Repository 'enhanced_bowtie_mapper'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/kaymccoy/enhanced_bowtie_mapper

Changeset 4:43a534fe1cde (2016-08-07)
Previous changeset 3:4901e45ab80d (2016-08-07) Next changeset 5:386d8492cfc1 (2016-08-07)
Commit message:
Deleted selected files
removed:
enhanced_bowtie_wrapper 1.0.0.py
enhanced_bowtie_wrapper 1.0.0.xml
tool_data_table_conf.xml.sample
tool_dependencies.xml
b
diff -r 4901e45ab80d -r 43a534fe1cde enhanced_bowtie_wrapper 1.0.0.py
--- a/enhanced_bowtie_wrapper 1.0.0.py Sun Aug 07 21:59:01 2016 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
[
b'@@ -1,497 +0,0 @@\n-#!/usr/bin/env python\n-\n-"""\n-Runs Bowtie on single-end or paired-end data.\n-For use with Bowtie v. 0.12.7\n-\n-usage: bowtie_wrapper.py [options]\n-    -t, --threads=t: The number of threads to run\n-    -o, --output=o: The output file\n-    --output_unmapped_reads=: File name for unmapped reads (single-end)\n-    --output_unmapped_reads_l=: File name for unmapped reads (left, paired-end)\n-    --output_unmapped_reads_r=: File name for unmapped reads (right, paired-end)\n-    --output_suppressed_reads=: File name for suppressed reads because of max setting (single-end)\n-    --output_suppressed_reads_l=: File name for suppressed reads because of max setting (left, paired-end)\n-    --output_suppressed_reads_r=: File name for suppressed reads because of max setting (right, paired-end)\n-    -i, --input1=i: The (forward or single-end) reads file in Sanger FASTQ format\n-    -I, --input2=I: The reverse reads file in Sanger FASTQ format\n-    -4, --dataType=4: The type of data (SOLiD or Solexa)\n-    -2, --paired=2: Whether the data is single- or paired-end\n-    -g, --genomeSource=g: The type of reference provided\n-    -r, --ref=r: The reference genome to use or index\n-    -s, --skip=s: Skip the first n reads\n-    -a, --alignLimit=a: Only align the first n reads\n-    -T, --trimH=T: Trim n bases from high-quality (left) end of each read before alignment\n-    -L, --trimL=L: Trim n bases from low-quality (right) end of each read before alignment\n-    -m, --mismatchSeed=m: Maximum number of mismatches permitted in the seed\n-    -M, --mismatchQual=M: Maximum permitted total of quality values at mismatched read positions\n-    -l, --seedLen=l: Seed length\n-    -n, --rounding=n: Whether or not to round to the nearest 10 and saturating at 30\n-    -P, --maxMismatches=P: Maximum number of mismatches for -v alignment mode\n-    -w, --tryHard=: Whether or not to try as hard as possible to find valid alignments when they exist\n-    -V, --allValAligns=V: Whether or not to report all valid alignments per read or pair\n-    -v, --valAlign=v: Report up to n valid alignments per read or pair\n-    -G, --suppressAlign=G: Suppress all alignments for a read if more than n reportable alignments exist\n-    -b, --best=b: Whether or not to make Bowtie guarantee that reported singleton alignments are \'best\' in terms of stratum and in terms of the quality values at the mismatched positions\n-    -B, --maxBacktracks=B: Maximum number of backtracks permitted when aligning a read\n-    -R, --strata=R: Whether or not to report only those alignments that fall in the best stratum if many valid alignments exist and are reportable\n-    -j, --minInsert=j: Minimum insert size for valid paired-end alignments\n-    -J, --maxInsert=J: Maximum insert size for valid paired-end alignments\n-    -O, --mateOrient=O: The upstream/downstream mate orientation for valid paired-end alignment against the forward reference strand\n-    -A, --maxAlignAttempt=A: Maximum number of attempts Bowtie will make to match an alignment for one mate with an alignment for the opposite mate\n-    -f, --forwardAlign=f: Whether or not to attempt to align the forward reference strand\n-    -E, --reverseAlign=E: Whether or not to attempt to align the reverse-complement reference strand\n-    -F, --offrate=F: Override the offrate of the index to n\n-    -8, --snpphred=8: SNP penalty on Phred scale\n-    -6, --snpfrac=6: Fraction of sites expected to be SNP sites\n-    -7, --keepends=7: Keep extreme-end nucleotides and qualities\n-    -S, --seed=S: Seed for pseudo-random number generator\n-    -C, --params=C: Whether to use default or specified parameters\n-    -u, --iautoB=u: Automatic or specified behavior\n-    -K, --ipacked=K: Whether or not to use a packed representation for DNA strings\n-    -Q, --ibmax=Q: Maximum number of suffixes allowed in a block\n-    -Y, --ibmaxdivn=Y: Maximum number of suffixes allowed in a block as a fraction of the length of the reference\n-    -D, --idcv=D: The period for the differ'..b'         tryHard, valAlign, allValAligns, suppressAlign, best,\n-                              strata, offrate, seed, snpphred, snpfrac, keepends,\n-                              output_unmapped_reads, output_suppressed_reads,\n-                              quality_score_encoding )\n-                              \n-                              \n-                          \n-                              \n-     \n-                              \n-        except ValueError, e:\n-            # clean up temp dir\n-            if os.path.exists( tmp_index_dir ):\n-                shutil.rmtree( tmp_index_dir )\n-            stop_err( \'Something is wrong with the alignment parameters and the alignment could not be run\\n\' + str( e ) )\n-    try:\n-        # have to nest try-except in try-finally to handle 2.4\n-        try:\n-            # prepare actual mapping commands\n-            if options.paired == \'paired\':\n-                cmd2 = \'bowtie %s %s -1 %s -2 %s > %s\' % ( aligning_cmds, ref_file_name, options.input1, options.input2, options.output )\n-            else:\n-                cmd2 = \'bowtie %s %s %s > %s\' % ( aligning_cmds, ref_file_name, options.input1, options.output )\n-            # align\n-            tmp = tempfile.NamedTemporaryFile( dir=tmp_index_dir ).name\n-            tmp_stderr = open( tmp, \'wb\' )\n-            proc = subprocess.Popen( args=cmd2, shell=True, cwd=tmp_index_dir, stderr=tmp_stderr.fileno() )\n-            returncode = proc.wait()\n-            tmp_stderr.close()\n-            # get stderr, allowing for case where it\'s very large\n-            tmp_stderr = open( tmp, \'rb\' )\n-            stderr = \'\'\n-            buffsize = 1048576\n-            try:\n-                while True:\n-                    stderr += tmp_stderr.read( buffsize )\n-                    if not stderr or len( stderr ) % buffsize != 0:\n-                        break\n-            except OverflowError:\n-                pass\n-            tmp_stderr.close()\n-            if returncode != 0:\n-                raise Exception, stderr\n-            # get suppressed and unmapped reads output files in place if appropriate\n-            if options.paired == \'paired\' and tmp_suppressed_file_name and \\\n-                               options.output_suppressed_reads_l and options.output_suppressed_reads_r:\n-                try:\n-                    left = tmp_suppressed_file_name.replace( \'.fastq\', \'_1.fastq\' )\n-                    right = tmp_suppressed_file_name.replace( \'.fastq\', \'_1.fastq\' )\n-                    shutil.move( left, options.output_suppressed_reads_l )\n-                    shutil.move( right, options.output_suppressed_reads_r )\n-                except Exception, e:\n-                    sys.stdout.write( \'Error producing the suppressed output file.\\n\' )\n-            if options.paired == \'paired\' and tmp_unmapped_file_name and \\\n-                               options.output_unmapped_reads_l and options.output_unmapped_reads_r:\n-                try:\n-                    left = tmp_unmapped_file_name.replace( \'.fastq\', \'_1.fastq\' )\n-                    right = tmp_unmapped_file_name.replace( \'.fastq\', \'_2.fastq\' )\n-                    shutil.move( left, options.output_unmapped_reads_l )\n-                    shutil.move( right, options.output_unmapped_reads_r )\n-                except Exception, e:\n-                    sys.stdout.write( \'Error producing the unmapped output file.\\n\' )\n-            # check that there are results in the output file\n-            if os.path.getsize( options.output ) == 0:\n-                raise Exception, \'The output file is empty, there may be an error with your input file or settings.\'\n-        except Exception, e:\n-            stop_err( \'Error aligning sequence. \' + str( e ) )\n-    finally:\n-        # clean up temp dir\n-        if os.path.exists( tmp_index_dir ):\n-            shutil.rmtree( tmp_index_dir )\n-    stdout += \'Sequence file aligned.\\n\'\n-    sys.stdout.write( stdout )\n-\n-if __name__ == "__main__":\n-    __main__()\n'
b
diff -r 4901e45ab80d -r 43a534fe1cde enhanced_bowtie_wrapper 1.0.0.xml
--- a/enhanced_bowtie_wrapper 1.0.0.xml Sun Aug 07 21:59:01 2016 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
[
b'@@ -1,977 +0,0 @@\n-<tool id="bowtie_wrapper" name="Map with Bowtie for Illumina" version="1.1.3">\n-  <requirements>\n-    <requirement type="package" version="0.12.7">bowtie</requirement>\n-  </requirements>\n-  <description></description>\n-  <version_command>bowtie --version</version_command>\n-  <command interpreter="python">\n-    bowtie_wrapper.py\n-      ## Set number of threads\n-      --threads="\\${GALAXY_SLOTS:-4}"\n-      ## Outputs\n-      \n-      \n-\n-\n-      #if "${singlePaired.sParams.outtype}" == "S"\n-        --output="${outputS}"\n-      #else\n-        --output="${outputM}"\n-      #end if\n-\n-      \n-      \n-      #if str( $singlePaired.sPaired ) == "single"\n-        #if $output_unmapped_reads_l\n-          --output_unmapped_reads="${output_unmapped_reads_l}"\n-        #end if\n-        #if $output_suppressed_reads_l\n-          --output_suppressed_reads="${output_suppressed_reads_l}"\n-        #end if\n-        --galaxy_input_format="${singlePaired.sInput1.ext}"\n-      #else\n-        #if $output_unmapped_reads_l and $output_unmapped_reads_r\n-          --output_unmapped_reads_l="${output_unmapped_reads_l}"\n-          --output_unmapped_reads_r="${output_unmapped_reads_r}"\n-        #end if\n-        #if $output_suppressed_reads_l and $output_suppressed_reads_l\n-          --output_suppressed_reads_l="${output_suppressed_reads_l}"\n-          --output_suppressed_reads_r="${output_suppressed_reads_r}"\n-        #end if\n-        --galaxy_input_format="${singlePaired.pInput1.ext}"\n-      #end if\n-      ## Inputs\n-      --dataType="solexa" ##this indicates that nucleotide base space is used in the wrapper\n-      --suppressHeader="${suppressHeader}"\n-      --genomeSource="${refGenomeSource.genomeSource}"\n-      #if $refGenomeSource.genomeSource == "history":\n-        ##index already exists\n-        #if $refGenomeSource.ownFile.extension.startswith( \'bowtie_\' ):\n-          ##user previously built\n-          --ref="${refGenomeSource.ownFile.extra_files_path}/${refGenomeSource.ownFile.metadata.base_name}"\n-          --do_not_build_index\n-        #else:\n-          ##build index on the fly\n-          --ref="${refGenomeSource.ownFile}"\n-          --indexSettings="${refGenomeSource.indexParams.indexSettings}"\n-          #if $refGenomeSource.indexParams.indexSettings == "indexFull":\n-            --iautoB="${refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.autoB}"\n-            #if $refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.autoB == "set":\n-              --ipacked="${refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.packed}"\n-              --ibmax="${refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.bmax}"\n-              --ibmaxdivn="${refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.bmaxdivn}"\n-              --idcv="${refGenomeSource.indexParams.autoBehavior.dcv}"\n-            #end if\n-            --inodc="${refGenomeSource.indexParams.nodc}"\n-            --inoref="${refGenomeSource.indexParams.noref}"\n-            --ioffrate="${refGenomeSource.indexParams.offrate}"\n-            --iftab="${refGenomeSource.indexParams.ftab}"\n-            --intoa="${refGenomeSource.indexParams.ntoa}"\n-            --iendian="${refGenomeSource.indexParams.endian}"\n-            --iseed="${refGenomeSource.indexParams.seed}"\n-          #end if\n-        #end if\n-      #else\n-        ##use pre-built index\n-        --ref="${refGenomeSource.index.fields.path}"\n-      #end if\n-      --paired="${singlePaired.sPaired}"\n-      #if $singlePaired.sPaired == "single":\n-      \n-      \n-      \n-      \n-      \n-        --filetype="${singlePaired.sParams.filetype}"    \n-        --outtype="${singlePaired.sParams.outtype}"\n-        \n-        \n-        \n-        --input1="${singlePaired.sInput1}"\n-        --params="${singlePaired.sParams.sSettingsType}"\n-        #if $singlePaired.sParams.sSettingsType == "full":\n-          --skip="${singlePaired.sParams.sSkip}"\n-          --alignLimit="${singlePaired.sParams.sAlignLimit}"\n-          --trimH="${singlePaired.sParams.sTrimH}"\n-          --trimL="${singlePaired.sParams.sTrimL}"\n'..b' ceiling applies. Must be at least 5. [28]\n-  --nomaqround       Suppress Maq rounding. Values are internally rounded to the nearest 10 and \n-                     saturate at 30. This options turns off that rounding. [off] \n-  -v INT             Maq- or SOAP-like alignment policy. This option turns off the default \n-                     Maq-like alignment policy in favor of a SOAP-like one. End-to-end alignments \n-                     with at most INT mismatches. [off]\n-  -I INT             Minimum insert. The minimum insert size for valid paired-end alignments. \n-                     Does checking on untrimmed reads if -5 or -3 is used. [0]\n-  -X INT             Maximum insert. The maximum insert size for valid paired-end alignments. \n-                     Does checking on untrimmed reads if -5 or -3 is used. [250]\n-  --fr               Mate orientation. The upstream/downstream mate orientations for a valid \n-                     paired-end alignment against the forward reference strand. [--fr]\n-  --rf               Mate orientation. [off]\n-  --ff               Mate orientation. [off]\n-  --pairtries INT    Maximum alignment attempts for paired-end data. [100] \n-  --nofw             No forward aligning. Choosing this option means that Bowtie will not attempt \n-                     to align against the forward reference strand. [off]\n-  --norc             No reverse-complement aligning. Setting this will mean that Bowtie will not \n-                     attempt to align against the reverse-complement reference strand. [off]\n-  --un FILENAME      Write all reads that could not be aligned to file [off]\n-  --max FILENAME     Write all reads with a number of valid alignments exceeding the limit\n-                     set with the -m option to file [off]\n-  --maxbts INT       Maximum backtracks. The maximum number of backtracks permitted when aligning \n-                     a read in -n 2 or -n 3 mode. [125 without --best] [800 with --best]\n-  -y                 Try hard. Try as hard as possible to find valid alignments when they exist, \n-                     including paired-end alignments. [off]\n-  --chunkmbs INT     Thread memory. The number of megabytes of memory a given thread is given to \n-                     store path descriptors in --best mode. [32]\n-  -k INT             Valid alignments. The number of valid alignments per read or pair. [off] \n-  -a                 All valid alignments. Choosing this means that all valid alignments per read \n-                     or pair will be reported. [off]\n-  -m INT             Suppress alignments. Suppress all alignments for a particular read or pair \n-                     if more than INT reportable alignments exist for it. [no limit]\n-  --best             Best mode. Make Bowtie guarantee that reported singleton alignments are \n-                     "best" in terms of stratum (the number of mismatches) and quality values at \n-                     mismatched position. [off]\n-  --strata           Best strata. When running in best mode, report alignments that fall into the \n-                     best stratum if there are ones falling into more than one. [off]\n-  -o INT             Offrate override. Override the offrate of the index with INT. Some row \n-                     markings are discarded when index read into memory. INT must be greater than \n-                     the value used to build the index (default: 5). [off]\n-  --seed INT         Random seed. Use INT as the seed for the pseudo-random number generator. [off]\n-  --snpphred INT     Use INT as the SNP penalty for decoding colorspace alignments. True ratio of \n-                     SNPs per base in the subject genome. [see --snpfrac]\n-  --snpfrac DEC      Use DEC as the estimated ratio of SNPs per base when decoding colorspace \n-                     alignments. [0.001]\n-  --col-keepends     Keep the extreme-end nucleotides and qualities when decoding colorspace \n-                     alignments. [off]\n-\n-    </help>\n-</tool>\n'
b
diff -r 4901e45ab80d -r 43a534fe1cde tool_data_table_conf.xml.sample
--- a/tool_data_table_conf.xml.sample Sun Aug 07 21:59:01 2016 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
@@ -1,8 +0,0 @@
-<!-- Use the file tool_data_table_conf.xml.oldlocstyle if you don't want to update your loc files as changed in revision 4550:535d276c92bc-->
-<tables>
-    <!-- Locations of indexes in the Bowtie mapper format -->
-    <table name="bowtie_indexes" comment_char="#">
-        <columns>value, dbkey, name, path</columns>
-        <file path="tool-data/bowtie_indices.loc" />
-    </table>
-</tables>
b
diff -r 4901e45ab80d -r 43a534fe1cde tool_dependencies.xml
--- a/tool_dependencies.xml Sun Aug 07 21:59:01 2016 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
b
@@ -1,6 +0,0 @@
-<?xml version="1.0"?>
-<tool_dependency>
-    <package name="bowtie" version="0.12.7">
-        <repository changeset_revision="9f9f38617a98" name="package_bowtie_0_12_7" owner="devteam" toolshed="https://toolshed.g2.bx.psu.edu" />
-    </package>
-</tool_dependency>