| Previous changeset 1:3192cb6a88f6 (2017-05-18) Next changeset 3:16c4cc7793e9 (2017-11-01) |
|
Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tools/bumbershoot/psm2sam commit 969036a4673f5565185badb0d4fe513a7b784261 |
|
modified:
PSM2SAM.R test-data/idpicker_hg19_no_variants.sam test-data/idpicker_hg19_with_variants.sam test-data/peptideshaker_mm10.sam |
| b |
| diff -r 3192cb6a88f6 -r 757ecf27b4a9 PSM2SAM.R --- a/PSM2SAM.R Thu May 18 12:29:01 2017 -0400 +++ b/PSM2SAM.R Mon Sep 25 13:23:54 2017 -0400 |
| b |
| @@ -53,14 +53,14 @@ } # load customProDB from GitHub (NOTE: downloading the zip is faster than cloning the repo with git2r or devtools::install_github) - download.file("https://github.com/chambm/customProDB/archive/master.zip", "customProDB.zip", quiet=TRUE) + download.file("https://github.com/chambm/customProDB/archive/c57e5498392197bc598a18c26acb70d7530a921c.zip", "customProDB.zip", quiet=TRUE) unzip("customProDB.zip") - devtools::load_all("customProDB-master") + devtools::load_all("customProDB-c57e5498392197bc598a18c26acb70d7530a921c") # load proBAMr from GitHub - download.file("https://github.com/chambm/proBAMr/archive/master.zip", "proBAMr.zip", quiet=TRUE) + download.file("https://github.com/chambm/proBAMr/archive/a03edf68f51215be40717c5374f39ce67bd2e68b.zip", "proBAMr.zip", quiet=TRUE) unzip("proBAMr.zip") - devtools::load_all("proBAMr-master") + devtools::load_all("proBAMr-a03edf68f51215be40717c5374f39ce67bd2e68b") psmInputLength = length(idpDB_file)+length(pepXmlTab_file)+length(peptideShakerPsmReport_file) if (psmInputLength == 0) |
| b |
| diff -r 3192cb6a88f6 -r 757ecf27b4a9 test-data/idpicker_hg19_no_variants.sam --- a/test-data/idpicker_hg19_no_variants.sam Thu May 18 12:29:01 2017 -0400 +++ b/test-data/idpicker_hg19_no_variants.sam Mon Sep 25 13:23:54 2017 -0400 |
| b |
| b'@@ -95,61 +95,61 @@\n @PG\tID:proBAMr\tVN:2.0.0\n TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR08 0.1.3165\t4\t*\t0\t255\t*M\t*\t0\t0\t\t*\tXA:Z:2\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AAAPAPVSEAVSR\tXR:Z:AAAPAPVSEAVSR\tXC:i:2\tXS:f:28.7324\tXQ:f:7.658424e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:U\n TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR08 0.1.3231\t4\t*\t0\t255\t*M\t*\t0\t0\t\t*\tXA:Z:2\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AAAPAPVSEAVSR\tXR:Z:AAAPAPVSEAVSR\tXC:i:2\tXS:f:34.2375\tXQ:f:7.045235e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:U\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR06 0.1.5198\t16\tchr17\t39680208\t255\t39M\t*\t0\t0\tCATGGTTAGCTTCTCGTTGCCCGCCAGCAGCCCGTCGGA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AALEDTLAETEAR\tXR:Z:AALEDTLAETEAR\tXC:i:2\tXS:f:49.4039\tXQ:f:5.627961e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR06 0.1.5260\t16\tchr17\t39680208\t255\t39M\t*\t0\t0\tCATGGTTAGCTTCTCGTTGCCCGCCAGCAGCCCGTCGGA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AALEDTLAETEAR\tXR:Z:AALEDTLAETEAR\tXC:i:2\tXS:f:43.6036\tXQ:f:6.336773e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR07 0.1.5258\t16\tchr17\t39680208\t255\t39M\t*\t0\t0\tCATGGTTAGCTTCTCGTTGCCCGCCAGCAGCCCGTCGGA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AALEDTLAETEAR\tXR:Z:AALEDTLAETEAR\tXC:i:2\tXS:f:56.5379\tXQ:f:6.224456e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR07 0.1.5326\t16\tchr17\t39680208\t255\t39M\t*\t0\t0\tCATGGTTAGCTTCTCGTTGCCCGCCAGCAGCCCGTCGGA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AALEDTLAETEAR\tXR:Z:AALEDTLAETEAR\tXC:i:2\tXS:f:61.2353\tXQ:f:5.332836e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR07 0.1.5398\t16\tchr17\t39680208\t255\t39M\t*\t0\t0\tCATGGTTAGCTTCTCGTTGCCCGCCAGCAGCCCGTCGGA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AALEDTLAETEAR\tXR:Z:AALEDTLAETEAR\tXC:i:2\tXS:f:62.9536\tXQ:f:5.006674e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR07 0.1.5464\t16\tchr17\t39680208\t255\t39M\t*\t0\t0\tCATGGTTAGCTTCTCGTTGCCCGCCAGCAGCCCGTCGGA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AALEDTLAETEAR\tXR:Z:AALEDTLAETEAR\tXC:i:2\tXS:f:45.6264\tXQ:f:8.295586e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR14 0.1.5947\t16\tchr15\t76566765\t255\t57M\t*\t0\t0\tTTTGTACACATCATGCTGAGCCACCAGAACTTTTGCTATGCCTGCTACTTTACAGAG\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AAVDAGFVPNDMQVGQTGK\tXR:Z:AAVDAGFVPNDMQVGQTGK\tXC:i:2\tXS:f:55.6503\tXQ:f:4.341341e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR14 0.1.6019\t16\tchr15\t76566765\t255\t57M\t*\t0\t0\tTTTGTACACATCATGCTGAGCCACCAGAACTTTTGCTATGCCTGCTACTTTACAGAG\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AAVDAGFVPNDMQVGQTGK\tXR:Z:AAVDAGFVPNDMQVGQTGK\tXC:i:2\tXS:f:34.4246\tXQ:f:6.581396e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR03 0.1.6681\t16\tchr1\t207107829\t255\t33M\t*\t0\t0\tATTACTATTGGAATCATCCCCAGCCTGGCAGAG\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:ADEGWYWCGVK\tXR:Z:ADEGWYWCGVK\tXC:i:2\tXS:f:36.6453\tXQ:f:7.978062e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR03 0.1.6745\t16\tchr1\t207107829\t255\t33M\t*\t0\t0\tATTACTATTGGAATCATCCCCAGCCTGGCAGAG\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:ADEGWYWCGVK\tXR:Z:ADEGWYWCGVK\tXC:i:2\tXS:f:40.3746\tXQ:f:7.432144e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR11 0.1.2807\t16\tchr10\t135183519\t255\t17M528N10M\t*\t0\t0\tTGAGATCCGGTCACCAGTGAGGACCAT\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AFAAGADIK\tXR:Z:AFAAGADIK\tXC:i:2\tXS:f:39.829\tXQ:f:8.188755e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR12 0.1.2728\t16\tchr10\t135183519\t255\t17M528N10M\t*\t0\t0\tTGAGATCCGGTCACCAGTGAGGACCAT\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AFAAGADIK\tXR:Z:AFAAGADIK\tXC:i:2\tXS:f:35.4554\tXQ:f:7.118762e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n+TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR06 0.1.5198\t16\tchr17\t39680208\t255\t39M\t*\t0\t0\tGCGCGCCTCCGTTTCTGCCAGTGTGTCTTCCAAGGCAGC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AALEDTLAETEAR\tXR:Z:AALEDTLAETEAR\tXC:i:2\tXS:f:49.4039\tXQ:f:5.627961e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n+TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR06 0.1.5260\t16\tchr17\t39680208\t255\t39M\t*\t0\t0\tGCGCGCCTCCGTTTCTGCCAGTGTGTCTTCCAAGGCAGC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:'..b'\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VSDATGQMNLTK\tXR:Z:VSDATGQMNLTK\tXC:i:2\tXS:f:38.6069\tXQ:f:6.769638e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n+TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR11 0.1.1086\t16\tchr2\t85625240\t255\t36M\t*\t0\t0\tCTTGGTCAGGTTCATCTGTCCAGTGGCATCAGAGAC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VSDATGQMNLTK\tXR:Z:VSDATGQMNLTK\tXC:i:2\tXS:f:46.9286\tXQ:f:6.896116e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n+TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR11 0.1.1157\t16\tchr2\t85625240\t255\t36M\t*\t0\t0\tCTTGGTCAGGTTCATCTGTCCAGTGGCATCAGAGAC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VSDATGQMNLTK\tXR:Z:VSDATGQMNLTK\tXC:i:2\tXS:f:46.9182\tXQ:f:6.898008e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n+TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR11 0.1.2646\t16\tchr2\t85625240\t255\t36M\t*\t0\t0\tCTTGGTCAGGTTCATCTGTCCAGTGGCATCAGAGAC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VSDATGQMNLTK\tXR:Z:VSDATGQMNLTK\tXC:i:2\tXS:f:59.8479\tXQ:f:4.543858e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n+TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR12 0.1.1100\t16\tchr2\t85625240\t255\t36M\t*\t0\t0\tCTTGGTCAGGTTCATCTGTCCAGTGGCATCAGAGAC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VSDATGQMNLTK\tXR:Z:VSDATGQMNLTK\tXC:i:2\tXS:f:36.2767\tXQ:f:6.915431e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n+TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR12 0.1.2567\t16\tchr2\t85625240\t255\t36M\t*\t0\t0\tCTTGGTCAGGTTCATCTGTCCAGTGGCATCAGAGAC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VSDATGQMNLTK\tXR:Z:VSDATGQMNLTK\tXC:i:2\tXS:f:38.6069\tXQ:f:6.769638e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR12 0.1.4801\t0\tchr12\t6647298\t255\t33M\t*\t0\t0\tGTGGTGGACCTCATGGCCCACATGGCCTCCAAG\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VVDLMAHMASK\tXR:Z:VVDLMAHMASK\tXC:i:2\tXS:f:48.9717\tXQ:f:5.157285e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR12 0.1.4863\t0\tchr12\t6647298\t255\t33M\t*\t0\t0\tGTGGTGGACCTCATGGCCCACATGGCCTCCAAG\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VVDLMAHMASK\tXR:Z:VVDLMAHMASK\tXC:i:2\tXS:f:42.2369\tXQ:f:5.979038e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR10 0.1.4904\t0\tchr12\t6647298\t255\t36M\t*\t0\t0\tGTGGTGGACCTCATGGCCCACATGGCCTCCAAGGAG\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VVDLMAHMASKE\tXR:Z:VVDLMAHMASKE\tXC:i:2\tXS:f:41.5452\tXQ:f:6.690421e-04\tXM:Z:-\tXN:i:1\tXT:i:2\tXG:Z:N\n@@ -748,5 +748,5 @@\n TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR05 0.1.4414\t0\tchr16\t29791447\t255\t27M\t*\t0\t0\tGTGTGGAGCGACTATGTGGGTGGTCGC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VWSDYVGGR\tXR:Z:VWSDYVGGR\tXC:i:2\tXS:f:32.2425\tXQ:f:7.736297e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR10 0.1.4754\t0\tchr5\t132424825\t255\t29M400N22M\t*\t0\t0\tTGGAATTCTCCAGCTGAAGAAGGGTCAAGTGACTGTGAAGTCTTTTCCAAA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:WNSPAEEGSSDCEVFSK\tXR:Z:WNSPAEEGSSDCEVFSK\tXC:i:2\tXS:f:50.5021\tXQ:f:5.554988e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR10 0.1.4820\t0\tchr5\t132424825\t255\t29M400N22M\t*\t0\t0\tTGGAATTCTCCAGCTGAAGAAGGGTCAAGTGACTGTGAAGTCTTTTCCAAA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:WNSPAEEGSSDCEVFSK\tXR:Z:WNSPAEEGSSDCEVFSK\tXC:i:2\tXS:f:56.7369\tXQ:f:4.764629e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR10 0.1.3091\t16\tchr2\t85628423\t255\t30M199N6M\t*\t0\t0\tGTTGCCCTCCTTCAGAGCAGGCTTGGGGCCCAGGAC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:YQEGGVESAFHK\tXR:Z:YQEGGVESAFHK\tXC:i:2\tXS:f:39.9334\tXQ:f:6.894736e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR10 0.1.3160\t16\tchr2\t85628423\t255\t30M199N6M\t*\t0\t0\tGTTGCCCTCCTTCAGAGCAGGCTTGGGGCCCAGGAC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:YQEGGVESAFHK\tXR:Z:YQEGGVESAFHK\tXC:i:2\tXS:f:34.2558\tXQ:f:7.614462e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n+TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR10 0.1.3091\t16\tchr2\t85628423\t255\t30M199N6M\t*\t0\t0\tCTTGTGAAATGCTGACTCCACACCACCTTCCTGGTA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:YQEGGVESAFHK\tXR:Z:YQEGGVESAFHK\tXC:i:2\tXS:f:39.9334\tXQ:f:6.894736e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n+TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR10 0.1.3160\t16\tchr2\t85628423\t255\t30M199N6M\t*\t0\t0\tCTTGTGAAATGCTGACTCCACACCACCTTCCTGGTA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:YQEGGVESAFHK\tXR:Z:YQEGGVESAFHK\tXC:i:2\tXS:f:34.2558\tXQ:f:7.614462e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n' |
| b |
| diff -r 3192cb6a88f6 -r 757ecf27b4a9 test-data/idpicker_hg19_with_variants.sam --- a/test-data/idpicker_hg19_with_variants.sam Thu May 18 12:29:01 2017 -0400 +++ b/test-data/idpicker_hg19_with_variants.sam Mon Sep 25 13:23:54 2017 -0400 |
| b |
| b'@@ -95,61 +95,61 @@\n @PG\tID:proBAMr\tVN:2.0.0\n TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR08 0.1.3165\t0\tchr5\t96086300\t255\t39M\t*\t0\t0\tGCCGCTGCTCCAGCTCCTGTGTCGGAGGCTGTGTCTCGG\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AAAPAPVSEAVSR\tXR:Z:AAAPAPVSEAVCR\tXC:i:2\tXS:f:28.7324\tXQ:f:7.658424e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:V\n TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR08 0.1.3231\t0\tchr5\t96086300\t255\t39M\t*\t0\t0\tGCCGCTGCTCCAGCTCCTGTGTCGGAGGCTGTGTCTCGG\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AAAPAPVSEAVSR\tXR:Z:AAAPAPVSEAVCR\tXC:i:2\tXS:f:34.2375\tXQ:f:7.045235e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:V\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR06 0.1.5198\t16\tchr17\t39680208\t255\t39M\t*\t0\t0\tCATGGTTAGCTTCTCGTTGCCCGCCAGCAGCCCGTCGGA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AALEDTLAETEAR\tXR:Z:AALEDTLAETEAR\tXC:i:2\tXS:f:49.4039\tXQ:f:5.627961e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR06 0.1.5260\t16\tchr17\t39680208\t255\t39M\t*\t0\t0\tCATGGTTAGCTTCTCGTTGCCCGCCAGCAGCCCGTCGGA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AALEDTLAETEAR\tXR:Z:AALEDTLAETEAR\tXC:i:2\tXS:f:43.6036\tXQ:f:6.336773e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR07 0.1.5258\t16\tchr17\t39680208\t255\t39M\t*\t0\t0\tCATGGTTAGCTTCTCGTTGCCCGCCAGCAGCCCGTCGGA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AALEDTLAETEAR\tXR:Z:AALEDTLAETEAR\tXC:i:2\tXS:f:56.5379\tXQ:f:6.224456e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR07 0.1.5326\t16\tchr17\t39680208\t255\t39M\t*\t0\t0\tCATGGTTAGCTTCTCGTTGCCCGCCAGCAGCCCGTCGGA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AALEDTLAETEAR\tXR:Z:AALEDTLAETEAR\tXC:i:2\tXS:f:61.2353\tXQ:f:5.332836e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR07 0.1.5398\t16\tchr17\t39680208\t255\t39M\t*\t0\t0\tCATGGTTAGCTTCTCGTTGCCCGCCAGCAGCCCGTCGGA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AALEDTLAETEAR\tXR:Z:AALEDTLAETEAR\tXC:i:2\tXS:f:62.9536\tXQ:f:5.006674e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR07 0.1.5464\t16\tchr17\t39680208\t255\t39M\t*\t0\t0\tCATGGTTAGCTTCTCGTTGCCCGCCAGCAGCCCGTCGGA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AALEDTLAETEAR\tXR:Z:AALEDTLAETEAR\tXC:i:2\tXS:f:45.6264\tXQ:f:8.295586e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR14 0.1.5947\t16\tchr15\t76566765\t255\t57M\t*\t0\t0\tTTTGTACACATCATGCTGAGCCACCAGAACTTTTGCTATGCCTGCTACTTTACAGAG\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AAVDAGFVPNDMQVGQTGK\tXR:Z:AAVDAGFVPNDMQVGQTGK\tXC:i:2\tXS:f:55.6503\tXQ:f:4.341341e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR14 0.1.6019\t16\tchr15\t76566765\t255\t57M\t*\t0\t0\tTTTGTACACATCATGCTGAGCCACCAGAACTTTTGCTATGCCTGCTACTTTACAGAG\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AAVDAGFVPNDMQVGQTGK\tXR:Z:AAVDAGFVPNDMQVGQTGK\tXC:i:2\tXS:f:34.4246\tXQ:f:6.581396e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR03 0.1.6681\t16\tchr1\t207107829\t255\t33M\t*\t0\t0\tATTACTATTGGAATCATCCCCAGCCTGGCAGAG\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:ADEGWYWCGVK\tXR:Z:ADEGWYWCGVK\tXC:i:2\tXS:f:36.6453\tXQ:f:7.978062e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR03 0.1.6745\t16\tchr1\t207107829\t255\t33M\t*\t0\t0\tATTACTATTGGAATCATCCCCAGCCTGGCAGAG\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:ADEGWYWCGVK\tXR:Z:ADEGWYWCGVK\tXC:i:2\tXS:f:40.3746\tXQ:f:7.432144e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR11 0.1.2807\t16\tchr10\t135183519\t255\t17M528N10M\t*\t0\t0\tTGAGATCCGGTCACCAGTGAGGACCAT\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AFAAGADIK\tXR:Z:AFAAGADIK\tXC:i:2\tXS:f:39.829\tXQ:f:8.188755e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR12 0.1.2728\t16\tchr10\t135183519\t255\t17M528N10M\t*\t0\t0\tTGAGATCCGGTCACCAGTGAGGACCAT\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AFAAGADIK\tXR:Z:AFAAGADIK\tXC:i:2\tXS:f:35.4554\tXQ:f:7.118762e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n+TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR06 0.1.5198\t16\tchr17\t39680208\t255\t39M\t*\t0\t0\tGCGCGCCTCCGTTTCTGCCAGTGTGTCTTCCAAGGCAGC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AALEDTLAETEAR\tXR:Z:AALEDTLAETEAR\tXC:i:2\tXS:f:49.4039\tXQ:f:5.627961e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n+TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR06 0.1.526'..b'\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VSDATGQMNLTK\tXR:Z:VSDATGQMNLTK\tXC:i:2\tXS:f:38.6069\tXQ:f:6.769638e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n+TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR11 0.1.1086\t16\tchr2\t85625240\t255\t36M\t*\t0\t0\tCTTGGTCAGGTTCATCTGTCCAGTGGCATCAGAGAC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VSDATGQMNLTK\tXR:Z:VSDATGQMNLTK\tXC:i:2\tXS:f:46.9286\tXQ:f:6.896116e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n+TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR11 0.1.1157\t16\tchr2\t85625240\t255\t36M\t*\t0\t0\tCTTGGTCAGGTTCATCTGTCCAGTGGCATCAGAGAC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VSDATGQMNLTK\tXR:Z:VSDATGQMNLTK\tXC:i:2\tXS:f:46.9182\tXQ:f:6.898008e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n+TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR11 0.1.2646\t16\tchr2\t85625240\t255\t36M\t*\t0\t0\tCTTGGTCAGGTTCATCTGTCCAGTGGCATCAGAGAC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VSDATGQMNLTK\tXR:Z:VSDATGQMNLTK\tXC:i:2\tXS:f:59.8479\tXQ:f:4.543858e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n+TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR12 0.1.1100\t16\tchr2\t85625240\t255\t36M\t*\t0\t0\tCTTGGTCAGGTTCATCTGTCCAGTGGCATCAGAGAC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VSDATGQMNLTK\tXR:Z:VSDATGQMNLTK\tXC:i:2\tXS:f:36.2767\tXQ:f:6.915431e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n+TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR12 0.1.2567\t16\tchr2\t85625240\t255\t36M\t*\t0\t0\tCTTGGTCAGGTTCATCTGTCCAGTGGCATCAGAGAC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VSDATGQMNLTK\tXR:Z:VSDATGQMNLTK\tXC:i:2\tXS:f:38.6069\tXQ:f:6.769638e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR12 0.1.4801\t0\tchr12\t6647298\t255\t33M\t*\t0\t0\tGTGGTGGACCTCATGGCCCACATGGCCTCCAAG\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VVDLMAHMASK\tXR:Z:VVDLMAHMASK\tXC:i:2\tXS:f:48.9717\tXQ:f:5.157285e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR12 0.1.4863\t0\tchr12\t6647298\t255\t33M\t*\t0\t0\tGTGGTGGACCTCATGGCCCACATGGCCTCCAAG\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VVDLMAHMASK\tXR:Z:VVDLMAHMASK\tXC:i:2\tXS:f:42.2369\tXQ:f:5.979038e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR10 0.1.4904\t0\tchr12\t6647298\t255\t36M\t*\t0\t0\tGTGGTGGACCTCATGGCCCACATGGCCTCCAAGGAG\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VVDLMAHMASKE\tXR:Z:VVDLMAHMASKE\tXC:i:2\tXS:f:41.5452\tXQ:f:6.690421e-04\tXM:Z:-\tXN:i:1\tXT:i:2\tXG:Z:N\n@@ -748,5 +748,5 @@\n TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121012_A0218_4E_R_FR05 0.1.4414\t0\tchr16\t29791447\t255\t27M\t*\t0\t0\tGTGTGGAGCGACTATGTGGGTGGTCGC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VWSDYVGGR\tXR:Z:VWSDYVGGR\tXC:i:2\tXS:f:32.2425\tXQ:f:7.736297e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR10 0.1.4754\t0\tchr5\t132424825\t255\t29M400N22M\t*\t0\t0\tTGGAATTCTCCAGCTGAAGAAGGGTCAAGTGACTGTGAAGTCTTTTCCAAA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:WNSPAEEGSSDCEVFSK\tXR:Z:WNSPAEEGSSDCEVFSK\tXC:i:2\tXS:f:50.5021\tXQ:f:5.554988e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR10 0.1.4820\t0\tchr5\t132424825\t255\t29M400N22M\t*\t0\t0\tTGGAATTCTCCAGCTGAAGAAGGGTCAAGTGACTGTGAAGTCTTTTCCAAA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:WNSPAEEGSSDCEVFSK\tXR:Z:WNSPAEEGSSDCEVFSK\tXC:i:2\tXS:f:56.7369\tXQ:f:4.764629e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR10 0.1.3091\t16\tchr2\t85628423\t255\t30M199N6M\t*\t0\t0\tGTTGCCCTCCTTCAGAGCAGGCTTGGGGCCCAGGAC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:YQEGGVESAFHK\tXR:Z:YQEGGVESAFHK\tXC:i:2\tXS:f:39.9334\tXQ:f:6.894736e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n-TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR10 0.1.3160\t16\tchr2\t85628423\t255\t30M199N6M\t*\t0\t0\tGTTGCCCTCCTTCAGAGCAGGCTTGGGGCCCAGGAC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:YQEGGVESAFHK\tXR:Z:YQEGGVESAFHK\tXC:i:2\tXS:f:34.2558\tXQ:f:7.614462e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n+TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR10 0.1.3091\t16\tchr2\t85628423\t255\t30M199N6M\t*\t0\t0\tCTTGTGAAATGCTGACTCCACACCACCTTCCTGGTA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:YQEGGVESAFHK\tXR:Z:YQEGGVESAFHK\tXC:i:2\tXS:f:39.9334\tXQ:f:6.894736e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n+TCGA-AA-A00E-01A-31_W_VU_20121013_A0218_4E_R_FR10 0.1.3160\t16\tchr2\t85628423\t255\t30M199N6M\t*\t0\t0\tCTTGTGAAATGCTGACTCCACACCACCTTCCTGGTA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:YQEGGVESAFHK\tXR:Z:YQEGGVESAFHK\tXC:i:2\tXS:f:34.2558\tXQ:f:7.614462e-04\tXM:Z:-\tXN:i:0\tXT:i:2\tXG:Z:N\n' |
| b |
| diff -r 3192cb6a88f6 -r 757ecf27b4a9 test-data/peptideshaker_mm10.sam --- a/test-data/peptideshaker_mm10.sam Thu May 18 12:29:01 2017 -0400 +++ b/test-data/peptideshaker_mm10.sam Mon Sep 25 13:23:54 2017 -0400 |
| b |
| b'@@ -66,7 +66,7 @@\n @SQ\tSN:chrY_JH584303_random\tLN:158099\n @PG\tID:proBAMr\tVN:2.0.0\n Mo_Tai_iTRAQ_f6 0.1.11861\t0\tchr3\t51446679\t255\t63M\t*\t0\t0\tGCTGCTGCTGACGTTTATAGAGGATTACAAGAGAGGAATCCTGAAAATTGGGCCTATTACAAA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AAADVYRGLQERNPENWAYYK\tXR:Z:DAADVYRGLQERNPENWAYYK\tXC:i:4\tXS:f:NA\tXQ:f:0e+00\tXM:Z:iTRAQ 4-plex of Y(6), iTRAQ 4-plex of K(21), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n-Mo_Tai_iTRAQ_f6 0.1.17618\t16\tchr7\t28894639\t255\t21M772N45M\t*\t0\t0\tCGGACGGAGTGGTCGGACCCGATACTGCACCTCTTACTGGCCGTCCCACTACGACTCAAGTTGGCC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:ACLTSLGYDVENDRQGDAEFNR\tXR:Z:ACLISLGYDVENDRQGDAEFNR\tXC:i:3\tXS:f:NA\tXQ:f:0e+00\tXM:Z:Carbamidomethylation of C(2), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n+Mo_Tai_iTRAQ_f6 0.1.17618\t16\tchr7\t28894639\t255\t21M772N45M\t*\t0\t0\tCCGGTTGAACTCAGCATCACCCTGCCGGTCATTCTCCACGTCATAGCCCAGGCTGGTGAGGCAGGC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:ACLTSLGYDVENDRQGDAEFNR\tXR:Z:ACLISLGYDVENDRQGDAEFNR\tXC:i:3\tXS:f:NA\tXQ:f:0e+00\tXM:Z:Carbamidomethylation of C(2), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n Mo_Tai_iTRAQ_f5 0.1.2874\t0\tchr8\t72138588\t255\t30M\t*\t0\t0\tGCTGAAGGAGATGCAGCCGCTCTCAACCGC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AEGDAAALNR\tXR:Z:AEGDAAALNR\tXC:i:2\tXS:f:NA\tXQ:f:1.136364e-03\tXM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:N\n Mo_Tai_iTRAQ_f5 0.1.3039\t0\tchr8\t72138588\t255\t30M\t*\t0\t0\tGCTGAAGGAGATGCAGCCGCTCTCAACCGC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AEGDAAALNR\tXR:Z:AEGDAAALNR\tXC:i:2\tXS:f:NA\tXQ:f:1.144165e-03\tXM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:N\n Mo_Tai_iTRAQ_f9 0.1.3005\t0\tchr8\t72138588\t255\t33M\t*\t0\t0\tGCTGAAGGAGATGCAGCCGCTCTCAACCGCCGC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AEGDAAALNRR\tXR:Z:AEGDAAALNRR\tXC:i:2\tXS:f:NA\tXQ:f:0e+00\tXM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:N\n@@ -75,7 +75,7 @@\n Mo_Tai_iTRAQ_f4 0.1.8550\t0\tchr6\t55077768\t255\t6M1446N27M\t*\t0\t0\tGCAGAGGTCTCTGAGCTGCCCAGTGTGGTCCGC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AEVSELPSVVR\tXR:Z:AEVSELPNVVR\tXC:i:2\tXS:f:NA\tXQ:f:0e+00\tXM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n Mo_Tai_iTRAQ_f4 0.1.8535\t0\tchr6\t55077768\t255\t6M1446N27M\t*\t0\t0\tGCAGAGGTCTCTGAGCTGCCCAGTGTGGTCCGC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AEVSELPSVVR\tXR:Z:AEVSELPNVVR\tXC:i:2\tXS:f:NA\tXQ:f:3.976143e-03\tXM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n Mo_Tai_iTRAQ_f4 0.1.8639\t0\tchr6\t55077768\t255\t6M1446N27M\t*\t0\t0\tGCAGAGGTCTCTGAGCTGCCCAGTGTGGTCCGC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:AEVSELPSVVR\tXR:Z:AEVSELPNVVR\tXC:i:2\tXS:f:NA\tXQ:f:1.930502e-03\tXM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n-Mo_Tai_iTRAQ_f9 0.1.9682\t16\tchr1\t171605162\t255\t27M\t*\t0\t0\tCGAGAACGAAATCATAGGATGTTTTTT\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:ALALVSYKK\tXR:Z:ALALVFYKK\tXC:i:3\tXS:f:NA\tXQ:f:8.849558e-03\tXM:Z:iTRAQ 4-plex of K(8, 9), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n+Mo_Tai_iTRAQ_f9 0.1.9682\t16\tchr1\t171605162\t255\t27M\t*\t0\t0\tTTTTTTGTAGGATACTAAAGCAAGAGC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:ALALVSYKK\tXR:Z:ALALVFYKK\tXC:i:3\tXS:f:NA\tXQ:f:8.849558e-03\tXM:Z:iTRAQ 4-plex of K(8, 9), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n Mo_Tai_iTRAQ_f6 0.1.10868\t0\tchr14\t74744705\t255\t36M\t*\t0\t0\tGCTCTTAGTGGATATTTGGGACCAGATGAAAGTAAA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:ALSGYLGPDESK\tXR:Z:AFSGYLGPDESK\tXC:i:2\tXS:f:NA\tXQ:f:0e+00\tXM:Z:iTRAQ 4-plex of K(12), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n Mo_Tai_iTRAQ_f6 0.1.10858\t0\tchr14\t74744705\t255\t36M\t*\t0\t0\tGCTCTTAGTGGATATTTGGGACCAGATGAAAGTAAA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:ALSGYLGPDESK\tXR:Z:AFSGYLGPDESK\tXC:i:2\tXS:f:NA\tXQ:f:0e+00\tXM:Z:iTRAQ 4-plex of K(12), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n Mo_Tai_iTRAQ_f8 0.1.3695\t0\tchr6\t145173705\t255\t45M\t*\t0\t0\tGCCAGAGACGCCCCAGAACCACAAGGCGAAGAGGCAGTGGAGAGG\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:ARDAPEPQGEEAVER\tXR:Z:ARDAPEPQGEEAVEG\tXC:i:3\tXS:f:NA\tXQ:f:0e+00\tXM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n@@ -84,55 +84,55 @@\n Mo_Tai_iTRAQ_f4 0.1.3129\t0\tchr9\t44607471\t255\t60M\t*\t0\t0\tGCCAGTGCTGGCCCTGGAGGAGGGGGCACACAGCCACAGCCACAGATGAACCAGTTGAAG\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i'..b'lex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n+Mo_Tai_iTRAQ_f5 0.1.3743\t16\tchr8\t4268354\t255\t24M\t*\t0\t0\tACGCACAGTTTCTGATTCGATGGT\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:TIESETVR\tXR:Z:SIESETVR\tXC:i:2\tXS:f:NA\tXQ:f:9.578107e-02\tXM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n+Mo_Tai_iTRAQ_f4 0.1.3241\t16\tchr8\t4268354\t255\t24M\t*\t0\t0\tACGCACAGTTTCTGATTCGATGGT\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:TIESETVR\tXR:Z:SIESETVR\tXC:i:2\tXS:f:NA\tXQ:f:0e+00\tXM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n Mo_Tai_iTRAQ_f4 0.1.1279\t0\tchr10\t108252887\t255\t38M400N1M\t*\t0\t0\tACTCCCCCGGGTTCCTCCTCCGCAGGCACACAGAGCAGG\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:TPPGSSSAGTQSR\tXR:Z:TPPGSSSAGTQSS\tXC:i:2\tXS:f:NA\tXQ:f:0e+00\tXM:Z:iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n Mo_Tai_iTRAQ_f6 0.1.16412\t0\tchr8\t71358978\t255\t75M\t*\t0\t0\tACCCCAGTGGTCCAAGACCTGGAGCTGGGGGCTCTCTCCGAGGAGGCTGCAGGTGGCGACGAGGACCGAGAAAAG\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:TPVVQDLELGALSEEAAGGDEDREK\tXR:Z:TPVVQDLELGALPEEAAGGDEDREK\tXC:i:3\tXS:f:NA\tXQ:f:0e+00\tXM:Z:iTRAQ 4-plex of K(25), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n Mo_Tai_iTRAQ_f6 0.1.12166\t0\tchr10\t115409133\t255\t54M\t*\t0\t0\tACAAGTTCGCCGTCTCCAGCAAACTCAGATGTGGAAATGGATGGGATTGGTAGA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:TSSPSPANSDVEMDGIGR\tXR:Z:TSSSSPANSDVEMDGIGR\tXC:i:3\tXS:f:NA\tXQ:f:1.810345e-01\tXM:Z:Oxidation of M(13), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n-Mo_Tai_iTRAQ_f8 0.1.11915\t16\tchr1\t133624604\t255\t45M\t*\t0\t0\tCACCGCCCCTTCGGCCACGAGTGACGATATAGTCCGCAGTGAGCC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VAGKPVLTAISGVTR\tXR:Z:VAGKPVLTAVSGVTR\tXC:i:3\tXS:f:NA\tXQ:f:0e+00\tXM:Z:iTRAQ 4-plex of K(4), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n+Mo_Tai_iTRAQ_f8 0.1.11915\t16\tchr1\t133624604\t255\t45M\t*\t0\t0\tCCGAGTGACGCCTGATATAGCAGTGAGCACCGGCTTCCCCGCCAC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VAGKPVLTAISGVTR\tXR:Z:VAGKPVLTAVSGVTR\tXC:i:3\tXS:f:NA\tXQ:f:0e+00\tXM:Z:iTRAQ 4-plex of K(4), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n Mo_Tai_iTRAQ_f8 0.1.11078\t0\tchr9\t103346927\t255\t33M\t*\t0\t0\tGTGTTACCTGGTCATCCAGAACCTTTATTTAAA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VLPGHPEPLFK\tXR:Z:VLSGHPEPLLK\tXC:i:3\tXS:f:NA\tXQ:f:0e+00\tXM:Z:iTRAQ 4-plex of K(11), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n-Mo_Tai_iTRAQ_f9 0.1.7554\t16\tchr3\t138959073\t255\t39M\t*\t0\t0\tCACTTATCGTTGTTTCTCCTGCTGCAACGGCTCGAATTT\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VNSNKEDDVAELK\tXR:Z:VDSNKEDDVAELK\tXC:i:3\tXS:f:NA\tXQ:f:0e+00\tXM:Z:iTRAQ 4-plex of K(5, 13), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n-Mo_Tai_iTRAQ_f8 0.1.14638\t16\tchr14\t54514786\t255\t90M\t*\t0\t0\tCATGGGAACCACCGGGGTCTCCTGGACTCTCTACTACATTAACGCTTACGGGGCTGATGTGTGTGTCTCCTCATGTCACCTCTTCTCTTT\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VPLVAPEDLRDDVIANAPTTHTEEYSGEEK\tXR:Z:VPLVAPEDLRDDVIENAPTTHTEEYSGEEK\tXC:i:4\tXS:f:NA\tXQ:f:0e+00\tXM:Z:iTRAQ 4-plex of K(30), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n-Mo_Tai_iTRAQ_f5 0.1.16647\t16\tchr2\t132870426\t255\t36M\t*\t0\t0\tATGGAACTTGGGAACGGATGAAGTGGTTTGAGGTCC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:YLEPLPTSPNSR\tXR:Z:YLEPLPTSPNPR\tXC:i:3\tXS:f:NA\tXQ:f:6.315789e-02\tXM:Z:iTRAQ 4-plex of Y(1), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n+Mo_Tai_iTRAQ_f9 0.1.7554\t16\tchr3\t138959073\t255\t39M\t*\t0\t0\tTTTAAGCTCGGCAACGTCGTCCTCTTTGTTGCTATTCAC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VNSNKEDDVAELK\tXR:Z:VDSNKEDDVAELK\tXC:i:3\tXS:f:NA\tXQ:f:0e+00\tXM:Z:iTRAQ 4-plex of K(5, 13), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n+Mo_Tai_iTRAQ_f8 0.1.14638\t16\tchr14\t54514786\t255\t90M\t*\t0\t0\tTTTCTCTTCTCCACTGTACTCCTCTGTGTGTGTAGTCGGGGCATTCGCAATTACATCATCTCTCAGGTCCTCTGGGGCCACCAAGGGTAC\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:VPLVAPEDLRDDVIANAPTTHTEEYSGEEK\tXR:Z:VPLVAPEDLRDDVIENAPTTHTEEYSGEEK\tXC:i:4\tXS:f:NA\tXQ:f:0e+00\tXM:Z:iTRAQ 4-plex of K(30), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n+Mo_Tai_iTRAQ_f5 0.1.16647\t16\tchr2\t132870426\t255\t36M\t*\t0\t0\tCCTGGAGTTTGGTGAAGTAGGCAAGGGTTCAAGGTA\t*\tXA:Z:0\tNH:i:1\tXL:i:1\tXP:Z:YLEPLPTSPNSR\tXR:Z:YLEPLPTSPNPR\tXC:i:3\tXS:f:NA\tXQ:f:6.315789e-02\tXM:Z:iTRAQ 4-plex of Y(1), iTRAQ 4-plex of peptide N-term(1)\tXN:i:NA\tXT:i:NA\tXG:Z:V\n' |