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| @@ -1,4 +1,4 @@ -<tool id="featurecounts" name="featureCounts" version="1.6.0.4" profile="16.04"> +<tool id="featurecounts" name="featureCounts" version="1.6.0.5" profile="16.04"> <description>Measure gene expression in RNA-Seq experiments from SAM or BAM files.</description> <requirements> <requirement type="package" version="1.6.0">subread</requirement> @@ -81,16 +81,9 @@ '${alignment}' - ## Removal of comment - && grep -v "^#" "output" - - #if $format.value != "tabdel_short": - ## and remove column-header line - | tail -n+2 - #else - ## update header - | sed --expression='s|${alignment}|${alignment.element_identifier}|g' - #end if + ## Remove comment and add sample name to header + && grep -v "^#" "output" + | sed -e 's|${alignment}|${alignment.element_identifier}|g' > body.txt ## Set the right columns for the tabular formats #if $format.value == "tabdel_medium": @@ -101,7 +94,7 @@ && cut -f 6 body.txt > gene_lengths.txt && paste expression_matrix.txt gene_lengths.txt > expression_matrix.txt.bak && mv -f expression_matrix.txt.bak '${output_medium}' - #elif $format.value == "tabdel_short" or $format.value == "tabdel_short_noheader": + #elif $format.value == "tabdel_short": && cut -f 1,7 body.txt > '${output_short}' #else: && cp body.txt '${output_full}' @@ -112,19 +105,10 @@ #end if #if str($extended_parameters.exon_exon_junction_read_counting_enabled.count_exon_exon_junction_reads) == "-J": - #if $format.value != "tabdel_short": - && tail -n+2 'output.jcounts' > '${output_jcounts}' - #else: - - && sed --expression='s|${alignment}|${alignment.element_identifier}|g' 'output.jcounts' > '${output_jcounts}' - #end if + && sed -e 's|${alignment}|${alignment.element_identifier}|g' 'output.jcounts' > '${output_jcounts}' #end if - #if $format.value != "tabdel_short": - && tail -n+2 'output.summary' > '${output_summary}' - #else: - && sed --expression='s|${alignment}|${alignment.element_identifier}|g' 'output.summary' > '${output_summary}' - #end if + && sed -e 's|${alignment}|${alignment.element_identifier}|g' 'output.summary' > '${output_summary}' ]]></command> <inputs> <param name="alignment" @@ -170,8 +154,7 @@ type="select" label="Output format" help="The output format will be tabular, select the preferred columns here"> - <option value="tabdel_short_noheader" selected="true">Gene-ID "\t" read-count (DESeq2 IUC wrapper compatible)</option> - <option value="tabdel_short">Gene-ID "\t" read-count (MultiQC/edgeR/limma-voom compatible, includes header in output)</option> + <option value="tabdel_short">Gene-ID "\t" read-count (MultiQC/DESeq2/edgeR/limma-voom compatible)</option> <option value="tabdel_medium">Gene-ID "\t" read-count "\t" gene-length</option> <option value="tabdel_full">featureCounts 1.4.0+ default (includes regions provided by the GTF file)</option> </param> @@ -428,7 +411,7 @@ <data format="tabular" name="output_short" label="${tool.name} on ${on_string}"> - <filter>format == "tabdel_short_noheader" or format == "tabdel_short"</filter> + <filter>format == "tabdel_short"</filter> <actions> <action name="column_names" type="metadata" default="Geneid,${alignment.element_identifier}" /> </actions> @@ -470,23 +453,6 @@ </data> </outputs> <tests> - <test expect_num_outputs="4"> - <param name="alignment" value="featureCounts_input1.bam" ftype="bam" dbkey="hg38" /> - <param name="anno_select" value="history"/> - <param name="reference_gene_sets" value="featureCounts_guide.gff" ftype="gff" dbkey="hg38" /> - <param name="format" value="tabdel_short_noheader" /> - <param name="include_feature_length_file" value="true"/> - <param name="count_exon_exon_junction_reads" value="-J"/> - <output name="output_short" file="output_1_short.tab"> - <metadata name="column_names" value="Geneid,featureCounts_input1.bam"/> - </output> - <output name="output_summary" file="output_1_summary.tab"> - <metadata name="column_names" value="Status,featureCounts_input1.bam"/> - </output> - <output name="output_jcounts" file="output_1_jcounts.tab"> - <metadata name="column_names" value="PrimaryGene,SecondaryGene,Site1_chr,Site1_location,Site1_strand,Site2_chr,Site2_location,Site2_strand,featureCounts_input1.bam"/> - </output> - </test> <test expect_num_outputs="3"> <param name="alignment" value="featureCounts_input1.bam" ftype="bam" dbkey="hg38" /> <param name="anno_select" value="history"/> @@ -523,13 +489,13 @@ <param name="format" value="tabdel_short" /> <param name="include_feature_length_file" value="true"/> <param name="count_exon_exon_junction_reads" value="-J"/> - <output name="output_short" file="output_1_short_with_header.tab"> + <output name="output_short" file="output_1_short.tab"> <metadata name="column_names" value="Geneid,featureCounts_input1.bam"/> </output> - <output name="output_summary" file="output_1_summary_with_header.tab"> + <output name="output_summary" file="output_1_summary.tab"> <metadata name="column_names" value="Status,featureCounts_input1.bam"/> </output> - <output name="output_jcounts" file="output_1_jcounts_with_header.tab"> + <output name="output_jcounts" file="output_1_jcounts.tab"> <metadata name="column_names" value="PrimaryGene,SecondaryGene,Site1_chr,Site1_location,Site1_strand,Site2_chr,Site2_location,Site2_strand,featureCounts_input1.bam"/> </output> </test> @@ -582,7 +548,7 @@ Output format ------------- -FeatureCounts produces a table containing counted reads, per gene, per row. Optionally the last column can be set to be the effective gene-length. These tables are compatible with the DESeq2 Galaxy wrapper by IUC. Column names are added as metadata object. +FeatureCounts produces a table containing counted reads, per gene, per row. Optionally the last column can be set to be the effective gene-length. These tables are compatible with the DESeq2, edgeR and limma-voom Galaxy wrappers by IUC. .. _Subread: http://bioinf.wehi.edu.au/subread-package/SubreadUsersGuide.pdf ]]></help> |
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| diff -r b714f4620411 -r 386220cf6877 test-data/output_1_full.tab --- a/test-data/output_1_full.tab Mon May 07 06:21:58 2018 -0400 +++ b/test-data/output_1_full.tab Sat May 19 03:53:55 2018 -0400 |
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| diff -r b714f4620411 -r 386220cf6877 test-data/output_1_short.tab --- a/test-data/output_1_short.tab Mon May 07 06:21:58 2018 -0400 +++ b/test-data/output_1_short.tab Sat May 19 03:53:55 2018 -0400 |
| b |
| @@ -1,2 +1,3 @@ +Geneid featureCounts_input1.bam left 92 right 66 |
| b |
| diff -r b714f4620411 -r 386220cf6877 test-data/output_1_short_with_header.tab --- a/test-data/output_1_short_with_header.tab Mon May 07 06:21:58 2018 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 |
| b |
| @@ -1,3 +0,0 @@ -Geneid featureCounts_input1.bam -left 92 -right 66 |
| b |
| diff -r b714f4620411 -r 386220cf6877 test-data/output_1_summary.tab --- a/test-data/output_1_summary.tab Mon May 07 06:21:58 2018 -0400 +++ b/test-data/output_1_summary.tab Sat May 19 03:53:55 2018 -0400 |
| b |
| @@ -1,3 +1,4 @@ +Status featureCounts_input1.bam Assigned 158 Unassigned_Unmapped 0 Unassigned_MappingQuality 0 |
| b |
| diff -r b714f4620411 -r 386220cf6877 test-data/output_1_summary_with_header.tab --- a/test-data/output_1_summary_with_header.tab Mon May 07 06:21:58 2018 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 |
| b |
| @@ -1,13 +0,0 @@ -Status featureCounts_input1.bam -Assigned 158 -Unassigned_Unmapped 0 -Unassigned_MappingQuality 0 -Unassigned_Chimera 0 -Unassigned_FragmentLength 0 -Unassigned_Duplicate 0 -Unassigned_MultiMapping 0 -Unassigned_Secondary 0 -Unassigned_Nonjunction 0 -Unassigned_NoFeatures 6078 -Unassigned_Overlapping_Length 0 -Unassigned_Ambiguity 0 |
| b |
| diff -r b714f4620411 -r 386220cf6877 test-data/output_feature_lengths.tab --- a/test-data/output_feature_lengths.tab Mon May 07 06:21:58 2018 -0400 +++ b/test-data/output_feature_lengths.tab Sat May 19 03:53:55 2018 -0400 |
| b |
| @@ -1,2 +1,3 @@ +Geneid Length left 170000 right 170000 |