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Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/TGAC/earlham-galaxytools/tree/master/tools/lotus2 commit ba755f943aaa8b37434744d32ea0c524503bf50f" |
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modified:
lotus2.xml |
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removed:
test-data/hiera_RDP.txt |
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| b |
| @@ -1,4 +1,4 @@ -<tool id="lotus2" name="LotuS2" version="@VERSION@" profile="20.01"> +<tool id="lotus2" name="LotuS2" version="@VERSION@+galaxy1" profile="20.01"> <description>fast OTU processing pipeline</description> <macros> <token name="@VERSION@">2.06</token> @@ -257,7 +257,7 @@ <outputs> <data name="otu" format="tabular" label="${tool.name} on ${on_string}: OTU abundance matrix" from_work_dir="output/OTU.txt" /> - <data name="otu_biom" format="biom" label="${tool.name} on ${on_string}: biom-formatted OTU abundance matrix" from_work_dir="output/OTU.biom" /> + <data name="otu_biom" format="biom1" label="${tool.name} on ${on_string}: biom-formatted OTU abundance matrix" from_work_dir="output/OTU.biom" /> <data name="otu_fna" format="fasta" label="${tool.name} on ${on_string}: FASTA-formatted extended OTU seed sequences" from_work_dir="output/OTU.fna" /> <data name="OTUphylo_nwk" format="newick" label="${tool.name} on ${on_string}: Newick-formatted phylogenetic tree between sequences" from_work_dir="output/OTUphylo.nwk" /> <data name="mapping" format="tabular" label="${tool.name} on ${on_string}: mapping file" from_work_dir="output/primary/in.map" /> |
| b |
| diff -r cf56a6553385 -r 77cb867e9608 test-data/hiera_RDP.txt --- a/test-data/hiera_RDP.txt Wed May 19 19:15:08 2021 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 |
| b |
| b'@@ -1,188 +0,0 @@\n-domain\tphylum\tclass\torder\tfamily\tgenus\tspecies\tOTU\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tLachnospiraceae\t?\t?\tOTU1\n-Bacteria\tBacteroidetes\tBacteroidia\tBacteroidales\tPorphyromonadaceae\tParabacteroides\t?\tOTU2\n-Bacteria\tBacteroidetes\tBacteroidia\tBacteroidales\tMuribaculaceae\tDuncaniella\t?\tOTU3\n-Bacteria\tFirmicutes\tBacilli\tLactobacillales\tLactobacillaceae\tLactobacillus\t?\tOTU4\n-Bacteria\tBacteroidetes\tBacteroidia\tBacteroidales\tBacteroidaceae\tPhocaeicola\t?\tOTU5\n-Bacteria\tBacteroidetes\tBacteroidia\tBacteroidales\tPrevotellaceae\t?\t?\tOTU6\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tLachnospiraceae\t?\t?\tOTU7\n-Bacteria\tBacteroidetes\tBacteroidia\tBacteroidales\tMuribaculaceae\t?\t?\tOTU8\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tLachnospiraceae\t?\t?\tOTU9\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tLachnospiraceae\t?\t?\tOTU10\n-Bacteria\tBacteroidetes\tBacteroidia\tBacteroidales\tMuribaculaceae\tParamuribaculum\t?\tOTU11\n-Bacteria\tCampilobacterota\tCampylobacteria\tCampylobacterales\tHelicobacteraceae\tHelicobacter\t?\tOTU12\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tLachnospiraceae\t?\t?\tOTU13\n-Bacteria\t?\t?\t?\t?\t?\t?\tOTU14\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tLachnospiraceae\t?\t?\tOTU15\n-Bacteria\tBacteroidetes\tBacteroidia\tBacteroidales\tBacteroidaceae\tBacteroides\t?\tOTU16\n-Bacteria\tVerrucomicrobia\tVerrucomicrobiae\tVerrucomicrobiales\tAkkermansiaceae\tAkkermansia\t?\tOTU17\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tLachnospiraceae\tAcetatifactor\t?\tOTU18\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tRuminococcaceae\t?\t?\tOTU19\n-Bacteria\tBacteroidetes\tBacteroidia\tBacteroidales\tMuribaculaceae\t?\t?\tOTU20\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tRuminococcaceae\t?\t?\tOTU21\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tLachnospiraceae\tLachnospira\t?\tOTU22\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tLachnospiraceae\t?\t?\tOTU23\n-Bacteria\tBacteroidetes\tBacteroidia\tBacteroidales\tRikenellaceae\tAlistipes\t?\tOTU24\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tRuminococcaceae\t?\t?\tOTU25\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tLachnospiraceae\t?\t?\tOTU26\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tLachnospiraceae\t?\t?\tOTU27\n-Bacteria\tBacteroidetes\tBacteroidia\tBacteroidales\tMuribaculaceae\tMuribaculum\t?\tOTU28\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tLachnospiraceae\t?\t?\tOTU29\n-Bacteria\tBacteroidetes\tBacteroidia\tBacteroidales\tMuribaculaceae\tDuncaniella\t?\tOTU30\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tLachnospiraceae\t?\t?\tOTU31\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tRuminococcaceae\tOscillibacter\t?\tOTU32\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tLachnospiraceae\t?\t?\tOTU33\n-Bacteria\tBacteroidetes\tBacteroidia\tBacteroidales\tMuribaculaceae\t?\t?\tOTU34\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tLachnospiraceae\tEnterocloster\t?\tOTU35\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tLachnospiraceae\t?\t?\tOTU36\n-Bacteria\tProteobacteria\tDeltaproteobacteria\tDesulfovibrionales\tDesulfovibrionaceae\tMailhella\t?\tOTU37\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tLachnospiraceae\t?\t?\tOTU38\n-Bacteria\tProteobacteria\tAlphaproteobacteria\t?\t?\t?\t?\tOTU39\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tLachnospiraceae\t?\t?\tOTU40\n-Bacteria\tBacteroidetes\tBacteroidia\tBacteroidales\tMuribaculaceae\t?\t?\tOTU41\n-Bacteria\tFirmicutes\tBacilli\tLactobacillales\tLactobacillaceae\tLimosilactobacillus\t?\tOTU42\n-Bacteria\tBacteroidetes\tBacteroidia\tBacteroidales\tBacteroidaceae\tBacteroides\t?\tOTU43\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tLachnospiraceae\t?\t?\tOTU44\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tLachnospiraceae\t?\t?\tOTU45\n-Bacteria\tBacteroidetes\tBacteroidia\tBacteroidales\tRikenellaceae\tAlistipes\t?\tOTU46\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tLachnospiraceae\t?\t?\tOTU47\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tRuminococcaceae\tDysosmobacter\t?\tOTU48\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tLachnospiraceae\t?\t?\tOTU49\n-Bacteria\tBacteroidetes\tBacteroidia\tBacteroidales\tMuribaculaceae\tDuncaniella\t?\tOTU50\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tLachnospirace'..b'icutes\tClostridia\tClostridiales\tLachnospiraceae\tAcetatifactor\t?\tOTU134\n-Bacteria\tBacteroidetes\tBacteroidia\tBacteroidales\tMuribaculaceae\t?\t?\tOTU135\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tRuminococcaceae\t?\t?\tOTU136\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tRuminococcaceae\tAnaerotruncus\t?\tOTU137\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tLachnospiraceae\t?\t?\tOTU138\n-Bacteria\tProteobacteria\tGammaproteobacteria\tXanthomonadales\tXanthomonadaceae\tStenotrophomonas\t?\tOTU139\n-Bacteria\tFirmicutes\tClostridia\tClostridiales\tRuminococcaceae\t?\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