Repository 'autodock_vina'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/bgruening/autodock_vina

Changeset 4:3c8e86318a81 (2018-02-12)
Previous changeset 3:65ffed035ca8 (2016-06-04) Next changeset 5:c410ffcabf9d (2019-05-07)
Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/chemicaltoolbox/autodock_vina commit e1bdd1a326072b9c6a318863aabcba2d9918f787
modified:
docking.xml
b
diff -r 65ffed035ca8 -r 3c8e86318a81 docking.xml
--- a/docking.xml Sat Jun 04 12:36:59 2016 -0400
+++ b/docking.xml Mon Feb 12 04:23:13 2018 -0500
[
b"@@ -28,142 +28,142 @@\n         </test>\n     </tests>\n     <help><![CDATA[\n-        ** What it does? **\n+**What it does?**\n \n-        This tool performs molecular docking with Autodock Vina program.\n+This tool performs molecular docking with Autodock Vina program.\n \n-        ** inputs **\n+**Inputs**\n \n-        Three inputs are required for use this tools. The first is a text file with the box configurations, this file looks like the following example:\n+Three inputs are required for use this tools. The first is a text file with the box configurations, this file looks like the following example::\n \n-        size_x =  20.00\n-        size_y =  18.40\n-        size_z =  23.60\n-        center_x =  70.92\n-        center_y =  70.57\n-        center_z =  36.86\n-        num_modes = 9999\n-        energy_range = 9999\n-        exhaustiveness = 10\n-        cpu = 4\n-        seed = 1\n+    size_x =  20.00\n+    size_y =  18.40\n+    size_z =  23.60\n+    center_x =  70.92\n+    center_y =  70.57\n+    center_z =  36.86\n+    num_modes = 9999\n+    energy_range = 9999\n+    exhaustiveness = 10\n+    cpu = 4\n+    seed = 1\n \n-        Where the parameters size_x, size_y, size_z, center_x, center_y and center_z  are coordinates of the binding site. \n-        The parameters num_modes, energy_range, exhaustiveness, cpu and seed are autodock vina configurations to execute the algorithm.\n+Where the parameters size_x, size_y, size_z, center_x, center_y and center_z  are coordinates of the binding site. \n+The parameters num_modes, energy_range, exhaustiveness, cpu and seed are autodock vina configurations to execute the algorithm.\n \n-        The second input is a receptor file (pdbqt) what is a output of the prepare receptor tool.\n-        The last input is a ligand file (pdbqt) what is a output of the prepare ligand tool.\n+The second input is a receptor file (pdbqt) what is a output of the prepare receptor tool.\n+The last input is a ligand file (pdbqt) what is a output of the prepare ligand tool.\n \n-        ** outputs **\n+**Outputs**\n \n-        Two outputs are generated by this tool. The first is a pdbqt file with the molecule structure resulting of the molecular docking, this file looks like the following example:\n+Two outputs are generated by this tool. The first is a pdbqt file with the molecule structure resulting of the molecular docking, this file looks like the following example::\n \n-        MODEL 1\n-        REMARK VINA RESULT:      -0.0      0.000      0.000\n-        REMARK  9 active torsions:\n-        REMARK  status: ('A' for Active; 'I' for Inactive)\n-        REMARK    1  A    between atoms: C_2  and  O_3 \n-        REMARK    2  A    between atoms: C_2  and  C_14 \n-        REMARK    3  A    between atoms: O_3  and  C_4 \n-        REMARK    4  A    between atoms: C_4  and  C_5 \n-        REMARK    5  A    between atoms: C_6  and  C_8 \n-        REMARK    6  A    between atoms: C_8  and  C_9 \n-        REMARK    7  A    between atoms: C_9  and  C_10 \n-        REMARK    8  A    between atoms: C_16  and  O_17 \n-        REMARK    9  A    between atoms: C_19  and  O_20 \n-        ROOT\n-        ATOM      1  O   LIG d   1      72.801  71.157  37.352  0.00  0.00    -0.259 OA\n-        ATOM      2  C   LIG d   1      73.413  72.112  37.794  0.00  0.00     0.293 C \n-        ENDROOT\n-        BRANCH   2   3\n-        ATOM      3  O   LIG d   1      72.912  73.321  38.144  0.00  0.00    -0.314 OA\n-        BRANCH   3   4\n-        ATOM      4  C   LIG d   1      71.868  73.332  39.120  0.00  0.00     0.206 C \n-        BRANCH   4   5\n-        ATOM      5  C   LIG d   1      72.522  73.555  40.453  0.00  0.00     0.002 C \n-        ATOM      6  C   LIG d   1      72.762  72.629  41.405  0.00  0.00    -0.085 C \n-        ATOM      7  C   LIG d   1      72.390  71.176  41.274  0.00  0.00     0.043 C \n-        BRANCH   6   8\n-        ATOM      8  C   LIG d   1      73.435  73.012  42.714  0.00  0.00     0.037 C \n-        BRANCH   8   9\n-        ATOM      9  C   LIG d   1      74.184  "..b'               \n-         DOI 10.1002/jcc.21334                                         \n-                                                                       \n-         Please see http://vina.scripps.edu for more information.      \n-        ------------------------------------------------------------------\n+    -----------------------------------------------------------------\n+     If you used AutoDock Vina in your work, please cite:          \n+                                                                   \n+     O. Trott, A. J. Olson,                                        \n+     AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking    \n+     with a new scoring function, efficient optimization and       \n+     multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010)  \n+     455-461                                                       \n+                                                                   \n+     DOI 10.1002/jcc.21334                                         \n+                                                                   \n+     Please see http://vina.scripps.edu for more information.      \n+    ------------------------------------------------------------------\n \n-        Reading input ... done.\n-        Setting up the scoring function ... done.\n-        Analyzing the binding site ... done.\n-        Using random seed: 1899908181\n-        Performing search ... done.\n-        Refining results ... done.\n+    Reading input ... done.\n+    Setting up the scoring function ... done.\n+    Analyzing the binding site ... done.\n+    Using random seed: 1899908181\n+    Performing search ... done.\n+    Refining results ... done.\n \n-        mode |   affinity | dist from best mode\n-             | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.\n-        -----+------------+----------+----------\n-           1         -0.0      0.000      0.000\n-           2         -0.0      2.046      2.443\n-           3         -0.0      5.896      7.949\n-           4         -0.0      2.518      3.100\n-           5         -0.0      2.417      4.527\n-           6         -0.0      5.686      7.689\n-           7         -0.0      2.828      4.792\n-           8         -0.0      5.547      7.086\n-           9         -0.0      7.388      9.966\n-          10         -0.0      7.877     11.352\n-          11         -0.0      8.203     10.157\n-          12         -0.0      5.163      7.653\n-          13         -0.0      3.093      6.011\n-          14         -0.0      7.998     11.146\n-          15         -0.0      7.015     10.108\n-          16         -0.0      8.795     11.682\n-          17         -0.0      7.317     10.367\n-          18          0.0      3.274      4.160\n-          19          0.0     10.286     12.001\n-          20          0.0      3.566      5.349\n-        Writing output ... done.\n+    mode |   affinity | dist from best mode\n+         | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.\n+    -----+------------+----------+----------\n+       1         -0.0      0.000      0.000\n+       2         -0.0      2.046      2.443\n+       3         -0.0      5.896      7.949\n+       4         -0.0      2.518      3.100\n+       5         -0.0      2.417      4.527\n+       6         -0.0      5.686      7.689\n+       7         -0.0      2.828      4.792\n+       8         -0.0      5.547      7.086\n+       9         -0.0      7.388      9.966\n+      10         -0.0      7.877     11.352\n+      11         -0.0      8.203     10.157\n+      12         -0.0      5.163      7.653\n+      13         -0.0      3.093      6.011\n+      14         -0.0      7.998     11.146\n+      15         -0.0      7.015     10.108\n+      16         -0.0      8.795     11.682\n+      17         -0.0      7.317     10.367\n+      18          0.0      3.274      4.160\n+      19          0.0     10.286     12.001\n+      20          0.0      3.566      5.349\n+    Writing output ... done.\n     ]]></help>\n     <citations>\n         <citation type="doi">10.1002/jcc.21334</citation>\n'