Repository 'annotatemyids'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/iuc/annotatemyids

Changeset 9:44018dd6b447 (2020-11-23)
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Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/annotatemyids commit b71c1516972f1a9f869428c474aca5a42d08bb36"
modified:
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b
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[
@@ -1,11 +1,11 @@
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+<tool id="annotatemyids" name="annotateMyIDs" version="3.12.0">
     <description>annotate a generic set of identifiers</description>
     <requirements>
-        <requirement type="package" version="3.7.0">bioconductor-org.hs.eg.db</requirement>
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     </requirements>
     <version_command><![CDATA[
 echo $(R --version | grep version | grep -v GNU)", org.Hs.eg.db version" $(R --vanilla --slave -e "library(org.Hs.eg.db); cat(sessionInfo()\$otherPkgs\$org.Hs.eg.db\$Version)" 2> /dev/null | grep -v -i "WARNING: ")", org.Dr.eg.db version" $(R --vanilla --slave -e "library(org.Dr.eg.db); cat(sessionInfo()\$otherPkgs\$org.Dr.eg.db\$Version)" 2> /dev/null | grep -v -i "WARNING: ")", org.Dm.eg.db version" $(R --vanilla --slave -e "library(org.Dm.eg.db); cat(sessionInfo()\$otherPkgs\$org.Dm.eg.db\$Version)" 2> /dev/null | grep -v -i "WARNING: ")", org.Mm.eg.db version" $(R --vanilla --slave -e "library(org.Mm.eg.db); cat(sessionInfo()\$otherPkgs\$org.Mm.eg.db\$Version)" 2> /dev/null | grep -v -i "WARNING: ")", org.Rn.eg.db version" $(R --vanilla --slave -e "library(org.Rn.eg.db); cat(sessionInfo()\$otherPkgs\$org.Rn.eg.db\$Version)" 2> /dev/null | grep -v -i "WARNING: ")
b
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b
@@ -2,8 +2,8 @@
 ESR1 ENSG00000091831 2099 estrogen receptor 1
 PGR ENSG00000082175 5241 progesterone receptor
 ERBB2 ENSG00000141736 2064 erb-b2 receptor tyrosine kinase 2
-BRCA1 ENSG00000012048 672 BRCA1, DNA repair associated
-BRCA2 ENSG00000139618 675 BRCA2, DNA repair associated
+BRCA1 ENSG00000012048 672 BRCA1 DNA repair associated
+BRCA2 ENSG00000139618 675 BRCA2 DNA repair associated
 FOXA1 ENSG00000129514 3169 forkhead box A1
 PTEN ENSG00000171862 5728 phosphatase and tensin homolog
 PTEN ENSG00000284792 5728 phosphatase and tensin homolog
b
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b
@@ -2,8 +2,8 @@
 ENSG00000091831 2099 ESR1 estrogen receptor 1
 ENSG00000082175 5241 PGR progesterone receptor
 ENSG00000141736 2064 ERBB2 erb-b2 receptor tyrosine kinase 2
-ENSG00000012048 672 BRCA1 BRCA1, DNA repair associated
-ENSG00000139618 675 BRCA2 BRCA2, DNA repair associated
+ENSG00000012048 672 BRCA1 BRCA1 DNA repair associated
+ENSG00000139618 675 BRCA2 BRCA2 DNA repair associated
 ENSG00000129514 3169 FOXA1 forkhead box A1
 ENSG00000171862 5728 PTEN phosphatase and tensin homolog
 ENSG00000141510 7157 TP53 tumor protein p53
b
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--- a/test-data/out_gokegg.tab Fri Jun 12 15:06:01 2020 -0400
+++ b/test-data/out_gokegg.tab Mon Nov 23 01:03:37 2020 +0000
b
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