Repository 'pureclip'
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Changeset 2:75bf02d7d1c8 (2022-07-21)
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Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/pureclip commit c4a054d38cb9fe724612ba666f5a6d3e3ef49e75
modified:
pureclip.xml
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test-data/chrM:4000-8300.crosslink_sites.cov_CLmotifs.bed
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b
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--- a/pureclip.xml Tue May 29 19:07:42 2018 -0400
+++ b/pureclip.xml Thu Jul 21 19:17:57 2022 +0000
[
@@ -1,7 +1,11 @@
-<tool id="pureclip" name="PureCLIP" version="1.0.4">
+<tool id="pureclip" name="PureCLIP" version="@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@" profile="21.01">
     <description>- HMM based peak caller designed for eCLIP/iCLIP data</description>
+    <macros>
+        <token name="@TOOL_VERSION@">1.0.4</token>
+        <token name="@VERSION_SUFFIX@">1</token>
+    </macros>
     <requirements>
-        <requirement type="package" version="1.0.4">pureclip</requirement>
+        <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">pureclip</requirement>
     </requirements>
     <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
 ln -s '${target_bam_file}' target.bam && 
@@ -263,9 +267,9 @@
             <param name="cl_motif_bed_file" value="fimo_clmotif_occurences.chrM:4000-8300.bed" ftype="bed"/>
             <param name="max_motif_id" value="4"/>
             <param name="crosslink_bed_stats" value="True"/>
-            <output name="crosslink_bed_outfile" file="chrM:4000-8300.crosslink_sites.cov_CLmotifs.bed"/>
-            <output name="binding_region_bed_outfile" file="chrM:4000-8300.binding_regions.cov_CLmotifs.bed"/>
-            <output name="crosslink_bed_stats" file="chrM:4000-8300.crosslink_sites.cov_CLmotifs.bed.stats"/>
+            <output name="crosslink_bed_outfile" file="chrM:4000-8300.crosslink_sites.cov_CLmotifs.bed" compare="re_match"/>
+            <output name="binding_region_bed_outfile" file="chrM:4000-8300.binding_regions.cov_CLmotifs.bed" compare="re_match"/>
+            <output name="crosslink_bed_stats" file="chrM:4000-8300.crosslink_sites.cov_CLmotifs.bed.stats" compare="re_match"/>
         </test>
         <test>
             <param name="target_bam_file" value="aligned.prepro.R2.chrM:4000-8300.bam" ftype="bam"/>
b
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[
@@ -1,48 +1,48 @@
-chrM 4291 4314 2.87655;4.57544;1.9093;52.3973;30.5686;4.69146;6.57447;60.2542;24.9111;22.4555;14.6916; 225.905 +
-chrM 4401 4404 58.7899;5.94153; 64.7314 +
-chrM 4417 4419 52.9006;78.1395;3.46575; 134.506 +
-chrM 4433 4434 7.10406;65.4345; 72.5386 +
-chrM 4445 4446 9.0675; 9.0675 +
-chrM 4823 4824 2.37396; 2.37396 +
-chrM 4840 4841 3.59728; 3.59728 +
-chrM 4896 4897 7.26981; 7.26981 +
-chrM 4909 4910 1.84891;2.16833; 4.01724 +
-chrM 4921 4922 1.7173; 1.7173 +
-chrM 4945 4955 8.86501;1.93776;4.40328;2.15768; 17.3637 +
-chrM 5314 5315 8.45847;0.181168; 8.63964 +
-chrM 5331 5332 2.65729;2.6687; 5.32599 +
-chrM 5343 5344 5.46374;5.48628; 10.95 +
-chrM 5361 5364 2.34726;0.0359933; 2.38326 +
-chrM 5374 5375 0.241802; 0.241802 +
-chrM 5455 5465 10.0936;3.90451;2.2512;4.38388;4.38348; 25.0167 +
-chrM 6010 6018 4.02774;19.8597;9.21876;19.8597;19.8597;9.21549;8.61924;1.05759; 91.718 +
-chrM 6202 6203 10.9092; 10.9092 +
-chrM 6214 6225 2.78068;0.343238;1.17331;13.6565; 17.9538 +
-chrM 6241 6253 27.4703;11.6802;12.277;12.3268;11.7805;49.9134;0.686498;5.27793; 131.413 +
-chrM 6345 6352 14.6293;3.35198;0.973817;8.67785; 27.633 +
-chrM 6372 6376 8.64682;1.1145;2.1039;2.91354;4.96066; 19.7394 +
-chrM 6412 6413 1.97814; 1.97814 +
-chrM 6430 6438 3.93886;1.49557;1.81725;3.14121; 10.3929 +
-chrM 6451 6453 10.4438;3.33301; 13.7768 +
-chrM 6469 6473 5.47678;0.685062; 6.16184 +
-chrM 6488 6497 0.700916;0.671846;21.8827;1.01619;1.01644; 25.2881 +
-chrM 6546 6562 9.57336;5.16057;13.9491;3.55403;0.6238;4.95052; 37.8114 +
-chrM 6637 6640 10.3353;10.7671;15.5213;12.5687; 49.1924 +
-chrM 6678 6682 0.818671;1.05925;7.72861;8.18387;1.80946; 19.5999 +
-chrM 7192 7193 1.45455; 1.45455 +
-chrM 7210 7211 0.79438; 0.79438 +
-chrM 7221 7222 17.4136; 17.4136 +
-chrM 7230 7231 5.31736; 5.31736 +
-chrM 7242 7243 0.495479; 0.495479 +
-chrM 7282 7283 1.13057;4.25317; 5.38374 +
-chrM 7309 7315 0.120627;1.31503;2.70833;1.53398;12.2368;12.2368;8.78236; 38.9339 +
-chrM 7679 7701 16.0725;13.6444;4.83849;7.07543;14.2109;9.51666;11.5284;4.20094;11.5889;16.2681;0.117034;11.3302;3.57763; 123.97 +
-chrM 7802 7809 4.65424;14.3051;5.08178;6.76985;4.3113;27.6012; 62.7235 +
-chrM 7836 7842 2.14601;1.25468;4.26851;7.94601;4.08522;31.4939; 51.1943 +
-chrM 7876 7877 3.85842; 3.85842 +
-chrM 7901 7902 25.4582; 25.4582 +
-chrM 7964 7968 0.476707;5.49676;6.95434; 12.9278 +
-chrM 7992 7998 2.19539;0.269487;3.33675;4.3845;2.53573; 12.7219 +
-chrM 8044 8050 2.4415;11.5628;14.8144;9.50755;0.084919;7.25686; 45.668 +
-chrM 8133 8143 4.07108;13.87;14.136;21.183;2.40429;8.54041;7.21096;0.115654;24.6698; 96.2012 +
-chrM 5843 5861 0.699158;52.1487;52.1487;10.0984;37.9219;5.25451;38.1317;0.969962;13.3358; 210.709 -
+chrM\t4291\t4314\t2.[0-9]*;4.[0-9]*;1.[0-9]*;52.[0-9]*;30.[0-9]*;4.[0-9]*;6.[0-9]*;60.[0-9]*;24.[0-9]*;22.[0-9]*;14.[0-9]*;\t225.[0-9]*\t+
+chrM\t4401\t4404\t58.[0-9]*;5.[0-9]*;\t64.[0-9]*\t+
+chrM\t4417\t4419\t52.[0-9]*;78.[0-9]*;3.[0-9]*;\t134.[0-9]*\t+
+chrM\t4433\t4434\t7.[0-9]*;65.[0-9]*;\t72.[0-9]*\t+
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+chrM\t4823\t4824\t2.[0-9]*;\t2.[0-9]*\t+
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+chrM\t7802\t7809\t4.[0-9]*;14.[0-9]*;5.[0-9]*;6.[0-9]*;4.[0-9]*;27.[0-9]*;\t62.[0-9]*\t+
+chrM\t7836\t7842\t2.[0-9]*;1.[0-9]*;4.[0-9]*;7.[0-9]*;4.[0-9]*;31.[0-9]*;\t51.[0-9]*\t+
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+chrM\t8044\t8050\t2.[0-9]*;11.[0-9]*;14.[0-9]*;9.[0-9]*;0.[0-9]*;7.[0-9]*;\t45.[0-9]*\t+
+chrM\t8133\t8143\t4.[0-9]*;13.[0-9]*;14.[0-9]*;21.[0-9]*;2.[0-9]*;8.[0-9]*;7.[0-9]*;0.[0-9]*;24.[0-9]*;\t96.[0-9]*\t+
+chrM\t5843\t5861\t0.[0-9]*;52.[0-9]*;52.[0-9]*;10.[0-9]*;37.[0-9]*;5.[0-9]*;38.[0-9]*;0.[0-9]*;13.[0-9]*;\t210.[0-9]*\t-
b
diff -r fd1f57782683 -r 75bf02d7d1c8 test-data/chrM:4000-8300.crosslink_sites.cov_CLmotifs.bed
--- a/test-data/chrM:4000-8300.crosslink_sites.cov_CLmotifs.bed Tue May 29 19:07:42 2018 -0400
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