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| @@ -0,0 +1,48 @@ +#!/usr/bin/python +# -*- coding: utf-8 -*- + +import shutil +import subprocess +import argparse + + +def __main__(): + parser = argparse.ArgumentParser() + parser.add_argument('-f', type=str) + parser.add_argument('-fwd', type=str) + parser.add_argument('-rev', type=str) + + #parser.add_argument('-k', action='store_true') + + options = parser.parse_args() + + # create the working dir + os.mkdir('job_outputs') + os.chdir('job_outputs') + + # STACKS_archive + # check if zipped files are into the tab + extract_compress_files(options.P, os.getcwd()) + + # create the populations command input line + cmd_line=['clone_filter'] + if options.f is not None: + cmd_line.extend(['-f', options.f]) + else: + cmd_line.extend(['-1', options.fwd]) + cmd_line.extend(['-2', options.rev]) + + print "[CMD]:"+' '.join(cmd_line) + subprocess.call(cmd_line) + + # postprocesses + clean_files = glob.glob('*.fq') + if options.f is not None: + shutil.copy(clean_files[0], 'clean.fq') + else: + shutil.copy(clean_files[0], 'fwd.fq') + shutil.copy(clean_files[1], 'rev.fq') + + +if __name__ == '__main__': + __main__() |
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| diff -r 000000000000 -r 42e64fbf4609 STACKS_clone_filter.xml --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/STACKS_clone_filter.xml Tue Feb 02 21:15:50 2016 -0500 |
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| @@ -0,0 +1,81 @@ +<tool id="STACKS_clone_filter" name="STACKS: clone_filter" version="0.9.0"> + <description>Run the STACKS clone_filter program</description> + + +<requirements> + <requirement type="package" version="1.18">stacks</requirement> +</requirements> + +<stdio> + <exit_code range="1" level="fatal" description="Error in Stacks clone_filter" /> +</stdio> + +<command interpreter="python"> +STACKS_clone_filter.py +#if $data_type.dt_select == 'single': + -f $data_type.fname +#else + -1 $data_type.fwd + -2 $data_type.rev +#end if +</command> + +<inputs> + <conditional name="data_type"> + <param name="dt_select" type="select" label="Single or Paired-end"> + <option value="single">Single</option> + <option value="pair">Pair</option> + </param> + <when value="single"> + <param name="fname" type="fastq" label="FASTQ" /> + </when> + <when value="pair"> + <param name="fwd" type="fastq" label="Forward FASTQ" /> + <param name="rev" type="fastq" label="Reverse FASTQ" /> + </when> + </conditional> +</inputs> + +<outputs> + <data format="fastq" name="clean" from_work_dir="job_outputs/clean.fq"> + <filter>data_type['dt_select'] == 'single' </filter> + </data> + <data format="fastq" name="clean_fwd" from_work_dir="job_outputs/fwd.fq"> + <filter>data_type['dt_select'] == 'pair' </filter> + </data> + <data format="fastq" name="clean_rev" from_work_dir="job_outputs/rev.fq"> + <filter>data_type['dt_select'] == 'pair' </filter> + </data> +</outputs> + +<tests> + <test> + <param name="dt_select" value="pair" /> + <param name="fwd" value="fwd.fq" /> + <param name="rev" value="rev.fq" /> + <output name="clean_fwd" /> + <output name="clean_rev" /> + </test> +</tests> + +<help> +-------- + +**Project links:** + +`STACKS website <http://creskolab.uoregon.edu/stacks/>`_ . + +`STACKS manual <http://creskolab.uoregon.edu/stacks/stacks_manual.pdf>`_ . + +`STACKS google group <https://groups.google.com/forum/#!forum/stacks-users>`_ . + +</help> +<citations> + <citation type="doi">10.1111/mec.12354</citation> + <citation type="doi">10.1111/mec.12330</citation> + <citation type="doi">10.1534/g3.111.000240</citation> + <citation type="doi">10.1534/genetics.111.127324</citation> + <citation type="doi">10.1111/j.1755-0998.2010.02967.x</citation> + <citation type="doi">10.1073/pnas.1006538107</citation> +</citations> +</tool> |
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