Repository 'proteore_id_converter'
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Changeset 1:3b654cb3f6ad (2018-02-27)
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planemo upload commit 74f72978b11230744b116d34fe3f2aa7934bf545-dirty
modified:
id_converter.xml
added:
README.rst
tool-data/human_id_mapping_file.txt
removed:
test-data/human_id_mapping_file.txt
b
diff -r f2d0b13d9615 -r 3b654cb3f6ad README.rst
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README.rst Tue Feb 27 08:42:18 2018 -0500
b
@@ -0,0 +1,60 @@
+Wrapper for ID Converter tool
+=============================
+
+**Authors**
+
+T.P. Lien Nguyen, Florence Combes, Yves Vandenbrouck CEA, INSERM, CNRS, Grenoble-Alpes University, BIG Institute, FR
+
+Sandra Dérozier, Olivier Rué, Christophe Caron, Valentin Loux INRA, Paris-Saclay University, MAIAGE Unit, Migale Bioinformatics platform
+
+This work has been partially funded through the French National Agency for Research (ANR) IFB project.
+
+Contact support@proteore.org for any questions or concerns about the Galaxy implementation of this tool.
+
+=============================
+
+This tool converts a list of IDs to another identifier type, select the source and target type from the dropdown menus above (see below supported source and target types).
+
+After choosing the type of input IDs, you can choose one or more types of IDs you would like to map to. 
+
+If your input is a list of IDs or a single-column file, the tool will return a file containing the mapped IDs.
+
+If your input is a multiple-column file, the mapped IDs column(s) will be added at the end of the input file.
+
+**Available databases**
+
+* neXtProt ID (e.g. NX_P31946)
+
+* Uniprot accession number (e.g. P31946)
+
+* Uniprot ID (e.g 1433B_HUMAN)
+
+* Entrez gene ID (e.g. 7529)
+
+* RefSeq (NCBI) protein (e.g.  NP_003395.1; NP_647539.1; XP_016883528.1)
+
+* GI (NCBI GI number) ID assigned to each sequence record processed by NCBI (e.g. 21328448; 377656701; 67464627; 78101741)
+
+* Protein DataBank ID (e.g. 2BR9:A; 3UAL:A;   3UBW:A)
+
+* GOterms (Gene Ontology) ID (e.g. GO:0070062; GO:0005925; GO:0042470; GO:0016020; GO:0005739; GO:0005634)
+
+* Protein Information Resource ID (e.g. S34755)
+
+* OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man database) ID (e.g: 601289)
+
+* Unigene ID (e.g. Hs.643544)
+
+* Ensembl gene ID (e.g. ENSG00000166913)
+
+* Ensembl transcript ID (e.g. ENST00000353703; ENST00000372839)
+
+* Ensembl protein ID (e.g. ENSP00000300161; ENSP00000361930)
+
+This tool converts human IDs using file built from:
+
+* HUMAN_9606_idmapping_selected.tab
+    Tarball downloaded from ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/idmapping/by_organism/
+
+* nextprot_ac_list_all.txt 
+    Downloaded from ftp://ftp.nextprot.org/pub/current_release/ac_lists/
\ No newline at end of file
b
diff -r f2d0b13d9615 -r 3b654cb3f6ad id_converter.xml
--- a/id_converter.xml Fri Feb 16 03:16:29 2018 -0500
+++ b/id_converter.xml Tue Feb 27 08:42:18 2018 -0500
b
@@ -2,12 +2,13 @@
     <description>convert public database identifiers (Homo sapiens only for now)
     </description>
     <requirements>
+      <requirement type="package" version="3.4.1">R</requirement>
     </requirements>
     <stdio>
         <exit_code range="1:" />
     </stdio>
     <command interpreter="Rscript">
-        id_converter_UniProt.R
+        $__tool_directory__/id_converter_UniProt.R
         "$idti.idtypein"
         #if $input.ids == "text"
             "$input.txt"
@@ -18,7 +19,7 @@
         #end if
         "$idto.idtypeout"
         "$output"
-        $__tool_directory__/../../utils/human_id_mapping_file.txt
+        $__tool_directory__/tool-data/human_id_mapping_file.txt
         
     </command>
     <inputs>
b
diff -r f2d0b13d9615 -r 3b654cb3f6ad test-data/human_id_mapping_file.txt
--- a/test-data/human_id_mapping_file.txt Fri Feb 16 03:16:29 2018 -0500
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
b'@@ -1,161043 +0,0 @@\n-neXtProt_ID\tUniProt-AC\tUniProt-ID\tGeneID\tRefSeq\tGI\tPDB\tGO\tPIR\tMIM\tUniGene\tEnsembl\tEnsembl_TRS\tEnsembl_PRO\n-NX_P31946\tP31946\t1433B_HUMAN\t7529\tNP_003395.1; NP_647539.1; XP_016883528.1\t4507949; 377656702; 67464628; 1345590; 1034625756; 21328448; 377656701; 67464627; 78101741\t2BQ0:A; 2BQ0:B; 2C23:A; 4DNK:A; 4DNK:B; 5N10:A; 5N10:B\tGO:0005737; GO:0030659; GO:0005829; GO:0070062; GO:0005925; GO:0042470; GO:0016020; GO:0005739; GO:0005634; GO:0048471; GO:0043234; GO:0017053; GO:0045296; GO:0019899; GO:0042826; GO:0042802; GO:0051219; GO:0050815; GO:0008022; GO:0032403; GO:0019904; GO:0003714; GO:0051220; GO:0035329; GO:0000165; GO:0061024; GO:0045744; GO:0035308; GO:0045892; GO:0043085; GO:1900740; GO:0051291; GO:0006605; GO:0043488; GO:0016032\tS34755\t601289\tHs.643544\tENSG00000166913\tENST00000353703; ENST00000372839\tENSP00000300161; ENSP00000361930\n-NX_P62258\tP62258\t1433E_HUMAN\t7531\tNP_006752.1\t374074368; 62131678; 67464424; 194379794; 221045758; 5803225; 374074366; 51702210\t2BR9:A; 3UAL:A; 3UBW:A\tGO:0030424; GO:0090724; GO:0005737; GO:0030659; GO:0005829; GO:0070062; GO:0005925; GO:0005871; GO:0042470; GO:0016020; GO:0005739; GO:0005634; GO:0045296; GO:0005246; GO:0019899; GO:0042826; GO:0042802; GO:0044325; GO:0023026; GO:0051219; GO:0050815; GO:0015459; GO:0019904; GO:0046982; GO:0017112; GO:0003723; GO:0031625; GO:0034605; GO:0021987; GO:0097711; GO:0000086; GO:0035329; GO:0021766; GO:0035556; GO:0000165; GO:0061024; GO:0086013; GO:1905913; GO:1901020; GO:0043154; GO:1902309; GO:0001764; GO:0046827; GO:1900740; GO:0006605; GO:1900034; GO:0051480; GO:0010389; GO:0086091; GO:0003064; GO:0060306; GO:1901016; GO:0021762; GO:0016032\tA61235; I38947\t605066\tHs.513851\tENSG00000108953; ENSG00000274474\tENST00000264335; ENST00000571732; ENST00000616643; ENST00000627231\tENSP00000264335; ENSP00000461762; ENSP00000481059; ENSP00000487356\n-NX_Q04917\tQ04917\t1433F_HUMAN\t7533\tNP_003396.1\t4507951; 437363; 83754686; 83754699; 83754700; 1345593; 83754684; 83754685; 28862; 83754683\t2C63:A; 2C63:B; 2C63:C; 2C63:D; 2C74:A; 2C74:B\tGO:0005737; GO:0030659; GO:0005829; GO:0070062; GO:0014704; GO:0005739; GO:0005886; GO:0003779; GO:0019899; GO:0035259; GO:0042802; GO:0005159; GO:0044325; GO:0019904; GO:0046982; GO:0017080; GO:0006713; GO:0042921; GO:0006886; GO:0086010; GO:0061024; GO:0050774; GO:1900740; GO:0045893; GO:0045664; GO:2000649; GO:0002028; GO:0048167; GO:0021762\tS34756; S38509; S38532\t113508\tHs.226755\tENSG00000128245\tENST00000248975\tENSP00000248975\n-NX_P61981\tP61981\t1433G_HUMAN\t7532\tNP_036611.2\t6016838; 380764684; 635576381; 82407956; 82407958; 550545213; 635576377; 380765197; 82407950; 550545214; 119592210; 1006588564; 1006588561; 635576379; 21464101; 82407952; 48428721; 5726310; 550545212; 635576378; 1006588559; 18088513; 49456805; 1006588565; 550545215; 1006588558; 49456763; 1006588562; 82407948; 82407954; 635576376; 635576380\t2B05:A; 2B05:B; 2B05:C; 2B05:D; 2B05:E; 2B05:F; 3UZD:A; 4E2E:A; 4J6S:A; 4J6S:B; 4J6S:C; 4J6S:D; 4O46:A; 4O46:B; 4O46:C; 4O46:D; 4O46:E; 4O46:F; 5D3E:A; 5D3E:B; 5D3E:E; 5D3E:F; 5D3E:I; 5D3E:J\tGO:0030659; GO:0005829; GO:0070062; GO:0005925; GO:0016020; GO:0005739; GO:0043209; GO:0042802; GO:0005159; GO:0019904; GO:0005080; GO:0008426; GO:0030971; GO:0003723; GO:0032869; GO:0097711; GO:0000086; GO:0061024; GO:0006469; GO:1900740; GO:0006605; GO:0010389; GO:0045664; GO:0009966; GO:0048167\t\t605356\tHs.744840\tENSG00000170027\tENST00000307630\tENSP00000306330\n-NX_P31947\tP31947\t1433S_HUMAN\t2810\tNP_006133.1\t436408756; 306991738; 969812714; 350610438; 350610440; 2702355; 393715161; 394985958; 398953; 305677674; 305677670; 350610436; 528082005; 390981001; 1025734704; 187302; 12654345; 61680850; 49456807; 12804273; 12653125; 394985950; 528082006; 16306737; 528082000; 433286579; 390980999; 394985956; 499142131; 23940; 394985954; 528082007; 564730948; 499142129; 528082001; 307776567; 291463695; 62738854; 835018920; 350610430; 969812717; 528082008; 564730947; 491668340; 528082002; 61680851; 984077415; 394985952; 5454'..b'654404; Hs.726974; Hs.77961\t\t\t\n-NA\tG1EMU7\tG1EMU7_HUMAN\t\t\t341835542\t\t\t\t\t\t\t\t\n-NA\tQ496L1\tQ496L1_HUMAN\t\t\t72533283\t\tGO:0016021; GO:0022857\t\t\tHs.661910; Hs.743282\t\t\t\n-NA\tQ49A42\tQ49A42_HUMAN\t\t\t71296962\t\t\t\t\tHs.655084\t\t\t\n-NA\tQ53TT7\tQ53TT7_HUMAN\t\t\t62988840\t\t\t\t\tHs.152774\t\t\t\n-NA\tQ59EQ8\tQ59EQ8_HUMAN\t\t\t62089092\t\tGO:0003723\t\t\tHs.7527\t\t\t\n-NA\tD6R943\tD6R943_HUMAN\t\t\t\t\t\t\t\t\tENSG00000074211\tENST00000509917\tENSP00000423650\n-NA\tD6R9G9\tD6R9G9_HUMAN\t\t\t\t\tGO:0016021; GO:0055085\t\t\t\tENSG00000121073\tENST00000511763\tENSP00000422104\n-NA\tD6RAK0\tD6RAK0_HUMAN\t\t\t\t\tGO:0005096; GO:0017034; GO:0042127\t\t\t\tENSG00000109756\tENST00000510510\tENSP00000421740\n-NA\tF8LFQ0\tF8LFQ0_HUMAN\t\t\t335353537\t\t\t\t\tHs.656020; Hs.743218\t\t\t\n-NA\tF8R172\tF8R172_HUMAN\t\t\t336092798\t\t\t\t\t\t\t\t\n-NA\tF8WDZ7\tF8WDZ7_HUMAN\t\t\t\t\t\t\t\t\tENS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