Repository 'prims_metabolomics'
hg clone https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/pieterlukasse/prims_metabolomics

Changeset 42:664ccd5f7cf8 (2014-11-07)
Previous changeset 41:e67149fbff20 (2014-11-06) Next changeset 43:eb0e25d06060 (2014-11-07)
Commit message:
small fix for png method
modified:
README.rst
metaMS_cmd_interface.r
b
diff -r e67149fbff20 -r 664ccd5f7cf8 README.rst
--- a/README.rst Thu Nov 06 16:14:44 2014 +0100
+++ b/README.rst Fri Nov 07 11:45:16 2014 +0100
b
@@ -19,6 +19,7 @@
 ============== ======================================================================
 Date            Changes
 -------------- ----------------------------------------------------------------------
+November 2014  * Added XCMS related tool wrappers (for metaMS and diffreport)
 September 2014 * Added new membership cutoff option for final clusters in MsClust
                * Improved MsClust memory usage for large datasets 
                * Simplified MsClust HTML report
b
diff -r e67149fbff20 -r 664ccd5f7cf8 metaMS_cmd_interface.r
--- a/metaMS_cmd_interface.r Thu Nov 06 16:14:44 2014 +0100
+++ b/metaMS_cmd_interface.r Fri Nov 07 11:45:16 2014 +0100
b
@@ -76,7 +76,7 @@
  {
  figureName <- paste(args.htmlReportFile.files_path, "/figure", i,".png", sep="")
  html <- paste(html,"<img src='", "figure", i,".png' />", sep="") 
- png( figureName ) 
+ png( figureName, type="cairo" ) 
  plot(eiccor, LC$xset@xcmsSet, groupidx = i)
  devname = dev.off()
  }