Repository 'dbbuilder'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/galaxyp/dbbuilder

Changeset 0:487f80fb99ae (2012-12-19)
Next changeset 1:abbd37e8bd14 (2012-12-19)
Commit message:
Uploaded
added:
LICENSE
README.md
README_GALAXYP.md
README_REPO.md
dbbuilder.xml
update.sh
b
diff -r 000000000000 -r 487f80fb99ae LICENSE
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/LICENSE Wed Dec 19 00:05:32 2012 -0500
[
b'@@ -0,0 +1,202 @@\n+\n+                                 Apache License\n+                           Version 2.0, January 2004\n+                        http://www.apache.org/licenses/\n+\n+   TERMS AND CONDITIONS FOR USE, REPRODUCTION, AND DISTRIBUTION\n+\n+   1. Definitions.\n+\n+      "License" shall mean the terms and conditions for use, reproduction,\n+      and distribution as defined by Sections 1 through 9 of this document.\n+\n+      "Licensor" shall mean the copyright owner or entity authorized by\n+      the copyright owner that is granting the License.\n+\n+      "Legal Entity" shall mean the union of the acting entity and all\n+      other entities that control, are controlled by, or are under common\n+      control with that entity. For the purposes of this definition,\n+      "control" means (i) the power, direct or indirect, to cause the\n+      direction or management of such entity, whether by contract or\n+      otherwise, or (ii) ownership of fifty percent (50%) or more of the\n+      outstanding shares, or (iii) beneficial ownership of such entity.\n+\n+      "You" (or "Your") shall mean an individual or Legal Entity\n+      exercising permissions granted by this License.\n+\n+      "Source" form shall mean the preferred form for making modifications,\n+      including but not limited to software source code, documentation\n+      source, and configuration files.\n+\n+      "Object" form shall mean any form resulting from mechanical\n+      transformation or translation of a Source form, including but\n+      not limited to compiled object code, generated documentation,\n+      and conversions to other media types.\n+\n+      "Work" shall mean the work of authorship, whether in Source or\n+      Object form, made available under the License, as indicated by a\n+      copyright notice that is included in or attached to the work\n+      (an example is provided in the Appendix below).\n+\n+      "Derivative Works" shall mean any work, whether in Source or Object\n+      form, that is based on (or derived from) the Work and for which the\n+      editorial revisions, annotations, elaborations, or other modifications\n+      represent, as a whole, an original work of authorship. For the purposes\n+      of this License, Derivative Works shall not include works that remain\n+      separable from, or merely link (or bind by name) to the interfaces of,\n+      the Work and Derivative Works thereof.\n+\n+      "Contribution" shall mean any work of authorship, including\n+      the original version of the Work and any modifications or additions\n+      to that Work or Derivative Works thereof, that is intentionally\n+      submitted to Licensor for inclusion in the Work by the copyright owner\n+      or by an individual or Legal Entity authorized to submit on behalf of\n+      the copyright owner. For the purposes of this definition, "submitted"\n+      means any form of electronic, verbal, or written communication sent\n+      to the Licensor or its representatives, including but not limited to\n+      communication on electronic mailing lists, source code control systems,\n+      and issue tracking systems that are managed by, or on behalf of, the\n+      Licensor for the purpose of discussing and improving the Work, but\n+      excluding communication that is conspicuously marked or otherwise\n+      designated in writing by the copyright owner as "Not a Contribution."\n+\n+      "Contributor" shall mean Licensor and any individual or Legal Entity\n+      on behalf of whom a Contribution has been received by Licensor and\n+      subsequently incorporated within the Work.\n+\n+   2. Grant of Copyright License. Subject to the terms and conditions of\n+      this License, each Contributor hereby grants to You a perpetual,\n+      worldwide, non-exclusive, no-charge, royalty-free, irrevocable\n+      copyright license to reproduce, prepare Derivative Works of,\n+      publicly display, publicly perform, sublicense, and distribute the\n+      Work and such Derivative Works in Source or Obj'..b'r shall be under the terms and conditions of\n+      this License, without any additional terms or conditions.\n+      Notwithstanding the above, nothing herein shall supersede or modify\n+      the terms of any separate license agreement you may have executed\n+      with Licensor regarding such Contributions.\n+\n+   6. Trademarks. This License does not grant permission to use the trade\n+      names, trademarks, service marks, or product names of the Licensor,\n+      except as required for reasonable and customary use in describing the\n+      origin of the Work and reproducing the content of the NOTICE file.\n+\n+   7. Disclaimer of Warranty. Unless required by applicable law or\n+      agreed to in writing, Licensor provides the Work (and each\n+      Contributor provides its Contributions) on an "AS IS" BASIS,\n+      WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or\n+      implied, including, without limitation, any warranties or conditions\n+      of TITLE, NON-INFRINGEMENT, MERCHANTABILITY, or FITNESS FOR A\n+      PARTICULAR PURPOSE. You are solely responsible for determining the\n+      appropriateness of using or redistributing the Work and assume any\n+      risks associated with Your exercise of permissions under this License.\n+\n+   8. Limitation of Liability. In no event and under no legal theory,\n+      whether in tort (including negligence), contract, or otherwise,\n+      unless required by applicable law (such as deliberate and grossly\n+      negligent acts) or agreed to in writing, shall any Contributor be\n+      liable to You for damages, including any direct, indirect, special,\n+      incidental, or consequential damages of any character arising as a\n+      result of this License or out of the use or inability to use the\n+      Work (including but not limited to damages for loss of goodwill,\n+      work stoppage, computer failure or malfunction, or any and all\n+      other commercial damages or losses), even if such Contributor\n+      has been advised of the possibility of such damages.\n+\n+   9. Accepting Warranty or Additional Liability. While redistributing\n+      the Work or Derivative Works thereof, You may choose to offer,\n+      and charge a fee for, acceptance of support, warranty, indemnity,\n+      or other liability obligations and/or rights consistent with this\n+      License. However, in accepting such obligations, You may act only\n+      on Your own behalf and on Your sole responsibility, not on behalf\n+      of any other Contributor, and only if You agree to indemnify,\n+      defend, and hold each Contributor harmless for any liability\n+      incurred by, or claims asserted against, such Contributor by reason\n+      of your accepting any such warranty or additional liability.\n+\n+   END OF TERMS AND CONDITIONS\n+\n+   APPENDIX: How to apply the Apache License to your work.\n+\n+      To apply the Apache License to your work, attach the following\n+      boilerplate notice, with the fields enclosed by brackets "[]"\n+      replaced with your own identifying information. (Don\'t include\n+      the brackets!)  The text should be enclosed in the appropriate\n+      comment syntax for the file format. We also recommend that a\n+      file or class name and description of purpose be included on the\n+      same "printed page" as the copyright notice for easier\n+      identification within third-party archives.\n+\n+   Copyright [yyyy] [name of copyright owner]\n+\n+   Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");\n+   you may not use this file except in compliance with the License.\n+   You may obtain a copy of the License at\n+\n+       http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0\n+\n+   Unless required by applicable law or agreed to in writing, software\n+   distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,\n+   WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.\n+   See the License for the specific language governing permissions and\n+   limitations under the License.\n'
b
diff -r 000000000000 -r 487f80fb99ae README.md
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README.md Wed Dec 19 00:05:32 2012 -0500
b
@@ -0,0 +1,26 @@
+# Protein Database Downloader
+
+This tool allows users to download protein databases from common
+sources. This tool has no external dependencies beyond wget.
+# Obtaining Tools
+
+Repositories for all Galaxy-P tools can be found at
+https:/bitbucket.org/galaxyp/.
+
+# Contact
+
+Please send suggestions for improvements and bug reports to
+jmchilton@gmail.com.
+
+# License
+
+All Galaxy-P tools are licensed under the Apache License Version 2.0
+unless otherwise documented.
+
+# Tool Versioning
+
+Galaxy-P tools will have versions of the form X.Y.Z. Versions
+differing only after the second decimal should be completely
+compatible with each other. Breaking changes should result in an
+increment of the number before and/or after the first decimal. All
+tools of version less than 1.0.0 should be considered beta.
b
diff -r 000000000000 -r 487f80fb99ae README_GALAXYP.md
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README_GALAXYP.md Wed Dec 19 00:05:32 2012 -0500
b
@@ -0,0 +1,22 @@
+# Obtaining Tools
+
+Repositories for all Galaxy-P tools can be found at
+https:/bitbucket.org/galaxyp/.
+
+# Contact
+
+Please send suggestions for improvements and bug reports to
+jmchilton@gmail.com.
+
+# License
+
+All Galaxy-P tools are licensed under the Apache License Version 2.0
+unless otherwise documented.
+
+# Tool Versioning
+
+Galaxy-P tools will have versions of the form X.Y.Z. Versions
+differing only after the second decimal should be completely
+compatible with each other. Breaking changes should result in an
+increment of the number before and/or after the first decimal. All
+tools of version less than 1.0.0 should be considered beta.
b
diff -r 000000000000 -r 487f80fb99ae README_REPO.md
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/README_REPO.md Wed Dec 19 00:05:32 2012 -0500
b
@@ -0,0 +1,4 @@
+# Protein Database Downloader
+
+This tool allows users to download protein databases from common
+sources. This tool has no external dependencies beyond wget.
b
diff -r 000000000000 -r 487f80fb99ae dbbuilder.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/dbbuilder.xml Wed Dec 19 00:05:32 2012 -0500
b
@@ -0,0 +1,46 @@
+<tool id="dbbuilder" version="0.1.0" name="Protein Database Downloader">
+  <description>
+  </description>
+  <requirements>
+    <requirement type="binary">wget</requirement>    
+  </requirements>  
+  <stdio>
+    <exit_code range="1:"  level="fatal"   description="Error computing FDR" />
+  </stdio>
+  <command>
+    #if $source.from == "uniprot"
+    #set $url = "http://www.uniprot.org/uniprot/?query=taxonomy%3a%22" + str($source.taxon) + "%22+keyword%3a1185&amp;force=yes&amp;format=fasta" + str($source.include_isoform)
+    #elif $source.from == "cRAP"
+    #set $url = "ftp://ftp.thegpm.org/fasta/cRAP/crap.fasta"
+    #end if
+    wget -nv '$url' -O '${output_database}'
+  </command>
+  <inputs>
+    <conditional name="source">
+      <param name="from" type="select" label="Download from">
+        <option value="uniprot">UniProtKB</option>
+        <option value="cRAP">cRAP (contaminants)</option>
+      </param>
+      <when value="uniprot">
+        <param name="taxon" type="select" format="text" >
+          <label>Taxonomy</label>
+          <options from_file="uniprot_taxons.loc">
+            <column name="name" index="0" />
+            <column name="value" index="1" />
+          </options>
+        </param>
+        <param name="include_isoform" type="boolean" truevalue="&amp;include=yes" falsevalue="" label="Include isoform data" />
+      </when>
+    </conditional>
+  </inputs>
+  <outputs>
+    <data format="fasta" name="output_database" label="Protein Database" />
+  </outputs>
+  <help>
+**Output**
+
+A FASTA file containing the specified protein sequences.
+
+  </help>
+</tool>
+
b
diff -r 000000000000 -r 487f80fb99ae update.sh
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/update.sh Wed Dec 19 00:05:32 2012 -0500
[
@@ -0,0 +1,35 @@
+#!/bin/bash
+
+LICENSE_FILE=LICENSE
+# Ensure repository contains license file.
+if [ ! -e "$LICENSE_FILE" ];
+then
+    wget http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0.txt -O "$LICENSE_FILE"
+fi
+
+# Run repository specific update actions.
+if [ -f update_repo.sh ];
+then
+    ./update_repo.sh
+fi
+
+wget https://raw.github.com/gist/3749747/README_GALAXYP.md -O README_GALAXYP.md
+
+# Create repository README
+if [ ! -e README_REPO.md ];
+then
+    echo "TODO: Document this tool repository." > README_REPO.md
+fi
+cat README_REPO.md README_GALAXYP.md > README.md
+
+
+# If version file exists, update all tools to this version
+VERSION_FILE=version
+if [ -e "$VERSION_FILE" ];
+then
+    VERSION=`cat $VERSION_FILE`
+    
+    # Replace tool version in each tool XML file   `
+    find -iname "*xml" -exec sed -i'' -e '0,/version="\(.\+\)"/s/version="\(.\+\)"/version="'$VERSION'"/1g' {} \;
+
+fi