| Previous changeset 3:f3771c0a2327 (2019-05-02) Next changeset 5:11337539825b (2019-05-02) |
|
Commit message:
planemo upload commit 6a252d04f4b2f79606ab6679b6a91f957e33da7b-dirty |
|
modified:
optbiodes.xml toolOptBioDes.py |
|
added:
out1.csv |
| b |
| diff -r f3771c0a2327 -r 6dbb43bdf2f4 optbiodes.xml --- a/optbiodes.xml Thu May 02 07:23:22 2019 -0400 +++ b/optbiodes.xml Thu May 02 07:46:26 2019 -0400 |
| [ |
| @@ -4,10 +4,11 @@ <requirement type="package" version="2">requests</requirement> </requirements> <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[ - python $__tool_directory__/toolOptBioDes.py $input1 $output1 $output2 -server $server + python $__tool_directory__/toolOptBioDes.py $input1 $input2 $output1 $output2 -server $server ]]></command> <inputs> <param type="data" name="input1" format="xlsx" /> + <param type="integer" name="input2" format="xlsx" /> <param name="server" type="text" label="OptBioDes RES server" value="http://doe.synbiochem.co.uk/REST" help="OptBioDes REST server" /> </inputs> <outputs> |
| b |
| diff -r f3771c0a2327 -r 6dbb43bdf2f4 out1.csv --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/out1.csv Thu May 02 07:46:26 2019 -0400 |
| b |
| @@ -0,0 +1,129 @@ +promoter3,promoter5,promoter7,promoter9,gene10,promoter11,pos +1,3,2,0,1,3,8 +0,3,1,0,0,2,17 +0,2,1,0,0,2,18 +1,2,1,0,1,3,16 +0,0,1,0,0,1,14 +0,2,1,2,1,1,8 +0,2,0,3,1,1,17 +1,1,3,3,0,3,6 +0,3,3,1,0,1,12 +1,0,0,0,1,1,6 +0,3,0,1,1,0,13 +1,3,3,3,1,3,1 +1,0,3,0,0,0,8 +0,0,2,1,0,2,3 +0,2,0,1,0,2,12 +1,3,2,1,0,2,10 +0,0,3,2,0,1,10 +0,2,3,1,1,3,17 +1,0,1,3,1,2,11 +0,0,3,2,1,3,0 +0,1,0,0,1,3,0 +1,3,0,2,0,0,14 +1,0,1,0,0,2,17 +0,1,3,2,1,2,14 +1,2,2,0,0,1,9 +0,1,2,1,1,0,11 +0,1,1,2,1,0,9 +1,1,1,1,0,1,13 +0,0,3,1,1,1,9 +0,0,3,1,1,0,19 +1,1,2,1,1,3,16 +1,3,1,1,1,1,15 +0,2,2,3,0,3,11 +0,3,3,3,1,1,2 +0,1,1,3,1,0,18 +1,1,0,2,0,3,17 +1,2,1,2,1,2,1 +1,0,0,0,0,2,2 +0,0,1,3,0,3,8 +0,2,2,3,1,1,14 +0,2,2,2,1,0,2 +0,0,1,1,0,2,0 +0,0,3,3,0,2,15 +1,2,0,1,1,2,7 +0,2,2,0,1,0,15 +1,3,0,3,1,1,4 +1,2,0,3,1,0,18 +1,2,1,1,1,3,10 +0,2,1,1,0,3,2 +0,0,1,2,0,0,4 +0,3,0,2,0,2,16 +0,3,1,3,1,0,9 +0,3,3,2,1,2,16 +1,2,3,2,1,0,5 +0,2,3,3,0,2,9 +0,1,1,3,0,0,16 +0,3,0,1,1,0,6 +0,1,3,0,1,1,2 +1,0,0,3,1,0,13 +0,2,2,0,0,1,19 +0,0,2,1,1,1,18 +0,0,2,2,0,0,5 +0,3,2,1,0,1,1 +1,3,1,2,0,1,11 +1,1,2,2,0,1,19 +1,0,0,3,1,2,7 +0,2,2,2,0,2,6 +1,0,0,3,0,0,12 +0,0,2,0,1,3,1 +0,3,2,2,1,2,13 +0,2,3,0,0,3,13 +1,3,1,2,1,3,3 +1,0,2,2,1,0,17 +1,2,0,3,0,1,0 +1,2,2,2,1,3,12 +1,3,1,1,0,3,7 +1,0,2,1,1,2,4 +1,0,3,2,1,3,10 +0,3,0,1,1,3,14 +1,2,3,0,1,0,3 +1,2,3,1,0,0,11 +1,1,3,0,0,2,4 +0,1,1,0,0,0,1 +1,2,1,1,0,3,6 +1,2,1,2,1,2,0 +0,3,2,3,0,3,4 +1,3,0,0,1,2,9 +1,3,3,3,0,2,19 +0,1,2,3,0,0,7 +0,1,0,2,0,3,3 +1,1,2,3,0,3,15 +0,3,3,0,1,1,7 +1,3,2,0,0,0,0 +1,1,2,2,1,2,2 +1,2,3,3,0,1,3 +1,1,1,0,1,1,12 +1,0,1,1,0,0,2 +0,2,0,2,1,1,4 +1,0,2,3,0,1,16 +1,3,3,2,0,0,6 +0,0,1,2,0,1,7 +0,1,1,3,1,2,12 +1,3,1,0,1,0,19 +1,0,3,3,0,3,13 +1,1,2,1,0,1,5 +0,3,3,0,0,3,18 +1,3,2,2,0,1,18 +1,1,0,2,0,3,9 +0,1,1,3,1,1,10 +0,2,0,0,0,0,10 +1,1,0,2,0,1,1 +0,3,0,0,0,2,5 +0,1,2,0,1,2,3 +0,1,0,1,0,0,8 +1,2,3,1,0,0,14 +1,0,0,0,1,1,11 +0,1,0,0,0,3,11 +1,1,3,0,1,0,15 +0,3,1,3,1,3,5 +1,1,3,1,1,2,8 +1,3,2,3,0,0,10 +0,1,2,3,1,2,6 +0,0,0,2,0,3,15 +1,0,2,0,1,3,14 +1,1,3,1,0,2,18 +1,1,0,1,1,1,5 +0,0,0,1,1,3,19 +1,2,0,3,0,2,19 |
| b |
| diff -r f3771c0a2327 -r 6dbb43bdf2f4 toolOptBioDes.py --- a/toolOptBioDes.py Thu May 02 07:23:22 2019 -0400 +++ b/toolOptBioDes.py Thu May 02 07:46:26 2019 -0400 |
| [ |
| @@ -17,6 +17,8 @@ parser = argparse.ArgumentParser(description='toolOptBioDes: Optimal SynBio Design. Pablo Carbonell, SYNBIOCHEM, 2019') parser.add_argument('infile', help='Input xlsx file (DoE specificiations).') + parser.add_argument('size', + help='Library size.') parser.add_argument('outfile', help='Output csv design file.') parser.add_argument('diagfile', @@ -30,9 +32,9 @@ res = json.loads( r.content.decode('utf-8') ) print( res ) -def sheetUpload(doefile, outfile, diagfile, url): +def sheetUpload(doefile, size, outfile, diagfile, url): files = { 'file': open(doefile, 'rb' ) } - values = {'size': 64} + values = {'size': int(size)} r = requests.post( os.path.join(url, 'Query' ), files=files, data=values ) res = json.loads( r.content.decode('utf-8') ) M = res['data']['M'] |