Repository 'prims_proteomics'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/pieterlukasse/prims_proteomics

Changeset 28:6107b74eeb11 (2015-01-30)
Previous changeset 27:34c4e7e0f23b (2015-01-30)
Commit message:
improved documentation
modified:
napq.xml
b
diff -r 34c4e7e0f23b -r 6107b74eeb11 napq.xml
--- a/napq.xml Fri Jan 30 14:37:28 2015 +0100
+++ b/napq.xml Fri Jan 30 14:53:10 2015 +0100
[
@@ -20,8 +20,11 @@
 
  <inputs>
 
-    <repeat name="identificationFileList" title="Peptide identification files" help="Set of MS/MS peptide identification files that have some form of quantification data coupled to it (e.g. MSE identifications&amp;intensity).">
-    <param name="identificationsFile" type="data" format="apml,mzidentml,prims.fileset.zip" label="Identifications file (APML or MZIDENTML or MZIDENTML fileSet)" />
+    <repeat name="identificationFileList" title="(Filtered) Peptide identification files" help="Set of MS/MS peptide identification files that have some form of 
+    quantification data coupled to it (e.g. MSE identifications&amp;intensity). This list of peptide identifications is 
+    preferably pre-processed by a tool (e.g. MsFilt) that filters out as much as possible false-positive peptide identifications.">
+    <param name="identificationsFile" type="data" format="apml,prims.fileset.zip" label="Identifications file ([APML] or [MZIDENTML fileSet])" 
+         help="When using MsFilt, select MsFilt's APML output file here."/>
     </repeat>
 
  <param name="namingConventionCodesForSamples" type="text" size="100" value=""