computes Fst and Fit from haploid data
+    *
+    * The class requires loading data. Data are loaded by haploid
+    * (one genotype per individual). The analyses are cached: they are
+    * performed upon the first call to statistics accessors. The cache
+    * is emptied whenever a datum is loaded.
+    * 
+    * The computations are performed after Weir and Cockerham. The
+    * statistic theta is generalized for multiple alleles. To allow
+    * computation of multi-locus statistics, variance components are
+    * also available. The two components of the variance are T1 and T2
+    * and theta is T1/T2 (from Weir 1996 "Genetic Data Analysis II",
+    * Sinauer associates, Sunderland MA).
+    * 
+    * \ingroup polymorphism
+    *
+    */
+    class HFStatistics {
+    
+        public:
+    
+           /** \brief Constructor
+            * 
+            */ 
+            HFStatistics();
+
+            
+           /** \brief Destructor
+            * 
+            */ 
+            virtual ~HFStatistics();
+
+            
+           /** \brief Reserve sufficient memory for a given number of
+            * individuals.
+            * 
+            * This method makes the load function faster by allocating
+            * all required memory at once.
+            * 
+            * \param numberOfIndividuals a strictly positive integer.
+            * 
+            */
+            void reserve(unsigned int numberOfIndividuals);
+
+
+           /** \brief Loads the data for one individual
+            * 
+            * \param genotype an integer giving the allele.
+            * \param populationLabel an integer indication belonging to
+            * a population.
+            * 
+            * Genotypes and population labels are not required to be
+            * consecutive (both are labels, not indices). They are
+            * internally mapped to indices (the mapping can be obtained
+            * by accessors populationLabel and allele).
+            * 
+            * All genotypes are considered to be valid (no missing data).
+            * If statistics were computed previous to call to this
+            * function, all data will be erased.
+            * 
+            */
+            void loadIndividual(unsigned int genotype, unsigned int populationLabel);
+
+
+           /** \brief Label of a population
+            * 
+            * The index corresponds to the local mapping of populations
+            * regardless of the ranking of population labels. (No out
+            * of bound checking.)
+            * 
+            */
+            unsigned int populationLabel(unsigned int populationIndex);
+
+
+           /** \brief Value of an allele
+            * 
+            * The index corresponds to the local mapping of alleles
+            * regardless of the ranking of allele values. (No out of
+            * bound checking.)
+            * 
+            */
+            unsigned int alleleValue(unsigned int alleleIndex);
+
+
+            /// Allele of a given individual (no checking)
+            unsigned int allele(unsigned int individualIndex) const;
+
+            /// Population label of a given individual (no checking)
+            unsigned int individualLabel(unsigned int individualIndex) const;
+
+
+           /** \brief Number of alleles
+            * 
+            */
+            unsigned int numberOfAlleles();
+
+
+           /** \brief Number of populations
+            * 
+            */
+            unsigned int numberOfPopulations();
+
+
+           /** \brief Number of loaded genotypes
+            * 
+            */
+            unsigned int numberOfGenotypes() const;
+
+
+           /** \brief Absolute total allele frequency
+            * 
+            */
+            unsigned int alleleFrequencyTotal(unsigned int alleleIndex);
+            
+
+           /** \brief Absolute allele frequency in a population
+            * 
+            */
+            unsigned int alleleFrequencyPerPopulation(unsigned int populationIndex, unsigned int alleleIndex);
+
+
+           /** \brief Sample size of a population
+            * 
+            */
+            unsigned int populationFrequency(unsigned int populationIndex);
+
+
+           /** \brief Weir-Cockerham theta-statistic
+            * 
+            * Note: equivalent to Fst.
+            * 
+            */
+            double theta();
+
+
+           /** \brief Between-population component of variance
+            * 
+            */
+            double T1();
+
+
+           /** \brief Total variance
+            * 
+            */
+            double T2();
+            
+
+        protected:
+    
+            bool d_flag;
+            void d_init();
+            void d_clear();
+            unsigned int  d_reserved;
+            unsigned int  d_numberOfGenotypes;
+            unsigned int *d_genotypes;
+            unsigned int *d_populationLabels;
+
+            bool s_flag;
+            void s_init();
+            void s_clear();
+            void s_compute();
+            void processPopulations();
+            void processAlleles();
+            unsigned int getPopulationIndex(unsigned int) const;
+            unsigned int getAlleleIndex(unsigned int) const;
+            unsigned int    s_numberOfAlleles;
+            unsigned int   *s_alleleValueMapping;
+            unsigned int    s_numberOfPopulations;
+            unsigned int   *s_populationLabelMapping;
+            unsigned int   *s_populationFrequencies;
+            unsigned int   *s_alleleFrequenciesTotal;
+            unsigned int  **s_alleleFrequenciesPerPopulation;
+
+            bool w_flag;
+            void w_init();
+            void w_clear();
+            void w_compute();
+            double  w_T;
+            double *w_T1;
+            double *w_T2;
+            double  w_nbar;
+            double  w_nc;
+            double *w_pbar;
+            double *w_ssquare;
+            double  w_sum_T1;
+            double  w_sum_T2;
+
+    
+        private:
+            
+            HFStatistics(const HFStatistics& source) { }
+            
+            HFStatistics& operator=(const HFStatistics& source) {
+                return *this;
+            }
+
+    };
+}
+
+#endif
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/HaplotypeDiversity.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/HaplotypeDiversity.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,176 @@
+/*
+    Copyright 2008-2009 Stéphane De Mita, Mathieu Siol
+
+    This file is part of the EggLib library.
+
+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify
+    it under the terms of the GNU General Public License as published by
+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
+    (at your option) any later version.
+
+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,
+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+    GNU General Public License for more details.
+
+    You should have received a copy of the GNU General Public License
+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+*/
+
+
+#ifndef EGGLIB_HAPLOTYPEDIVERSITY_HPP
+#define EGGLIB_HAPLOTYPEDIVERSITY_HPP
+
+#include "BaseDiversity.hpp"
+
+namespace egglib {
+
+
+   /** \brief Computes diversity based on haplotype analysis
+    *
+    * \ingroup polymorphism
+    * 
+    * This class relies on detection of polymorphic sites, as does
+    * NucleotideDiversity, with the exception that sites with missing
+    * data cannot be processed (minimumExploitableData is enforced to
+    * 1.).
+    * 
+    * Like NucleotideDiversity, the same object can be used to analyze
+    * different data sets. Only the call to load() is required before
+    * accessing the data.
+    * 
+    * Hst, Gst and Kst are between population differenciation indices.
+    * They are respectively defined in equations 2, 5-6 and 9 of Hudson
+    * et al. 1992a (Molecular Biology and Evolution 9:138-151). Also,
+    * Fst is defined in equation 3 of Hudson et al. 1992b (Genetics
+    * 132:583-589). Finally, Snn is from Hudson 2000 Genetics. It is
+    * computed as the average of Xi for all sequences. Where Xi is the
+    * ratio of nearest neighbours from the same group to the number of
+    * nearest neighbours. Nearest neigbours are all the sequences with
+    * the lowest number of differences to the focal sequence. NOTE: 
+    * Gst/Hst are quite similar, but Fst and Kst are more different. Snn
+    * is a different statistic. Gst and Hst are two ways to estimate the
+    * between-population fraction of haplotypic diversity.
+    * 
+    */
+    class HaplotypeDiversity : public BaseDiversity {
+
+        public:
+
+           /** \brief Constructor
+            * 
+            */
+            HaplotypeDiversity();
+            
+           /** \brief Destructor
+            * 
+            */ 
+            virtual ~HaplotypeDiversity();
+
+           /** \brief Identifies polymorphic sites and computes basis
+            * statistics
+            * 
+            * \param data an alignment object (subclass of CharMatrix).
+            * The presence of outgroup or of different populations will
+            * be detected based on the populationLabel members of the
+            * passed object. The populationLabel 999 will be interpreted
+            * as outgroups. If several outgroups are passed, sites were
+            * the outgroups are not consistent will be treated as "non-
+            * orientable".
+            * 
+            * \param allowMultipleMutations if true, sites with more
+            * than two alleles will not be ignored. The sum of the
+            * frequencies of all alleles not matching the outgroup will
+            * treated as the derived allele frequency (for orientable
+            * sites).
+            * 
+            * \param ignoreFrequency removes sites that are polymorph
+            * because of an allele at absolute frequency smaller than or
+            * equal to this value. If ignoreFrequency=1, no sites are
+            * removed, if ignoreFrequency=1, singleton sites are
+            * ignored. Such sites are completely removed from the
+            * analysis (not counted in lseff). Note that if more than
+            * one mutation is allowed, the site is removed only if all
+            * the alleles but one are smaller than or equal to this
+            * value. For example, an alignment column AAAAAAGAAT is
+            * ignored with an ignoreFrequency of 1, but AAAAAAGGAT is
+            * conserved (including the third allele T which is a
+            * singleton).
+            * 
+            * \param characterMapping a string giving the list of
+            * characters that should be considered as valid data. If a
+            * space is present in the string, the characters left of the
+            * space will be treated as valid data and the characters
+            * right of the space will be treated as missing data, that
+            * is tolerated but ignored. All characters not in the string
+            * will cause an EggInvalidCharacterError to be raised.
+            * 
+            */
+            void load(CharMatrix& data,
+                bool allowMultipleMutations=false,
+                unsigned int ignoreFrequency=0,
+                std::string characterMapping=dnaMapping
+            );
+            
+            /// Number of distinct haplotypes
+            unsigned int K() const;
+            
+            /// Haplotype diversity (unbiased)
+            double He() const;
+            
+            /** \brief Returns the allele number of a given sequence
+             * 
+             * The passed index must be given ignoring any outgroup
+             * sequence.
+             * 
+             */
+            unsigned int haplotypeIndex(unsigned int) const;
+            
+            /// Population differenciation, based on nucleotides (Hudson 1992a)
+            double Kst() const;
+
+            /// Population differenciation, based on nucleotides (Hudson 1992b)
+            double Fst() const;
+
+            /// Population differenciation, based on haplotypes (Nei version)
+            double Gst() const;
+
+            /// Population differenciation, based on haplotypes (Hudson et al. version)
+            double Hst() const;
+            
+            /// Hudson's Snn (nearest neighbor statistics)
+            double Snn() const;
+
+
+        protected:
+        
+            void init();
+            void clear();
+                        
+            inline unsigned int diff(CharMatrix& data, unsigned int ind1, unsigned int ind2) const;
+
+            bool m_loaded;
+            unsigned int m_K;
+            double m_He;
+            double m_Kst;
+            double m_Fst;
+            double m_Gst;
+            double m_Hst;
+            double m_Snn;
+            unsigned int *m_haplotypeIndex;
+
+
+        private:
+        
+            HaplotypeDiversity(const HaplotypeDiversity& source) {
+                
+            }
+            
+            HaplotypeDiversity& operator=(const HaplotypeDiversity& source) {
+                return *this;
+            }
+
+    };
+}
+
+#endif
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/LinkageDisequilibrium.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/LinkageDisequilibrium.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,233 @@\n+/*\r\n+    Copyright 2009 St\xe9phane De Mita, Mathieu Siol\r\n+\r\n+    This file is part of the EggLib library.\r\n+\r\n+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify\r\n+    it under the terms of the GNU General Public License as published by\r\n+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or\r\n+    (at your option) any later version.\r\n+\r\n+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,\r\n+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r\n+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r\n+    GNU General Public License for more details.\r\n+\r\n+    You should have received a copy of the GNU General Public License\r\n+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r\n+*/\r\n+\r\n+#ifndef EGGLIB_LINKAGEDISEQUILIBRUM_HPP\r\n+#define EGGLIB_LINKAGEDISEQUILIBRUM_HPP\r\n+\n+\r\n+#include "BaseDiversity.hpp"\r\n+#include "EggException.hpp"\r\n+\r\n+\r\n+namespace egglib {\r\n+\r\n+   /** \\brief Analyzes linkage disequilibrium per pair of polymorphic sites\r\n+    *\r\n+    * \\ingroup polymorphism\r\n+    * \r\n+    * The class considers an alignment and detects polymorphic sites\r\n+    * using the BaseDiversity functionality (shared with other classes\r\n+    * of the module). Only sites with exactly two alleles are\r\n+    * considered. Statistics of pairwise linkage disequilibrium can\r\n+    * be accessed by pair index (note that out-of-range errors are not\r\n+    * checked). Population labels are ignored (but outgroups are\r\n+    * excluded from the analysis).\r\n+    *\r\n+    */\r\n+    class LinkageDisequilibrium : public BaseDiversity {\r\n+\r\n+      public:\n+\n+        /// Default constructor\r\n+        LinkageDisequilibrium();\n+\n+        /// Destructor\r\n+        virtual ~LinkageDisequilibrium();\r\n+\r\n+       /** \\brief Analyzes polymorphic sites of an alignment\r\n+        * \r\n+        * \\param data an alignment object (subclass of CharMatrix).\r\n+        * The presence of outgroup or of different populations will\r\n+        * be detected based on the populationLabel members of the\r\n+        * passed object. The populationLabel 999 will be interpreted\r\n+        * as outgroups. If several outgroups are passed, sites were\r\n+        * the outgroups are not consistent will be treated as "non-\r\n+        * orientable".\r\n+        * \r\n+        * \\param minimumExploitableData site where the non-missing\r\n+        * data (as defined by characterMapping) are at a frequency\r\n+        * larger than this value will be removed from the analysis.\r\n+        * Use 1. to take only \'complete\' sites into account and 0.\r\n+        * to use all sites.\r\n+        * \r\n+        * \\param ignoreFrequency removes sites that are polymorphic\r\n+        * because of an allele at absolute frequency smaller than or\r\n+        * equal to this value. If ignoreFrequency=1, no sites are\r\n+        * removed, if ignoreFrequency=1, singleton sites are\r\n+        * ignored. Such sites are completely removed from the\r\n+        * analysis (not counted in lseff). Note that if more than\r\n+        * one mutation is allowed, the site is removed only if all\r\n+        * the alleles but one are smaller than or equal to this\r\n+        * value. For example, an alignment column AAAAAAGAAT is\r\n+        * ignored with an ignoreFrequency of 1, but AAAAAAGGAT is\r\n+        * conserved (including the third allele T which is a\r\n+        * singleton).\r\n+        * \r\n+        * \\param characterMapping a string giving the list of\r\n+        * characters that should be considered as valid data. If a\r\n+        * space is present in the string, the characters left of the\r\n+        * space will be treated as valid data and the characters\r\n+        * right of the space will be treated as missing data, that\r\n+        * is tolerated but ignored. All characters not in the string\r\n+        * will cause an EggInvalidCharacterError to be raised.\r\n+        */\r\n+        void load(CharMatrix& data,\r\n+                double minimumExploitableData=1.,\r\n+ '..b'ir_index);\r\n+\r\n+        /// position of the first site for a given pair\r\n+        unsigned int site1(unsigned int pair_index);\r\n+\r\n+        /// position of the second site for a given pair\r\n+        unsigned int site2(unsigned int pair_index);\r\n+\r\n+        /// correlation coefficient between r2 and distance\r\n+        double correl() const;\r\n+        \r\n+       /** \\brief Computes the minimal number of recombination events\r\n+        * \r\n+        * The computation is performed as described in Hudson, RR and\r\n+        * NL Kaplan. 1985. Statistical properties of the number of\r\n+        * recombination events in the history of a sample of DNA\r\n+        * sequences. Genetics 111: 147-164. The returned parameter is\r\n+        * the minimal number of recombination events, given by the\r\n+        * number of non-overlapping pairs of segregating sites violating\r\n+        * the rule of the four gamete. Only sites with two alleles are\r\n+        * considered. Note that homoplasy (multiple mutations) mimicks\r\n+        * recombination. The result of this function is not stored\r\n+        * in this instance, and re-computed at each call.\r\n+        * \r\n+        * \\param data the same CharMatrix instance as passed to the load\r\n+        * method. The instance must not have been modified.\r\n+        * \r\n+        */\r\n+        unsigned int Rmin(CharMatrix& data) const;\r\n+\r\n+\r\n+\r\n+      protected:\r\n+      \r\n+        // adds a pair of polymorphic sites\r\n+        // assume position2>position1,\r\n+        //  sites are polymorphic with exactly 2 alleles\r\n+        void add(CharMatrix& data, unsigned int position1, unsigned int position2);\r\n+\r\n+        // Constructor help\r\n+        void init();\r\n+                \r\n+        // Destructor helper\r\n+        void clear();\r\n+        \r\n+        // Resizes arrays\r\n+        void reset();\r\n+        \r\n+        // Small helper\r\n+        inline double min(double a, double b) { return (a>b)?a:b;}\r\n+\r\n+        // Small helper\r\n+        inline double max(double a, double b) { return (a>b)?b:a;}\r\n+\r\n+        // Small helper\r\n+        inline void check(unsigned int pos) {  if (pos>=_n) throw EggRuntimeError("tried to access an invalid index"); }\r\n+\r\n+       /* Performs correlation\r\n+        *\r\n+        * This function works independently from the rest of the class.\r\n+        *\r\n+        * \\param n length of data arrays.\r\n+        * \\param x first data vector.\r\n+        * \\param y second data vector.\r\n+        * \\param r variable to receive the correlation coefficient.\r\n+        * \\param a variable to receive the regression slope.\r\n+        */\r\n+        static void _correl(unsigned int n, const int* x, const double* y, double& r, double& a);\r\n+\r\n+        // Distance between pairs\r\n+        int* _d;\r\n+        \r\n+        // D (classical) measure of LD\r\n+        double *_D;\r\n+        \r\n+        // D\'\r\n+        double *_Dp;\r\n+        \r\n+        // r, correlation coefficient\r\n+        double *_r;\r\n+        \r\n+        // square r\r\n+        double *_r2;\r\n+        \r\n+        // Data array (not managed by the instance)\r\n+        unsigned int *_site1;\r\n+\r\n+        // Data array (not managed by the instance)\r\n+        unsigned int *_site2;\r\n+        \r\n+        // Number of pairs\r\n+        unsigned int _n;\r\n+\r\n+     private:\r\n+     \r\n+        /// Copy constructor not available\r\n+        LinkageDisequilibrium(const LinkageDisequilibrium&) { }\r\n+\r\n+        /// Assignment operator not available\r\n+        LinkageDisequilibrium& operator=(const LinkageDisequilibrium&) {\r\n+            return *this;\r\n+        }\r\n+\r\n+\r\n+        class Interval {\r\n+            public:\r\n+                Interval(unsigned int, unsigned int);\r\n+                unsigned int a() const;\r\n+                unsigned int b() const;\r\n+                bool good() const;\r\n+                void set_false();\r\n+            private:\r\n+                unsigned int _a;\r\n+                unsigned int _b;\r\n+                unsigned int _good;\r\n+        };\r\n+\r\n+\r\n+  };\r\n+}\r\n+\r\n+#endif\r\n'
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/MicrosatelliteDiversity.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/MicrosatelliteDiversity.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,120 @@
+/*
+    Copyright 2008-2010 St�phane De Mita, Mathieu Siol
+
+    This file is part of the EggLib library.
+
+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify
+    it under the terms of the GNU General Public License as published by
+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
+    (at your option) any later version.
+
+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,
+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+    GNU General Public License for more details.
+
+    You should have received a copy of the GNU General Public License
+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+*/
+
+#ifndef EGGLIB_MICROSATELLITEDIVERSITY_HPP
+#define EGGLIB_MICROSATELLITEDIVERSITY_HPP
+
+#include "DataMatrix.hpp"
+#include <cstdlib>
+
+namespace egglib {
+
+   /** \brief Analyzes microsatellite data
+    *
+    * \ingroup polymorphism
+    * 
+    * Use the load() method to analyze data. All sites will be analyzed
+    * and accessors allow to access the value of a given statistics for
+    * a given site. There is no out-of-bound checking implemented in
+    * accessors.
+    * 
+    */
+    class MicrosatelliteDiversity {
+        
+          public:
+            
+           /** \brief Creates an object
+            * 
+            */
+            MicrosatelliteDiversity();
+            
+            
+           /** \brief Destroys an object
+            * 
+            */
+            virtual ~MicrosatelliteDiversity();
+
+
+           /** \brief Performs the analysis
+            *
+            * \param dataMatrix the object to analyze.
+            * 
+            * \param missingData the integer identifying missing data.
+            * 
+            * \param noMissingData if true, no allele will be
+            * excluded (including the one identified by the argument
+            * missingData).
+            * 
+            */
+            void load(const DataMatrix& dataMatrix,
+                    int missingData=999, bool noMissingData=false);
+            
+            
+            /// Number of sites (or markers)
+            unsigned int numberOfSites() const;
+            
+            /// Heterozygosity
+            double He(unsigned int siteIndex) const;
+            
+            /// Number of alleles
+            unsigned int numberOfAlleles(unsigned int siteIndex) const;
+            
+            /// Variance of allele size
+            double sizeVariance(unsigned int siteIndex) const;
+            
+            /// IAM-based estimator of theta
+            double thetaAssumingIAM(unsigned int siteIndex) const;
+            
+            /// SMM-based estimator of theta, calculated from He
+            double thetaAssumingSMMfromHe(unsigned int siteIndex) const;
+
+            /// SMM-based estimator of theta, calculated from VarSize
+            double thetaAssumingSMMfromSizeVariance(unsigned int siteIndex) const;
+            
+            
+        protected:
+        
+            unsigned int  v_numberOfSites;
+            double       *v_He;
+            unsigned int *v_numberOfAlleles;
+            double       *v_sizeVariance;
+            double       *v_thetaAssumingIAM;
+            double       *v_thetaAssumingSMMfromHe;
+            double       *v_thetaAssumingSMMfromSizeVariance;
+            
+            void init();
+            void clear();
+        
+        
+        private:
+        
+        
+            /// No copy allowed
+            MicrosatelliteDiversity(const MicrosatelliteDiversity& source) {
+            }
+            
+            /// No copy allowed
+            MicrosatelliteDiversity& operator=(const MicrosatelliteDiversity& source) {
+                return *this;
+            }
+        
+    };
+}
+
+#endif
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Ms.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Ms.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,199 @@\n+/*\r\n+    Copyright 2008,2009,2011 St\xe9phane De Mita and Mathieu Siol\r\n+\r\n+    This file is part of the EggLib library.\r\n+\r\n+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify\r\n+    it under the terms of the GNU General Public License as published by\r\n+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or\r\n+    (at your option) any later version.\r\n+\r\n+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,\r\n+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r\n+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r\n+    GNU General Public License for more details.\r\n+\r\n+    You should have received a copy of the GNU General Public License\r\n+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r\n+*/\r\n+\r\n+#ifndef EGGLIB_GMS_HPP\r\n+#define EGGLIB_GMS_HPP\r\n+\r\n+#include "DataMatrix.hpp"\r\n+#include <string>\r\n+#include <istream>\r\n+\r\n+namespace egglib {\r\n+\r\n+    /** \\brief ms-like sequence format parser\r\n+     * \r\n+     * The class provides parsing (input) and formatting (output)\r\n+     * operations in ms format, that is the format used by Richard\r\n+     * Hudson\'s program ms for outputting genotypes and by the\r\n+     * associated program samplestat for reading them. Both types of\r\n+     * operations are available through static methods using either\r\n+     * a string or a stream (which can be a stream to or from a file\r\n+     * or a string). In either case, types from the STL are used.\r\n+     * Although ms deals only with data coded with 0 and 1, the class Ms\r\n+     * offers the possibility of both importing and exporting data coded\r\n+     * with by integer. All methods have an option named "separated". If\r\n+     * this option is true, the parser or formatter introduces a slight\r\n+     * modification of the format: genotypes individual data are\r\n+     * separated by a white space ("1 0 1 1" instead of "1011", allowing\r\n+     * genotype values larger than 9: "1 0 11 1").\r\n+     *\r\n+     * \\ingroup core\r\n+     *\r\n+     */\r\n+     class Ms {\r\n+\r\n+      public:\r\n+         \r\n+       /** \\brief Imports a sequence alignment\r\n+        * \r\n+        * Creates a istringstream from the string and calls the\r\n+        * overloaded method.\r\n+        * \r\n+        * \\param str the string to parse.\r\n+        * \\param ns the expected number of sequences.\r\n+        * \\param separated true if a white space separator is placed\r\n+        * between genotype at each site.\r\n+        *\r\n+        * \\return A sequence alignment as a data matrix.\r\n+        */\r\n+        static DataMatrix get(std::string, unsigned int ns, bool separated=false);\r\n+\r\n+\r\n+       /** \\brief Imports a sequence alignment\r\n+        * \r\n+        * Attemps to generate a DataMatrix object from the stream.\r\n+        * Reads only one simulation and throws a SeqlibFormatError\r\n+        * exception in case of format error.\r\n+        * \r\n+        * Allows any number of white lines before the //, but no other\r\n+        * data. Supports \\r at the end of lines (before the \\n).\r\n+        * Accepted symbols are all integers (0-9).\r\n+        *\r\n+        * \\param stream the stream to parse.\r\n+        * \\param ns the expected number of sequences.\r\n+        * \\param separated true if a white space separator is placed\r\n+        * between genotype at each site.\r\n+        * \r\n+        * \\return A sequence alignment as a data matrix.\r\n+        */\r\n+        static DataMatrix get(std::istream& stream, unsigned int ns, bool separated=false);\r\n+\r\n+\r\n+       /** \\brief Exports a sequence alignment\r\n+        * \r\n+        * Internally creates a stringstream, calls the overloaded method\r\n+        * and returns the outcome.\r\n+        *\r\n+        * \\param dataMatrix the alignment object to write.\r\n+        * \\param separated true if a white space separator must be placed\r\n+        * between the genotype at each site.\r\n+        * \r\n+        */\r\n+        static std::string format(DataMatrix& dataMatrix, bool separated=false);\r\n+ '..b'd string to the stream \'on the fly\'. The\r\n+        * formatted string is guaranteed to starts with a // line and\r\n+        * ends with an empty line. The client is expected to take care\r\n+        * of writing any header and add an additional white line between\r\n+        * simulations if needed. The method throws a SeqlibRuntimeError\r\n+        * if the stream is not writable. The data matrix should contain\r\n+        * only data within range 0-9 if separated is false (default) and\r\n+        * any positive (>=0) integer if separated is true. Note that\r\n+        * output generated with separated=true is never compatible with\r\n+        * the original ms format, and that output generated with\r\n+        * separator=false is compatible with the original ms format only\r\n+        * if all alleles are 0 or 1 (which is not checked by this\r\n+        * formatted).\r\n+        * \r\n+        * \\param stream the stream (file or string stream) where to\r\n+        * write the output.\r\n+        * \\param dataMatrix the alignment object to write.\r\n+        * \\param separated true if a white space separator must be placed\r\n+        * between the genotype at each site.\r\n+        * \r\n+        */\r\n+        static void format(std::ostream& stream, DataMatrix& dataMatrix, bool separated=false);\r\n+\r\n+\r\n+       /** \\brief Returns the last tMRCA read by any Ms instance\r\n+        * \r\n+        * If a tMRCA value was present in the last simulation read by\r\n+        * any Ms instance, it will be returned by this method. A value\r\n+        * of -1. is returned if no simulation was read, or if the last\r\n+        * simulation didn\'t contain a tMRCA value or if the last\r\n+        * simulation provoked an exception before reaching the tMRCA\r\n+        * line.\r\n+        * \r\n+        */\r\n+        static double tMRCA();\r\n+\r\n+\r\n+       /** \\brief Returns the last "prob" read by any Ms instance\r\n+        * \r\n+        * "prob" is returned by ms when a fixed number of segregating\r\n+        * sites is used in conjunction with a theta value. If a "prob"\r\n+        * value was present in the last simulation read by any Ms\r\n+        * instance, it will be returned by this method. A value of -1\r\n+        * is returned if no simulation was read, or if the last\r\n+        * simulation didn\'t contain a "prob" value or if the last\r\n+        * simulation provoked an exception before reaching the "prob"\r\n+        * line.\r\n+        * \r\n+        */\r\n+        static double prob();\r\n+    \r\n+\r\n+       /** \\brief Returns the tree string found in the last simulation read by any Ms instance\r\n+        * \r\n+        * If one or more trees were present in the last simulation read\r\n+        * by any Ms instance, they will be returned as a unique string\r\n+        * by this method. An empty string is returned if no simulation\r\n+        * was read, or if the last simulation, or if the last simulation\r\n+        * didn\'t contain any tree value or if the last simulation\r\n+        * provoked an exception before reaching the tree line.\r\n+        * \r\n+        * Note: the trees are returned as a single line.\r\n+        * \r\n+        */\r\n+        static std::string trees();\r\n+\r\n+         \r\n+      private:\r\n+        // Line parser (the last \\n is extracted and discarded - no error upon EOF)\r\n+        std::string next_line(std::istream& stream);\r\n+        \r\n+        /// tMRCA (-1 if not found in ms output)\r\n+        static double _tMRCA;\r\n+        \r\n+        /// probability (-1 if not found in ms output)\r\n+        static double _prob;\r\n+        \r\n+        /// tree string (maybe contain several trees) (empty string if not found in ms output)\r\n+        static std::string _trees;\r\n+\r\n+        \r\n+        /// No instantiation allowed\r\n+        Ms() { }\r\n+        \r\n+        /// A fortiori no destruction allowed\r\n+        ~Ms() { }\r\n+\r\n+        /// No copy allowed\r\n+        Ms(const Ms&) { }\r\n+\r\n+        /// No copy allowed\r\n+        Ms& operator=(const Ms&) { return *this; }\r\n+                \r\n+    };\r\n+}\r\n+    \r\n+#endif\r\n'
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Mutation.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Mutation.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,63 @@
+/*
+    Copyright 2009-2010 St�phane De Mita, Mathieu Siol
+
+    This file is part of the EggLib library.
+
+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify
+    it under the terms of the GNU General Public License as published by
+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
+    (at your option) any later version.
+
+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,
+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+    GNU General Public License for more details.
+
+    You should have received a copy of the GNU General Public License
+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+*/
+
+#ifndef EGGLIB_MUTATION_HPP
+#define EGGLIB_MUTATION_HPP
+
+#include <vector>
+#include "Edge.hpp"
+
+namespace egglib {
+
+   /** \brief Very simple container of some information relative to a mutation
+    * 
+    * \ingroup coalesce
+    *
+    */
+    class Mutation {
+
+        public:
+    
+            /// Default constructor
+            Mutation();
+            
+            /// Age
+            //double age;
+            
+            /// Mutation index (for finding in Edge)
+            unsigned int actualSiteIndex;
+            
+            /// Position
+            double position;
+            
+            /// Segment index
+            unsigned int segmentIndex;
+            
+            /// Pointer to edge
+            //const Edge* edge;
+            
+        private:
+        
+            void init();
+
+    };
+
+}
+
+#endif
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Mutator.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Mutator.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
b'@@ -0,0 +1,397 @@\n+/*\r\n+    Copyright 2009, 2010, 2012 St\xe9phane De Mita, Mathieu Siol\r\n+\r\n+    This file is part of the EggLib library.\r\n+\r\n+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify\r\n+    it under the terms of the GNU General Public License as published by\r\n+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or\r\n+    (at your option) any later version.\r\n+\r\n+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,\r\n+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r\n+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r\n+    GNU General Public License for more details.\r\n+\r\n+    You should have received a copy of the GNU General Public License\r\n+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r\n+*/\r\n+\r\n+#ifndef EGGLIB_MUTATOR_HPP\r\n+#define EGGLIB_MUTATOR_HPP\r\n+\r\n+\r\n+#include "DataMatrix.hpp"\r\n+#include "Random.hpp"\r\n+#include "Arg.hpp"\r\n+#include "Mutation.hpp"\r\n+\r\n+\r\n+namespace egglib {\r\n+    \r\n+\r\n+   /** \\brief Implements mutation models\r\n+    *\r\n+    * \\ingroup coalesce\r\n+    * \r\n+    * Works with a previously built Ancestral Reconbination Graph. The\r\n+    * user must sets options using the setter-based interface. After\r\n+    * that he or she can call the method mute() that will generates\r\n+    * a DataMatrix object.\r\n+    * \r\n+    * Genotype data are represented by integer numbers. Regardless of\r\n+    * the mutation model, the ancestral state is always 0. The user can\r\n+    * set the rate of mutation (or, alternatively, fix the number of\r\n+    * mutations that occurred - which is the number of segregating sites\r\n+    * only with an infinite site model).\r\n+    * \r\n+    * Other options fall into two separate groups: the positions of the\r\n+    * mutated sites and the process of mutation (how new alleles are\r\n+    * generated).\r\n+    * \r\n+    * Concerning allele generation, several mutation models are available\r\n+    * (coded by single letters):\r\n+    *   - F: fixed number of alleles. Among other markers, this model is\r\n+    *        appropriate for simulating nucleotides. The user is able\r\n+    *        to choose the number of alleles (where 2 is the standard\r\n+    *        for an infinite site model and 4 for a finite site model).\r\n+    *        Mutator allows assigning independent weights between all\r\n+    *        different transition types and can draw randomly the\r\n+    *        ancestral states, providing a way to emulate evolution of\r\n+    *        nucleotides with multiple mutations at the same site and\r\n+    *        reversion.\r\n+    *   - I: infinite number of alleles. At a given site, each mutation\r\n+    *        raises a new allele. The value of the alleles is therefore\r\n+    *        irrelevant (it only denotes its order of appearance). This\r\n+    *        model does not permit homoplasy.\r\n+    *   - S: stepwise mutation model. In this model the value of the\r\n+    *        alleles are interpreted as a size (typically for simulating\r\n+    *        a microsatellite marker). Each mutation either increases\r\n+    *        or decreases the allele size by an increment of one.\r\n+    *   - T: two-phase mutation model. This model is a generalization\r\n+    *        of the stepwise mutation model (S). For a mutation, the\r\n+    *        increment (either increase or decrease) is 1 with the\r\n+    *        probability given by the parameter (1-TPMproba). With\r\n+    *        probability TPMproba, the increment is drawn from a\r\n+    *        geometric distribution of parameter given by the other\r\n+    *        parameter (TPMparam).\r\n+    * \r\n+    * By default, the program will assume an infinite site model (ISM).\r\n+    * Each mutation will occur to a new position drawn from the interval\r\n+    * [0,1]. It is possible to set any mutation model with an ISM \r\n+    * (including microsatellite-like models I, S and T). Alternatively,\r\n+    * the user can specify a finite number of sites available for\r\n+    * mutation. For a microsatellite mark'..b'del). It gives the parameter\r\n+            * of the geometric distribution which is used to generate\r\n+            * the mutation step (if it is not one).\r\n+            * \r\n+            * The value must be >=0. and <=1. \r\n+            * \r\n+            */\r\n+            void TPMparam(double value);\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Gets the number of mutable sites\r\n+            * \r\n+            * A value a zero must be interpreted as the infinite site\r\n+            * model. Note that after all calls all data from the tables\r\n+            * sitePositions and siteWeights will be reset.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            unsigned int numberOfSites() const;\r\n+           \r\n+            \r\n+           /** \\brief Sets the number of mutable sites\r\n+            * \r\n+            * The value of zero is accepted and imposed the infinite\r\n+            * site model.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            void numberOfSites(unsigned int);\r\n+            \r\n+            \r\n+           /** \\brief Gets the position of a given site\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            double sitePosition(unsigned int siteIndex) const;\r\n+\r\n+            \r\n+           /** \\brief Set the position of a given site\r\n+            * \r\n+            * The position must be >=0 and <=1\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            void sitePosition(unsigned int siteIndex, double position);\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Gets the mutation weight of a given site\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            double siteWeight(unsigned int siteIndex) const;\r\n+\r\n+            \r\n+           /** \\brief Set the site weight of a given site\r\n+            * \r\n+            * The weight must be strictly positive.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            void siteWeight(unsigned int siteIndex, double weight);\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Performs mutation\r\n+            * \r\n+            * \\param arg Ancestral recombination graph instance. If the\r\n+            * ARG is partially built or not a all, or improperly so,\r\n+            * the behaviour of this method is not defined.\r\n+            * \r\n+            * \\param random The address of a Random instance to be\r\n+            * used for generating random numbers.\r\n+            * \r\n+            * \\return A DataMatrix instance containing simulated data.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            DataMatrix mute(Arg* arg, Random* random);\r\n+\r\n+\r\n+          /** \\brief Gets the last number of mutations\r\n+            *\r\n+            * Returns the number of mutations of the last call of mute( ).\r\n+            * By default, this method returns 0.\r\n+            *\r\n+            */\r\n+            unsigned int numberOfMutations() const; \r\n+\r\n+\r\n+        private:\r\n+        \r\n+            void clear();\r\n+            void init();\r\n+            void copy(const Mutator&);\r\n+\r\n+            //int nextAllele(int allele, Random* random);\r\n+            int TPMstep(double inTPMproba, Random* random);\r\n+            void apply_mutation(unsigned int matrixIndex,\r\n+                                unsigned int actualSite, DataMatrix& data,\r\n+                                const Edge* edge, int allele,\r\n+                                unsigned int segment, Random* random);\r\n+\r\n+        \r\n+            char _model;\r\n+            double _mutationRate;\r\n+            unsigned int _fixedNumberOfMutations;\r\n+            unsigned int _numberOfAlleles;\r\n+            double** _transitionWeights;\r\n+            bool _randomAncestralAllele;\r\n+            unsigned int _numberOfSites;\r\n+            double* _sitePositions;\r\n+            double* _siteWeights;\r\n+            double _TPMproba;\r\n+            double _TPMparam;\r\n+            int maxAllele;\r\n+            unsigned int _numberOfMutations;\r\n+            std::vector<Mutation> _cache_mutations;\r\n+            unsigned int _cache_mutations_reserved;\r\n+\r\n+    };\r\n+\r\n+\r\n+    bool compare(Mutation mutation1, Mutation mutation2); // returns True if mutation1 is older\r\n+\r\n+}\r\n+\r\n+\r\n+\r\n+\r\n+#endif\r\n+\r\n'
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/NucleotideDiversity.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/NucleotideDiversity.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,377 @@\n+/*\r\n+    Copyright 2008-2009 St\xc3\xa9phane De Mita, Mathieu Siol\r\n+\r\n+    This file is part of the EggLib library.\r\n+\r\n+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify\r\n+    it under the terms of the GNU General Public License as published by\r\n+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or\r\n+    (at your option) any later version.\r\n+\r\n+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,\r\n+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r\n+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r\n+    GNU General Public License for more details.\r\n+\r\n+    You should have received a copy of the GNU General Public License\r\n+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r\n+*/\r\n+\r\n+\r\n+#ifndef EGGLIB_NUCLEOTIDEDIVERSITY_HPP\r\n+#define EGGLIB_NUCLEOTIDEDIVERSITY_HPP\r\n+\r\n+\r\n+#include "BaseDiversity.hpp"\r\n+#include <string>\r\n+#include <vector>\r\n+\r\n+\r\n+\r\n+namespace egglib {\r\n+\r\n+\r\n+   /** \\brief Performs analyzes of population genetics\r\n+    *\r\n+    * \\ingroup polymorphism\r\n+    * \r\n+    * This class computes several summary statistics based on\r\n+    * nucleotide analysis. Note that it is possible to use the same\r\n+    * object to analyze different data set. Calling the load() method\r\n+    * erases all data preivously computed (if any). Calling the load()\r\n+    * method is absolutely required to compute any statistics. Some\r\n+    * statistics are not computed by default, but are if the\r\n+    * corresponding accessor is used (only load() is required).\r\n+    * \r\n+    * Note that "unsecure" accessors don\'t perform out-of-bound checks.\r\n+    * \r\n+    * S is the number of varying sites (only in sites that were not\r\n+    * rejected).\r\n+    * \r\n+    * eta is the minimum number of mutations, that is the sum of the\r\n+    * number of alleles minus 1 for each varying site. eta = S if all\r\n+    * sites have no variant or 2 alleles. eta is computed independently\r\n+    * of the option multiple and IS NOT computed over lseff sites.\r\n+    *\r\n+    * Pi is the average number of pairwise differences between sequences\r\n+    * (expressed here per site) or (as computed here) the mean per site\r\n+    * (unbiased) heterozygosity. Pi is zero if no polymorphic sites.\r\n+    *\r\n+    * D is the Tajima\'s test of neutrality\r\n+    * Ref. Tajima F.: Statistical method for testing the neutral\r\n+    * mutation hypothesis by DNA polymorphism. Genetics 1989, 123:585-595.\r\n+    * It is arbitrary set to 0 if no polymorphic sites.\r\n+    *\r\n+    * tW: thetaW: estimator of theta based on polymorphic sites (ref.\r\n+    * e.g. Watterson 1975 Theor. Pop. Biol.).\r\n+    * Both D and thetaW are computed assuming that rounded nseff samples\r\n+    * have been sampled.\r\n+    * The variance of D is computed using rounded nseff instead of ns.\r\n+    *\r\n+    * H is the Fay and Wu\'s test of neutrality.\r\n+    * Z is the standardized version and E a similar test.\r\n+    * Ref. Fay J. C., Wu C.-I.: Hitchhiking under positive Darwinian\r\n+    * selection. Genetics 2000, 155:1405-1413. and Zeng K., Fu Y. X.,\r\n+    * Shi S., Wu C.-I.: Statistical tests for detecting positive\r\n+    * selection by utilizing high-frequency variants. Genetics 2006,\r\n+    * 174:1431-9. Both are arbitrary set to 0 if no polymorphic or\r\n+    * orientable sites.\r\n+    *\r\n+    * tH and tL: theta H: estimators of theta based on derived\r\n+    * polymorphic sites (ref in Fay and Wu and Zeng al.). The variance\r\n+    * of H/Z are computed assuming that rounded nseff samples have\r\n+    * been sampled.\r\n+    * \r\n+    */\r\n+    class NucleotideDiversity : public BaseDiversity {\r\n+\r\n+        public:\r\n+\r\n+           /** \\brief Builds an object\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            NucleotideDiversity();\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Destroys an object\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            virtual ~NucleotideDiversity();\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Identifies polymorphic sites and computes basis\r\n+       '..b"         *     -  1: A&G  A   G  specific 1 + fixed 2-3\r\n+            *     -  2:  A  A&G  A  specific 2\r\n+            *     -  3:  A  A&G  G  specific 2 + fixed 1-3\r\n+            *     -  4:  A   A  A&G specific 3\r\n+            *     -  5:  A   G  A&G specific 3 + fixed 1-2\r\n+            *     -  6: A&G A&G  A  shared 1-2\r\n+            *     -  7: A&G  A  A&G shared 1-3\r\n+            *     -  8:  A  A&G A&G shared 2-3\r\n+            *     -  9: A&G A&G A&G shared 1-2-3\r\n+            *     - 10:  A   G   G  fixed 1\r\n+            *     - 11:  A   G   A  fixed 2\r\n+            *     - 12:  A   A   G  fixed 3\r\n+            *\r\n+            * \\param index must be an index from 0 to 12.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            unsigned int triConfiguration(unsigned int index);\r\n+\r\n+\r\n+        /// Builds and returns the vector of positions of all polymorphic sites\r\n+        std::vector<unsigned int> polymorphic_positions() const;\r\n+\r\n+\r\n+        /** \\brief Builds and returns the vector of positions of all singleton sites\r\n+         * \r\n+         * A site singleton when it is polymorphic according to\r\n+         * parameter of the diversity analysis, when it has exactly two\r\n+         * alleles and one of them is at absolute frequency 1 (one\r\n+         * copy) disregarding the outgroup.\r\n+         * \r\n+         */\r\n+        std::vector<unsigned int> singleton_positions() const;\r\n+\r\n+\r\n+        protected:\r\n+\r\n+           /** \\brief This class cannot be copied\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            NucleotideDiversity(const NucleotideDiversity& source) { }\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief This class cannot be copied\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            NucleotideDiversity& operator=(const NucleotideDiversity& source) { return *this; }\r\n+\r\n+\r\n+            void init();  // initializes values\r\n+            void clear();  // free memory but doesn't initializes\r\n+            \r\n+            // diversity (without outgroup)\r\n+            void diversity();\r\n+            \r\n+            // diversity with outgroup\r\n+            void outgroupDiversity();\r\n+            \r\n+            // site patterns\r\n+            void differentiation();\r\n+            \r\n+            // triconfigurations\r\n+            void triConfigurations();\r\n+            \r\n+\r\n+            // holders for statistics, with booleans flagging groups of stats\r\n+            \r\n+            bool b_analysisSites;\r\n+            \r\n+            bool b_diversity;\r\n+            \r\n+            double  v_Pi;             // nucleotide diversity\r\n+            double  v_thetaW;         // theta (Watterson estimator)\r\n+            double  v_average_Pi;     // average diversity across populations\r\n+            double *v_pop_Pi;         // diversity per population\r\n+            double  v_D;              // Tajima's D\r\n+            \r\n+            bool b_outgroupDiversity;\r\n+            \r\n+            double v_thetaH;        // theta (Fay and Wu estimator)\r\n+            double v_thetaL;        // theta (Zeng estimator)\r\n+            double v_H;             // Fay and Wu's H\r\n+            double v_Z;             // normalized Fay and Wu's H\r\n+            double v_E;             // Zeng et al.'s E\r\n+            \r\n+            bool b_differentiation;\r\n+            \r\n+            unsigned int  *v_pairwiseFixedDifferences;\r\n+            unsigned int  *v_pairwiseCommonAlleles;\r\n+            unsigned int  *v_pairwiseSharedAlleles;\r\n+            unsigned int  *v_popPolymorphic;\r\n+            unsigned int  *v_popSpecific;\r\n+            unsigned int  *v_popSpecificDerived;\r\n+            unsigned int   v_countFixedDifferences;\r\n+            unsigned int   v_countCommonAlleles;\r\n+            unsigned int   v_countSharedAlleles;\r\n+            unsigned int   v_countSpecificAlleles;\r\n+            unsigned int   v_countSpecificDerivedAlleles;\r\n+        \r\n+            \r\n+            bool b_triConfigurations;\r\n+            \r\n+            unsigned int  *v_triConfigurations;\r\n+\r\n+    };\r\n+}\r\n+\r\n+#endif\r\n"
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/ParamSet.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/ParamSet.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
b'@@ -0,0 +1,279 @@\n+/*\r\n+    Copyright 2009-2010 St\xe9phane De Mita, Mathieu Siol\r\n+\r\n+    This file is part of the EggLib library.\r\n+\r\n+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify\r\n+    it under the terms of the GNU General Public License as published by\r\n+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or\r\n+    (at your option) any later version.\r\n+\r\n+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,\r\n+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r\n+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r\n+    GNU General Public License for more details.\r\n+\r\n+    You should have received a copy of the GNU General Public License\r\n+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r\n+*/\r\n+\r\n+#ifndef EGGLIB_PARAMSET_HPP\r\n+#define EGGLIB_PARAMSET_HPP\r\n+\r\n+\r\n+#include "DataMatrix.hpp"\r\n+\r\n+\r\n+namespace egglib {\r\n+\r\n+    class Change;\r\n+    class Controller;\r\n+\r\n+\r\n+   /** \\brief Set of parameters\r\n+    *\r\n+    * \\ingroup coalesce\r\n+    *\r\n+    */\r\n+    class ParamSet {\r\n+\r\n+        public:\r\n+    \r\n+           /** \\brief Default constructor\r\n+            *\r\n+            * Initializes all parameters to reasonnable values (except\r\n+            * that the sample size is null: 1 population, 0 samples,\r\n+            * selfing rate of 0, recombination rate of 0, growth rate of\r\n+            * 0, population size of 1 and no changes.\r\n+            *\r\n+            */\r\n+            ParamSet();\r\n+\r\n+           /** \\brief Destructor\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            ~ParamSet();\r\n+            \r\n+           /** \\brief Copy constructor\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            ParamSet(const ParamSet&);\r\n+            \r\n+           /** \\brief Assignment operator\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            ParamSet& operator=(const ParamSet&);\r\n+\r\n+           /** \\brief Restores default value of all parameters\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            void reset();\r\n+\r\n+           /** \\brief Gets the number of populations\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            unsigned int numberOfPopulations() const;\r\n+            \r\n+           /** \\brief Gets a pairwise migration rate\r\n+            * \r\n+            * It is allowed to access a diagonal value. Diagonal\r\n+            * values contain the sum of values of the corresponding\r\n+            * line (diagonal cell excepted, of course).\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            double pairwiseMigrationRate(unsigned int source, unsigned int dest) const;\r\n+            \r\n+           /** \\brief Sets a pairwise migration rate\r\n+            * \r\n+            * It is not allowed to set a value on the diagonal (this\r\n+            * would raise an exception). The method takes care of\r\n+            * modifying the diagonal accordingly (still this is not\r\n+            * relevant for the client);\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            void pairwiseMigrationRate(unsigned int source, unsigned int dest, double value);\r\n+            \r\n+           /** \\brief Sets the migration rate for all matrix\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            void migrationRate(double value);\r\n+            \r\n+           /** \\brief Gets a population size\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            double populationSize(unsigned int populationIndex) const;\r\n+            \r\n+           /** \\brief Sets a population size\r\n+            * \r\n+            * The size must be strictly positive.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            void populationSize(unsigned int populationIndex, double value);\r\n+            \r\n+           /** \\brief Gets a growth rate\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            double growthRate(unsigned int populationIndex) const;\r\n+            \r\n+           /** \\brief Sets a growth rate\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            void growthRate(unsigned int populationIndex, double value);\r\n+            \r\n+           /** \\brief Gets the recombination rate\r\n+'..b'e is planned.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            double nextChangeDate() const;\r\n+            \r\n+           /** \\brief Applies the next change event\r\n+            * \r\n+            * \\param controller the Change event might need to have\r\n+            * access to simulation controller (to trigger coalescent\r\n+            * events, for example).\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            void nextChangeDo(Controller* controller);\r\n+            \r\n+           /** \\brief Gets the number of single sample from a population\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            unsigned int singles(unsigned int populationIndex) const;\r\n+\r\n+           /** \\brief Sets the number of single sample from a population\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            void singles(unsigned int populationIndex, unsigned int value);\r\n+\r\n+           /** \\brief Gets the number of double sample from a population\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            unsigned int doubles(unsigned int populationIndex) const;\r\n+\r\n+           /** \\brief Sets the number of double sample from a population\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            void doubles(unsigned int populationIndex, unsigned int value);\r\n+            \r\n+           /** \\brief Computes the total number of samples\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            unsigned int numberOfSamples() const;\r\n+            \r\n+           /** \\brief Gives the date of the last size change\r\n+            * \r\n+            * \\param populationIndex the index of the population.\r\n+            * \\return The date where the last change occurred, or 0. if\r\n+            * no change occurred during the simulation.\r\n+            *\r\n+            */\r\n+            double dateOfLastChange(unsigned int populationIndex) const;\r\n+\r\n+\r\n+           /** \\brief Sets the date of the last size change\r\n+            * \r\n+            * \\param populationIndex the index of the population.\r\n+            * \\param date the date where the last change occurred, or 0.\r\n+            * if no change occurred during the simulation.\r\n+            *\r\n+            */\r\n+            void dateOfLastChange(unsigned int populationIndex, double date) const;\r\n+\r\n+            \r\n+           /** \\brief Set groups labels\r\n+            * \r\n+            * Sets the group labels of the DataMatrix, according to the\r\n+            * current state of population structure, and assuming that\r\n+            * the DataMatrix was generated by the class Arg.\r\n+            * \r\n+            * \\param dataMatrix the DataMatrix object to modify. The\r\n+            * number of sequences must match the total number of samples\r\n+            * defined by the ParamSet object this method is called on.\r\n+            * \r\n+            * \\param labelIndividuals by default, labels the different\r\n+            * samples depending on the population they come from (0\r\n+            * being the label of the first population). If this flag is\r\n+            * set to true, then the samples are labelled depending on\r\n+            * the individual they come from, regardless of populations.\r\n+            * In that case there can be only one or two genes for a\r\n+            * given group label.\r\n+            * \r\n+            */\r\n+            void setGroups(DataMatrix& dataMatrix, bool labelIndividuals=false);\r\n+\r\n+        private:\r\n+\r\n+            void clear();\r\n+            void init();\r\n+            void copy(const ParamSet&);\r\n+        \r\n+            double _selfingRate;\r\n+            double _recombinationRate;\r\n+            unsigned int _numberOfSegments;\r\n+            unsigned int _numberOfPopulations;\r\n+            unsigned int* _singles;\r\n+            unsigned int* _doubles;\r\n+            double* _growthRates;\r\n+            double* _populationSize;\r\n+            double* _dateOfLastChange;\r\n+            double** migrationMatrix;\r\n+            unsigned int _numberOfChanges;\r\n+            unsigned int nextChangeIndex;\r\n+            Change const** changes;\r\n+    };\r\n+\r\n+}\r\n+\r\n+#endif\r\n'
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Population.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Population.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,143 @@
+/*
+    Copyright 2009-2010 St�phane De Mita, Mathieu Siol
+
+    This file is part of the EggLib library.
+
+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify
+    it under the terms of the GNU General Public License as published by
+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
+    (at your option) any later version.
+
+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,
+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+    GNU General Public License for more details.
+
+    You should have received a copy of the GNU General Public License
+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+*/
+
+#ifndef EGGLIB_POPULATION_HPP
+#define EGGLIB_POPULATION_HPP
+
+
+#include "Edge.hpp"
+
+namespace egglib {
+
+    class Random;
+
+   /** \brief Handles a single population
+    *
+    * \ingroup coalesce
+    *
+    */
+    class Population {
+
+        public:
+    
+           /** \brief Default constructor
+            *
+            * Generates an empty population.
+            * 
+            */
+            Population();
+            
+           /** \brief Copy constructor
+            * 
+            */
+            Population(const Population& source);
+            
+           /** \brief Assignment operator
+            * 
+            */
+            Population& operator=(const Population& source);
+            
+           /** \brief Destructor
+            * 
+            * The object only cleans Edge objects currently stored in it.
+            *
+            */
+            ~Population();
+
+           /** \brief Standard constructor
+            * 
+            * The Edge instances will be handled by address and they
+            * MUST be passed using the method set().
+            * 
+            * \param numberOfSegments number of recombining segments.
+            * 
+            * \param numberOfLineages the number of lineages contained
+            * in this population.
+            * 
+            * \param firstIndex the absolute index (or ID) of the first
+            * lineage (the other will have consecutive incremented
+            * ID's).
+            *
+            */
+            Population(unsigned int numberOfSegments,
+                    unsigned int numberOfLineages, unsigned firstIndex);
+
+           /** \brief Gets the number of lineages
+            * 
+            */
+            unsigned int numberOfLineages() const;
+            
+           /** \brief Gets the efficient number of lineages
+            * 
+            * The number of lineages is multiplied by the number of
+            * covered segments of each lineages.
+            * 
+            */
+            unsigned int efficientNumberOfLineages() const;            
+            
+           /** \brief Sets the Edge of a lineage
+            * 
+            * \param index the index of the lineage within the
+            * population.
+            * \param edge the address of the Edge instance representing
+            * the lineage.
+            *
+            */
+            void set(unsigned int index, Edge* edge);
+
+           /** \brief Removes and returns a random lineage.
+            * 
+            * \param random pointer to simulator's random generator
+            * instance.
+            * 
+            */
+            Edge* extractRandomly(Random* random);
+
+           /** \brief Removes and returns a given lineage.
+            * 
+            * \param index the relative index of the lineage.
+            * 
+            */
+            Edge* extractByIndex(unsigned int index);
+
+           /** \brief Appends a lineage to the object
+            * 
+            */
+            void push(Edge* edge);
+
+           /** \brief Gets coverage
+            * 
+            */
+            unsigned int coverage(unsigned int edgeIndex) const;
+
+
+        private:
+
+            void copy(const Population& source);
+            void clear();
+            Edge* pick(unsigned int index);
+            void init();
+            unsigned int _numberOfLineages;
+            unsigned int _efficientNumberOfLineages;
+            Edge** lineages;
+    };
+
+}
+
+#endif
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Random.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Random.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,134 @@
+/*
+    Copyright 2008,2009,2012 St�phane De Mita, Mathieu Siol
+    Adapted from MStrat, developed by Charles-Edouard Coste,
+    Thomas M. Bataillon, Mathieu Cotisson, Guy Decoux, Chistophe Rozale,
+    Daniel J. Schoen and Jacques L. David.
+    
+    This file is part of the EggLib library.
+
+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify
+    it under the terms of the GNU General Public License as published by
+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
+    (at your option) any later version.
+
+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,
+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+    GNU General Public License for more details.
+
+    You should have received a copy of the GNU General Public License
+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+*/
+
+#ifndef EGGLIB_RANDOM_HPP
+#define EGGLIB_RANDOM_HPP
+
+namespace egglib {
+
+    /** \brief Pseudo-random number generator
+     *
+     * \ingroup core
+     *
+     * Random is a pseudo-random number generator, adapted from a part of MStrat,
+     * developed by Charles-Edouard Coste, Thomas M. Bataillon, Mathieu Cotisson,
+     * Guy Decoux, Chistophe Rozale, Daniel J. Schoen and Jacques L. David.
+     *
+     * It uses two different seeds. By default, they are initialized to available
+     * arbitrary values. However, a given sequence can be repeated by passing the
+     * same two seeds.
+     * 
+     */
+    class Random {
+       public:
+            /** \brief Initializes using default seeds
+             *
+             * Uses the current system time and the memory address of the object as an attempt to generate unique sequences.
+             */
+            Random();
+
+            /** \brief Initializes using given seeds
+             *
+             * This constructor can be used to reproduce a given sequence.
+             */
+            Random(double seed1, double seed2);
+            
+           /** \brief Draws a number from an exponential distribution
+            * 
+            * \param expectation the distribution mean (also 1/lambda
+            * where lambda is the rate parameter).
+            *
+            */
+            double erand(double expectation);
+
+           /** \brief Draws an integer from a uniform distribution bound by 0 and max (max is not included)
+            * 
+            * max is not included.
+            * 
+            */
+            unsigned int irand(unsigned int max);
+
+            /** \brief Draws an integer from a Poisson distribution with parameter p
+             *
+             * The Poisson transformation algorithm was taken from (in French)
+             * http://www.u-picardie.fr/~cochard/IEM/demos/C107/C107_3.htm.
+             */
+            unsigned int prand(double p);
+
+           /** \brief Draws a number from a normal distribution of expectation 0 and variance 1
+            * 
+            * The algorithm used is the polar form of the Box-Muller
+            * algorithm. \todo use the Ziggurat algorithm for the
+            * nrand() method of Random.
+            * 
+            */
+            double nrand();
+            
+           /** \brief Draws a number from a geometric law
+            * 
+            * \param param the parameter of the law
+            * 
+            */
+            unsigned int grand(double);
+
+           /** \brief Draws a number from a uniform distribution between 0 and 1
+            * 
+            */
+            double uniform();
+            
+           /** \brief Gets the current value of the first seed
+            * 
+            */
+            double seed1() const;
+
+           /** \brief Gets the current value of the second seed
+            * 
+            */
+            double seed2() const;
+            
+           /** \brief Sets the current value of the first seed
+            * 
+            */
+            void seed1(double);
+
+           /** \brief Sets the current value of the second seed
+            * 
+            */
+            void seed2(double);
+
+        private:
+            // First seed
+            double _seed1;
+            
+            // Second seed
+            double _seed2;
+            
+            /* since the normal random generator draws two numbers at
+             * a time, one is cached and returned at any subsequent call
+             */
+            bool b_ncached;
+            double v_ncached;
+            
+    };
+}
+
+#endif
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/SitePolymorphism.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/SitePolymorphism.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,207 @@
+/*
+    Copyright 2008-2009 Stéphane De Mita, Mathieu Siol
+
+    This file is part of the EggLib library.
+
+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify
+    it under the terms of the GNU General Public License as published by
+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
+    (at your option) any later version.
+
+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,
+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+    GNU General Public License for more details.
+
+    You should have received a copy of the GNU General Public License
+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+*/
+
+
+#ifndef EGGLIB_SITEPOLYMORPHISM_HPP
+#define EGGLIB_SITEPOLYMORPHISM_HPP
+
+
+
+namespace egglib {
+
+
+   /** \brief Implements diversity analysis at the site level
+    *
+    * \ingroup polymorphism
+    * 
+    * Data are loaded along with a population index. It is necessary to
+    * set the number of populations prior to use.
+    * 
+    * Outgroup sequence must be loaded separetedly. There can be any
+    * number of outgroups, but they must be all consistent otherwise the
+    * site will be considered as not orientable.
+    * 
+    */
+    class SitePolymorphism {
+
+        public:
+
+           /** \brief Builds an object
+            * 
+            */
+            SitePolymorphism();
+
+
+           /** \brief Builds an object
+            * 
+            * \param npop number of populations
+            * 
+            */
+            SitePolymorphism(unsigned int npop);
+
+
+           /** \brief Destroys an object
+            * 
+            */
+            virtual ~SitePolymorphism();
+
+
+           /** \brief Copy constructor
+            * 
+            */
+            SitePolymorphism(const SitePolymorphism& source);
+
+
+           /** \brief Assignment operator
+            * 
+            */
+            SitePolymorphism& operator=(const SitePolymorphism& source);
+
+
+           /** \brief Sets the number of populations
+            * 
+            * NOTE THAT all previous data is lost.
+            * 
+            */
+            void numberOfPopulations(unsigned int npop);
+
+
+           /** \brief Adds a character
+            * 
+            * \param populationIndex the index of the population from
+            * which is sampled this character (do not use "population
+            * label").
+            * 
+            * \param character the character value (it is assumed it
+            * represents a valid character.
+            * 
+            */
+            void load(unsigned int populationIndex, char character);
+
+
+           /** \brief Loads outgroup state
+            * 
+            * There can be any number of outgroup states. Only
+            * characters that are considered as valid (whatever the list
+            * is) should be loaded.
+            * 
+            */
+            void outgroup(char state);
+
+
+           /** \brief Number of different alleles
+            * 
+            */
+            unsigned int numberOfAlleles() const;
+            
+            
+           /** \brief Gets an allele (unsecure)
+            * 
+            * Assumes that the index provided lies in the valid range
+            * 
+            */
+            char allele(unsigned int index) const;
+
+
+           /** \brief Gets a frequency (unsecure)
+            * 
+            * The sum of of frequencies of the allele over populations
+            * is computed. Not out-of-bounds check is performed.
+            * 
+            */
+            unsigned int alleleFrequency(unsigned int alleleIndex) const;
+
+
+           /** \brief Gets the frequency of an allele in one pop (unsecure)
+            * 
+            * The frequency of the allele in the given population is
+            * returned. Not out-of-bounds check is performed.
+            * 
+            */
+            unsigned int alleleFrequency(unsigned int popIndex, unsigned int alleleIndex) const;
+
+
+           /** \brief Sums the frequency of derived allele(s)
+            * 
+            * This method assumes that the site is orientable. It will
+            * use as outgroup the first outgroup character entered,
+            * assuming at least one was entered and that all (if more
+            * than one) were identical.
+            * 
+            */
+            unsigned int derivedAlleleFrequency() const;
+
+
+           /** \brief Number of sequences that were analyzed
+            * 
+            */
+            unsigned int ns() const;
+
+
+           /** \brief Gets the number of analyzed sequences for a population
+            * 
+            * No out-of-bound check is performed
+            * 
+            */
+            unsigned int ns(unsigned int popIndex) const;
+
+
+           /** \brief Checks if the site can be oriented
+            * 
+            * Returns true if at least one outgroup datum has been
+            * loaded, if all outgroup data are identical (regardless of
+            * their value) and if the outgroup allele is one of the
+            * allele in the sample.
+            * 
+            */
+            bool isOrientable() const;
+
+            bool isPolymorphic(unsigned int popIndex) const;
+            bool hasSpecificAllele(unsigned int popIndex, bool restrictToDerived) const;
+            bool haveFixedDifference(unsigned int pop1, unsigned int pop2) const;
+            bool haveCommonAllele(unsigned int pop1, unsigned int pop2) const;
+            bool haveSharedAllele(unsigned int pop1, unsigned int pop2) const;
+
+
+
+
+        protected:
+
+            // helpers
+            void init();
+            void clear();
+            void copy(const SitePolymorphism& site);
+
+
+            // data
+            unsigned int m_numberOfPopulations;
+            unsigned int m_numberOfStates;
+            char * m_states;
+            unsigned int ** m_frequencies;
+            unsigned int m_numberOfOutgroups;
+            char * m_outgroups;
+            unsigned int m_ns;
+            unsigned int * m_pop_ns;
+            
+            bool m_cache_orientable;
+
+    };
+}
+
+#endif
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Staden.hpp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/Staden.hpp Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,140 @@
+/*
+    Copyright 2008-2009 St�phane De Mita, Mathieu Siol
+
+    This file is part of EggLib.
+
+    EggLib is free software: you can redistribute it and/or modify
+    it under the terms of the GNU General Public License as published by
+    the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
+    (at your option) any later version.
+
+    EggLib is distributed in the hope that it will be useful,
+    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
+    GNU General Public License for more details.
+
+    You should have received a copy of the GNU General Public License
+    along with EggLib.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
+*/
+
+#ifndef EGGLIB_STADEN_HPP
+#define EGGLIB_STADEN_HPP
+
+#include <string>
+#include <istream>
+#include "Align.hpp"
+
+namespace egglib {
+
+    /** \brief Parser of Staden output format
+     *
+     * \ingroup core
+     *
+     * The parser is available as a static method. It takes either a
+     * stream or a string containing data formatted by the program GAP4
+     * of the Staden package (command 'dump contig to file').
+     * 
+     */
+    class Staden {
+        
+        public:
+
+
+           /** \brief Parses a string
+            * 
+            * \param string a string containing an alignment formatted
+            * by the program GAP4 of the Staden package.
+            * 
+            * \param deleteConsensus if true, the sequence named
+            * "CONSENSUS" is deleted from the file (if it is present).
+            * 
+            * \return An Align instance containing the data found in
+            * the Staden while, after recoding the character following
+            * the standard codes.
+            *
+            * This method opens a stream to the string and calls the
+            * overloaded method.
+            * 
+            * The character replacement rules assume Staden default
+            * convention, as follows:
+            *    - "-" codes for an unknown base and is replaced by "N".
+            *    - "*" codes for an alignment gap and is replaced by "-".
+            *    - A white space represents missing data and is replaced
+            * by "?".
+            * 
+            */
+            static Align parse(const std::string& string, bool deleteConsensus=true);
+            
+
+           /** \brief Parses an open stream
+            * 
+            * \param stream the open containing an alignment formatted
+            * by the program GAP4 of the Staden package.
+            * 
+            * \param deleteConsensus if true, the sequence named
+            * "CONSENSUS" is deleted from the file (if it is present).
+            * 
+            * \return An Align instance containing the data found in
+            * the Staden while, after recoding the character following
+            * the standard codes.
+            *
+            * The character replacement rules assume Staden default
+            * convention, as follows:
+            *    - "-" codes for an unknown base and is replaced by "N".
+            *    - "*" codes for an alignment gap and is replaced by "-".
+            *    - A white space represents missing data and is replaced
+            * by "?".
+            * 
+            */
+            static Align parse(std::istream& stream, bool deleteConsensus=true);
+
+
+        private:
+        
+            /// Not allowed to instantiate this class
+            Staden() { }
+            
+            /// Not allowed to instantiate this class
+            Staden(const Staden& source) { }
+            
+            /// Not allowed to instantiate this class
+            ~Staden() { }
+
+
+           /* Gets the start position of sequences
+            *
+            * The functions gives total number of characters before the start of sequences
+            * and reads through until the next backspace (ignores the first line).
+            */
+            static void getShift();

+            // Translates according to the Staden format
+            static char transforme(char);
+            
+            // Imports one sequence
+            static bool readOneSequence();
+            
+            // Imports and concatenates one sequence
+            static bool readAppendOneSequence();
+            
+            // Replaces dots by the matching character from CONSENSUS
+            static void undot(bool delete_consensus=true);
+
+            // The number of characters before the start of sequences
+            static int shift;
+            
+            // The dynamically filled container (will result in an aligment)
+            static Container container;
+            
+            // The current position
+            static int currpos;
+            
+            // The reading stream
+            static std::istream* stream;
+            
+            // Stores unique 8 characters discriminating readings
+            static std::vector<std::string> ID;
+    };
+}
+    
+#endif
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/config.h
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/egglib/egglib-2.1.5/include/egglib-cpp/config.h Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,80 @@
+/* config.h.  Generated from config.h.in by configure.  */
+/* config.h.in.  Generated from configure.ac by autoheader.  */
+
+/* Define to 1 if you have the <inttypes.h> header file. */
+#define HAVE_INTTYPES_H 1
+
+/* Define to 1 if you have the `bpp-core' library (-lbpp-core). */
+/* #undef HAVE_LIBBPP_CORE */
+
+/* Define to 1 if you have the `bpp-seq' library (-lbpp-seq). */
+/* #undef HAVE_LIBBPP_SEQ */
+
+/* Define to 1 if you have the <memory.h> header file. */
+#define HAVE_MEMORY_H 1
+
+/* Define to 1 if you have the `sqrt' function. */
+/* #undef HAVE_SQRT */
+
+/* Define to 1 if stdbool.h conforms to C99. */
+#define HAVE_STDBOOL_H 1
+
+/* Define to 1 if you have the <stdint.h> header file. */
+#define HAVE_STDINT_H 1
+
+/* Define to 1 if you have the <stdlib.h> header file. */
+#define HAVE_STDLIB_H 1
+
+/* Define to 1 if you have the <strings.h> header file. */
+#define HAVE_STRINGS_H 1
+
+/* Define to 1 if you have the <string.h> header file. */
+#define HAVE_STRING_H 1
+
+/* Define to 1 if you have the <sys/stat.h> header file. */
+#define HAVE_SYS_STAT_H 1
+
+/* Define to 1 if you have the <sys/types.h> header file. */
+#define HAVE_SYS_TYPES_H 1
+
+/* Define to 1 if you have the <unistd.h> header file. */
+#define HAVE_UNISTD_H 1
+
+/* Define to 1 if the system has the type `_Bool'. */
+#define HAVE__BOOL 1
+
+/* Name of package */
+#define PACKAGE "egglib-cpp"
+
+/* Define to the address where bug reports for this package should be sent. */
+#define PACKAGE_BUGREPORT "demita@gmail.com"
+
+/* Define to the full name of this package. */
+#define PACKAGE_NAME "EggLib C++ library"
+
+/* Define to the full name and version of this package. */
+#define PACKAGE_STRING "EggLib C++ library 2.1.5"
+
+/* Define to the one symbol short name of this package. */
+#define PACKAGE_TARNAME "egglib-cpp"
+
+/* Define to the home page for this package. */
+#define PACKAGE_URL ""
+
+/* Define to the version of this package. */
+#define PACKAGE_VERSION "2.1.5"
+
+/* Define to 1 if you have the ANSI C header files. */
+#define STDC_HEADERS 1
+
+/* Version number of package */
+#define VERSION "2.1.5"
+
+/* Define to `__inline__' or `__inline' if that's what the C compiler
+   calls it, or to nothing if 'inline' is not supported under any name.  */
+#ifndef __cplusplus
+/* #undef inline */
+#endif
+
+/* Define to `unsigned int' if <sys/types.h> does not define. */
+/* #undef size_t */
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 egglib/egglib-2.1.5/lib/libegglib-cpp.a
b
Binary file egglib/egglib-2.1.5/lib/libegglib-cpp.a has changed
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 hapmap2mlmm/HapmapToMLMMFiles.pl
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/hapmap2mlmm/HapmapToMLMMFiles.pl Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
@@ -0,0 +1,117 @@
+#!/usr/bin/perl
+
+use strict;
+use Switch;
+use Getopt::Long;
+
+my $usage = qq~Usage:$0 <args> [<opts>]
+where <args> are:
+    -h, --hapmap       <Hapmap input file>
+    -m, --map          <Map output file>
+    -g, --geno         <Genotype output file>
+    -p, --path         <Path for transpose executable>
+~;
+$usage .= "\n";
+
+my ($hapmap,$map,$geno,$path);
+
+
+GetOptions(
+        "geno=s"       => \$geno,
+        "map=s"        => \$map,
+        "hapmap=s"     => \$hapmap,
+        "path=s"       => \$path,
+);
+
+
+die $usage
+  if ( !$geno || !$map || !$hapmap || !$path);
+  
+my $TRANSPOSE_EXE = "$path/transpose.awk";
+
+my @snps;
+my %chrom_pos;
+my $num_line = 0;
+open(my $O,">geno_transposed");
+open(my $H,$hapmap);
+while(<$H>)
+{
+ $num_line++;
+ my $line = $_;
+ chomp($line);
+ $line =~s/\r//g;
+ $line =~s/\n//g;
+ my @infos = split(/\t/,$line);
+ if ($num_line == 1)
+ {
+ print $O "Ind_id";
+ for (my $i = 11; $i <= $#infos; $i++)
+ {
+ my $individual = $infos[$i];
+ print $O " " . $individual;
+ }
+ print $O "\n";
+ }
+ elsif ($num_line > 1)
+ {
+ my $snp = $infos[0];
+ my $variation = $infos[1];
+ my %scores;
+ if ($variation =~/(\w)\/(\w)/)
+ {
+ my $allele1 = $1;
+ my $allele2 = $2;
+ $scores{$allele1} = 0;
+ $scores{$allele2} = 1;
+ }
+ my $chrom = $infos[2];
+ my $pos = $infos[3];
+ $chrom_pos{$snp}{"chrom"} = $chrom;
+ $chrom_pos{$snp}{"pos"} = $pos;
+ push(@snps,$snp);
+ print $O "$snp";
+ for (my $i = 11; $i <= $#infos; $i++)
+ {
+ my $genotype = $infos[$i];
+ my @alleles = split("",$genotype);
+ if ($genotype ne "NN")
+ {
+ my $score = $scores{$alleles[0]} + $scores{$alleles[1]};
+ print $O " $score";
+ }
+ else
+ {
+ print $O " NA";
+ }
+ }
+ print $O "\n";
+ }
+}
+close($H);
+close($O);
+
+open(my $M,">$map");
+print $M "SNP Chr Pos\n";
+foreach my $snp(@snps)
+{
+ print $M "$snp " . $chrom_pos{$snp}{"chrom"} . " ". $chrom_pos{$snp}{"pos"} . "\n";
+}
+close($M);
+
+system("$TRANSPOSE_EXE geno_transposed >geno_transposed2");
+
+open(my $F,">$geno");
+open(my $G,"geno_transposed2");
+while(<$G>)
+{
+ my $line = $_;
+ $line =~s/ /\t/g;
+ print $F $line;
+}
+close($G);
+close($F);
+
+unlink("geno_transposed");
+unlink("geno_transposed2");
+
+
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 hapmap2mlmm/HapmapToMLMMFiles.sh
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/hapmap2mlmm/HapmapToMLMMFiles.sh Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,11 @@
+#!/bin/bash
+hapmap=$1
+map=$2
+geno=$3
+
+directory=`dirname $0`

+perl $directory/HapmapToMLMMFiles.pl -h $hapmap -g $geno -m $map -p $directory
+
+
+
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 hapmap2mlmm/HapmapToMLMMFiles.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/hapmap2mlmm/HapmapToMLMMFiles.xml Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
@@ -0,0 +1,158 @@
+<tool id="hapmap_to_mlmm_files" name="HapmapToMLMMFiles" version="1.1">
+ <description>converts a hapmap file into MLMM input files</description>
+ <command interpreter="bash">./HapmapToMLMMFiles.sh $input $snp_info $genot
+    </command>
+ <inputs>
+ <param format="txt" name="input" type="data" label="Allelic file in Hapmap format" help="Allelic file in Hapmap format"/>
+ </inputs>
+ <outputs>
+ <data format="txt" name="snp_info" label="SNP Info file"/>
+ <data format="txt" name="genot" label="Genotyping file for MLMM"/>
+ </outputs>
+    <!-- [STRONGLY RECOMMANDED] Exit code rules -->
+    <stdio>
+        <!-- [HELP] If no exit code rule is defined, the tool will stop if anything is written to STDERR -->
+        <exit_code range="1:" level="fatal" />
+    </stdio>
+    
+    <!-- [OPTIONAL] Tests to be run manually by the Galaxy admin -->
+    <tests>
+        <!-- [HELP] Test files have to be in the ~/test-data directory -->
+        <!-- [HELP] Multiple tests can be defined with different parameters -->
+<!--
+        <test>
+        </test>
+-->
+    </tests>
+ <help>
+
+
+
+
+.. class:: infomark
+
+**Authors** Dereeper Alexis (alexis.dereeper@ird.fr), IRD, South Green platform
+
+  | **Please cite** "SNiPlay3: a web-based application for exploration and large scale analyses of genomic variations", **Dereeper A. et al.**, Nucl. Acids Res. (1 july 2015) 43 (W1).
+
+.. class:: infomark
+
+**Galaxy integration** South Green.
+
+---------------------------------------------------
+
+
+=================
+HapmapToMLMMFiles
+=================
+
+-----------
+Description
+-----------
+
+  | HapmapToMLMMFiles converts a hapmap file into input files compatible with the MLMM software.
+
+
+-----------------
+Workflow position
+-----------------
+
+**Upstream tool**
+
+=============== ====================== ===========
+Name            output file(s)         format 
+=============== ====================== ===========
+VCF to Hapmap   Fasta alignment        fasta
+=============== ====================== ===========
+
+
+**Downstream tool**
+
+=========== ========================== =======
+Name            input file(s)          format
+=========== ========================== =======
+MLMM                                        
+=========== ========================== =======
+
+
+
+----------
+Input file
+----------
+
+Hapmap file
+ Allelic file in Hapmap format
+
+
+
+------------
+Output files
+------------
+
+SNP Info file
+
+Genotyping file for MLMM
+
+
+
+---------------------------------------------------
+
+---------------
+Working example
+---------------
+
+Input files
+===========
+
+Hapmap file
+-----------
+
+::
+
+ rs# alleles chrom pos strand assembly# center protLSID assayLSID panel QCcode Ind1 Ind2
+ SNP1 A/T 1 3102 + assembly NA NA NA speciesname NA AA AA AA
+ SNP2 A/T 1 4648 + assembly NA NA NA speciesname NA AA AA AA
+
+
+Output files
+============
+
+SNP Info file
+-------------
+
+::
+
+ SNP Chr Pos
+ SNP1 1 3102
+ SNP2 1 4648
+ SNP3 1 7601
+
+
+Genotyping file for MLMM
+------------------------
+
+::
+
+ Ind_id SNP1 SNP2 SNP3 SNP4 SNP5 SNP6 SNP7 SNP8 SNP9 SNP10 SNP11 SNP12 SNP13 SNP14
+ Ind1 0 0 0 0 0 0 2 0 2 0 0 0 2 0
+ Ind2 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0
+
+
+ </help>
+    <citations>
+        <!-- [HELP] As DOI or BibTex entry -->
+     <citation type="bibtex">@article{Dereeper03062015,
+author = {Dereeper, Alexis and Homa, Felix and Andres, Gwendoline and Sempere, Guilhem and Sarah, Gautier and Hueber, Yann and Dufayard, Jean-François and Ruiz, Manuel}, 
+title = {SNiPlay3: a web-based application for exploration and large scale analyses of genomic variations},
+year = {2015}, 
+doi = {10.1093/nar/gkv351}, 
+abstract ={SNiPlay is a web-based tool for detection, management and analysis of genetic variants including both single nucleotide polymorphisms (SNPs) and InDels. Version 3 now extends functionalities in order to easily manage and exploit SNPs derived from next generation sequencing technologies, such as GBS (genotyping by sequencing), WGRS (whole gre-sequencing) and RNA-Seq technologies. Based on the standard VCF (variant call format) format, the application offers an intuitive interface for filtering and comparing polymorphisms using user-defined sets of individuals and then establishing a reliable genotyping data matrix for further analyses. Namely, in addition to the various scaled-up analyses allowed by the application (genomic annotation of SNP, diversity analysis, haplotype reconstruction and network, linkage disequilibrium), SNiPlay3 proposes new modules for GWAS (genome-wide association studies), population stratification, distance tree analysis and visualization of SNP density. Additionally, we developed a suite of Galaxy wrappers for each step of the SNiPlay3 process, so that the complete pipeline can also be deployed on a Galaxy instance using the Galaxy ToolShed procedure and then be computed as a Galaxy workflow. SNiPlay is accessible at http://sniplay.southgreen.fr.}, 
+URL = {http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/06/03/nar.gkv351.abstract}, 
+eprint = {http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/06/03/nar.gkv351.full.pdf+html}, 
+journal = {Nucleic Acids Research} 
+}
+
+     </citation>
+
+    </citations>
+</tool>
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 hapmap2mlmm/transpose.awk
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/hapmap2mlmm/transpose.awk Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
@@ -0,0 +1,27 @@
+#!/usr/bin/gawk -f
+
+BEGIN {
+    max_x =0;
+    max_y =0;
+}
+
+{
+    max_y++;
+    for( i=1; i<=NF; i++ )
+    {
+        if (i>max_x) max_x=i;
+        A[i,max_y] = $i;
+    }
+}
+
+END {
+    for ( x=1; x<=max_x; x++ )
+    {
+        for ( y=1; y<=max_y; y++ )
+        {
+            if ( (x,y) in A ) printf "%s",A[x,y];
+            if ( y!=max_y ) printf " ";
+        }
+        printf "\n";
+    }
+}
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 ped2bed/ped2bed.sh
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/ped2bed/ped2bed.sh Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,20 @@
+#!/bin/bash
+ped=$1
+map=$2
+bed=$3
+fam=$4
+bim=$5
+logs=$6
+
+directory=`dirname $0`
+mkdir tmpdir$$
+cp -rf $ped tmpdir$$/input.ped
+cp -rf $map tmpdir$$/input.map

+plink --file tmpdir$$/input --out tmpdir$$/out --make-bed --noweb >>$logs 2>&1
+
+mv tmpdir$$/out.bed $bed
+mv tmpdir$$/out.fam $fam
+mv tmpdir$$/out.bim $bim
+
+
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 ped2bed/ped2bed.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/ped2bed/ped2bed.xml Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
[
@@ -0,0 +1,196 @@
+<tool id="ped2bed" name="plink: ped2bed" version="1.24">
+ <description>Convert ped to bed</description>
+ <requirements>
+ <requirement type="package" version="1.07">plink</requirement>
+ </requirements>
+ <command interpreter="bash">./ped2bed.sh $ped $map $bed $fam $bim $logs
+    </command>
+ <inputs>
+ <param format="txt" name="ped" type="data" label="Allelic file in PED format" help="Allelic file in PED format"/>
+ <param format="txt" name="map" type="data" label="Map file" help="Map file"/>
+ </inputs>
+ <outputs>
+ <data format="txt" name="bed" label="Bed file"/>
+ <data format="txt" name="fam" label="Fam file"/>
+ <data format="txt" name="bim" label="Bim file"/>
+ <data format="txt" name="logs" label="All Logs"/>
+ </outputs>
+    <!-- [STRONGLY RECOMMANDED] Exit code rules -->
+    <stdio>
+        <!-- [HELP] If no exit code rule is defined, the tool will stop if anything is written to STDERR -->
+        <exit_code range="1:" level="fatal" />
+    </stdio>
+    
+    <!-- [OPTIONAL] Tests to be run manually by the Galaxy admin -->
+    <tests>
+        <!-- [HELP] Test files have to be in the ~/test-data directory -->
+        <!-- [HELP] Multiple tests can be defined with different parameters -->
+<!--
+        <test>
+        </test>
+-->
+    </tests>
+ <help>
+
+
+.. class:: infomark
+
+**Authors** plink_
+
+.. _plink: http://pngu.mgh.harvard.edu/purcell/plink/
+
+  | "PLINK: a toolset for whole-genome association and population-based linkage analysis.", **Purcell S, Neale B, Todd-Brown K, Thomas L, Ferreira MAR, Bender D, Maller J, Sklar P, de Bakker PIW, Daly MJ, Sham PC.**, American Journal of Human Genetics, 81, 2007.
+
+.. class:: infomark
+
+**Galaxy integration** South Green.
+
+.. class:: infomark
+
+**Please cite** "SNiPlay3: a web-based application for exploration and large scale analyses of genomic variations", **Dereeper A. et al.**, Nucl. Acids Res. (1 july 2015) 43 (W1).
+
+
+---------------------------------------------------
+
+
+
+=======
+Ped2Bed
+=======
+
+-----------
+Description
+-----------
+
+  | PLINK is a free, open-source whole genome association analysis toolset, designed to perform a range of basic, large-scale analyses in a computationally efficient manner.
+  | For further informations, please visite the plink website_.
+
+.. _website: http://pngu.mgh.harvard.edu/purcell/plink/
+
+
+-----------------
+Workflow position
+-----------------
+
+**Upstream tool**
+
+=============== ========================== ===========
+Name            output file(s)             format 
+=============== ========================== ===========
+VCFtools filter PED and map files          ped and map
+=============== ========================== ===========
+
+
+**Downstream tool**
+
+=========== ========================== =======
+Name            input file(s)          format
+=========== ========================== =======
+Admixture   Bed, fam and bim file      txt
+=========== ========================== =======
+
+
+----------
+Input file
+----------
+
+PED file
+ Allelic file in PED format 
+
+MAP file
+
+
+
+------------
+Output files
+------------
+
+Bed file
+
+Fam file
+
+Bim file
+
+All logs 
+ Log file
+
+
+------------
+Dependencies
+------------
+plink 
+ version 1.07
+
+---------------------------------------------------
+
+---------------
+Working example
+---------------
+
+Input files
+===========
+
+PED file
+--------
+
+::
+
+ AZUCENA AZUCENA 0 0 0 0 G G A A C C T T T
+ BULUPANDAK BULUPANDAK 0 0 0 0 G G A A A A T
+
+MAP file
+--------
+
+::
+
+ 0 Chr1:4299 0 4299
+ 0 Chr1:26710 0 26710
+ 0 Chr1:56184 0 56184
+ 0 Chr1:93272 0 93272
+
+
+Output files
+============
+
+Bed file
+--------
+
+::
+
+ binary file
+
+Fam file
+--------
+
+::
+
+ AZUCENA AZUCENA 0 0 0 -9
+ BULUPANDAK BULUPANDAK 0 0 0 -9
+
+Bim file
+--------
+
+::
+
+ 0 Chr1:4299 0 4299 A G
+ 0 Chr8:18058 0 18058 C T
+
+
+ </help>
+    <citations>
+        <!-- [HELP] As DOI or BibTex entry -->
+     <citation type="bibtex">@article{Dereeper03062015,
+author = {Dereeper, Alexis and Homa, Felix and Andres, Gwendoline and Sempere, Guilhem and Sarah, Gautier and Hueber, Yann and Dufayard, Jean-François and Ruiz, Manuel}, 
+title = {SNiPlay3: a web-based application for exploration and large scale analyses of genomic variations},
+year = {2015}, 
+doi = {10.1093/nar/gkv351}, 
+abstract ={SNiPlay is a web-based tool for detection, management and analysis of genetic variants including both single nucleotide polymorphisms (SNPs) and InDels. Version 3 now extends functionalities in order to easily manage and exploit SNPs derived from next generation sequencing technologies, such as GBS (genotyping by sequencing), WGRS (whole gre-sequencing) and RNA-Seq technologies. Based on the standard VCF (variant call format) format, the application offers an intuitive interface for filtering and comparing polymorphisms using user-defined sets of individuals and then establishing a reliable genotyping data matrix for further analyses. Namely, in addition to the various scaled-up analyses allowed by the application (genomic annotation of SNP, diversity analysis, haplotype reconstruction and network, linkage disequilibrium), SNiPlay3 proposes new modules for GWAS (genome-wide association studies), population stratification, distance tree analysis and visualization of SNP density. Additionally, we developed a suite of Galaxy wrappers for each step of the SNiPlay3 process, so that the complete pipeline can also be deployed on a Galaxy instance using the Galaxy ToolShed procedure and then be computed as a Galaxy workflow. SNiPlay is accessible at http://sniplay.southgreen.fr.}, 
+URL = {http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/06/03/nar.gkv351.abstract}, 
+eprint = {http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/06/03/nar.gkv351.full.pdf+html}, 
+journal = {Nucleic Acids Research} 
+}
+
+     </citation>
+
+    </citations>
+</tool>
b
diff -r feb40a9a8eae -r 345f88a8f483 tool_dependencies.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_dependencies.xml Fri Jul 10 10:38:43 2015 -0400
b
@@ -0,0 +1,6 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<tool_dependency>
+    <package name="plink" version="1.07">
+        <repository changeset_revision="65400c333b88" name="package_plink_1_07" owner="dereeper" toolshed="http://toolshed.g2.bx.psu.edu" />
+    </package>
+</tool_dependency>