Repository 'cuffnorm'
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Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tool_collections/cufflinks/cuffnorm commit a0b0845a9d1b3e7ecdeacd1e606133617e3918bd"
modified:
cuff_macros.xml
cuffnorm_wrapper.xml
added:
test-data/cds.count_table
test-data/cds.fpkm_table
test-data/genes.count_table
test-data/genes.fpkm_table
test-data/isoforms.count_table
test-data/isoforms.fpkm_table
test-data/tss_groups.count_table
test-data/tss_groups.fpkm_table
removed:
test-data/cuffdiff_out1.txt
test-data/cuffdiff_out10.txt
test-data/cuffdiff_out11.txt
test-data/cuffdiff_out2.txt
test-data/cuffdiff_out3.txt
test-data/cuffdiff_out4.txt
test-data/cuffdiff_out5.txt
test-data/cuffdiff_out6.txt
test-data/cuffdiff_out7.txt
test-data/cuffdiff_out8.txt
test-data/cuffdiff_out9.txt
b
diff -r f5b2ee725d34 -r 6cbfede05833 cuff_macros.xml
--- a/cuff_macros.xml Sun Feb 19 12:09:29 2017 -0500
+++ b/cuff_macros.xml Tue Jun 16 13:01:30 2020 -0400
[
@@ -66,20 +66,26 @@
   </token>
   <xml name="cufflinks_gtf_inputs">
     <param format="gtf" name="inputs" type="data" label="GTF file(s) produced by Cufflinks" help="" multiple="true" />
-    <repeat name="additional_inputs" title="Additional GTF Inputs (Lists)">
-      <param format="gtf" name="additional_inputs" type="data_collection" label="GTF file(s) produced by Cufflinks" help="" />
-    </repeat>
   </xml>
+  <token name="@CUFFLINKS_LINK_GTF_INPUTS@"><![CDATA[
+            ## Inputs.
+            #for $i, $input_file in enumerate($inputs):
+                ln -s '${input_file}' input_$i &&
+            #end for
+  ]]></token>
   <token name="@CUFFLINKS_GTF_INPUTS@">
             ## Inputs.
-            #for $input_file in $inputs:
-                '${input_file}'
-            #end for
-            #for $additional_input in $additional_inputs:
-                #for $input_file in $additional_input.additional_inputs:
-                    '${input_file}'
-                #end for
+            #for $i, $input_file in enumerate($inputs):
+                'input_$i'
             #end for
   </token>
   <token name="@HAS_MULTIPLE_INPUTS@">getattr(inputs, "__len__", [].__len__)() >= 2</token>
+
+  <xml name="citations">
+    <citations>
+        <citation type="doi">10.1038/nbt.1621</citation>
+        <yield/>
+    </citations>
+  </xml>
+
 </macros>
b
diff -r f5b2ee725d34 -r 6cbfede05833 cuffnorm_wrapper.xml
--- a/cuffnorm_wrapper.xml Sun Feb 19 12:09:29 2017 -0500
+++ b/cuffnorm_wrapper.xml Tue Jun 16 13:01:30 2020 -0400
[
@@ -4,8 +4,8 @@
       <import>cuff_macros.xml</import>
     </macros>
     <expand macro="requirements" />
-    <version_command>cuffnorm 2>&amp;1 | head -n 1</version_command>
-    <command detect_errors="aggressive">
+    <version_command><![CDATA[cuffnorm 2>&1 | head -n 1]]></version_command>
+    <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[
         cuffnorm
             --no-update-check
             --num-threads="\${GALAXY_SLOTS:-4}"
@@ -22,10 +22,10 @@
                 $advanced_settings.hits_norm
             #end if
             ## Inputs.
-            $gtf_input
+            '$gtf_input'
 
             @CONDITION_SAMPLES@
-    </command>
+    ]]></command>
     <inputs>
         <param format="gtf,gff3" name="gtf_input" type="data" label="Transcripts" help="A transcript GFF3 or GTF file produced by cufflinks, cuffcompare, or other source."/>
         <expand macro="condition_inputs" />
@@ -165,12 +165,28 @@
         </data>
     </outputs>
     <tests>
-        <!-- 
-        <test>
-                NOTE: as of version 0.0.6 of the wrapper, tests cannot be run because multiple inputs to a repeat
-                element are not supported.
+        <test expect_num_outputs="8">
+            <param name="gtf_input" value="cuffcompare_out5.gtf" ftype="gtf"/>
+            <conditional name="in_type">
+                <param name="set_in_type" value="BAM"/>
+                <repeat name="conditions">
+                    <param name="name" value="in1"/>
+                    <param name="samples" value="cuffdiff_in1.sam" ftype="sam"/>
+                </repeat>
+                <repeat name="conditions">
+                    <param name="name" value="in2"/>
+                    <param name="samples" value="cuffdiff_in2.sam" ftype="sam"/>
+                </repeat>
+            </conditional>
+            <output ftype="tabular" name="cds_fpkm_table" value="cds.fpkm_table"/>
+            <output ftype="tabular" name="cds_count_table" value="cds.count_table"/>
+            <output ftype="tabular" name="tss_groups_fpkm_table" value="tss_groups.fpkm_table"/>
+            <output ftype="tabular" name="tss_groups_count_table" value="tss_groups.count_table"/>
+            <output ftype="tabular" name="genes_fpkm_table" value="genes.fpkm_table"/>
+            <output ftype="tabular" name="genes_count_table" value="genes.count_table"/>
+            <output ftype="tabular" name="isoforms_fpkm_table" value="isoforms.fpkm_table"/>
+            <output ftype="tabular" name="isoforms_count_table" value="isoforms.count_table"/>
         </test>
-        -->
     </tests>
 
     <help>
@@ -222,7 +238,5 @@
   --compatible-hits-norm         With this option, Cufflinks counts only those fragments compatible with some reference transcript towards the number of mapped fragments used in the FPKM denominator. Using this mode is generally recommended in Cuffdiff to reduce certain types of bias caused by differential amounts of ribosomal reads which can create the impression of falsely differentially expressed genes.
   --total-hits-norm              With this option, Cufflinks counts all fragments, including those not compatible with any reference transcript, towards the number of mapped fragments used in the FPKM denominator
     </help>
-    <citations>
-        <citation type="doi">10.1038/nbt.1621</citation>
-    </citations>
+    <expand macro="citations"/>
 </tool>
b
diff -r f5b2ee725d34 -r 6cbfede05833 test-data/cds.count_table
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/cds.count_table Tue Jun 16 13:01:30 2020 -0400
b
@@ -0,0 +1,1 @@
+tracking_id
\ No newline at end of file
b
diff -r f5b2ee725d34 -r 6cbfede05833 test-data/cds.fpkm_table
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/cds.fpkm_table Tue Jun 16 13:01:30 2020 -0400
b
@@ -0,0 +1,1 @@
+tracking_id
\ No newline at end of file
b
diff -r f5b2ee725d34 -r 6cbfede05833 test-data/cuffdiff_out1.txt
--- a/test-data/cuffdiff_out1.txt Sun Feb 19 12:09:29 2017 -0500
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
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