Repository 'bio3d_pca'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/chemteam/bio3d_pca

Changeset 2:5892927664be (2019-02-26)
Previous changeset 1:54dd1596e04e (2019-01-13) Next changeset 3:ddef4de91df6 (2019-03-27)
Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/galaxycomputationalchemistry/galaxy-tools-compchem/tree/master/tools/bio3d commit cd0830e5e3502721fa355cc8e3fedc331201a6e4
added:
test-data/PCA_1.pdb
visualize_pc.R
b
diff -r 54dd1596e04e -r 5892927664be test-data/PCA_1.pdb
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/PCA_1.pdb Tue Feb 26 08:27:55 2019 -0500
b
b'@@ -0,0 +1,14791 @@\n+MODEL        1\n+ATOM      1  CA  ALA     1      24.197   5.292   5.774  1.00  0.05              \n+ATOM      2  CA  ALA     2      23.445   7.891   3.028  1.00  0.04              \n+ATOM      3  CA  ALA     3      24.995   9.213  -0.229  1.00  0.04              \n+ATOM      4  CA  ALA     4      24.439  12.164  -2.595  1.00  0.05              \n+ATOM      5  CA  ALA     5      25.954  11.194  -5.963  1.00  0.08              \n+ATOM      6  CA  ALA     6      22.514  11.125  -7.630  1.00  0.05              \n+ATOM      7  CA  ALA     7      20.153  14.073  -7.862  1.00  0.08              \n+ATOM      8  CA  ALA     8      17.482  13.463  -5.205  1.00  0.04              \n+ATOM      9  CA  ALA     9      14.490  15.817  -5.576  1.00  0.02              \n+ATOM     10  CA  ALA    10      11.052  14.708  -4.396  1.00  0.07              \n+ATOM     11  CA  ALA    11       8.198  15.513  -6.896  1.00  0.02              \n+ATOM     12  CA  ALA    12       5.822  18.263  -5.514  1.00  0.04              \n+ATOM     13  CA  ALA    13       2.245  17.206  -4.720  1.00  0.05              \n+ATOM     14  CA  ALA    14      -0.383  19.619  -3.321  1.00  0.04              \n+ATOM     15  CA  ALA    15      -3.326  18.616  -1.169  1.00  0.03              \n+ATOM     16  CA  ALA    16      -6.175  20.200   0.820  1.00  0.02              \n+ATOM     17  CA  ALA    17      -6.648  20.354   4.596  1.00  0.01              \n+ATOM     18  CA  ALA    18     -10.198  21.285   5.623  1.00  0.04              \n+ATOM     19  CA  ALA    19     -11.428  22.994   8.812  1.00  0.05              \n+ATOM     20  CA  ALA    20     -14.240  22.210  11.307  1.00  0.04              \n+ATOM     21  CA  ALA    21     -15.968  25.339   9.926  1.00  0.04              \n+ATOM     22  CA  ALA    22     -16.143  23.831   6.418  1.00  0.03              \n+ATOM     23  CA  ALA    23     -13.303  25.671   4.682  1.00  0.02              \n+ATOM     24  CA  ALA    24     -10.421  23.993   2.844  1.00  0.01              \n+ATOM     25  CA  ALA    25      -6.811  25.245   2.494  1.00  0.01              \n+ATOM     26  CA  ALA    26      -4.007  24.119   0.146  1.00  0.03              \n+ATOM     27  CA  ALA    27      -1.040  22.400   1.855  1.00  0.02              \n+ATOM     28  CA  ALA    28       2.156  21.854  -0.155  1.00  0.06              \n+ATOM     29  CA  ALA    29       4.028  18.533   0.065  1.00  0.06              \n+ATOM     30  CA  ALA    30       6.117  16.163  -2.035  1.00  0.04              \n+ATOM     31  CA  ALA    31       6.368  12.391  -2.616  1.00  0.03              \n+ATOM     32  CA  ALA    32       9.409  10.160  -1.944  1.00  0.01              \n+ATOM     33  CA  ALA    33      10.183   6.647  -3.273  1.00  0.01              \n+ATOM     34  CA  ALA    34      10.995   3.651  -1.004  1.00  0.01              \n+ATOM     35  CA  ALA    35      14.535   2.434  -0.203  1.00  0.03              \n+ATOM     36  CA  ALA    36      13.984  -0.881  -2.019  1.00  0.05              \n+ATOM     37  CA  ALA    37      13.549   0.773  -5.456  1.00  0.03              \n+ATOM     38  CA  ALA    38      16.787   2.795  -4.941  1.00  0.04              \n+ATOM     39  CA  ALA    39      20.345   1.757  -5.847  1.00  0.07              \n+ATOM     40  CA  ALA    40      22.321   0.268  -2.894  1.00  0.05              \n+ATOM     41  CA  ALA    41      26.077   0.879  -3.164  1.00  0.03              \n+ATOM     42  CA  ALA    42      29.273   1.550  -1.211  1.00  0.03              \n+ATOM     43  CA  ALA    43      29.818   4.986   0.448  1.00  0.04              \n+ATOM     44  CA  ALA    44      33.171   5.621  -1.259  1.00  0.02              \n+ATOM     45  CA  ALA    45      32.479   4.215  -4.713  1.00  0.06              \n+ATOM     46  CA  ALA    46      29.962   3.090  -7.378  1.00  0.04              \n+ATOM     47  CA  ALA    47      30.361  -0.512  -6.123  1.00  0.03              \n+ATOM     48  CA  ALA    48      27.092  -2.453  -5.754  1.00  0.05              \n+ATOM     49  CA  ALA    49'..b'.271 -23.421  -6.056  1.00  0.05              \n+ATOM    386  CA  ALA   386     -18.831 -20.648  -6.522  1.00  0.07              \n+ATOM    387  CA  ALA   387     -20.917 -22.335  -3.781  1.00  0.07              \n+ATOM    388  CA  ALA   388     -18.422 -21.355  -1.011  1.00  0.09              \n+ATOM    389  CA  ALA   389     -19.049 -17.938   0.678  1.00  0.11              \n+ATOM    390  CA  ALA   390     -16.213 -15.339   0.421  1.00  0.09              \n+ATOM    391  CA  ALA   391     -14.237 -17.392  -2.120  1.00  0.05              \n+ATOM    392  CA  ALA   392     -15.125 -15.344  -5.236  1.00  0.04              \n+ATOM    393  CA  ALA   393     -13.819 -11.735  -5.068  1.00  0.04              \n+ATOM    394  CA  ALA   394     -14.186 -10.779  -8.753  1.00  0.04              \n+ATOM    395  CA  ALA   395     -14.563 -11.904 -12.357  1.00  0.03              \n+ATOM    396  CA  ALA   396     -10.865 -12.326 -13.334  1.00  0.02              \n+ATOM    397  CA  ALA   397      -9.716 -15.776 -14.545  1.00  0.02              \n+ATOM    398  CA  ALA   398      -7.731 -18.105 -12.223  1.00  0.03              \n+ATOM    399  CA  ALA   399      -5.424 -18.609 -15.234  1.00  0.04              \n+ATOM    400  CA  ALA   400      -4.283 -14.973 -14.844  1.00  0.02              \n+ATOM    401  CA  ALA   401      -2.147 -13.312 -12.122  1.00  0.04              \n+ATOM    402  CA  ALA   402       1.155 -13.783 -13.925  1.00  0.02              \n+ATOM    403  CA  ALA   403       3.548 -10.722 -13.835  1.00  0.02              \n+ATOM    404  CA  ALA   404       5.405 -11.613 -17.064  1.00  0.04              \n+ATOM    405  CA  ALA   405       2.104 -11.975 -18.956  1.00  0.04              \n+ATOM    406  CA  ALA   406       0.828  -8.568 -17.766  1.00  0.02              \n+ATOM    407  CA  ALA   407       4.203  -6.980 -18.675  1.00  0.08              \n+ATOM    408  CA  ALA   408       3.835  -8.287 -22.218  1.00  0.11              \n+ATOM    409  CA  ALA   409       0.169  -7.322 -22.591  1.00  0.07              \n+ATOM    410  CA  ALA   410      -0.257  -4.001 -20.729  1.00  0.04              \n+ATOM    411  CA  ALA   411       3.174  -2.365 -19.968  1.00  0.03              \n+ATOM    412  CA  ALA   412       2.097   1.289 -20.212  1.00  0.03              \n+ATOM    413  CA  ALA   413      -0.758   0.762 -17.730  1.00  0.01              \n+ATOM    414  CA  ALA   414      -0.921   3.400 -15.002  1.00  0.02              \n+ATOM    415  CA  ALA   415      -2.788   4.441 -11.864  1.00  0.01              \n+ATOM    416  CA  ALA   416      -3.627   8.153 -11.551  1.00  0.02              \n+ATOM    417  CA  ALA   417      -4.688   9.952  -8.356  1.00  0.04              \n+ATOM    418  CA  ALA   418      -5.878  13.552  -7.876  1.00  0.03              \n+ATOM    419  CA  ALA   419      -7.870  15.831  -5.583  1.00  0.03              \n+ATOM    420  CA  ALA   420      -6.649  14.822  -2.057  1.00  0.02              \n+ATOM    421  CA  ALA   421      -8.791  16.537   0.622  1.00  0.02              \n+ATOM    422  CA  ALA   422      -8.475  15.737   4.352  1.00  0.02              \n+ATOM    423  CA  ALA   423     -10.483  17.155   7.299  1.00  0.03              \n+ATOM    424  CA  ALA   424     -13.106  16.563  10.015  1.00  0.05              \n+ATOM    425  CA  ALA   425     -16.080  14.342   8.995  1.00  0.05              \n+ATOM    426  CA  ALA   426     -18.451  16.404   6.797  1.00  0.03              \n+ATOM    427  CA  ALA   427     -15.858  18.916   5.559  1.00  0.01              \n+ATOM    428  CA  ALA   428     -14.438  17.551   2.262  1.00  0.01              \n+ATOM    429  CA  ALA   429     -17.527  18.224   0.113  1.00  0.03              \n+ATOM    430  CA  ALA   430     -16.755  21.948   0.408  1.00  0.01              \n+ATOM    431  CA  ALA   431     -14.705  23.937  -2.210  1.00  0.07              \n+ATOM    432  CA  ALA   432     -10.871  23.713  -2.349  1.00  0.04              \n+ATOM    433  CA  ALA   433      -8.634  26.639  -1.246  1.00  0.00              \n+ENDMDL\n+END   \n'
b
diff -r 54dd1596e04e -r 5892927664be visualize_pc.R
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/visualize_pc.R Tue Feb 26 08:27:55 2019 -0500
[
@@ -0,0 +1,45 @@
+#!/usr/bin/env Rscript
+
+options(stringAsfactors = FALSE)
+args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
+
+library(bio3d)
+
+dcdfile <- args[1]
+pdbfile <- args[2]
+
+dcd <- read.dcd(dcdfile)
+pdb <- read.pdb(pdbfile)
+
+method <- args[3]
+selection <- args[4]
+domain <- args[5]
+id <- args[6] 
+pcid <- as.integer(id)
+
+pdbout <- args[7]
+
+
+if (selection == "string") {
+    inds <- atom.select(pdb, string = domain)
+}
+if (selection == "elety") {
+    inds <- atom.select(pdb, elety = domain)
+}
+if (selection == "resid") {
+    inds <- atom.select(pdb, resid = domain)
+}
+if (selection == "segid") {
+    inds <- atom.select(pdb, segid = domain)
+}
+xyz <- fit.xyz(fixed=pdb$xyz, mobile=dcd, fixed.inds=inds$xyz, mobile.inds=inds$xyz)
+
+if (method == "FALSE") {
+    pc <- pca.xyz(xyz[,inds$xyz], use.svd=FALSE)
+}
+if (method == "TRUE") {
+    pc <- pca.xyz(xyz[,inds$xyz], use.svd=TRUE)
+}
+
+mktrj.pca(pc, pc=pcid, b=pc$au[,pcid], file=pdbout)
+