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@@ -0,0 +1,37 @@ +<tool id="gfa_to_fa" name="GFA to FASTA" version="0.1.0"> + <description>Convert Graphical Fragment Assembly files to FASTA format </description> + <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[ +cat '$in_gfa' | python '$convert' > '$out_fa' + ]]></command> + <configfiles> + <configfile name="convert"><![CDATA[ +from __future__ import print_function +import sys +for line in sys.stdin: + if line.startswith("S"): + l,h,s,x = line.strip().split() + print(">" + h) + print(s) + ]]></configfile> + </configfiles> + <inputs> + <param name="in_gfa" type="data" format="tabular" label="Input GFA file" /> + </inputs> + <outputs> + <data name="out_fa" format="fasta" label="${tool.name} on ${on_string}: Fasta file" /> + </outputs> + <tests> + <test> + <param name="in_gfa" value="test.gfa"/> + <output name="out_fa" file="out.fa"/> + </test> + </tests> + <help><![CDATA[ +This tool converts a GFA file (Graphical Fragment Assembly) to a FASTA file. The second column from the GFA file is used as the sequence header. + +More information about the GFA file format can be found here_ + +.. _here: http://gfa-spec.github.io/GFA-spec/GFA1.html + ]]></help> +</tool> + |
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