Repository 'cactus_export'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/galaxy-australia/cactus_export

Changeset 1:4a60927aaca5 (2022-06-22)
Previous changeset 0:c18157c68134 (2022-04-04) Next changeset 2:2e093badc689 (2022-09-13)
Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/usegalaxy-au/tools-au commit b88790af695dae9aff51232d799f5d8786881bbd"
modified:
macros.xml
added:
job_output/evolverMammals_both.maf
job_output/evolverMammals_noroot.maf
job_output/hal2maf.maf
job_output/set_reference.maf
b
diff -r c18157c68134 -r 4a60927aaca5 job_output/evolverMammals_both.maf
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/job_output/evolverMammals_both.maf Wed Jun 22 00:56:44 2022 +0000
b
b'@@ -0,0 +1,238809 @@\n+##maf version=1 scoring=N/A\n+# hal ((simHuman_chr6:0.144018,(simMouse_chr6:0.084509,simRat_chr6:0.091589)mr:0.271974)Anc1:0.020593,(simCow_chr6:0.18908,simDog_chr6:0.16303)Anc2:0.032898)Anc0;\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t0\t4\t+\t636262\tTTTT\n+s\tAnc0.Anc0refChr9\t0\t4\t-\t35212\tTCTT\n+s\tAnc1.Anc1refChr0\t0\t4\t+\t16026\tTCTT\n+s\tAnc2.Anc2refChr0\t0\t4\t+\t56053\tTCTT\n+s\tmr.mrrefChr0\t0\t4\t+\t130230\tTTTT\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t0\t4\t+\t602619\tTCTT\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t0\t4\t+\t593897\tTCTT\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t0\t4\t+\t601863\tTCTT\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t0\t4\t+\t647215\tTTTT\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t4\t33\t+\t636262\tTCAGTTGCAATACCCAACCGGGAGAAACTTTCA\n+s\tAnc0.Anc0refChr9\t4\t33\t-\t35212\tTCTGGTGCAATACCCAATCTGTAGACAGTTTCA\n+s\tAnc1.Anc1refChr0\t4\t33\t+\t16026\tTCTGGTGCAATACCCAATCTGTAGACAGTTTCA\n+s\tAnc2.Anc2refChr0\t4\t33\t+\t56053\tTCTGGTGCACTACCCAATCTGTAGACAGTCTCA\n+s\tmr.mrrefChr0\t5\t33\t+\t130230\tTCAGTTGCAATACCCAACCTGGAGACACTTTCA\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t4\t33\t+\t602619\tTCTGGTGCGCGACCCAATCTGTAGACGGACTTA\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t5\t33\t+\t593897\tTCTGGTGCACTACCCAATCTGTAGACAGTCTCA\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t4\t33\t+\t601863\tTCTGGTGCAATAGCCAATCTGCAAACAGTTTCA\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t5\t31\t+\t647215\t--GGCTGCAATACCCAACCTGAAGACATTTTCA\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t37\t60\t+\t636262\tGTGAGCACACCTCAGGTTCCTATATCAAGCAGGCAGTCTTGCATAGCAAATGGTCTCTGG\n+s\tAnc0.Anc0refChr9\t39\t43\t-\t35212\tATGAGCACACCTTATGTGACTATATCAAGCA-----------------CATAGTCTTGCA\n+s\tAnc1.Anc1refChr0\t39\t60\t+\t16026\tATGAGCACACCTTATGTGACTATATCAAGCATACAGTCTTGCCTAGCACATAGTCTTGCA\n+s\tAnc2.Anc2refChr0\t39\t43\t+\t56053\tATGAGCACACCTTATGTGACTATATCAAGCA-----------------CATAGTCTTGCA\n+s\tmr.mrrefChr0\t38\t60\t+\t130230\tGTGAGCACACCTCAGGTTCCTATATCAAGCAGACAGTCTTGCATAGCAAATGGTCTCTGA\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t39\t43\t+\t602619\tCTGAGCACACCTTATGTGATTATATCAAGCA-----------------GATAGTCTTGCA\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t40\t41\t+\t593897\tAT--ACAAACCTTATGTGACTATATCAAGCA-----------------CATGGTCTTGCA\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t39\t58\t+\t601863\tATGAGCACACCTTATATGAC--TATCAAGCATACAGTCTTGCCTAGCACACAATCTTGCA\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t36\t60\t+\t647215\tGTGGGCCCACCTCAGGTTCTTATATCAAGCAGACAGTCTTGCGCAACAGATGGTCTCTGA\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t97\t41\t+\t636262\tTAGACGGTGCACTCAATCTATGTGAGGTATAGAAAATAAAG\n+s\tAnc0.Anc0refChr9\t82\t41\t-\t35212\tTAGATTGTGCAATCACTCTATCTGAGAGTCAGAGACCAAAG\n+s\tAnc1.Anc1refChr0\t99\t41\t+\t16026\tTAGATTGTGCAATCACTCTATCTGAGAGTCAGAGACCAAAG\n+s\tAnc2.Anc2refChr0\t82\t41\t+\t56053\tTAGATTGTGCAATGACTCTATCCAAGAGTCAGAGACCAGAG\n+s\tmr.mrrefChr0\t98\t41\t+\t130230\tTAGACGGTGCACTCAATCTATGTGAGGGATAGAAAACAAAG\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t82\t41\t+\t602619\tTTGATTGTGCAATGACTCTATCCAAGAGTCAAAGACCAGAG\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t81\t41\t+\t593897\tTAGATTGTGCAATGACTCTATCCAAGAGTCAGAGGCTGGAG\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t98\t41\t+\t601863\tTAGATTGTACAATCTCTCGTTCTGGGAGTCAGAGACCAAAG\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t96\t41\t+\t647215\tTAGACAGTGCACTCAATCTATGTGAAGGATAGAAAACAAAG\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t138\t39\t+\t636262\tGACTACACACATCTCATCAAGTATCCCGTCATATTTGTG\n+s\tAnc0.Anc0refChr9\t127\t37\t-\t35212\tTACT--GCATAGTTCATCGAGTATCCTGGAGTCTTGGTC\n+s\tAnc1.Anc1refChr0\t144\t37\t+\t16026\tTACT--GCATAGTTCATCGAGTATCCTGGAGTCTTGGTC\n+s\tAnc2.Anc2refChr0\t127\t37\t+\t56053\tTACT--GCATAGTTCATTGAGAATCCTGGAGTCTTGGTC\n+s\tmr.mrrefChr0\t139\t37\t+\t130230\tGACT--ACACATCTCATCAAGTATCCTGTCGTATTTGTG\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t126\t36\t+\t602619\tTACG--GCATAGTTTATTG-GAATCCTGGAGTATGGGTC\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t126\t37\t+\t593897\tTATT--ACATAGTTCTCTGAGAATCCTGGAGTCTTTATC\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t143\t37\t+\t601863\tTACT--GTGTGGTTGATCGGGTATCCTGGAGTGTTGGTA\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t137\t37\t+\t647215\tGACT--ACTCATCTCATCAAGTATCCTGTCGTATTTGTG\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t177\t9\t+\t636262\tGCAAAACAC\n+s\tAnc0.Anc0refChr9\t175\t9\t-\t35212\tGCAAAGCGC\n+s\tAnc1.Anc1refChr0\t192\t9\t+\t16026\tGCAAAGCGC\n+s\tAnc2.Anc2refChr0\t175\t9\t+\t56053\tGCAAAGCGC\n+s\tmr.mrrefChr0\t187\t9\t+\t130230\tGCAAAACAC\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t173\t9\t+\t602619\tGCAAAGCAC\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t174\t9\t+\t593897\tGCAAAGCGC\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t191\t4\t+\t601863\tA'..b'r6\t593734\t7\t+\t593897\tCCATGGA-----------\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t601703\t7\t+\t601863\tCCAGCCA-----------\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t1101\t7\t-\t647215\tTGTGCCA-----------\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t636055\t35\t+\t636262\tATGAACCACTCAAGAACATTATGAGCGTTATAGGG\n+s\tAnc0.Anc0refChr2\t17835\t35\t+\t17989\tATCAACTGCTCGGGAAGATCATCAGCCTCATATGG\n+s\tAnc1.Anc1refChr1\t69613\t35\t+\t69767\tATCAACTGCTCGGGAAGATCATCAGCCTCATATGG\n+s\tAnc2.Anc2refChr1\t142833\t35\t+\t142988\tATCAACTGCTCGGGAAGATCATCAGTCTCATATGG\n+s\tmr.mrrefChr1\t492\t35\t+\t670\tATGAACCACTCAAGAACATTATGAGCCTTATAGGG\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t602467\t34\t+\t602619\tACCAACTGCTCTGGAAGA-TAGCAGTCTCATTTGG\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t593741\t34\t+\t593897\tATCAACTGCCCGGGAAGACCATCAG-CTTGTATTG\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t601710\t35\t+\t601863\tATCAACTGGTCCTGAAGATCATCAGCCTCATGTGG\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t647041\t35\t+\t647215\tCAGTACCACTCAAGAACATTATGAGCCTTATAAGG\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t636090\t62\t+\t636262\tACAACATATTATTAACCTCATGGAGACATTGTGGCGACATTGCCAAAGATAGAGATATTGCC\n+s\tAnc0.Anc0refChr2\t17870\t8\t+\t17989\tATAA------------------------------------------------------TGCC\n+s\tAnc1.Anc1refChr1\t69648\t8\t+\t69767\tATAA------------------------------------------------------TGCC\n+s\tAnc2.Anc2refChr1\t142868\t8\t+\t142988\tATAT------------------------------------------------------TGCC\n+s\tmr.mrrefChr1\t527\t33\t+\t670\tACAACATATTATTAACCTCATGGAGAC-----------------------------ATTGCC\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t602502\t8\t+\t602619\tACAG------------------------------------------------------TGCC\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t593775\t8\t+\t593897\tATGT------------------------------------------------------TGCC\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t601745\t8\t+\t601863\tATAA------------------------------------------------------TGCC\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t647076\t33\t+\t647215\tACAACACATTGTTAGCCTCATGGAGAC-----------------------------ATTGCC\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t636152\t23\t+\t636262\tAAAGATATATTGAATACTGTTAT\n+s\tAnc0.Anc0refChr2\t17878\t21\t+\t17989\tAAAGATG--ATAAGAACTGTTGT\n+s\tAnc1.Anc1refChr1\t69656\t21\t+\t69767\tAAAGATG--ATAAGAACTGTTGT\n+s\tAnc2.Anc2refChr1\t142877\t21\t+\t142988\tAAAGATC--ATAAGAACTGTTGT\n+s\tmr.mrrefChr1\t560\t23\t+\t670\tAAAGATGTATTAAATACTGTTAT\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t602511\t20\t+\t602619\tAA-GATC--TCAAGAACTGTTGT\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t593786\t21\t+\t593897\tAAAATTC--ATAAGAACTGTTGT\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t601753\t21\t+\t601863\tAAAGATG--ATAAGCATTGTTGT\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t647109\t23\t+\t647215\tAAAGATGTATTAAATACTGTTAT\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t636175\t19\t+\t636262\tCCCATGTTATATTCACAAA\n+s\tAnc0.Anc0refChr2\t17901\t19\t+\t17989\tCCCATGTTATATTTAAAAA\n+s\tAnc1.Anc1refChr1\t69679\t19\t+\t69767\tCCCATGTTATATTTAAAAA\n+s\tAnc2.Anc2refChr1\t142900\t19\t+\t142988\tCCCATGTTATATTTAAGAG\n+s\tmr.mrrefChr1\t583\t19\t+\t670\tCCCATGTTATATTCACAAA\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t602533\t19\t+\t602619\tCCCCTGTTATATTTATGAG\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t593809\t19\t+\t593897\tTCCATGTTAGATTCAAGAG\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t601776\t19\t+\t601863\tCCCATGTTATATGTAAAAA\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t647132\t19\t+\t647215\tCCCATGTTATATTCACAAA\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t636194\t68\t+\t636262\tCAACTCTCATCCCAACGAATGCTTTGCACACATTAAGACTCACAAATTGAAGACACTGTTGTGAGAAT\n+s\tAnc0.Anc0refChr2\t17921\t68\t+\t17989\tTAACTCTCACCCCAGCAAATGCTTTGTGCATATTGAGACCAACTCATTGAAGACACTGTTATGAGAAT\n+s\tAnc1.Anc1refChr1\t69699\t68\t+\t69767\tTAACTCTCACCCCAGCAAATGCTTTGTGCATATTGAGACCAACTCATTGAAGACACTGTTATGAGAAT\n+s\tAnc2.Anc2refChr1\t142920\t68\t+\t142988\tTAACTCTCACCCCAGCAAATGCTTTGTGTATATTGAGACCAACTCATTGAAGACACTGTTATGAGAAT\n+s\tmr.mrrefChr1\t602\t68\t+\t670\tCAACTCTCATCCCAACAAATGCTTTGTACACATTAAGACTCACAAATTGAAGACACTGTTGTGAGAAT\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t602553\t66\t+\t602619\tAAACCCTCACCCCAGCAAATGCTTTGTGTGC--TGAGACTCACTCATTGAAGACACTGTTATGAAAAT\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t593829\t68\t+\t593897\tTCACTCTCACCCCAGCACATACTTTGTGTATATTGAGACCAACACATTGAAGACACTGCTATGAGAAT\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t601796\t67\t+\t601863\tTAGCTCCCAGCCCAGCAAAAGTTTTGTGCAT-TTGAGACCAGCTCACTGAAGACACCATTATGAGAAT\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t647151\t64\t+\t647215\tCAAC-CTCATCCCAACAAATGCTTTGTACACATTAAGACTTACA---TAAAGACATTGTTGTGAGAAT\n+\n'
b
diff -r c18157c68134 -r 4a60927aaca5 job_output/evolverMammals_noroot.maf
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/job_output/evolverMammals_noroot.maf Wed Jun 22 00:56:44 2022 +0000
b
b'@@ -0,0 +1,238809 @@\n+##maf version=1 scoring=N/A\n+# hal ((simHuman_chr6:0.144018,(simMouse_chr6:0.084509,simRat_chr6:0.091589)mr:0.271974)Anc1:0.020593,(simCow_chr6:0.18908,simDog_chr6:0.16303)Anc2:0.032898)Anc0;\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t0\t4\t+\t636262\tTTTT\n+s\tAnc0.Anc0refChr9\t0\t4\t-\t35212\tTCTT\n+s\tAnc1.Anc1refChr0\t0\t4\t+\t16026\tTCTT\n+s\tAnc2.Anc2refChr0\t0\t4\t+\t56053\tTCTT\n+s\tmr.mrrefChr0\t0\t4\t+\t130230\tTTTT\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t0\t4\t+\t602619\tTCTT\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t0\t4\t+\t593897\tTCTT\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t0\t4\t+\t601863\tTCTT\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t0\t4\t+\t647215\tTTTT\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t4\t33\t+\t636262\tTCAGTTGCAATACCCAACCGGGAGAAACTTTCA\n+s\tAnc0.Anc0refChr9\t4\t33\t-\t35212\tTCTGGTGCAATACCCAATCTGTAGACAGTTTCA\n+s\tAnc1.Anc1refChr0\t4\t33\t+\t16026\tTCTGGTGCAATACCCAATCTGTAGACAGTTTCA\n+s\tAnc2.Anc2refChr0\t4\t33\t+\t56053\tTCTGGTGCACTACCCAATCTGTAGACAGTCTCA\n+s\tmr.mrrefChr0\t5\t33\t+\t130230\tTCAGTTGCAATACCCAACCTGGAGACACTTTCA\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t4\t33\t+\t602619\tTCTGGTGCGCGACCCAATCTGTAGACGGACTTA\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t5\t33\t+\t593897\tTCTGGTGCACTACCCAATCTGTAGACAGTCTCA\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t4\t33\t+\t601863\tTCTGGTGCAATAGCCAATCTGCAAACAGTTTCA\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t5\t31\t+\t647215\t--GGCTGCAATACCCAACCTGAAGACATTTTCA\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t37\t60\t+\t636262\tGTGAGCACACCTCAGGTTCCTATATCAAGCAGGCAGTCTTGCATAGCAAATGGTCTCTGG\n+s\tAnc0.Anc0refChr9\t39\t43\t-\t35212\tATGAGCACACCTTATGTGACTATATCAAGCA-----------------CATAGTCTTGCA\n+s\tAnc1.Anc1refChr0\t39\t60\t+\t16026\tATGAGCACACCTTATGTGACTATATCAAGCATACAGTCTTGCCTAGCACATAGTCTTGCA\n+s\tAnc2.Anc2refChr0\t39\t43\t+\t56053\tATGAGCACACCTTATGTGACTATATCAAGCA-----------------CATAGTCTTGCA\n+s\tmr.mrrefChr0\t38\t60\t+\t130230\tGTGAGCACACCTCAGGTTCCTATATCAAGCAGACAGTCTTGCATAGCAAATGGTCTCTGA\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t39\t43\t+\t602619\tCTGAGCACACCTTATGTGATTATATCAAGCA-----------------GATAGTCTTGCA\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t40\t41\t+\t593897\tAT--ACAAACCTTATGTGACTATATCAAGCA-----------------CATGGTCTTGCA\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t39\t58\t+\t601863\tATGAGCACACCTTATATGAC--TATCAAGCATACAGTCTTGCCTAGCACACAATCTTGCA\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t36\t60\t+\t647215\tGTGGGCCCACCTCAGGTTCTTATATCAAGCAGACAGTCTTGCGCAACAGATGGTCTCTGA\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t97\t41\t+\t636262\tTAGACGGTGCACTCAATCTATGTGAGGTATAGAAAATAAAG\n+s\tAnc0.Anc0refChr9\t82\t41\t-\t35212\tTAGATTGTGCAATCACTCTATCTGAGAGTCAGAGACCAAAG\n+s\tAnc1.Anc1refChr0\t99\t41\t+\t16026\tTAGATTGTGCAATCACTCTATCTGAGAGTCAGAGACCAAAG\n+s\tAnc2.Anc2refChr0\t82\t41\t+\t56053\tTAGATTGTGCAATGACTCTATCCAAGAGTCAGAGACCAGAG\n+s\tmr.mrrefChr0\t98\t41\t+\t130230\tTAGACGGTGCACTCAATCTATGTGAGGGATAGAAAACAAAG\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t82\t41\t+\t602619\tTTGATTGTGCAATGACTCTATCCAAGAGTCAAAGACCAGAG\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t81\t41\t+\t593897\tTAGATTGTGCAATGACTCTATCCAAGAGTCAGAGGCTGGAG\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t98\t41\t+\t601863\tTAGATTGTACAATCTCTCGTTCTGGGAGTCAGAGACCAAAG\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t96\t41\t+\t647215\tTAGACAGTGCACTCAATCTATGTGAAGGATAGAAAACAAAG\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t138\t39\t+\t636262\tGACTACACACATCTCATCAAGTATCCCGTCATATTTGTG\n+s\tAnc0.Anc0refChr9\t127\t37\t-\t35212\tTACT--GCATAGTTCATCGAGTATCCTGGAGTCTTGGTC\n+s\tAnc1.Anc1refChr0\t144\t37\t+\t16026\tTACT--GCATAGTTCATCGAGTATCCTGGAGTCTTGGTC\n+s\tAnc2.Anc2refChr0\t127\t37\t+\t56053\tTACT--GCATAGTTCATTGAGAATCCTGGAGTCTTGGTC\n+s\tmr.mrrefChr0\t139\t37\t+\t130230\tGACT--ACACATCTCATCAAGTATCCTGTCGTATTTGTG\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t126\t36\t+\t602619\tTACG--GCATAGTTTATTG-GAATCCTGGAGTATGGGTC\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t126\t37\t+\t593897\tTATT--ACATAGTTCTCTGAGAATCCTGGAGTCTTTATC\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t143\t37\t+\t601863\tTACT--GTGTGGTTGATCGGGTATCCTGGAGTGTTGGTA\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t137\t37\t+\t647215\tGACT--ACTCATCTCATCAAGTATCCTGTCGTATTTGTG\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t177\t9\t+\t636262\tGCAAAACAC\n+s\tAnc0.Anc0refChr9\t175\t9\t-\t35212\tGCAAAGCGC\n+s\tAnc1.Anc1refChr0\t192\t9\t+\t16026\tGCAAAGCGC\n+s\tAnc2.Anc2refChr0\t175\t9\t+\t56053\tGCAAAGCGC\n+s\tmr.mrrefChr0\t187\t9\t+\t130230\tGCAAAACAC\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t173\t9\t+\t602619\tGCAAAGCAC\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t174\t9\t+\t593897\tGCAAAGCGC\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t191\t4\t+\t601863\tA'..b'r6\t593734\t7\t+\t593897\tCCATGGA-----------\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t601703\t7\t+\t601863\tCCAGCCA-----------\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t1101\t7\t-\t647215\tTGTGCCA-----------\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t636055\t35\t+\t636262\tATGAACCACTCAAGAACATTATGAGCGTTATAGGG\n+s\tAnc0.Anc0refChr2\t17835\t35\t+\t17989\tATCAACTGCTCGGGAAGATCATCAGCCTCATATGG\n+s\tAnc1.Anc1refChr1\t69613\t35\t+\t69767\tATCAACTGCTCGGGAAGATCATCAGCCTCATATGG\n+s\tAnc2.Anc2refChr1\t142833\t35\t+\t142988\tATCAACTGCTCGGGAAGATCATCAGTCTCATATGG\n+s\tmr.mrrefChr1\t492\t35\t+\t670\tATGAACCACTCAAGAACATTATGAGCCTTATAGGG\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t602467\t34\t+\t602619\tACCAACTGCTCTGGAAGA-TAGCAGTCTCATTTGG\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t593741\t34\t+\t593897\tATCAACTGCCCGGGAAGACCATCAG-CTTGTATTG\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t601710\t35\t+\t601863\tATCAACTGGTCCTGAAGATCATCAGCCTCATGTGG\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t647041\t35\t+\t647215\tCAGTACCACTCAAGAACATTATGAGCCTTATAAGG\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t636090\t62\t+\t636262\tACAACATATTATTAACCTCATGGAGACATTGTGGCGACATTGCCAAAGATAGAGATATTGCC\n+s\tAnc0.Anc0refChr2\t17870\t8\t+\t17989\tATAA------------------------------------------------------TGCC\n+s\tAnc1.Anc1refChr1\t69648\t8\t+\t69767\tATAA------------------------------------------------------TGCC\n+s\tAnc2.Anc2refChr1\t142868\t8\t+\t142988\tATAT------------------------------------------------------TGCC\n+s\tmr.mrrefChr1\t527\t33\t+\t670\tACAACATATTATTAACCTCATGGAGAC-----------------------------ATTGCC\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t602502\t8\t+\t602619\tACAG------------------------------------------------------TGCC\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t593775\t8\t+\t593897\tATGT------------------------------------------------------TGCC\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t601745\t8\t+\t601863\tATAA------------------------------------------------------TGCC\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t647076\t33\t+\t647215\tACAACACATTGTTAGCCTCATGGAGAC-----------------------------ATTGCC\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t636152\t23\t+\t636262\tAAAGATATATTGAATACTGTTAT\n+s\tAnc0.Anc0refChr2\t17878\t21\t+\t17989\tAAAGATG--ATAAGAACTGTTGT\n+s\tAnc1.Anc1refChr1\t69656\t21\t+\t69767\tAAAGATG--ATAAGAACTGTTGT\n+s\tAnc2.Anc2refChr1\t142877\t21\t+\t142988\tAAAGATC--ATAAGAACTGTTGT\n+s\tmr.mrrefChr1\t560\t23\t+\t670\tAAAGATGTATTAAATACTGTTAT\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t602511\t20\t+\t602619\tAA-GATC--TCAAGAACTGTTGT\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t593786\t21\t+\t593897\tAAAATTC--ATAAGAACTGTTGT\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t601753\t21\t+\t601863\tAAAGATG--ATAAGCATTGTTGT\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t647109\t23\t+\t647215\tAAAGATGTATTAAATACTGTTAT\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t636175\t19\t+\t636262\tCCCATGTTATATTCACAAA\n+s\tAnc0.Anc0refChr2\t17901\t19\t+\t17989\tCCCATGTTATATTTAAAAA\n+s\tAnc1.Anc1refChr1\t69679\t19\t+\t69767\tCCCATGTTATATTTAAAAA\n+s\tAnc2.Anc2refChr1\t142900\t19\t+\t142988\tCCCATGTTATATTTAAGAG\n+s\tmr.mrrefChr1\t583\t19\t+\t670\tCCCATGTTATATTCACAAA\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t602533\t19\t+\t602619\tCCCCTGTTATATTTATGAG\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t593809\t19\t+\t593897\tTCCATGTTAGATTCAAGAG\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t601776\t19\t+\t601863\tCCCATGTTATATGTAAAAA\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t647132\t19\t+\t647215\tCCCATGTTATATTCACAAA\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t636194\t68\t+\t636262\tCAACTCTCATCCCAACGAATGCTTTGCACACATTAAGACTCACAAATTGAAGACACTGTTGTGAGAAT\n+s\tAnc0.Anc0refChr2\t17921\t68\t+\t17989\tTAACTCTCACCCCAGCAAATGCTTTGTGCATATTGAGACCAACTCATTGAAGACACTGTTATGAGAAT\n+s\tAnc1.Anc1refChr1\t69699\t68\t+\t69767\tTAACTCTCACCCCAGCAAATGCTTTGTGCATATTGAGACCAACTCATTGAAGACACTGTTATGAGAAT\n+s\tAnc2.Anc2refChr1\t142920\t68\t+\t142988\tTAACTCTCACCCCAGCAAATGCTTTGTGTATATTGAGACCAACTCATTGAAGACACTGTTATGAGAAT\n+s\tmr.mrrefChr1\t602\t68\t+\t670\tCAACTCTCATCCCAACAAATGCTTTGTACACATTAAGACTCACAAATTGAAGACACTGTTGTGAGAAT\n+s\tsimCow_chr6.simCow.chr6\t602553\t66\t+\t602619\tAAACCCTCACCCCAGCAAATGCTTTGTGTGC--TGAGACTCACTCATTGAAGACACTGTTATGAAAAT\n+s\tsimDog_chr6.simDog.chr6\t593829\t68\t+\t593897\tTCACTCTCACCCCAGCACATACTTTGTGTATATTGAGACCAACACATTGAAGACACTGCTATGAGAAT\n+s\tsimHuman_chr6.simHuman.chr6\t601796\t67\t+\t601863\tTAGCTCCCAGCCCAGCAAAAGTTTTGTGCAT-TTGAGACCAGCTCACTGAAGACACCATTATGAGAAT\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t647151\t64\t+\t647215\tCAAC-CTCATCCCAACAAATGCTTTGTACACATTAAGACTTACA---TAAAGACATTGTTGTGAGAAT\n+\n'
b
diff -r c18157c68134 -r 4a60927aaca5 job_output/hal2maf.maf
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/job_output/hal2maf.maf Wed Jun 22 00:56:44 2022 +0000
b
b'@@ -0,0 +1,30423 @@\n+##maf version=1 scoring=N/A\n+# hal (simMouse_chr6:0.084509,simRat_chr6:0.091589)mr;\n+\n+a\n+s\tmr.mrrefChr0\t0\t143\t+\t130230\tTTTTCTCAGTTGCAATACCCAACCTGGAGACACTTTCAGTGAGCACACCTCAGGTTCCTATATCAAGCAGACAGTCTTGCATAGCAAATGGTCTCTGATAGACGGTGCACTCAATCTATGTGAGGGATAGAAAACAAAGGACT\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t0\t142\t+\t636262\tTTTT-TCAGTTGCAATACCCAACCGGGAGAAACTTTCAGTGAGCACACCTCAGGTTCCTATATCAAGCAGGCAGTCTTGCATAGCAAATGGTCTCTGGTAGACGGTGCACTCAATCTATGTGAGGTATAGAAAATAAAGGACT\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t0\t141\t+\t647215\tTTTTC--GGCTGCAATACCCAACCTGAAGACATTTTCAGTGGGCCCACCTCAGGTTCTTATATCAAGCAGACAGTCTTGCGCAACAGATGGTCTCTGATAGACAGTGCACTCAATCTATGTGAAGGATAGAAAACAAAGGACT\n+\n+a\n+s\tmr.mrrefChr0\t143\t277\t+\t130230\tACACATCTCATCAAGTATCCTGTCGTATTTGTGCTTTAGACTCAGCAAAACACGCGTACAAATGCACACCTGATGGTACTTGCCTGGAATATGACTCTAGGTTGATCCCTGGCACACAGGCAGGTCAATTCCCGAATGATGGTCTGCTTGTCCAGTTCTAGATAATCATTACATTGGTGAACTCACTAAAACACAGTTAAAATTACAAATCCTTTTTAACCAAGCCTAAAGTACAGAAAGTGAATGTTACCCTTGTGATATGAACCAGTATATAGGG\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t144\t259\t+\t636262\tACACATCTCATCAAGTATCCCGTCATATTTGTG-----------GCAAAACACACGTACAAATGCACACTTGATGGTACTTGCCTGGAATATGACTCTAGGTTGATCCCTGGCACACAGGCACATTAATTCCCGAATGATGGTCTGCCTGTCCAGTTCTAGATAAT-GTTACATTGGTGAACT---TAAAACACAG---AAATGACACATCCTTTTTAACCAAGCCTAAAGTACAGAAAGTGAATGTCACCCTTGTTATATAAACCAGTATATAGGG\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t141\t275\t+\t647215\tACTCATCTCATCAAGTATCCTGTCGTATTTGTGCTTTAGACTCAGCAAAACAAGTGTGCAAGTGCACACCTGATTGTACTTGTCTGGAATATGACTCTAGGTTGAGCCCTGGCACACACTCAGGTCAACTCC--AATGATGGTCTGCTTGTCCAATTCTAGATAAACATTACATTGGTGAACTCACTAAAACACAGTTAAAATTACTAATCCTTTTTAGCACAGCCTAAAGTACAGAGAGTGAATGTTACCCTTTTGATATGCATCAGTATATAGGG\n+\n+a\n+s\tmr.mrrefChr0\t420\t89\t+\t130230\tAGCCACTGCCCTCTTAGCATTTATTTGCTGTAAGGTAACTGATGAGCTAAAGTCGTCTAGAATGTATAAGTAAAAGTCTGTAAGCATCC\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t404\t89\t+\t636262\tAGCCACTGCTCTCTTAGCATTTATTTGCTGTAAAGGAACTGATGAGCTAAAGTCGTCCAGAATGTATAAGCAGAAATTTGTAACCAGCC\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t416\t88\t+\t647215\tAGCCACTGGCCTCTTAGCATTCATTTGCTGTAAGGTAA-TGATGCGCTAAAGTCATCTAGAATGTATAGGTAAAAGTCTGTAAGCATTG\n+\n+a\n+s\tmr.mrrefChr0\t509\t89\t+\t130230\tTAAAGGCAGCAGCTTTGGTTATGACGCACAATTCAAGACCACCTGCTGGATCCAGCTACATTTAGCAATATTACTGATCTGTTGCACAG\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t494\t89\t+\t636262\tTAAAGGCAGCAGCTTTGGTTATAACGCACAATTCAAGACCACCTGCTGGATCCAGCTACATTTAGCAATATTACTGATCTGTTGCACAG\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t504\t46\t+\t647215\tTAAAGGCACCGGCTTTGGTTATGATGCACAATTCAAGACCATCTGC-------------------------------------------\n+\n+a\n+s\tmr.mrrefChr0\t598\t192\t+\t130230\tATCCATCAGGGTGATAGAAATGCAACACACATAACTTGTTGTCCAAGAGGTTAATTAGTGTGACCGGATCTACATCCACCTATCAGTGGTCCTCTCTATTCAAGGCTCAAAAACTAGTAGAGTAATAGGGTCTCCAATAAACTATAAGGGCGATAGGGAACTCTAGCTTTTACTTAGCACAACAGCCTACAG\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t585\t192\t+\t636262\tATCCATCAGGGTGATAGAAATGCAACACACATAACTTGTTGTCCAAGAGGTTAATTATTGTAAGCGCATCTACATCCATCTATCAGTGGTCCTCTCTATTCAAGGCTCAAAAACTCGTAGACTATTAGGGTCTCCAATAAACTATAAGGGCGATAGGGAACTCTAGCTTTTACTTAGCACAACAGTCTATAG\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t550\t146\t+\t647215\t------------------------------------------CCA----GTTAATTAGTGTGACTGGATCCACATCCACCTATCAGTGGTCCTCTCTATTCAAAGCTCAAAAACTAGTAGAGTAATAGGGGATCCAATAAACTTTAAGGGCGATAGGGAACTCTAGTTTTTACTTAGCAAAACAGCCTACAG\n+\n+a\n+s\tmr.mrrefChr0\t790\t120\t+\t130230\tCCTGCATCTGGTCACCAGTCACCTTTCTTCTAGCAACAAGGTACAGAGTAGGGCTGTGTGGTGGTGAGTGATGTGTACCTTGGCATGAACCCACTGTAGGTAGCAATACTCCAATTGAAG\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t777\t120\t+\t636262\tCCTACAACTGGTCACCAGTCACTTTTCTTCTAGCAACAAGGTACAGAGGAGGGCTGTGTGGTGGTGAGTGATGTACACCTTGGCATGAACCCACTGTAGGTAGCAATACTCCAACTGAAG\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t703\t120\t+\t647215\tCCTGGATCTGGTCATCTGTCACCTTTCTTCCAGCAACAAGATACAGAGTAGAGCTGTGGGGTGGTTAGTCATGCGTACCTTAGCATGAGCCCACTGTAGGTAGCAATCCTCCAATTGAAG\n+\n+a\n+s\tmr.mrrefChr0\t910\t506\t+\t130230\tGTTAACCCAAGGAGAAATGCAAATGGGAGTCCGTGCTATTGCAAAATTGTTATATATTCAATTTACTGGCCTTAACTGCATTCCCCGCAGTATTACATACCAATAACCCACATGGTCTCTAAAGACTCTGTTTCGCTTTGGATATTGACTCTAATCTATGTGGCGAAGCACACCCTTAAACTAATCTTCACCTTTCAAGTAATCTTGTGTCTCTATTTGCACAGAGTATGATTATTGTGGGATTGACAGGAGCACTTGTTGGTAATTACAATCagattggattccatattgctcattcagttatcaggatgcaatatgactcaagtagtcccaggtttta'..b'ATAAACTTAACTGTTACCTCTCACTAGATGGGATCATATGGTCTAGTTTTCAATTTCAGGCTACATTTAGGTTGGTTCAGCAGCTCCAATTGAGGTGTTTCCCGAGTGTCAGGTGGTGCTTTTGACAAAG-----------GATATGATACAGATGTCCTGCCAGTGGGCTAAGCACAATTTAAGTGTAAAC----CAGTCATA-ATATTTTAGACCAGTACAAAAATAAGTCATGTAAGCCATTTTTAATATTCCAACACACACAAACTTTACAACTGTAATGTCTCT\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t447929\t832\t+\t647215\tTAGTCCATATCCAGCAGCCCATAACAACCAAAATGAATGTACAAAGTACACAAGATTCCT-TAAAACCAGCAGCACAGACAGTACAGGTTCCACCTGCTGCAGTGTGCTGGTTATTTGGAACTAGATGAAATGCCCAGGGGATGAATGGTTTCTTAGCGAACAACAATACTACAAAGGTTACCAGAAGTGGATTGCCTAATGCTAAAACATTCATGTTTGTTTCATCTGTTCTCTCTATTTGAATCAAGCCCACAAAAGGAAAAATGGAAAGAGAAGACACTAACTTTAAGGAAAGGACTATTGCACTACTGTGCCAGTTTATGTGAAGGACACTTTGTATCAGTTATTGGAGATACTATTCTGTTCCTCATTGTCATGACACCAAAGGCCCCCAACTCACTTCTTCATTCTCCTCTTCATTTGTGAATGCATATATGTGTTTCAAGAAGCTGTTGCTTTGCTGTACTTGCAGCACTCATATTGTTA-TTTGCCACATGAATTAATTGTATGTTTAAGTTTAATACTTAACCTGTTGAAGGTTCTGATGCTTAACTGATCTGTTACCTCTCTCAAGAAGGGATCATATGGTGACGTCTTCAATTTCAGGCTCCATCTAGG-TGGTTCCGCAGCTCCAATTGA---GTTTCCCAAGTATCTGGCGGTGCTTTTGACACAGCTAGTACTTTTGGTAGGATAGAGTTGTCCTGCCAGTGAACTAACCACATTTTAAGTATCAACAACTCAGTCATAGGTAATTTAGACCAGTGTAAAAATGAGTCATGTAAGCCGTTTTTAATATTCCAACGCACACAGACTATACAATTGTAATATCTCT\n+\n+a\n+s\tmr.mrrefChr5\t293926\t271\t+\t294542\tCAAAAAACCAAGTTTTAAGGTTTCGTCAAGTGAACAGGGACACTTATCATACATGCAATCAGATTGTCTGTATTTTAAGAATACCAGTGTTTTTGGTGGATTCATCCAAACCTCAGGTTGACTAGGTATTTGCTGTGGAGTAAGTACATGCATATGACATTAATATCATATTAAGGACTTCTGTAGTATAATGTGTAACCATTGACTTGACTAATATGTAGTGCAAGCTTGTTTACTATCCACATTACCTTCCATCAACTGGGAATTCATT\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t440437\t271\t+\t636262\tCAAAAAACCAAGTTTTAAGGTTTCGTCAAGTTAACAGGGACACTTATCATACATGCAATCAGATTGTCTGTATTTTAAGAATACCAGTGTTTTTGGTGGATTCATCCAAACCTCAGGTTGACTAGGTATTTGCTGTGGAGTAAGTACATGCATATGACATTAATATCATATTAAGGACTTCTGTAGTATAATGTGTAACCATTGACTTGACTAATATGTAGTGCAAGCTTGTTTACTATCCACATTACCTTCCATCAACTGGGAATTCATT\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t448779\t271\t+\t647215\tCAAAAAACTAAGTTTTACGGTTTCGTCAGGTGAACAGGGAGACTTATCAGACATGCAGTCAGATTCACTGTATTTTGAAAGTATCAGTGCTTTTGCTGGATTCATCCAATTCTCAGGTTGACAAGGAATTTGCAGTGAAGTCAGTACAGGCACATAACACTAATGTCATATTAGGGACTTCTGTAATAAAATGTGTAACCATTCACTTGACTGACATGTAGTGCAAGCTTGTTTACTATCTACACTACCTTCCATCAACTAGGAATGCGTT\n+\n+a\n+s\tmr.mrrefChr5\t294197\t5\t+\t294542\tATGCT\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t440708\t5\t+\t636262\tATGCT\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t449051\t5\t+\t647215\tATGCT\n+\n+a\n+s\tmr.mrrefChr5\t294202\t6\t+\t294542\tATGAGG\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t440713\t6\t+\t636262\tATGAGG\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t449058\t6\t+\t647215\tATGACG\n+\n+a\n+s\tmr.mrrefChr5\t294208\t58\t+\t294542\tTGCTGTTCAAGGTGCTGATGATTTTAGGGAGTGCCTTAACCCTGAAAGTTCCCAATAG\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t440719\t58\t+\t636262\tTGCTGTTCAAGGTGCTGATGATTTTAGGGAGTGCCTTAACCCTGAAAGTTCCCAATAG\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t449136\t58\t+\t647215\tTGCTGTTCGAAGTGCTGCTGACTTTAAGAAGTGCCTTAACCCCCAGAGCTCCCAATAG\n+\n+a\n+s\tmr.mrrefChr5\t294266\t49\t+\t294542\tGTTGGAGGGAATCAGCATTGTCTTCTTGCCTTAACAGACTATCAAACAA\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t440777\t49\t+\t636262\tGTTGGAGGGAATCAGCATTGTCTTCTTGCCTTAACAGACTATCAAACAA\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t449197\t49\t+\t647215\tGGAGGGGGGAATCAGCATTGTCTTCTTATCTTAACAGACTATCAAACAA\n+\n+a\n+s\tmr.mrrefChr5\t294315\t153\t+\t294542\tACTTAACCTGTGGGCATCCAAATCTTTAAATCTGGGATTGAATGATATTCATTGAAACTTGTCCTTCAAGAGCCCTCATCTCACTCCAACACCGCTAGTGTCGTTTGGGTCAACTCTCACATGTTGAGGATCCAGAGCCACCTGCTCAGAGCG\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t440826\t153\t+\t636262\tACTTAACCTGTGGGCATCCAAATCTTTAAATCTGGGATTGAATGATATTCATTGAAACTTGTCCTTCAAGAGCCCTCATCTCACTCCAACACCGCTAGTGTCGTTTGGGTCAACTCTCACATGTTGAGGATCCAGAGCCACCTGCTCAGAGCG\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t449310\t153\t+\t647215\tGCTTAACCTGTGGGCATGCAACTCTTTAAATCTGGGGCTGAGTGGTTTTCATCAAAACTTGTCTTGCAAGAGCCAGTATCTGACTCCAACAGTGCTAGTATCATTTGGGTGGACTCTCACATGTTGAAAATCCGAAGCCATCCGCTCTGGGCA\n+\n+a\n+s\tmr.mrrefChr5\t294468\t74\t+\t294542\tTTTCTGTCAGTGCATTTGCATGTATGATGGTGACAGTAACAAAGAAAATCTGATACATGTGCTGAAGAATGGTG\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t440979\t74\t+\t636262\tTTTCTGTCAGTGCATTTGCATGTATGATGGTGACAGTAACAAAGAAAATCTGATACATGTGCTGAAGAATGGTG\n+s\tsimRat_chr6.simRat.chr6\t449482\t74\t+\t647215\tTTTCTATCAGTGCATTTGCATATATTGTCCTAACAGAAACAAAGAGGATCAGATACAATTGCTGAAGAGTGGTG\n+\n'
b
diff -r c18157c68134 -r 4a60927aaca5 job_output/set_reference.maf
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/job_output/set_reference.maf Wed Jun 22 00:56:44 2022 +0000
b
b'@@ -0,0 +1,2551 @@\n+##maf version=1 scoring=N/A\n+# hal (simCow_chr6:1,simDog_chr6:1,simHuman_chr6:1,simMouse_chr6:1,simRat_chr6:1,_MINIGRAPH_:1)Anc0;\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t0\t1000\t+\t636262\tTTTTTCAGTTGCAATACCCAACCGGGAGAAACTTTCAGTGAGCACACCTCAGGTTCCTATATCAAGCAGGCAGTCTTGCATAGCAAATGGTCTCTGGTAGACGGTGCACTCAATCTATGTGAGGTATAGAAAATAAAGGACTACACACATCTCATCAAGTATCCCGTCATATTTGTGGCAAAACACACGTACAAATGCACACTTGATGGTACTTGCCTGGAATATGACTCTAGGTTGATCCCTGGCACACAGGCACATTAATTCCCGAATGATGGTCTGCCTGTCCAGTTCTAGATAATGTTACATTGGTGAACTTAAAACACAGAAATGACACATCCTTTTTAACCAAGCCTAAAGTACAGAAAGTGAATGTCACCCTTGTTATATAAACCAGTATATAGGGTAGCCACTGCTCTCTTAGCATTTATTTGCTGTAAAGGAACTGATGAGCTAAAGTCGTCCAGAATGTATAAGCAGAAATTTGTAACCAGCCTTAAAGGCAGCAGCTTTGGTTATAACGCACAATTCAAGACCACCTGCTGGATCCAGCTACATTTAGCAATATTACTGATCTGTTGCACAGCAATCCATCAGGGTGATAGAAATGCAACACACATAACTTGTTGTCCAAGAGGTTAATTATTGTAAGCGCATCTACATCCATCTATCAGTGGTCCTCTCTATTCAAGGCTCAAAAACTCGTAGACTATTAGGGTCTCCAATAAACTATAAGGGCGATAGGGAACTCTAGCTTTTACTTAGCACAACAGTCTATAGCCTACAACTGGTCACCAGTCACTTTTCTTCTAGCAACAAGGTACAGAGGAGGGCTGTGTGGTGGTGAGTGATGTACACCTTGGCATGAACCCACTGTAGGTAGCAATACTCCAACTGAAGTATTAGCCCGAGGAGAAATGCAAGTGCGAGTCCGTGCTATTGCAAAATTGGTATATATTCAATTTACTGGCCTTAGCTGCATTCCCCACAGTATTACATACCA\n+s\tAnc0.Anc0refChr3\t0\t1000\t+\t636262\tTTTTTCAGTTGCAATACCCAACCGGGAGAAACTTTCAGTGAGCACACCTCAGGTTCCTATATCAAGCAGGCAGTCTTGCATAGCAAATGGTCTCTGGTAGACGGTGCACTCAATCTATGTGAGGTATAGAAAATAAAGGACTACACACATCTCATCAAGTATCCCGTCATATTTGTGGCAAAACACACGTACAAATGCACACTTGATGGTACTTGCCTGGAATATGACTCTAGGTTGATCCCTGGCACACAGGCACATTAATTCCCGAATGATGGTCTGCCTGTCCAGTTCTAGATAATGTTACATTGGTGAACTTAAAACACAGAAATGACACATCCTTTTTAACCAAGCCTAAAGTACAGAAAGTGAATGTCACCCTTGTTATATAAACCAGTATATAGGGTAGCCACTGCTCTCTTAGCATTTATTTGCTGTAAAGGAACTGATGAGCTAAAGTCGTCCAGAATGTATAAGCAGAAATTTGTAACCAGCCTTAAAGGCAGCAGCTTTGGTTATAACGCACAATTCAAGACCACCTGCTGGATCCAGCTACATTTAGCAATATTACTGATCTGTTGCACAGCAATCCATCAGGGTGATAGAAATGCAACACACATAACTTGTTGTCCAAGAGGTTAATTATTGTAAGCGCATCTACATCCATCTATCAGTGGTCCTCTCTATTCAAGGCTCAAAAACTCGTAGACTATTAGGGTCTCCAATAAACTATAAGGGCGATAGGGAACTCTAGCTTTTACTTAGCACAACAGTCTATAGCCTACAACTGGTCACCAGTCACTTTTCTTCTAGCAACAAGGTACAGAGGAGGGCTGTGTGGTGGTGAGTGATGTACACCTTGGCATGAACCCACTGTAGGTAGCAATACTCCAACTGAAGTATTAGCCCGAGGAGAAATGCAAGTGCGAGTCCGTGCTATTGCAAAATTGGTATATATTCAATTTACTGGCCTTAGCTGCATTCCCCACAGTATTACATACCA\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t1000\t1000\t+\t636262\tATAACCCACATGGTCTCTAAAGACTCTGTTTCGCTTTGGATGTTGACTCTCATCTATGGGCCAAACACACCTTTAAACTAATCTTCACCTTTCAAGTGATCTTGTGTCTCTATTTGCACAGAGTAAGATTATTGTGCGATTGATAGGAGCACTTGTTGGTAATTACTATCagactggattccatattgctcactcagttatcaggatgcaatatgactcaagtagtcccaggttttaaaccatcagAGCTCACTGATAGGGGTTTGCTGGGAACCTATATTGATCCAGGGAAGAGGCCACCTGCAACATGTGCGCCTTGTCTACTACATGTAGGATTGAAGTTGTCAAGATCGAATCTTGCAGAGAATCGGATACTTTGTATAGTTATCTCATTCTCTCCTCCACCACATTCTCTCCTCCACCACTACCTCTCAAATAGCACCTTCTGAATGCCAACTAGTACTCTTATTTTGCTTTTTCAGATCTACAATTAGATGTGTTAGGTGCTCCCATATAGGGACTGCTCCACCATGAAAAAGACTGAACACCATGGTGTATAGCATCCTTTGACTGATGTTCTACAGTATTGTTTAAACATTACCTGTTCTAGTACACTCCATGGTACCTTGACTACATTCTGAGGGATTCCTTCTGTAATGTTAACACTGTTCCTAATGACTTATAATATAGTTTACTAGATAGTATAATTTACTAGGTGAGGAGTCATGTTGCTCCCACAGACAAAATTAATTCAACAGGAAGTCTGTAACCCAATACAATGCTGGCAGTGAAGTATGATTAGTGCTGTCAATTAATCATGATTAAATGGCCTCCTTGAACGGGCTAGACGTTTTGGAGCTGTAGTATACCTTCTAGTTCTTTAATGTTTTAGCTTAATTAAACATATGCTATTGTGATTCACACTTTTCTTTGGCCTATCTGCATTATACATTGAGGTTGAGAGTACAATAACACTTCTGTTGTGTGAATTGTACTGATA\n+s\tAnc0.Anc0refChr3\t1000\t1000\t+\t636262\tATAACCCACATGGTCTCTAAAGACTCTGTTTCGCTTTGGATGTTGACTCTCATCTATGGGCCAAACACACCTTTAAACTAATCTTCACCTTTCAAGTGATCTTGTGTCTCTATTTGCACAGAGTAAGATTATTGTGCGATTGATAGGAGCACTTGTTGGTAATTACTATCagactggattccatattgctcactcagttatcaggatgcaatatgactcaagtagtcccaggttttaaaccatcagAGCTCACTGATAGGGGTTTGCTGGGAACCTATATTGATCCAGGGAAGAGGCCACCTGCAACATGTGCGCCTTGTCTACTACATGTAGGATTGAAGTTGTCAAGATCGAATCTTGCAGAGAATCGGATACTTTGTATAGTTATCTCATTCTCTCCTCCACCACATTCTCTCCTCCACCACTACCTCTCAAATAGCACCTTCTGAATGCCAACTAGTACTCTTATTTTGCTTTTTCAGATCTACAATTAGATGTGTTAGGTGCTCCCATATAGGGACTGCTCCACCATGAAAAAGACTGAACACCATGGTGTATAGCATCCTTTGACTGATGTTCTACAGTATTGTTTAAACATTACCTGTTCTAGTACACTCCATGGTACCTTGACTACATTCTGAGGGATTCCTTCTGTAATGTTAAC'..b'CCAGGCCAGTTGCATCGGTTGGTTGTTTTTTCTGATTGGGATGGGATGTGGTCCCATATGTAGCAAGCAATGTCACAGCAGGCGATGAATGGCACATAGTTGGAGGTTCAAAACTCAGCTAGGCTGTTCTTTTAGCATTGAGCACAAGATCGCTTAGAGGGGAGTGTACATAAAATGGGTCCATTCCTCAACAATTTAACAGACTACTCACCCACAATTTAACAGACTACTC\n+s\tAnc0.Anc0refChr3\t634000\t1000\t+\t636262\tATGTGAGACTTTGGAGCGAGCGGCTGTCCTCGCCTTAACAGGGGACACACATGGTGCGTTGATTTATGTACTATCTTGCCGGACAGTCGATACTATTTGTCTACCTTTTAACGGTACTTAGACTTTGTACAGCGCCTCGTGCAAATCTCCAAAAAAAGGCAAACACAGCCATGTACACACAATTAGTGCTTGGCTATGACCCTTCCCTGCACGACCATGTACAAACAGTCAGTGCTTGGCTACACTTGCCCCACAAGTTTGCCCTGCATGATGAAGTGATCTTGGCGCGCACATTGTAGATCCCCTCTCTAGATTTGTGCACTGTCAAGTGATGATAGTCCTTCATGTACATTGTCTTTGTGAAGCCATTTTTTTGGCTCAGCATTCTAGGCTGCTTCAAGTTCCATTTACCAATACACTCACATTTACAATTCTATTTTACATCTCGAGTTGGATAAGATTAGACCTCCTAACAGGTGCTGCCCTCCTTACATTTATAATTAGTAGCACCTGGTATATTACTTCCCAGCTATGCATGAACCGCTTGTGTGAGGTGGGAAGACTCCTTCTGTGATCACTATTGCATCCATGCTGTGAAGCTTTGCCTGTCAGTGGACCGCAATTCCTCTTGGTCAATCACTGTGGCCAGTCCAACCCACCTGTTGGTCAGAAAGGAGACCACGCCAAGCTGGGATTCAAGGCAATCAGGTGTTGGATCCCCCCACTTAATTGGCAAAGATCAGTGCTATGCAGATCCACACTACACACCCAGGCCAGTTGCATCGGTTGGTTGTTTTTTCTGATTGGGATGGGATGTGGTCCCATATGTAGCAAGCAATGTCACAGCAGGCGATGAATGGCACATAGTTGGAGGTTCAAAACTCAGCTAGGCTGTTCTTTTAGCATTGAGCACAAGATCGCTTAGAGGGGAGTGTACATAAAATGGGTCCATTCCTCAACAATTTAACAGACTACTCACCCACAATTTAACAGACTACTC\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t635000\t1000\t+\t636262\tACCCTACTTTGGTCACGGCTCTATTTAGTTGATATGAGGGAGGAGCAGGGAATCTCGATGTAAAATGATCGAGAAAGTGTCAGTTATCTCAAAAGATTAAACTAAAGCACAGGTTTGAGTAAGCACAGATTTGAGTACAACTTTGTATTTGTAGACAATAGGTTAGCCTGCTCTGGGAGAGAGTTACTAGTTTCTCCCCATAGAAGATAAGTTCCACATATTTACTTGTATATATGTAGTTTAATGATCCCCATGTCAGAAAAGCAAGAAGTGGCTTCTTAGAAACTTGTTTCTTGATTGGAGACTTGTGTGTGTCATCTCTCTGTCATGTACATGGCTGCTTGCCTTTTATTGGAGCTTTGCACGAGACACTATGTGAAATCTAAACAACATAAAGCTAAAATCTAAAATTCTTTGCAAATAGTGGGCACGAAAGTCGTTATAACCAGTGAGTGCTACATCGTACTGTCTGGGCCCACGGTCATGATTCGCTCAAGACGATTTGCTAACTGAGCGCTCTGGTATGCGACCGCCTTGCGTACGCTTTGTTCACGACTTCGAAGTCTCTGGATTTACTATGTGTCCATGGAGTTATGACAGGTTTGAGTCTCCAAACACCAGGAATCTGTTTGATCCTGAGGGTTTGTAAAAGGGACTCTTGTCTCTACTAGTTGCCTCATCAGCCAGCAGATTATCTGTGCTTGATACCTGCCATTAGTGTGAAATGGCTATTCTTACTGTAACCCAATTGAGTAGTTATGTGATGTAGTGGCCATCCTGATAACAGACGAGATGCCATGGATTAAAAGTGAAAAATTTAAAACTTATCTGAACACAAGATGAGAACCTATAAGTTGGCCAAAGACAGTGAGAAATACCCTGAACCAACCTAGGTGTCAACAATTTCTACAGTTCGGTGCCTAAGATCCAAGAGAGGCCCAGTCCGTTTTGACCCCTTTGCTAGCTGTAACTACGATATTGTGATGTTTGGCAGTATCAC\n+s\tAnc0.Anc0refChr3\t635000\t1000\t+\t636262\tACCCTACTTTGGTCACGGCTCTATTTAGTTGATATGAGGGAGGAGCAGGGAATCTCGATGTAAAATGATCGAGAAAGTGTCAGTTATCTCAAAAGATTAAACTAAAGCACAGGTTTGAGTAAGCACAGATTTGAGTACAACTTTGTATTTGTAGACAATAGGTTAGCCTGCTCTGGGAGAGAGTTACTAGTTTCTCCCCATAGAAGATAAGTTCCACATATTTACTTGTATATATGTAGTTTAATGATCCCCATGTCAGAAAAGCAAGAAGTGGCTTCTTAGAAACTTGTTTCTTGATTGGAGACTTGTGTGTGTCATCTCTCTGTCATGTACATGGCTGCTTGCCTTTTATTGGAGCTTTGCACGAGACACTATGTGAAATCTAAACAACATAAAGCTAAAATCTAAAATTCTTTGCAAATAGTGGGCACGAAAGTCGTTATAACCAGTGAGTGCTACATCGTACTGTCTGGGCCCACGGTCATGATTCGCTCAAGACGATTTGCTAACTGAGCGCTCTGGTATGCGACCGCCTTGCGTACGCTTTGTTCACGACTTCGAAGTCTCTGGATTTACTATGTGTCCATGGAGTTATGACAGGTTTGAGTCTCCAAACACCAGGAATCTGTTTGATCCTGAGGGTTTGTAAAAGGGACTCTTGTCTCTACTAGTTGCCTCATCAGCCAGCAGATTATCTGTGCTTGATACCTGCCATTAGTGTGAAATGGCTATTCTTACTGTAACCCAATTGAGTAGTTATGTGATGTAGTGGCCATCCTGATAACAGACGAGATGCCATGGATTAAAAGTGAAAAATTTAAAACTTATCTGAACACAAGATGAGAACCTATAAGTTGGCCAAAGACAGTGAGAAATACCCTGAACCAACCTAGGTGTCAACAATTTCTACAGTTCGGTGCCTAAGATCCAAGAGAGGCCCAGTCCGTTTTGACCCCTTTGCTAGCTGTAACTACGATATTGTGATGTTTGGCAGTATCAC\n+\n+a\n+s\tsimMouse_chr6.simMouse.chr6\t636000\t262\t+\t636262\tCCTCACACTGAGACTTTAGATCTGGAGCAAGTACTTTTGTGCCATAGGCCCCTGGATGAACCACTCAAGAACATTATGAGCGTTATAGGGACAACATATTATTAACCTCATGGAGACATTGTGGCGACATTGCCAAAGATAGAGATATTGCCAAAGATATATTGAATACTGTTATCCCATGTTATATTCACAAACAACTCTCATCCCAACGAATGCTTTGCACACATTAAGACTCACAAATTGAAGACACTGTTGTGAGAAT\n+s\tAnc0.Anc0refChr3\t636000\t262\t+\t636262\tCCTCACACTGAGACTTTAGATCTGGAGCAAGTACTTTTGTGCCATAGGCCCCTGGATGAACCACTCAAGAACATTATGAGCGTTATAGGGACAACATATTATTAACCTCATGGAGACATTGTGGCGACATTGCCAAAGATAGAGATATTGCCAAAGATATATTGAATACTGTTATCCCATGTTATATTCACAAACAACTCTCATCCCAACGAATGCTTTGCACACATTAAGACTCACAAATTGAAGACACTGTTGTGAGAAT\n+\n'
b
diff -r c18157c68134 -r 4a60927aaca5 macros.xml
--- a/macros.xml Mon Apr 04 06:26:16 2022 +0000
+++ b/macros.xml Wed Jun 22 00:56:44 2022 +0000
b
@@ -1,8 +1,8 @@
 <macros>
-    <token name="@TOOL_VERSION@">2.0.5</token>
+    <token name="@TOOL_VERSION@">2.1.1</token>
     <token name="@VERSION_SUFFIX@">0</token>
     <token name="@PROFILE@">20.09</token>
-    <token name="@DIGEST@">c227e8d8aa41739667f54edbf19902d872dd07cba4c5046d613fe4ba2eb12a0d</token>
+    <token name="@DIGEST@">fe32f3a412087d79c3c406c112c37b20f0f9a4abcb0a15f2ec9b290eb44000fd</token>
     <xml name="requirements">
         <requirements>
             <!-- Cactus is not in bioconda -->